单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5353 篇文献，本页显示第 3701 - 3720 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3701 | 2024-08-05 |
Cellenium-a scalable and interactive visual analytics app for exploring multimodal single-cell data
2023-06-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad349
PMID:37261846
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研究论文 | Cellenium是一款可扩展的可视分析Web应用程序，用于探索多模态单细胞数据 | 该应用程序允许用户语义整合和组织所有单细胞RNA、ATAC和CITE测序研究 | NA | 提供交互式分析单细胞测序数据的解决方案 | 单细胞RNA、ATAC和CITE测序研究 | 数字病理学 | NA | NA | NA | 单细胞数据 | NA |
| 3702 | 2024-08-05 |
Transcriptome Profiling of Hippocampus After Cerebral Hypoperfusion in Mice
2023-Jun, Journal of molecular neuroscience : MN
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12031-023-02123-0
PMID:37266840
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研究论文 | 本研究分析了小鼠大脑缺血后海马的转录组特征 | 提供了BCAS诱导的脑缺血对海马神经元损失及小胶质细胞活化机制的新见解 | 研究主要集中在小鼠模型，结果的临床转化可能受到限制 | 旨在理解慢性脑缺血对海马的病理机制 | 小鼠，采用BCAS手术诱导脑缺血模型 | 数字病理学 | 脑血管性认知障碍 | RNA测序 | NA | 转录组数据 | 涉及sham和BCAS操作的小鼠样本 |
| 3703 | 2024-08-05 |
NoVaTeST: identifying genes with location-dependent noise variance in spatial transcriptomics data
2023-06-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad372
PMID:37285319
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研究论文 | 本研究提出了NoVaTeST框架，用于在空间转录组学数据中识别具有位置依赖噪声方差的基因 | NoVaTeST考虑了基因表达与空间位置的关系，并允许噪声在空间上变化，这是现有工具所忽略的 | 研究可能没有考虑其他潜在的生物信号变化 | 识别在空间转录组学数据中具有位置依赖噪声方差的基因 | 肿瘤样本中的基因 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 肿瘤样本 |
| 3704 | 2024-08-07 |
A dynamical systems treatment of transcriptomic trajectories in hematopoiesis
2023-06-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.201280
PMID:37260149
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研究论文 | 本文提出了一种数学方法，从动力系统角度严格评估单细胞RNA测序（scRNA-seq）轨迹是否显示与分叉一致的统计特征，并以中性粒细胞分支的造血分化为例进行了研究。 | 本文利用线性不稳定性的几何特征，识别了基因表达空间中低维相平面，揭示了中性粒细胞分化中的关键新基因。 | NA | 旨在从动力系统角度提供对细胞分化高维过程的机制性见解，并朝向构建转录组动力学的数学模型的系统化迈进。 | 单细胞RNA测序数据中的细胞分化过程 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 动力系统模型 | 基因表达数据 | 大量分化细胞的群体 |
| 3705 | 2024-08-07 |
Epigenomic landscape exhibits interferon signaling suppression in the patient of myocarditis after BNT162b2 vaccination
2023-06-01, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-36070-y
PMID:37264110
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研究论文 | 本研究首次追踪了接种BNT162b2疫苗后发生心肌炎患者的周围血单核细胞（PBMCs）染色质动态变化 | 首次研究了接种BNT162b2疫苗后心肌炎患者的PBMCs染色质可及性变化，并发现干扰素信号下调和RUNX2/3活性上调 | NA | 探讨BNT162b2疫苗接种后心肌炎的免疫反应机制 | 接种BNT162b2疫苗后发生心肌炎的患者的周围血单核细胞（PBMCs） | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | NA |
| 3706 | 2024-08-07 |
The glycine receptor alpha 3 subunit mRNA expression shows sex-dependent differences in the adult mouse brain
2023-06-01, BMC neuroscience
IF:2.4Q3
DOI:10.1186/s12868-023-00800-9
PMID:37264306
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研究论文 | 研究探讨了成年小鼠大脑中甘氨酸受体α3亚基mRNA表达的性别依赖性差异 | 首次揭示了甘氨酸受体α3亚基在小鼠中枢神经系统中的广泛但低水平的表达，并发现了明显的性别依赖性差异 | NA | 研究甘氨酸受体α3亚基在小鼠神经系统及其他外周器官中的mRNA表达 | 小鼠中枢神经系统中的甘氨酸受体α3亚基mRNA表达 | NA | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、定量实时PCR(qRT-PCR)、RNAscope | NA | mRNA | 雌性和雄性小鼠的多个脑区和外周器官 |
| 3707 | 2024-08-07 |
An N6-methyladenosine regulation- and mRNAsi-related prognostic index reveals the distinct immune microenvironment and immunotherapy responses in lower-grade glioma
2023-Jun-01, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-023-05328-7
PMID:37264314
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研究论文 | 本文通过整合N6-甲基腺苷（m6A）修饰和干细胞标志物mRNAsi，构建了一个与m6A调控和mRNAsi相关的预后指数（MRMRPI），用于分类低级别胶质瘤患者并预测其预后 | 本文首次将m6A甲基化调控与肿瘤干细胞标志物mRNAsi结合，构建预后指数，揭示了低级别胶质瘤中免疫微环境的差异及免疫治疗反应 | NA | 研究m6A甲基化调控与肿瘤干细胞标志物在低级别胶质瘤发展中的相互作用，并为更精确的免疫治疗策略提供指导 | 低级别胶质瘤（LGG）患者 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 共识聚类、加权基因共表达网络分析、最小绝对收缩和选择算子Cox回归分析、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及10个基因（DGCR10, CYP2E1, CSMD3, HOXB3, CABP4, AVIL, PTCRA, TIMP1, CLEC18A, SAMD9） |
| 3708 | 2024-08-07 |
Consensus label propagation with graph convolutional networks for single-cell RNA sequencing cell type annotation
2023-06-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad360
PMID:37267208
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研究论文 | 本文介绍了一种基于图卷积网络（GCN）的方法，用于自动化单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的细胞类型注释 | 该方法通过共识和半监督GCN传播高置信度标签，提高了注释的准确性，并允许特征解释，识别细胞类型分类的重要基因 | NA | 自动化和解释单细胞RNA测序数据的分类 | 单细胞RNA测序数据的细胞类型注释 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 图卷积网络（GCN） | 基因表达数据 | 使用模拟数据和来自不同组织的两个scRNA-seq数据集进行验证 |
| 3709 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals a mechanism underlying the susceptibility of the left atrial appendage to intracardiac thrombogenesis during atrial fibrillation
2023-06, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1297
PMID:37278111
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析，揭示了心房颤动期间左心耳易形成血栓的分子机制 | 首次展示了心房颤动患者左心耳与右心耳的单细胞转录组比较，并发现了左心耳内皮细胞向成纤维细胞的表型转换及炎症相关变化 | 研究样本量较小，仅包括三名患者，且未涉及更多不同类型的心房颤动患者 | 探究心房颤动期间左心耳易形成血栓的分子机制 | 心房颤动患者的左心耳和右心耳组织 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 三名持续性心房颤动患者的匹配左心耳样本 |
| 3710 | 2024-08-07 |
Myc promotes polyploidy in murine trophoblast cells and suppresses senescence
2023-06-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.201581
PMID:37278344
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研究论文 | 本研究探讨了Myc在鼠胎盘滋养层细胞中促进多倍体化并抑制衰老的作用 | 首次揭示了Myc是多倍体化和正常胎盘发育的关键调控因子，并防止过早衰老 | NA | 研究Myc在胎盘发育中的作用及其对多倍体化和衰老的影响 | 鼠胎盘滋养层巨细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 3711 | 2024-08-07 |
The tumor immune microenvironment of nasopharyngeal carcinoma after gemcitabine plus cisplatin treatment
2023-Jun, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-023-02369-6
PMID:37280275
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和T细胞及B细胞受体测序，分析了吉西他滨联合顺铂（GP）化疗后鼻咽癌（NPC）肿瘤免疫微环境的变化 | 首次揭示了GP化疗激活以先天样B细胞（ILB）为主的抗肿瘤免疫反应的机制，并验证了ILB作为GP治疗NPC的潜在生物标志物 | NA | 探究GP化疗后鼻咽癌肿瘤免疫微环境的变化及其机制 | 鼻咽癌患者在接受GP化疗前后的肿瘤样本 | 数字病理学 | 鼻咽癌 | 单细胞RNA测序，T细胞和B细胞受体测序 | NA | 基因表达数据 | 15对治疗前和治疗后的鼻咽癌样本，以及139名和380名接受GP化疗和免疫治疗联合治疗的鼻咽癌患者 |
| 3712 | 2024-08-07 |
Diverse intratumoral heterogeneity and immune microenvironment of two HPV-related cervical cancer types revealed by single-cell RNA sequencing
2023-06, Journal of medical virology
IF:6.8Q1
DOI:10.1002/jmv.28857
PMID:37287196
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了人乳头瘤病毒相关宫颈鳞状细胞癌（SCC）和腺癌（AD）在肿瘤异质性和肿瘤微环境（TME）中的细胞差异 | 首次详细描述了SCC和AD在细胞类型特异性分子差异、信号通路调控和免疫细胞浸润模式上的不同 | 研究样本仅包括三名SCC和三名AD患者，可能不足以代表所有病例 | 阐明SCC和AD在肿瘤异质性和肿瘤微环境中的细胞差异，并提出潜在的治疗策略 | 宫颈鳞状细胞癌（SCC）和腺癌（AD）的细胞类型特异性分子差异 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 61,723个细胞，来自三名SCC和三名AD患者 |
| 3713 | 2024-08-07 |
BOTH THE INFECTION STATUS AND INFLAMMATORY MICROENVIRONMENT INDUCE TRANSCRIPTIONAL REMODELING IN MACROPHAGES IN MURINE LEISHMANIAL LESIONS
2023-05-01, The Journal of parasitology
IF:1.0Q4
DOI:10.1645/22-94
PMID:37270767
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序分析了在小鼠利什曼原虫感染病变中，感染和未感染寄生虫的巨噬细胞的转录重塑情况 | 首次区分了寄生虫和炎症微环境对巨噬细胞转录重塑的独立影响 | NA | 探究利什曼原虫感染后巨噬细胞的转录重塑及其影响因素 | 巨噬细胞在利什曼原虫感染病变中的转录变化 | 数字病理学 | 皮肤利什曼病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 感染和未感染利什曼原虫的巨噬细胞样本 |
| 3714 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA-seq reveals developmental deficiencies in both the placentation and the decidualization in women with late-onset preeclampsia
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1142273
PMID:37283740
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研究论文 | 本研究利用单细胞 RNA 测序在晚发性子痫前期女性中揭示了胎盘和蜕膜的发育缺陷 | 首次通过单细胞 RNA 测序揭示晚发性子痫前期患者胎盘和蜕膜的发育缺陷 | 研究主要集中于晚发性子痫前期的少数样本，可能无法全面代表所有子痫前期患者 | 探讨晚发性子痫前期的分子机制 | 晚发性子痫前期女性和正常妊娠女性的胎盘及蜕膜 | 数字病理学 | 子痫前期 | 单细胞 RNA 测序 | NA | 转录组数据 | 晚发性子痫前期患者和正常妊娠女性的多个样本 |
| 3715 | 2024-08-05 |
Bioinformatics analysis of aging-related genes in thoracic aortic aneurysm and dissection
2023, Frontiers in cardiovascular medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fcvm.2023.1089312
PMID:37283588
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研究论文 | 本研究探讨了老化与胸主动脉瘤和撕裂（TAAD）之间的关系及其潜在机制 | 研究首次系统性地分析了与老化相关的基因在胸主动脉瘤和撕裂中的表达差异，并识别了五个关键基因，可能为TAAD的诊断和治疗提供新见解 | 本研究依赖于现有数据集，可能存在数据偏倚，且尚需在临床样本中验证结果 | 旨在揭示老化如何影响胸主动脉瘤和撕裂的发病机制 | 研究对象为与老化相关的基因和胸主动脉瘤患者样本 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 总共分析了70个差异共表达基因 |
| 3716 | 2024-08-05 |
Protecting RNA quality for spatial transcriptomics while improving immunofluorescent staining quality
2023, Frontiers in neuroscience
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fnins.2023.1198154
PMID:37274189
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研究论文 | 本文开发了一种方法来改善空间转录组学中的RNA质量，并同时提升免疫荧光染色质量 | 提出了一种改进的生产商协议，既不影响RNA质量，又能使用更多以前不兼容的额外抗体 | 实验主要基于小鼠脑切片，可能限制了结果的广泛适用性 | 旨在提高免疫荧光染色的效率，同时保持RNA的质量 | 针对新鲜冷冻小鼠脑切片进行研究 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 组织切片 | 采用了多个小鼠脑切片 |
| 3717 | 2024-08-05 |
Subject clustering by IF-PCA and several recent methods
2023, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2023.1166404
PMID:37287536
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研究论文 | 本文提出了IF-VAE作为一种新的受试者聚类方法，并与多种方法进行了比较 | 结合了变分自编码器和影响特征主成分分析的新方法IF-VAE | IF-VAE相较于IF-PCA表现较差 | 研究如何结合无监督深度学习和其他方法进行受试者聚类 | 研究基于10个基因微阵列数据集和8个单细胞RNA-seq数据集的受试者聚类 | 机器学习 | NA | RNA-seq | 变分自编码器 | 基因数据 | 10个基因微阵列数据集和8个单细胞RNA-seq数据集 |
| 3718 | 2024-08-05 |
Machine learning and integrative analysis identify the common pathogenesis of azoospermia complicated with COVID-19
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1114870
PMID:37283758
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研究论文 | 本研究探讨了与COVID-19相关的无精症的共同发病机制 | 通过整合加权共表达网络分析、机器学习和单细胞RNA测序，识别与无精症和COVID-19相关的关键基因和通路 | 未提及具体的局限性 | 进一步研究无精症与COVID-19的共同发病机制 | 无精症患者和COVID-19患者的基因表达数据 | 生物信息学 | 无精症，COVID-19 | 单细胞RNA测序，机器学习 | NA | 基因表达数据 | 分析了阻塞性无精症和非阻塞性无精症样本的转录组数据 |
| 3719 | 2024-08-05 |
Expression quantitative trait locus studies in the era of single-cell omics
2023, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2023.1182579
PMID:37284065
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综述 | 本文概述了单细胞eQTL研究及其在基因表达调控中的应用 | 介绍了单细胞RNA-seq技术对细胞类型特异性基因表达调控的识别 | 单细胞eQTL分析的局限性被讨论 | 研究基因表达调控与遗传变异之间的关系 | 主要关注单细胞eQTL和其数据处理及映射过程 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 转录组数据 | NA |
| 3720 | 2024-08-05 |
Single-cell atlas of dental pulp stem cells exposed to the oral bacteria Porphyromonas gingivalis and Enterococcus faecalis
2023, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2023.1166934
PMID:37287452
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研究论文 | 本文探讨了口腔细菌对人类牙髓干细胞的影响及其机制 | 该研究建立了牙髓干细胞在细菌刺激下的单细胞转录组图谱，并揭示了细菌如何影响干细胞的分化和再生能力 | 文章未详细探讨不同细菌种类的影响程度和比较分析 | 研究人类牙髓干细胞在细菌侵袭下的反应机制 | 人类牙髓干细胞（hDPSCs） | 数字病理学 | 牙髓炎和根尖周围炎 | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | NA |