单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3661	2024-08-07	Epigenetic and Transcriptional Dynamics of Notch Program in Intestinal Differentiation 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3076-1_7 PMID:37310625	综述	本文综述了Notch程序在肠道分化中的表观遗传和转录动态，并介绍了如何利用ChIP-seq和scRNA-seq结合谱系追踪技术来研究饮食和代谢调控下的细胞命运决策。	本文介绍了新的表观遗传和转录分析数据如何完善或修正当前对Notch编程在肠道分化中的理解。	NA	探讨Notch程序在肠道分化中的作用及其在饮食和代谢调控下的动态变化。	Notch信号传导和肠道分化过程中的细胞命运决策。	表观遗传学	NA	ChIP-seq, scRNA-seq	NA	基因组数据, 转录组数据	NA
3662	2024-08-07	Defining Anorectal Transition Zone Heterogeneity Using Single-Cell RNA Sequencing 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3076-1_8 PMID:37310626	研究论文	本文提供了一种单细胞RNA测序方法，用于分析肛管、肛直肠过渡区和直肠上皮的初级分析	本文首次使用单细胞RNA测序技术详细表征了肛直肠过渡区的异质性	NA	研究肛直肠过渡区的异质性	肛管、肛直肠过渡区和直肠上皮	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
3663	2024-08-07	A fibroblast-associated signature predicts prognosis and immunotherapy in esophageal squamous cell cancer 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1199040 PMID:37313409	研究论文	本研究旨在探讨食管鳞状细胞癌（ESCC）中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的特征，并构建基于CAFs的风险标志物以预测ESCC患者的预后	本研究首次构建了基于CAFs的风险标志物，并开发了一个结合CAF风险标志物和临床阶段的诺模图模型，用于预测ESCC的预后	NA	探讨食管鳞状细胞癌中癌症相关成纤维细胞的特征，并构建风险标志物以预测患者预后	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Lasso回归	RNA序列数据	从GEO数据库获取的单细胞RNA测序数据和TCGA数据库的批量RNA-seq数据及微阵列数据
3664	2024-08-07	A novel phenotype of B cells associated with enhanced phagocytic capability and chemotactic function after ischemic stroke 2023-Nov, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/1673-5374.371365 PMID:37282471	研究论文	本研究识别了一种与缺血性中风后增强的吞噬能力和趋化功能相关的新型B细胞表型	发现了具有巨噬细胞样特性的B细胞，这些细胞表现出增强的吞噬和趋化功能，并上调了与吞噬作用相关的基因表达	NA	探讨B细胞在缺血性中风中的作用及其潜在的免疫治疗价值	B细胞在缺血性中风中的表型及其功能	NA	缺血性中风	单细胞RNA测序	NA	细胞	包括小鼠和人类创伤性脑损伤、阿尔茨海默病和胶质母细胞瘤的脑组织样本
3665	2024-08-05	Single-cell transcriptomics identifies perturbed molecular pathways in midbrain organoids using α-synuclein triplication Parkinson's disease patient-derived iPSCs 2023-Oct, Neuroscience research IF:2.4Q3 DOI:10.1016/j.neures.2023.06.001 PMID:37271312	研究论文	本研究利用单细胞转录组学识别帕金森病患者来源的中脑器官中受扰动的分子通路	首次深入分析SNCA三重拷贝、揭示多巴胺神经元中氧化磷酸化、翻译和内质网蛋白折叠的分子功能障碍	NA	研究中脑多巴胺神经元在帕金森病中的变化及其分子机制	通过来自健康和帕金森病患者的诱导性多能干细胞生成的中脑器官	数字病理学	帕金森病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	来自健康和帕金森病捐赠者的iPSC生成的中脑器官
3666	2024-08-07	Comprehensive analyses of brain cell communications based on multiple scRNA-seq and snRNA-seq datasets for revealing novel mechanism in neurodegenerative diseases 2023-10, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.14280 PMID:37269061	研究论文	本研究基于多组scRNA-seq和snRNA-seq数据，系统分析了大脑细胞间的通信，揭示了神经退行性疾病中的新机制	本研究整合了四种方法评估六种主要脑细胞类型间的配体-受体相互作用得分，并构建了阿尔茨海默病早期预测模型	NA	探索大脑细胞通信，揭示正常脑功能和神经退行性疾病中的生物学机制	大脑细胞通信，特别是神经退行性疾病中的细胞通信	数字病理学	神经退行性疾病	scRNA-seq, snRNA-seq	NA	RNA-seq数据	共提取了1,039,459个细胞，来自28个脑单细胞RNA测序（scRNA-seq）或单核RNA测序（snRNA-seq）数据集，包括12个人类和16个老鼠数据集
3667	2024-08-07	Secondary bile acids function through the vitamin D receptor in myeloid progenitors to promote myelopoiesis 2023-09-12, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2022009618 PMID:37276450	研究论文	本文研究了次级胆酸通过维生素D受体在骨髓中的髓系前体细胞促进髓系生成的作用	首次揭示了次级胆酸通过维生素D受体在骨髓髓系前体细胞中的作用，以及这种作用对骨髓造血和炎症疾病潜在影响的新机制	NA	探讨微生物代谢产物对造血作用的影响，特别是胆酸的作用及其机制	次级胆酸（脱氧胆酸和石胆酸）及其在骨髓髓系生成中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	骨髓细胞和造血干细胞及前体细胞
3668	2024-08-07	Single-cell transcriptomics provides insights into the origin and immune microenvironment of cervical precancerous lesions 2023-09, Cancer communications (London, England) DOI:10.1002/cac2.12451 PMID:37272256	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
3669	2024-08-07	Identification of evolutionary mechanisms of myelomatous effusion by single-cell RNA sequencing 2023-08-08, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2022009477 PMID:37276129	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序分析了骨髓、外周血和胸腔积液/腹水中的转录组，以识别多发性骨髓瘤浆膜腔积液的进化机制	本研究首次定义了外周起始细胞（EMICs）并发现LILRB4在其中的上调，证实了LILRB4促进骨髓瘤细胞的体外迁移	研究样本量较小，仅涉及3名患者	探索多发性骨髓瘤浆膜腔积液的分子机制	骨髓、外周血和胸腔积液/腹水中的细胞	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	3名患者
3670	2024-08-05	Somatosensory neuron types and their neural networks as revealed via single-cell transcriptomics 2023-08, Trends in neurosciences IF:14.6Q1 DOI:10.1016/j.tins.2023.05.005 PMID:37268541	综述	本文综述了单细胞转录组学在脊髓后根神经节（DRG）神经元类型及其神经网络研究中的应用	整合了以往DRG转录组研究的发现，并提出进一步研究的建议	缺乏统一的分类标准，使得DRG神经元的类型鉴定存在困难	旨在全面了解DRG神经元的转录状态及其在生理和慢性疼痛中的作用	主要研究脊髓后根神经节中的不同类型神经元	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
3671	2024-08-07	Mapping the transcriptional landscape of human white and brown adipogenesis using single-nuclei RNA-seq 2023-08, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2023.101746 PMID:37286033	研究论文	通过单核RNA测序技术研究人类白色和棕色脂肪细胞分化的转录组动态变化	首次使用单核RNA测序技术构建了人类白色和棕色脂肪细胞分化的高分辨率转录组图谱，并发现了新的转录因子TRPS1在脂肪细胞分化中的作用	研究仅限于单个个体的颈部区域细胞，可能无法完全代表所有人群	深入理解人类脂肪细胞分化的分子调控机制	人类白色和棕色脂肪细胞的分化过程	数字病理学	代谢疾病	单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	RNA序列	超过20,000个正在分化的白色和棕色前脂肪细胞
3672	2024-08-05	Multimodal single-cell analysis of nonrandom heteroplasmy distribution in human retinal mitochondrial disease 2023-07-24, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.165937 PMID:37289546	研究论文	本文研究了人类视网膜线粒体疾病中非随机的线粒体异质性分布现象	首次揭示了病态m.3243A>G等位基因在多种细胞类型中的分布模式及其对表型表现的影响	研究仅限于特定疾病（MELAS）和样本，可能无法普遍适用于所有线粒体疾病	探讨线粒体异质性在不同细胞类型中的分布及其与表型表达的关系	研究对象为视网膜细胞，包括来自MELAS患者和健康对照供体的细胞	数字病理学	线粒体疾病	单细胞RNA测序、线粒体单细胞ATAC测序及多模式单细胞测序	NA	细胞转录组、染色质可及性状态和异质性数据	涉及MELAS患者和健康对照供体的视网膜细胞
3673	2024-08-05	scDFC: A deep fusion clustering method for single-cell RNA-seq data 2023-07-20, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad216 PMID:37280190	研究论文	提出了一种新的单细胞深度融合聚类模型用于分析单细胞RNA-seq数据	通过引入属性特征聚类模块和结构注意力特征聚类模块，综合利用细胞属性和结构信息	未提及具体的局限性	旨在通过深度聚类方法研究肿瘤异质性	单细胞RNA-seq数据的细胞亚群体和肿瘤微环境	数字病理学	肿瘤	RNA-seq	深度学习聚类	基因表达数据	NA
3674	2024-08-05	Integrated analysis of single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq unravels T cell-related prognostic risk model and tumor immune microenvironment modulation in triple-negative breast cancer 2023-07, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107066 PMID:37263064	研究论文	这项研究揭示了三阴性乳腺癌中与T细胞相关的预后风险模型及肿瘤免疫微环境调节	首次整合分析单细胞RNA测序和大规模RNA测序，以建立和验证T细胞标记基因的预后风险模型	研究主要依赖公开数据库，可能存在数据偏差	加深对三阴性乳腺癌中T细胞异质性及其预后风险模型的理解	三阴性乳腺癌患者的T细胞及其与免疫微环境的关系	数字病理学	三阴性乳腺癌	scRNA-seq	NA	细胞数据	25,932个细胞
3675	2024-08-05	Cerebellar axonopathy in Shivers horses identified by spatial transcriptomic and proteomic analyses 2023 Jul-Aug, Journal of veterinary internal medicine IF:2.1Q1 DOI:10.1111/jvim.16784 PMID:37288990	研究论文	本研究通过空间转录组学和蛋白质组学分析识别出Shivers马的 cerebellar神经轴突病变	本研究揭示了Shivers马在侧小脑半球基因表达和蛋白质表达的区域特异性差异，强调了神经炎症与轴突退化的关系	研究样本量较小，仅包含5个Shivers马和4个对照马	分析Shivers马与对照马在基因和蛋白质表达上的差异	Shivers马（5匹）与对照马（4匹）	数字病理	NA	空间转录组学，串联质谱标记蛋白质组学	NA	基因表达数据，蛋白质表达数据	9匹马（5匹Shivers马，4匹对照马）
3676	2024-08-07	Heritable transcriptional defects from aberrations of nuclear architecture 2023-Jul, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06157-7 PMID:37286600	研究论文	本文探讨了核内微核和染色体桥等异常结构对遗传转录抑制的影响	首次识别微核和染色体桥作为遗传转录抑制的来源，并使用长时程活细胞成像和单细胞RNA测序技术进行验证	文中提到的转录抑制改变的穿透性异质性可能导致研究结果的解释存在一定的不确定性	揭示导致表观遗传变异的机制，特别是在癌症中的作用	癌细胞中的微核和染色体桥	NA	癌症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
3677	2024-08-05	A single-cell level comparison of human inner ear organoids with the human cochlea and vestibular organs 2023-06-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112623 PMID:37289589	研究论文	本文展示了人类多能干细胞衍生的内耳类器官与人类耳蜗和前庭器官的比较	提出了利用单细胞转录组学评估内耳类器官的细胞类型异质性	当前组织培养模型缺乏足够的细胞类型多样性来研究内耳疾病	研究内耳类器官及其在内耳发育和疾病中的潜在应用	采用单细胞转录组学分析人类胎儿和成人内耳组织的细胞类型	数字病理学	耳部疾病	单细胞转录组学	内耳类器官	组织	NA
3678	2024-08-07	Intravenous heterologous prime-boost vaccination activates innate and adaptive immunity to promote tumor regression 2023-06-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112599 PMID:37279110	研究论文	本文研究了一种异源初免-加强疫苗策略，使用自组装肽纳米颗粒TLR-7/8激动剂（SNP）疫苗初免和黑猩猩腺病毒（ChAdOx1）疫苗加强，以激活先天和适应性免疫，促进肿瘤消退。	首次证明了静脉注射异源初免-加强疫苗策略能有效增强CD8 T细胞反应和肿瘤消退，且这种效应依赖于I型IFN信号传导。	NA	研究一种新的异源初免-加强疫苗策略，以提高肿瘤治疗效果。	异源初免-加强疫苗策略对肿瘤免疫的影响。	免疫学	肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型MC38肿瘤
3679	2024-08-05	Integrated spatial transcriptome and metabolism study reveals metabolic heterogeneity in human injured brain 2023-06-20, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2023.101057 PMID:37263268	research paper	本研究揭示了人类受损大脑中的代谢异质性	文章创新性在于结合空间转录组学和代谢研究，生成了一种全面的分子标记，展示了人类受伤大脑中多样的代谢变化	NA	旨在整合空间组织和功能方向的生物学理解	六名脑外伤患者的外科样本	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据及代谢物数据	六名脑外伤患者的外科样本
3680	2024-08-05	Single-cell transcriptomics reveals ependymal subtypes related to cytoskeleton dynamics as the core driver of syringomyelia pathological development 2023-Jun-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.106850 PMID:37275526	研究论文	本研究揭示了与细胞骨架动态相关的脑室细胞亚型，这些亚型是脊髓囊肿病理发展的核心驱动因素	首次通过单细胞转录组学分析揭示了脊髓囊肿中脑室细胞亚型的动态变化及其与细胞骨架的关系	在研究中仅使用了一种可逆模型，可能无法完全模拟所有临床特征	研究脊髓囊肿发生和发展过程中的时空病理改变	主要研究脑室细胞（EPCs）、少突胶质细胞谱系和小胶质细胞的动态变化	数字病理学	脊髓囊肿	单细胞转录组学	NA	NA	NA