单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新，已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价10元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 5353 篇文献，本页显示第 3621 - 3640 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3621 | 2024-08-07 |
Enhancing the sensitivity of bacterial single-cell RNA sequencing using RamDA-seq and Cas9-based rRNA depletion
2023-Aug, Journal of bioscience and bioengineering
IF:2.3Q3
DOI:10.1016/j.jbiosc.2023.05.010
PMID:37311684
|
研究论文 | 本文介绍了一种结合随机位移扩增测序（RamDA-seq）和基于Cas9的rRNA耗竭方法，用于提高细菌单细胞RNA测序的敏感性 | 该方法允许从低丰度的细菌RNA中进行cDNA扩增和随后的测序文库制备，相比传统方法，在较少的测序努力下能够检测到更多的基因 | NA | 旨在解决通过群体水平基因表达分析揭示稀有亚群和基因表达异质性的挑战 | 细菌单细胞RNA测序方法 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 从单个大肠杆菌细胞中检测到超过1000个基因 |
| 3622 | 2024-08-07 |
Single-Cell Transcriptome Analysis of Peripheral Neutrophils From Patients With Idiopathic Pulmonary Arterial Hypertension
2023-08, Hypertension (Dallas, Tex. : 1979)
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，探讨了特发性肺动脉高压患者外周中性粒细胞的细胞表型和候选基因 | 首次提供了特发性肺动脉高压患者中性粒细胞的参考图谱，并验证了差异上调基因在疾病中的作用 | NA | 旨在提供中性粒细胞的参考图谱，以促进对细胞表型的更好理解并发现候选基因 | 特发性肺动脉高压患者的外周中性粒细胞 | 数字病理学 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 特发性肺动脉高压患者和匹配对照组的外周中性粒细胞 |
| 3623 | 2024-08-07 |
Deep enhanced constraint clustering based on contrastive learning for scRNA-seq data
2023-07-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad222
PMID:37313714
|
研究论文 | 提出了一种基于对比学习和成对约束的深度增强约束聚类算法scDECL，用于单细胞RNA测序数据分析 | 引入插值对比学习和增强成对约束，以提高数据多样性和模型鲁棒性，并利用先验信息指导聚类 | NA | 旨在解决现有方法在处理噪声大、高维且稀疏的单细胞RNA测序数据时，难以捕捉细胞内在模式和结构的问题 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 对比学习 | 深度学习模型 | 基因表达数据 | 六个真实单细胞RNA测序数据集 |
| 3624 | 2024-08-05 |
Spatial transcriptomics reveals a cnidarian segment polarity program in Nematostella vectensis
2023-07-10, Current biology : CB
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.cub.2023.05.044
PMID:37315559
|
研究论文 | 该论文揭示了海葵Nematostella vectensis中分段极性的分子基础 | 首次通过空间转录组学展示了非双侧动物中分段极性的分子机制 | 研究主要集中于Nematostella vectensis，结果可能不适用于其他物种 | 探讨海葵中如何及何时出现分段极性途径 | Nematostella vectensis的发育幼虫阶段 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 3625 | 2024-08-05 |
Construction of a prognostic model for triple-negative breast cancer based on immune-related genes, and associations between the tumor immune microenvironment and immunological therapy
2023-07, Cancer medicine
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/cam4.6176
PMID:37306188
|
研究论文 | 基于免疫相关基因构建了三阴性乳腺癌的预后模型，并探讨了肿瘤免疫微环境与免疫治疗的关系 | 首次识别出五个与三阴性乳腺癌预后相关的免疫相关基因，并构建了相应的预后评估模型 | 尚未充分阐明肿瘤免疫微环境对三阴性乳腺癌患者预后和免疫治疗反应的全部影响 | 研究三阴性乳腺癌的预后因素与免疫微环境的关系 | 三阴性乳腺癌患者 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞测序，组织微阵列分析 | 预后评估模型 | 基因表达数据 | 使用了数据集和多种分析方法，具体样本量未提供 |
| 3626 | 2024-08-07 |
Purification and functional characterization of novel human skeletal stem cell lineages
2023-07, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-023-00836-5
PMID:37316563
|
研究论文 | 本文描述了一种先进的流式细胞术方法，利用八个细胞表面标记物来定义人骨骼干细胞（hSSCs）及其下游前体细胞，并提供了详细的分离和功能测试方法。 | 本文通过识别和定义真正的hSSCs及其下游前体细胞，提高了细胞纯度和功能测试的准确性。 | 目前的技术依赖于流式细胞术和特定的细胞表面标记物，可能需要特定的设备和技术支持。 | 开发新的临床策略，以有效对抗先天性和年龄相关的肌肉骨骼疾病。 | 人骨骼干细胞（hSSCs）及其前体细胞。 | 细胞生物学 | 肌肉骨骼疾病 | 流式细胞术（FACS），单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 多种组织来源的hSSCs样本 |
| 3627 | 2024-08-05 |
Transcriptomic landscape of early hair follicle and epidermal development
2023-06-27, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.112643
PMID:37318953
|
研究论文 | 本文研究了早期毛囊和表皮发育的转录组特征 | 发现了新的细胞群体和标记基因，并提出了上层祖细胞的身份 | 尚未明确细胞类型和分化程序如何在发育过程中建立 | 探索外胚层器官发育过程中的细胞类型和分化程序 | 发育中的毛囊和表皮细胞群体 | 数字病理学 | NA | 大规模和单细胞转录组学与伪时间建模 | NA | NA | NA |
| 3628 | 2024-08-05 |
Multimodal Image Fusion Offers Better Spatial Resolution for Mass Spectrometry Imaging
2023-06-27, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.3c02002
PMID:37296503
|
研究论文 | 本文提出了一种深度学习模型，通过融合多模态图像提高质谱成像的空间分辨率。 | 引入了一种新颖的模型架构，结合多模态图像配准与融合，实现多任务优化。 | 仍然是一个具有挑战性的病态问题，可能在某些情况下限制应用效果 | 旨在提高质谱成像数据的空间分辨率 | 多模态图像，通过深度学习模型DeepFERE进行融合 | 数字病理学 | NA | 深度学习 | 深度学习模型DeepFERE | 图像 | NA |
| 3629 | 2024-08-07 |
Distinct immune microenvironment of lung adenocarcinoma in never-smokers from smokers
2023-06-20, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2023.101078
PMID:37301197
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了从不吸烟者和吸烟者的肺腺癌患者的肿瘤微环境差异 | 发现吸烟引起的肺泡细胞功能障碍对吸烟者肺腺癌的侵袭性影响更大，而免疫抑制微环境对从不吸烟者肺腺癌的侵袭性影响更大 | NA | 揭示从不吸烟者和吸烟者肺腺癌的肿瘤发生差异，并探索潜在的免疫治疗策略 | 从不吸烟者和吸烟者的肺腺癌患者 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 22名未经治疗的肺腺癌患者，共165,753个细胞 |
| 3630 | 2024-08-07 |
CRISPR/Cas9-based depletion of 16S ribosomal RNA improves library complexity of single-cell RNA-sequencing
2023-Jun-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.25.542286
PMID:37292639
|
研究论文 | 本文研究了使用CRISPR/Cas9系统去除16S核糖体RNA对单细胞RNA测序文库复杂性的影响 | 提出了一种物理去除16S核糖体RNA的方法，该方法能有效提高单细胞RNA测序文库的复杂性，并优于传统的计算机去除方法 | NA | 研究物理去除16S核糖体RNA对单细胞RNA测序文库复杂性的影响 | 16S核糖体RNA在单细胞RNA测序中的影响 | 基因组学 | NA | CRISPR/Cas9, 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 多个扁形虫样本 |
| 3631 | 2024-08-05 |
Increased PDGFRB and NF-κB signaling caused by highly prevalent somatic mutations in intracranial aneurysms
2023-06-14, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.abq7721
PMID:37315111
|
研究论文 | 本研究揭示了在动脉瘤（IA）中与NF-κB信号通路相关基因中存在高频突变 | 发现了与NF-κB信号通路相关的多种基因突变在动脉瘤中具有高频率出现，这为药物干预的研究开辟了新途径 | 研究样本规模有限，仅分析了65个IA样本 | 研究脑动脉瘤的致病机制，尤其是体细胞突变的影响 | 主要研究脑动脉瘤组织和配对血样中的体细胞突变 | 数字病理学 | NA | 全外显子组测序和靶向深度测序 | 小鼠动脉扩张模型 | 组织样本 | 65个IA组织样本（54个囊性动脉瘤和11个紡锤形动脉瘤）和配对血样 |
| 3632 | 2024-08-07 |
Machine learning and single cell RNA sequencing analysis identifies regeneration-related hepatocytes and highlights a Birc5-related model for identifying cell proliferative ability
2023-06-14, Aging
DOI:10.18632/aging.204775
PMID:37315292
|
研究论文 | 本研究通过机器学习和单细胞RNA测序分析，识别出与肝脏再生相关的肝细胞群体，并强调了Birc5相关模型在识别细胞增殖能力中的作用 | 本研究首次通过机器学习算法识别出与肝脏再生密切相关的17个基因标记，这些基因标记与细胞周期途径高度相关 | NA | 深入研究部分肝切除术后肝脏再生的潜在机制 | 正常和部分肝切除术后48小时的鼠肝样本 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 机器学习算法 | RNA测序数据 | 正常和部分肝切除术后48小时的鼠肝样本 |
| 3633 | 2024-08-05 |
Reference-based cell type matching of in situ image-based spatial transcriptomics data on primary visual cortex of mouse brain
2023-06-13, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-36638-8
PMID:37311768
|
研究论文 | 本研究系统评估了六种细胞类型匹配的计算算法，应用于小鼠初级视觉皮层的图像基础空间转录组实验。 | 该文章创新性地结合了个体匹配策略的结果，以共识细胞类型分配的方式提高匹配精度，并提出两种集成元分析策略。 | 在空间数据和scRNA-seq数据之间由于分辨率的固有差异，细胞类型匹配可能存在挑战。 | 研究空间转录组数据与参考scRNA-seq图谱的细胞类型匹配方法。 | 研究对象为小鼠初级视觉皮层的空间转录组细胞。 | 数字病理学 | NA | 多重荧光原位杂交（FISH）、原位RNA测序 | NA | 图像 | 涉及的小鼠初级视觉皮层样本数量为NA |
| 3634 | 2024-08-07 |
Publisher Correction: Methanol fixation is the method of choice for droplet-based single-cell transcriptomics of neural cells
2023-Jun-13, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-05022-7
PMID:37311954
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3635 | 2024-08-05 |
Single-cell landscape of primary central nervous system diffuse large B-cell lymphoma
2023-Jun-12, Cell discovery
IF:13.0Q1
DOI:10.1038/s41421-023-00559-7
PMID:37308475
|
研究论文 | 我们分析了原发性中枢神经系统弥漫性大B细胞淋巴瘤患者的肿瘤异质性和肿瘤免疫微环境。 | 本研究展示了与肿瘤促进通路和B细胞免疫反应相关的多样化恶性程序，并揭示了一种独特的生存程序。 | 本研究的局限性在于未提及样本的大小和来源多样性。 | 探讨中枢神经系统弥漫性大B细胞淋巴瘤中的肿瘤异质性和免疫浸润。 | 原发性中枢神经系统弥漫性大B细胞淋巴瘤患者的恶性细胞和免疫性质。 | 数字病理学 | 中枢神经系统弥漫性大B细胞淋巴瘤 | 单细胞转录组学和染色质可及性测序 | NA | NA | NA |
| 3636 | 2024-08-07 |
A demonstration based on multi-omics transcriptome sequencing data revealed disulfidptosis heterogeneity within the tumor microenvironment of esophageal squamous cell carcinoma
2023-Jun-12, Discover. Oncology
DOI:10.1007/s12672-023-00711-5
PMID:37306828
|
研究论文 | 本研究基于多组学转录组测序数据，揭示了食管鳞状细胞癌肿瘤微环境中硫化物应激异质性 | 首次识别出与食管鳞状细胞癌预后相关的硫化物应激相关差异表达基因，并构建了基于这些基因的风险评分模型 | 研究主要基于公共数据库中的RNA测序数据，未涵盖所有可能的样本和条件 | 旨在识别食管鳞状细胞癌的预后标志物，并探索其与免疫微环境的关系 | 食管鳞状细胞癌的预后标志物及其与免疫细胞的相互作用 | 数字病理学 | 食管癌 | RNA测序 | Cox回归分析 | 转录组数据 | 数据来自GSE53624, GSE53622, 和GSE188900数据库，具体样本数量未详细说明 |
| 3637 | 2024-08-07 |
ScInfoVAE: interpretable dimensional reduction of single cell transcription data with variational autoencoders and extended mutual information regularization
2023-Jun-10, BioData mining
IF:4.0Q1
DOI:10.1186/s13040-023-00333-1
PMID:37301826
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于互信息变分自编码器（InfoVAE）的单细胞转录组数据降维方法ScInfoVAE，该方法能有效识别复杂组织中的各种细胞类型 | 引入ScInfoVAE方法，通过联合InfoVAE深度模型和零膨胀负二项分布模型设计，重建目标函数以处理噪声单细胞RNA测序数据，并学习其有效的低维表示 | NA | 开发一种新的单细胞转录组数据降维方法，以提高细胞类型识别的准确性 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 变分自编码器（VAE） | 转录组数据 | 15个真实单细胞RNA测序数据集 |
| 3638 | 2024-08-05 |
Epigenetics of Early Cardiometabolic Disease: Mechanisms and Precision Medicine
2023-06-09, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.123.322135
PMID:37289899
|
综述 | 本文综述了影响心血管和代谢疾病的表观遗传过程的当前知识状态 | 强调了DNA甲基化作为精准医疗生物标志物的潜力，并探讨了多种社会健康决定因素的影响 | 讨论了推进心血管代谢表观遗传学研究的挑战和障碍 | 旨在提高对心血管和代谢疾病表观遗传机制的理解 | 探讨了影响心血管和代谢疾病的表观遗传过程 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞测序和表观遗传编辑 | NA | NA | NA |
| 3639 | 2024-08-07 |
Navoximod modulates local HSV-1 replication to reshape tumor immune microenvironment for enhanced immunotherapy via an injectable hydrogel
2023-06-09, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-04983-z
PMID:37296221
|
研究论文 | 研究通过使用可注射的水凝胶（V-Navo@gel）同时装载HSV-1和Navoximod，以改善肝细胞癌（HCC）的溶瘤病毒治疗效果 | 首次将Navoximod与HSV-1结合用于溶瘤病毒治疗，并通过水凝胶局部递送系统增强病毒复制和肿瘤微环境重塑 | NA | 探索Navoximod与HSV-1结合使用在溶瘤病毒治疗中的效果及机制 | 肝细胞癌（HCC）及其微环境 | 数字病理学 | 肝癌 | 溶瘤病毒治疗 | NA | RNA测序数据 | 涉及小鼠和兔子的原位肝癌模型 |
| 3640 | 2024-08-05 |
Why is Babesia not killed by artemisinin like Plasmodium?
2023-Jun-08, Parasites & vectors
IF:3.0Q1
DOI:10.1186/s13071-023-05783-4
PMID:37291657
|
研究论文 | 本文探讨Babesia spp.对青蒿素的抗性机制。 | 揭示了Babesia和Plasmodium基因组的差异及其对青蒿素敏感性差异的关键基因。 | 研究主要集中在Babesia microti上，可能不适用于其他Babesia物种。 | 分析Babesia spp.对青蒿素的抗性原因。 | Babesia microti与Plasmodium yoelii 17XNL的比较研究。 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序分析 | NA | 基因组数据 | NA |