单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新，已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价10元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 5355 篇文献，本页显示第 341 - 360 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 341 | 2024-09-27 |
Inferring single-cell transcriptomic dynamics with structured latent gene expression dynamics
2023-09-25, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100581
PMID:37708894
|
研究论文 | 本文提出了一种名为LatentVelo的方法，利用深度学习计算单细胞RNA测序数据的基因表达动态的低维表示 | LatentVelo通过变分自编码器将细胞嵌入潜在空间，并使用神经常微分方程在基于动态的潜在空间中建模分化动态，能够推断潜在的调节状态以模拟多个谱系 | NA | 开发一种新的方法来推断单细胞RNA测序数据中的基因表达动态 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达动态 | 机器学习 | NA | 深度学习 | 变分自编码器，神经常微分方程 | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 342 | 2024-09-27 |
Identifying proteomic risk factors for overall, aggressive and early onset prostate cancer using Mendelian randomization and tumor spatial transcriptomics
2023-Sep-22, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2023.09.21.23295864
PMID:37790472
|
研究论文 | 研究使用孟德尔随机化和肿瘤空间转录组学方法，识别与总体、侵袭性和早发性前列腺癌相关的蛋白质风险因素 | 首次使用孟德尔随机化和空间转录组学方法，识别与前列腺癌风险相关的蛋白质，并验证了这些蛋白质在不同类型前列腺癌中的作用 | 研究主要基于欧洲和非洲血统的样本，可能不适用于其他种族群体 | 揭示循环蛋白质在前列腺癌风险中的作用，识别新的癌症预防靶点 | 2,002个基因预测的循环蛋白质水平与前列腺癌总体、侵袭性和早发性疾病风险的关联 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 孟德尔随机化 (MR)、共定位分析、空间转录组学 | NA | 蛋白质数据、基因组数据、转录组数据 | 两个独立癌症GWAS数据集，一个欧洲血统，一个非洲血统 |
| 343 | 2024-09-27 |
Bering: joint cell segmentation and annotation for spatial transcriptomics with transferred graph embeddings
2023-Sep-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.19.558548
PMID:37786667
|
研究论文 | 本文提出了一种基于图深度学习模型的方法，用于联合细胞分割和分子注释，以解决空间转录组学数据中的细胞边界确定问题 | 本文提出的方法利用转录共定位关系进行细胞分割和分子注释，并通过转移图嵌入作为多模态输入的一部分来丰富基因关系 | NA | 解决空间转录组学数据中的细胞分割和注释问题 | 空间转录组学数据中的细胞分割和分子注释 | 机器学习 | NA | 图深度学习 | 图深度学习模型 | 空间转录组学数据 | 涉及多种空间技术和组织类型的数据 |
| 344 | 2024-09-27 |
A spatially mapped gene expression signature for intestinal stem-like cells identifies high-risk precursors of gastric cancer
2023-Sep-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.20.558462
PMID:37786704
|
研究论文 | 本研究通过多组学方法识别并验证了26个基因的表达特征，这些基因在胃肠道化生（GIM）的高风险前体细胞中表达，可能预示胃癌（GC）的风险 | 本研究首次通过多组学整合方法识别出26个基因的表达特征，这些基因在GIM的高风险前体细胞中表达，为胃癌的预防和早期检测提供了新的分子标志物 | 本研究样本量较小，且仅限于特定的GIM和GC样本，未来需要更大规模的验证 | 识别胃肠道化生（GIM）中高风险胃癌（GC）前体的分子标志物，以改进癌症预防策略 | 胃肠道化生（GIM）和胃癌（GC）的临床和基因组数据 | 基因组学 | 胃癌 | RNA测序（RNA-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、单分子多重荧光原位杂交（smFISH） | NA | 基因表达数据 | 共涉及303个GIM样本、198个癌症基因组图谱样本、40个scRNA-seq数据样本和5个空间验证样本 |
| 345 | 2024-09-27 |
Common and divergent gene regulatory networks control injury-induced and developmental neurogenesis in zebrafish retina
2023-Sep-18, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3294233/v1
PMID:37790324
|
研究论文 | 研究斑马鱼视网膜损伤后神经再生的基因调控网络 | 揭示了不同视网膜神经元亚型损失后激活的基因调控网络的差异，以及视网膜再生与发育之间的差异 | NA | 探讨斑马鱼视网膜损伤后神经再生的机制及其与发育过程的异同 | 斑马鱼视网膜损伤后的神经再生过程 | 发育生物学 | NA | 单核RNA测序和单细胞RNA测序，ATAC测序 | NA | 基因表达数据 | 发育和再生视网膜样本 |
| 346 | 2024-09-27 |
Single-cell multi-omics defines the cell-type-specific impact of splicing aberrations in human hematopoietic clonal outgrowths
2023-09-07, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2023.07.012
PMID:37582363
|
研究论文 | 本文通过整合基因型转录组学（GoT）与长读长单细胞转录组学和蛋白质组学，研究了人类造血克隆性增殖中剪接异常的细胞类型特异性影响 | 本文创新性地应用了GoT-Splice技术，结合单细胞多组学分析，揭示了SF3B1突变在不同造血祖细胞群体中的隐秘3'剪接位点使用情况及其在红细胞分化过程中的阶段特异性异常剪接 | 本文主要集中在SF3B1突变相关的骨髓增生异常综合征（MDS）患者样本，未来研究可以扩展到其他类型的血液疾病和突变 | 研究剪接因子突变在人类造血克隆性增殖中的细胞类型特异性影响 | 骨髓增生异常综合征（MDS）患者中的造血祖细胞 | 数字病理学 | 血液疾病 | 基因型转录组学（GoT）、长读长单细胞转录组学、蛋白质组学 | NA | 转录组、表面蛋白、体细胞突变、RNA剪接 | 骨髓增生异常综合征（MDS）患者中的造血祖细胞样本 |
| 347 | 2024-09-27 |
TGF-β1 mediates tumor immunosuppression aggravating at the late stage post-high-light-dose photodynamic therapy
2023-Sep, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-023-03479-3
PMID:37351605
|
研究论文 | 本研究探讨了光动力疗法（PDT）后肿瘤微环境中免疫状态的动态变化，揭示了高剂量PDT诱导的早期免疫激活和晚期免疫抑制的机制 | 首次系统阐述了高剂量PDT后免疫抑制的机制，并提出了TGF-β阻断治疗策略作为逆转免疫抑制的潜在组合策略 | 研究主要集中在体外实验和动物模型上，尚未进行临床试验验证 | 揭示光动力疗法后肿瘤免疫抑制的机制，并提出改进策略 | 光动力疗法后的肿瘤微环境及免疫状态变化 | 肿瘤学 | 肿瘤 | 光动力疗法 | NA | 空间转录组学数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 348 | 2024-09-27 |
Epstein-Barr virus evades restrictive host chromatin closure by subverting B cell activation and germinal center regulatory loci
2023-08-29, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.112958
PMID:37561629
|
研究论文 | 研究EB病毒如何通过改变B细胞激活和生发中心调控位点的染色质可及性来逃避宿主的限制 | 首次捕捉到EB病毒感染期间单个B细胞的动态染色质景观，并整合了scATAC-seq、scRNA-seq和ChIP-seq数据进行基因组范围的cis-调控预测 | NA | 研究EB病毒如何通过改变染色质可及性来逃避宿主的限制 | EB病毒感染的B细胞及其染色质可及性 | 数字病理学 | NA | scATAC-seq, scRNA-seq, ChIP-seq | NA | 基因组数据 | 单个B细胞 |
| 349 | 2024-09-27 |
The brain's dark transcriptome: Sequencing RNA in distal compartments of neurons and glia
2023-08, Current opinion in neurobiology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.conb.2023.102725
PMID:37196598
|
综述 | 本文综述了单细胞数据和亚转录组数据在哺乳动物大脑中的应用，探讨了细胞和亚细胞多样性的发展 | 本文介绍了大脑中'暗转录组'的概念，即位于细胞体之外的亚转录组，这些转录组在脑发育和功能中起重要作用 | 本文主要讨论了单细胞RNA测序在捕捉远离细胞体的转录本方面的局限性 | 探讨大脑中细胞和亚细胞多样性的发展，并介绍新兴技术在亚转录组发现中的应用 | 哺乳动物大脑中的神经元和胶质细胞的亚转录组 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 350 | 2024-09-27 |
Single-cell profiling of Arabidopsis leaves to Pseudomonas syringae infection
2023-07-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.112676
PMID:37342910
|
研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序分析拟南芥叶片对丁香假单胞菌感染的响应 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了拟南芥叶片在感染丁香假单胞菌后的细胞异质性 | 研究仅限于拟南芥叶片对丁香假单胞菌的响应，未涉及其他植物或病原体 | 探讨植物叶片在病原体感染下的细胞异质性及其响应机制 | 拟南芥叶片在丁香假单胞菌感染下的单细胞响应 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 超过11,000个单细胞样本 |
| 351 | 2024-09-27 |
Independent prognostic biomarker FERMT3 associated with immune infiltration and immunotherapy response in glioma
2023, Annals of medicine
IF:4.9Q1
DOI:10.1080/07853890.2023.2264325
PMID:37795794
|
研究论文 | 研究探讨了FERMT3作为胶质瘤独立预后生物标志物及其与免疫浸润和免疫治疗反应的关系 | 首次揭示了FERMT3在胶质瘤中的独立预后价值及其与免疫微环境和免疫治疗反应的关联 | 研究主要基于现有数据集和临床组织样本的分析，缺乏大规模前瞻性临床试验验证 | 探讨FERMT3在胶质瘤中的预后价值及其与免疫微环境和免疫治疗反应的关系 | 胶质瘤患者的FERMT3表达及其与免疫细胞浸润和免疫治疗反应的关系 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 免疫组化、多重免疫荧光染色、单细胞RNA测序 | NA | 组织样本、基因表达数据 | 多个数据集和临床组织样本 |
| 352 | 2024-09-27 |
Preparing Arabidopsis thaliana root protoplasts for cryo electron tomography
2023, Frontiers in plant science
IF:4.1Q1
DOI:10.3389/fpls.2023.1261180
PMID:37810374
|
研究论文 | 本文描述了一种用于冷冻电子断层扫描（cryo-ET）的拟南芥根原生质体制备工作流程 | 首次将原生质体用于冷冻电子显微镜（cryo-EM）和冷冻电子断层扫描（cryo-ET）研究 | 整个工作流程从植物生长到倾斜系列采集可能需要几个月时间 | 开发一种新的方法，将植物原生质体作为冷冻电子断层扫描的工具 | 拟南芥根原生质体 | NA | NA | 冷冻电子显微镜（cryo-EM）、冷冻电子断层扫描（cryo-ET）、冷冻聚焦离子束铣削（cryo-FIB） | NA | NA | NA |
| 353 | 2024-09-27 |
New insight into the role of fibroblasts in the epithelial immune microenvironment in the single-cell era
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1259515
PMID:37809065
|
综述 | 本文综述了单细胞时代下成纤维细胞在表皮免疫微环境中的作用 | 利用单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了成纤维细胞在表皮免疫微环境中的功能和空间异质性及其与其他细胞类型的相互作用 | NA | 总结成纤维细胞在炎症性皮肤病表皮免疫微环境中的最新进展，并讨论其在纤维化和非纤维化炎症性皮肤病中的不同功能和分子机制 | 成纤维细胞在表皮免疫微环境中的作用 | NA | 炎症性皮肤病 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和空间转录组学 (ST) | NA | RNA | NA |
| 354 | 2024-09-27 |
Spatially and temporally distinct patterns of expression for VPS10P domain receptors in human cerebral organoids
2023, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2023.1229584
PMID:37842085
|
研究论文 | 研究了人类大脑类器官中VPS10P域受体在神经发育和分化过程中的时空表达模式 | 首次在人类大脑类器官中详细描述了VPS10P域受体在神经发育和分化过程中的时空表达模式，并揭示了其在不同细胞类型和亚细胞定位中的独特功能 | 研究主要基于类器官模型，可能与真实的人类大脑环境存在差异 | 探讨VPS10P域受体在人类大脑发育和神经退行性疾病中的作用 | VPS10P域受体在人类大脑类器官中的表达模式 | NA | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 355 | 2024-09-27 |
A hub gene signature as a therapeutic target and biomarker for sepsis and geriatric sepsis-induced ARDS concomitant with COVID-19 infection
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1257834
PMID:37822934
|
研究论文 | 研究探讨了COVID-19感染与老年脓毒症诱发的急性呼吸窘迫综合征（ARDS）之间的分子机制，并识别了潜在的治疗靶点和生物标志物 | 揭示了COVID-19与脓毒症之间的189个差异表达基因，并构建了蛋白质-蛋白质相互作用网络，识别出关键的枢纽基因和模块 | 研究主要基于生物信息学和系统生物学方法，缺乏临床试验验证 | 阐明COVID-19与脓毒症在老年患者中的相互作用，识别潜在的治疗干预措施 | COVID-19感染、脓毒症及其诱发的ARDS在老年患者中的分子机制 | 生物信息学 | 脓毒症 | 生物信息学、系统生物学、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了小鼠脓毒症-ARDS模型和老年脓毒症诱发ARDS患者的血液样本 |
| 356 | 2024-09-26 |
Early cellular mechanisms of type I interferon-driven susceptibility to tuberculosis
2023-12-07, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2023.11.002
PMID:38029747
|
研究论文 | 研究探讨了I型干扰素在结核病发病机制中的早期细胞机制 | 发现了间质巨噬细胞和浆细胞样树突状细胞在Mtb感染中的主导作用，并提出了pDCs在结核病发病机制中的关键作用 | 研究主要基于小鼠和非人类灵长类动物模型，尚未在人类中验证 | 揭示I型干扰素驱动的结核病易感性的早期细胞机制 | 间质巨噬细胞、浆细胞样树突状细胞和结核分枝杆菌 | NA | 结核病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠和非人类灵长类动物 |
| 357 | 2024-09-26 |
Transcriptomes and metabolism define mouse and human MAIT cell populations
2023-11-10, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.abn8531
PMID:37948512
|
研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序和代谢分析，定义了小鼠和人类黏膜相关不变T细胞（MAIT细胞）在不同器官中的群体，并比较了其转录组和代谢状态的差异 | 首次详细比较了小鼠和人类MAIT细胞在不同器官中的转录组和代谢状态，揭示了MAIT17和MAIT1细胞在代谢上的显著差异 | 研究主要集中在小鼠和人类的MAIT细胞，未涉及其他物种的MAIT细胞 | 研究小鼠和人类MAIT细胞在不同器官中的群体定义及其发育路径 | 小鼠和人类的黏膜相关不变T细胞（MAIT细胞） | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 小鼠和人类的多个器官样本 |
| 358 | 2024-09-26 |
Metabolic diversity of tumor-infiltrating T cells as target for anti-immune therapeutics
2023-Nov, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-023-03540-1
PMID:37733059
|
综述 | 本文讨论了肿瘤浸润性T细胞的代谢多样性及其在精准免疫治疗中的潜在应用 | 本文强调了T细胞代谢多样性在精准免疫治疗中的重要性，并探讨了代谢靶向药物的潜在应用 | NA | 探讨肿瘤浸润性T细胞的代谢多样性及其在癌症免疫治疗中的应用 | 肿瘤浸润性T细胞及其代谢状态 | 肿瘤学 | NA | 单细胞测序技术 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 359 | 2024-09-26 |
c-JUN is a barrier in hESC to cardiomyocyte transition
2023-11, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202302121
PMID:37604584
|
研究论文 | 研究c-JUN在人类胚胎干细胞向心肌细胞转化中的作用 | 首次揭示c-JUN缺失促进心肌细胞生成，并通过调节H3K4me3修饰和染色质可及性影响心肌细胞命运 | NA | 探讨c-JUN在人类心肌细胞发育中的调控作用 | 人类胚胎干细胞和心肌细胞 | NA | NA | ATAC-seq, ChIP-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据, 染色质可及性数据 | NA |
| 360 | 2024-09-26 |
Role of single-cell ferroptosis regulation in intercellular communication and skin cutaneous melanoma progression and immunotherapy
2023-Nov, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-023-03504-5
PMID:37638981
|
研究论文 | 研究了铁死亡在皮肤黑色素瘤中的作用及其对肿瘤微环境的影响 | 首次使用非负矩阵分解方法分析铁死亡相关肿瘤微环境细胞簇，揭示了细胞间通信对肿瘤发展和免疫治疗的重要性 | 研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能存在数据偏差 | 探讨铁死亡在皮肤黑色素瘤中的作用及其对肿瘤微环境和免疫治疗的影响 | 皮肤黑色素瘤患者的肿瘤微环境细胞簇 | 数字病理学 | 皮肤黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | 非负矩阵分解 | RNA | 多个皮肤黑色素瘤患者的样本 |