单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
341	2025-02-07	T-BET and EOMES sustain mature human NK cell identity and antitumor function 2023-07-03, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI162530 PMID:37279078	研究论文	本文研究了T-BET和EOMES在成熟人类NK细胞身份和抗肿瘤功能中的持续作用	揭示了T-BET和EOMES在维持成熟NK细胞表型和抑制替代ILC谱系中的意外作用	研究仅限于人类NK细胞，未涉及其他物种或细胞类型	探讨T-BET和EOMES在成熟NK细胞稳态、功能和分子编程中的持续需求	未扩增的原代人类NK细胞	免疫学	NA	CRISPR/Cas9, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未扩增的原代人类NK细胞
342	2025-02-06	Identifying proteomic risk factors for overall, aggressive and early onset prostate cancer using Mendelian randomization and tumor spatial transcriptomics 2023-Sep-22, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2023.09.21.23295864 PMID:37790472	研究论文	本研究利用孟德尔随机化和肿瘤空间转录组学方法，识别与前列腺癌总体、侵袭性和早发性风险相关的蛋白质组学风险因素	首次结合孟德尔随机化和空间转录组学方法，识别出与前列腺癌风险相关的20种蛋白质，其中多数为新发现并得到验证	研究主要基于欧洲和非洲血统的GWAS数据，可能限制了结果的普适性	揭示循环蛋白质在前列腺癌风险中的作用，识别新的癌症预防靶点	前列腺癌患者，特别是侵袭性和早发性前列腺癌患者	数字病理学	前列腺癌	孟德尔随机化（MR）、空间转录组学	NA	蛋白质组数据、转录组数据	基于两个独立的癌症GWAS数据集，分别来自欧洲和非洲血统
343	2025-02-06	MARVEL: an integrated alternative splicing analysis platform for single-cell RNA sequencing data 2023-03-21, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkac1260 PMID:36631981	研究论文	本文介绍了一个名为MARVEL的综合R包，用于单细胞RNA测序数据的剪接分析	MARVEL是首个适用于板式和液滴式方法生成的RNA测序数据的单细胞剪接分析工具，填补了该领域计算工具的空白	NA	开发一个综合工具来分析单细胞RNA测序数据中的剪接动态	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	RNA测序	NA	RNA测序数据	多个公开数据集中的多种细胞类型
344	2025-02-06	Targeting Epsins to Inhibit Fibroblast Growth Factor Signaling While Potentiating Transforming Growth Factor-β Signaling Constrains Endothelial-to-Mesenchymal Transition in Atherosclerosis 2023-02-21, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.122.063075 PMID:36591786	研究论文	本研究探讨了epsin内吞适配蛋白在动脉粥样硬化中促进内皮-间质转化（EndoMT）的分子机制，并评估了一种治疗性肽在动脉粥样硬化临床前模型中的疗效	揭示了epsin通过增加转化生长因子-β信号传导促进动脉粥样硬化中的EndoMT，并提出了一种通过减少epsin-成纤维细胞生长因子受体-1相互作用来抑制EndoMT的新型治疗策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨epsin在动脉粥样硬化中促进EndoMT的分子机制，并评估治疗性肽的疗效	Apoe-/-小鼠模型和动脉粥样硬化小鼠模型	分子生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序、分子、细胞和生化分析	NA	RNA测序数据、分子和细胞数据	Apoe-/-小鼠模型和动脉粥样硬化小鼠模型
345	2025-02-06	Spatial transcriptomic characterization of COVID-19 pneumonitis identifies immune circuits related to tissue injury 2023-Jan-24, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.157837 PMID:36472908	研究论文	本研究利用空间转录组学方法，描述了COVID-19肺炎中不同组织损伤区域的细胞、通路和基因，揭示了免疫细胞信号回路与组织损伤的关系	首次使用空间转录组学方法在COVID-19肺炎中识别出与组织损伤相关的免疫细胞信号回路，并验证了这些发现在其他患者队列中的普遍性	样本量较小，仅包括3名患者的肺组织样本，可能存在一定的异质性	研究COVID-19肺炎中免疫细胞与基质细胞之间的复杂相互作用，揭示组织损伤的免疫机制	COVID-19患者的肺组织样本	数字病理学	COVID-19	空间转录组学	NA	基因表达数据	3名患者的46个感兴趣区域，覆盖超过62,000个细胞
346	2025-02-06	Epsin Nanotherapy Regulates Cholesterol Transport to Fortify Atheroma Regression 2023-01-06, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.122.321723 PMID:36444722	研究论文	本研究探讨了Epsins在巨噬细胞介导的代谢调节中的作用，并开发了一种创新的纳米疗法，通过靶向巨噬细胞Epsins来治疗动脉粥样硬化	开发了一种新型的S2P共轭脂质纳米颗粒，用于封装小干扰RNA以抑制Epsins，并揭示了Epsins通过结合CD36促进脂质摄取和通过溶酶体促进ABCG1降解的机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	研究Epsins在巨噬细胞介导的代谢调节中的作用，并开发针对Epsins的纳米疗法以治疗动脉粥样硬化	巨噬细胞和动脉粥样硬化斑块	生物医学	心血管疾病	单细胞RNA测序、MEBOCOST算法、纳米颗粒技术	LysM-DKO和LysM-DKO-ABCG1fl/+小鼠模型	RNA测序数据、生物医学数据	使用LysM-DKO和LysM-DKO-ABCG1fl/+小鼠模型进行研究
347	2025-02-06	Colorectal Cancer Metastases in the Liver Establish Immunosuppressive Spatial Networking between Tumor-Associated SPP1+ Macrophages and Fibroblasts 2023-01-04, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-22-2041 PMID:36239989	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间成像技术，揭示了结直肠癌肝转移肿瘤微环境中SPP1+巨噬细胞和成纤维细胞之间的免疫抑制性空间网络	首次详细描述了结直肠癌肝转移肿瘤微环境中SPP1+巨噬细胞和成纤维细胞之间的相互作用及其在免疫抑制中的作用	研究主要关注微卫星稳定的结直肠癌肝转移，可能不适用于其他类型的结直肠癌	研究结直肠癌肝转移肿瘤微环境的细胞变化及其对肿瘤生长的影响	结直肠癌肝转移患者的肿瘤组织、正常肝组织和外周血单核细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多重空间成像、细胞去卷积	NA	RNA测序数据、空间成像数据	一系列微卫星稳定的结直肠癌肝转移样本及其配对的正常肝组织和外周血单核细胞
348	2025-02-04	Post-ischemic inactivation of HIF prolyl hydroxylases in endothelium promotes maladaptive kidney repair by inducing glycolysis 2023-Oct-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.03.560700 PMID:37873349	研究论文	本文研究了缺血性急性肾损伤（AKI）后内皮细胞中氧感应脯氨酰羟化酶（PHD）的作用及其对肾脏修复的影响	发现了内皮细胞中PHD1、PHD2和PHD3的联合失活促进不良肾脏修复的机制，并提出了通过抑制MCT4来恢复适应性肾脏修复的治疗策略	研究主要基于小鼠模型，人类肾脏样本的研究仍需进一步验证	探讨缺血性急性肾损伤后内皮细胞中PHD酶的作用及其对肾脏修复的影响	小鼠和人类肾脏内皮细胞	生物医学	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型和人类肾脏样本
349	2025-02-02	Genetic control of the dynamic transcriptional response to immune stimuli and glucocorticoids at single-cell resolution 2023-06, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.276765.122 PMID:37442575	研究论文	本文使用单细胞RNA测序技术研究了96名非裔美国儿童外周血单核细胞对糖皮质激素的转录反应动态	提出了新的统计方法来计算基因表达变异性的均值独立度量，并基于对角线性判别分析开发了基因表达反应动态的新度量	研究样本仅限于非裔美国儿童，可能限制了结果的普适性	研究糖皮质激素对免疫刺激的转录反应的动态调控机制	96名非裔美国儿童的外周血单核细胞	基因组学	免疫相关疾病	单细胞RNA测序	对角线性判别分析	单细胞RNA测序数据	96名非裔美国儿童的外周血单核细胞
350	2025-02-01	Mapping the landscape of lineage-specific dynamic regulation of gene expression using single-cell transcriptomics and application to genetics of complex disease 2023-Dec-14, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2023.10.24.23297476 PMID:37961453	研究论文	本文利用单细胞转录组数据，开发了细胞类型特异性和细胞状态调整的基因表达遗传模型，以量化基因表达的遗传调控动态，并估计其细胞类型特异性	开发了细胞类型特异性和细胞状态调整的基因表达遗传模型，能够检测与精神分裂症相关的已知和新基因，并提供了从UK Biobank中1500多种表型的基因组资源	单细胞RNA测序数据稀疏性以及个体细胞类型内复杂的细胞状态表达模式	研究基因变异如何影响人类生物学和疾病中的生物过程	中脑神经元在从诱导多能干细胞特化过程中的基因表达	基因组学	精神分裂症	单细胞RNA测序	遗传模型	单细胞转录组数据	UK Biobank中1500多种表型
351	2025-02-01	Latent human herpesvirus 6 is reactivated in CAR T cells 2023-Nov, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06704-2 PMID:37938768	研究论文	本文通过大规模病毒基因组挖掘，研究了人类潜在病毒再激活的景观，并证明了HHV-6B可以在人类CD4 T细胞培养中被再激活	发现了HHV-6 '超级表达者'这一罕见细胞群体，并证实了其在接受细胞治疗的患者体内存在	研究主要基于实验室培养的细胞和临床数据，未涉及大规模临床试验	探讨细胞治疗产品中潜在病毒再激活的机制及其对临床的影响	人类CD4 T细胞和CAR T细胞	基因组学	癌症	单细胞测序	NA	基因组数据	研究级异体CAR T细胞和接受细胞治疗的患者
352	2025-02-01	Neoadjuvant chemotherapy plus nivolumab with or without ipilimumab in operable non-small cell lung cancer: the phase 2 platform NEOSTAR trial 2023-03, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-022-02189-0 PMID:36928818	研究论文	本研究探讨了在可手术的非小细胞肺癌（NSCLC）患者中，新辅助化疗联合纳武利尤单抗（Nivo）加或不加伊匹木单抗（Ipi）的疗效	首次在NEOSTAR试验中比较了Nivo+CT和Ipi+Nivo+CT两种新辅助治疗方案的主要病理反应（MPR）率，并发现Ipi+Nivo+CT组MPR率更高	样本量较小，且未对所有患者进行肿瘤EGFR/ALK改变的全面筛查	评估新辅助化疗联合免疫检查点抑制剂在可手术NSCLC患者中的疗效和安全性	可手术的非小细胞肺癌（NSCLC）患者	肿瘤学	肺癌	单细胞测序和多平台免疫分析	NA	临床数据	44名患者（Nivo+CT组22名，Ipi+Nivo+CT组22名）
353	2025-01-30	Generation of renal tubular organoids from adult SOX9+ kidney progenitor cells 2023-Dec, Life medicine DOI:10.1093/lifemedi/lnad047 PMID:39872058	研究论文	本文研究了从成年SOX9+肾脏祖细胞生成肾小管类器官的能力	首次研究了SOX9阳性肾脏祖细胞自主生成肾脏类器官的能力，并发现其具有更强的肾小管分化潜力	SOX9肾脏祖细胞未能分化为肾小球细胞	研究SOX9阳性肾脏祖细胞的分化潜力及其在生成肾小管类器官中的应用	小鼠和人类的SOX9肾脏祖细胞	生物医学	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠和人类的SOX9肾脏祖细胞
354	2025-01-30	Modeling maternal cholesterol exposure reveals a reduction of neural progenitor proliferation using human cerebral organoids 2023-Apr, Life medicine DOI:10.1093/lifemedi/lnac034 PMID:39872117	研究论文	本文通过构建胆固醇暴露模型，利用人类多能干细胞衍生的脑类器官，揭示了母体高胆固醇暴露可能导致后代神经发育障碍的机制	首次使用人类多能干细胞衍生的脑类器官构建胆固醇暴露模型，揭示了高胆固醇对神经祖细胞增殖的抑制作用及其与自闭症谱系障碍（ASD）的潜在关联	研究主要基于体外模型，未涉及动物或人体实验，可能无法完全反映体内复杂环境	探讨母体高胆固醇暴露对后代神经发育的影响及其机制	人类多能干细胞衍生的脑类器官	神经发育生物学	自闭症谱系障碍（ASD）	单细胞测序	脑类器官模型	基因表达数据	NA
355	2025-01-30	Generation of blastoids from human parthenogenetic stem cells 2023-Feb, Life medicine DOI:10.1093/lifemedi/lnad006 PMID:39872951	研究论文	本文通过两步诱导协议从人类孤雌生殖干细胞生成孤雌生殖胚泡，以研究基因组印记在胚胎发育中的作用	首次从孤雌生殖干细胞生成孤雌生殖胚泡，为研究基因组印记提供了新模型	由于发育缺陷和伦理限制，对孤雌生殖胚胎发育的全面理解仍不足	研究基因组印记在胚胎发育中的作用及父母起源偏差对人类发育和病理机制的影响	孤雌生殖干细胞（hPg-ESCs）及其衍生的扩展多能干细胞（hPg-EPSCs）	生物医学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
356	2024-08-07	The role of T cells and shared genes in psoriasis and inflammatory bowel disease based on single-cell RNA and comprehensive analysis 2023-11, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2023.152754 PMID:37806279	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和综合分析，探讨了银屑病和炎症性肠病中T细胞和共享基因的作用	本文通过单细胞RNA分析和免疫浸润分析，发现了在疾病中显著升高的CD4 T和γδ T细胞，并确定了具有优异诊断特性的共享基因	NA	研究银屑病和炎症性肠病中T细胞和共享基因的作用及其在疾病机制中的重要性	银屑病和炎症性肠病中的T细胞和共享基因	数字病理学	皮肤疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
357	2024-08-07	Single-cell transcriptional gene signature analysis identifies IL-17 signaling pathway as the key pathway in sepsis 2023-11, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2023.152763 PMID:38039751	研究论文	本研究通过单细胞转录组基因特征分析，识别出IL-17信号通路在脓毒症中的关键作用	首次通过单细胞转录组分析揭示了IL-17信号通路在脓毒症中的重要作用，并验证了该通路相关基因在脓毒症患者中的上调表达	研究仅基于公开数据库的数据，未进行实验验证	旨在识别与脓毒症临床严重程度和预后相关的关键通路，为脓毒症的诊断和治疗提供潜在的生物标志物和治疗靶点	健康对照人群和脓毒症患者的单细胞转录组数据	数字病理学	脓毒症	单细胞转录组测序	t-SNE和UMAP降维分析	转录组数据	使用了来自脓毒症数据库GSE167363、GSE100159和GSE133822的血液样本数据
358	2025-01-25	DNA replication in early mammalian embryos is patterned, predisposing lamina-associated regions to fragility 2023-Dec-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.25.573304 PMID:38234839	研究论文	本文通过单细胞测序技术揭示了哺乳动物早期胚胎中DNA复制的模式，发现晚期复制区域与核层相关联，并倾向于发生染色体断裂	首次揭示了哺乳动物早期胚胎中DNA复制的模式，并发现晚期复制区域与染色体断裂的关联	研究主要基于牛和小鼠胚胎，未涉及其他哺乳动物或人类胚胎	研究哺乳动物早期胚胎中DNA复制的模式及其对基因组稳定性的影响	牛和小鼠的早期胚胎	基因组学	NA	单细胞测序	NA	基因组数据	牛和小鼠的早期胚胎样本
359	2025-01-25	Mural cell-derived chemokines provide a protective niche to safeguard vascular macrophages and limit chronic inflammation 2023-10-10, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2023.08.002 PMID:37652021	研究论文	本文研究了血管巨噬细胞维持机制，揭示了壁细胞通过分泌趋化因子CCL2和MIF保护巨噬细胞存活及其稳态功能，从而限制慢性炎症	发现了壁细胞通过分泌趋化因子CCL2和MIF维持血管巨噬细胞的稳态功能，并揭示了这一机制在动脉粥样硬化中的保护作用	研究主要关注动脉粥样硬化，未涉及其他慢性炎症疾病	研究血管巨噬细胞的维持机制及其在慢性炎症中的作用	血管巨噬细胞和壁细胞（周细胞和平滑肌细胞）	生物医学	动脉粥样硬化	单细胞转录组学、共培养实验、基因敲除实验	NA	图像、基因表达数据	NA
360	2025-01-25	Endothelial CCRL2 induced by disturbed flow promotes atherosclerosis via chemerin-dependent β2 integrin activation in monocytes 2023-08-07, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvad085 PMID:37279540	研究论文	本文研究了内皮CCRL2在动脉粥样硬化中的作用及其通过chemerin依赖的β2整合素激活机制	揭示了CCRL2-chemerin-β2整合素轴在动脉粥样硬化中的新机制	研究主要基于小鼠模型，临床相关性需进一步验证	探讨CCRL2及其配体chemerin在动脉粥样硬化中的作用及其机制	内皮细胞、单核细胞、ApoE-/-小鼠	生物医学	心血管疾病	scRNA-seq、Di-E-GSSG测定、邻近连接测定	小鼠模型	基因表达数据、血清数据	ApoE-/-小鼠、急性动脉粥样硬化性卒中患者和健康个体的血清样本