单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3481	2024-08-07	IL-15 promotes self-renewal of progenitor exhausted CD8 T cells during persistent antigenic stimulation 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1117092 PMID:37409128	研究论文	本文研究了IL-15在持续抗原刺激下促进前体耗竭CD8 T细胞自我更新的机制	首次揭示了IL-15在慢性感染和癌症中促进前体耗竭CD8 T细胞自我更新的作用	NA	探讨IL-15在维持抗原特异性CD8 T细胞池中的作用及其作为免疫干预治疗靶点的潜力	耗竭的CD8 T细胞及其在慢性感染和癌症中的亚群	免疫学	癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠和肾细胞癌患者的肿瘤浸润淋巴细胞
3482	2024-08-05	Single-cell RNA-seq reveals actinic keratosis-specific keratinocyte subgroups and their crosstalk with secretory-papillary fibroblasts 2023-Nov, Journal of the European Academy of Dermatology and Venereology : JEADV IF:8.4Q1 DOI:10.1111/jdv.19289 PMID:37357444	研究论文	这项研究探讨了与日光角化症相关的角质形成细胞亚群及其与分泌性乳头状成纤维细胞之间的相互作用。	研究揭示了特定于日光角化症的角质形成细胞簇以及其功能，特别是IL1R2+WFDC2+聚类在AK发展中的重要性。	研究未详细探讨不同细胞间相互作用的全部机制和其他可能的信号通路。	研究的目的是调查角质形成细胞的异质性及其在日光角化症发展中的作用。	研究对象为日光角化症组织和其邻近正常皮肤中的角质形成细胞和成纤维细胞簇。	数字病理	日光角化症	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	细胞数据	13个角质形成细胞亚群
3483	2024-08-07	Advanced Progression for the Heterogeneity and Homeostasis of Intestinal Stem Cells 2023-Oct, Stem cell reviews and reports IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s12015-023-10578-2 PMID:37351833	综述	本文综述了肠道干细胞（ISCs）的异质性和稳态的最新进展，利用类器官和单细胞RNA测序技术阐明了细胞异质性	通过类器官和单细胞RNA测序技术，揭示了ISCs的异质性和稳态的关键因素，并识别了几种潜在的ISCs类型	ISCs在肠道肿瘤发生、化疗抵抗和结肠癌偶尔复发中的复杂作用仍有待进一步讨论	旨在阐明ISCs的复杂性，揭示肠道隐窝微环境的整合，并为治疗开发创造新机会	肠道干细胞的异质性和稳态	NA	结肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
3484	2024-08-07	Identification and validation of cancer-associated fibroblast-related subtypes and the prognosis model of biochemical recurrence in prostate cancer based on single-cell and bulk RNA sequencing 2023-Oct, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05011-7 PMID:37369799	研究论文	本研究通过单细胞和批量RNA测序技术，识别和验证了与癌症相关成纤维细胞（CAFs）相关的亚型，并开发了前列腺癌生化复发（BCR）相关的CAF预测模型。	本研究首次通过非负矩阵分解（NMF）聚类方法，基于CAF相关基因揭示了肿瘤微环境（TME）的免疫特征差异，并建立了BCR相关的CAF签名，用于准确预测前列腺癌患者的预后和免疫治疗反应。	NA	研究前列腺癌中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的特征，并开发预测前列腺癌患者生化复发（BCR）的CAF签名。	前列腺癌患者的癌症相关成纤维细胞（CAFs）及其在生化复发（BCR）中的作用。	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序	非负矩阵分解（NMF）	RNA序列数据	来自TCGA和GEO数据库的批量RNA-seq数据，以及从GEO数据库下载的单细胞RNA测序数据
3485	2024-08-05	Nav1.7 is essential for nociceptor action potentials in the mouse in a manner independent of endogenous opioids 2023-09-06, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2023.05.024 PMID:37352856	研究论文	该研究揭示了Nav1.7在小鼠痛觉感知中的重要性及其与内源性阿片类物质无关的机制	本研究首次确定Nav1.7在C纤维动作电位的发起中是必要的，并且阐明了其与内源性阿片不相关的机制	本研究主要在小鼠模型中进行，未必能完全反映人类的病理机制	探讨Nav1.7缺失导致疼痛不敏感的机制	小鼠的感觉神经元及其动作电位	神经科学	疼痛相关疾病	单细胞 RNA 测序、激光散斑对比成像 (LSCI)、体内电生理学	NA	行为数据、基因表达数据、神经电生理数据	在研究中涉及小鼠和特定类型的感觉神经元
3486	2024-08-05	scASGC: An adaptive simplified graph convolution model for clustering single-cell RNA-seq data 2023-09, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107152 PMID:37364529	研究论文	本文介绍了一种基于自适应简化图卷积模型的无监督聚类方法 scASGC，用于聚类单细胞RNA测序数据	提出了一个自适应的简化图卷积模型，用于构建细胞图并聚合邻域信息，能够自适应地确定最优的卷积层数	未提及具体的限制	研究旨在改善单细胞RNA测序数据中细胞亚群体的聚类性能	聚类分析包含12个公共数据集和一个包含15,983个细胞的小鼠肠道肌肉样本	计算机视觉	NA	RNA-seq	图卷积网络	数据集包含多个单细胞RNA测序数据	在12个公共数据集进行实验，分析小鼠肠道肌肉包含15,983个细胞
3487	2024-08-05	San Huang Xiao Yan recipe modulates the HMGB1-mediated abnormal inflammatory microenvironment and ameliorates diabetic foot by activating the AMPK/Nrf2 signalling pathway 2023-Sep, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2023.154931 PMID:37364421	研究论文	该研究探讨了三黄消炎方对糖尿病足的抗炎作用及其分子机制	研究首次揭示了三黄消炎方通过激活AMPK/Nrf2信号通路抑制HMGB1表达来治疗糖尿病足的机制	本研究主要集中在动物模型及细胞培养实验，缺乏临床试验数据支持	本研究的目的是揭示三黄消炎方在糖尿病足治疗中的作用机制	研究对象包括C57小鼠和SD大鼠的糖尿病足模型	数字病理学	糖尿病足	ELISA, HPLC, 单细胞测序, Western blot	NA	动物模型数据, 细胞培养数据	C57小鼠和SD大鼠糖尿病足模型
3488	2024-08-05	Integrating multi-modal information to detect spatial domains of spatial transcriptomics by graph attention network 2023-09, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao DOI:10.1016/j.jgg.2023.06.005 PMID:37356752	研究论文	本文提出了一种名为SpaDAC的方法，通过图注意力网络整合多模态信息以检测空间转录组学的空间领域	创新点在于提出了SpaDAC方法，能够高效利用多模态信息以识别空间领域并重构去噪的基因表达谱	目前存在的方法在高效利用空间信息和匹配高分辨率组织学图像方面存在局限性	研究旨在充分利用空间转录组学数据中的多模态信息	研究对象为空间转录组学数据及其相关的多模态信息	数字病理学	NA	空间转录组学	图注意力网络	基因表达谱、空间位置、组织学图像	多个近期的空间转录组学数据集
3489	2024-08-05	A novel cryopreservation and biobanking strategy to study lymphoid tissue stromal cells in human disease 2023-09, European journal of immunology IF:4.5Q2 DOI:10.1002/eji.202250362 PMID:37366295	研究论文	本文介绍了一种新型的冷冻保存和生物库策略，用于研究人类疾病中的淋巴组织间质细胞	提出了利用冷冻保存技术来保存淋巴组织以便研究淋巴细胞间质细胞，具有广泛适用性	对于冷冻保存后的细胞功能和特性尚需进一步研究	研究淋巴组织间质细胞在各种人类疾病中的作用	人类扁 tonsils 和淋巴结中的非造血细胞	数字病理学	自体免疫疾病、异体免疫、淋巴增生性疾病	冷冻保存	NA	淋巴组织样本	包括人类扁 tonsils 和淋巴结的样本
3490	2024-08-05	Single-cell and spatial transcriptomics reveal 5-methylcytosine RNA methylation regulators immunologically reprograms tumor microenvironment characterizations, immunotherapy response and precision treatment of clear cell renal cell carcinoma 2023-Sep, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2023.101726 PMID:37379773	研究论文	本研究探讨了5-甲基胞苷(m5C) RNA修饰在透明细胞肾细胞癌(ccRCC)中的作用及其对治疗反应和总生存期的潜在预测价值	建立了一种新的5-甲基胞苷RNA修饰相关基因指数(M5CRMRGI)，并发现其是多个数据集中的独立生存期预测因子	研究主要集中在ccRCC，没有广泛验证在其他癌症中的应用	探索m5C RNA修饰在透明细胞肾细胞癌中的作用及其作为治疗反应和生存期的预测因子	透明细胞肾细胞癌(ccRCC)患者的RNA修饰和肿瘤微环境	数字病理	透明细胞肾细胞癌	单细胞测序和空间测序	NA	基因表达数据	多个数据集中的患者样本
3491	2024-08-07	Identification of Andrographolide as a novel FABP4 inhibitor for osteoarthritis treatment 2023-Sep, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2023.154939 PMID:37354697	研究论文	本研究通过分析OA患者的scRNA-seq数据和进行分子对接分析，鉴定了Andrographolide作为新型FABP4抑制剂，并评估了其在OA治疗中的潜在作用	首次鉴定Andrographolide为新型FABP4抑制剂，并通过实验验证其在OA治疗中的保护作用	NA	探索Andrographolide作为FABP4抑制剂在OA治疗中的效果	OA患者的关节组织和MIA诱导的OA大鼠模型	数字病理学	骨关节炎	scRNA-seq, 分子对接, 荧光位移分析, FAOBlue分析, H2DCF-DA	NA	RNA序列数据, 蛋白质印迹分析	涉及OA患者的scRNA-seq数据和MIA诱导的OA大鼠模型
3492	2024-08-07	Reprogramming of cancer-associated fibroblasts combined with immune checkpoint inhibitors: A potential therapeutic strategy for cancers 2023-09, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer DOI:10.1016/j.bbcan.2023.188945 PMID:37356739	研究论文	本文探讨了通过重编程癌症相关成纤维细胞（CAFs）结合免疫检查点抑制剂作为潜在的癌症治疗策略	利用scRNA-seq技术区分CAFs的复杂来源，并通过重编程CAFs和免疫检查点抑制剂的联合治疗，显示出比单一疗法更好的效果	需要更多临床试验数据来验证联合治疗的效果	探索癌症治疗的新策略	癌症相关成纤维细胞（CAFs）及其在肿瘤发展中的作用	NA	癌症	scRNA-seq	NA	细胞	未具体说明
3493	2024-08-07	Deciphering ligand-receptor-mediated intercellular communication based on ensemble deep learning and the joint scoring strategy from single-cell transcriptomic data 2023-09, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107137 PMID:37364528	研究论文	本研究开发了一种基于集成深度学习和联合评分策略的CellComNet框架，用于从单细胞转录组数据中解析配体-受体介导的细胞间通信	提出了一种新的集成深度学习框架CellComNet，结合数据整合、特征提取、降维和LRI分类，以及联合评分策略，提高了细胞间通信推断的性能	NA	旨在通过解析配体-受体介导的细胞间通信，理解肿瘤生长、进展和转移的分子机制	配体-受体共表达和单细胞转录组数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	集成深度学习框架	转录组数据	涉及人类黑色素瘤和头颈鳞状细胞癌（HNSCC）组织
3494	2024-08-05	Spatially resolved transcriptomic analysis of the germinating barley grain 2023-08-25, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkad521 PMID:37351575	研究论文	本研究开发了一种空间转录组学工作流程，以分析发芽大麦种子的基因表达	开发了一种空间转录组学方法，以高通量分析种子发芽过程中的空间基因表达	缺乏对各个种子细胞类型的空间信息	探讨大麦发芽过程中基因表达的空间特征	发芽过程中的大麦种子	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	超过14,000个基因
3495	2024-08-07	Impact of delayed PBMC processing on functional and genomic assays 2023-08, Journal of immunological methods IF:1.6Q4 DOI:10.1016/j.jim.2023.113514 PMID:37353001	研究论文	本研究探讨了外周血单个核细胞（PBMCs）处理延迟对其功能和基因组分析的影响	首次系统评估了PBMC处理延迟对下游分析（如流式细胞术、单细胞RNA测序和ELISpot分析）的影响	研究仅限于健康成人样本，未涵盖疾病状态下的PBMC处理延迟影响	评估PBMC处理延迟对下游分析结果的影响，以指导临床试验设计	来自20名健康成人的外周血单个核细胞（PBMCs）	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、ELISpot分析	NA	基因表达数据	20名健康成人
3496	2024-08-07	STING regulates the transformation of the proinflammatory macrophage phenotype by HIF1A into autoimmune myocarditis 2023-Aug, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2023.110523 PMID:37354779	研究论文	研究探讨了STING在自身免疫性心肌炎中的作用及其通过HIF1A调控促炎巨噬细胞表型的分子机制	首次揭示了STING通过HIF1A调控促炎巨噬细胞表型在自身免疫性心肌炎发病机制中的作用	NA	探究STING在自身免疫性心肌炎中的作用及其分子机制	BALB/c小鼠及人类自身免疫性心肌炎心脏样本中的巨噬细胞	NA	自身免疫性心肌炎	单细胞RNA测序分析	NA	RNA	六周龄雄性BALB/c小鼠及人类自身免疫性心肌炎心脏样本
3497	2024-08-07	Single-cell and bulk transcriptomics reveals M2d macrophages as a potential therapeutic strategy for mucosal healing in ulcerative colitis 2023-Aug, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2023.110509 PMID:37369160	研究论文	本文通过单细胞和批量转录组测序分析，揭示了M2d巨噬细胞在溃疡性结肠炎黏膜愈合中的潜在治疗作用	首次详细探讨了M2d巨噬细胞在溃疡性结肠炎黏膜愈合中的作用机制，并通过轨迹分析和CellChat分析揭示了M1和M2d巨噬细胞在UC和健康组中的分化差异	在利用M2d巨噬细胞作为治疗靶点之前，需要建立可靠的分离和纯化M2d巨噬细胞的方法	探讨不同巨噬细胞亚型在溃疡性结肠炎黏膜愈合中的作用	巨噬细胞亚型及其在溃疡性结肠炎中的作用	数字病理学	溃疡性结肠炎	单细胞和批量RNA测序	NA	转录组数据	未具体说明样本数量
3498	2024-08-05	Single-cell transcriptomics of NRAS-mutated melanoma transitioning to drug resistance reveals P2RX7 as an indicator of early drug response 2023-07-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112696 PMID:37379213	研究论文	该研究通过单细胞转录组测序揭示了NRAS突变黑色素瘤在药物耐药转变中的P2RX7作为早期药物反应的指标	本研究首次识别了P2RX7在NRAS突变黑色素瘤药物耐药中的重要角色，提供了新的治疗靶点	研究主要集中于单一类型的细胞和特定的药物组合，可能限制了对其他类型耐药机制的广泛应用	探究NRAS突变黑色素瘤在药物耐药过程中分子机制的变化	对NRAS突变黑色素瘤细胞在MEK1/2和CDK4/6抑制剂治疗下的转录变化进行研究	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	NA
3499	2024-08-07	Altered anti-viral immune responses in monocytes in overweight heavy drinkers 2023-Jul-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.107133 PMID:37361874	研究论文	研究探讨了超重和酗酒对单核细胞抗病毒免疫反应的影响	首次揭示了超重和酗酒对单核细胞抗病毒免疫反应的具体分子机制	研究仅限于特定的实验条件和样本类型，可能需要进一步的临床验证	探究超重和酗酒对单核细胞抗病毒免疫反应的影响及其分子机制	超重和酗酒者的单核细胞	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	包括超重和非超重的酗酒者及健康对照者的外周血单核细胞
3500	2024-08-07	Correlated Protein Modules Revealing Functional Coordination of Interacting Proteins Are Detected by Single-Cell Proteomics 2023-07-13, The journal of physical chemistry. B DOI:10.1021/acs.jpcb.3c00014 PMID:37368753	研究论文	本文利用单细胞蛋白质组学技术，在单个哺乳动物细胞中测量了一对蛋白质翻译水平的相互关系，并发现了多个相关蛋白质模块（CPMs），这些模块包含一组高度正相关的功能相互作用的蛋白质，共同参与特定的生物功能	本文首次利用单细胞蛋白质组学技术在稳态条件下测量蛋白质之间的相关性，揭示了蛋白质功能的内在协调性，相比于单细胞转录组学，提供了更直接的功能相关性	NA	探索单细胞蛋白质组学在揭示蛋白质功能协调性方面的应用	单个哺乳动物细胞中的蛋白质相关性	蛋白质组学	NA	单细胞蛋白质组学	NA	蛋白质数据	约1000种蛋白质在均质的K562细胞群体中