单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3401	2024-08-07	Characterization of tumor-associated reactive astrocytes in gliomas by single-cell and bulk tumor sequencing 2023, Frontiers in neurology IF:2.7Q3 DOI:10.3389/fneur.2023.1193844 PMID:37416308	研究论文	本文通过单细胞和整体肿瘤测序技术，全面评估了胶质瘤中的肿瘤相关反应性星形细胞（TARAs），并分析了其在胶质瘤中的作用和潜在的临床应用	首次系统地研究了TARAs在胶质瘤中的浸润水平及其与临床和分子特征的关联，并探讨了其在免疫治疗中的预测价值	NA	探讨肿瘤相关反应性星形细胞（TARAs）在胶质瘤中的作用及其临床意义	胶质瘤中的肿瘤相关反应性星形细胞（TARAs）	数字病理学	脑瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	35,563个细胞来自23名患者，1,379个弥漫性星形细胞瘤和胶质母细胞瘤样本
3402	2024-08-07	Integrated analysis of single-cell and Bulk RNA sequencing reveals a malignancy-related signature in lung adenocarcinoma 2023, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2023.1198746 PMID:37427142	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，揭示了肺腺癌中与恶性相关的特征	识别了一种新的与恶性相关的特征，用于预测肺腺癌患者的预后，并强调了这一特征作为肺腺癌患者预后和治疗标记的潜力	NA	建立基于恶性相关风险评分（MRRS）的肺腺癌预后模型	肺腺癌（LUAD）	数字病理学	肺腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	随机生存森林分析	RNA测序数据	使用了来自Tumor Immune Single Cell Hub数据库的单细胞RNA测序数据和来自The Cancer Genome Atlas数据库的RNA-seq数据，以及GSE68465和GSE72094数据集进行验证
3403	2024-08-07	Accumulation of plasmacytoid dendritic cell is associated with a treatment response to DNA-damaging treatment and favorable prognosis in lung adenocarcinoma 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1154881 PMID:37435086	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和免疫荧光及免疫组织化学染色方法，探讨了吸烟与非吸烟者肺腺癌肿瘤微环境中的免疫细胞组成差异，并验证了相关生物标志物的临床意义。	首次揭示了吸烟者肺腺癌肿瘤微环境中浆细胞样树突状细胞（pDCs）的积累与DNA损伤治疗反应及良好预后之间的关联。	NA	研究吸烟状态对肺腺癌肿瘤微环境的影响，并探讨pDCs在免疫检查点抑制剂治疗反应中的作用。	吸烟与非吸烟者的肺腺癌组织及其邻近正常肺组织。	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序，免疫荧光，免疫组织化学染色	NA	组织	来自吸烟与非吸烟者的肺腺癌组织及邻近正常肺组织样本
3404	2024-08-07	Single-Cell Transcriptomic Profiling of Müller Glia in the rd10 Retina 2023, Advances in experimental medicine and biology DOI:10.1007/978-3-031-27681-1_55 PMID:37440060	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，分析了rd10视网膜模型中穆勒胶质细胞对杆状细胞退化的反应。	发现了Pde6b穆勒胶质细胞中组织相容性复合体成员的表达增加，这可能是穆勒胶质细胞在视网膜色素变性中的一种新型免疫功能。	NA	探讨穆勒胶质细胞在视网膜色素变性中的反应及其潜在机制。	穆勒胶质细胞在rd10视网膜模型中的转录组变化。	数字病理学	视网膜色素变性	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
3405	2024-08-05	scFED: Clustering Identifying Cell Types of scRNA-Seq Data Based on Feature Engineering Denoising 2023-Dec, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-023-00574-y PMID:37402002	研究论文	本文介绍了scFED，一种基于特征工程的基因选择框架，用于消除单细胞RNA-seq数据的噪声波动	scFED通过工程化的基因选择框架，提高了单细胞聚类和分类的效果	计算负担重且高表达基因可能无法提供稳定和预测的特征集	研究单细胞RNA-seq数据的特征选择，以改善聚类和细胞类型识别	应用scFED方法在四个真实的单细胞数据集上进行分析	数字病理学	NA	NA	NA	单细胞RNA-seq数据	四个真实的单细胞数据集
3406	2024-08-07	Discovery and Validation of Novel Genes in a Large Chinese Autism Spectrum Disorder Cohort 2023-11-15, Biological psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1016/j.biopsych.2023.06.025 PMID:37393044	研究论文	本文通过对中国大规模自闭症谱系障碍（ASD）群体进行全外显子测序和单细胞RNA测序，发现并验证了新的ASD候选基因	本文首次在东亚人群中进行大规模ASD遗传分析，并发现了9个未在当前ASD基因数据库中的新候选基因	研究主要集中在中国ASD群体，未来需要更多不同种族背景的ASD群体进行验证	旨在发现和验证中国ASD群体中的新基因，并探讨不同种族背景下的ASD遗传结构	中国ASD群体及其遗传变异	遗传学	自闭症谱系障碍	全外显子测序，单细胞RNA测序	NA	基因数据	1141个中国ASD三联体样本
3407	2024-08-07	SKIL/SnoN attenuates TGF-β1/SMAD signaling-dependent collagen synthesis in hepatic fibrosis 2023-Nov-03, Biomolecules & biomedicine DOI:10.17305/bb.2023.9000 PMID:37389959	研究论文	本研究探讨了SKIL/SnoN在肝纤维化中的作用及其对TGF-β1/SMAD信号通路的调控	首次综合运用bulk RNA测序和单细胞RNA测序分析肝纤维化患者样本，验证了SKIL/SnoN在肝纤维化中的作用	研究主要基于动物模型和细胞系，需要进一步的人体临床研究验证	评估SnoN在肝纤维化中的作用及其对TGF-β1信号通路的调控	肝星状细胞（HSC）和肝纤维化	NA	肝纤维化	RNA测序, 免疫组织化学, 免疫荧光, PCR, 蛋白质印迹	NA	RNA	包括肝纤维化患者样本和转染的HSC-T6及LX-2细胞系的大鼠肝样本
3408	2024-08-07	Cancer-associated fibroblasts contribute to the immunosuppressive landscape and influence the efficacy of the combination therapy of PD-1 inhibitors and antiangiogenic agents in hepatocellular carcinoma 2023-Nov-01, Cancer IF:6.1Q1 DOI:10.1002/cncr.34935 PMID:37395148	研究论文	本研究探讨了癌症相关成纤维细胞（CAFs）在肝细胞癌（HCC）肿瘤微环境中的作用及其对PD-1抑制剂和抗血管生成药物联合治疗效果的影响	研究揭示了CAFs丰度对HCC患者预后和治疗反应的影响，并证实了PD-1抑制剂和抗血管生成药物联合治疗在CAFs高丰度患者中的潜在价值	NA	研究CAFs在HCC肿瘤微环境中的作用及其对特定治疗方案疗效的影响	肝细胞癌患者及其肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	基于39个与CAFs相关的基因对HCC患者的单细胞RNA测序数据进行无监督聚类，将患者分为CAFs低丰度群和高丰度群
3409	2024-08-07	mTORC2 acts as a gatekeeper for mTORC1 deficiency-mediated impairments in ILC3 development 2023-Nov, Acta pharmacologica Sinica IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41401-023-01120-8 PMID:37407703	研究论文	本研究探讨了mTORC1在ILC3发育中的关键作用及其与mTORC2的相互作用	首次揭示了mTORC1缺乏通过mTORC2介导的机制影响ILC3发育和肠道稳态	研究主要集中在小鼠模型上，可能需要进一步的人体研究来验证结果	探究mTORC1和mTORC2在ILC3发育和肠道免疫中的作用	先天性淋巴细胞3组（ILC3s）及其在肠道免疫和屏障功能中的作用	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型
3410	2024-08-05	TALKIEN: crossTALK IntEraction Network. A web-based tool for deciphering molecular communication through ligand-receptor interactions 2023-Oct-30, Molecular omics IF:3.0Q3 DOI:10.1039/d3mo00049d PMID:37403821	研究论文	TALKIEN是一个用于通过配体-受体相互作用解析分子通信的在线工具	提供了一种简单直观的在线应用程序来可视化分子交互信息，并构建和分析蛋白质-蛋白质相互作用网络	具体的单细胞序列或空间转录组数据解析能力仍然未详细讨论	研究不同细胞类型之间的分子交流及其在癌症研究中的重要性	输入基因或蛋白质列表，以代表不同的细胞谱系	数字病理学	癌症	系统生物学技术	NA	基因或蛋白质列表	NA
3411	2024-08-05	Spatial regulation of plant hormone action 2023-10-13, Journal of experimental botany IF:5.6Q1 DOI:10.1093/jxb/erad244 PMID:37401809	研究论文	本文综述了植物激素作用的空间调控机制	探讨了植物激素传感器技术的新发展，提供了前所未有的空间域分辨率	NA	研究植物激素在不同植物部分的空间特异性作用及其调控机制	植物激素及其对植物生长和发育的影响	NA	NA	FRET和单细胞RNA-seq	NA	NA	NA
3412	2024-08-05	Clonal dynamics and copy number variants by single-cell analysis in leukemic evolution of myeloproliferative neoplasms 2023-10, American journal of hematology IF:10.1Q1 DOI:10.1002/ajh.27013 PMID:37399248	研究论文	本研究通过单细胞分析揭示了骨髓增生性肿瘤（MPN）向急性转变的克隆动态和拷贝数变异	首次利用单细胞测序技术揭示了MPN在急性转变过程中的克隆轨迹和拷贝数变异	仅分析了10名患者的配对样本，样本量较小可能影响广泛适用性	探讨骨髓增生性肿瘤从慢性相向急性相转化的机制	研究对象为10名骨髓增生性肿瘤患者的慢性和急性配对样本	数字病理学	血液癌症	单细胞测序 (SCS)	NA	基因拷贝数数据	10名患者的慢性和急性配对样本
3413	2024-08-05	Heterogeneity of T cells in periapical lesions and in vitro validation of the proangiogenic effect of GZMA on HUVECs 2023-Oct, International endodontic journal IF:5.4Q1 DOI:10.1111/iej.13951 PMID:37400946	研究论文	本研究探讨了T细胞在慢性根尖周炎中的作用，并验证了GZMA对HUVECs的促血管生成效应	本研究提供了T细胞在根尖周病变中的异质性新见解，并揭示了GZMA在调节HUVECs血管生成中的潜在作用	样本数量有限，仅包括五个慢性根尖周炎病例	研究慢性根尖周炎中T细胞的作用及GZMA在血管生成中的调节机制	慢性根尖周炎患者的T细胞及其对HUVECs的影响	数字病理学	慢性根尖周炎	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	五个慢性根尖周炎病例的样本
3414	2024-08-05	Comprehensive analysis of mitochondrial dysfunction and necroptosis in intracranial aneurysms from the perspective of predictive, preventative, and personalized medicine 2023-10, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1 DOI:10.1007/s10495-023-01865-x PMID:37410216	研究论文	本研究探讨了线粒体功能障碍和程序性坏死在颅内动脉瘤中的作用	研究首次揭示了线粒体功能障碍和程序性坏死在颅内动脉瘤形成中的重要性，并确定了几个关键基因	研究的样本大小和来源可能影响结果的普适性	探索线粒体功能障碍和程序性坏死在颅内动脉瘤的预测、预防和个性化医学中的应用	75个颅内动脉瘤样本和37个对照样本的转录组数据	数字病理学	心血管疾病	scRNA-seq	机器学习	基因表达数据	75个颅内动脉瘤样本和37个对照样本
3415	2024-08-07	Single-Cell RNA Sequencing Provides New Insights into Therapeutic Roles of Thyroid Hormone in Idiopathic Pulmonary Fibrosis 2023-10, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2023-0080OC PMID:37402274	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了甲状腺激素3,5,3'-三碘甲状腺原氨酸（T）在特发性肺纤维化中的治疗作用及其对肺泡再生的影响	首次在单细胞水平上揭示了甲状腺激素T通过调节肺泡上皮细胞、巨噬细胞和成纤维细胞的状态和细胞间通讯，促进肺泡再生和减轻纤维化的机制	NA	探索甲状腺激素在特发性肺纤维化中的治疗作用及其对肺泡再生的影响	特发性肺纤维化中的甲状腺激素治疗作用	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用bleomycin处理的 mice 作为模型
3416	2024-08-07	Integrated single-cell RNA sequencing analysis reveals a mesenchymal stem cell-associated signature for estimating prognosis and drug sensitivity in gastric cancer 2023-Oct, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05058-6 PMID:37410142	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，识别与间充质干细胞相关的标志物，用于预测胃癌患者的预后和药物敏感性	开发了一种基于间充质干细胞标志基因的风险特征，不仅能预测胃癌患者的预后，还能反映抗肿瘤治疗的疗效	NA	识别间充质干细胞相关标志物在胃癌中的预后价值	胃癌患者的预后和药物敏感性	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	174个间充质干细胞标志基因，TCGA-STAD和GEO数据库中的数据
3417	2024-08-05	Identification of In-Droplet Multicellular Communities by Light-Induced Combinatorial DNA Barcoding 2023-Sep-21, Chemistry (Weinheim an der Bergstrasse, Germany) DOI:10.1002/chem.202301133 PMID:37404204	研究论文	提出了一种通过光诱导组合DNA条形码在微滴中识别多细胞群落的策略	首次使用DNA功能化微颗粒作为微滴内亚群体的标识符，解决了单细胞测序分析中缺乏有效分子标识符的问题	未提及具体的实验验证或在复杂细胞环境中的应用	开发一种新的方法来识别微滴中的多细胞群落	异质细胞池中的细胞-细胞相互作用	数字病理学	NA	DNA条形码	NA	单细胞RNA测序数据	NA
3418	2024-08-05	Deep learning applications in single-cell genomics and transcriptomics data analysis 2023-Sep, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie DOI:10.1016/j.biopha.2023.115077 PMID:37393865	研究论文	本文探讨了深度学习在单细胞基因组学和转录组学数据分析中的应用	提出深度学习方法作为传统机器学习算法的潜在替代，特别是在单细胞研究中，同时显示出在数据预处理和下游分析中的优越性	深度学习尚未彻底改变单细胞组学领域面临的最紧迫挑战	评估深度学习技术在单细胞组学中的应用效果及其面临的独特挑战	单细胞基因组学、转录组学、空间转录组学和多组学整合	计算机视觉	癌症	深度学习	NA	NA	NA
3419	2024-08-05	Multi-omics dissection of stage-specific artemisinin tolerance mechanisms in Kelch13-mutant Plasmodium falciparum 2023-09, Drug resistance updates : reviews and commentaries in antimicrobial and anticancer chemotherapy IF:15.8Q1 DOI:10.1016/j.drup.2023.100978 PMID:37385107	研究论文	本文研究了携带Kelch13 C580Y突变的Plasmodium falciparum对青蒿素的部分抗性机制	通过多组学策略，揭示了青蒿素部分抗性中的阶段特异性机制，提供了新的见解	研究可能主要集中在少数基因和蛋白，未涵盖所有潜在的抗性机制	探讨Plasmodium falciparum对青蒿素的部分抗性机制及其在不同发展阶段的表现	研究对象为具有Kelch13突变的Plasmodium falciparum及其对青蒿素的反应	数字病理学	疟疾	单细胞转录组学、无标记蛋白组学、脂质组学	NA	基因组数据、蛋白质组数据	包括多种阶段的Plasmodium falciparum样本，具体样本数量未明确说明
3420	2024-08-05	AT2 cell-derived IgA trapped by the extracellular matrix in silica-induced pulmonary fibrosis 2023-Sep, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2023.110545 PMID:37390644	研究论文	该研究发现肺上皮细胞通过分泌IgA促进硅引起的肺纤维化	首次证明AT2细胞参与IgA的分泌，并且IgA的分泌通过细胞外基质被捕获，进一步加重肺纤维化	研究主要集中在小鼠模型中，尚未在人体样本中得出明确的结果	探讨肺上皮细胞的IgA分泌与硅诱导的肺纤维化之间的关系	研究对象为硅处理的小鼠及其肺部组织	数字病理学	肺纤维化	空间转录组学和单细胞测序	NA	组织样本	纳入了硅处理的小鼠样本，具体样本数量未提及