单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5353 篇文献，本页显示第 3381 - 3400 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3381 | 2024-08-05 |
Integrating the characteristic genes of macrophage pseudotime analysis in single-cell RNA-seq to construct a prediction model of atherosclerosis
2023-07-08, Aging
DOI:10.18632/aging.204856
PMID:37421595
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研究论文 | 本研究分析了巨噬细胞的特征基因变化，并构建了一种预测动脉粥样硬化的模型 | 首次将巨噬细胞假时间分析的特征基因整合进单细胞RNA测序中，以构建动脉粥样硬化预测模型 | 目前研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能存在样本量限制以及数据的广泛适用性问题 | 探讨巨噬细胞在动脉粥样硬化中的作用，并构建其预测模型 | 动脉粥样硬化中的巨噬细胞及其特征基因 | 数字病理学 | 动脉粥样硬化 | 单细胞RNA测序 | 支持向量机(SVM)，随机森林(RF) | 基因表达数据 | 数据来源于基因表达综合(GEO)，具体样本数量未提供 |
| 3382 | 2024-08-05 |
Leveraging spatial transcriptomics data to recover cell locations in single-cell RNA-seq with CeLEry
2023-07-08, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-39895-3
PMID:37422469
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研究论文 | 本文提出了一种名为CeLEry的深度学习算法，以利用空间转录组学数据恢复单细胞RNA测序中的细胞位置 | CeLEry结合基因表达和空间位置信息，通过监督学习恢复细胞的空间起源，能够提供不确定性估计 | 缺乏具体应用场景的实验证据，可能在某些条件下的可靠性尚需进一步验证 | 旨在解决单细胞RNA测序中细胞缺乏物理关系的问题 | 研究对象为使用空间转录组学的细胞及其在单细胞RNA测序中的位置 | 数字病理学 | NA | 深度学习 | 变分自编码器 | 基因表达数据 | 多个数据集来自脑组织和癌症组织的细胞 |
| 3383 | 2024-08-07 |
Harnessing the potential of CAR-T cell therapy: progress, challenges, and future directions in hematological and solid tumor treatments
2023-07-07, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-023-04292-3
PMID:37420216
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综述 | 本文综述了嵌合抗原受体T细胞（CAR-T）疗法在血液和实体肿瘤治疗中的进展、挑战及未来方向 | 介绍了双特异性嵌合抗原受体以缓解肿瘤抗原逃逸的潜力，并探讨了利用单细胞RNA测序和人工智能优化临床级CAR-T细胞的策略 | CAR-T技术在实体肿瘤中面临挑战，如缺乏可靠的肿瘤相关抗原、缺氧核心、免疫抑制性肿瘤环境等 | 旨在克服CAR-T疗法在实体肿瘤中的挑战，并优化其临床应用 | CAR-T细胞疗法在血液和实体肿瘤治疗中的应用 | NA | 血液肿瘤和实体肿瘤 | 嵌合抗原受体T细胞（CAR-T）疗法 | NA | NA | NA |
| 3384 | 2024-08-05 |
Identification of key biomarkers in ischemic stroke: single-cell sequencing and weighted co-expression network analysis
2023-07-06, Aging
DOI:10.18632/aging.204855
PMID:37418282
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研究论文 | 本文通过单细胞测序和加权共表达网络分析鉴定缺血性中风的关键生物标志物 | 本文首次将WGCNA和单细胞测序结合，识别了与缺血性中风相关的新关键基因 | 研究主要依赖于单一数据集，样本量较小，可能限制结果的普遍适用性 | 旨在识别缺血性中风的早期诊断标志物 | 研究对象为缺血性中风患者的单细胞样本 | 数字病理学 | 缺血性中风 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了缺血性中风患者的单细胞样本 |
| 3385 | 2024-08-05 |
SpatialDM for rapid identification of spatially co-expressed ligand-receptor and revealing cell-cell communication patterns
2023-07-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-39608-w
PMID:37414760
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研究论文 | 提出了一种名为SpatialDM的统计模型和工具，以检测空间上共同表达的配体和受体对及其细胞间通信模式 | SpatialDM利用双变量莫兰统计量，能够在单点分辨率下检测交互点并识别交互特征的优先级 | 缺乏对交互特征优先级的深入讨论和空间背景上交互点的全面分析 | 揭示细胞间通信模式以及空间表达的配体和受体的识别 | 涉及黑色素瘤、脑室-亚脑室区和肠道的多个数据集 | 数字病理学 | NA | 统计模型 | NA | NA | 多个数据集 |
| 3386 | 2024-08-07 |
Single cell transcriptome sequencing of stimulated and frozen human peripheral blood mononuclear cells
2023-07-06, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-023-02348-z
PMID:37414801
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，对人类外周血单个核细胞在不同条件下的转录组进行了深入研究 | 本研究利用高深度单细胞RNA测序技术，对超过30,000个细胞在静息、刺激、新鲜和冷冻条件下的转录组进行了量化 | NA | 研究外周血单个核细胞在不同条件下的转录组变化，以及冷冻-解冻循环对其质量和转录组的影响 | 人类外周血单个核细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 超过30,000个细胞 |
| 3387 | 2024-08-07 |
scQCEA: a framework for annotation and quality control report of single-cell RNA-sequencing data
2023-Jul-06, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-023-09447-6
PMID:37415108
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研究论文 | 介绍了一个名为scQCEA的R包，用于单细胞RNA测序数据的质量控制报告和注释 | scQCEA包包括了基于表达的质量控制功能，能够区分真实变异和背景噪声，并提供了自动化细胞类型注释功能 | NA | 开发一个用于单细胞RNA测序数据质量控制和注释的框架 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 56个基因表达和V(D)J T细胞重复样本，342个人和鼠的浅序列基因表达谱 |
| 3388 | 2024-08-07 |
Identifying a distinct fibrosis subset of NAFLD via molecular profiling and the involvement of profibrotic macrophages
2023-07-06, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-023-04300-6
PMID:37415134
|
研究论文 | 本研究通过分子表达谱分析，探索了非酒精性脂肪肝病（NAFLD）中的纤维化表型及纤维化相关巨噬细胞亚群的变化。 | 本研究揭示了NAFLD的分子亚型，并识别出一个新的、独特的纤维化亚型，该亚型与促纤维化巨噬细胞和M2巨噬细胞亚型显著相关。 | NA | 探索NAFLD的分子表型，特别是纤维化表型，并研究纤维化亚型中巨噬细胞亚群的变化。 | NAFLD患者的肝脏组织及纤维化相关的巨噬细胞亚群。 | 数字病理学 | 非酒精性脂肪肝病 | RNA测序（RNA-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 非负矩阵分解（NMF） | 转录组数据 | 14个不同的肝脏组织转录组数据集，2个单细胞RNA测序数据集 |
| 3389 | 2024-08-07 |
Immuno-PET Imaging of CD69 Visualizes T-Cell Activation and Predicts Survival Following Immunotherapy in Murine Glioblastoma
2023-07, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-22-0434
PMID:37426447
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研究论文 | 本研究评估了CD69作为胶质母细胞瘤（GBM）免疫治疗反应的成像生物标志物的潜力，通过免疫正电子发射断层扫描（Immuno-PET）技术监测CD69表达，并探讨其与生存率的关系。 | 首次使用CD69免疫正电子发射断层扫描（Immuno-PET）技术来可视化T细胞激活并预测胶质母细胞瘤免疫治疗后的生存率。 | NA | 评估CD69作为胶质母细胞瘤免疫治疗反应的成像生物标志物的潜力。 | 人源和鼠源T细胞的CD69表达，以及其在免疫治疗后的变化。 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），免疫正电子发射断层扫描（Immuno-PET） | NA | 图像 | 包括接受免疫检查点抑制剂（ICI）治疗的患者和对照组的肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）样本。 |
| 3390 | 2024-08-07 |
LRT: Integrative analysis of scRNA-seq and scTCR-seq data to investigate clonal differentiation heterogeneity
2023-07, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1011300
PMID:37428794
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研究论文 | 本文开发了一种名为LRT的计算框架，用于整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞T细胞受体测序（scTCR-seq）数据，以探索克隆分化轨迹的异质性 | LRT框架结合了scRNA-seq和scTCR-seq数据，提供了全面的分析流程，包括预处理、细胞轨迹推断、克隆型聚类、轨迹偏倚评估和克隆型集群特征化 | NA | 研究目的是开发一种计算工具，以整合scRNA-seq和scTCR-seq数据，探索T细胞克隆的分化轨迹异质性 | 研究对象包括CD8+ T细胞和CD4+ T细胞在急性淋巴细胞性脑膜炎病毒感染下的scRNA-seq和scTCR-seq数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞T细胞受体测序（scTCR-seq） | 计算框架 | 基因表达数据，T细胞受体序列数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 3391 | 2024-08-05 |
Screening of novel biomarkers for breast cancer based on WGCNA and multiple machine learning algorithms
2023-Jun-30, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-23-3
PMID:37434679
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研究论文 | 本文研究了基于WGCNA和多种机器学习算法的新型乳腺癌生物标志物 | 提出了利用WGCNA和机器学习算法筛选乳腺癌的潜在生物标志物 | 未提及具体的临床验证及样本的多样性限制 | 调查乳腺癌患者的新兴诊断和预后靶标 | 主要针对乳腺癌相关的差异表达基因进行分析 | 生物医学 | 乳腺癌 | 基于基因表达的分析，WGCNA，机器学习 | 机器学习算法 | 基因表达数据 | 99个正常组织和1081个乳腺癌组织 |
| 3392 | 2024-08-05 |
Spatial Multiomics Analysis in Psychiatric Disorders
2023-Jun-01, EC psychology and psychiatry
PMID:37424930
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研究论文 | 本研究提供了精神疾病中空间多组学分析的全面概述 | 该研究整合了多种数据模态，识别了与精神疾病相关的风险基因，提供了对疾病进展的预测和诊断治疗的新见解 | NA | 探讨空间多组学分析在精神疾病中的应用和重要性 | 三种常见精神疾病：阿尔茨海默病、精神分裂症和自闭症谱系障碍 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病，精神分裂症，自闭症谱系障碍 | 空间组学 | NA | 基因数据，转录组数据，蛋白组数据 | NA |
| 3393 | 2024-08-05 |
ScRNA-seq and spatial transcriptomics: exploring the occurrence and treatment of coronary-related diseases starting from development
2023, Frontiers in cardiovascular medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fcvm.2023.1064949
PMID:37416923
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综述 | 本文回顾了冠状动脉病的发展及治疗的分子机制 | 结合单细胞RNA测序和空间转录组技术，探讨了冠状动脉病的新治疗方案 | 没有明显的局限性信息 | 探讨冠状动脉发展与疾病的分子机制及其潜在治疗 | 单细胞和冠状动脉疾病 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序和空间转录组技术 | NA | NA | NA |
| 3394 | 2024-08-05 |
ACME Dissociation-Fixation, Flow Cytometry, and Cell Sorting of Freshwater Planarian Cells
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3275-8_10
PMID:37428377
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研究论文 | 本文描述了一种用于平面虫细胞解离的方法 | 提出了一种基于醋酸和甲醇的ACME解离-固定方法，解决了传统酶法引起的细胞应激反应问题 | 不适用于所有类型的细胞，可能需要进一步验证 | 改善平面虫细胞的解离和固定过程，以便用于单细胞转录组学研究 | 平面虫细胞 | 数字病理学 | NA | ACME解离-固定方法 | NA | NA | NA |
| 3395 | 2024-08-05 |
Redistribution of the astrocyte phenotypes in the medial vestibular nuclei after unilateral labyrinthectomy
2023, Frontiers in neuroscience
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fnins.2023.1146147
PMID:37434761
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研究论文 | 本研究探讨了单侧迷路切除后内侧前庭核中星形胶质细胞亚型的变化。 | 发现了四种内侧前庭核中的星形胶质细胞亚型，并揭示了它们在迷路损伤后的适应性变化。 | 未深入探讨星形胶质细胞亚型对神经系统功能的具体影响和机制。 | 研究单侧迷路切除后内侧前庭核中星形胶质细胞的响应状态。 | 使用单细胞测序技术分析小鼠模型中的星形胶质细胞亚型。 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | 小鼠模型 | 基因数据 | NA |
| 3396 | 2024-08-05 |
Comprehensive analysis of the role of immune-related PANoptosis lncRNA model in renal clear cell carcinoma based on RNA transcriptome and single-cell sequencing
2023, Oncology research
IF:2.0Q3
DOI:10.32604/or.2023.029563
PMID:37415739
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研究论文 | 本文综合分析了免疫相关的PANoptosis lncRNA模型在肾透明细胞癌中的作用 | 建立了基于免疫相关PANoptosis lncRNAs的新预测模型，并发现LINC00944与癌细胞迁移和浸润显著相关 | NA | 探索免疫相关PANoptosis lncRNAs在肾透明细胞癌中的生物学价值 | 肾透明细胞癌患者的免疫相关PANoptosis lncRNAs | 数字病理学 | 肾癌 | RNA转录组和单细胞测序 | 风险模型 | 转录组数据和单细胞数据 | 使用了来自The Cancer Genome Atlas和Gene Expression Omnibus数据库的数据，样本数量未具体说明 |
| 3397 | 2024-08-05 |
TERT expression is associated with metastasis from thin primaries, exhausted CD4+ T cells in melanoma and with DNA repair across cancer entities
2023, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0281487
PMID:37418389
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研究论文 | 本文研究TERT表达与黑色素瘤转移及免疫抵抗的关系 | 揭示了TERT表达与CD4+ T细胞衰竭和肿瘤进展之间的联系，及其在多种肿瘤类型中的非经典功能 | 未能在免疫检查点抑制的黑色素瘤队列中找到TERT启动子突变或表达与生存率的持续关联 | 扩展对TERT启动子突变及表达改变在肿瘤进展中影响的认识 | 分析数个高度注释的黑色素瘤队列 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 (RNA-seq) | 多变量模型 | 基因表达数据 | 涉及多个黑色素瘤队列的样本 |
| 3398 | 2024-08-07 |
Editorial: Statistical and computational methods for single-cell sequencing analysis
2023, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2023.1235174
PMID:37415605
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3399 | 2024-08-07 |
System analysis based on the T cell exhaustion‑related genes identifies CD38 as a novel therapy target for ovarian cancer
2023, Oncology research
IF:2.0Q3
DOI:10.32604/or.2023.029282
PMID:37415732
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析探讨卵巢癌中T细胞亚群的异质性，并筛选出与T细胞耗竭相关的基因，特别是CD38作为新的治疗靶点 | 首次通过单细胞转录组分析揭示卵巢癌中T细胞耗竭的异质性，并构建基于T细胞耗竭基因的预后模型，为精准治疗提供新思路 | 研究样本量较小，仅基于五个卵巢癌患者的单细胞RNA测序数据，可能影响结果的普遍性 | 探讨卵巢癌中T细胞亚群的异质性及其临床意义，并开发基于T细胞耗竭基因的预后模型 | 卵巢癌患者的T细胞亚群及其相关基因 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 随机森林 | 转录组数据 | 五个卵巢癌患者 |
| 3400 | 2024-08-07 |
Comprehensive immune landscape of lung-resident memory CD8+ T cells after influenza infection and reinfection in a mouse model
2023, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2023.1184884
PMID:37415817
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研究论文 | 本研究利用综合转录组数据和体内实验，探讨了流感病毒感染和再感染后肺驻留记忆CD8+ T细胞的关键特征及其功能转换和调控机制。 | 本研究首次详细描述了流感感染和再感染后肺中CD8+ T细胞亚群的景观，并揭示了CD8+ Trm细胞在感染后的动态变化和关键信号通路。 | NA | 探讨流感病毒感染和再感染后肺驻留记忆CD8+ T细胞的功能转换和调控机制。 | 肺驻留记忆CD8+ T细胞 | 免疫学 | 流感 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），RNA测序（RNA-seq） | Seurat，scCODE，Monocle 3，CellChat | 转录组数据 | 两个单细胞RNA测序数据集和一个RNA测序数据集 |