单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5355 篇文献，本页显示第 321 - 340 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 321 | 2024-09-28 |
Transcriptomics for Clinical and Experimental Biology Research: Hang on a Seq
2023-Jun, Advanced genetics (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/ggn2.202200024
PMID:37288167
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研究论文 | 本文比较了RNA测序和微阵列技术在转录组研究中的优缺点 | 提出重新评估和广泛使用现代高密度微阵列数据，以修订现有的解剖RNA参考图谱并更准确地研究长非编码RNA | RNA测序技术在常表达基因的异质性覆盖方面存在局限，影响通路分析的有效性和可重复性 | 探讨RNA测序和微阵列技术在转录组研究中的应用和局限性 | RNA测序和微阵列技术在转录组研究中的性能和适用性 | 基因组学 | NA | RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 322 | 2024-09-28 |
SARS CoV-2 spike protein variants exploit DC-SIGN/DC-SIGNR receptor for evolution and severity: an in-silico insight
2023-May-24, Virusdisease
DOI:10.1007/s13337-023-00820-3
PMID:37363363
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研究论文 | 本文通过计算分析研究了SARS-CoV-2刺突蛋白变异体如何利用DC-SIGN/DC-SIGNR受体进行进化和加重病情 | 首次详细分析了SARS-CoV-2刺突蛋白在DC-SIGN相互作用区域的变异及其对免疫逃避的影响 | 主要基于计算模拟分析，缺乏实验验证 | 探讨SARS-CoV-2刺突蛋白变异体与DC-SIGN/DC-SIGNR受体的相互作用及其对病毒进化和病情严重性的影响 | SARS-CoV-2刺突蛋白变异体及其与DC-SIGN/DC-SIGNR受体的相互作用 | 生物信息学 | COVID-19 | 计算模拟 | NA | 基因组数据 | 使用了GISAID数据库中的SARS-CoV-2刺突蛋白数据，样本量未明确提及 |
| 323 | 2024-09-28 |
Expression pattern analysis of m6A regulators reveals IGF2BP3 as a key modulator in osteoarthritis synovial macrophages
2023-05-22, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-023-04173-9
PMID:37217897
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研究论文 | 研究探讨了m6A调节因子在骨关节炎滑膜细胞簇中的表达模式，并识别出IGF2BP3作为关键调节因子在滑膜巨噬细胞中的作用 | 首次揭示了m6A调节因子在骨关节炎滑膜炎中的作用，并识别出IGF2BP3作为关键调节因子 | 研究主要基于RNA-seq数据和体外实验，缺乏体内实验验证 | 探索m6A调节因子在骨关节炎滑膜细胞簇中的表达模式，并识别关键调节因子 | m6A调节因子在骨关节炎滑膜细胞簇中的表达模式及IGF2BP3的作用 | 数字病理学 | 骨关节炎 | RNA-seq | LASSO-Cox回归预测模型 | RNA | 大量和单细胞RNA-seq数据 |
| 324 | 2024-08-05 |
scTIE: data integration and inference of gene regulation using single-cell temporal multimodal data
2023-May-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.18.541381
PMID:37292801
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研究论文 | 本文介绍了一种统一的方法scTIE，用于整合时间多模态数据并推断基因调控关系 | scTIE通过迭代最优传输将单细胞时间点嵌入到共同空间，提取可解释信息以预测细胞轨迹，优于现有方法，特别是在批次效应和噪声存在时 | 本文未提及具体的局限性 | 本研究旨在提升基因调控机制的解析能力，特别是在时间动态的背景下 | 使用合成和真实的时间多模态数据集进行分析 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq） | 自动编码器 | 时间序列数据 | 使用多种合成和真实的时间多模态数据集 |
| 325 | 2024-09-28 |
The potential crosstalk between tumor and plasma cells and its association with clinical outcome and immunotherapy response in bladder cancer
2023-05-03, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-023-04151-1
PMID:37138324
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研究论文 | 研究膀胱癌中肿瘤细胞与浆细胞之间的潜在交叉对话及其与临床结果和免疫治疗反应的关联 | 首次探讨了浆细胞与膀胱癌肿瘤细胞之间的异质性和潜在交叉对话模式，并构建了基于配体/受体的风险模型来预测患者生存和免疫治疗反应 | 研究样本量较小，可能影响结果的普适性 | 探索浆细胞与膀胱癌肿瘤细胞之间的交叉对话模式及其对临床结果和免疫治疗反应的影响 | 膀胱癌患者中的浆细胞和肿瘤细胞 | 数字病理学 | 膀胱癌 | RNA测序 | 风险模型 | RNA数据 | 728个批量RNA测序样本和8个单细胞RNA测序样本（共41,894个过滤细胞） |
| 326 | 2024-09-28 |
TissUUmaps 3: Improvements in interactive visualization, exploration, and quality assessment of large-scale spatial omics data
2023-May, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e15306
PMID:37131430
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研究论文 | 本文介绍了TissUUmaps 3在交互式可视化、探索和大规模空间组学数据质量评估方面的改进 | TissUUmaps 3通过优化减少了交互数据探索的时间和成本，显著提高了对大规模多重数据集的处理能力 | NA | 改进大规模空间组学数据的交互式可视化和探索工具 | 空间转录组学数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | NA | 图像 | NA |
| 327 | 2024-09-28 |
Comparison of transformations for single-cell RNA-seq data
2023-05, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-023-01814-1
PMID:37037999
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研究论文 | 本文比较了四种用于单细胞RNA测序数据转换的方法，并评估了它们在模拟和真实数据上的表现 | 本文提出了四种基于不同理论基础的数据转换方法，并发现简单的对数变换结合伪计数和主成分分析在实际应用中表现最佳 | 目前的理论分析在实际性能基准测试中存在局限性 | 比较不同数据转换方法在单细胞RNA测序数据分析中的效果 | 单细胞RNA测序数据的转换方法 | 生物信息学 | NA | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 模拟数据和真实世界数据 |
| 328 | 2024-09-28 |
Pan-cancer classification of single cells in the tumour microenvironment
2023-03-23, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-37353-8
PMID:36959212
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scATOMIC的模块化注释工具，用于恶性与非恶性细胞的分类，并展示了其在肿瘤微环境中的应用 | scATOMIC通过训练超过30万细胞的数据，定义了19种常见癌症的泛癌参考，采用分层方法，优于当前的分类方法 | NA | 开发一种高精度的细胞分类工具，以深入理解肿瘤微环境中的细胞机制 | 恶性与非恶性细胞的分类 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 超过30万癌症、免疫和基质细胞，以及225个肿瘤活检样本，包含超过35万癌症和多种肿瘤微环境细胞 |
| 329 | 2024-09-28 |
Location, location, location: mapping the lymphoma tumor microenvironment using spatial transcriptomics
2023, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2023.1258245
PMID:37869076
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研究论文 | 本文总结了当前空间转录组技术及其在淋巴瘤研究中的应用，以揭示淋巴瘤肿瘤微环境中的复杂细胞相互作用 | 空间转录组技术提供了基因表达的全面分析，弥补了单细胞RNA测序缺乏空间信息的局限 | 目前研究主要集中在技术总结和初步应用，尚未深入探讨具体的治疗策略 | 深入理解淋巴瘤肿瘤微环境，识别关键的淋巴瘤与免疫细胞相互作用，为个性化治疗提供基础 | 淋巴瘤肿瘤微环境中的免疫与非免疫细胞及其相互作用 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 330 | 2024-09-28 |
Vancomycin-induced gut microbial dysbiosis alters enteric neuron-macrophage interactions during a critical period of postnatal development
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1268909
PMID:37901245
|
研究论文 | 研究万古霉素引起的肠道微生物失调如何影响新生期关键阶段的肠神经-巨噬细胞相互作用 | 首次揭示了新生期万古霉素暴露通过影响巨噬细胞数量和表型，进而改变肠神经系统发育的机制 | 研究仅在鼠模型中进行，尚未在人类中验证 | 探讨万古霉素引起的肠道微生物失调对新生期肠神经-巨噬细胞相互作用的影响 | 新生期小鼠的肠神经系统和巨噬细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 新生期小鼠 |
| 331 | 2024-09-28 |
Using combined single-cell gene expression, TCR sequencing and cell surface protein barcoding to characterize and track CD4+ T cell clones from murine tissues
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1241283
PMID:37901204
|
研究论文 | 本文描述了从鼠类组织中分离scRNA/TCR-seq兼容的CD4 T细胞的方法，并详细介绍了细胞处理、质量控制、样本多路复用和测序策略，以及从测序数据生成的生物信息学分析流程 | 本文结合了单细胞基因表达、TCR测序和细胞表面蛋白条形码技术，以无偏的方式研究细胞转录程序及其异质性 | NA | 开发和优化从鼠类组织中分离和分析CD4 T细胞克隆的方法 | 鼠类组织中的CD4 T细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、TCR测序 | NA | 基因表达数据 | 鼠类皮肤、脾脏和淋巴结中的CD4 T细胞 |
| 332 | 2024-09-28 |
Single-cell profiling reveals immune disturbances landscape and HLA-F-mediated immune tolerance at the maternal-fetal interface in preeclampsia
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1234577
PMID:37854606
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研究论文 | 研究揭示了子痫前期中母胎界面免疫紊乱的图谱以及HLA-F介导的免疫耐受 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了子痫前期中母胎界面免疫紊乱的图谱，并探讨了HLA-F在母胎免疫耐受中的作用 | 研究主要集中在细胞水平，未涉及更广泛的临床数据或动物模型 | 探讨子痫前期中母胎界面免疫紊乱的机制及HLA-F的作用 | 子痫前期的母胎界面免疫状态及HLA-F的功能 | 数字病理学 | 妊娠相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 101,250个细胞样本 |
| 333 | 2024-09-27 |
Protocol for multispectral imaging on cryosections to map myeloid cell heterogeneity in its spatial context
2023-Dec-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102601
PMID:37742177
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研究论文 | 本文介绍了一种用于在组织冷冻切片上进行多光谱成像以映射骨髓细胞异质性的协议 | 该协议结合了单细胞RNA测序和质谱流式细胞术的优点，能够在保留细胞和分子背景的情况下识别细胞类型和亚型 | NA | 开发一种能够在组织冷冻切片上进行多光谱成像以映射骨髓细胞异质性的方法 | 骨髓细胞在组织冷冻切片中的异质性 | 数字病理学 | NA | 多光谱成像 | NA | 图像 | NA |
| 334 | 2024-09-27 |
Comprehensive analysis of scRNA-Seq and bulk RNA-Seq data reveals dynamic changes in tumor-associated neutrophils in the tumor microenvironment of hepatocellular carcinoma and leads to the establishment of a neutrophil-related prognostic model
2023-Dec, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-023-03567-4
PMID:38006433
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研究论文 | 研究分析了肝细胞癌中单细胞测序和批量RNA测序数据，揭示了肿瘤相关中性粒细胞在肿瘤微环境中的动态变化，并建立了一个与中性粒细胞相关的预后模型 | 首次通过单细胞测序数据识别出271个肿瘤相关中性粒细胞的标记基因，并基于TCGA数据建立了包含八个基因的预后模型 | 研究主要基于TCGA和GEO数据库的数据，可能存在数据偏差和样本量不足的问题 | 探索肿瘤相关中性粒细胞在肝细胞癌肿瘤微环境中的作用，并建立预后模型 | 肝细胞癌肿瘤微环境中的肿瘤相关中性粒细胞 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | 预后模型 | RNA测序数据 | 12个肝细胞癌肿瘤核心和5个肝细胞癌癌旁组织 |
| 335 | 2024-09-27 |
Unraveling intratumoral complexity in metastatic dermatofibrosarcoma protuberans through single-cell RNA sequencing analysis
2023-Dec, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-023-03577-2
PMID:37938367
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析揭示转移性皮肤纤维肉瘤中的肿瘤内复杂性 | 利用单细胞RNA测序技术揭示了皮肤纤维肉瘤中的肿瘤内异质性，并提供了全面的单细胞转录组图谱 | NA | 揭示皮肤纤维肉瘤中的肿瘤内异质性和分子机制 | 皮肤纤维肉瘤的原发部位、卫星灶和淋巴结转移样本 | 数字病理学 | 皮肤纤维肉瘤 | 单细胞RNA测序 | t-分布随机邻域嵌入分析 | RNA | 原发部位、卫星灶和淋巴结转移样本 |
| 336 | 2024-09-27 |
Defects in microvillus crosslinking sensitize to colitis and inflammatory bowel disease
2023-Oct-09, EMBO reports
IF:6.5Q1
DOI:10.15252/embr.202357084
PMID:37691494
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研究论文 | 研究探讨了微绒毛交叉连接缺陷在结肠炎和炎症性肠病中的作用 | 首次揭示了微绒毛交叉连接缺陷与肠道屏障功能受损及结肠炎易感性之间的关系 | 研究仅在动物模型和小部分患者样本中进行，需进一步验证其在人类中的普遍性 | 探究微绒毛交叉连接在肠道屏障功能和结肠炎中的作用 | CDHR5缺陷小鼠和溃疡性结肠炎患者 | NA | 炎症性肠病 | 电子显微镜、单细胞RNA测序 | NA | 图像、RNA序列 | CDHR5缺陷小鼠、溃疡性结肠炎患者 |
| 337 | 2024-09-27 |
Machine learning-based metabolism-related genes signature, single-cell RNA sequencing, and experimental validation in hypersensitivity pneumonitis
2023-Oct-06, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000034940
PMID:37800807
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研究论文 | 本文通过机器学习算法筛选与代谢相关的基因特征，结合单细胞RNA测序和实验验证，研究了过敏性肺炎中代谢相关基因与M2巨噬细胞的关系 | 本文首次通过机器学习算法筛选出NPR3、GPX3和SULF1作为过敏性肺炎的诊断特征生物标志物，并发现SULF1表达与M2巨噬细胞比例呈正相关 | 本文主要依赖于基因表达数据和实验验证，未涉及临床样本的广泛验证 | 识别基于代谢相关基因的诊断特征生物标志物，并研究其与过敏性肺炎患者中M2巨噬细胞的相关性 | 过敏性肺炎患者与健康对照组的代谢相关基因表达差异及M2巨噬细胞的浸润状态 | 机器学习 | 过敏性肺炎 | 单细胞RNA测序、qRT-PCR、流式细胞术 | 机器学习算法 | 基因表达矩阵 | 健康对照组与过敏性肺炎患者 |
| 338 | 2024-09-27 |
Single-cell RNA sequencing reveals the effects of capsaicin in the treatment of sepsis-induced liver injury
2023-Oct, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.395
PMID:37808269
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序揭示辣椒素在治疗脓毒症诱导的肝损伤中的作用 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了辣椒素对脓毒症诱导的肝损伤中不同细胞类型的动态响应 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 探讨辣椒素在治疗脓毒症诱导的肝损伤中的作用及其机制 | 正常小鼠、盲肠结扎穿刺诱导的脓毒症模型小鼠和辣椒素处理的小鼠的肝细胞 | 数字病理学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 86,830个肝细胞 |
| 339 | 2024-09-27 |
Single-cell assignment using multiple-adversarial domain adaptation network with large-scale references
2023-09-25, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100577
PMID:37751689
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研究论文 | 介绍了一种名为SELINA的单细胞RNA-seq数据注释框架，利用多对抗域适应网络和预先整理的参考图谱进行细胞类型注释 | 提出了SELINA框架，通过多对抗域适应网络消除批次效应，并使用合成少数类过采样技术增强稀有细胞类型的注释 | NA | 开发一种能够准确注释单细胞RNA-seq数据的自动化框架 | 单细胞RNA-seq数据中的细胞类型 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA-seq | 多对抗域适应网络 | 单细胞RNA-seq数据 | 170万细胞，涵盖230种不同的人类细胞类型 |
| 340 | 2024-09-27 |
Generation and molecular characterization of human pluripotent stem cell-derived pharyngeal foregut endoderm
2023-09-25, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2023.08.024
PMID:37751684
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研究论文 | 本文介绍了一种从人类多能干细胞高效生成咽前肠内胚层的方法，并对其进行了分子表征 | 开发了一种高效的逐步分化方法，并引入了计算分类工具CellMatch，用于确认细胞成熟度 | NA | 研究与咽部发育和器官发生相关的人类综合征，并提供疾病相关位点和基因调控网络的研究方法 | 人类咽前肠内胚层及其衍生物 | NA | NA | 转录组分析、染色质分析 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA |