单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
321	2025-02-23	Spatial and single-nucleus transcriptomic analysis of genetic and sporadic forms of Alzheimer's Disease 2023-Jul-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.07.24.550282 PMID:37546983	研究论文	本文通过空间转录组学和单核RNA测序技术，对早期和晚期阿尔茨海默病（AD）以及唐氏综合症相关AD（AD in DS）的皮质样本进行了转录组调查，旨在揭示AD的分子机制	结合空间转录组学和单核RNA测序技术，首次在AD和AD in DS中揭示了空间和细胞类型特异性的转录组变化，并通过跨物种比较和病理成像直接关联基因表达变化与病理积累	样本来源有限，主要集中在皮质区域，可能无法全面反映AD的分子机制	研究阿尔茨海默病的分子机制，特别是遗传性和散发性AD之间的差异	早期和晚期阿尔茨海默病、唐氏综合症相关AD的皮质样本，以及5xFAD和野生型小鼠的疾病时间进程样本	数字病理学	老年病	空间转录组学（ST）、单核RNA测序（RNA-seq）	NA	转录组数据、图像数据	早期和晚期AD、AD in DS的皮质样本，以及5xFAD和野生型小鼠的样本
322	2025-02-23	SEC-seq: association of molecular signatures with antibody secretion in thousands of single human plasma cells 2023-06-15, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-39367-8 PMID:37322036	研究论文	本文介绍了一种名为SEC-seq的新方法，通过将单个人类B细胞的IgG分泌量与表面标记和转录组信息关联，揭示了与高IgG分泌相关的分子特征	开发了SEC-seq方法，首次将单细胞分泌量与表面标记和转录组信息关联，揭示了与高IgG分泌相关的分子特征和替代性浆细胞表面标记	NA	研究单个人类B细胞的IgG分泌量与表面标记和转录组信息的关联	单个人类B细胞	免疫学	NA	流式细胞术、成像流式细胞术、单细胞测序	NA	单细胞数据	数千个单个人类浆细胞
323	2025-02-20	High-Quality Brain and Bone Marrow Nuclei Preparation for Single Nuclei Multiome Assays 2023-12-22, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/65715 PMID:38189499	研究论文	本文描述了为10X Genomics多组学分析流程准备高质量脑和骨髓样本的两种协议	提供了针对脑和骨髓样本的标准化样本准备协议，确保生成高质量的细胞和核悬浮液，适用于下游的多组学分析	协议主要针对脑和骨髓样本，可能不适用于其他类型的组织	开发适用于10X Genomics多组学分析流程的高质量样本准备方法	脑和骨髓样本	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、单核RNA测序（snRNA-Seq）、单细胞ATAC测序（scATAC-Seq）、多组学分析	NA	单细胞数据	NA
324	2025-02-20	Elevated levels of MMP12 sourced from macrophages are associated with poor prognosis in urothelial bladder cancer 2023-Jun-30, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-023-11100-0 PMID:37391708	研究论文	本研究探讨了源自巨噬细胞的MMP12水平与尿路上皮膀胱癌不良预后的关联	首次将MMP12与尿路上皮膀胱癌的预后联系起来，并发现其来源于肿瘤浸润的巨噬细胞	在转录组微阵列数据集中未能验证MMP12血浆水平与较短总生存期的关联	寻找尿路上皮膀胱癌患者分层的生物标志物，以避免不必要的干预并指示必要的积极措施	90名新诊断且未接受治疗的膀胱癌患者的血浆和尿液样本	数字病理学	膀胱癌	多重邻近延伸分析、单细胞RNA测序、微阵列	随机森林生存分析、多变量回归分析	血浆、尿液、单细胞RNA测序数据、微阵列数据	90名患者的血浆样本和40名患者的尿液样本
325	2024-08-08	Single-cell RNA sequencing reveals gonadal dynamic changes during sex differentiation in hermaphroditic protogynous orange-spotted grouper ( Epinephelus coioides) 2023-03-18, Zoological research IF:4.0Q1 DOI:10.24272/j.issn.2095-8137.2022.312 PMID:36650066	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
326	2025-02-19	Gut Isolation from Zebrafish Larvae for Single-cell RNA Sequencing 2023-11-10, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/65876 PMID:38009742	研究论文	本文介绍了一种从斑马鱼幼虫中分离肠道细胞的方法，用于单细胞RNA测序分析	提出了一种新的斑马鱼幼虫肠道细胞分离方法，适用于单细胞RNA测序	NA	研究斑马鱼肠道发育和功能障碍的分子机制	斑马鱼幼虫的肠道细胞	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	斑马鱼幼虫的肠道细胞
327	2025-02-19	Peripheral Blood Single-Cell Sequencing Uncovers Common and Specific Immune Aberrations in Fibrotic Lung Diseases 2023-Sep-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.20.558301 PMID:37786685	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了特发性肺纤维化（IPF）和纤维化过敏性肺炎（FHP）患者外周血中常见和特定的免疫异常	使用前沿的单细胞分析技术，首次全面描述了IPF和FHP患者外周血中的免疫异常，并发现了疾病特异性的淋巴细胞异常	样本量相对较小，且仅针对外周血和支气管肺泡灌洗液样本进行分析，未涉及其他组织或更大规模的人群验证	识别IPF和FHP患者外周血中常见和特定的免疫异常，为诊断和治疗提供新策略	特发性肺纤维化（IPF）和纤维化过敏性肺炎（FHP）患者及健康对照组的外周血和支气管肺泡灌洗液样本	单细胞测序	肺纤维化疾病	单细胞RNA测序（10X Genomics 5'基因表达和V(D)J分析）	Seurat R管道、DoRothEA-VIPER算法、Monocle3、Velocyto、scVelo、CellRank、Connectome R包、CellRanger和Immcantation框架	单细胞RNA测序数据	83个样本中的327,990个细胞
328	2025-02-19	Integrative analysis of bulk and single-cell RNA sequencing data reveals distinct subtypes of MAFLD based on N1-methyladenosine regulator expression 2023-Jun, Liver research IF:2.0Q3 DOI:10.1016/j.livres.2023.06.001 PMID:39958950	研究论文	本文通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，揭示了基于N1-甲基腺苷调节因子表达的MAFLD不同亚型	首次将m1A调节基因的表达模式与MAFLD的分子亚型联系起来，并揭示了这些亚型在免疫细胞浸润和炎症特征上的差异	研究样本量相对较小，且未进行实验验证	探讨RNA N1-甲基腺苷（m1A）修饰在MAFLD发病机制和异质性中的作用	MAFLD患者的肝组织和免疫细胞	生物信息学	代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MAFLD）	批量RNA测序和单细胞RNA测序（scRNA-seq）	加权基因共表达网络分析（WGCNA）	RNA测序数据	6个肝样本中的33,168个细胞
329	2025-02-19	Nanoparticle stereochemistry-dependent endocytic processing improves in vivo mRNA delivery 2023-04, Nature chemistry IF:19.2Q1 DOI:10.1038/s41557-023-01138-9 PMID:36864143	研究论文	本文研究了立体化学对多组分胶体（如脂质纳米颗粒）在体内mRNA递送中的影响	发现含有立体纯20α-羟基胆固醇的脂质纳米颗粒比含有20α-和20β-羟基胆固醇混合物的脂质纳米颗粒在肝脏细胞中递送mRNA的效率高出3倍	未明确提及具体局限性	探讨立体化学对脂质纳米颗粒在体内mRNA递送中的影响	脂质纳米颗粒（LNP）及其在肝脏细胞中的mRNA递送	生物医学工程	NA	单细胞RNA测序和成像	NA	RNA测序数据和成像数据	未明确提及具体样本数量
330	2025-02-19	A novel Bayesian framework for harmonizing information across tissues and studies to increase cell type deconvolution accuracy 2023-01-19, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbac616 PMID:36631398	研究论文	本文介绍了一种新的贝叶斯框架tranSig，用于从单细胞RNA测序数据中推断细胞类型特征矩阵，以提高细胞类型去卷积的准确性	提出了一种新的贝叶斯框架tranSig，通过利用不同组织和研究中的共享细胞类型特异性表达模式，改进了从单细胞RNA测序数据中推断特征矩阵的方法	未明确提及具体局限性	提高细胞类型去卷积的准确性	单细胞RNA测序数据和批量RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序	贝叶斯框架（tranSig）	RNA测序数据	外周血、支气管肺泡灌洗液和主动脉的批量RNA测序数据
331	2025-02-16	Dynamic Intestinal Stem Cell Plasticity and Lineage Remodeling by a Nutritional Environment Relevant to Human Risk for Tumorigenesis 2023-08-01, Molecular cancer research : MCR IF:4.1Q2 DOI:10.1158/1541-7786.MCR-22-1000 PMID:37097719	研究论文	本文研究了新西方饮食1（NWD1）对小鼠肠道干细胞和谱系重编程的影响，揭示了其与人类肠道癌症风险的关联	通过单细胞RNA测序和功能基因组学等方法，揭示了NWD1对Lgr5hi干细胞的快速、可逆重编程及其对线粒体结构和功能的影响	研究主要基于小鼠模型，人类数据的直接证据有限	探讨营养环境对肠道干细胞和谱系重编程的影响及其与肿瘤发生的关系	小鼠肠道干细胞及其后代细胞	分子生物学	肠道癌症	单细胞RNA测序、单细胞转座酶可及染色质测序（ATAC-seq）、功能基因组学、成像技术	NA	RNA测序数据、染色质可及性数据、成像数据	未明确提及具体样本数量，但涉及小鼠模型
332	2025-02-16	Intestinal stem cell aging at single-cell resolution: Transcriptional perturbations alter cell developmental trajectory reversed by gerotherapeutics 2023-05, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.13802 PMID:36864750	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了小鼠肠道中Lgr5肠道干细胞（Lgr5 ISCs）随年龄增长的功能变化及其对粘膜稳态的影响，并探讨了二甲双胍和雷帕霉素对衰老影响的逆转作用	揭示了衰老过程中Lgr5 ISCs的转录重编程如何延缓细胞沿隐窝-腔轴成熟的进程，并首次展示了二甲双胍和雷帕霉素在逆转这些衰老效应中的互补作用	研究仅限于小鼠模型，未在人类中进行验证	探讨衰老对Lgr5 ISCs功能的影响及其对上皮再生的影响，并测试老年保护药物对这些影响的逆转效果	小鼠肠道中的Lgr5 ISCs及其后代细胞	生物医学	老年疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及小鼠肠道细胞
333	2025-02-13	Transcriptional regulators of arterial and venous identity in the developing mammalian embryo 2023-Oct, Current opinion in physiology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.cophys.2023.100691 PMID:38328689	综述	本文综述了哺乳动物胚胎发育过程中动脉和静脉身份的转录调控机制	强调了转录调控在内皮细胞动脉和静脉身份获取中的重要性，并探讨了不同转录因子在这一过程中的作用	NA	探讨内皮细胞在发育过程中如何获得动脉和静脉身份的调控机制	哺乳动物胚胎的内皮细胞	生物医学	NA	单细胞RNA测序、细胞谱系追踪	NA	基因表达数据	NA
334	2025-02-13	Distinct mechanisms for sebaceous gland self-renewal and regeneration provide durability in response to injury 2023-09-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.113121 PMID:37715952	研究论文	本文研究了皮脂腺在稳态和损伤后的自我更新和再生机制	揭示了皮脂腺在稳态下通过专用干细胞池自我更新，并在损伤后通过毛囊来源的干细胞再生，且再生过程依赖于FGFR2信号传导	未提及具体的研究局限性	探讨皮脂腺在稳态和损伤后的自我更新和再生机制	皮脂腺及其干细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未提及具体样本数量
335	2025-02-13	Combined multidimensional single-cell protein and RNA profiling dissects the cellular and functional heterogeneity of thymic epithelial cells 2023-07-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-39722-9 PMID:37429879	研究论文	本文通过结合多维单细胞蛋白质和RNA分析，解析了胸腺上皮细胞（TEC）的细胞和功能异质性	利用大规模并行流式细胞术和机器学习，将已知的TEC表型分解为新的亚群，并通过CITEseq将这些表型与细胞RNA谱定义的TEC亚型相关联	目前仅有极少数细胞标记物可用于TEC的表型识别	解析胸腺基质细胞的复杂性和TEC亚型的功能	胸腺上皮细胞（TEC）	单细胞分析	NA	大规模并行流式细胞术、CITEseq、机器学习	NA	蛋白质和RNA数据	NA
336	2025-02-13	Tissue-Resident Memory T Cells in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma Coexpress PD-1 and TIGIT and Functional Inhibition Is Reversible by Dual Antibody Blockade 2023-04-03, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-22-0121 PMID:36689623	研究论文	本文通过飞行时间细胞术（CyTOF）和单细胞RNA测序技术，对胰腺导管腺癌（PDAC）患者肿瘤浸润T细胞群进行了表征，发现大量CD8+组织驻留记忆T细胞（TRM）共表达PD-1和TIGIT，并证明双抗体阻断可逆转其功能抑制	首次详细描述了PDAC肿瘤免疫微环境中T细胞的特征，特别是TRM细胞的PD-1和TIGIT共表达现象，并验证了双抗体阻断策略的有效性	研究主要基于体外实验，未进行体内验证，且样本量有限	探究PDAC肿瘤免疫微环境中T细胞的特征及其对免疫检查点阻断的反应	胰腺导管腺癌（PDAC）患者的肿瘤浸润T细胞	肿瘤免疫学	胰腺癌	飞行时间细胞术（CyTOF）、单细胞RNA测序	NA	单细胞数据	PDAC患者的肿瘤样本
337	2025-02-13	Screening cell-cell communication in spatial transcriptomics via collective optimal transport 2023-02, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-022-01728-4 PMID:36690742	研究论文	本文介绍了一种名为COMMOT的新方法，用于在空间转录组学中推断细胞间通讯（CCC），考虑了配体和受体之间的竞争以及细胞间的空间距离	开发了一种集体最优传输方法，以处理复杂的分子相互作用和空间约束，并引入了下游分析工具来推断空间信号方向性和受信号调控的基因	NA	研究空间转录组学中的细胞间通讯（CCC）	空间转录组数据和单细胞RNA测序数据集	生物信息学	NA	空间转录组技术	机器学习模型	空间转录组数据	八个空间数据集，使用五种不同技术获取
338	2025-02-09	M2 macrophages drive leukemic transformation by imposing resistance to phagocytosis and improving mitochondrial metabolism 2023-04-14, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adf8522 PMID:37058562	研究论文	本文通过单细胞RNA测序、流式细胞术和免疫组织化学研究，揭示了急性髓性白血病（AML）患者骨髓中先天免疫区室向支持肿瘤的M2极化巨噬细胞景观转变，并探讨了这些巨噬细胞如何通过减少吞噬活性和增强线粒体代谢促进白血病转化	研究发现AML相关的M2极化巨噬细胞通过减少吞噬活性和增强线粒体代谢促进白血病转化，揭示了免疫景观在白血病发展中的作用	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体中进行验证	探讨急性髓性白血病（AML）患者骨髓中M2极化巨噬细胞在白血病转化中的作用	急性髓性白血病（AML）患者骨髓中的M2极化巨噬细胞和白血病原始细胞	肿瘤免疫学	急性髓性白血病	单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫组织化学	NA	RNA测序数据、流式细胞数据、免疫组织化学数据	AML患者的骨髓样本
339	2025-02-09	Piezo inhibition prevents and rescues scarring by targeting the adipocyte to fibroblast transition 2023-Apr-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.04.03.535302 PMID:37066136	研究论文	本文研究了脂肪细胞在瘢痕形成中的作用，发现脂肪细胞通过机械感应转化为成纤维细胞，从而驱动伤口纤维化	首次揭示了脂肪细胞通过机械感应转化为成纤维细胞的机制，并提出了通过抑制Piezo来预防和修复瘢痕的新方法	研究主要基于小鼠模型和人类异种移植伤口模型，尚未在更广泛的人类临床环境中验证	探讨脂肪细胞在瘢痕形成中的作用，并寻找减少纤维化的治疗方法	脂肪细胞和成纤维细胞	生物医学	瘢痕形成	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、Visium、CODEX	小鼠伤口模型和人类异种移植伤口模型	基因表达数据、空间转录组数据	小鼠和人类异种移植伤口模型
340	2025-02-07	Disruption of cortical cell type composition and function underlies diabetes-associated cognitive decline 2023-08, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-023-05935-2 PMID:37351595	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术揭示了2型糖尿病引起的大脑皮层细胞类型组成和功能的破坏，从而解释了糖尿病相关的认知衰退的病理基础	首次使用单细胞转录组测序技术系统地分析了2型糖尿病小鼠模型大脑皮层的细胞类型组成和功能变化，并在人类样本中进行了验证	研究主要基于小鼠模型，尽管在人类样本中进行了验证，但样本量相对较小，且未涉及长期干预效果的评估	揭示2型糖尿病引起认知衰退的分子机制，并探索潜在的治疗靶点	2型糖尿病小鼠模型（db/db小鼠）和人类2型糖尿病患者的脑组织样本	数字病理学	2型糖尿病	单细胞转录组测序（scRNA-seq）、免疫组化、代谢评估	NA	单细胞RNA测序数据、免疫组化图像、代谢数据	小鼠模型和人类样本（年龄分别为74.3 ± 5.5岁和87.0 ± 8.5岁）