单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5353 篇文献，本页显示第 3341 - 3360 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3341 | 2024-08-07 |
Variability of the innate immune response is globally constrained by transcriptional bursting
2023, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2023.1176107
PMID:37441161
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研究论文 | 本文利用单细胞基因组学数据和转录的随机模型，对 toll 样受体（TLR）诱导的基因表达变异性进行了全局分析 | 本文展示了单细胞基因表达变异性可以通过群体均值的线性函数进行经验描述，并揭示了转录爆发动力学的线性关系 | NA | 探讨哺乳动物基因转录的基本控制机制及其对单细胞响应的影响 | TLR 诱导的基因表达变异性 | 基因组学 | NA | 单细胞基因组学 | 随机模型 | 基因表达数据 | 超过 2000 个 TLR 响应基因 |
| 3342 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA-sequencing identifies various proportions of excitatory and inhibitory neurons in cultured human fetal brain cortical tissues
2023, Frontiers in neuroscience
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fnins.2023.1177747
PMID:37449269
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了不同胎龄的人类胎儿前额叶皮质组织中兴奋性和抑制性神经元的比例 | 首次展示了从胎儿皮质组织培养中获取兴奋性和抑制性神经细胞的新策略 | NA | 探究皮质神经前体细胞分化为兴奋性和抑制性神经元的精确比例 | 人类胎儿前额叶皮质组织 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 收集了不同胎龄的人类胎儿前额叶皮质组织 |
| 3343 | 2024-08-07 |
Exploration of the shared gene signatures and molecular mechanisms between periodontitis and inflammatory bowel disease: evidence from transcriptome data
2023, Gastroenterology report
IF:3.8Q2
DOI:10.1093/gastro/goad041
PMID:37456714
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研究论文 | 本研究通过转录组数据分析，探索了牙周炎与炎症性肠病之间的共享基因特征和分子机制 | 揭示了牙周炎与炎症性肠病之间通过交叉基因和嗜中性粒细胞的先前未被认识的机制 | NA | 探索牙周炎与炎症性肠病之间的共享基因特征和分子机制 | 牙周炎和炎症性肠病 | NA | 牙周炎, 炎症性肠病 | 差异表达基因分析, 加权基因共表达网络分析 (WGCNA), 单样本基因集富集分析 | NA | 转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 3344 | 2024-08-07 |
HDAC inhibition delays photoreceptor loss in Pde6b mutant mice of retinitis pigmentosa: insights from scRNA-seq and CUT&Tag
2023, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.15659
PMID:37456870
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研究论文 | 研究旨在确定组蛋白去乙酰化酶（HDAC）抑制对视网膜光感受器细胞的保护作用，使用单细胞RNA测序和CUT&Tag方法在Pde6brd1小鼠模型中进行研究。 | 本研究揭示了HDAC和PARP异构体在光感受器细胞死亡中的不同作用，并发现HDAC抑制剂SAHA能显著延缓光感受器细胞的损失，减少HDAC和PARP活性。 | NA | 研究HDAC抑制对视网膜光感受器细胞的保护作用 | Pde6brd1小鼠模型中的视网膜光感受器细胞 | 数字病理学 | 视网膜色素变性 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），CUT&Tag | NA | 基因表达数据 | 野生型（WT）和Pde6b突变rd1小鼠的视网膜组织样本 |
| 3345 | 2024-08-07 |
Mitochondrial DNA methylation is a predictor of immunotherapy response and prognosis in breast cancer: scRNA-seq and bulk-seq data insights
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1219652
PMID:37457713
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研究论文 | 本研究通过结合单细胞RNA测序和批量测序数据，分析了线粒体DNA甲基化（MTDM）在乳腺癌中的作用及其对免疫治疗反应和预后的预测价值。 | 首次全面评估了MTDM在乳腺癌中的多方面作用，并发现MTDM水平不仅能够预测免疫治疗反应，还可作为乳腺癌患者的准确预后指标。 | NA | 探讨线粒体DNA甲基化在乳腺癌发展中的作用及其对免疫治疗反应和预后的影响。 | 乳腺癌患者及其线粒体DNA甲基化水平。 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量测序 | 加权共表达网络分析（WGCNA）、COX回归和LASSO回归 | 基因表达数据 | TCGA/GEO数据集中的乳腺癌患者 |
| 3346 | 2024-08-07 |
Inhibitory Neurons in Nucleus Tractus Solitarius Are Involved in Decrease of Heart Rate Variability and Development of Depression-Like Behaviors in Temporal Lobe Epilepsy
2023-10-19, The international journal of neuropsychopharmacology
DOI:10.1093/ijnp/pyad033
PMID:37417335
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研究论文 | 研究抑制性神经元在延髓孤束核中对颞叶癫痫患者心率变异性下降和抑郁样行为发展的作用 | 首次报道了心率变异性与颞叶癫痫合并抑郁症在不同阶段的相关性，并发现心率变异性中枢控制相关的抑制性神经元在颞叶癫痫中抑郁的发展中起作用 | NA | 探讨心率变异性在颞叶癫痫尤其是伴有抑郁障碍的癫痫中的机制 | 心率变异性、自发反复发作和抑郁样行为在匹鲁卡平诱导的颞叶癫痫小鼠不同阶段的表现 | 神经科学 | 癫痫 | 单细胞RNA测序分析 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 3347 | 2024-08-05 |
Single-cell sequencing and bulk RNA data reveal the tumor microenvironment infiltration characteristics of disulfidptosis related genes in breast cancer
2023-Oct, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-023-05109-y
PMID:37428249
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研究论文 | 本研究揭示了与二硫化物凋亡相关基因在乳腺癌肿瘤微环境中的浸润特征 | 本研究首次探讨了二硫化物凋亡在乳腺癌中的预后价值及其在免疫微环境中的作用 | 未对二硫化物凋亡在其他癌症类型中的影响进行评估 | 研究二硫化物凋亡相关基因在乳腺癌中的作用及其对免疫治疗的影响 | 乳腺癌患者的单细胞测序数据和散装RNA数据 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞测序，bulk RNA测序 | 风险评估模型 | 基因表达数据 | NA |
| 3348 | 2024-08-05 |
A multi-omics integrative approach unravels novel genes and pathways associated with senescence escape after targeted therapy in NRAS mutant melanoma
2023-10, Cancer gene therapy
IF:4.8Q1
DOI:10.1038/s41417-023-00640-z
PMID:37420093
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研究论文 | 本研究揭示了NRAS突变黑色素瘤在靶向治疗后与衰老逃逸相关的新基因和通路 | 首次将胰岛素信号传导与持续衰老表型的维持相关联，并提出干扰素γ在衰老逃逸中的新角色 | 尚未明确实验的临床适用性和结果的真实世界验证 | 研究癌细胞如何逃逸衰老，以优化靶向疗法的临床效果 | 三种不同的NRAS突变黑色素瘤细胞系的反应特征 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | RNA-seq | NA | 转录组数据、miRNA相互作用组数据 | 三种不同类型的NRAS突变黑色素瘤细胞系 |
| 3349 | 2024-08-07 |
Lsd1 safeguards T-cell development via suppressing endogenous retroelements and interferon responses
2023-10, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202302042
PMID:37429639
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研究论文 | 本研究探讨了组蛋白去甲基化酶Lsd1在胸腺细胞发育中的生理功能 | 首次揭示了Lsd1通过抑制内源性逆转录元件和干扰素反应来维持早期T细胞发育中的内源性逆转录元件稳态 | NA | 探究Lsd1在胸腺细胞发育中的作用 | 胸腺细胞中的Lsd1功能 | NA | NA | 单细胞RNA测序、链特异性总RNA-seq和ChIP-seq分析 | NA | RNA | 小鼠胸腺细胞 |
| 3350 | 2024-08-05 |
Identifying mitophagy-related genes as prognostic biomarkers and therapeutic targets of gastric carcinoma by integrated analysis of single-cell and bulk-RNA sequencing data
2023-09, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107227
PMID:37413850
|
研究论文 | 本研究结合单细胞测序数据和转录组学筛选与胃癌进展相关的线粒体自噬基因并分析其临床价值 | 提出了GABARAPL2和CDC37作为胃癌的预后生物标志物和候选治疗靶标的创新观点 | 没有明确提到研究的局限性 | 寻找与胃癌预后相关的新型预测生物标志物 | 与胃癌进展相关的线粒体自噬基因 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞测序和转录组学 | NA | 基因表达数据 | 确定了18个差异表达的线粒体自噬基因 |
| 3351 | 2024-08-05 |
Molecular phylogenetics of sessile Dolium sedentarium, a petalomonad euglenid
2023 Sep-Oct, The Journal of eukaryotic microbiology
IF:2.1Q3
DOI:10.1111/jeu.12991
PMID:37424051
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研究论文 | 本文报告了Dolium sedentarium的分子测序数据，为euglenid的进化提供了新的见解 | 首次使用单细胞转录组学对Dolium进行分子序列分析 | 关于Dolium sedentarium的分子数据仍然稀少 | 探讨euglenid的进化及分子和形态数据的关系 | 研究对象为Dolium sedentarium，一种稀有的摄食性euglenid | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 分子序列数据 | NA |
| 3352 | 2024-08-05 |
State of CD8+ T cells in progression from nonalcoholic steatohepatitis to hepatocellular carcinoma: From pathogenesis to immunotherapy
2023-Sep, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie
DOI:10.1016/j.biopha.2023.115131
PMID:37429231
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研究论文 | 探讨了CD8+ T细胞在从非酒精性脂肪性肝炎（NASH）进展到肝细胞癌（HCC）过程中的状态 | 该研究揭示了NASH驱动的HCC中CD8 T细胞状态的特征和机制 | 对CD8 T细胞状态的具体机制理解仍不够全面 | 研究NASH对CD8 T细胞状态的影响及其在HCC中的作用 | 重点关注NASH驱动的纤维化和HCC中的CD8 T细胞状态表型 | 免疫疗法 | 肝细胞癌 | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 3353 | 2024-08-05 |
Single-Cell Transcriptomics of Bone Marrow Stromal Cells in Diversity Outbred Mice: A Model for Population-Level scRNA-Seq Studies
2023-09, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research
IF:5.1Q1
DOI:10.1002/jbmr.4882
PMID:37436066
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析了多样性散系小鼠的骨髓基质细胞的转录组 | 提出了一种新的模型，使用骨髓来源的基质细胞生成特定细胞类型的转录组特征，适用于群体水平的基因研究 | 主要聚焦于小鼠模型，可能未能完全代表人类骨骼生物学 | 确定BMSCs是否可以作为生成大规模小鼠群体中特定细胞类型转录组特征的模型 | 使用来自五只多样性散系小鼠的骨髓来源的基质细胞 | 数字病理学 | 骨质疏松症 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 五只多样性散系小鼠的样本 |
| 3354 | 2024-08-05 |
Inferring regulators of cell identity in the human adult pancreas
2023-Sep, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqad068
PMID:37435358
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研究论文 | 本研究探讨了人类成人胰腺中细胞身份的转录因子及其基因调控网络 | 综合多个单细胞RNA测序数据集，重建了人类成人胰腺的基因调控网络，从而识别细胞身份的调节因子 | 尚未探索人类成人胰腺的全部转录因子和基因调控网络 | 研究人类成人胰腺细胞身份的转录因子和调控机制 | 7393个成人胰腺细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 7393个细胞 |
| 3355 | 2024-08-07 |
MTGDC: A Multi-Scale Tensor Graph Diffusion Clustering for Single-Cell RNA Sequencing Data
2023 Sep-Oct, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2023.3293112
PMID:37418411
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研究论文 | 本文提出了一种多尺度张量图扩散聚类（MTGDC）方法，用于单细胞RNA测序数据中的细胞类型检测 | 设计了一种多尺度亲和学习方法来构建细胞间的全连接图，并提出了一个有效的张量图扩散学习框架来学习多尺度亲和矩阵之间的高阶信息 | NA | 开发新的计算方法以匹配单细胞RNA测序技术，从而在不同细胞群中检测细胞类型 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 张量图扩散聚类 | RNA测序数据 | NA |
| 3356 | 2024-08-07 |
Cancer stem cells promote lymph nodes metastasis of breast cancer by reprogramming tumor microenvironment
2023-Sep, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2023.101733
PMID:37421907
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研究论文 | 本研究探讨了乳腺癌干细胞（CSCs）如何通过重编程肿瘤免疫微环境（TIME）促进淋巴结转移（LNM） | 揭示了具有高干细胞特性的RAC2和PTTG1双阳性CSCs在转移性淋巴结中的富集，并假设这些CSCs通过激活特定的转移相关转录因子和信号通路促进转移 | NA | 阐明乳腺癌干细胞如何重编程肿瘤免疫微环境以促进淋巴结转移 | 乳腺癌干细胞、肿瘤免疫微环境、淋巴结转移 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 来自本机构的患者原发性肿瘤和相应转移性淋巴结样本 |
| 3357 | 2024-08-07 |
Novel cell subtypes of SPP1 + S100P+, MS4A1-SPP1 + S100P+ were key subpopulations in intrahepatic cholangiocarcinoma
2023-09, Biochimica et biophysica acta. General subjects
DOI:10.1016/j.bbagen.2023.130420
PMID:37433400
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序数据，探索了肝内胆管癌（iCCA）中的细胞异质性，并利用MSigDB和CIBERSORTx分析了主要细胞类型的通路及其相互关系，进一步探讨了细胞亚型与生存的相关性。 | 发现了iCCA中独特的免疫生态系统，并识别了新的细胞亚型SPP1+ S100P+和MS4A1-SPP1+ S100P+作为关键亚群。 | NA | 研究肝内胆管癌中的细胞异质性和细胞亚型与生存的相关性。 | 肝内胆管癌（iCCA）中的细胞亚型及其与生存的关系。 | 数字病理学 | 肝内胆管癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 组织微阵列队列中的多个样本 |
| 3358 | 2024-08-07 |
Assessment of the Cardiac Noncoding Transcriptome by Single-Cell RNA Sequencing Identifies FIXER, a Conserved Profibrogenic Long Noncoding RNA
2023-08-29, Circulation
IF:35.5Q1
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序评估心脏非编码转录组，识别出一种保守的促纤维化长非编码RNA——FIXER | 本研究首次通过单细胞RNA测序技术，在心脏非心肌细胞中鉴定出富集于相关成纤维细胞亚群的长非编码RNA，并发现FIXER的沉默能限制纤维化并改善心脏功能 | NA | 旨在通过单细胞RNA测序技术评估心脏非编码转录组，寻找心脏疾病治疗的新靶点 | 心脏非心肌细胞中的长非编码RNA | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 3359 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq explore the prognostic value of exhausted T cells in hepatocellular carcinoma
2023-08, IET systems biology
IF:1.9Q3
DOI:10.1049/syb2.12072
PMID:37431788
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研究论文 | 该文章探讨了耗竭T细胞在肝细胞癌中的预后价值 | 提供了关于耗竭T细胞及其临床重要性的详尽特征分析，并构建了一个稳健的预后模型 | 研究可能受限于数据库的样本量和选择偏差 | 调查耗竭T细胞在肝细胞癌进展中的作用和预后价值 | 肝细胞癌患者的T细胞演变及其临床结果 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序和大规模RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了GSE146115和国际癌症基因组数据库中的患者信息 |
| 3360 | 2024-08-05 |
SCS: cell segmentation for high-resolution spatial transcriptomics
2023-08, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-023-01939-3
PMID:37429992
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研究论文 | 本研究介绍了一种新的细胞分割方法SCS，以提高次细胞空间转录组学的精度 | SCS结合了成像数据与测序数据，通过自适应学习的Transformer神经网络来改进细胞分割的准确性 | 未提及具体的局限性 | 该研究旨在提高高分辨率空间转录组学中细胞分割的准确性 | 研究对象为应用在新的次细胞空间转录组学技术上的细胞分割 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | Transformer神经网络 | 成像数据和测序数据 | 在两种新的次细胞空间转录组学技术上的测试 |