单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5353 篇文献，本页显示第 3321 - 3340 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3321 | 2024-08-07 |
Tumor-derived small extracellular vesicles promote breast cancer progression by upregulating PD-L1 expression in macrophages
2023-Jul-14, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-023-02980-0
PMID:37452413
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研究论文 | 本文研究了肿瘤来源的小细胞外囊泡（sEVs）通过上调巨噬细胞中PD-L1表达促进乳腺癌进展的机制 | 首次揭示了乳腺癌细胞来源的sEVs通过miR-106b-5p/PTEN/AKT/PD-L1和miR-18a-5p/PIAS3/STAT3/PD-L1通路在肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）中诱导乳腺癌转移的机制 | NA | 探讨乳腺癌细胞来源的小细胞外囊泡（sEVs）在乳腺癌转移发展中的作用及其机制 | 乳腺癌细胞、肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）、小细胞外囊泡（sEVs） | 数字病理学 | 乳腺癌 | 透射电子显微镜（TEM）、BCA和NTA分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组化（IHC）、免疫荧光（IF）、实时定量PCR（RT-qPCR）、蛋白质印迹（WB）、流式细胞术、下一代测序 | NA | 单细胞RNA测序数据、免疫组化数据、免疫荧光数据 | 使用了GEO数据库中的单细胞RNA测序数据，具体样本数量未详细说明 |
| 3322 | 2024-08-05 |
Identification of peripheral blood immune infiltration signatures and construction of monocyte-associated signatures in ovarian cancer and Alzheimer's disease using single-cell sequencing
2023-Jul, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e17454
PMID:37449151
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研究论文 | 该研究揭示了卵巢癌和阿尔茨海默病中外周血免疫浸润特征和单核细胞相关特征 | 文章开发了基于七个基因的风险模型，用于预测卵巢癌患者的预后，并确认了ZFP36L1和AP1S2作为新的生物标志物及治疗靶点 | NA | 探讨单核细胞在卵巢癌和阿尔茨海默病中的角色并识别其相关标志基因 | 卵巢癌和阿尔茨海默病患者的外周血单核细胞及其基因表达 | 数字病理学 | 卵巢癌和阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | Cox回归模型 | 基因组数据 | 134个单核细胞相关基因的样本和相应的肿瘤组织RNA-seq数据 |
| 3323 | 2024-08-05 |
CNAsim: improved simulation of single-cell copy number profiles and DNA-seq data from tumors
2023-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad434
PMID:37449891
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研究论文 | CNAsim是一款改善的单细胞拷贝数变化（CNA）数据模拟软件，用于肿瘤研究 | CNAsim相较于现有模拟器，可以在更现实的错误模型和更广泛的CNA机制范围下生成单细胞拷贝数分析数据 | NA | 改善单细胞肿瘤细胞的拷贝数特征模拟 | 模拟的肿瘤细胞群体及其DNA-seq数据 | 数字病理学 | NA | DNA-seq | NA | DNA-seq数据 | 成千上万个模拟的肿瘤细胞 |
| 3324 | 2024-08-05 |
Cytocipher determines significantly different populations of cells in single-cell RNA-seq data
2023-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad435
PMID:37449901
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研究论文 | Cytocipher是一种生物信息学方法，能够统计性地确定单细胞RNA-seq数据中的显著细胞群体 | 该文章提出的Cytocipher方法可以在多个上下文中提供生物学见解，并识别出在分析数据集中未曾描述的细胞类型 | 研究可能在特定情况下的适用性和准确性存在限制 | 开发一种新的方法以提高单细胞RNA-seq分析的自动化和可靠性 | 使用Cytocipher分析正常组织、发育、疾病和大规模图谱数据 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 数据集 | 超过480,000个细胞 |
| 3325 | 2024-08-07 |
Peripheral immune cell death in sepsis based on bulk RNA and single-cell RNA sequencing
2023-Jul, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e17764
PMID:37455967
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研究论文 | 研究脓毒症患者外周血单核细胞中免疫细胞存活状态与预后的关系 | 首次通过批量RNA测序和单细胞RNA测序技术，揭示了脓毒症早期阶段单核细胞和嗜中性粒细胞中的细胞死亡模式 | 研究仅限于早期脓毒症患者，且样本量相对较小 | 探讨脓毒症患者免疫细胞存活状态与预后的关系，为早期脓毒症的免疫治疗提供新视角 | 脓毒症患者的外周血单核细胞中的免疫细胞 | 数字病理学 | 脓毒症 | RNA测序 | NA | RNA | 68名脓毒症患者 |
| 3326 | 2024-08-07 |
Analysis of Fatty Acid Metabolism in Fetal and Failing Hearts by Single-Cell RNA Sequencing Revealed SLC27A6 as a Critical Gene in Heart Maturation
2023-Jul, Acta Cardiologica Sinica
IF:1.8Q3
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了胎儿和衰竭心脏中脂肪酸代谢的细胞类型特异性基因表达特征，并揭示了SLC27A6在心脏成熟中的关键作用 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了脂肪酸代谢在心脏成熟和衰竭过程中的细胞类型特异性变化，并发现了SLC27A6在心脏成熟中的重要作用 | NA | 探索胎儿和衰竭心脏中脂肪酸代谢的细胞机制 | 胎儿和衰竭心脏中的脂肪酸代谢 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 胎儿心脏的单细胞RNA测序数据 |
| 3327 | 2024-08-07 |
Assessing the Effects of Nicotinamide Mononucleotide Supplementation on Pulmonary Inflammation in Male Mice Subchronically Exposed to Ambient Particulate Matter
2023-07, Environmental health perspectives
IF:10.1Q1
DOI:10.1289/EHP12259
PMID:37458712
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研究论文 | 本研究评估了尼克酰胺单核苷酸（NMN）补充对亚慢性暴露于环境颗粒物的雄性小鼠肺损伤的保护作用及其机制 | 首次发现NMN补充通过调节免疫功能和改善脂质代谢减轻颗粒物引起的肺损伤 | NA | 评估NMN补充对肺损伤的保护作用并阐明其改善免疫功能的机制 | 六周龄雄性C57BL/6J小鼠 | NA | 肺部炎症 | 单细胞转录组测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 每组20只小鼠 |
| 3328 | 2024-08-07 |
cellCounts: an R function for quantifying 10x Chromium single-cell RNA sequencing data
2023-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad439
PMID:37462540
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研究论文 | 本文介绍了一种名为cellCounts的R函数，用于高效准确地量化10x Genomics Chromium单细胞RNA测序数据 | cellCounts采用种子投票策略对读取进行参考基因组比对，并将读取折叠为独特的分子标识符（UMIs），然后根据featureCounts程序将UMIs分配给基因 | NA | 开发一种新的工具，用于高效准确地量化10x Genomics Chromium单细胞RNA测序数据 | 10x Genomics Chromium单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 数百万读取 |
| 3329 | 2024-08-07 |
Immune suppressive microenvironment in liver metastases contributes to organ-specific response of immunotherapy in advanced non-small cell lung cancer
2023-07, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2023-007218
PMID:37463790
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研究论文 | 本研究分析了非小细胞肺癌（NSCLC）中肺部病变（PL）和肝转移（LM）对免疫治疗的器官特异性反应，并通过多组学分析探索潜在机制 | 研究发现肝转移肿瘤微环境显示出比肺部病变更低的免疫激活和浸润水平，这可能有助于为NSCLC患者开发精确的免疫治疗策略 | NA | 分析NSCLC中肺部病变和肝转移对免疫治疗的器官特异性反应，并探索潜在机制 | NSCLC患者的肺部病变和肝转移肿瘤样本 | 数字病理学 | 肺癌 | 全外显子测序、RNA测序和多重免疫组织化学 | NA | 基因组数据、转录组数据和免疫组化数据 | 52名NSCLC伴有肝转移的患者，27对匹配的肺部病变和肝转移肿瘤样本 |
| 3330 | 2024-08-05 |
Transcriptome Changes of Hematopoietic Stem and Progenitor Cells in the Peripheral Blood of COVID-19 Patients by scRNA-seq
2023-Jun-29, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms241310878
PMID:37446049
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研究论文 | 本研究综合揭示了COVID-19感染和疫苗接种后外周血造血干细胞和祖细胞的转录组变化 | 首次全面研究了COVID-19感染期间外周血HSPCs的转录组变化 | 未深入研究HSPCs具体的功能变化 | 探索COVID-19感染中外周血造血干细胞和祖细胞的转录组变化及其免疫机制 | COVID-19患者的外周血造血干细胞和祖细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 3331 | 2024-08-07 |
[Single-cell RNA sequencing deciphers transcriptional profiles of hepatocytes in mouse with hepatic alveolar echinococcosis]
2023-Jun-29, Zhongguo xue xi chong bing fang zhi za zhi = Chinese journal of schistosomiasis control
DOI:10.16250/j.32.1374.2022275
PMID:37455093
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了感染细粒棘球蚴的晚期小鼠肝脏组织中的细胞组成和转录特征。 | 首次在单细胞水平上解析了细粒棘球蚴感染晚期小鼠肝脏微环境的细胞组成和分布，并揭示了Th2细胞比例增加可能与免疫抑制微环境的形成有关。 | 研究样本量较小，仅使用了两只BALB/c小鼠的样本进行分析。 | 探讨细粒棘球蚴感染晚期小鼠肝脏组织微环境的细胞组成和转录特征。 | 细粒棘球蚴感染晚期小鼠的肝脏组织。 | 数字病理学 | 肝泡型包虫病 | 单细胞RNA测序 | UMAP算法 | RNA | 43,710个细胞 |
| 3332 | 2024-08-05 |
New Insights and Potential Therapeutic Interventions in Metabolic Diseases
2023-Jun-26, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms241310672
PMID:37445852
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综述 | 本文探讨了内分泌稳态和代谢疾病的新见解及潜在治疗干预措施 | 提供了对代谢疾病机制的深入理解，并且提出了新的诊断和治疗途径 | NA | 探讨代谢疾病的基因、心理和行为基础，以及营养和身体活动的作用 | 代谢疾病的机制和治疗方法 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学、肠道微生物群、表观遗传学、成像技术、细胞治疗 | NA | NA | NA |
| 3333 | 2024-08-05 |
Identification and Validation of a Metabolism-Related Prognostic Signature Associated with M2 Macrophage Infiltration in Gastric Cancer
2023-Jun-25, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms241310625
PMID:37445803
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研究论文 | 本研究识别并验证了与胃癌中M2巨噬细胞浸润相关的代谢相关预后标志。 | 首次揭示了与M2巨噬细胞浸润相关的173个代谢相关基因及其临床意义。 | 研究中所分析的临床样本和数据可能存在局限性。 | 旨在开发可以评估胃癌患者预后的风险模型。 | 研究对象为胃癌患者及其M2巨噬细胞浸润特征。 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞测序 | NA | 基因数据 | 使用TCGA和GEO数据库分析的胃癌样本，包含173个代谢相关基因 |
| 3334 | 2024-08-05 |
Single-Cell RNA-Seq Identifies Pathways and Genes Contributing to the Hyperandrogenemia Associated with Polycystic Ovary Syndrome
2023-Jun-25, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms241310611
PMID:37445796
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析多囊卵巢综合症（PCOS）中与高雄激素血症相关的通路和基因 | 揭示了在PCOS中卵巢黄体细胞与正常排卵女性中的基因表达差异，并识别了潜在的分子诊断和治疗靶点 | 仅基于细胞培养数据，可能缺乏对体内真实情况的全面反映 | 探讨PCOS高雄激素血症的分子机制 | 从正常排卵女性和PCOS女性中分离并传代的卵巢黄体细胞 | 数字病理学 | 多囊卵巢综合症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 3335 | 2024-08-05 |
Immune Cell-Related Genes in Juvenile Idiopathic Arthritis Identified Using Transcriptomic and Single-Cell Sequencing Data
2023-Jun-25, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms241310619
PMID:37445800
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研究论文 | 本研究利用转录组和单细胞测序数据识别了与青少年特发性关节炎相关的免疫细胞基因 | 首次使用单细胞RNA测序揭示青少年特发性关节炎中免疫细胞的异质性以及相关基因 | 研究样本量及数据来源的单一性可能限制结果的普遍适用性 | 探讨青少年特发性关节炎中的免疫细胞基因及其表达差异 | 青少年特发性关节炎患者的免疫细胞及其相关基因 | 数字病理学 | 青少年特发性关节炎 | 单细胞RNA测序 | 机器学习算法 | 基因表达数据 | JIA样本与正常对照样本的对比分析，具体样本数量未提供 |
| 3336 | 2024-08-05 |
Improved single-cell genome amplification by a high-efficiency phi29 DNA polymerase
2023, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2023.1233856
PMID:37456715
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研究论文 | 本文介绍了一种改进的单细胞基因组扩增方法，称为iSGA。 | 通过phi29 DNA聚合酶工程和过程工程，开发出了一种效率更高的酶HotJa Phi29 DNA聚合酶，改善了扩增覆盖率。 | NA | 提高单细胞基因组扩增的效率和覆盖率。 | 单细胞样本及商业益生菌样本。 | 数字病理学 | NA | DNA聚合酶工程 | NA | 基因组数据 | 包括单细胞样本和商业益生菌样本 |
| 3337 | 2024-08-05 |
Scdrake: a reproducible and scalable pipeline for scRNA-seq data analysis
2023, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbad089
PMID:37465398
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研究论文 | 本文开发了一个完全自动化的工作流程scdrake，用于scRNA-seq数据的二次分析 | 该工作流程以内置于drake框架的R语言中实现，遵循最佳编程实践，支持完全自动化 | 未提及具体的局限性 | 研究的目的是提供一个可重复性和可扩展性的scRNA-seq数据分析管道 | 研究对象为scRNA-seq数据的特征条形码矩阵 | 数字病理学 | NA | NA | NA | RNA-seq数据 | NA |
| 3338 | 2024-08-05 |
Lineage Tracing and Single-Cell RNA-seq in C. elegans to Analyze Transgenerational Epigenetic Phenotypes Inherited from Germ Cells
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3259-8_3
PMID:37464235
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研究论文 | 本文探讨了C. elegans中的跨代表观遗传继承及其对胚胎发育的影响 | 提供了自动谱系追踪与单细胞RNA-seq结合的实用指南，以促进其在研究C. elegans胚胎中的跨代表观遗传继承方面的应用 | 这些技术的普及受到困难的限制 | 研究跨代表观遗传继承对胚胎发育的影响 | C. elegans胚胎 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA | NA |
| 3339 | 2024-08-05 |
Exploring PANoptosis in breast cancer based on scRNA-seq and bulk-seq
2023, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2023.1164930
PMID:37455906
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研究论文 | 这篇文章探讨了PANoptosis在乳腺癌中的作用和预后特征 | 首次全面分析了PANoptosis在乳腺癌中的分子聚类和预后预测潜力 | 研究可能受限于单一的数据集，未能整合更多相关研究 | 研究PANoptosis与乳腺癌肿瘤细胞之间的相互作用 | 重点研究乳腺癌的PANoptosis相关基因及其在预后中的应用 | 数字病理学 | 乳腺癌 | scRNA-seq和bulk-seq | COX和LASSO回归 | 基因表达数据 | 使用了GSE176078单细胞测序数据集及其他乳腺癌数据 |
| 3340 | 2024-08-07 |
Single-cell chromatin accessibility profiling of cell-state-specific gene regulatory programs during mouse organogenesis
2023, Frontiers in neuroscience
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fnins.2023.1170355
PMID:37440917
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研究论文 | 本研究通过单细胞ATAC-seq技术分析了小鼠胚胎E8.5-E10.5阶段的染色质可及性，揭示了早期器官发生过程中的细胞状态特异性基因调控程序 | 首次通过单细胞ATAC-seq技术揭示了小鼠早期器官发生过程中的细胞状态特异性基因调控程序，并发现了与人类疾病相关的潜在单核苷酸变异 | NA | 揭示小鼠早期器官发生过程中细胞状态特异性基因调控程序的分子机制 | 小鼠胚胎E8.5-E10.5阶段的细胞 | 数字病理学 | 发育畸形 | 单细胞ATAC-seq | NA | 基因组数据 | 101,599个单细胞 |