单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5355 篇文献，本页显示第 301 - 320 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 301 | 2024-09-30 |
CPA-Perturb-seq: Multiplexed single-cell characterization of alternative polyadenylation regulators
2023-Feb-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.02.09.527751
PMID:36798324
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研究论文 | 本文介绍了CPA-Perturb-seq方法，用于多重单细胞分析替代多聚腺苷酸化调控因子 | 开发了一种新的统计框架，用于识别扰动依赖的内含子和串联多聚腺苷酸化的变化，并训练了一个多任务深度神经网络来预测扰动响应 | NA | 更好地理解CPA调控机制如何影响多聚腺苷酸位点的选择 | 42个已知的CPA调控因子及其对多聚腺苷酸位点使用的影响 | 基因调控 | NA | 单细胞RNA测序 | 多任务深度神经网络 | RNA序列 | 42个已知的CPA调控因子 |
| 302 | 2024-09-30 |
Intracellular Spatial Transcriptomic Analysis Toolkit (InSTAnT)
2023-Jan-27, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-2481749/v1
PMID:36747718
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研究论文 | 本文介绍了InSTAnT，一个用于从空间转录组数据中提取分子关系的计算工具包 | InSTAnT能够检测基因对和模块在细胞内和细胞间的有趣共定位模式，并使用专门的统计测试和图挖掘技术 | NA | 开发新的分析工具以实现空间转录组技术的全部潜力 | 人类癌细胞系和小鼠下丘脑前视区的空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组技术（如MERFISH） | NA | 空间转录组数据 | 人类癌细胞系和小鼠下丘脑前视区的数据 |
| 303 | 2024-09-30 |
Overview of single-cell RNA sequencing analysis and its application to spermatogenesis research
2023 Jan-Dec, Reproductive medicine and biology
IF:2.7Q2
DOI:10.1002/rmb2.12502
PMID:36726594
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序分析及其在精子发生研究中的应用 | 单细胞RNA测序识别出成鼠睾丸中的间充质细胞和II型先天淋巴细胞作为新的睾丸细胞类型，以及详细的生殖细胞亚型 | 单细胞RNA测序分析需要广泛的实验技术和生物信息学知识，对许多实验生物学家和临床医生来说难以使用 | 使单细胞RNA测序分析更加普及，并总结了使用该技术在人类和小鼠精子发生研究中获得的最新见解 | 人类和小鼠的精子发生过程 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 304 | 2024-09-28 |
Elucidating dynamic cell lineages and gene networks in time-course single cell differentiation
2023-Dec, Artificial intelligence in the life sciences
DOI:10.1016/j.ailsci.2023.100068
PMID:37426065
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研究论文 | 本文开发了一种名为Cell Smoothing Transformation (CellST)的机器学习框架，用于阐明细胞分化过程中的动态细胞谱系和基因网络 | CellST能够为每个单独细胞构建轨迹并跟踪其行为，不同于现有方法构建单一的细胞群轨迹，并且能够预测较少见的细胞类型的命运 | NA | 追踪细胞分化行为，重建细胞谱系并预测细胞命运 | 单细胞RNA测序数据中的细胞谱系和基因网络 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | 机器学习框架 | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 305 | 2024-09-28 |
Machine learning applications on intratumoral heterogeneity in glioblastoma using single-cell RNA sequencing data
2023-11-10, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elad002
PMID:37119295
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研究论文 | 本文研究了使用单细胞RNA测序数据在胶质母细胞瘤中应用机器学习算法来分析肿瘤内异质性 | 本文提出了多种机器学习算法在胶质母细胞瘤单细胞RNA测序数据上的比较，以分类不同的细胞群，并展示了最佳模型的生物标志物候选 | 本文未详细讨论所使用算法的具体局限性或可能的改进方法 | 研究机器学习算法在胶质母细胞瘤单细胞RNA测序数据上的应用，以理解肿瘤内异质性并寻找有效的治疗方法 | 胶质母细胞瘤中的肿瘤核心、肿瘤边缘和正常边缘细胞群 | 机器学习 | 脑癌 | 单细胞RNA测序 | 多种机器学习算法 | 单细胞RNA测序数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 306 | 2024-09-28 |
Multiscale integrative analyses unveil immune-related diagnostic signature for the progression of MASLD
2023-11-01, Hepatology communications
IF:5.6Q1
DOI:10.1097/HC9.0000000000000298
PMID:37851406
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研究论文 | 本研究通过多尺度综合分析揭示了与MASLD进展相关的免疫相关诊断标志物 | 本研究首次系统整合了66种免疫细胞类型，通过多种分析方法识别出C-X-C motif chemokine receptor 4和dedicator of cytokinesis 8作为MASLD进展的潜在诊断生物标志物，并揭示了其在单细胞水平上的细胞通讯机制 | 本研究主要基于bulk和单细胞RNA-Seq数据，未涉及其他类型的组学数据，可能限制了对MASLD进展机制的全面理解 | 研究MASLD进展的免疫相关诊断标志物及其分子机制 | MASLD进展中的免疫细胞类型和基因表达变化 | 数字病理学 | 肝病 | RNA-Seq | 机器学习算法 | RNA-Seq数据和临床数据 | 66种免疫细胞类型 |
| 307 | 2024-09-28 |
An Integrated Map of Cell Type-Specific Gene Expression in Pancreatic Islets
2023-Nov-01, Diabetes
IF:6.2Q1
DOI:10.2337/db23-0130
PMID:37582230
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研究论文 | 本文介绍了一个综合的胰岛细胞类型特异性基因表达图谱 | 首次提供了一个易于研究人员查询和在生物信息学管道中使用的胰岛细胞类型特异性基因表达的参考 | NA | 研究胰岛细胞类型特异性基因表达及其在不同糖尿病状态下的差异 | 胰岛细胞类型及其在不同糖尿病状态下的基因表达 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 192,203个细胞，来自65名捐赠者 |
| 308 | 2024-09-28 |
Cultured Mesenchymal Cells from Nasal Turbinate as a Cellular Model of the Neurodevelopmental Component of Schizophrenia Etiology
2023-Oct-19, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms242015339
PMID:37895019
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研究论文 | 研究使用从鼻甲中培养的间充质细胞作为精神分裂症神经发育机制的细胞模型 | 首次使用从鼻甲中培养的间充质细胞（CNON）进行单细胞RNA测序，以研究精神分裂症的神经发育机制 | 样本量较小，仅包括两个精神分裂症患者和两个对照组的样本 | 研究精神分裂症的神经发育分子机制 | 从鼻甲中培养的间充质细胞（CNON）及其在精神分裂症中的基因表达 | 数字病理学 | 精神疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 4个样本，包括2个精神分裂症患者和2个对照组 |
| 309 | 2024-09-28 |
Hematologic Neoplasms Associated with Down Syndrome: Cellular and Molecular Heterogeneity of the Diseases
2023-Oct-18, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms242015325
PMID:37895004
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研究论文 | 本文探讨了唐氏综合症（DS）相关血液肿瘤的细胞和分子异质性 | 利用单细胞多组学技术，如单细胞RNA测序和数字空间分析，提供了对DS相关血液肿瘤细胞和分子异质性的新见解 | 唐氏综合症易患白血病的分子基础尚未完全理解 | 研究唐氏综合症相关血液肿瘤的分子基础和异质性 | 唐氏综合症相关髓系白血病（ML-DS）和急性淋巴细胞白血病（ALL-DS） | 数字病理学 | 血液肿瘤 | 单细胞RNA测序，数字空间分析 | NA | 单细胞RNA数据，空间数据 | NA |
| 310 | 2024-09-28 |
Molecular signature incorporating the immune microenvironment enhances thyroid cancer outcome prediction
2023-Oct-11, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2023.100409
PMID:37868034
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研究论文 | 本文通过大规模的DNA/RNA测序、空间转录组学和多重免疫荧光技术，识别出甲状腺恶性肿瘤的高风险突变和独特的分子特征，提出了一种新的分子评分系统（MAP评分），用于改善甲状腺癌的预后预测 | 本文提出了一个新的分子评分系统（MAP评分），该评分系统结合了基因突变、细胞分化和肿瘤微环境的信息，提供了比单独使用高风险突变更准确的预后预测 | 本文的研究样本仅来自两家三级医疗中心，样本量有限，可能影响结果的普适性 | 提高甲状腺癌的预后预测准确性，并探索潜在的免疫治疗靶点 | 甲状腺癌患者及其肿瘤样本 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | DNA/RNA测序、空间转录组学、多重免疫荧光 | NA | 基因组数据、转录组数据、图像数据 | 251名患者，312个样本 |
| 311 | 2024-09-28 |
Mural cell-derived chemokines provide a protective niche to safeguard vascular macrophages and limit chronic inflammation
2023-Oct-10, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2023.08.002
PMID:37652021
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研究论文 | 研究探讨了壁细胞衍生的趋化因子如何保护血管巨噬细胞并限制慢性炎症 | 揭示了壁细胞通过表达趋化因子CCL2和MIF来维持血管巨噬细胞的生存和稳态功能，从而在动脉粥样硬化中保护巨噬细胞免受坏死核心的影响 | 研究主要集中在动脉粥样硬化模型中，可能需要进一步验证在其他慢性炎症疾病中的适用性 | 研究维持血管巨噬细胞的机制，以限制慢性炎症和组织损伤 | 血管巨噬细胞及其在动脉粥样硬化中的作用 | NA | 心血管疾病 | 单细胞转录组学、共培养和基因敲除实验 | NA | 转录组数据 | NA |
| 312 | 2024-09-28 |
Scaling cross-tissue single-cell annotation models
2023-Oct-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.07.561331
PMID:37873298
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研究论文 | 本文提出了一种名为scTab的自动化、基于特征注意力的细胞类型预测模型，用于单细胞RNA测序数据，并在大规模数据集上进行了训练和验证 | scTab模型能够处理大规模数据集，并利用深度集成进行不确定性量化，同时考虑了标签之间的本体关系，提高了跨组织注释的准确性 | NA | 开发一种能够跨组织进行细胞类型预测的自动化模型，并验证其在单细胞RNA测序数据中的应用 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 神经网络 | 表格数据 | 2220万个人类细胞 |
| 313 | 2024-09-28 |
Single-Cell RNA Sequencing (scRNA-seq) Identifies L1CAM as a Key Mediator between Epithelial Tuft Cell and Innate Lymphoid Cell in the Colon of Hnrnp I Knockout Mice
2023-Oct-09, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines11102734
PMID:37893107
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析了Hnrnp I敲除小鼠结肠中上皮细胞与先天淋巴细胞之间的关键介质L1CAM，揭示了炎症和结肠炎的细胞间通讯机制 | 首次揭示了L1CAM在结肠上皮细胞与先天淋巴细胞之间的关键作用，并通过L1CAM-整合素相互作用促进了2型免疫反应 | 研究仅限于Hnrnp I敲除小鼠模型，结果的普遍性和适用性有待进一步验证 | 探讨Hnrnp I敲除小鼠结肠中上皮细胞谱系动态和细胞间通讯机制，揭示炎症和结肠炎的潜在机制 | Hnrnp I敲除小鼠和野生型小鼠的结肠上皮细胞和先天淋巴细胞 | 数字病理学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | Hnrnp I敲除小鼠和野生型小鼠的结肠单细胞样本 |
| 314 | 2024-09-28 |
Single-Cell RNA Sequencing Analysis of the Early Postnatal Mouse Lens Epithelium
2023-10-03, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.64.13.37
PMID:37870847
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研究论文 | 本文使用单细胞RNA测序技术分析了出生后第2天小鼠晶状体上皮的转录异质性，并识别出不同的上皮细胞亚型 | 本文通过单细胞RNA测序技术揭示了小鼠晶状体上皮细胞在出生后第2天的转录异质性，并识别出七个亚群，这些亚群反映了上皮细胞在增殖、信号传导和维持中的多样性角色 | NA | 研究小鼠晶状体上皮细胞在出生后第2天的转录异质性，识别不同的上皮细胞亚型，以更好地理解晶状体的生长、分化和稳态 | 出生后第2天的小鼠晶状体上皮细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 出生后第2天的小鼠晶状体样本 |
| 315 | 2024-09-28 |
A Specialized Epithelial Cell Type Regulating Mucosal Immunity and Driving Human Crohn's Disease
2023-Oct-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.30.560293
PMID:37873404
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研究论文 | 研究通过单细胞转录组学分析，揭示了一种新型上皮细胞类型LND在克罗恩病中的作用 | 首次发现并描述了一种新型上皮细胞类型LND，其在克罗恩病中的表达显著增加，并与免疫调节和抗菌反应相关 | 研究样本仅限于65名克罗恩病患者和18名非炎症性肠病对照，样本量有限 | 探讨克罗恩病中上皮细胞的异质性及其在疾病发病机制中的作用 | 克罗恩病患者和非炎症性肠病对照的回肠末端和升结肠样本 | NA | 克罗恩病 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 170个样本，包括65名克罗恩病患者和18名非炎症性肠病对照 |
| 316 | 2024-09-28 |
Multi-modal transcriptomic analysis unravels enrichment of hybrid epithelial/mesenchymal state and enhanced phenotypic heterogeneity in basal breast cancer
2023-Oct-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.30.558960
PMID:37873432
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研究论文 | 本文通过多模态转录组数据分析，揭示了基底乳腺癌中混合上皮/间充质状态的富集和表型异质性的增强 | 本文创新性地整合了批量、单细胞和空间转录组数据，揭示了上皮-间充质转化与管腔-基底可塑性之间的关联，并提出了基于数学模型的机制解释 | 本文主要基于转录组数据和数学模型，未涉及实验验证，可能影响结论的直接应用 | 研究肿瘤内表型异质性的分子起源，并开发新的治疗策略 | 乳腺癌细胞系和原发肿瘤样本 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 转录组学 | 数学模型 | 转录组数据 | 涉及乳腺癌细胞系和原发肿瘤样本 |
| 317 | 2024-09-28 |
Identification of the regulatory circuit governing corneal epithelial fate determination and disease
2023-10, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3002336
PMID:37856539
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研究论文 | 研究通过多组学分析和单细胞RNA测序，揭示了角膜缘干细胞和表皮角质形成细胞的分子特征及其在角膜上皮命运决定和疾病中的调控机制 | 首次通过基因调控网络分析和单细胞RNA测序，揭示了角膜缘干细胞和表皮角质形成细胞的共同和特异性转录因子，并发现了与角膜不透明相关的FOSL2基因 | NA | 揭示角膜上皮命运决定和疾病的调控机制 | 角膜缘干细胞和表皮角质形成细胞 | NA | NA | 多组学分析、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 人类角膜缘干细胞和表皮角质形成细胞 |
| 318 | 2024-09-28 |
Single-cell RNA sequencing analysis reveals transcriptional heterogeneity of multiple primary lung cancer
2023-10, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1453
PMID:37846760
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了多发性原发性肺癌的转录异质性 | 首次全面揭示了多发性原发性肺癌的细胞特征和细胞间连接 | 研究样本量有限，仅包括六名患者 | 全面揭示多发性原发性肺癌的细胞特征和细胞间连接 | 多发性原发性肺癌患者的肿瘤和邻近组织 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 23个样本，来自6名患者 |
| 319 | 2024-09-28 |
Modeling idiopathic autism in forebrain organoids reveals an imbalance of excitatory cortical neuron subtypes during early neurogenesis
2023-09, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-023-01399-0
PMID:37563294
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研究论文 | 使用皮质类器官和单细胞转录组学研究自闭症谱系障碍（ASD）患者前脑发育的改变 | 首次通过皮质类器官和单细胞转录组学研究自闭症谱系障碍患者前脑发育的改变，揭示了兴奋性皮质神经元亚型在早期神经发生中的不平衡 | 未发现基因组变异解释观察到的转录组改变 | 研究自闭症谱系障碍患者前脑发育的改变及其潜在机制 | 自闭症谱系障碍患者及其未受影响的父亲的前脑发育 | 神经科学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 13个家庭的自闭症谱系障碍男孩及其未受影响的父亲 |
| 320 | 2024-09-28 |
Best practices for single-cell analysis across modalities
2023-08, Nature reviews. Genetics
DOI:10.1038/s41576-023-00586-w
PMID:37002403
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review | 本文总结了单细胞分析在多模态数据中的最佳实践流程 | 本文通过独立基准测试研究，总结了单细胞分析在多模态数据中的最佳实践流程，并为新手和高级用户提供了指导 | NA | 总结单细胞分析在多模态数据中的最佳实践流程 | 单细胞转录组学、染色质可及性、表面蛋白表达、适应性免疫受体谱分析和空间信息等多模态数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞技术 | NA | 多模态数据 | NA |