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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 301 | 2025-10-06 |
Cancer stem cells: Recent insights and therapies
2023-03, Biochemical pharmacology
IF:5.3Q1
DOI:10.1016/j.bcp.2023.115441
PMID:36720355
|
综述 | 本文综述了癌症干细胞的最新研究进展及其治疗策略 | 整合单细胞测序和空间转录组分析技术研究癌症干细胞,并总结靶向消除癌症干细胞的治疗策略 | NA | 探讨癌症干细胞在癌症生物学中的基础作用及治疗应用 | 癌症干细胞及其与肿瘤微环境中其他细胞的相互作用 | 肿瘤生物学 | 癌症 | 单细胞测序, 空间转录组分析 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 302 | 2025-10-06 |
Spatial Transcriptomics in Kidney Tissue
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3179-9_17
PMID:37423994
|
研究论文 | 详细介绍空间转录组测序技术在肾脏组织中的应用方法 | 整合组织学与RNA测序,在完整组织空间背景下解析转录组表达 | NA | 开发和应用空间转录组测序技术于肾脏组织研究 | 小鼠和人类肾脏组织 | 空间转录组学 | 肾脏疾病 | 空间转录组测序 | NA | 空间转录组数据,H&E图像 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium Spatial Tissue Optimization, Visium Spatial Gene Expression | Visium空间组织优化协议和Visium空间基因表达协议 |
| 303 | 2025-10-06 |
A single-cell RNA sequencing atlas of circulating leukocytes from healthy and osteosarcoma affected dogs
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1162700
PMID:37275879
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序构建了健康犬和骨肉瘤患犬循环白细胞图谱,并分析骨肉瘤对免疫细胞转录组的影响 | 首次构建犬类循环白细胞的单细胞RNA测序图谱,揭示了CD4 T细胞亚型的显著异质性,并发现骨肉瘤患犬中髓源性抑制细胞比例增加 | 样本量相对有限(健康犬7只,骨肉瘤患犬10只),且受犬类特异性试剂限制 | 深入表征犬类免疫细胞异质性,建立转化医学相关的动物模型 | 健康犬和骨肉瘤患犬的循环白细胞 | 单细胞测序 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 17只犬(7只健康犬,10只骨肉瘤患犬) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 304 | 2025-10-06 |
The integrated single-cell analysis developed a lactate metabolism-driven signature to improve outcomes and immunotherapy in lung adenocarcinoma
2023, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2023.1154410
PMID:37033259
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞分析构建了乳酸代谢驱动的特征模型,用于改善肺腺癌患者的预后和免疫治疗效果 | 首次利用单细胞RNA测序分析结合乳酸代谢相关基因构建预后模型,并验证了AHSA1基因在肺腺癌中的作用 | 需要更多外部数据集验证模型的普适性,实验验证仅限于AHSA1基因 | 构建基于乳酸代谢相关基因的预后模型,改善肺腺癌患者的治疗结果和免疫治疗效果 | 肺腺癌患者 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, AUCell算法, 相关性分析, Cox回归, Lasso回归 | 预后风险模型 | 基因表达数据 | 多个外部独立数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 305 | 2025-10-06 |
A novel liver zonation phenotype-associated molecular classification of hepatocellular carcinoma
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1140201
PMID:36936935
|
研究论文 | 基于肝分区特征建立了一种新的肝细胞癌分子分型系统 | 首次鉴定94个人类肝细胞特异性分区标志物,并基于这些标志物将肝细胞癌分为三个具有不同预后和免疫特征的亚型 | 研究依赖于公共数据库的回顾性数据,需要进一步实验验证 | 探索肝细胞癌的肝分区特征并建立新的分子分型系统 | 肝细胞癌患者样本 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,RNA测序,微阵列分析 | 非负矩阵分解共识聚类 | 基因表达数据 | 训练集616例HCC样本,验证集285例HCC样本 | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq,微阵列 | NA | NA |
| 306 | 2025-10-06 |
Analysis of cardiac single-cell RNA-sequencing data can be improved by the use of artificial-intelligence-based tools
2023-04-26, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-32293-1
PMID:37100826
|
研究论文 | 本研究开发了一种基于人工智能的单细胞RNA测序数据分析工具包,用于改善心肌再生研究中的细胞类型识别和信号通路分析 | 将三种AI技术(自动编码、稀疏建模和半监督学习)整合到scRNAseq数据分析中,相比传统方法能发现更多生物学差异 | 研究仅使用了来自公共数据库的三个数据集,需要更多独立验证 | 提高单细胞RNA测序数据分析的准确性和深度,以更好地理解心肌再生机制 | 小鼠和猪的心脏细胞,特别是心肌细胞亚群 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | 自动编码器, 稀疏建模, 半监督学习 | 基因表达数据 | 三个来自GEO数据库的scRNAseq数据集(包含小鼠和猪心脏细胞) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 307 | 2025-10-06 |
Mild/asymptomatic COVID-19 in unvaccinated pregnant mothers impairs neonatal immune responses
2023-09-12, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.172658
PMID:37698937
|
研究论文 | 本研究揭示未接种疫苗孕妇的轻度/无症状COVID-19感染会改变新生儿免疫细胞组成和功能 | 首次系统分析轻度/无症状感染对新生儿免疫系统的影响,发现即使无垂直传播或新生儿症状,胎儿免疫细胞仍出现功能改变 | 研究样本仅限于未接种疫苗孕妇,未评估疫苗接种对观察效应的影响 | 探究轻度/无症状母体SARS-CoV-2感染对新生儿免疫反应的影响 | 未接种疫苗孕妇的新生儿脐带血和绒毛膜绒毛样本 | 免疫学 | COVID-19 | 流式细胞术,单细胞RNA测序,TLR激动剂和病原体体外刺激 | NA | 单细胞转录组数据,流式细胞数据,功能反应数据 | 未明确具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 308 | 2025-10-06 |
An optimized approach for multiplexing single-nuclear ATAC-seq using oligonucleotide-conjugated antibodies
2023-04-28, Epigenetics & chromatin
IF:4.2Q1
DOI:10.1186/s13072-023-00486-7
PMID:37118773
|
研究论文 | 开发了一种使用寡核苷酸偶联抗体的单核ATAC-seq多重分析方法 | 首次使用识别核孔复合体蛋白的寡核苷酸偶联抗体进行单核ATAC-seq多重分析 | 仅在2重和4重样本中验证了方法准确性 | 开发单核ATAC-seq样本多重分析技术 | 人和小鼠细胞样本的混合样本 | 单细胞测序技术 | NA | 单核ATAC-seq, 寡核苷酸偶联抗体技术 | NA | 基因组测序数据 | 2重样本9144个细胞核,4重样本12208个细胞核 | NA | 单核ATAC-seq, 批量ATAC-seq | NA | NA |
| 309 | 2025-10-06 |
Tobacco smoke exposure recruits inflammatory airspace monocytes that establish permissive lung niches for Mycobacterium tuberculosis
2023-12-06, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adg3451
PMID:38055798
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序等技术揭示了烟草烟雾暴露如何通过招募炎性单核细胞建立有利于结核分枝杆菌生长的肺部微环境 | 首次发现吸烟者肺部存在未成熟炎性单核细胞的富集,并鉴定CD93作为这些新招募单核细胞的标志物,阐明了CCR2信号通路在单核细胞招募中的作用机制 | 研究样本量有限,主要基于支气管肺泡灌洗细胞,未涵盖更广泛的肺部组织样本 | 探究吸烟如何促进肺部微环境对结核分枝杆菌生长的易感性 | 当前吸烟者和从不吸烟者的原发性支气管肺泡灌洗细胞 | 免疫学 | 结核病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 流式细胞术, 功能分析 | NA | 单细胞转录组数据, 流式细胞数据 | 当前吸烟者和从不吸烟者的支气管肺泡灌洗细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 310 | 2025-10-06 |
CGCom: a framework for inferring Cell-cell Communication based on Graph Neural Network
2023-Nov-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.10.566642
PMID:38014057
|
研究论文 | 提出基于图神经网络的细胞间通讯推断框架CGCom,利用空间转录组数据预测细胞间通讯 | 首次将图神经网络与空间转录组数据结合,利用细胞邻近信息和配体-受体信号下游分子调控信息来推断细胞间通讯 | 仅在小鼠胚胎seqFISH数据集上进行了验证,尚未在其他生物系统或技术平台上测试 | 开发能够准确推断细胞间通讯的计算方法 | 小鼠胚胎细胞 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学,单细胞转录组测序 | 图神经网络(GNN) | 空间转录组数据,单细胞基因表达数据 | 小鼠胚胎seqFISH数据集 | NA | 空间转录组学,seqFISH | seqFISH | NA |
| 311 | 2025-10-06 |
Senescent cell population with ZEB1 transcription factor as its main regulator promotes osteoarthritis in cartilage and meniscus
2023-03, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1136/ard-2022-223227
PMID:36564153
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析人类膝关节软骨和半月板组织,发现了一个以ZEB1转录因子为主要调控因子的衰老细胞群在骨关节炎中起关键作用 | 首次在软骨和半月板组织中鉴定出共享的致病性衰老细胞亚群,并确定FAP和ZEB1作为该细胞群的主要调控因子 | 样本量相对有限(健康组n=6-7,OA组n=6),功能验证实验需要进一步扩展 | 研究骨关节炎发病机制中软骨和半月板组织的细胞异质性 | 人类膝关节软骨和半月板组织 | 单细胞生物学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学,基因过表达和敲除 | NA | 单细胞RNA测序数据,基因表达数据 | 软骨70,972个细胞,半月板78,017个细胞;来自健康(n=6-7)和OA(n=6)膝关节 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 312 | 2025-10-06 |
SINGLE CELL DISSECTION OF DEVELOPMENTAL ORIGINS AND TRANSCRIPTIONAL HETEROGENEITY IN B-CELL ACUTE LYMPHOBLASTIC LEUKEMIA
2023-Dec-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.04.569954
PMID:38106088
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析B细胞急性淋巴细胞白血病的发育起源和转录异质性 | 首次使用单细胞RNA测序系统分析B-ALL样本,并与正常B细胞发育参考图谱比较,揭示白血病细胞起源和瘤内异质性 | 样本数量相对有限(89个B-ALL样本),部分亚型样本可能代表性不足 | 解析B-ALL的发育起源和转录异质性,改进临床和基因组分类 | B细胞急性淋巴细胞白血病(B-ALL)患者样本 | 单细胞组学 | B细胞急性淋巴细胞白血病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 89个B-ALL样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 313 | 2025-10-06 |
Integration of whole transcriptome spatial profiling with protein markers
2023-06, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-022-01536-3
PMID:36593397
|
研究论文 | 开发了一种名为SPOTS的高通量空间转录组和蛋白质组同步分析技术 | 首次实现了空间转录组和蛋白质组的实验性整合,显著提高了信号分辨率和细胞聚类能力 | NA | 开发能够同时分析空间转录组和蛋白质组的技术方法 | 组织区域中的基因表达和蛋白质分布 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组测序, 蛋白质组分析 | NA | 空间转录组数据, 蛋白质表达数据 | NA | NA | 空间转录组学, 空间蛋白质组学 | SPOTS | Spatial PrOtein and Transcriptome Sequencing (SPOTS) 高通量同步空间转录组和蛋白质分析平台 |
| 314 | 2025-10-06 |
Single-cell analysis of human nasal mucosal IgE antibody secreting cells reveals a newly minted phenotype
2023-06, Mucosal immunology
IF:7.9Q1
DOI:10.1016/j.mucimm.2023.02.008
PMID:36931600
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析人类鼻黏膜IgE抗体分泌细胞,揭示其新近形成的表型特征 | 首次在过敏性真菌性鼻窦炎患者鼻息肉中发现IgE抗体分泌细胞具有早期新生浆细胞表型特征 | 样本量较小(n=3),仅针对鼻息肉组织进行研究 | 探究过敏性真菌性鼻窦炎患者鼻黏膜中IgE抗体分泌细胞的表型和功能特征 | 过敏性真菌性鼻窦炎患者的鼻息肉组织 | 单细胞组学 | 过敏性真菌性鼻窦炎 | 单细胞RNA测序,Ig基因谱系分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 3例患者鼻息肉样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 315 | 2025-10-06 |
A single-cell transposable element atlas of human cell identity
2023-Dec-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.28.573568
PMID:38234829
|
研究论文 | 开发了用于单细胞转座子元件位点水平分析的工具Stellarscope,并构建了人类PBMC中转座子元件表达的图谱 | 开发了能够将多重比对reads重新分配到特定基因组位点的工具,首次在单细胞水平系统构建了人类转座子元件表达图谱 | NA | 研究转座子元件在人类细胞身份识别中的作用 | 人类外周血单个核细胞(PBMC) | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 期望最大化算法 | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 316 | 2025-10-06 |
Multiomic analyses implicate a neurodevelopmental program in the pathogenesis of cerebral arachnoid cysts
2023-03, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-023-02238-2
PMID:36879130
|
研究论文 | 通过多组学分析揭示神经发育程序在脑蛛网膜囊肿发病机制中的作用 | 首次采用系统水平的多组学方法整合三重外显子组测序、单细胞RNA测序和自然语言处理数据研究脑蛛网膜囊肿 | 研究结果为初步发现,需要在适当临床背景下进一步验证 | 阐明脑蛛网膜囊肿的发病机制 | 脑蛛网膜囊肿患者及其父母、人类大脑和小鼠脑膜组织 | 自然语言处理 | 脑蛛网膜囊肿 | 外显子组测序,单细胞RNA测序,自然语言处理 | 无监督聚类 | 基因组数据,转录组数据,医疗记录文本 | 617个患者-父母三重样本,152,898个单细胞转录组 | NA | 单细胞RNA-seq,外显子组测序 | NA | NA |
| 317 | 2025-10-06 |
Probing regenerative heterogeneity of corticospinal neurons with scRNA-Seq
2023-Feb-21, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-2588274/v1
PMID:36865182
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序探究皮质脊髓神经元在脊髓损伤后再生能力的异质性 | 首次使用基于贴片的scRNA-Seq对稀有再生神经元进行深度测序,发现抗氧化反应和线粒体生物合成在再生中的关键作用,并开发了再生分类器 | 仅对数百个表型鉴定的CST神经元进行测序,样本规模有限 | 探究皮质脊髓神经元再生能力的异质性机制 | 皮质脊髓神经元 | 单细胞基因组学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序,生物信息学分析,条件性基因敲除 | 监督分类方法(Garnett) | 单细胞转录组数据 | 数百个表型鉴定的CST神经元 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基于贴片的单细胞RNA测序 |
| 318 | 2025-10-06 |
HIV-1 activates oxidative phosphorylation in infected CD4 T cells in a human tonsil explant model
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1172938
PMID:37325659
|
研究论文 | 本研究通过人类扁桃体离体模型探索HIV-1感染在淋巴组织中诱导的特定转录组变化 | 首次在人类扁桃体离体模型中揭示HIV-1感染的CD4+ T细胞氧化磷酸化基因上调及巨噬细胞的NLRP3炎症小体通路激活 | 研究基于离体模型,可能无法完全反映体内复杂环境;样本来源有限 | 探究HIV-1感染在淋巴组织不同细胞类型中诱导的转录组变化及其与慢性炎症的关系 | 健康人类供体的扁桃体组织中的CD4+ T细胞和巨噬细胞 | 单细胞转录组学 | HIV感染/艾滋病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 健康人类供体的扁桃体组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 319 | 2025-10-06 |
Proteostasis governs differential temperature sensitivity across embryonic cell types
2023-11-09, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2023.10.013
PMID:37949057
|
研究论文 | 本研究通过全动物单细胞RNA测序揭示了不同胚胎细胞类型对温度敏感性的差异机制 | 首次使用全动物单细胞RNA测序技术系统分析温度胁迫下斑马鱼胚胎发育,发现脊索鞘细胞因蛋白质稳态失衡导致发育缺陷 | 研究仅针对斑马鱼胚胎,结果在其他物种中的普适性需要进一步验证 | 探究胚胎发育过程中不同细胞类型对温度敏感性的分子基础 | 斑马鱼胚胎 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 数百个斑马鱼胚胎 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 全动物单细胞RNA测序 |
| 320 | 2025-10-06 |
Bering: joint cell segmentation and annotation for spatial transcriptomics with transferred graph embeddings
2023-Sep-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.19.558548
PMID:37786667
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研究论文 | 提出一种名为Bering的图深度学习模型,用于空间转录组数据的联合细胞分割和分子注释 | 利用转录共定位关系进行联合噪声感知细胞分割,通过转移图嵌入实现多模态输入,并构建预训练模型提高泛化能力 | 未明确说明模型在特定组织类型或技术平台上的性能限制 | 解决空间转录组学中细胞分割和注释的准确性问题 | 空间转录组数据中的单个细胞 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组测序技术 | 图深度学习模型 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |