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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 301 | 2025-11-09 |
Cellular senescence in white matter microglia is induced during ageing in mice and exacerbates the neuroinflammatory phenotype
2023-06-23, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-05027-2
PMID:37353538
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示白质小胶质细胞在衰老过程中发生细胞衰老,并加剧神经炎症表型 | 首次发现白质小胶质细胞在衰老和疾病模型中发生细胞衰老,并证实共生细菌促进衰老小胶质细胞积累 | 研究主要基于小鼠模型,人类中枢神经系统中的相关性尚需进一步验证 | 探讨中枢神经系统细胞衰老特征及其在神经功能障碍中的作用 | 小鼠脑部和脊髓中的小胶质细胞 | 神经科学 | 神经退行性疾病 | 单细胞转录组分析 | 基因敲除小鼠模型 | 单细胞RNA测序数据 | 多种小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 302 | 2025-11-06 |
ScRNA analysis and ferroptosis-related ceRNA regulatory network investigation in microglia cells at different time points after spinal cord injury
2023-Sep-19, Journal of orthopaedic surgery and research
IF:2.8Q1
DOI:10.1186/s13018-023-04195-5
PMID:37726826
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析脊髓损伤后不同时间点小胶质细胞,并研究铁死亡相关的ceRNA调控网络 | 首次在单细胞水平揭示脊髓损伤后不同时间点小胶质细胞的铁死亡相关ceRNA调控网络,鉴定出关键基因Stmn1和Fgfbr1 | 研究基于小鼠模型数据,尚未进行实验验证 | 探究脊髓损伤后不同时间点小胶质细胞的免疫炎症生物标志物和调控机制 | 小鼠脊髓损伤后3天和14天的小胶质细胞 | 单细胞转录组学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 小鼠脊髓损伤后3天和14天的单细胞数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 303 | 2025-11-05 |
Early events marking lung fibroblast transition to profibrotic state in idiopathic pulmonary fibrosis
2023-Apr-21, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-023-02419-0
PMID:37085855
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学识别了特发性肺纤维化中成纤维细胞向促纤维化状态转变的早期事件 | 首次发现核糖体蛋白全局下调和铜结合蛋白显著上调标志着IPF转变,并识别了新的过渡性成纤维细胞亚群 | 研究样本量有限,且主要关注成纤维细胞而忽略了其他细胞类型在疾病进展中的作用 | 探究特发性肺纤维化中成纤维细胞从正常向促纤维化状态转变的早期分子事件 | 健康对照和IPF患者肺组织中的成纤维细胞 | 单细胞生物学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞转录组测序,免疫荧光检测 | NA | 单细胞RNA测序数据,免疫荧光图像 | 健康对照和IPF患者肺组织样本(上下肺叶) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 304 | 2025-10-23 |
Accurate estimation of rare cell type fractions from tissue omics data via hierarchical deconvolution
2023-Mar-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.15.532820
PMID:36993280
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研究论文 | 提出一种名为HiDecon的分层反卷积方法,用于从组织组学数据中准确估计稀有细胞类型的比例 | 使用单细胞RNA测序参考和分层细胞类型树来建模细胞类型间的相似性和分化关系,通过跨层级协调细胞比例来校正估计偏差 | 需要单细胞RNA测序参考数据,且在细胞类型高度相关或极稀有情况下仍可能存在估计挑战 | 开发能够准确估计组织中细胞类型比例的方法,特别是针对稀有细胞类型 | 组织样本中的细胞类型比例 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序,分层反卷积 | 分层反卷积模型 | 批量转录组数据,单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |
| 305 | 2025-10-17 |
Stomach encyclopedia: Combined single-cell and spatial transcriptomics reveal cell diversity and homeostatic regulation of human stomach
2023-10-31, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.113236
PMID:37819756
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研究论文 | 通过单细胞和空间转录组学技术构建人类胃部细胞图谱,揭示胃部细胞多样性和稳态调控机制 | 构建了迄今为止最大的胃部单细胞和空间转录组数据集,发现LEFTY1作为未表征的干细胞标志物 | NA | 阐明人类胃部的精确细胞生物学特征和稳态调控机制 | 人类胃部组织 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 约380,000个细胞 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 306 | 2025-10-16 |
A Novel Prognostic Pyroptosis-Related Gene Signature Correlates to Oxidative Stress and Immune-Related Features in Gliomas
2023, Oxidative medicine and cellular longevity
DOI:10.1155/2023/4256116
PMID:36778205
|
研究论文 | 构建并验证了一个基于焦亡相关基因的胶质瘤预后模型 | 首次将焦亡相关基因与胶质瘤预后关联,并构建了包含9个基因的预后特征 | 研究基于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 开发胶质瘤预后预测工具并探索潜在治疗靶点 | 胶质瘤患者和U87胶质瘤细胞系 | 生物信息学 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序,LASSO-Cox回归,Kaplan-Meier分析,KEGG/GO富集分析 | 预后风险模型 | 基因表达数据,临床数据 | TCGA和CGGA队列的胶质瘤患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 307 | 2025-10-15 |
Differential detection workflows for multi-sample single-cell RNA-seq data
2023-Dec-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.17.572043
PMID:38187695
|
研究论文 | 开发用于单细胞转录组数据中差异检测分析的工作流程 | 提出差异检测(DD)概念,关注基因在样本或细胞中被检测到的平均比例差异,而非传统差异基因表达(DE)的平均表达量差异 | NA | 建立联合评估差异基因表达和差异检测的统一工作流程 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 308 | 2025-10-12 |
A transcriptional response to replication stress selectively expands a subset of Brca2-mutant mammary epithelial cells
2023-08-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-40956-w
PMID:37626143
|
研究论文 | 本研究揭示了BRCA2突变乳腺上皮细胞在复制压力下通过转录反应选择性扩增激素受体阴性管腔细胞的机制 | 首次发现BRCA2杂合突变乳腺器官在复制压力下通过激活特定转录反应选择性扩增HR-管腔细胞,并鉴定出Tspan8和Thrsp基因在此过程中的关键作用 | 研究主要基于乳腺器官模型,需要在体内环境中进一步验证这些发现 | 探究BRCA2突变如何影响乳腺上皮亚群在复制压力下的行为 | Brca2突变乳腺器官和乳腺上皮细胞 | 癌症生物学 | 乳腺癌 | CyTOF质谱流式,scRNA-seq单细胞RNA测序,CRISPR/Cas9基因编辑 | NA | 单细胞转录组数据,蛋白质表达数据 | 野生型和Brca2突变乳腺器官 | NA | 单细胞RNA测序,质谱流式细胞术 | NA | NA |
| 309 | 2025-10-11 |
A comparative study of in vitro air-liquid interface culture models of the human airway epithelium evaluating cellular heterogeneity and gene expression at single cell resolution
2023-Aug-28, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-023-02514-2
PMID:37635251
|
研究论文 | 比较BCi-NS1.1细胞系与原发性细胞来源的气液界面培养模型在单细胞分辨率下的细胞异质性和基因表达差异 | 首次在单细胞分辨率下系统比较工程化基底细胞系与原发性细胞来源的气液界面培养模型的基因表达和免疫功能差异 | 样本量较小(各3个独立分化/供体),未完全表征所有基因表达和免疫功能差异 | 评估BCi-NS1.1细胞系作为气液界面培养模型的适用性 | 人气道上皮细胞的气液界面培养模型 | 单细胞生物学 | 呼吸道感染疾病 | 单细胞RNA测序,免疫荧光染色 | NA | 单细胞RNA测序数据,图像数据 | BCi-NS1.1来源培养物(3个独立分化),原代细胞来源培养物(3个不同供体) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 310 | 2025-10-05 |
CD34+ cell-derived fibroblast-macrophage cross-talk drives limb ischemia recovery through the OSM-ANGPTL signaling axis
2023-04-14, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.add2632
PMID:37043578
|
研究论文 | 本研究揭示了CD34+细胞通过OSM-ANGPTL信号轴促进肢体缺血恢复的细胞机制 | 首次结合单细胞RNA测序和遗传谱系追踪技术,提供了正常和缺血肢体组织的精确单细胞图谱,发现CD34+细胞作为成纤维细胞前体促进组织再生 | 未明确说明样本规模和技术重复次数 | 探究CD34+细胞在缺血肌肉微环境中的分化潜能和功能作用 | 人类和小鼠的正常及缺血肢体组织 | 单细胞生物学 | 肢体缺血 | 单细胞RNA测序, 遗传谱系追踪 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 311 | 2025-10-05 |
Atypical B cells consist of subsets with distinct functional profiles
2023-Dec-15, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.108496
PMID:38098745
|
研究论文 | 通过单细胞测序技术识别了非典型B细胞中三个功能各异的亚群 | 首次在慢性疟疾暴露人群中鉴定出三个具有不同转录和功能特征的非典型B细胞新亚群 | 研究聚焦于疟疾慢性感染人群,结果可能不适用于其他免疫激活状态 | 阐明非典型B细胞在人类适应性免疫应答中的具体作用 | 慢性疟疾寄生虫暴露个体的非典型B细胞 | 单细胞生物学 | 疟疾 | 单细胞测序 | NA | 转录组、细胞表面标志物、B细胞受体 | 慢性疟疾暴露个体(具体数量未明确) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 312 | 2025-10-05 |
Single-cell sequencing of a novel model of neonatal bile duct ligation in mice identifies macrophage heterogeneity in obstructive cholestasis
2023-08-29, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-41207-0
PMID:37644108
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研究论文 | 本研究开发了一种新型新生小鼠胆道梗阻模型,并通过单细胞测序揭示了梗阻性胆汁淤积中巨噬细胞的异质性 | 创建了死亡率低的新生儿胆道结扎模型,首次通过单细胞RNA测序比较不同病因胆汁淤积中巨噬细胞功能的特异性差异 | 研究仅限于小鼠模型,需要进一步与人类数据进行比较验证 | 阐明梗阻性胆汁淤积中巨噬细胞亚群的特异性功能和作用机制 | 新生BALB/c小鼠胆道结扎模型和轮状病毒诱导的胆道闭锁模型 | 单细胞生物学 | 梗阻性胆汁淤积 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,组织学染色 | 动物模型 | 单细胞转录组数据,流式细胞数据,组织学图像数据 | 新生BALB/c小鼠胆道结扎模型和对照组 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 313 | 2025-10-05 |
A high-throughput single-cell RNA expression profiling method identifies human pericyte markers
2023-12, Neuropathology and applied neurobiology
IF:4.0Q1
DOI:10.1111/nan.12942
PMID:37812061
|
研究论文 | 通过高通量单细胞RNA测序方法鉴定人脑周细胞特异性标志物 | 首次使用EasySci单细胞转录组测序技术系统鉴定人脑周细胞特异性基因标志物SLC6A12和SLC19A1 | 在其他人体器官(肾、肺、肝、肌肉)中未观察到相同的周细胞染色模式,组织特异性较强 | 鉴定和优化人脑周细胞的通用组织学标志物 | 人和小鼠不同脑区的周细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序, 免疫组化, 免疫印迹 | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据 | 多个人和小鼠脑区样本,以及肾、肺、肝、肌肉等器官探索性样本 | NA | 单细胞RNA-seq | EasySci | 高通量低成本单细胞转录组测序方法 |
| 314 | 2025-10-05 |
A spatially resolved atlas of the human lung characterizes a gland-associated immune niche
2023-01, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-022-01243-4
PMID:36543915
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研究论文 | 本研究通过多组学单细胞技术和空间转录组学构建了人类肺部空间分辨图谱,揭示了气管粘膜下腺中的免疫细胞生存微环境 | 发现了气管粘膜下腺中IgA浆细胞的生存微环境,并证明腺上皮细胞通过表达CCL28、APRIL和IL-6招募B细胞和IgA浆细胞,促进其局部存活和抗体分泌 | NA | 重新定义肺和气管的组织结构,解析人类肺部的空间组织结构 | 健康人类肺部的五个近端到远端位置 | 空间转录组学 | 呼吸系统疾病 | 单细胞转录组学, 空间转录组学, 多组学分析 | NA | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据 | 人类肺部五个解剖位置的样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 315 | 2025-10-05 |
Rapid and signal crowdedness-robust in situ sequencing through hybrid block coding
2023-11-21, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2309227120
PMID:37963245
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研究论文 | 介绍一种名为SPRINTseq的新型原位测序方法,通过混合块编码和分子稀释策略实现快速、高分辨率的空间转录组分析 | 结合混合块编码和分子稀释策略,解决了现有方法在分辨率、灵敏度或速度方面的限制 | NA | 开发改进的空间转录组技术以探索复杂生物过程和疾病机制 | 小鼠大脑冠状切片中的453,843个细胞 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 原位测序 | NA | 空间转录组数据 | 4个小鼠大脑冠状切片中的453,843个细胞,恢复超过1.42亿个转录本 | NA | 空间转录组学,原位测序 | SPRINTseq | 使用108个基因panel的混合块编码和分子稀释策略 |
| 316 | 2025-10-05 |
NMDAR antagonists suppress tumor progression by regulating tumor-associated macrophages
2023-11-21, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2302126120
PMID:37967215
|
研究论文 | 本研究揭示了NMDAR在肿瘤相关巨噬细胞中的免疫抑制作用及其拮抗剂的抗肿瘤潜力 | 首次发现NMDAR激活通过钙内流和活性氧生成驱动肿瘤相关巨噬细胞的免疫抑制功能,并证明NMDAR拮抗剂可逆转此过程 | 研究主要聚焦于肝细胞肉瘤和纤维肉瘤模型,尚未验证其他肿瘤类型 | 探究NMDAR在肿瘤微环境中对巨噬细胞的调控机制及治疗潜力 | 肿瘤相关巨噬细胞、T细胞、NK细胞 | 肿瘤免疫学 | 肝细胞肉瘤、纤维肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 317 | 2025-10-05 |
Controlling donor and newborn neuron migration and maturation in the eye through microenvironment engineering
2023-11-14, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2302089120
PMID:37931105
|
研究论文 | 通过微环境工程控制供体和新生神经元在眼中的迁移与成熟 | 建立了'计算模拟-体外实验-体内验证'框架,首次利用单细胞转录组数据筛选出SDF1作为引导分子,在视网膜中构建人工梯度显著促进神经元迁移 | 研究仅聚焦于视网膜神经节细胞,未验证该方法在其他神经元类型或脑区的普适性 | 开发控制移植后供体细胞行为的精准方法,促进神经元整合 | 视网膜神经节细胞(RGCs) | 神经科学 | 青光眼 | 单细胞转录组测序,计算机模拟分析,体外功能实验 | NA | 基因表达数据,细胞迁移数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 318 | 2025-10-05 |
A cellular and molecular spatial atlas of dystrophic muscle
2023-07-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2221249120
PMID:37410813
|
研究论文 | 通过整合空间转录组学和单细胞RNA测序数据,构建了营养不良肌肉的高分辨率细胞和分子空间图谱 | 首次将空间转录组学与单细胞RNA测序相结合,揭示了DMD肌肉中细胞群体的非均匀分布和异步再生特征 | 研究基于D2-mdx小鼠模型,结果向人类DMD的转化需要进一步验证 | 研究杜氏肌营养不良症中异步肌肉再生对疾病进展的生物学机制 | 严重营养不良的D2-mdx小鼠模型的肌肉组织 | 空间生物学 | 杜氏肌营养不良症 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | 空间基因表达数据, 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 319 | 2025-10-05 |
Integrative in situ mapping of single-cell transcriptional states and tissue histopathology in a mouse model of Alzheimer's disease
2023-03, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-022-01251-x
PMID:36732642
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研究论文 | 开发STARmap PLUS方法,结合空间转录组学和蛋白质检测,绘制阿尔茨海默病小鼠模型的单细胞转录状态与组织病理学图谱 | 首次实现高分辨率空间转录组学与蛋白质检测在同一组织切片中的整合,揭示淀粉样斑块周围的核心-壳结构细胞分布 | 仅在阿尔茨海默病小鼠模型中验证,样本量有限 | 研究阿尔茨海默病发病机制中的时空细胞和分子变化 | 阿尔茨海默病小鼠模型的脑组织 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学,蛋白质检测 | NA | 空间转录组数据,蛋白质表达数据,组织图像 | 8月龄和13月龄阿尔茨海默病小鼠脑组织 | NA | 空间转录组学 | STARmap PLUS | 高分辨率空间转录组学与蛋白质检测整合方法 |
| 320 | 2025-10-05 |
Insights gained from single-cell analysis of chimeric antigen receptor T-cell immunotherapy in cancer
2023-11-08, Military Medical Research
IF:16.7Q1
DOI:10.1186/s40779-023-00486-4
PMID:37941075
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综述 | 探讨单细胞分析在嵌合抗原受体T细胞免疫疗法中的应用与进展 | 系统总结单细胞测序技术如何优化CAR-T细胞疗法的受体设计、基因修饰和制造条件 | NA | 分析CAR-T免疫疗法在临床实践中失败的原因及单细胞测序技术带来的突破 | 嵌合抗原受体T细胞免疫疗法 | 单细胞分析 | 血液系统恶性肿瘤 | 单细胞测序 | NA | 单细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |