单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5353 篇文献，本页显示第 3121 - 3140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3121 | 2024-08-07 |
Prmt5 deficiency inhibits CD4+ T-cell Klf2/S1pr1 expression and ameliorates EAE disease
2023-Aug-02, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-023-02854-2
PMID:37533053
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研究论文 | 研究探讨了蛋白精氨酸甲基转移酶5（Prmt5）在CD4+ T细胞中的作用及其对实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）的影响 | 首次详细阐述了Prmt5通过抑制Klf2-S1pr1通路来改善EAE疾病的分子机制 | NA | 阐明Prmt5在T细胞生物学中的未知作用及其对EAE疾病的影响 | CD4+ T细胞中的Prmt5功能及其对EAE的影响 | NA | 自身免疫性疾病 | 流式细胞术，单细胞RNA测序，ATAC测序，染色质免疫沉淀实验 | NA | 细胞 | Prmt5条件性敲除（CD4-cre-Prmt5fl/fl，Prmt5cko）和Prmt5fl/fl（WT）小鼠 |
| 3122 | 2024-08-05 |
Single-cell sequencing on CD8+ TILs revealed the nature of exhausted T cells recognizing neoantigen and cancer/testis antigen in non-small cell lung cancer
2023-08, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2023-007180
PMID:37544663
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序揭示了非小细胞肺癌中疲惫T细胞的特点，尤其是识别新抗原和癌/testis抗原的CD8+肿瘤浸润淋巴细胞(TILs) | 本文创新性地分析了疲惫T细胞的TCR克隆群体，并探讨了肿瘤抗原特异性T细胞的特征 | 研究样本量相对较小，仅限于三例手术切除的肺癌标本 | 本研究旨在揭示非小细胞肺癌中CD8+ TILs的特性和肿瘤抗原特异性T细胞的功能 | 研究对象为从三例肺癌标本中提取的CD8+ TILs | 数字病理学 | 非小细胞肺癌 | 单细胞RNA测序和单细胞T细胞受体测序 | NA | 基因表达数据 | 6998个CD8+ T细胞 |
| 3123 | 2024-08-07 |
Exploring Influenza A Virus-Induced Lung Injury and Immune Response Based on Humanized Lung-on-Chip
2023-08, Discovery medicine
IF:2.0Q3
DOI:10.24976/Discov.Med.202335177.55
PMID:37553308
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研究论文 | 本研究通过构建人源化肺芯片模型，系统分析了流感A病毒感染后外周血单个核细胞（PBMCs）的转录组特征 | 利用肺芯片结合单细胞RNA测序技术，提供了一个独特的平台来深入研究流感A病毒感染后的肺部免疫反应和新治疗策略 | NA | 旨在系统分析流感A病毒感染后PBMCs的转录组特征 | 流感A病毒感染后的外周血单个核细胞（PBMCs） | 数字病理学 | 流感 | 单细胞RNA测序 | 肺芯片 | 转录组数据 | 涉及多种细胞类型，包括肺泡上皮细胞、血管内皮细胞、肺泡巨噬细胞和PBMCs |
| 3124 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome atlas reveals spatiotemporal developmental trajectories in the basal roots of moso bamboo (Phyllostachys edulis)
2023-Aug, Horticulture research
IF:7.6Q1
DOI:10.1093/hr/uhad122
PMID:37554343
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研究论文 | 本研究通过改进原生质体制备方法，报道了毛竹基部根尖的单细胞转录组图谱，揭示了其细胞类型分化和发育轨迹 | 首次报道了毛竹基部根尖的单细胞转录组图谱，并定义了新的细胞类型特异性标记基因，揭示了毛竹与水稻在根发育路径上的差异 | NA | 探究毛竹基部根尖细胞分化和根系结构的机制 | 毛竹基部根尖的单细胞转录组 | NA | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 14,279个过滤后的单细胞 |
| 3125 | 2024-08-05 |
Bioinformatics analysis and single-cell RNA sequencing: elucidating the ubiquitination pathways and key enzymes in lung adenocarcinoma
2023-Jul-31, Journal of thoracic disease
IF:2.1Q3
DOI:10.21037/jtd-23-795
PMID:37559628
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析肺腺癌中的泛素化通路及关键酶的作用 | 文章揭示了PSMD14在肺腺癌恶性调控中的关键作用，具有潜在的预后和治疗生物标志物价值 | 研究主要基于数据分析，缺乏大规模临床验证 | 鉴定与肺腺癌发展相关的关键分子及其泛素化修饰 | 重点研究了与肺腺癌相关的单细胞及 bulk 转录组数据 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 分析了来自GEO和TCGA数据库的单细胞和bulk转录组数据 |
| 3126 | 2024-08-07 |
Predicting key gene related to immune infiltration and myofibroblast-like valve interstitial cells in patients with calcified aortic valve disease based on bioinformatics analysis
2023-Jul-31, Journal of thoracic disease
IF:2.1Q3
DOI:10.21037/jtd-23-72
PMID:37559614
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析，预测与钙化性主动脉瓣疾病相关的关键基因CTHRC1，并探讨其在免疫细胞浸润和心肌成纤维细胞样瓣膜间质细胞中的作用 | 首次识别CTHRC1为钙化性主动脉瓣疾病的关键基因，并揭示其与免疫细胞浸润和心肌成纤维细胞样瓣膜间质细胞的关系 | NA | 探索钙化性主动脉瓣疾病的潜在生物标志物及其在疾病进展中免疫细胞浸润的作用 | 钙化性主动脉瓣疾病、关键基因CTHRC1、免疫细胞浸润、心肌成纤维细胞样瓣膜间质细胞 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 微阵列数据分析、基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析、机器学习算法、CIBERSORT | 机器学习算法 | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据 | 基于三个微阵列数据集：GSE12644、GSE51472和GSE83453 |
| 3127 | 2024-08-07 |
Propionyl-CoA carboxylase subunit B modulates PIK3CA-regulated immune-surveillance in a pancreatic cancer mouse model
2023-Jul-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.24.550301
PMID:37546948
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研究论文 | 研究通过基因删除筛选发现丙酰辅酶A羧化酶亚基B（PCCB）调节PIK3CA介导的免疫逃逸，影响胰腺癌的免疫治疗效果 | 首次发现PCCB在调节PIK3CA介导的胰腺癌免疫监视中的作用，并通过单细胞RNA测序揭示了T细胞的耗竭状态 | 研究主要在鼠模型中进行，需要进一步验证在人类胰腺癌中的效果 | 探索PI3K抑制剂抵抗胰腺癌的潜在因素 | 胰腺导管腺癌（PDAC）及其免疫治疗 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 使用KPC细胞系植入小鼠胰腺进行实验 |
| 3128 | 2024-08-05 |
ScopeViewer: A Browser-Based Solution for Visualizing Spatial Transcriptomics Data
2023-Jul-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.24.549256
PMID:37546786
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研究论文 | 本研究介绍了ScopeViewer，一种基于浏览器的视觉化空间转录组学数据解决方案。 | ScopeViewer提供了多种功能，以解决空间转录组学数据可视化中的挑战，如多级缩放、双重交互查看和优化带宽显示等。 | 未提及特定的局限性 | 旨在改善空间转录组学数据的可视化和用户体验。 | 主要研究对象为空间转录组学数据和相关的大型图像数据集。 | 数字病理学 | NA | NA | NA | 图像 | NA |
| 3129 | 2024-08-05 |
Characterization of cell-fate decision landscapes by estimating transcription factor dynamics
2023-07-24, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100512
PMID:37533652
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研究论文 | 本文提出了一种方法FateCompass，通过特定的转录因子动力学来表征细胞命运决策景观 | FateCompass结合了单细胞转录组学数据与RNA速度，估计了转录因子的动态活动，并识别了特定谱系的调节因子 | 在单细胞水平上估计调控活动仍然具有挑战性 | 研究在分化过程中转录因子的动态调控活动 | 针对特定谱系的转录因子进行研究 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | 线性模型 | RNA数据 | 涉及胰腺内分泌细胞分化的数据集 |
| 3130 | 2024-08-07 |
Mouse gingival single-cell transcriptomic atlas: An activated fibroblast subpopulation guides oral barrier immunity in periodontitis
2023-Jul-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.13.536751
PMID:37546811
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序构建了小鼠牙周炎模型中的牙龈细胞图谱，并识别出一种激活的成纤维细胞亚群，该亚群在牙周炎中引导口腔屏障免疫。 | 首次识别出一种激活的成纤维细胞亚群（AG成纤维细胞），该亚群在牙周炎中引导口腔炎症，并通过AG成纤维细胞-中性粒细胞-ILC3轴引发牙龈炎症。 | NA | 揭示牙周炎中异常口腔屏障免疫的启动机制。 | 小鼠牙周炎模型中的牙龈细胞。 | 数字病理学 | 牙周病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 3131 | 2024-08-07 |
Inhibition of NETosis via PAD4 alleviated inflammation in giant cell myocarditis
2023-Jul-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.107162
PMID:37534129
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了来自巨细胞心肌炎（GCM）大鼠和正常大鼠心脏的15,714个细胞，发现NETosis在GCM过程中起作用，并使用GSK484抑制剂减轻了GCM的炎症反应。 | 本研究首次详细阐述了NETosis在巨细胞心肌炎发病机制中的作用，并发现GSK484抑制剂可作为潜在的治疗靶点。 | NA | 探讨NETosis在巨细胞心肌炎中的作用及其作为治疗靶点的可能性。 | 巨细胞心肌炎大鼠和正常大鼠的心脏细胞。 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 15,714个细胞 |
| 3132 | 2024-08-07 |
Single-cell immune profiling reveals broad anti-inflammation response in bipolar disorder patients with quetiapine and valproate treatment
2023-Jul-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.107057
PMID:37534158
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了喹硫平和丙戊酸联合治疗双相障碍患者对免疫动态的影响 | 首次揭示了喹硫平和丙戊酸联合治疗双相障碍患者后，B细胞和促炎性肥大细胞及嗜酸性粒细胞的炎症相关基因下调，以及核糖体肽生产基因的减少 | NA | 探讨喹硫平和丙戊酸联合治疗双相障碍患者对免疫动态的影响 | 双相障碍患者的免疫动态 | NA | 双相障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 3133 | 2024-08-05 |
Integrated analysis of single-cell and bulk RNA-seq establishes a novel signature for prediction in gastric cancer
2023-Jul-15, World journal of gastrointestinal oncology
IF:2.5Q3
DOI:10.4251/wjgo.v15.i7.1215
PMID:37546563
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研究论文 | 通过整合单细胞和整体RNA测序数据，建立了一个预测胃癌的新模型 | 首次结合单细胞RNA-seq和整体RNA-seq数据，深入分析胃癌细胞类型及其差异表达基因，建立了胃癌预测模型 | 对其他非上皮细胞类型和更大样本规模的验证不足 | 创造一个基于RNA测序数据的胃癌预测模型 | 整合多个单细胞和整体RNA测序数据，分析胃癌及正常胃组织中的细胞类型及基因表达 | 数字病理学 | 胃癌 | RNA测序 | LASSO分类器和随机森林模型 | 基因组数据 | 涉及70707个细胞和10个整体RNA-seq数据集 |
| 3134 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome analysis reveals T population heterogeneity and functions in tumor microenvironment of colorectal cancer metastases
2023-Jul, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e17119
PMID:37539320
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了结直肠癌转移瘤微环境中T细胞群体的异质性和功能 | 发现了结直肠癌转移中T细胞群体的特定基因表达模式和免疫微环境的组成成分 | NA | 展示结直肠癌转移免疫微环境中T细胞群体的特征 | 结直肠癌转移中的T细胞群体 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 3,003个外周血细胞和4,656个组织细胞 |
| 3135 | 2024-08-05 |
Prognosis and therapeutic benefits prediction based on NK cell marker genes through single-cell RNA-seq with integrated bulk RNA-seq analysis for hepatocellular carcinoma
2023, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2023.1208165
PMID:37554171
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和整合的批量RNA测序分析，研究NK细胞标记基因在肝细胞癌中的预后和治疗益处预测 | 首次鉴定了HCC的251个NK细胞标记基因，并开发了相关的预后特征NKPS | NA | 研究NK细胞标记基因与肝细胞癌的预后及治疗预测之间的关系 | 肝细胞癌患者及其NK细胞标记基因 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | 来自不同临床亚组的多个外部数据集（共涉及多个样本） |
| 3136 | 2024-08-05 |
Protoplast Isolation for Plant Single-Cell RNA-seq
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3299-4_14
PMID:37540365
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研究论文 | 本文描述了一种用于植物单细胞RNA测序的高效原生质体分离方案 | 提供了一种新颖的高效原生质体分离协议，以提高植物单细胞RNA测序的应用 | 文章未提及分离方法在不同植物种类中的适用性 | 研究植物细胞类型的基因表达多样性 | 关注植物的原生质体以进行单细胞RNA测序 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 3137 | 2024-08-05 |
sc-ImmuCC: hierarchical annotation for immune cell types in single-cell RNA-seq
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1223471
PMID:37545533
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研究论文 | 本文开发了一种工具sc-ImmuCC，用于从单细胞RNA-seq数据中对免疫细胞类型进行分层注释 | 创新点在于提出了一种基于优化基因集和ssGSEA算法的分层注释策略，能够注释九个主要免疫细胞类型和29种细胞亚型 | 该工具的准确性可能受到单细胞RNA-seq数据的异质性和稀疏性的限制 | 研究的目的是提高单细胞RNA-seq数据中免疫细胞类型的识别准确性 | 研究对象为单细胞RNA-seq数据中的免疫细胞类型 | 数字病理 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | 涉及COVID-19、流感和健康捐赠者的数据集 |
| 3138 | 2024-08-05 |
RobustCCC: a robustness evaluation tool for cell-cell communication methods
2023, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2023.1236956
PMID:37547470
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研究论文 | 开发了一种名为RobustCCC的工具，用于评估细胞间通讯方法的鲁棒性 | 创新性地集成了14种最先进的细胞间通讯方法，并使用6个模拟的单细胞转录组数据集进行鲁棒性评估 | 目前的研究主要关注于模拟数据集的鲁棒性，实际应用中可能存在不同的影响因素 | 评估细胞间通讯方法的鲁棒性 | 集成的14种细胞间通讯方法和6个模拟的单细胞转录组数据集 | 计算生物学 | NA | 转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 6个模拟的单细胞转录组数据集 |
| 3139 | 2024-08-05 |
Application of spatial transcriptomics analysis using the Visium system for the mouse nasal cavity after intranasal vaccination
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1209945
PMID:37545501
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研究论文 | 本研究使用Visium系统分析了小鼠鼻腔在抗原接种后的瞬时基因表达变化 | 建立了使用Visium系统进行小鼠鼻腔空间转录组学分析的方法，揭示了免疫细胞早期响应的基因表达变化 | 研究仅限于小鼠模型，结果是否适用于其他动物或人体尚未验证 | 探讨新型鼻用疫苗在诱导黏膜免疫尤其是免疫细胞的早期激活方面的效果 | 小鼠疫苗接种后的免疫应答及其相关基因表达变化 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 小鼠耳内注射的疫苗样本数未具体说明 |
| 3140 | 2024-08-05 |
The current state and future of T-cell exhaustion research
2023, Oxford open immunology
DOI:10.1093/oxfimm/iqad006
PMID:37554723
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研究论文 | 本文回顾了T细胞耗竭的当前研究状态及其未来发展。 | 提出了一种基于代谢、表观遗传、转录和激活的表型标记的统一定义方法'M.E.T.A'来明确T细胞耗竭的现象。 | 目前对耗竭的分子机制理解有限，且文献中存在不一致。 | 旨在整合关于T细胞耗竭的研究，促进其深入理解和分析。 | 集中研究原生和重定向的T细胞耗竭状态。 | NA | 癌症 | 单细胞RNA测序和CRISPR筛选 | NA | NA | NA |