单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5353 篇文献，本页显示第 3081 - 3100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3081 | 2024-08-07 |
Single-cell causal network inferred by cross-mapping entropy
2023-09-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad281
PMID:37544659
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研究论文 | 本文提出了一种新的因果关系准则——邻域交叉映射熵（NME），用于从稳态数据和时间序列数据中推断基因调控网络（GRNs） | NME能够量化变量间的‘连续因果关系’或功能依赖性，基于其函数连续性与变化的邻域大小，显示出比现有方法更优越的性能 | NA | 旨在解决由于数据噪声和分子非线性导致的基因间因果关系识别难题 | 基因调控网络（GRNs）及其在单细胞RNA测序数据中的应用 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 邻域交叉映射熵（NME） | 基因数据 | NA |
| 3082 | 2024-08-07 |
Reanalysis of single-cell data reveals macrophage subsets associated with the immunotherapy response and prognosis of patients with endometrial cancer
2023-09-15, Experimental cell research
IF:3.3Q2
DOI:10.1016/j.yexcr.2023.113736
PMID:37541419
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研究论文 | 本文通过分析单细胞RNA测序数据和批量RNA测序数据，揭示了与子宫内膜癌患者免疫治疗反应和预后相关的巨噬细胞亚群 | 首次识别出与子宫内膜癌免疫治疗反应相关的巨噬细胞亚群，并构建了一个预测子宫内膜癌患者预后的基因标志物 | NA | 研究子宫内膜癌的肿瘤微环境特征及其对免疫治疗反应和预后的影响 | 子宫内膜癌患者的巨噬细胞亚群及其与免疫治疗反应和预后的关系 | 数字病理学 | 子宫内膜癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 83名子宫内膜癌患者 |
| 3083 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptome analysis and protein profiling reveal broad immune system activation in IgG4-related disease
2023-09-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.167602
PMID:37561593
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析和蛋白质谱分析揭示了IgG4相关疾病中的广泛免疫系统激活 | 首次综合分析IgG4-RD患者外周免疫细胞的基因表达与蛋白质特征，发现多种细胞类型的激活及其相互作用 | 样本量较小，仅涉及9例IgG4-RD患者和7例健康对照，结果的普遍适用性仍需进一步验证 | 探讨IgG4-RD中的免疫系统激活机制及其潜在的治疗靶点 | 9名治疗未干预的IgG4-RD患者及7名匹配的健康对照 | 数字病理学 | IgG4相关疾病 | 单细胞RNA测序，表面蛋白质组分析 | NA | 基因组数据，蛋白质组数据 | 共分析61,379个PBMCs样本来自9名患者和7名健康对照 |
| 3084 | 2024-08-05 |
Development of a versatile LCM-Seq method for spatial transcriptomics of fluorescently tagged cholinergic neuron populations
2023-Sep, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2023.105121
PMID:37536628
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研究论文 | 本文提出了一种激光捕获显微切割-测序(LCM-Seq)方法，用于荧光标记的胆碱能神经元群体的空间转录组学研究 | 提出了一种新的方法，通过空间位置定义的神经元池的批量RNA-Seq克服了现有单细胞转录组学的技术限制 | 仅涉及中等降解RNA的纳克量，可能限制了部分低丰度转录本的检测能力 | 开发一种新方法以提高神经元转录组的覆盖度和差异表达分析的准确性 | 荧光标记的胆碱能神经元群体 | 数字病理学 | NA | RNA-Seq | NA | 转录组数据 | 大约300个聚合神经元 |
| 3085 | 2024-08-05 |
Spatial transcriptomics reveals heterogeneity of macrophages in the tumor microenvironment of granulomatous slack skin
2023-09, The Journal of pathology
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/path.6151
PMID:37550813
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研究论文 | 该文章首次通过空间转录组学研究了Granulomatous slack skin中的巨噬细胞异质性 | 首次绘制了GSS的转录组图并揭示了其中巨噬细胞的多样性和各自特征 | 仅研究了一个冷冻GSS样本，样本量有限 | 研究Granulomatous slack skin中巨噬细胞的特征和其在肿瘤微环境中的作用 | Granulomatous slack skin中的巨噬细胞 | 数字病理学 | 皮肤T细胞淋巴瘤 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 1个冷冻样本 |
| 3086 | 2024-08-05 |
Interleukin-34-NF-κB signaling aggravates myocardial ischemic/reperfusion injury by facilitating macrophage recruitment and polarization
2023-Sep, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2023.104744
PMID:37556943
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研究论文 | 本研究探讨了白细胞介素34（IL-34）在心肌缺血/再灌注损伤中的作用，以及其对巨噬细胞募集和极化的影响 | 本研究首次揭示IL-34通过促进NF-κB通路的激活来加剧心脏重塑和心力衰竭，提供了新的治疗靶点 | 研究主要基于小鼠模型，临床验证尚需进一步开展 | 旨在探讨IL-34对缺血/再灌注后心脏重塑和心力衰竭的影响 | 采用IL-34敲除小鼠模型进行心脏重塑的研究 | 心脏病学 | 心肌缺血 | RNA-seq，流式细胞术，免疫荧光 | NA | 基因表达数据，免疫细胞数据 | 使用了IL-34敲除小鼠及急性冠状动脉综合症患者的血清样本 |
| 3087 | 2024-08-07 |
Bifidobacterium adolescentis orchestrates CD143+ cancer-associated fibroblasts to suppress colorectal tumorigenesis by Wnt signaling-regulated GAS1
2023-09, Cancer communications (London, England)
DOI:10.1002/cac2.12469
PMID:37533188
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研究论文 | 研究探讨了双歧杆菌 adolescentis 在结直肠癌中的作用及其通过 Wnt 信号通路调控 GAS1 影响癌症相关成纤维细胞的机制 | 发现了双歧杆菌 adolescentis 通过诱导 CD143+ 癌症相关成纤维细胞并激活 Wnt/β-catenin 信号通路中的 GAS1 来抑制结直肠肿瘤的发生 | NA | 阐明肠道微生物与肿瘤微环境在结直肠癌发病机制中的相互作用 | 双歧杆菌 adolescentis 和癌症相关成纤维细胞在结直肠癌中的作用 | NA | 结直肠癌 | 单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq), 流式细胞术, 免疫荧光染色, 染色质免疫沉淀定量实时 PCR (CHIP-qPCR) | NA | 细胞, 组织 | 两个独立队列的结直肠癌患者, 多种结直肠癌动物模型和细胞系模型 |
| 3088 | 2024-08-07 |
Heterogeneous tumor microenvironment in pancreatic ductal adenocarcinoma: An emerging role of single-cell analysis
2023-Sep, Cancer medicine
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/cam4.6407
PMID:37537839
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综述 | 本文综述了使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和其他单细胞分析技术揭示胰腺导管腺癌（PDAC）中不同细胞亚群异质性的新发现 | 应用scRNA-seq在PDAC中开始揭示疾病进展与胰腺肿瘤微环境（TME）异质性之间的关联 | 需要更深入地理解PDAC微环境中肿瘤内异质性 | 探讨单细胞技术在评估PDAC进展中不同亚群（如肿瘤性导管细胞、癌相关成纤维细胞和免疫细胞）作用中的新兴角色 | 胰腺导管腺癌（PDAC）中的异质性肿瘤微环境 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 未具体说明样本数量 |
| 3089 | 2024-08-07 |
Study on the changes of LHR, FSHR and AR with the development of testis cells in Hu sheep
2023-Sep, Animal reproduction science
IF:2.2Q1
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了胡羊睾丸细胞组成及FSHR、LHR和AR表达在不同发育阶段（新生儿、青春期和成年期）的变化 | 首次详细描述了胡羊睾丸细胞在不同发育阶段的组成变化及其激素受体表达的动态变化 | NA | 探讨胡羊睾丸细胞在不同发育阶段的组成变化及其激素受体表达的动态变化 | 胡羊睾丸细胞及其中的FSHR、LHR和AR表达 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 不同发育阶段的胡羊睾丸细胞 |
| 3090 | 2024-08-07 |
Abnormal chromatin remodeling caused by ARID1A deletion leads to malformation of the dentate gyrus
2023-09, Cell death and differentiation
IF:13.7Q1
DOI:10.1038/s41418-023-01199-w
PMID:37543710
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研究论文 | 研究通过生成Arid1a条件性敲除小鼠模型，探讨了ARID1A基因在海马体中的功能，特别是其在齿状回发育中的作用 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了Arid1a在维持齿状回祖细胞池和后期有丝分裂神经元存活中的必要性，并通过转录组和ChIP-seq分析展示了ARID1A通过调节Prox1的组蛋白修饰水平来影响神经干细胞的增殖和分化 | NA | 探究ARID1A基因在海马体发育中的作用及其在智力障碍中的遗传基础 | ARID1A基因在海马体中的功能及对神经干细胞增殖和分化的影响 | NA | 智力障碍 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq), ChIP-seq | NA | RNA序列, 组蛋白修饰数据 | Arid1a条件性敲除小鼠 |
| 3091 | 2024-08-07 |
Neutrophil infiltration leads to fetal growth restriction by impairing the placental vasculature in DENV-infected pregnant mice
2023-Sep, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2023.104739
PMID:37544202
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研究论文 | 本文研究了登革病毒（DENV）感染怀孕小鼠后，中性粒细胞浸润导致胎儿生长受限的机制，主要通过破坏胎盘血管系统 | 首次揭示了DENV感染中中性粒细胞在胎盘病理损害中的关键作用 | 研究仅限于小鼠模型，可能需要进一步的人体研究来验证结果 | 探讨DENV感染怀孕期间对胎儿不良结果的机制 | DENV-2感染的怀孕Ifnar1-/-小鼠及其胎盘 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 3092 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals tumor heterogeneity within salivary gland pleomorphic adenoma: A preliminary study
2023-Sep, Journal of oral pathology & medicine : official publication of the International Association of Oral Pathologists and the American Academy of Oral Pathology
IF:2.7Q2
DOI:10.1111/jop.13465
PMID:37549038
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了唾液腺多形性腺瘤中的肿瘤细胞异质性 | 首次详细探讨了唾液腺多形性腺瘤中肿瘤细胞的异质性和细胞骨架重塑相关基因的作用 | 研究样本仅来自两名捐赠者，可能影响结果的普遍性 | 探究唾液腺多形性腺瘤中肿瘤细胞的异质性和细胞骨架重塑的作用 | 唾液腺多形性腺瘤中的肿瘤细胞 | 数字病理学 | 唾液腺肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 27,810个细胞来自两名唾液腺多形性腺瘤患者 |
| 3093 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing in dissecting microenvironment of age-related macular degeneration: Challenges and perspectives
2023-09, Ageing research reviews
IF:12.5Q1
DOI:10.1016/j.arr.2023.102030
PMID:37549871
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在揭示年龄相关性黄斑变性（AMD）发展过程中的细胞成分和调控机制方面的最新发现，并讨论了利用单细胞技术探索AMD病理生理学的主要挑战和未来方向。 | 单细胞RNA测序技术相较于传统的批量RNA测序技术，在揭示复杂微环境的异质性方面具有优势。 | 文章讨论了利用单细胞技术探索AMD病理生理学的主要挑战，包括技术限制和数据解读的复杂性。 | 总结单细胞RNA测序技术在AMD研究中的应用，并探讨其未来发展方向。 | 年龄相关性黄斑变性（AMD）的细胞成分和调控机制。 | 数字病理学 | 老年性疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 未具体说明样本数量 |
| 3094 | 2024-08-07 |
Isolating salient variations of interest in single-cell data with contrastiveVI
2023-09, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-023-01955-3
PMID:37550579
|
research paper | 本文介绍了一种名为contrastiveVI的框架，用于在处理控制组和治疗组单细胞RNA测序数据时，分离出共享和治疗特异性的潜在变量 | 引入contrastiveVI框架，专门设计用于分离治疗组和控制组单细胞数据中的变异，以更好地理解治疗反应的异质性 | NA | 旨在通过分离治疗组和控制组单细胞数据中的变异，更好地理解治疗反应的异质性 | 处理控制组和治疗组单细胞RNA测序数据中的变异 | digital pathology | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | contrastive variational inference (contrastiveVI) | 单细胞RNA测序数据 | 使用了三个治疗组和控制组的单细胞RNA测序数据集 |
| 3095 | 2024-08-07 |
Unsupervised removal of systematic background noise from droplet-based single-cell experiments using CellBender
2023-09, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-023-01943-7
PMID:37550580
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研究论文 | 本文开发了一种基于液滴单细胞实验噪声生成现象学的深度生成模型，用于无监督地去除系统性背景噪声，并提供了无噪声的定量分析。 | 提出的模型能够准确区分含细胞液滴和无细胞液滴，学习背景噪声特征，并以端到端的方式提供无噪声的定量分析。 | NA | 开发一种新的方法来去除液滴单细胞实验中的系统性背景噪声，以提高数据质量和减少批次效应。 | 液滴单细胞测序实验中的背景噪声。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单核RNA测序（snRNA-seq）、细胞转录组和表位测序（CITE-seq） | 深度生成模型 | 测序数据 | NA |
| 3096 | 2024-08-07 |
Identification of a novel pyroptosis-related gene signature in human spermatogenic dysfunction
2023-Sep, Journal of assisted reproduction and genetics
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10815-023-02892-y
PMID:37553495
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研究论文 | 研究揭示了与人类精子发生功能障碍相关的细胞焦亡相关基因的关键作用 | 首次鉴定出CASP4和GPX4作为关键的细胞焦亡相关差异表达基因，并探讨了它们在精子发生功能障碍中的表达变化及其与临床病理、治疗和免疫模式的关系 | NA | 揭示细胞焦亡相关基因在人类精子发生功能障碍中的潜在作用 | 人类精子发生功能障碍中的细胞焦亡相关基因 | NA | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 一个发现集和三个验证集用于检测33个细胞焦亡相关基因在人类睾丸中的表达情况 |
| 3097 | 2024-08-05 |
PTEN regulates hematopoietic lineage plasticity via PU.1-dependent chromatin accessibility
2023-08-29, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.112967
PMID:37561626
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研究论文 | 本研究探讨了PTEN通过PU.1调节造血谱系选择的机制 | 发现PU.1是PTEN失活后关键的转录因子，能够重编程前B细胞的染色质可及性和谱系潜力 | NA | 探讨PTEN影响造血谱系选择的机制 | 使用小鼠前白血病HSCs和前体细胞进行的实验证明 | 数字病理学 | T细胞急性淋巴细胞白血病 | ATAC-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA | 使用小鼠的前白血病HSCs和前体细胞进行分析 |
| 3098 | 2024-08-05 |
Homeostatic PD-1 signaling restrains EOMES-dependent oligoclonal expansion of liver-resident CD8 T cells
2023-08-29, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.112876
PMID:37543948
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研究论文 | 这篇文章展示了PD-1信号在肝脏记忆T细胞稳态中的作用 | 揭示了PD-1信号缺失下，肝脏CD8 T细胞的偏向性扩展与EOMES转录因子的作用 | 对PD-1/PDL-1轴在T细胞稳态中的生理角色仍然理解不足 | 探讨PD-1信号通路在肝脏CD8 T细胞稳态中的生理作用 | 肝脏驻留的CD8 T细胞 | NA | NA | 单细胞转录组学和TCR（T细胞受体）谱分析 | NA | NA | NA |
| 3099 | 2024-08-07 |
Temporal transcriptome features identify early skeletal commitment during human epiphysis development at single-cell resolution
2023-Aug-18, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.107200
PMID:37554462
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，探讨了人类远端股骨骨骺细胞在受孕后15-25周的动态转录组变化 | 首次在单细胞分辨率下揭示了人类骨骺发育早期骨骼承诺的转录组特征 | NA | 深入理解胎儿骨骺发育过程中的单细胞遗传变化 | 人类远端股骨骨骺细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 受孕后15-25周的人类远端股骨骨骺细胞 |
| 3100 | 2024-08-05 |
CD8+ tissue-resident memory T cells induce oral lichen planus erosion via cytokine network
2023-08-09, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.83981
PMID:37555396
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研究论文 | 本研究探讨了CD8 T细胞在口腔扁平苔藓侵蚀过程中的作用 | 揭示了CD8 Trm细胞通过分泌多种细胞因子诱导口腔扁平苔藓侵蚀的新分子机制 | 研究中对口腔扁平苔藓的特征和机制尚需进一步验证 | 研究CD8 Trm细胞在口腔扁平苔藓中的功能 | 主要研究在口腔扁平苔藓患者中CD8 Trm细胞的分布和细胞因子生产 | 数字病理学 | 口腔扁平苔藓 | 单细胞RNA测序和空间转录组学 | NA | RNA和蛋白质数据 | 临床队列为1年的随访研究 |