单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5353 篇文献，本页显示第 3021 - 3040 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3021 | 2024-08-07 |
Plasma Exosome Proteins ILK1 and CD14 Correlated with Organ-Specific Metastasis in Advanced Gastric Cancer Patients
2023-Aug-05, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers15153986
PMID:37568802
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研究论文 | 研究探讨了胃癌患者血浆外泌体蛋白ILK1和CD14与特定器官转移的关系 | 首次详细研究了外泌体蛋白在胃癌特定器官转移中的作用 | 研究样本量较小，需要进一步的大规模研究验证 | 探究外泌体蛋白在胃癌特定器官转移中的作用及其机制 | 胃癌患者的血浆外泌体蛋白及胃癌细胞系 | 数字病理学 | 胃癌 | Nano-HPLC-MS/MS, 单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质, RNA | 12名胃癌伴有特定器官转移的患者 |
| 3022 | 2024-08-07 |
Crosstalk between Cancer Cells and Cancer-Associated Fibroblasts Mediated by TGF-β1-IGFBP7 Signaling Promotes the Progression of Infiltrative Gastric Cancer
2023-Aug-04, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers15153965
PMID:37568781
|
研究论文 | 本研究探讨了转化生长因子β1（TGF-β1）与胰岛素样生长因子结合蛋白7（IGFBP7）信号通路在癌相关成纤维细胞（CAFs）与癌细胞间对话中的作用，及其对浸润性胃癌进展的影响 | 首次揭示了TGF-β1通过上调IGFBP7表达，促进CAFs的活化和肿瘤进展的机制 | 研究主要基于体外实验和数据库分析，未来需进一步通过体内实验验证 | 阐明TGF-β1-IGFBP7信号通路在浸润性胃癌中的作用及其机制 | 浸润性胃癌、癌相关成纤维细胞、TGF-β1和IGFBP7信号通路 | 数字病理学 | 胃癌 | 蛋白质组学、单细胞转录组学、免疫荧光染色 | NA | 蛋白质表达数据、转录组数据 | 涉及XGC-1和MGC-803细胞系及多种组织样本 |
| 3023 | 2024-08-05 |
Continuous lifelong learning for modeling of gene regulation from single cell multiome data by leveraging atlas-scale external data
2023-Aug-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.01.551575
PMID:37577525
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研究论文 | 该文章介绍了一种新型的深度学习方法LINGER，用于从单细胞多组学数据中推断基因调控网络。 | LINGER结合了来自不同细胞环境的大规模外部数据和转录因子基序匹配知识，以应对数据有限和参数空间广泛的挑战。 | 尽管提出了新方法，文章中并未提及LINGER的具体应用限制。 | 旨在提高基因调控网络的推断准确性。 | 以单细胞多组学数据为基础，研究基因表达和染色质可及性的数据。 | 计算生物学 | NA | 深度学习 | NA | 基因组数据 | NA |
| 3024 | 2024-08-07 |
CDDO-Methyl Ester Inhibits BRAF Inhibitor Resistance and Remodels the Myeloid Compartment in BRAF-mutant Melanoma
2023-Aug-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.01.551524
PMID:37577680
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研究论文 | 研究探讨了CDDO-甲酯在抑制BRAF抑制剂耐药性和重塑BRAF突变黑色素瘤髓系细胞中的作用 | 首次使用scRNA-seq技术分析BRAF抑制剂耐药肿瘤中的髓系细胞群体，并证明CDDO-甲酯能恢复治疗反应 | 研究主要基于小鼠模型，需要进一步的人体临床试验验证 | 研究CDDO-甲酯在抑制BRAF抑制剂耐药性中的作用及其机制 | BRAF突变的黑色素瘤及其耐药性 | NA | 黑色素瘤 | scRNA-seq | NA | RNA | 使用Braf/Pten移植小鼠模型 |
| 3025 | 2024-08-05 |
ClusterDE: a post-clustering differential expression (DE) method robust to false-positive inflation caused by double dipping
2023-Aug-02, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3211191/v1
PMID:37577698
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研究论文 | 本文提出了ClusterDE，一种能够控制假阳性率的聚类后差异表达（DE）方法 | ClusterDE通过生成基于真实数据的合成零数据，克服了传统方法中的双重引用问题 | 对一些聚类算法和差异表达测试的适应性可能存在局限性 | 研究聚类后差异表达分析中假阳性控制的方法 | 单细胞RNA-seq (scRNA-seq) 数据及其他单细胞多组学数据 | 数字病理 | NA | scRNA-seq | NA | 真实数据分析与模拟数据 | 多种真实数据及模拟数据 |
| 3026 | 2024-08-07 |
Excitatory Neurons Derived from Human-Induced Pluripotent Stem Cells Show Transcriptomic Differences in Alzheimer's Patients from Controls
2023-08-02, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells12151990
PMID:37566069
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研究论文 | 本文通过将人类诱导多能干细胞（iPSCs）分化为兴奋性神经元，并进行RNA测序，比较了阿尔茨海默病（AD）患者与对照组的转录组差异 | 发现了621个基因在AD患者与对照组的神经元中表达水平有显著差异，并与单细胞转录组研究中的AD相关基因有显著重叠和方向一致性 | NA | 旨在通过转录组分析精确识别阿尔茨海默病患者的不同生物学亚型，以促进精准医疗策略的实施 | 阿尔茨海默病患者与对照组的诱导多能干细胞分化出的兴奋性神经元 | 干细胞研究 | 阿尔茨海默病 | RNA测序 | NA | 转录组数据 | 8名阿尔茨海默病患者和6名对照组的iPSCs分化出的神经元 |
| 3027 | 2024-08-07 |
Deciphering the Biology of Circulating Tumor Cells through Single-Cell RNA Sequencing: Implications for Precision Medicine in Cancer
2023-Aug-02, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms241512337
PMID:37569711
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综述 | 本文综述了通过单细胞RNA测序技术研究循环肿瘤细胞的生物学特性及其在精准医学中的应用 | 利用单细胞RNA测序技术深入解析循环肿瘤细胞的转录组特征，为探索新的治疗靶点提供新视角 | 循环肿瘤细胞极为稀有且异质性强，缺乏特定标记物来识别启动转移的循环肿瘤细胞 | 全面描述当前通过单细胞RNA测序技术对循环肿瘤细胞转录组分析的研究 | 循环肿瘤细胞及其与血液中其他细胞类型的相互作用，特别是免疫系统细胞 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 单个循环肿瘤细胞 |
| 3028 | 2024-08-05 |
The Bladder Tumor Microenvironment Components That Modulate the Tumor and Impact Therapy
2023-Aug-01, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms241512311
PMID:37569686
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综述 | 本综述探讨了膀胱肿瘤微环境中不同细胞类型的作用及其对免疫激活和微环境的影响 | 文章结合单细胞测序技术和临床数据，强调了肿瘤微环境中细胞互作对癌症发展的重要性 | 缺乏对具体机制的深入探讨 | 旨在更好地理解膀胱肿瘤微环境中的细胞如何共同作用 | 研究膀胱肿瘤微环境中的多种细胞类型 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞测序 | NA | 临床数据 | NA |
| 3029 | 2024-08-07 |
Spatial transcriptomics of the human heart
2023-08, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01918-1
PMID:37568021
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3030 | 2024-08-07 |
Targeted Single-cell Isolation of Spontaneously Escaping Live Melanoma Cells for Comparative Transcriptomics
2023-08, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-22-0305
PMID:37575281
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研究论文 | 本文介绍了一种新的单细胞分离技术，用于详细分析黑色素瘤生长和侵袭的三维数据，并能够分离具有不同形态和侵袭参数的自发侵袭性癌细胞 | 该技术通过表达光转换荧光蛋白，标记并分离了处于不同迁移状态的癌细胞，进行了单细胞RNA测序，为研究癌细胞在不同状态下的转录组提供了新方法 | 主要由于缺乏直接比较不同迁移状态下自发侵袭性癌细胞转录组的方法，导致调控上皮、间质和阿米巴状态之间转换的基因转录仍不完全清楚 | 研究癌细胞从上皮样状态向侵袭性迁移状态转变过程中的基因转录变化 | 黑色素瘤细胞及其在不同迁移状态下的转录组 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 462个差异表达基因 |
| 3031 | 2024-08-07 |
scNCL: transferring labels from scRNA-seq to scATAC-seq data with neighborhood contrastive regularization
2023-08-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad505
PMID:37584660
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研究论文 | 本文提出了一种新的迁移学习方法scNCL，利用先验知识和对比学习解决scRNA-seq到scATAC-seq数据的信息传递问题 | scNCL通过引入邻域对比学习来保留scATAC-seq细胞在原始特征空间中的邻域结构，并使用特征投影损失和对齐损失来协调scRNA-seq和scATAC-seq之间的嵌入 | NA | 开发一种新的迁移学习方法，以克服scATAC-seq数据的高维度、极端稀疏性和大规模带来的细胞类型识别挑战 | scRNA-seq和scATAC-seq数据 | 机器学习 | NA | 对比学习 | NA | 基因活性矩阵 | 百万级数据集 |
| 3032 | 2024-08-07 |
Heterogeneity and Functional Analysis of Cardiac Fibroblasts in Heart Development
2023-Jul-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.30.551164
PMID:37577541
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研究论文 | 本文通过单细胞mRNA测序和生物信息学方法分析了心脏成纤维细胞在心脏发育中的异质性和功能 | 首次系统比较了心脏成纤维细胞的转录组特征，并揭示了其在不同发育阶段的作用 | NA | 探究心脏成纤维细胞在心脏发育中的异质性和功能 | 心脏成纤维细胞及其在心脏发育中的作用 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞mRNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 18个阶段来自两种小鼠品系的心脏成纤维细胞 |
| 3033 | 2024-08-05 |
Single-Cell Transcriptome and Pigment Biochemistry Analysis Reveals the Potential for the High Nutritional and Medicinal Value of Purple Sea Cucumbers
2023-Jul-30, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms241512213
PMID:37569587
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研究论文 | 本文分析了紫色海参的单细胞转录组和色素生物化学，以揭示它们的营养和药用价值 | 首次通过单细胞RNA-seq揭示了海参色彩形态的基因活性和相应的细胞群体 | 缺乏对活性化学物质来源的深入了解 | 研究紫色海参的营养和药用价值，及其色素的生物化学机制 | 紫色海参及其色素合成相关细胞群体 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 转录组数据 | NA |
| 3034 | 2024-08-05 |
A Review of Single-Cell RNA-Seq Annotation, Integration, and Cell-Cell Communication
2023-07-30, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells12151970
PMID:37566049
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综述 | 本综述评估了单细胞RNA测序(scRNA-seq)分析方法和工具的当前状况 | 强调了新工具的发展，用于注释单细胞数据、整合和解释多模态数据集 | 讨论了在scRNA-seq分析中遇到的挑战，包括稀疏性或低表达问题、细胞注释的可靠性等 | 旨在增强单细胞RNA测序分析的理解和应用 | 涉及单细胞RNA测序和细胞间通信的研究对象 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | NA | 单细胞数据 | NA |
| 3035 | 2024-08-05 |
Application of single-cell omics in inflammatory bowel disease
2023-Jul-28, World journal of gastroenterology
IF:4.3Q1
DOI:10.3748/wjg.v29.i28.4397
PMID:37576705
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研究论文 | 本研究探讨了单细胞组学在炎症性肠病的应用 | 通过单细胞组学技术，识别了肠道免疫系统中的关键免疫细胞并探索了功能异质性 | 尚未提及具体的局限性 | 旨在深入理解炎症性肠病中的复杂粘膜免疫系统 | 研究对象为炎症性肠病患者的粘膜组织和外周血样本 | 数字病理学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序 | NA | 组织和血液样本 | NA |
| 3036 | 2024-08-07 |
The Transcriptome Landscape of the In Vitro Human Airway Epithelium Response to SARS-CoV-2
2023-Jul-27, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms241512017
PMID:37569398
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研究论文 | 研究使用体外人呼吸道上皮细胞模型（ALI和iALI）感染SARS-CoV-2后的基因表达谱变化 | 首次详细描述了SARS-CoV-2感染后呼吸道上皮细胞的基因表达变化，特别是干扰素刺激基因和炎症基因的表达增加 | NA | 探究SARS-CoV-2感染对人呼吸道上皮细胞基因表达的影响 | 人呼吸道上皮细胞（ALI和iALI模型） | 数字病理学 | 呼吸系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 使用了自有的和公开的批量及单细胞转录组数据集 |
| 3037 | 2024-08-05 |
Dissecting the brain with spatially resolved multi-omics
2023-Jul, Journal of pharmaceutical analysis
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.jpha.2023.04.003
PMID:37577383
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研究论文 | 本论文探讨了空间分辨的多组学技术在解析大脑空间异质性方面的应用 | 介绍了空间转录组学和质谱成像技术在神经科学中的应用 | 需要在活细胞中的实时空间多组学分析以及功能验证的整合应用方面做更多努力 | 研究空间分辨的多组学技术在神经科学中的应用 | 空间基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学技术 | 数字病理学 | 中枢神经系统疾病 | NGS、质谱成像 | NA | 空间组学数据 | NA |
| 3038 | 2024-08-05 |
The role of signaling crosstalk of microglia in hippocampus on progression of ageing and Alzheimer's disease
2023-Jul, Journal of pharmaceutical analysis
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.jpha.2023.05.008
PMID:37577391
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研究论文 | 本文研究了小胶质细胞在海马区在衰老和阿尔茨海默病进展中的信号交叉作用 | 研究首次揭示了小胶质细胞在衰老和阿尔茨海默病进程中的免疫调节作用及其信号交叉的复杂性 | 研究仅基于小鼠模型，可能无法完全反映人类疾病的生物学机制 | 揭示小胶质细胞在衰老和阿尔茨海默病中的作用机制 | 使用5×FAD小鼠和野生型小鼠进行单细胞测序，分析小胶质细胞的功能和信号通路 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 5×FAD小鼠和野生型小鼠，年龄为2、12和24个月 |
| 3039 | 2024-08-07 |
Single-cell analyses reveal cannabidiol rewires tumor microenvironment via inhibiting alternative activation of macrophage and synergizes with anti-PD-1 in colon cancer
2023-Jul, Journal of pharmaceutical analysis
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.jpha.2023.04.013
PMID:37577382
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序技术，揭示了大麻二酚（CBD）通过抑制巨噬细胞的替代激活并增强M1样巨噬细胞，从而调节结直肠肿瘤微环境并增强抗PD-1免疫疗法的效果 | 本研究首次通过单细胞测序技术揭示了CBD如何通过调节巨噬细胞的代谢模式和信号通路，影响肿瘤微环境，并增强抗PD-1免疫疗法的效果 | NA | 阐明大麻二酚（CBD）在结直肠癌中的具体抗癌机制 | 结直肠肿瘤微环境及巨噬细胞的激活状态 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq） | NA | 单细胞转录组和ATAC序列数据 | NA |
| 3040 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome analysis reveals the regulatory effects of artesunate on splenic immune cells in polymicrobial sepsis
2023-Jul, Journal of pharmaceutical analysis
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.jpha.2023.02.006
PMID:37577384
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术探讨了青蒿琥酯对脓毒症模型小鼠脾脏免疫细胞微环境的保护作用及其机制 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细揭示了青蒿琥酯对脓毒症中脾脏免疫细胞的调节作用 | NA | 探究青蒿琥酯对脓毒症诱导的免疫细胞过度炎症或免疫抑制状态的保护作用及其机制 | 脓毒症模型小鼠的脾脏免疫细胞 | 数字病理学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |