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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 281 | 2025-10-06 |
CTLA-4 tail fusion enhances CAR-T antitumor immunity
2023-09, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-023-01571-5
PMID:37500885
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研究论文 | 通过融合CTLA-4胞质尾区增强CAR-T细胞的抗肿瘤免疫活性 | 利用CTLA-4胞质尾区的内吞特性重新编程CAR功能,显著提升CAR-T细胞在体内的抗肿瘤效果 | 研究主要聚焦于白血病模型,尚未验证在其他肿瘤类型中的适用性 | 改善CAR-T细胞疗法在肿瘤治疗中的疗效和持久性 | 嵌合抗原受体T细胞(CAR-T) | 免疫工程 | 白血病 | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | CAR-T细胞工程模型 | 基因表达数据,蛋白质表达数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 282 | 2025-10-06 |
Disease-associated astrocytes and microglia markers are upregulated in mice fed high fat diet
2023-08-09, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-39890-0
PMID:37558676
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研究论文 | 本研究通过分析高脂饮食小鼠和阿尔茨海默症患者的基因表达数据,揭示了肥胖、糖尿病与阿尔茨海默症之间的新联系 | 首次发现C4b基因在高脂饮食和阿尔茨海默症中共同上调,并证明其在星形胶质细胞中特异性表达,可能作为肥胖或糖尿病患者早期阿尔茨海默症的潜在标志物 | 研究主要基于小鼠模型和已有数据库,需要进一步人类样本验证 | 探索高脂饮食与阿尔茨海默症发病机制之间的分子联系 | 高脂饮食小鼠和阿尔茨海默症患者的脑组织样本 | 生物信息学 | 阿尔茨海默症 | RNA-seq, scRNA-seq, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 未明确指定样本数量 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 283 | 2025-10-06 |
An Atlas of the Developing Drosophila Visual System Glia and Subcellular mRNA Localization of Transcripts in Single Cells
2023-Aug-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.06.552169
PMID:37609218
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序构建了果蝇视觉系统胶质细胞发育图谱,并鉴定了亚细胞mRNA定位模式 | 首次在发育中的果蝇视觉系统中全面注释胶质细胞类型,并开发计算方法识别细胞体和细胞突触中特异性定位的mRNA | 研究仅限于果蝇视觉系统胶质细胞,未涉及其他神经系统区域 | 理解胶质细胞的发育轨迹和功能多样性 | 果蝇视觉系统胶质细胞 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞mRNA测序(scRNAseq) | NA | 单细胞转录组数据 | 发育过程中从幼虫到成虫阶段的果蝇视觉系统胶质细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 284 | 2025-10-06 |
Single-Cell Transcriptome Analysis Identifies Subclusters with Inflammatory Fibroblast Responses in Localized Scleroderma
2023-Jun-06, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms24129796
PMID:37372943
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析识别局限性硬皮病中具有炎症性成纤维细胞反应的亚群 | 首次在局限性硬皮病中鉴定出12个成纤维细胞亚群,发现独特的CXCL2/IRF1炎症亚群和具有CXCL9/10/11表达的肌成纤维细胞样亚群 | 样本量有限(14例患者),主要依赖皮肤组织分析 | 探究局限性硬皮病的成纤维细胞异质性和炎症反应机制 | 局限性硬皮病患者的皮肤组织 | 数字病理学 | 硬皮病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 14例局限性硬皮病患者(儿童和成人)和14例健康对照 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 285 | 2025-10-06 |
CX3CR1+ Macrophage Facilitates the Resolution of Allergic Lung Inflammation via Interacting CCL26
2023-06-01, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202209-1670OC
PMID:36790376
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研究论文 | 本研究揭示了CX3CR1+巨噬细胞通过与CCL26相互作用促进过敏性肺部炎症消退的机制 | 首次发现CCL26-CXCR1通路在嗜酸性过敏性肺部炎症消退中的关键作用,并阐明其通过诱导C1q分泌促进嗜酸性粒细胞清除的分子机制 | 研究主要基于动物模型,人类样本验证相对有限 | 探究组织驻留巨噬细胞在嗜酸性肺部炎症消退过程中的细胞机制 | 人类和小鼠的肺泡巨噬细胞、嗜酸性粒细胞、气道上皮细胞 | 免疫学 | 过敏性肺部疾病 | 单细胞RNA测序、质谱流式细胞术、生物物理和免疫学分析 | 条件性基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据、蛋白质表达数据 | 人类过敏原激发前后BAL样本、小鼠过敏性肺部炎症模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 286 | 2025-10-06 |
A single-cell gene expression atlas of human follicular aspirates: Identification of leukocyte subpopulations and their paracrine factors
2023-04, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202201746RR
PMID:36934419
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序构建人类卵泡抽吸物基因表达图谱,鉴定白细胞亚群及其旁分泌因子 | 首次在人类排卵期卵泡中系统鉴定10个白细胞亚群,并揭示其通过分泌因子调控颗粒细胞功能的机制 | 样本量较小(仅4名IVF患者),需要在更大群体中验证 | 研究人类排卵期卵泡中白细胞亚群及其与卵泡细胞的相互作用机制 | 人类卵泡抽吸物中的细胞群体 | 单细胞生物学 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序 | RNA velocity分析 | 单细胞转录组数据 | 4名IVF患者的卵泡抽吸物 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 287 | 2025-10-06 |
Phospho-seq: Integrated, multi-modal profiling of intracellular protein dynamics in single cells
2023-Mar-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.27.534442
PMID:37034703
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研究论文 | 开发了一种名为Phospho-seq的集成方法,用于在单细胞水平同时分析磷酸化蛋白质、染色质可及性和基因表达 | 首次实现了在单细胞水平整合磷酸化蛋白质、染色质可及性和转录组的多模态分析,通过简化的抗体偶联方法创建大型定制抗体panel | NA | 开发能够同时分析细胞信号状态与其他分子模态的集成单细胞分析技术 | 细胞系、诱导多能干细胞和3个月大脑类器官 | 单细胞多组学 | 神经发育疾病 | 单细胞多组学分析 | 桥接整合 | 单细胞多模态数据 | 细胞系、iPSCs和脑类器官样本 | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 蛋白质组分析 | NA | 整合scATAC-seq和scRNA-seq数据集的多模态分析平台 |
| 288 | 2025-10-06 |
CPA-Perturb-seq: Multiplexed single-cell characterization of alternative polyadenylation regulators
2023-Feb-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.02.09.527751
PMID:36798324
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研究论文 | 开发了CPA-Perturb-seq方法,通过多重单细胞扰动筛选研究多聚腺苷酸化调控机制 | 首次将多重扰动筛选与3'单细胞RNA测序结合,开发了APARENT-Perturb深度学习模型解析调控代码 | 仅研究了42个已知CPA调控因子,可能遗漏其他重要调控因子 | 理解多聚腺苷酸化调控蛋白如何控制polyA位点选择 | 哺乳动物基因的多聚腺苷酸化调控机制 | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞RNA测序,深度学习 | 多任务深度神经网络 | 单细胞转录组数据 | 42个CPA调控因子的多重扰动筛选 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 3' scRNA-seq |
| 289 | 2025-10-06 |
Losartan controls immune checkpoint blocker-induced edema and improves survival in glioblastoma mouse models
2023-02-07, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2219199120
PMID:36724255
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研究论文 | 本研究发现在胶质母细胞瘤中免疫检查点抑制剂会诱发脑水肿,而血管紧张素受体阻滞剂氯沙坦可预防此类水肿并改善生存率 | 首次揭示免疫检查点抑制剂引起脑水肿的机制,并发现氯沙坦可作为替代皮质类固醇的有效治疗药物 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化效果需进一步验证 | 探索免疫检查点抑制剂治疗胶质母细胞瘤失败的原因及解决方案 | 胶质母细胞瘤小鼠模型及部分患者 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序,活体成像,CD8 T细胞阻断研究 | NA | 基因表达数据,影像数据 | 小鼠模型(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 290 | 2025-10-06 |
Neonatal hyperoxia induces activated pulmonary cellular states and sex-dependent transcriptomic changes in a model of experimental bronchopulmonary dysplasia
2023-02-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology
DOI:10.1152/ajplung.00252.2022
PMID:36537711
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序探究高氧暴露对新生小鼠肺发育的影响及其性别依赖性分子机制 | 首次发现高氧诱导产生损伤相关短暂祖细胞(DATPs)和新型AT1细胞亚群,并揭示性别特异性肺再生反应差异 | 动物模型研究结果需在人类临床样本中进一步验证 | 探究高氧暴露在支气管肺发育不良中的性别依赖性分子和细胞编程机制 | 新生小鼠肺组织及人类新生儿肺细胞 | 单细胞组学 | 支气管肺发育不良 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 291 | 2025-10-06 |
Single-Molecule Spatial Transcriptomics of Human Thoracic Aortic Aneurysms Uncovers Calcification-Related CARTPT-Expressing Smooth Muscle Cells
2023-12, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.123.319329
PMID:37823268
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研究论文 | 利用单分子空间转录组技术揭示人类胸主动脉瘤中与钙化相关的CARTPT表达平滑肌细胞亚型 | 首次在人类胸主动脉瘤中发现空间分布特异的CARTPT表达平滑肌细胞亚型,并证明其与钙化过程相关 | 样本量有限,仅针对胸主动脉瘤组织进行研究 | 探索人类胸主动脉瘤中平滑肌细胞的异质性和空间分布特征 | 人类胸主动脉瘤组织样本和匹配对照样本 | 空间转录组学 | 心血管疾病 | 单分子空间转录组成像,免疫分析,组织染色,体外功能研究 | NA | 空间转录组数据,图像数据,蛋白质表达数据 | 多个人类TAA样本和匹配对照样本,每个样本包含数千个细胞 | NA | 单分子空间转录组成像 | NA | 高分辨率单细胞转录组成像技术 |
| 292 | 2025-10-06 |
Defining the cellular complexity of the zebrafish bipotential gonad
2023-11-15, Biology of reproduction
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/biolre/ioad096
PMID:37561446
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研究论文 | 本研究通过转基因报告基因和单细胞测序分析定义了斑马鱼双潜能性腺中关键细胞类型的出现时间 | 首次发现斑马鱼性腺动脉的形成过程,揭示了血管和淋巴管在双潜能性腺中的同步发育,并识别了卵巢周细胞特有的215个基因 | 研究主要基于斑马鱼模型,结果向其他物种的推广需要进一步验证 | 阐明斑马鱼早期双潜能性腺发育过程中关键细胞类型的出现和功能 | 斑马鱼双潜能性腺中的内皮细胞、周细胞和巨噬细胞 | 发育生物学 | 生殖系统疾病 | 单细胞测序, 转基因报告基因, 光转换蛋白技术 | NA | 基因表达数据, 细胞成像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 293 | 2025-10-06 |
Benchmarking algorithms for joint integration of unpaired and paired single-cell RNA-seq and ATAC-seq data
2023-10-24, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03073-x
PMID:37875977
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研究论文 | 对九种单细胞多组学数据整合算法进行基准测试,评估多组学数据对单模态数据分析的指导作用 | 首次系统性地评估了配对和非配对单细胞RNA-seq与ATAC-seq数据的联合整合方法 | 未提及具体的数据集规模和实验设计的局限性 | 评估单细胞多组学数据整合算法在细胞类型注释和peak-基因关联分析中的性能 | 单细胞RNA测序数据、单核ATAC测序数据和多组学数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序、单核ATAC测序、多组学测序 | NA | 基因表达数据、染色质可及性数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq, single-cell multi-omics | NA | NA |
| 294 | 2025-10-06 |
The Overlooked Role of Specimen Preparation in Bolstering Deep Learning-Enhanced Spatial Transcriptomics Workflows
2023-Oct-09, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2023.10.09.23296700
PMID:37873287
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研究论文 | 本研究探讨了改进的样本处理流程对深度学习增强空间转录组学分析的影响 | 开发了增强型样本处理工作流程,利用Visium CytAssist检测的灵活性实现自动化H&E染色和高分辨率全玻片成像 | 研究队列规模较小,仅包含13名pT3期结直肠癌患者 | 评估改进的样本处理流程对深度学习空间转录组学分析性能的提升 | 结直肠癌患者的组织样本 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 空间转录组学 | Inceptionv3 | 图像, 基因表达数据 | 13名pT3期结直肠癌患者 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium CytAssist | Visium CytAssist检测,支持自动化H&E染色和40x分辨率全玻片成像 |
| 295 | 2025-10-06 |
Feasibility of Inferring Spatial Transcriptomics from Single-Cell Histological Patterns for Studying Colon Cancer Tumor Heterogeneity
2023-Oct-09, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2023.10.09.23296701
PMID:37873186
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研究论文 | 本研究开发了一种通过单细胞组织学模式推断空间转录组学的方法,用于研究结肠癌肿瘤异质性 | 开发了细胞图神经网络算法,通过最优传输方法将组织学信息与单细胞RNA模式对齐,实现从组织学单独推断空间mRNA表达模式 | 需要与病理学家合作进行精确的空间细胞类型识别,并需使用更先进的检测方法进行严格验证 | 探索整合单细胞组织学和转录组数据来推断空间mRNA表达模式 | pT3期结直肠癌患者的全切片图像 | 数字病理学 | 结肠癌 | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | 细胞图神经网络 | 图像,基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | 10x Visium | Visium空间基因表达解决方案 |
| 296 | 2025-10-06 |
Leveraging spatial transcriptomics data to recover cell locations in single-cell RNA-seq with CeLEry
2023-07-08, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-39895-3
PMID:37422469
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研究论文 | 提出CeLEry算法,利用空间转录组学数据恢复单细胞RNA测序中细胞的空间位置信息 | 开发了基于监督深度学习的算法,通过数据增强程序提高鲁棒性,能够从scRNA-seq数据中恢复细胞的多层次空间信息 | NA | 解决单细胞RNA测序中细胞空间位置信息缺失的问题 | 大脑和癌组织中的细胞 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 监督深度学习, 变分自编码器 | 基因表达数据, 空间位置数据 | 多个数据集 | 10x Genomics, Vizgen, NanoString | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | Visium, MERSCOPE, MERFISH, Xenium | 10x Visium空间转录组平台, Vizgen MERSCOPE平台, NanoString GeoMx DSP平台 |
| 297 | 2025-10-06 |
Mapping disease regulatory circuits at cell-type resolution from single-cell multiomics data
2023-Jul, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-023-00476-5
PMID:37974651
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研究论文 | 提出一种名为MAGICAL的层次贝叶斯方法,通过单细胞多组学数据解析疾病相关的调控回路 | 开发了能够同时建模跨细胞和条件的多组学信号变化的创新算法,实现了高精度的调控回路推断 | 仅应用于脓毒症研究,需要验证在其他疾病中的适用性 | 解析染色质重塑相关的基因表达变化,理解疾病状态 | 脓毒症患者和未感染对照者的外周血单个核细胞 | 生物信息学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序, 单细胞转座酶可及染色质测序 | 层次贝叶斯模型 | 单细胞多组学数据 | 脓毒症患者和未感染对照者的外周血单个核细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 298 | 2025-10-06 |
A human liver organoid screening platform for DILI risk prediction
2023-05, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2023.01.019
PMID:36738840
|
研究论文 | 本研究开发了基于人肝类器官的高通量和器官芯片平台用于药物性肝损伤风险预测 | 首次将人肝类器官同时应用于高通量筛选和器官芯片系统进行DILI风险评估,并展示了其在预测协同肝毒性和机制研究方面的能力 | 仅使用了三个iPSC细胞系,样本规模有限;需要进一步验证在更广泛药物和患者群体中的适用性 | 评估人肝类器官在药物性肝损伤风险预测中的应用价值 | 人肝类器官、肝毒性化合物 | 器官芯片技术 | 药物性肝损伤 | 单细胞转录组学、生化检测、形态学分析 | 器官芯片、类器官模型 | 转录组数据、图像数据、生化指标数据 | 三个独立的iPSC细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 299 | 2025-10-06 |
SpaDecon: cell-type deconvolution in spatial transcriptomics with semi-supervised learning
2023-04-07, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-04761-x
PMID:37029267
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研究论文 | 开发了一种名为SpaDecon的半监督学习方法,用于空间转录组数据中的细胞类型反卷积 | 首次结合基因表达、空间位置和组织学信息进行细胞类型反卷积的半监督学习方法 | 仅使用四个真实SRT数据集和四个伪SRT数据集进行评估 | 解决空间条形码SRT技术缺乏单细胞分辨率的问题,推断细胞类型的空间分布 | 空间转录组数据中的细胞类型分布 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组技术 | 半监督学习 | 基因表达数据、空间位置数据、组织学图像 | 四个真实SRT数据集和四个伪SRT数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 300 | 2025-10-06 |
Characterization of Intestinal Mesenchymal Stromal Cells From Patients With Inflammatory Bowel Disease for Autologous Cell Therapy
2023-03-03, Stem cells translational medicine
IF:5.4Q1
DOI:10.1093/stcltm/szad003
PMID:36869704
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研究论文 | 本研究评估了炎症性肠病患者自体肠道间充质基质细胞用于细胞治疗的适用性和功能性 | 首次系统性评估自体肠道MSCs作为细胞治疗平台的潜力,并发现IFN-γ预处理可消除基线转录差异 | 样本量相对较小(克罗恩病11例,溃疡性结肠炎12例,对照14例),需要更大规模研究验证 | 评估自体肠道MSCs作为炎症性肠病细胞治疗平台的可行性 | 炎症性肠病(克罗恩病和溃疡性结肠炎)患者和对照组的肠道黏膜活检来源的间充质基质细胞 | 细胞治疗 | 炎症性肠病 | 显微镜检查,流式细胞术,bulk RNA测序,单细胞RNA测序,Luminex多重检测 | NA | 图像,流式细胞数据,基因表达数据,蛋白质分泌数据 | 克罗恩病11例,溃疡性结肠炎12例,对照组14例 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | 30-plex Luminex panel |