单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5353 篇文献，本页显示第 2901 - 2920 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2901 | 2024-08-07 |
Combining bulk and single-cell RNA-sequencing data to develop an NK cell-related prognostic signature for hepatocellular carcinoma based on an integrated machine learning framework
2023-Aug-30, European journal of medical research
IF:2.8Q2
DOI:10.1186/s40001-023-01300-6
PMID:37649103
|
研究论文 | 本研究结合批量和单细胞RNA测序数据，基于综合机器学习框架开发了与自然杀伤细胞（NK细胞）相关的肝细胞癌（HCC）预后标志物 | 本研究创新性地结合了批量和单细胞RNA测序数据，并开发了一个包含77种算法的共识机器学习框架，以建立基因标志物，用于预测HCC患者的预后和免疫治疗反应 | NA | 开发一种基于NK细胞相关基因的基因标志物，用于评估HCC患者的预后和免疫治疗反应 | 肝细胞癌（HCC）患者的预后和免疫治疗反应 | 机器学习 | 肝癌 | RNA测序 | 机器学习框架 | RNA测序数据 | 使用了来自TCGA-LIHC、GSE14520、GSE76427和ICGC-LIRI-JP等多个数据集的数据 |
| 2902 | 2024-08-05 |
Single-cell sequencing of a novel model of neonatal bile duct ligation in mice identifies macrophage heterogeneity in obstructive cholestasis
2023-08-29, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-41207-0
PMID:37644108
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研究论文 | 本文开发了一种新生小鼠胆管结扎的模型，以研究阻塞性胆汁淤积中的巨噬细胞异质性 | 开发了一种创新的新生小鼠阻塞性胆汁淤积模型，展示了病因特异性的巨噬细胞功能 | 与人类数据的进一步比较尚待进行以验证结果 | 研究新生小鼠中阻塞性胆汁淤积的巨噬细胞极化和异质性 | 新生雌性BALB/c小鼠及其在胆管结扎手术后的反应 | 数字病理学 | 阻塞性胆汁淤积 | 单细胞RNA测序 | NA | 实验室数据、组织学、流式细胞术、RNA测序数据 | 新生小鼠，样本数量未具体说明 |
| 2903 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA reveals a tumorigenic microenvironment in the interface zone of human breast tumors
2023-08-29, Breast cancer research : BCR
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s13058-023-01703-7
PMID:37644609
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术探索了人乳腺癌肿瘤界面区域的微环境异质性和特征 | 首次详细描述了乳腺癌肿瘤界面区域的独特肿瘤生成微环境，包括特定细胞类型及其相互作用 | NA | 深入了解乳腺癌肿瘤微环境，为乳腺癌的诊断和治疗提供资源 | 乳腺癌肿瘤界面区域的细胞类型及其转录特征 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 88,548个高质量细胞 |
| 2904 | 2024-08-07 |
Remibrutinib (LOU064) inhibits neuroinflammation driven by B cells and myeloid cells in preclinical models of multiple sclerosis
2023-Aug-26, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-023-02877-9
PMID:37633912
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研究论文 | 本文研究了Remibrutinib（LOU064）在多发性硬化症（MS）的两种实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）小鼠模型中抑制B细胞和髓样细胞驱动的神经炎症的效果和机制 | Remibrutinib通过抑制病理性B细胞自身反应和微胶质细胞的直接抗炎作用，显示出对EAE模型的双重抑制机制 | NA | 评估Remibrutinib在多发性硬化症的两种EAE小鼠模型中的疗效和作用机制 | Remibrutinib对B细胞和髓样细胞驱动的神经炎症的影响 | NA | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 组织 | 两种EAE小鼠模型 |
| 2905 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA sequencing reveals small extracellular vesicles derived from malignant cells that contribute to angiogenesis in human breast cancers
2023-08-25, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-023-04438-3
PMID:37626402
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了来源于恶性细胞的小型细胞外囊泡在乳腺癌中的促进血管生成作用 | 该研究首次揭示了乳腺癌恶性细胞衍生的小型细胞外囊泡通过PPP1R1B激活内皮细胞，促进血管生成的机制 | 样本量较小，仅来自八名乳腺癌患者，结果可能存在个体差异 | 研究乳腺癌微环境中细胞的异质性及其在血管生成中的作用 | 研究乳腺癌患者体内肿瘤内皮细胞和恶性细胞的相互作用 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 八名乳腺癌患者的组织样本 |
| 2906 | 2024-08-07 |
A transcriptional response to replication stress selectively expands a subset of Brca2-mutant mammary epithelial cells
2023-08-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-40956-w
PMID:37626143
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研究论文 | 研究报告了单等位基因Brca2乳腺类器官在复制压力下激活的转录反应，该反应选择性扩增了缺乏激素受体表达的Brca2腔细胞（HR-）。 | 首次揭示了Brca2突变在乳腺上皮亚群中的影响，特别是HR-腔细胞在复制压力下的选择性扩增。 | 研究主要集中在体外乳腺类器官模型，可能需要进一步的体内研究来验证这些发现。 | 探究BRCA2突变如何影响乳腺上皮细胞亚群，特别是在复制压力下的转录反应。 | Brca2突变乳腺上皮细胞及其在复制压力下的转录反应。 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序（ScRNA-seq），流式细胞术（CyTOF） | CRISPR/Cas9 | 单细胞RNA测序数据 | 涉及Brca2突变和野生型乳腺类器官的比较分析 |
| 2907 | 2024-08-07 |
Comprehensive analysis on subchondral bone marrow lesions of human osteoarthritis by integrating bulk and single-cell transcriptomes
2023-Aug-25, BMC musculoskeletal disorders
IF:2.2Q3
DOI:10.1186/s12891-023-06676-4
PMID:37626330
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研究论文 | 本研究旨在通过整合批量和单细胞转录组数据，全面分析人类骨关节炎中软骨下骨髓病变（BMLs）的细胞组成和潜在机制 | 本研究首次通过批量和单细胞转录组数据分析，揭示了BMLs中的核心枢纽基因及其分子网络，并发现了BMLs中丰富的异位软骨细胞群 | NA | 展示膝关节骨关节炎（OA）中软骨下骨髓病变（BMLs）的细胞组成和潜在机制 | 软骨下骨髓病变（BMLs） | 数字病理学 | 骨关节炎 | RNA测序 | NA | 转录组数据 | 包括3个OA-BML样本，3个配对的OA-NBML样本和3个非OA样本 |
| 2908 | 2024-08-07 |
Single-Cell RNA Sequencing and Microarray Analysis Reveal the Role of Lipid-Metabolism-Related Genes and Cellular Immune Infiltration in Pre-Eclampsia and Identify Novel Biomarkers for Pre-Eclampsia
2023-Aug-21, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines11082328
PMID:37626824
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和微阵列分析，揭示了脂质代谢相关基因和细胞免疫浸润在先兆子痫中的作用，并识别了新的先兆子痫生物标志物 | 本研究首次通过单细胞RNA测序技术，结合微阵列分析，深入探讨了脂质代谢相关基因与免疫浸润在先兆子痫发病机制中的作用，并识别了新的生物标志物 | 研究主要集中在脂质代谢相关基因和免疫浸润的分析，未涉及其他可能的病理机制；样本量和数据集的多样性可能限制了结果的普遍性 | 旨在识别脂质代谢相关基因并研究其与免疫浸润的关联，以揭示先兆子痫的分子机制 | 先兆子痫患者的脂质代谢相关基因和细胞免疫浸润 | 数字病理学 | 妊娠疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 20个细胞集群，186个差异表达基因 |
| 2909 | 2024-08-07 |
T Cell Clonal Analysis Using Single-cell RNA Sequencing and Reference Maps
2023-Aug-20, Bio-protocol
IF:1.0Q3
DOI:10.21769/BioProtoc.4735
PMID:37638293
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研究论文 | 本文介绍了一种基于R包Seurat、ProjecTILs和scRepertoire的计算工作流程，用于从scRNA-seq数据中进行T细胞状态和克隆分析 | 结合单细胞RNA测序和TCR序列信息，实现T细胞克隆型的特定分析，并探索克隆扩张与功能表型之间的关系 | NA | 研究T细胞的克隆结构及其与转录状态的关系 | T细胞及其克隆型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 2910 | 2024-08-05 |
Advancing Breast Cancer Heterogeneity Analysis: Insights from Genomics, Transcriptomics and Proteomics at Bulk and Single-Cell Levels
2023-Aug-18, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers15164164
PMID:37627192
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review | 这篇综述深入评估了乳腺癌的分子特征，重点在于多组学策略在传统和单细胞水平的应用 | 提出了全方位整合多种'组学'策略以解读乳腺癌的异质性 | 需要全面整合多组学策略以完全解析乳腺癌异质性 | 研究乳腺癌固有的分子异质性 | 乳腺癌细胞的基因组、转录组和蛋白质组 | NA | 乳腺癌 | 组学 | NA | NA | NA |
| 2911 | 2024-08-07 |
CXCR4 Expressed by Tumor-Infiltrating B Cells in Gastric Cancer Related to Survival in the Tumor Microenvironment: An Analysis Combining Single-Cell RNA Sequencing with Bulk RNA Sequencing
2023-Aug-17, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms241612890
PMID:37629071
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和批量RNA测序（bulk RNA-Seq）数据，分析了胃癌中肿瘤浸润B细胞表达的CXCR4与患者生存率的关系。 | 首次结合scRNA-Seq和bulk RNA-Seq数据，识别并验证了胃癌中肿瘤浸润B细胞的关键基因CXCR4，并探讨了其在肿瘤微环境中的作用。 | 研究仅基于TCGA和GEO数据库的数据，未涉及更大范围的临床样本验证。 | 探讨胃癌中肿瘤浸润B细胞的作用及其与患者生存率的关系。 | 胃癌中的肿瘤浸润B细胞及其表达的CXCR4基因。 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq），批量RNA测序（bulk RNA-Seq） | NA | RNA序列数据 | 15个细胞集群在scRNA-seq数据库中 |
| 2912 | 2024-08-05 |
Informing virtual clinical trials of hepatocellular carcinoma with spatial multi-omics analysis of a human neoadjuvant immunotherapy clinical trial
2023-Aug-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.11.553000
PMID:37645761
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研究论文 | 提出了一种新的计算模型以促进肝细胞癌的虚拟临床试验 | 首次基于人类临床试验的高通量空间多组学数据构建了空间肿瘤模型 | 模型依赖于真实世界数据，可能受限于数据的可用性和质量 | 旨在推进肝细胞癌的新疗法并优化治疗效果 | 针对接受新型免疫联合治疗的肝细胞癌患者进行分析 | 数字病理学 | 肝癌 | 空间定量系统药理学（spQSP）平台 | NA | 空间多组学数据 | 来自原始临床试验的样本（具体样本量未提及） |
| 2913 | 2024-08-05 |
Integrated spatial transcriptomics and lipidomics of precursor lesions of pancreatic cancer identifies enrichment of long chain sulfatide biosynthesis as an early metabolic alteration
2023-Aug-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.14.553002
PMID:37645752
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研究论文 | 本研究整合了空间转录组学和脂质组学，以识别胰腺癌前体病变的早期代谢改变 | 首次进行跨物种评估，结合空间转录组学和空间代谢组学，发现长链硫脂质生物合成的富集是胰腺癌前病变的早期代谢改变 | 样本涉及的数量相对较少，可能会影响结果的广泛适用性 | 探究胰腺癌前体病变的分子机制，尤其是代谢变化 | 人类切除的胰腺内管乳头状黏液瘤（IPMN）组织及相关小鼠模型 | 数字病理学 | 胰腺癌 | MALDI-Mass Spectrometry（MALDI-MS）和Visium空间转录组学 | NA | 组织样本，脂质组数据 | 涉及23个人类IPMN组织样本和89名患者的囊性液体样本 |
| 2914 | 2024-08-07 |
Epithelial Galectin-3 Induced the Mitochondrial Complex Inhibition and Cell Cycle Arrest of CD8+ T Cells in Severe/Critical COVID-19
2023-Aug-14, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms241612780
PMID:37628961
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和单细胞T细胞受体测序分析，揭示了严重/危重COVID-19患者中CD8 T细胞的增殖耗竭表型，并探讨了上皮细胞中的半乳糖凝集素-3通过抑制NRF1的核转位，影响CD8 T细胞线粒体呼吸链复合体III/IV基因的转录，从而导致细胞周期阻滞和线粒体生物发生抑制的机制。 | 本研究首次揭示了上皮细胞中的半乳糖凝集素-3通过特定的信号通路影响CD8 T细胞的功能，为COVID-19的免疫发病机制提供了新的见解。 | NA | 探讨严重/危重COVID-19患者中CD8 T细胞功能障碍的机制，并寻找潜在的治疗靶点。 | 严重/危重COVID-19患者中的CD8 T细胞和感染的肺上皮细胞。 | 免疫学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞T细胞受体测序（scTCR-seq） | NA | 单细胞数据 | NA |
| 2915 | 2024-08-07 |
Identification of HPV oncogene and host cell differentiation associated cellular heterogeneity in cervical cancer via single-cell transcriptomic analysis
2023-Aug-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.10.552878
PMID:37645794
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组分析技术，探讨了人乳头瘤病毒（HPV）阳性宫颈癌组织中病毒基因与宿主细胞分化相关的细胞异质性 | 首次从单细胞层面分析了HPV16基因在不同上皮细胞群中的表达差异，并揭示了HPV阳性细胞与正常上皮细胞在基因表达上的显著差异 | NA | 探究HPV在宫颈癌中的作用机制及其与宿主细胞分化之间的关系 | HPV阳性宫颈癌组织中的病毒基因与宿主细胞分化 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 九个上皮细胞群 |
| 2916 | 2024-08-05 |
Spatial Transcriptomic Technologies
2023-08-10, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells12162042
PMID:37626852
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综述 | 空间转录组技术能系统地测量组织空间中基因的表达水平 | 本文回顾了关键的空间转录组技术及其应用，并展望了应对当前空间方法局限的新兴技术 | 目前的空间技术在空间分辨率、灵敏度和通量等方面存在差异 | 加深对细胞组织及其在组织内的相互作用的理解 | 空间转录组技术及其在生物医学中的应用 | 数字病理学 | 癌症 | 空间转录组技术 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 2917 | 2024-08-07 |
A Comparison of Cell-Cell Interaction Prediction Tools Based on scRNA-seq Data
2023-08-02, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom13081211
PMID:37627276
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研究论文 | 本文通过比较基于单细胞RNA测序数据的细胞间相互作用预测工具，评估了它们在特发性肺纤维化中的预测性能和处理时间 | 提出了一个包含多种细胞间相互作用预测工具的基准研究，并推荐了根据不同研究项目选择特定工具的建议 | NA | 评估和比较基于单细胞RNA测序数据的细胞间相互作用预测工具的性能 | 细胞间相互作用预测工具在特发性肺纤维化中的应用 | 生物信息学 | 特发性肺纤维化 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 2918 | 2024-08-07 |
Identification of HPV oncogene and host cell differentiation associated cellular heterogeneity in cervical cancer via single-cell transcriptomic analysis
2023-08, Journal of medical virology
IF:6.8Q1
DOI:10.1002/jmv.29060
PMID:37638381
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组分析技术，探讨了人乳头瘤病毒（HPV）阳性宫颈癌组织中病毒基因与宿主细胞分化相关的细胞异质性 | 首次从单细胞层面分析了HPV16基因在宫颈癌细胞中的表达模式，并揭示了HPV阳性细胞与正常上皮细胞在基因表达上的显著差异 | 研究仅限于HPV16基因的分析，未涵盖其他HPV亚型 | 探究HPV在宫颈癌中的作用机制及其与宿主细胞分化之间的关系 | HPV阳性宫颈癌组织中的病毒基因与宿主细胞分化 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 九个上皮细胞集群 |
| 2919 | 2024-08-05 |
Restoration of CPT1A-mediated fatty acid oxidation in mesothelial cells protects against peritoneal fibrosis
2023, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.84921
PMID:37649600
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研究论文 | 这篇文章探讨了CPT1A介导的脂肪酸氧化在腹膜细胞中的恢复如何保护 against 腹膜纤维化 | 通过基因和药理手段调节CPT1A，改善腹膜细胞的代谢状态并逆转纤维化表型 | 尚未明确CPT1A在人类长时间PD中的具体治疗机制 | 研究脂肪酸氧化在腹膜纤维化中的作用和CPT1A的潜在治疗功能 | 腹膜透析患者和小鼠模型中的腹膜细胞 | 数字病理学 | 腹膜纤维化 | 单细胞测序、海马测试、实时定量PCR、西方印迹和免疫荧光染色 | NA | 细胞样本 | 来自长期PD患者的细胞和小鼠的细胞 |
| 2920 | 2024-08-05 |
Identification and validation of potential hypoxia-related genes associated with coronary artery disease
2023, Frontiers in physiology
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fphys.2023.1181510
PMID:37637145
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研究论文 | 本文识别并验证了与冠状动脉疾病相关的潜在缺氧基因 | 首次系统地揭示缺氧在冠状动脉疾病(CAD)发展中的作用，并识别了4个重要的中心基因 | 研究主要基于微阵列数据，可能存在样本量不足和结果的普适性问题 | 探讨缺氧与冠状动脉疾病之间的关系 | 研究对象为93名冠状动脉疾病患者和48名健康对照者 | 数字病理 | 心血管疾病 | 微阵列分析 | 机器学习 | 基因表达数据 | 共141个样本，包括93名CAD患者和48名健康对照 |