单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2681	2024-08-05	Multi-omics analysis defines a cuproptosis-related prognostic model for ovarian cancer: Implication of WASF2 in cuproptosis resistance 2023-Nov-01, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2023.122081 PMID:37717621	研究论文	本研究定义了一个与铜死亡相关的卵巢癌预后模型，并探讨了WASF2在铜死亡抗性中的作用	首次将铜死亡相关特征应用于卵巢癌的预后模型中，并识别出WASF2与铜死亡抗性相关	未能全面探讨其他可能影响铜死亡的因子，实验样本量可能不足以完全代表卵巢癌患者群体	目标是建立一个能够准确预测卵巢癌患者预后的铜死亡相关预后模型	研究对象为卵巢癌患者，主要包括378名来自TCGA数据库的患者及其他多个数据集的患者	数字病理学	卵巢癌	RNA-seq	随机森林	基因组数据，单细胞测序	共涉及379名卵巢癌患者和173名卵巢肿瘤患者的临床数据
2682	2024-08-07	Single-cell transcriptome analysis reveals the effectiveness of cytokine priming irrespective of heterogeneity in mesenchymal stromal cells 2023-11, Cytotherapy IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.jcyt.2023.08.006 PMID:37715776	研究论文	本研究通过分析从原始状态到细胞因子预刺激状态的人骨髓间充质干细胞的单细胞转录组图谱，阐明了细胞因子预刺激间充质干细胞的潜在机制	研究发现细胞因子预刺激的间充质干细胞具有独特的转录组图谱，尽管存在显著的异质性，但细胞因子预刺激增强了与治疗效果相关的多个间充质干细胞特征	NA	探讨间充质干细胞在细胞因子预刺激下的治疗潜力及其机制	人骨髓间充质干细胞	再生医学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	NA
2683	2024-08-07	Sanguisorba officinalis ethyl acetate extract attenuates ulcerative colitis through inhibiting PI3K-AKT/NF-κB/ STAT3 pathway uncovered by single-cell RNA sequencing 2023-Nov, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2023.155052 PMID:37717310	研究论文	研究了丹参乙酸乙酯提取物通过抑制PI3K-AKT/NF-κB/STAT3通路减轻溃疡性结肠炎的作用及其分子机制	首次揭示了丹参乙酸乙酯提取物在治疗溃疡性结肠炎中的显著疗效，并通过抑制PI3K-AKT/NF-κB/STAT3通路改善临床症状和炎症反应	NA	全面探索丹参活性成分的药理作用及其分子机制，并生成其化学基础和作用机制的综合新指南图	丹参乙酸乙酯提取物对溃疡性结肠炎的影响及其分子机制	数字病理学	溃疡性结肠炎	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	溃疡性结肠炎模型小鼠
2684	2024-08-07	Extracellular shuttling miR-21 contributes to esophageal cancers and human umbilical vein endothelial cell communication in the tumor microenvironment and promotes tumor angiogenesis by targeting phosphatase and tensinhomolog 2023-11, Thoracic cancer IF:2.3Q2 DOI:10.1111/1759-7714.15103 PMID:37726969	研究论文	本研究探讨了外泌体miR-21在肿瘤微环境中对食管鳞状细胞癌（ESCC）和人类脐静脉内皮细胞（HUVECs）间通讯的影响及其促进肿瘤血管生成的机制	本研究首次揭示了外泌体miR-21在食管鳞状细胞癌中的作用及其通过靶向磷酸酶和张力蛋白同源物（PTEN）促进血管生成的具体机制	NA	探索外泌体miR-21在肿瘤微环境中对食管鳞状细胞癌和内皮细胞间通讯的影响及其促进肿瘤血管生成的机制	食管鳞状细胞癌（ESCC）和人类脐静脉内皮细胞（HUVECs）	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序（ScRNA-Seq）和批量RNA测序（Bulk RNA-Seq）	NA	RNA	3842个内皮细胞
2685	2024-08-07	Single-cell analysis of human dermal fibroblasts isolated from a single male donor over 35 years 2023-11, Experimental dermatology IF:3.5Q1 DOI:10.1111/exd.14929 PMID:37727050	研究论文	本研究旨在基于同一供体的样本，探讨年龄对皮肤成纤维细胞异质性的影响	通过单细胞RNA测序分析，揭示了随着年龄增长，衰老成纤维细胞的增加以及与细胞外基质重塑相关基因的下调	仅基于单一供体的样本进行研究，可能限制了结果的普遍性	研究皮肤老化过程中成纤维细胞的行为	从同一健康男性供体分离的皮肤成纤维细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	从36岁和72岁两个时间点采集的成纤维细胞样本
2686	2024-08-07	Monocyte-derived Kupffer cells dominate in the Kupffer cell pool during liver injury 2023-10-31, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.113164 PMID:37740916	研究论文	本研究使用增强绿色荧光蛋白标记的骨髓细胞的嵌合小鼠模型，探讨了在胆汁淤积或毒性肝损伤情况下，骨髓来源的单核细胞衍生的库普弗细胞（MoKCs）如何成为库普弗细胞池中的主导细胞	首次揭示了MoKCs在肝损伤后成为库普弗细胞池中的主导细胞，并具有增强的增殖、抗凋亡特性和修复潜力	NA	探讨肝损伤后库普弗细胞池的变化及其对肝脏功能的影响	库普弗细胞在肝损伤后的变化及其生物学特性	NA	肝损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞	使用嵌合小鼠模型进行研究
2687	2024-08-07	Stromal cells-specific retinoic acid determines parturition timing at single-cell and spatial-temporal resolution 2023-Oct-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.107796 PMID:37720083	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，探讨了小鼠子宫内膜中不同细胞类型在分娩启动中的作用，并揭示了基质细胞通过调节局部视黄酸合成来准备分娩的新机制。	本研究首次揭示了基质细胞在分娩启动中的作用，并通过调节局部视黄酸合成来准备分娩，为理解分娩机制提供了新视角。	NA	全面解码接近分娩时子宫内膜的细胞异质性，并揭示分娩启动的新见解。	小鼠子宫内膜中的各种细胞类型及其在分娩过程中的作用。	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	涉及五种不同的基质细胞群体和一种蜕膜化基质细胞
2688	2024-08-07	Bibliometric analysis of research on neurodegenerative diseases and single-cell RNA sequencing: Opportunities and challenges 2023-Oct-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.107833 PMID:37736042	综述	本文通过文献计量分析方法，深入探讨了2009年至2022年间单细胞RNA测序技术在神经退行性疾病研究中的应用	利用单细胞RNA测序技术提供前所未有的细胞层面洞察，揭示神经退行性疾病的潜在机制	NA	分析单细胞RNA测序技术在神经退行性疾病研究中的机遇与挑战	神经退行性疾病及其单细胞RNA测序技术的应用	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	文本	NA
2689	2024-08-05	Cell-type-specific responses to fungal infection in plants revealed by single-cell transcriptomics 2023-10-11, Cell host & microbe IF:20.6Q1 DOI:10.1016/j.chom.2023.08.019 PMID:37741284	研究论文	本文利用单细胞转录组学研究植物对真菌感染的细胞类型特异性反应	揭示了在植物组织中不同细胞类型对真菌感染的转录重编程和免疫反应	未提及具体的限制	探究植物在真菌感染下的反应异质性	阿拉伯芥（Arabidopsis thaliana）叶片中的细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	细胞转录组数据	95,040个细胞
2690	2024-08-05	Genome and transcriptome of Selaginella kraussiana reveal evolution of root apical meristems in vascular plants 2023-10-09, Current biology : CB IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.cub.2023.08.061 PMID:37716350	研究论文	该文章研究了石松类植物 Selaginella kraussiana 的基因组和转录组，揭示了维管植物根尖分生组织的进化	展示了石松类植物和真叶植物在根尖分生组织发育中的部分相似分子模块	未提及具体样本数量及实验范围的限制	探讨维管植物根的进化及调控机制	石松类植物 Selaginella kraussiana	数字病理学	NA	mRNA-seq 和单细胞 RNA-seq	NA	基因组和转录组数据	NA
2691	2024-08-07	DeepCCI: a deep learning framework for identifying cell-cell interactions from single-cell RNA sequencing data 2023-10-03, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btad596 PMID:37740953	研究论文	本文开发了一种名为DeepCCI的深度学习框架，用于从单细胞RNA测序数据中识别细胞间相互作用	DeepCCI利用深度学习方法，能够从高稀疏性和异质性的单细胞RNA测序数据中提取关键潜在信息，这是传统统计方法所忽略的	NA	旨在从不断增长的单细胞RNA测序数据中准确有效地识别细胞间相互作用	单细胞RNA测序数据中的细胞间相互作用	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度学习框架	单细胞RNA测序数据	涉及多种技术和平台的大量公开数据集
2692	2024-08-05	Spatiotemporal, optogenetic control of gene expression in organoids 2023-Oct, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-023-01986-w PMID:37735569	研究论文	本文结合光遗传学和基因干扰技术，在类器官中以可编程时空模式激活或抑制目标基因的RNA表达	提出了一种结合光遗传学和空间转录组学的新技术，以时空控制基因表达	实验中可能未覆盖所有类型的类器官和基因调控机制	研究时空控制基因在类器官中的表达模式	类器官模型用于人类神经发育的研究	数字病理学	NA	光遗传学	NA	转录组数据	使用了数个类器官模型进行实验
2693	2024-08-05	DNA damage repair profiling of esophageal squamous cell carcinoma uncovers clinically relevant molecular subtypes with distinct prognoses and therapeutic vulnerabilities 2023-Oct, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2023.104801 PMID:37725855	研究论文	本文主要描述了食管鳞状细胞癌（ESCC）中DNA损伤修复（DDR）概况的特征及其临床意义	发现了两种不同的DDR亚型，DDRactive和DDRsilent，并且对于局部区域ESCC具有独立的预后价值	在转移性ESCC中，识别的DDR亚型未表现出预后价值	研究ESCC的DDR概况及其对个性化治疗策略的潜在指导作用	分析了来自377例ESCC病例的散装和单细胞转录组数据	数字病理学	食管癌	转录组学	小鼠同源模型	基因组数据	377例ESCC案例
2694	2024-08-07	Targeting hnRNPC suppresses thyroid follicular epithelial cell apoptosis and necroptosis through m6A-modified ATF4 in autoimmune thyroid disease 2023-Oct, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2023.106933 PMID:37729957	研究论文	本研究通过单细胞转录组、全转录组、全长转录组（牛津纳米孔技术）和代谢组测序，探讨了自身免疫性甲状腺疾病中hnRNPC通过m6A修饰的ATF4抑制甲状腺滤泡上皮细胞凋亡和坏死的作用机制。	本研究首次揭示了hnRNPC通过m6A修饰的ATF4在自身免疫性甲状腺疾病中的作用机制，并提出了新的治疗靶点。	研究样本量较小，仅包括2名桥本甲状腺炎患者、2名Graves病患者和1名健康对照者。	探讨自身免疫性甲状腺疾病的发病机制及寻找新的治疗靶点。	桥本甲状腺炎和Graves病患者的甲状腺病变组织及健康甲状腺组织。	数字病理学	自身免疫性疾病	单细胞转录组、全转录组、全长转录组（牛津纳米孔技术）、代谢组测序	NA	转录组数据、代谢组数据	2名桥本甲状腺炎患者、2名Graves病患者和1名健康对照者的甲状腺组织
2695	2024-08-07	Methods for cell-type annotation on scRNA-seq data: A recent overview 2023-10, Journal of bioinformatics and computational biology IF:0.9Q4 DOI:10.1142/S0219720023400024 PMID:37743364	综述	本文综述了过去四年中开发的细胞类型注释技术，并展示了该领域的最新趋势	强调了对结合生物学背景的工具的需求，并预测图神经网络方法将在未来几年引领该研究领域	单细胞基因表达中的细胞类型注释仍然是一个重大挑战	概述单细胞RNA测序数据中细胞类型注释技术的最新进展	单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释技术	生物信息学	NA	scRNA-seq	图神经网络	基因表达数据	NA
2696	2024-08-05	Microfluidic design in single-cell sequencing and application to cancer precision medicine 2023-09-25, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100591 PMID:37725985	综述	本文评估了微流体设计在单细胞测序和癌症精准医学中的应用	讨论了微流体架构如何促进单细胞组学分析在肿瘤学研究中的最新应用	未详细描述微流体方法在不同癌症类型中的适用性	探讨微流体技术在单细胞测序中的重要性和潜在应用	单细胞测序技术及其在肿瘤研究中的应用	数字病理学	癌症	单细胞测序	NA	组学数据	NA
2697	2024-08-07	Synovium is a sensitive tissue for mapping the negative effects of systemic iron overload in osteoarthritis: identification and validation of two potential targets 2023-09-23, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-023-04541-5 PMID:37741987	研究论文	本研究旨在探讨骨关节炎（OA）患者中与铁超载相关的潜在靶基因	识别并验证了JUN和ZFP36作为OA治疗中减轻铁超载的潜在靶基因	需要进一步研究JUN和ZFP36在OA发病机制中诱导细胞成分变化的作用	研究骨关节炎中与铁超载相关的潜在靶基因	骨关节炎患者的滑膜组织	NA	骨关节炎	定量逆转录-PCR, 免疫印迹, 免疫组织化学, ELISA	NA	RNA测序数据	使用了多个微阵列数据集和单细胞RNA测序数据集
2698	2024-08-07	Establishing a prognostic model based on immune-related genes and identification of BIRC5 as a potential biomarker for lung adenocarcinoma patients 2023-Sep-23, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-023-11249-8 PMID:37741993	研究论文	本文构建了一个基于免疫相关基因的预测模型，并识别BIRC5作为肺腺癌潜在的生物标志物	本文首次利用免疫相关mRNA构建预测模型，并通过单细胞RNA测序和体外实验验证了BIRC5的功能	NA	开发一种基于免疫基因的预测模型，用于早期诊断和准确预测肺腺癌的预后	肺腺癌患者及其免疫相关基因	数字病理学	肺腺癌	单细胞RNA测序	NA	mRNA	NA
2699	2024-08-05	Hypoxia-induced AFAP1L1 regulates pathological neovascularization via the YAP-DLL4-NOTCH axis 2023-09-22, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-023-04503-x PMID:37737201	研究论文	本研究探讨了AFAP1L1在肿瘤和眼部病理性新生血管形成中的作用	首次确认AFAP1L1作为一种与缺氧相关的调节蛋白，通过YAP-DLL4-NOTCH轴抑制血管生成	目前尚未探讨AFAP1L1在其他类型疾病中的影响	研究AFAP1L1在调控病理性新生血管形成中的机制和作用	肿瘤细胞和人脐静脉内皮细胞(HUVECs)	数字病理学	肿瘤和眼部病理性新生血管疾病	高通量测序技术，qRT-PCR，西方印迹	肿瘤异种移植模型和眼部病理性新生血管模型	单细胞RNA测序数据	NA
2700	2024-08-05	Defining and identifying cell sub-crosstalk pairs for characterizing cell-cell communication patterns 2023-09-21, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-42883-8 PMID:37735248	研究论文	本研究通过定义和识别细胞亚间质对来表征细胞间通信模式	提出了细胞亚间质对（CSCP）的概念，能够识别细胞亚群之间的相似信号，揭示被掩盖的配体-受体相互作用	研究可能受限于所用的数据集和方法，需在更广泛的样本上验证	旨在通过细分细胞类型的亚群体，深入理解组织和肿瘤微环境中的细胞间通信	使用小鼠嗅球和视觉皮层的单细胞空间转录组数据进行分析	数字病理学	乳腺癌	单细胞转录组测序	非负矩阵分解	转录组数据	来自29名不同免疫治疗反应的乳腺癌患者的单细胞转录组数据