单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5353 篇文献，本页显示第 2601 - 2620 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2601 | 2024-08-07 |
ScSmOP: a universal computational pipeline for single-cell single-molecule multiomics data analysis
2023-09-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad343
PMID:37779245
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研究论文 | 本文介绍了一种名为ScSmOP的通用计算流程，用于条形码索引的单细胞单分子多组学数据分析 | ScSmOP利用C语言建立了基于间隔种子哈希表的算法，用于根据连接型和合成型条形码数据进行条形码识别，随后进行数据映射和反卷积 | NA | 开发一种高效、易用且稳健的计算流程，用于单细胞单分子多组学数据分析 | 单细胞多组学技术，包括scRNA-seq、scATAC-seq、scARC-seq等 | 生物信息学 | NA | 单细胞多组学技术 | NA | 多组学数据 | 涉及多种细胞类型和物种的单细胞和单分子数据 |
| 2602 | 2024-08-07 |
Interpretable modeling of time-resolved single-cell gene-protein expression with CrossmodalNet
2023-09-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad342
PMID:37798250
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研究论文 | 本文提出了一种名为CrossmodalNet的可解释机器学习模型，用于从单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中预测细胞表面蛋白表达 | CrossmodalNet模型通过自定义适应性损失函数准确预测表面蛋白丰度，并能将时间信息编码为易于解释的时间嵌入，以时间点特定的方式进行预测，揭示无噪声的因果基因-蛋白关系 | NA | 开发一种可解释的计算方法，用于从scRNA-seq数据中预测细胞表面蛋白表达，以扩展CITE-seq实验的能力 | 细胞表面蛋白表达 | 机器学习 | NA | CITE-seq, scRNA-seq | CrossmodalNet | 基因和表面蛋白表达数据 | 使用了三个公开的时间解析CITE-seq数据集 |
| 2603 | 2024-08-07 |
Fibroblast growth factor receptor 3 mutation attenuates response to immune checkpoint blockade in metastatic urothelial carcinoma by driving immunosuppressive microenvironment
2023-09, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2022-006643
PMID:37777251
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研究论文 | 研究探讨了纤维母细胞生长因子受体3（FGFR3）突变如何通过驱动免疫抑制微环境，影响转移性尿路上皮癌（UC）患者对免疫检查点阻断（ICB）治疗的反应 | 首次通过单细胞RNA测序分析，揭示了FGFR3突变型UC与野生型UC在免疫微环境中的差异，并提出了FGFR3抑制剂与ICB联合治疗的新策略 | 研究基于单臂、多中心、II期临床试验IMvigor210，样本量相对较小，需要进一步的大规模临床试验验证 | 比较FGFR3突变型与野生型转移性UC患者在接受ICB治疗后的预后和反应，并解析潜在的分子机制 | 转移性尿路上皮癌患者，特别是FGFR3突变型与野生型的患者 | NA | 尿路上皮癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA转录组数据 | 39名FGFR3突变型患者和39名FGFR3野生型患者，以及6个UC肿瘤样本中的58,069个单细胞 |
| 2604 | 2024-08-07 |
[The Role of Cancer-Associated Fibroblasts in Modulating Tumor Immunity in Colorectal Cancer]
2023-Sep, Gan to kagaku ryoho. Cancer & chemotherapy
PMID:37800287
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综述 | 本文综述了癌症相关成纤维细胞（CAFs）在结直肠癌中调节肿瘤免疫的作用 | 通过单细胞RNA测序识别出一种调节免疫反应的CAFs亚群 | NA | 探讨CAFs在肿瘤微环境中的作用，以期为针对CAFs的疗法提供新思路 | 结直肠癌中的癌症相关成纤维细胞及其对肿瘤免疫的影响 | NA | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠原位直肠肿瘤模型 |
| 2605 | 2024-08-05 |
Exploring the role of macrophages in the progression from atypical hyperplasia to endometrial carcinoma through single-cell transcriptomics and bulk transcriptomics analysis
2023, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2023.1198944
PMID:37780629
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析识别了子宫内膜癌中的关键基因 | 识别了与巨噬细胞M0相关的关键基因，并提出这些基因可能影响从非典型子宫内膜增生向子宫内膜癌的转化 | 未提及具体的样本数量及其他潜在的生物标志物 | 研究巨噬细胞在非典型子宫内膜增生转化为子宫内膜癌中的作用 | 巨噬细胞及其相关基因在子宫内膜癌中的表达 | 数字病理学 | 子宫内膜癌 | 单细胞RNA测序和批量转录组分析 | LASSO回归模型 | 基因表达数据 | NA |
| 2606 | 2024-08-05 |
TCL1A+ B cells predict prognosis in triple-negative breast cancer through integrative analysis of single-cell and bulk transcriptomic data
2023, Open life sciences
IF:1.7Q3
DOI:10.1515/biol-2022-0707
PMID:37791059
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研究论文 | 本文首次通过整合单细胞和全基因组转录组数据识别了TCL1A+ B细胞在三阴性乳腺癌中的预后相关功能 | 发现TCL1A+ B细胞在三阴性乳腺癌预后中的潜在重要性，并扩展了传统肿瘤浸润淋巴细胞的生存预测视角 | 需要进一步研究来验证我们的发现 | 研究TCL1A+ B细胞在三阴性乳腺癌中的作用及其与临床结果的关联 | 五名三阴性乳腺癌患者的单细胞RNA-seq数据 | 数字病理学 | 三阴性乳腺癌 | RNA-seq | 无监督方法 | 转录组数据 | 5名三阴性乳腺癌患者 |
| 2607 | 2024-08-05 |
Ferroptosis: A potential target of macrophages in plaque vulnerability
2023, Open life sciences
IF:1.7Q3
DOI:10.1515/biol-2022-0722
PMID:37791060
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研究论文 | 本文讨论了铁死亡在动脉粥样硬化斑块脆弱性中的作用，及其机制和调控 | 提出铁死亡可以作为调节巨噬细胞与斑块脆弱性之间平衡的潜在靶点 | 对此领域的未来研究方向仍需进一步探讨和验证 | 探讨铁死亡在动脉粥样硬化斑块脆弱性中的作用及其可能的治疗潜力 | 研究焦点是动脉粥样硬化模型中的巨噬细胞及其相关基因 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞测序 | NA | NA | ApoE(-/-)小鼠 |
| 2608 | 2024-08-05 |
Single-cell analysis of graft-infiltrating host cells identifies caspase-1 as a potential therapeutic target for heart transplant rejection
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1251028
PMID:37781362
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研究论文 | 本研究探讨了心脏移植早期拒绝阶段中移植物浸润细胞的单细胞组成及其潜在的治疗靶点 | 本研究首次揭示了caspase-1在介导心脏移植中的炎症性单核细胞浸润中的重要作用 | 研究仅限于早期拒绝阶段，缺少长期后果的评估 | 了解早期移植物拒绝的细胞机制以开发有效的免疫抑制策略 | 移植物浸润细胞及其相关的分子靶点 | 数字病理学 | 心脏移植排斥反应 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 27,053个细胞 |
| 2609 | 2024-08-05 |
Single-cell sequencing of tumor-associated macrophages in a Drosophila model
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1243797
PMID:37795097
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研究论文 | 本研究使用果蝇模型对肿瘤相关巨噬细胞进行单细胞RNA测序，以探究其在肿瘤进展中的角色 | 首次通过单细胞RNA测序揭示果蝇中肿瘤相关巨噬细胞的分子特征与作用 | 本研究限制于果蝇模型，可能无法完全反映人类肿瘤微环境的复杂性 | 探讨肿瘤相关巨噬细胞在肿瘤进展中的作用和分子机制 | 以果蝇中表达Ras-oncogene的幼虫作为研究对象 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 包含肿瘤相关细胞和循环细胞的手动提取样本 |
| 2610 | 2024-08-05 |
Comprehensive pan-cancer analysis reveals NUSAP1 is a novel predictive biomarker for prognosis and immunotherapy response
2023, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.80017
PMID:37781040
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研究论文 | 本研究分析了NUSAP1在不同癌症类型中的预后和免疫治疗反应的预测能力 | 首次系统分析了NUSAP1在肿瘤免疫微环境中的作用及其在多种癌症中的预后价值 | 未说明NUSAP1在特定癌症类型中的作用机制的深入研究 | 探讨NUSAP1作为预后生物标志物在免疫治疗中的潜在应用 | 人类正常及肿瘤组织中的NUSAP1 mRNA和蛋白表达水平 | 数字病理学 | 多种癌症 | RNA测序 | NA | tissue | 包括多种正常和肿瘤组织的临床样本及数据库数据 |
| 2611 | 2024-08-05 |
Adult tissue-specific stem cell interaction: novel technologies and research advances
2023, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2023.1220694
PMID:37808078
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综述 | 本研究综述了成人组织特异性干细胞相互作用的最新方法学进展 | 文章介绍了双酶谱系追踪系统、合成受体系统、近距离标记、单细胞RNA测序和空间转录组学等新技术在研究成人组织特异性干细胞相互作用中的应用 | NA | 旨在阐述成人组织特异性干细胞之间相互作用的机制 | 成人组织特异性干细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |
| 2612 | 2024-08-05 |
C5aR1 blockade reshapes immunosuppressive tumor microenvironment and synergizes with immune checkpoint blockade therapy in high-grade serous ovarian cancer
2023, Oncoimmunology
IF:6.5Q1
DOI:10.1080/2162402X.2023.2261242
PMID:37791232
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研究论文 | 本研究探讨了C5aR1在高分级浆液性卵巢癌中的免疫微环境和免疫治疗反应中的作用 | 揭示了C5aR1作为预测预后和指导治疗的新型生物标志物的潜力 | 未明确探讨不同免疫治疗组合的长远效果 | 识别C5aR1在高分级浆液性卵巢癌中的相关性及其在免疫微环境中的作用 | 高分级浆液性卵巢癌组织及其免疫细胞 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 组织样本 | 训练组120个样本和新鲜HGSC组织36个样本 |
| 2613 | 2024-08-05 |
Novel insights from spatial transcriptome analysis in solid tumors
2023, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.83098
PMID:37781515
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综述 | 本文总结了利用空间转录组学研究实体肿瘤的异质性和微环境的研究进展 | 提出了空间转录组学在研究肿瘤异质性和细胞相互作用等多个领域的应用突破 | NA | 探讨空间转录组学在研究肿瘤异质性及其微环境中的应用 | 主要关注实体肿瘤 | 数字病理学 | 肿瘤 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 2614 | 2024-08-07 |
Single-cell analysis of bovine muscle-derived cell types for cultured meat production
2023, Frontiers in nutrition
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fnut.2023.1212196
PMID:37781115
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术分析了牛肌肉来源细胞类型在培养肉生产中的异质性 | 本文通过单细胞RNA测序技术，识别了多种不同的细胞类型，并开发了有效的纯化和增殖协议，同时利用转录组学确定了在无血清培养基中促进卫星细胞生长的条件 | NA | 研究牛骨骼肌生物学及其在培养肉技术开发中的应用 | 牛肌肉来源的细胞类型，包括肌肉纤维、卫星细胞和成纤维脂肪前体细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 多种牛肌肉来源的细胞类型 |
| 2615 | 2024-08-07 |
The role of tumor-associated macrophages in glioma cohort: through both traditional RNA sequencing and single cell RNA sequencing
2023, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2023.1249448
PMID:37781198
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研究论文 | 本研究通过传统的RNA测序和单细胞RNA测序分析了胶质瘤中的肿瘤相关巨噬细胞（TAM）的作用 | 成功开发了一个包含12个基因的预测模型，该模型基于TAM相关基因，并通过生存分析和时间依赖的ROC曲线验证了其在胶质瘤中的预测意义 | NA | 探讨肿瘤相关巨噬细胞在胶质瘤中的作用及其对预后的影响 | 胶质瘤中的肿瘤相关巨噬细胞及其相关基因 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 胶质瘤队列 |
| 2616 | 2024-08-07 |
High CD8+tumor-infiltrating lymphocytes indicate severe exhaustion and poor prognosis in angioimmunoblastic T-cell lymphoma
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1228004
PMID:37781365
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研究论文 | 本研究探讨了血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤（AITL）中CD8+肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）的耗竭状态及其对预后的影响 | 首次全面揭示了AITL中CD8+TILs的耗竭状态及其对预后的潜在负面影响 | 研究样本量相对较小，需要进一步的大规模研究验证 | 阐明AITL中CD8+TILs的耗竭状态及其对预后的影响 | 血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤（AITL）中的CD8+肿瘤浸润淋巴细胞（TILs） | NA | 淋巴瘤 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、RNA测序 | NA | RNA | 单细胞RNA测序（n=2）、流式细胞术（n=20）、RNA测序（n=20）、GEO数据集（n=51） |
| 2617 | 2024-08-07 |
Comprehensive single-cell analysis reveals novel anergic antigen-presenting cell subtypes in human sepsis
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1257572
PMID:37781404
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术对脓毒症患者的抗原呈递细胞进行全面的高分辨率分析 | 首次在人类脓毒症中进行抗原呈递细胞的全面单细胞分析，揭示了与疾病相关的新型无反应性树突状细胞亚型 | NA | 研究脓毒症中抗原呈递细胞的细胞亚群及其基因表达和细胞间相互作用 | 脓毒症患者的抗原呈递细胞，包括树突状细胞和单核细胞 | 数字病理学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 所有已发表的人类单细胞RNA测序数据 |
| 2618 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome sequencing reveals tumor heterogeneity in family neuroblastoma
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1197773
PMID:37790931
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析了家族性神经母细胞瘤和散发性神经母细胞瘤病例的临床样本，构建了家族性神经母细胞瘤的完整转录组图谱，并发现了与家族性神经母细胞瘤相关的遗传因素和代谢特征。 | 首次通过单细胞RNA测序分析家族性神经母细胞瘤，揭示了其遗传和代谢特征，为治疗提供了新的靶点。 | 研究样本量较小，仅包括两个家族性神经母细胞瘤和四个散发性神经母细胞瘤病例。 | 揭示家族性神经母细胞瘤的遗传和代谢机制，为治疗提供新的靶点。 | 家族性神经母细胞瘤和散发性神经母细胞瘤的临床样本。 | 数字病理学 | 儿童肿瘤 | 单细胞RNA测序(sc-RNAseq) | NA | 转录组数据 | 18,394个细胞 |
| 2619 | 2024-08-07 |
GPX8 regulates pan-apoptosis in gliomas to promote microglial migration and mediate immunotherapy responses
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1260169
PMID:37795080
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研究论文 | 本研究探讨了泛凋亡相关基因在胶质瘤患者中的分子特性，并利用机器学习技术开发了相关特征 | 首次深入研究了泛凋亡在胶质瘤中的作用，并开发了相关的分子特征 | 需要进一步的体外和体内实验来验证GPX8在胶质瘤中的致癌和免疫原性过程 | 阐明泛凋亡相关基因在胶质瘤患者中的分子特性，并开发预测肿瘤进展和免疫治疗策略的特征 | 胶质瘤患者中的泛凋亡相关基因 | 机器学习 | 脑肿瘤 | CCK-8, Transwell, EdU | NA | RNA测序 | NA |
| 2620 | 2024-08-07 |
Analyzing alternative splicing in Alzheimer's disease postmortem brain: a cell-level perspective
2023, Frontiers in molecular neuroscience
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fnmol.2023.1237874
PMID:37799732
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研究论文 | 本文通过生物信息学方法分析了阿尔茨海默病（AD）患者死后脑组织中细胞水平的可变剪接事件（ASEs），揭示了AD病理中的剪接和表达变化 | 本文提供了一种新的策略，通过细胞水平的ASEs分析来识别神经退行性疾病中的显著变化，揭示了AD中细胞类型特异性的剪接变化 | NA | 研究阿尔茨海默病中细胞水平的可变剪接事件，以深入理解其病理机制 | 阿尔茨海默病患者的死后脑组织 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 涉及大量RNA测序研究和两个单细胞RNA测序研究 |