单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5355 篇文献，本页显示第 241 - 260 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 241 | 2024-10-08 |
Chromatin accessibility profiling of targeted cell populations with laser capture microdissection coupled to ATAC-seq
2023-10-23, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100598
PMID:37776856
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研究论文 | 本研究报告了激光捕获显微切割与ATAC-seq结合（LCM-ATAC-seq）用于新鲜冷冻样本的空间染色质可及性特征分析 | 首次将激光捕获显微切割与ATAC-seq结合，用于空间染色质可及性分析 | 研究仅限于新鲜冷冻样本，未涉及其他类型的样本 | 探索空间表观基因组学领域，提供基因调控的进一步见解 | 染色质可及性在健康和疾病中的作用 | 表观基因组学 | NA | 激光捕获显微切割（LCM），ATAC-seq | NA | 染色质可及性数据 | 新鲜冷冻样本 |
| 242 | 2024-10-08 |
Diverse clonal fates emerge upon drug treatment of homogeneous cancer cells
2023-Aug, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06342-8
PMID:37468627
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研究论文 | 本文开发并应用了FateMap框架，结合DNA条形码和单细胞RNA测序，揭示了数以十万计的克隆在接受抗癌治疗后的命运 | 本文首次展示了单细胞来源的癌症细胞在接受治疗后产生的分子、形态和功能上不同的抗性类型，并发现这些抗性类型主要由药物添加前的细胞分子差异决定，而非外在因素 | 本文主要集中在实验室环境下的研究，尚未充分探讨这些抗性类型在临床环境中的实际应用和影响 | 揭示抗癌治疗后癌症细胞的抗性多样性及其分子机制 | 单细胞来源的癌症细胞及其在接受不同抗癌药物治疗后的抗性类型 | NA | NA | DNA条形码和单细胞RNA测序 | NA | RNA | 数以十万计的克隆 |
| 243 | 2024-10-08 |
Harmonized cross-species cell atlases of trigeminal and dorsal root ganglia
2023-Jul-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.04.547740
PMID:37461736
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研究论文 | 构建跨物种的DRG和TG细胞图谱，描述了6个物种和19项研究中的18种神经元和11种非神经元细胞类型 | 首次构建了跨物种的DRG和TG细胞图谱，并展示了其在注释新测序的DRG细胞中的应用 | 跨物种的转录组定义细胞类型比较仍然具有挑战性 | 研究外周感觉神经元的多样性及其在不同物种中的转录组特征 | 背根神经节（DRG）和三叉神经节（TG）中的感觉神经元 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 涉及6个物种和19项研究的细胞样本 |
| 244 | 2024-10-08 |
Studying stochastic systems biology of the cell with single-cell genomics data
2023-May-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.17.541250
PMID:37292934
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综述 | 本文综述了单细胞基因组学数据在细胞系统生物学中的应用，并提出了一种统一的数学框架来处理单分子生物随机性和基因组学技术变异 | 提出了一个统一的数学框架，通过生成函数的方法整合单细胞RNA测序中的各种现象 | NA | 探讨单细胞基因组学数据在系统生物学中的应用，并提出一个数学框架来处理生物随机性和技术变异 | 单细胞RNA测序中的RNA转录过程和微流控技术中的封装和文库构建步骤 | 系统生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | 生成函数 | 基因组数据 | NA |
| 245 | 2024-10-08 |
Spatial genomic, biochemical, and cellular mechanisms drive meningioma heterogeneity and evolution
2023-May-15, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-2921804/v1
PMID:37292686
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研究论文 | 本文整合了空间转录组学和空间蛋白质组学方法，研究了高级别脑膜瘤的基因组、生化和细胞机制，揭示了肿瘤内异质性与分子、时间和空间演化的关系 | 通过空间转录组学和蛋白质组学方法，揭示了高级别脑膜瘤的基因和蛋白质表达差异，并发现了治疗抵抗性的空间扩展亚克隆拷贝数变异 | NA | 研究脑膜瘤的肿瘤内异质性和演化机制，为个性化医疗治疗提供基础 | 高级别脑膜瘤 | 数字病理学 | 脑膜瘤 | 空间转录组学、空间蛋白质组学、多重顺序免疫荧光（seqIF）、空间解卷积 | NA | 基因组数据、蛋白质数据、单细胞RNA测序数据 | NA |
| 246 | 2024-10-07 |
Allele-specific expression reveals genetic drivers of tissue regeneration in mice
2023-10-05, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2023.08.010
PMID:37714154
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研究论文 | 研究通过杂交MRL和非再生小鼠，利用等位基因特异性基因表达分析，揭示了与小鼠组织再生相关的顺式调控变异 | 首次通过等位基因特异性基因表达分析，识别出与小鼠耳部再生相关的顺式调控变异，并发现补体因子H在促进伤口修复和再生中的作用 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证这些发现 | 揭示小鼠组织再生的分子机制，并探索其临床应用潜力 | MRL小鼠和非再生小鼠的杂交后代，以及不同细胞类型的基因表达 | 分子生物学 | NA | 等位基因特异性基因表达分析，单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | MRL和非再生小鼠的杂交后代，涉及免疫细胞、成纤维细胞和内皮细胞三种主要细胞类型 |
| 247 | 2024-10-07 |
Single-cell dissection of cellular and molecular features underlying mesenchymal stem cell therapy in ischemic acute kidney injury
2023-Oct-04, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2023.07.024
PMID:37533253
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序研究了间充质干细胞在缺血性急性肾损伤中的治疗机制 | 揭示了间充质干细胞通过抑制Zeb2表达和抑制成纤维化上皮细胞来介导治疗效果的新机制 | NA | 探讨间充质干细胞在急性肾损伤中的治疗机制 | 间充质干细胞、急性肾损伤、肾小管上皮细胞、免疫细胞 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 248 | 2024-10-06 |
Isolation of planarian viable cells using fluorescence-activated cell sorting for advancing single-cell transcriptome analysis
2023-Nov, Genes to cells : devoted to molecular & cellular mechanisms
IF:1.3Q4
DOI:10.1111/gtc.13068
PMID:37723830
|
研究论文 | 本文开发了一种使用荧光激活细胞分选（FACS）从成体涡虫体内分离活细胞的方法，以推进单细胞转录组分析 | 本文创新性地使用紫外激光替代紫外激光来激发Hoechst 33342，减少了细胞损伤，并开发了一种无需染色的FACS策略，提高了单细胞RNA测序的质量 | 尽管成功获得了高质量的RNA测序数据，但非aPSCs细胞的RNA读取质量较低 | 开发一种有效的方法来分离活细胞，以进行高质量的单细胞RNA测序 | 成体涡虫的活细胞，包括成体多能干细胞（aPSCs）和分化/分化细胞 | 单细胞测序 | NA | 荧光激活细胞分选（FACS） | NA | RNA | 成体涡虫的多种细胞类型 |
| 249 | 2024-10-06 |
simpleaf: A simple, flexible, and scalable framework for single-cell transcriptomics data processing using alevin-fry
2023-Mar-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.28.534653
PMID:37034702
|
研究论文 | 介绍了一个名为simpleaf的框架，用于简化使用alevin-fry生态系统的单细胞转录组数据处理 | simpleaf简化了单细胞数据处理的复杂性，同时保留了alevin-fry工具的性能和灵活性，并增加了新的功能和能力 | NA | 简化单细胞转录组数据处理的复杂性，同时保留工具的性能和灵活性 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 250 | 2024-10-06 |
SARS-CoV-2 cellular tropism and direct multiorgan failure in COVID-19 patients: Bioinformatic predictions, experimental observations, and open questions
2023-Feb, Cell biology international
IF:3.3Q3
DOI:10.1002/cbin.11928
PMID:36229927
|
综述 | 本文综述了SARS-CoV-2病毒的细胞趋向性及其在COVID-19患者中引发多器官衰竭的可能机制 | 首次广泛使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）基因表达数据集来预测SARS-CoV-2的细胞趋向性 | 并非所有预测的易感细胞在COVID-19患者中都会被感染 | 探讨SARS-CoV-2病毒的传播途径及其在COVID-19患者中引发多器官衰竭的原因 | SARS-CoV-2病毒的细胞趋向性及其与早期感染和多器官衰竭的关联 | NA | COVID-19 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 251 | 2024-10-06 |
Human antibody BD-218 has broad neutralizing activity against concerning variants of SARS-CoV-2
2023-Feb-01, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2022.12.120
PMID:36528147
|
研究论文 | 本文报道了一种名为BD-218的人类抗体，具有广泛的SARS-CoV-2变种中和活性 | BD-218抗体能够与SARS-CoV-2刺突蛋白的受体结合域上的新表位结合，显示出对多种变种（包括beta、delta和omicron变种）的广泛中和活性 | NA | 研究SARS-CoV-2变种的中和抗体，以提高现有抗COVID疗法的有效性 | BD-218抗体及其对SARS-CoV-2变种的中和活性 | NA | NA | 单细胞测序、生物化学方法、伪型病毒中和实验、冷冻电镜结构分析 | NA | 结构数据 | 从早期康复患者中筛选出的抗体 |
| 252 | 2024-10-05 |
Cellular Heterogeneity of Activated Primary Human Macrophages and Associated Drug-Gene Networks: From Biology to Precision Therapeutics
2023-11-07, Circulation
IF:35.5Q1
|
研究论文 | 研究了干扰素-γ激活的人类原代巨噬细胞的细胞异质性及其相关的药物-基因网络，旨在从生物学到精准治疗 | 通过单细胞RNA测序和蛋白质组学分析，鉴定了两种主要的巨噬细胞亚群，并结合细胞签名药物库识别了一种新型化合物，该化合物能够靶向治疗动脉粥样硬化 | NA | 探索巨噬细胞亚群在动脉粥样硬化中的作用，并开发新的免疫治疗方法 | 干扰素-γ激活的人类原代巨噬细胞及其在动脉粥样硬化中的作用 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、蛋白质组学、代谢物消耗分析、免疫测定、功能测试 | NA | RNA序列数据 | 人类原代巨噬细胞、人类颈动脉粥样硬化斑块、小鼠动脉粥样硬化模型 |
| 253 | 2024-10-05 |
Adrenomedullin has a pivotal role in trophoblast differentiation: A promising nanotechnology-based therapeutic target for early-onset preeclampsia
2023-11-03, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adi4777
PMID:37922358
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研究论文 | 研究探讨了肾上腺髓质素（ADM）在滋养层细胞分化中的关键作用，并提出了一种基于纳米技术的早期子痫前期的潜在治疗靶点 | 首次揭示了ADM在滋养层细胞分化中的重要作用，并提出了一种基于纳米技术的治疗策略 | 研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体中进行验证 | 探讨ADM在早期子痫前期中的作用及其作为治疗靶点的潜力 | 滋养层细胞、早期子痫前期患者、妊娠小鼠 | 生物医学 | 妊娠相关疾病 | 单细胞测序、空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 人类绒毛膜滋养层细胞、滋养层干细胞、滋养层类器官、妊娠小鼠 |
| 254 | 2024-10-05 |
Multi-scale characterisation of homologous recombination deficiency in breast cancer
2023-11-02, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-023-01239-7
PMID:37919776
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研究论文 | 本文研究了乳腺癌中同源重组缺陷的多尺度特征，开发了基于插入缺失事件的分类方法和转录组特征，以提高同源重组缺陷的分类准确性 | 本文创新性地利用插入缺失事件和转录组特征来提高同源重组缺陷的分类准确性，并展示了其在单细胞转录组数据中的应用 | 本文未详细讨论所开发方法在其他癌症类型中的适用性 | 研究乳腺癌中同源重组缺陷的多尺度特征，并开发新的分类方法 | 乳腺癌中的同源重组缺陷及其与BRCA1/2缺陷状态的关系 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 外显子测序、单细胞RNA测序 | 多重弹性网络回归模型 | 基因表达数据 | 涉及多个乳腺癌样本，包括单细胞RNA测序数据 |
| 255 | 2024-10-05 |
Neutrophils resist ferroptosis and promote breast cancer metastasis through aconitate decarboxylase 1
2023-10-03, Cell metabolism
IF:27.7Q1
DOI:10.1016/j.cmet.2023.09.004
PMID:37793345
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研究论文 | 研究揭示了中性粒细胞通过aconitate脱羧酶1（Acod1）抵抗铁死亡并促进乳腺癌转移的机制 | 首次发现Acod1在中性粒细胞中的高表达及其在抵抗铁死亡和促进乳腺癌转移中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行大规模验证 | 探讨中性粒细胞在乳腺癌转移中的作用及其潜在治疗靶点 | 肿瘤浸润中性粒细胞（TINs）和循环中性粒细胞 | 癌症研究 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠乳腺肿瘤模型中的TINs和循环中性粒细胞 |
| 256 | 2024-10-05 |
Single-cell transcriptomic profiling of human pancreatic islets reveals genes responsive to glucose exposure over 24 hours
2023-Jul-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.06.543931
PMID:37333221
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研究论文 | 研究探讨了高血糖对人类胰腺胰岛基因表达的影响 | 首次使用单细胞RNA测序技术分析了不同葡萄糖浓度下人类胰腺胰岛基因表达的动态变化 | 样本量较小，仅来自两个捐赠者 | 探索高血糖对人类胰腺胰岛基因表达的影响及其与2型糖尿病的关系 | 人类胰腺胰岛细胞 | 基因组学 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 两个捐赠者的胰腺胰岛细胞 |
| 257 | 2024-10-05 |
NOTCH3 drives meningioma tumorigenesis and resistance to radiotherapy
2023-Jul-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.10.548456
PMID:37503127
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研究论文 | 研究报告NOTCH3在驱动脑膜瘤肿瘤发生和放射治疗抵抗中的作用 | 发现NOTCH3+脑膜瘤壁细胞在人类、狗和鼠中保守，并揭示了NOTCH3在肿瘤起始、细胞增殖、血管生成和放射治疗抵抗中的作用 | 研究主要基于小鼠遗传和异种移植模型，需要在临床试验中进一步验证 | 探讨NOTCH3在脑膜瘤肿瘤发生和放射治疗抵抗中的作用及其潜在治疗价值 | 脑膜瘤及其对放射治疗的抵抗性 | 数字病理学 | 脑膜瘤 | 单细胞转录组学、谱系追踪和成像技术 | NA | 单细胞转录组数据 | 涉及人类、狗和鼠的脑膜瘤样本 |
| 258 | 2024-10-05 |
Spatiotemporal single-cell transcriptomic profiling reveals inflammatory cell states in a mouse model of diffuse alveolar damage
2023-Jun, Exploration (Beijing, China)
DOI:10.1002/EXP.20220171
PMID:37933384
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研究论文 | 本文通过结合单细胞和空间转录组学技术，系统分析了在小鼠弥漫性肺泡损伤模型中，由蓖麻毒素气溶胶吸入引起的嗜中性粒细胞炎症的细胞状态 | 本文揭示了稳态下的成纤维细胞向超炎症状态的转变，并发现激活的成纤维细胞与嗜中性粒细胞之间的CXCL1-CXCR2趋化因子轴在进一步招募嗜中性粒细胞中的作用 | NA | 研究弥漫性肺泡损伤过程中炎症细胞状态的变化 | 小鼠弥漫性肺泡损伤模型中的炎症细胞状态 | 数字病理学 | 肺部疾病 | 单细胞和空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 小鼠模型 |
| 259 | 2024-10-04 |
Population-level single-cell genomics reveals conserved gene programs in systemic juvenile idiopathic arthritis
2023-11-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI166741
PMID:37733441
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研究论文 | 研究通过单细胞基因组学揭示了系统性幼年特发性关节炎中保守的基因程序 | 引入了两个新的计算框架UDON和SATAY-UDON，用于定义患者亚型及其相关生物标志物或临床特征，并发现了新的补体和干扰素激活程序 | NA | 揭示系统性幼年特发性关节炎中保守的基因程序 | 系统性幼年特发性关节炎患者的外周血单核细胞 | 基因组学 | 幼年特发性关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 超过1,000名健康捐赠者和系统性幼年特发性关节炎患者的样本 |
| 260 | 2024-10-04 |
IL-17 Signaling in Primary Sclerosing Cholangitis Patient-Derived Organoids
2023-Oct-16, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3406046/v1
PMID:37886596
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研究论文 | 研究了IL-17信号在原发性硬化性胆管炎患者来源的类器官中的作用 | 首次直接评估了IL-17信号在原发性硬化性胆管炎胆管细胞中的作用 | 未发现IL-17通路相关基因的罕见变异，但发现了MAPK信号通路的罕见变异 | 探讨原发性硬化性胆管炎外周胆管细胞类器官对IL-17A刺激的反应 | 原发性硬化性胆管炎和非原发性硬化性胆管炎患者的胆管细胞类器官 | NA | 原发性硬化性胆管炎 | 转录组学、分泌组分析、基因组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 来自原发性硬化性胆管炎和非原发性硬化性胆管炎患者的胆管细胞类器官 |