单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
241	2025-01-16	Ancestry-based differences in the immune phenotype are associated with lupus activity 2023-08-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.169584 PMID:37606045	研究论文	本研究通过多组学方法揭示了系统性红斑狼疮（SLE）患者中与种族相关的免疫改变，这些改变可能与疾病差异有关	使用多组学方法（包括细胞组成、信号传导、表观遗传学和蛋白质组学）全面评估了SLE患者和健康对照者的免疫表型，揭示了种族相关的免疫差异	研究主要关注黑人和白人患者之间的差异，未涉及其他种族或更广泛的人群	揭示系统性红斑狼疮（SLE）患者中与种族相关的免疫表型差异，以解释疾病严重性和病程的不同	系统性红斑狼疮（SLE）患者和健康对照者	免疫学	系统性红斑狼疮	质谱流式细胞术、单细胞转录组学、蛋白质组学、多重可溶性介质水平检测	NA	细胞组成、信号传导、表观遗传学、蛋白质组学数据	黑人和白人SLE患者及健康对照者
242	2025-01-16	Integrative analysis of transcriptome dynamics during human craniofacial development identifies candidate disease genes 2023-08-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-40363-1 PMID:37532691	研究论文	本文通过整合转录组和表观基因组数据，研究了人类颅面发育过程中的基因表达动态，以识别与颅面疾病相关的候选基因	首次结合bulk和单细胞RNA-seq技术，系统分析了人类颅面发育过程中的基因表达模式，并识别出539个可能与颅面疾病相关的基因	研究样本仅涵盖4-8周孕期的颅面组织，未覆盖更广泛的发育阶段	研究人类颅面发育过程中的基因表达动态，识别与颅面疾病相关的候选基因	人类颅面组织	基因组学	颅面疾病	bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	RNA-seq数据, 表观基因组数据	4-8周孕期的颅面组织样本
243	2025-01-16	Single-cell RNA sequencing reveals distinct T cell populations in immune-related adverse events of checkpoint inhibitors 2023-01-17, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2022.100868 PMID:36513074	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了检查点抑制剂治疗中免疫相关不良事件（irAEs）中T细胞的不同群体	首次使用单细胞RNA测序技术分析抗PD-1治疗期间循环T细胞的细胞变化，识别出与不同irAEs相关的特定T细胞亚群	研究样本量未明确说明，可能限制结果的普遍性	探讨抗PD-1治疗中免疫相关不良事件的细胞基础	癌症患者的循环T细胞	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序	K近邻网络图绘制布局	RNA序列数据	未明确说明
244	2025-01-16	HIV-1 activates oxidative phosphorylation in infected CD4 T cells in a human tonsil explant model 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1172938 PMID:37325659	研究论文	本研究通过人类扁桃体离体模型，探讨了HIV-1感染对不同细胞类型转录组变化的影响，特别是CD4+ T细胞中氧化磷酸化的激活	首次在人类扁桃体离体模型中揭示了HIV-1感染导致的CD4+ T细胞氧化磷酸化基因上调及巨噬细胞中NLRP3炎症小体通路基因表达增加	研究仅限于离体模型，可能无法完全反映体内复杂环境	探讨HIV-1感染在淋巴组织不同细胞类型中诱导的转录组变化及其对慢性炎症的贡献	人类扁桃体离体模型中的CD4+ T细胞和巨噬细胞	生物医学	HIV-1感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	健康人类供体的扁桃体组织
245	2025-01-16	The slan antigen identifies the prototypical non-classical CD16+-monocytes in human blood 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1287656 PMID:37965335	研究论文	本文通过转录组、蛋白质组、细胞表面标志物和细胞因子产生分析，比较了人类外周血中slan+/NC-和slan-/NC-单核细胞的特征，证明slan+/NC-单核细胞更符合非经典单核细胞的典型特征	首次通过转录组和蛋白质组分析，证明slan+/NC-单核细胞比slan-/NC-单核细胞更能代表非经典单核细胞的典型特征	研究未涉及slan+/NC-单核细胞在疾病中的具体功能和作用机制	研究人类外周血中非经典单核细胞的典型特征	人类外周血中的slan+/NC-和slan-/NC-单核细胞	免疫学	NA	RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 蛋白质组分析	NA	转录组数据, 蛋白质组数据, 细胞表面标志物数据	人类外周血单核细胞样本
246	2025-01-15	Rapid and Quantitative Functional Interrogation of Human Enhancer Variant Activity in Live Mice 2023-Dec-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.10.570890 PMID:38105996	研究论文	本文介绍了一种名为dual-enSERT的Cas9基础的双色荧光报告系统，用于在活体小鼠中快速、定量比较增强子等位基因活性	引入了dual-enSERT技术，能够在任何遗传背景的活体小鼠中快速、定量比较增强子等位基因活性，并结合单细胞转录组学在细胞分辨率上表征变异增强子等位基因	NA	研究人类先天性障碍相关的非编码变异的功能分析	与肢体多指症、自闭症和颅面畸形相关的增强子变异	基因功能分析	先天性障碍	Cas9基础的双色荧光报告系统（dual-enSERT），单细胞转录组学	NA	基因表达数据	活体小鼠胚胎
247	2025-01-15	Transcriptomic research in atherosclerosis: Unravelling plaque phenotype and overcoming methodological challenges 2023-Dec, Journal of molecular and cellular cardiology plus DOI:10.1016/j.jmccpl.2023.100048 PMID:39802625	综述	本文综述了转录组学在动脉粥样硬化研究中的应用，探讨了其在揭示斑块表型及克服方法学挑战方面的潜力	强调了转录组学研究在理解动脉粥样硬化斑块表型中的价值，并讨论了单细胞测序和多组学数据整合及机器学习在提升研究深度方面的最新进展	研究结果的可重复性低和程序缺乏标准化是该领域面临的主要挑战	通过转录组学研究深入理解动脉粥样硬化的分子机制，推动个性化和以患者为中心的医疗保健	动脉粥样硬化斑块	生物信息学	心血管疾病	bulk或单细胞测序	机器学习	转录组数据	NA
248	2025-01-14	Bioinformatics and system biology analysis revealed the crosstalk between COVID-19 and osteoarthritis 2023-12, Immunity, inflammation and disease DOI:10.1002/iid3.1123 PMID:38156385	研究论文	本文通过生物信息学和系统生物学分析揭示了COVID-19与骨关节炎之间的相互作用	首次通过生物信息学方法系统地分析了COVID-19与骨关节炎之间的共同病理机制，并筛选出关键基因、miRNAs、转录因子和潜在药物	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证来确认这些发现的临床意义	探索COVID-19与骨关节炎之间的共同病理机制，寻找潜在的治疗靶点	COVID-19患者和骨关节炎患者的基因表达数据	生物信息学	COVID-19, 骨关节炎	RNA-seq, 蛋白质-蛋白质相互作用网络分析, 免疫浸润分析	NA	基因表达数据	74个共同差异表达基因，外部数据集和OA小鼠模型验证
249	2025-01-14	Size matters: the impact of nucleus size on results from spatial transcriptomics 2023-04-21, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-023-04129-z PMID:37081484	研究论文	本文研究了连续切片数据整合（CSDI）对空间转录组学数据聚类和解卷积的影响，特别是在人类死后大脑中的应用	提出了连续切片数据整合（CSDI）方法，以提高空间转录组学数据的聚类和解卷积准确性	研究主要针对人类死后大脑，可能不适用于其他组织或活体样本	探讨连续切片数据整合（CSDI）对空间转录组学数据聚类和解卷积的影响	人类死后大脑	空间转录组学	NA	Visium Spatial Gene Expression (ST), 单核RNA-seq	NA	空间转录组学数据	人类死后大脑样本
250	2025-01-13	Differences in cell shape, motility, and growth reflect chromosomal number variations that can be visualized with live-cell ChReporters 2023-Dec-01, Molecular biology of the cell IF:3.1Q3 DOI:10.1091/mbc.E23-06-0207 PMID:37903225	研究论文	本文使用活细胞ChReporter方法识别单染色体缺失的细胞，以更好地理解细胞形状、运动性和生长差异	使用活细胞ChReporter方法可视化染色体数量变化，揭示细胞形态、运动性和生长差异	机械型-基因型关系复杂，需要进一步研究	理解染色体数量变化对细胞形态、运动性和生长的影响	标准癌细胞系	细胞生物学	癌症	活细胞ChReporter方法、单细胞RNA测序	NA	细胞图像、基因表达数据	标准癌细胞系的克隆群体
251	2025-01-13	Sex specific molecular networks and key drivers of Alzheimer's disease 2023-06-20, Molecular neurodegeneration IF:14.9Q1 DOI:10.1186/s13024-023-00624-5 PMID:37340466	研究论文	本研究通过系统生物学方法探讨了阿尔茨海默病（AD）的性别特异性分子网络，并识别了关键驱动因素	首次整合大规模人类死后脑转录组数据，通过多尺度网络分析识别性别特异性分子网络和关键驱动因素，特别是LRP10在AD发病机制中的性别差异作用	研究主要依赖于死后脑样本，可能无法完全反映活体中的分子变化	探讨阿尔茨海默病的性别特异性分子机制，以促进性别和APOE基因型特异性治疗的发展	人类死后脑样本和AD小鼠模型	生物信息学	阿尔茨海默病	多尺度网络分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、酵母双杂交系统筛选	EFAD小鼠模型	转录组数据	两个队列（MSBB和ROSMAP）的人类死后脑样本和AD小鼠模型
252	2025-01-12	Loss of metabolic fitness drives tumor resistance after CAR-NK cell therapy and can be overcome by cytokine engineering 2023-07-28, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.add6997 PMID:37494448	研究论文	本文研究了CAR-NK细胞疗法后肿瘤抵抗的机制，并探讨了通过细胞因子工程克服这一问题的可能性	通过单细胞RNA测序和质谱流式细胞术研究了CAR-NK细胞的异质性及其在体内的演化过程，揭示了代谢适应性丧失是肿瘤抵抗的关键因素，并提出通过IL-15工程化CAR结构部分克服这一问题	研究主要基于临床前模型和少量患者样本，结果需要更大规模的临床试验验证	探究CAR-NK细胞疗法后肿瘤抵抗的机制，并寻找克服方法	CAR-NK细胞及其在体内的演化过程	细胞治疗	淋巴瘤	单细胞RNA测序，质谱流式细胞术	NA	RNA测序数据，质谱流式细胞数据	临床前模型和两名患者样本
253	2025-01-12	Single-Cell Transcriptomics Reveals Global Markers of Transcriptional Diversity across Different Forms of Cellular Senescence 2023, Aging biology DOI:10.59368/agingbio.20230008 PMID:39781544	研究论文	本文通过单细胞转录组学揭示了不同形式细胞衰老中的转录多样性全局标记	首次通过单细胞转录组学技术全面分析了不同形式细胞衰老中的细胞亚群及其表达谱，揭示了共同的转录特征和次级衰老现象	研究主要基于体外实验，未涉及体内复杂环境的影响	探究不同形式细胞衰老中的转录多样性及其共同特征	基因同源的克隆细胞系，包括癌基因诱导衰老、复制性衰老和DNA损伤诱导衰老	生物信息学	老年疾病	单细胞转录组学	NA	RNA测序数据	多种形式的衰老细胞系
254	2025-01-07	Protocols for single-cell RNA-seq and spatial gene expression integration and interactive visualization 2023-03-17, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102047 PMID:36853708	研究论文	本文提供了整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间基因表达数据的协议，并展示了如何创建交互式网络应用来可视化和分享结果	提供了使用Seurat和Giotto软件包整合scRNA-seq和空间转录组数据的详细协议，并展示了如何创建交互式网络应用	协议仅适用于特定数据集，可能不适用于所有类型的scRNA-seq和空间转录组数据	整合单细胞RNA测序和空间基因表达数据，以解析细胞类型分布	人类输尿管scRNA-seq数据集	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据，空间基因表达数据	NA
255	2025-01-04	Unique activities of two overlapping PAX6 retinal enhancers 2023-11, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202302126 PMID:37643867	研究论文	本文研究了两个重叠的PAX6视网膜增强子HS5和NRE的精确细胞类型和调控活性	通过活体成像和单细胞RNA测序的独特组合，揭示了这些增强子在时空活动上的差异	研究仅限于斑马鱼胚胎，未涉及其他模型或人类样本	探讨PAX6视网膜增强子的功能差异及其在眼发育中的作用	斑马鱼胚胎中的HS5和NRE增强子	发育生物学	NA	活体成像、单细胞RNA测序	NA	图像、RNA测序数据	斑马鱼胚胎
256	2025-01-03	Single-Cell Sequencing in Neurodegenerative Disorders 2023-09, Molecular diagnosis & therapy IF:4.1Q1 DOI:10.1007/s40291-023-00668-9 PMID:37552451	综述	本文回顾了单细胞测序技术在神经退行性疾病中的应用及其最新进展	利用单细胞组学技术深入探索神经退行性疾病中的细胞异质性，为诊断和治疗提供新视角	目前主要关注转录组变化，未来需要进一步技术发展以更好地理解和操纵相关通路	探讨单细胞测序技术在神经退行性疾病中的应用及其潜力	帕金森病、阿尔茨海默病、亨廷顿病和多发性硬化症等常见神经退行性疾病	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	NA
257	2025-01-01	Integrative analyses of bulk and single-cell RNA-seq identified cancer-associated fibroblasts-related signature as a prognostic factor for immunotherapy in NSCLC 2023-Jul, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-023-03428-0 PMID:37010552	研究论文	本文通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，识别了与非小细胞肺癌（NSCLC）相关的癌症相关成纤维细胞（CAF）特征，并构建了一个基于CAF的风险模型，用于预测NSCLC患者的预后和免疫治疗反应	首次通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，构建了一个基于CAF的风险模型，并验证了其在NSCLC患者预后和免疫治疗反应中的预测价值	研究结果主要基于回顾性数据，需要进一步的前瞻性研究来验证其临床应用的可靠性	探索CAF在NSCLC中的临床意义和生物学功能，并构建一个基于CAF的风险模型用于预测患者的预后和免疫治疗反应	非小细胞肺癌（NSCLC）患者	数字病理学	肺癌	RNA测序，单细胞RNA测序	加权基因共表达网络分析（WGCNA）	RNA测序数据，单细胞RNA测序数据	四个独立的NSCLC队列
258	2025-01-01	CiTSA: a comprehensive platform provides experimentally supported signatures of cancer immunotherapy and analysis tools based on bulk and scRNA-seq data 2023-Jul, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-023-03414-6 PMID:36912931	研究论文	本文介绍了一个名为CiTSA的综合平台，该平台提供了基于实验支持的癌症免疫治疗签名和分析工具，支持批量RNA测序和单细胞RNA测序数据	首次提供了一个实验支持的癌症免疫治疗签名基准数据集，并开发了CiTSA平台，集成了878个条目，涵盖412个签名和30种癌症类型	未提及具体的研究局限性	为研究人员提供一个全面的资源，以发现和分析癌症免疫治疗的签名，并进一步探索其机制	癌症免疫治疗的签名，包括基因、细胞和免疫治疗之间的关联	数字病理学	癌症	RNA-seq, scRNA-seq	NA	RNA测序数据	878个条目，涵盖30种癌症类型
259	2024-12-24	scFseCluster: a feature selection-enhanced clustering for single-cell RNA-seq data 2023-12, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202302103 PMID:37788907	研究论文	本文提出了一种名为scFseCluster的新型计算框架，用于单细胞RNA测序数据的聚类分析	scFseCluster通过量子松鼠搜索算法进行特征选择，提取最优基因集，从而提高细胞聚类的性能	NA	提高单细胞RNA测序数据聚类分析的性能	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	量子松鼠搜索算法	基因表达数据	八个基准单细胞RNA测序数据集
260	2024-12-24	High-quality single-cell transcriptomics from ovarian histological sections during folliculogenesis 2023-11, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202301929 PMID:37722727	研究论文	本文开发了一种名为DRaqL的新方法，用于从卵巢组织切片中进行高质量的单细胞RNA测序，揭示了卵泡发生过程中的转录组异质性	DRaqL方法实现了从酒精固定组织切片中进行高效的单细胞RNA测序，其效率与新鲜分离细胞的测序相当，并能有效进行外显子-外显子连接分析	NA	开发一种高效的方法，用于从组织切片中进行高质量的单细胞RNA测序，以研究卵泡发生过程中的转录组异质性	小鼠卵巢组织切片中的卵母细胞和颗粒细胞	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序 (RNA-seq)	NA	转录组数据	小鼠卵巢组织切片