单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5353 篇文献，本页显示第 241 - 260 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 241 | 2024-11-07 |
SOX9 Modulates the Transformation of Gastric Stem Cells Through Biased Symmetric Cell Division
2023-06, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2023.01.037
PMID:36740200
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研究论文 | 研究探讨了SOX9基因在胃干细胞通过偏向性对称细胞分裂进行恶性转化中的作用 | 提出了SOX9+SOX2+细胞在胃癌发生中的重要作用，并开发了一种新的鼠模型来研究这一过程 | 研究主要基于鼠模型和胃癌患者样本，可能无法完全反映人类胃癌的复杂性 | 研究胃干细胞在胃癌发生初期的行为，并探讨SOX9基因在这一过程中的作用 | 胃干细胞和胃癌 | NA | 胃癌 | 单细胞RNA测序、免疫染色、CRISPR/Cas9基因编辑 | NA | 组织样本 | 鼠模型和胃癌患者样本 |
| 242 | 2024-11-06 |
ENPP1 is an innate immune checkpoint of the anticancer cGAMP-STING pathway in breast cancer
2023-Dec-26, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2313693120
PMID:38117852
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研究论文 | 研究探讨了ENPP1在乳腺癌中作为cGAMP-STING通路的固有免疫检查点的机制 | 首次揭示了ENPP1通过抑制cGAMP-STING信号通路促进乳腺癌生长和转移的机制 | 研究主要集中在ENPP1的功能和其在乳腺癌中的作用，未涉及其他癌症类型的验证 | 探讨ENPP1在乳腺癌中的作用及其作为治疗靶点的潜力 | ENPP1在乳腺癌中的表达及其对cGAMP-STING通路的影响 | 癌症生物学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及癌症和正常组织的单细胞RNA测序数据 |
| 243 | 2024-11-06 |
Temporal recording of mammalian development and precancer
2023-Dec-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.18.572260
PMID:38187699
|
研究论文 | 本文利用NSC-seq平台记录哺乳动物发育和癌前病变中的细胞事件时间顺序 | 开发了一种新的分子时钟方法，结合细胞状态和谱系信息，记录细胞事件的时间和克隆性 | NA | 研究哺乳动物胚胎发育和癌前病变中细胞事件的时间顺序 | 小鼠胚胎发育中的组织特异性细胞扩张和人类癌前病变中的多祖先起源 | 数字病理学 | NA | NSC-seq | NA | 单细胞多组学数据 | 116个scRNA-seq数据集和418个人类息肉样本 |
| 244 | 2024-11-06 |
STGNNks: Identifying cell types in spatial transcriptomics data based on graph neural network, denoising auto-encoder, and k-sums clustering
2023-11, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107440
PMID:37738898
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研究论文 | 本文提出了一种基于图神经网络、去噪自编码器和k-sums聚类的空间转录组数据细胞类型识别方法STGNNks | 首次将图神经网络、去噪自编码器和k-sums聚类结合用于空间转录组数据的细胞类型识别 | NA | 开发一种创新的空间聚类方法，以提高空间转录组数据分析的效率 | 空间转录组数据中的细胞类型识别 | 机器学习 | NA | 图神经网络、去噪自编码器、k-sums聚类 | 图卷积网络 | 转录组数据 | 六个10x Genomics Visium数据集 |
| 245 | 2024-11-06 |
Microdissection of cancer-associated fibroblast infiltration subtypes unveils the secreted SERPINE2 contributing to immunosuppressive microenvironment and immuotherapeutic resistance in gastric cancer: A large-scale study integrating bulk and single-cell transcriptome profiling
2023-11, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107406
PMID:37729702
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研究论文 | 本研究通过大规模整合bulk和单细胞转录组数据，揭示了胃癌中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的不同浸润亚型及其分泌的SERPINE2在免疫抑制微环境和免疫治疗抵抗中的作用 | 首次通过整合bulk和单细胞转录组数据，揭示了CAFs在胃癌中的不同浸润亚型及其分泌的SERPINE2在免疫抑制微环境和免疫治疗抵抗中的关键作用 | 研究主要基于转录组数据，缺乏功能实验验证SERPINE2的具体作用机制 | 探讨CAFs及其分泌因子在胃癌免疫抑制微环境和免疫治疗抵抗中的作用，寻找新的免疫治疗靶点 | 胃癌患者样本及其肿瘤微环境中的CAFs和免疫细胞 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 2148名胃癌患者样本，涵盖11个独立数据集 |
| 246 | 2024-11-06 |
Identification of urinary extracellular vesicles differentially expressed RNAs in diabetic nephropathy via whole-transcriptome integrated analysis
2023-11, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107480
PMID:37738894
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研究论文 | 本研究通过全转录组整合分析，识别了糖尿病肾病中尿液外泌体中差异表达的RNA | 首次报道了糖尿病肾病患者尿液外泌体中的全转录组遗传资源 | NA | 研究糖尿病肾病中尿液外泌体中差异表达的RNA及其作为潜在诊断生物标志物的可能性 | 糖尿病肾病患者的尿液外泌体 | 数字病理学 | 糖尿病 | 微阵列分析、下一代测序 | 机器学习模型 | RNA | 24名参与者，包括12名糖尿病肾病患者和12名2型糖尿病患者 |
| 247 | 2024-11-06 |
Identification of cell-type-specific genes in multimodal single-cell data using deep neural network algorithm
2023-11, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107498
PMID:37738895
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研究论文 | 本文利用深度神经网络算法在多模态单细胞数据中识别细胞类型特异性基因 | 本文创新性地使用深度神经网络模型分析CITE-seq数据，成功识别出红细胞祖细胞中的细胞类型特异性基因 | 本文仅使用了Kaggle数据库中的一个CITE-seq数据集，样本量和细胞类型有限 | 旨在通过多模态单细胞数据识别细胞类型特异性基因 | 骨髓干细胞分化过程中的七种细胞类型的CITE-seq数据 | 机器学习 | 血液相关疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 深度神经网络（DNN） | RNA和表面蛋白表达数据 | 七种细胞类型的CITE-seq数据集 |
| 248 | 2024-11-06 |
Treatment of HCC with claudin-1-specific antibodies suppresses carcinogenic signaling and reprograms the tumor microenvironment
2023-02, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2022.10.011
PMID:36309131
|
研究论文 | 研究探讨了靶向非连接区Claudin-1（CLDN1）的单克隆抗体在肝细胞癌（HCC）治疗中的作用 | 首次探索了非连接区CLDN1作为HCC治疗靶点的潜力，并展示了其在抑制肿瘤生长和重编程肿瘤微环境中的显著效果 | 研究主要基于细胞系和动物模型，尚未进行临床试验 | 研究CLDN1作为HCC治疗靶点的潜力及其在抑制肿瘤生长和重编程肿瘤微环境中的作用 | 肝细胞癌（HCC）患者来源的细胞系和动物模型 | NA | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 大量患者来源的细胞系和动物模型 |
| 249 | 2024-11-04 |
Benchmarking algorithms for joint integration of unpaired and paired single-cell RNA-seq and ATAC-seq data
2023-10-24, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03073-x
PMID:37875977
|
研究论文 | 本文评估了九种现有的单细胞多组学数据整合方法，探讨了多组学数据在分析现有单模态数据中的作用 | 本文首次系统地比较了多种单细胞多组学数据整合方法，并强调了多组学数据在细胞类型注释中的重要性 | 本文指出，多组学数据集中的细胞核数量不足可能会影响注释的可靠性 | 评估现有单细胞多组学数据整合方法的性能，并探讨其在单模态数据分析中的应用 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核ATAC测序（snATAC-seq）数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），单核ATAC测序（snATAC-seq） | NA | 基因表达数据，染色质可及性数据 | 多组学数据集中的细胞核数量 |
| 250 | 2024-11-04 |
SpaDecon: cell-type deconvolution in spatial transcriptomics with semi-supervised learning
2023-04-07, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-04761-x
PMID:37029267
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为SpaDecon的半监督学习方法，用于空间转录组学中的细胞类型反卷积 | SpaDecon结合了基因表达、空间位置和组织学信息，显著提高了细胞类型反卷积的准确性 | NA | 旨在提高空间转录组学中细胞类型反卷积的准确性 | 空间转录组学数据中的细胞类型分布 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 半监督学习 | 基因表达数据 | 四个真实空间转录组学数据集和四个伪空间转录组学数据集 |
| 251 | 2024-11-02 |
IL-21-producing effector Tfh cells promote B cell alloimmunity in lymph nodes and kidney allografts
2023-Oct-23, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.169793
PMID:37870962
|
研究论文 | 研究IL-21产生效应Tfh细胞在同种异体肾移植中的作用及其对B细胞克隆动力学的影响 | 首次揭示了IL-21产生效应Tfh细胞在同种异体肾移植中的具体亚群、起源和功能 | 研究基于小鼠模型，结果的临床相关性需要进一步验证 | 探讨IL-21产生效应Tfh细胞在同种异体肾移植中的作用 | IL-21产生效应Tfh细胞及其在肾移植排斥中的功能 | 免疫学 | 肾移植 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠模型 |
| 252 | 2024-10-30 |
Unraveling Vulnerabilities in Endocrine Therapy-Resistant HER2+/ER+ Breast Cancer
2023-Nov-02, Endocrinology
IF:3.8Q2
DOI:10.1210/endocr/bqad159
PMID:37897495
|
研究论文 | 本研究开发并表征了两种内分泌治疗耐药的HER2+/ER+乳腺癌体外模型，以识别可能的治疗脆弱性 | 本研究首次开发了两种长期雌激素剥夺的细胞系，并结合全基因组测序和单细胞RNA测序，揭示了HER2+/ER+乳腺癌内分泌治疗耐药的分子机制和代谢重塑 | 本研究仅限于体外模型，尚未在临床环境中验证其发现 | 识别HER2+/ER+乳腺癌内分泌治疗耐药的潜在治疗靶点 | HER2+/ER+乳腺癌细胞系及其内分泌治疗耐药变异体 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 全基因组测序、单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据、转录组数据 | 两种HER2+/ER+乳腺癌细胞系及其长期雌激素剥夺变异体 |
| 253 | 2024-10-30 |
A hybrid machine learning and regression method for cell type deconvolution of spatial barcoding-based transcriptomic data
2023-Aug-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.24.554722
PMID:37662370
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研究论文 | 本文介绍了一种混合机器学习和回归方法SDePER，用于空间条形码转录组数据的细胞类型反卷积 | SDePER方法通过机器学习去除ST和scRNA-seq数据之间的系统差异（平台效应），并考虑了细胞类型的稀疏性和空间相关性 | NA | 开发一种新的方法来提高空间条形码转录组数据的细胞类型反卷积的准确性和鲁棒性 | 空间条形码转录组数据和单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 混合机器学习和回归模型 | 转录组数据 | 四个真实数据集和模拟数据 |
| 254 | 2024-10-30 |
Systems biological assessment of the temporal dynamics of immunity to a viral infection in the first weeks and months of life
2023-Jan-31, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2023.01.28.23285133
PMID:36778389
|
研究论文 | 本文通过多组学方法，对婴儿和幼儿在生命早期几周和几个月内对SARS-CoV-2感染的免疫动态进行了纵向分析 | 首次提供了生命早期几周和几个月内对病毒感染的免疫动态的快照 | NA | 研究婴儿和幼儿在生命早期对SARS-CoV-2感染的免疫动态 | 婴儿和幼儿对SARS-CoV-2感染的先天性和适应性免疫反应 | NA | NA | 多组学分析 | NA | 血液样本 | 感染前、感染期间和感染后收集的血液样本 |
| 255 | 2024-10-30 |
Targeting Immune-Fibroblast Crosstalk in Myocardial Infarction and Cardiac Fibrosis
2023-Jan-26, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-2402606/v1
PMID:36747878
|
研究论文 | 研究心肌梗死和心脏纤维化中免疫细胞与成纤维细胞之间的相互作用 | 首次揭示了人类心脏疾病中免疫细胞与成纤维细胞之间的分子机制，并展示了通过靶向炎症治疗组织纤维化的潜力 | 研究主要基于小鼠模型和人类心脏样本，可能存在种属差异 | 探讨心肌梗死和心脏纤维化中免疫细胞与成纤维细胞的相互作用机制 | 心肌梗死和心脏纤维化中的免疫细胞与成纤维细胞 | NA | 心血管疾病 | 单细胞基因表达分析、表位映射、染色质可及性分析 | NA | 基因表达数据 | 38名急性心肌梗死和慢性心力衰竭患者的心脏样本 |
| 256 | 2024-10-28 |
Unified Mouse and Human Kidney Single-Cell Expression Atlas Reveal Commonalities and Differences in Disease States
2023-11-01, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.0000000000000217
PMID:37639336
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，比较了18种小鼠肾脏疾病模型与人类糖尿病肾病患者的基因表达差异，揭示了疾病状态下基因表达的共性和差异 | 首次系统性地分析和比较了多种小鼠肾脏疾病模型的单细胞基因表达数据，并将其与人类糖尿病肾病患者的单细胞数据进行对比 | 小鼠模型与人类患者之间的单细胞基因表达变化重叠较少，表明动物模型与人类疾病之间存在差异 | 研究小鼠肾脏疾病模型与人类疾病状态下基因表达的共性和差异 | 18种小鼠肾脏疾病模型和人类糖尿病肾病患者 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 36个单细胞RNA测序样本和42个批量基因表达数据样本 |
| 257 | 2024-10-28 |
Liquid-biopsy proteomics combined with AI identifies cellular drivers of eye aging and disease in vivo
2023-10-26, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2023.09.012
PMID:37863056
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研究论文 | 本文通过结合液体活检蛋白质组学和单细胞转录组学，追踪了5953种蛋白质在房水中的细胞来源，并开发了人工智能模型评估个体细胞的衰老情况 | 本文首次将液体活检蛋白质组学与单细胞转录组学结合，用于追踪非再生器官如眼睛和大脑的疾病机制，并揭示了帕金森病中的视网膜退化现象 | 本文的研究主要集中在眼睛，尚未扩展到其他器官系统 | 研究眼睛衰老和疾病的细胞驱动因素，并开发新的分子诊断和预后方法 | 眼睛中的5953种蛋白质及其细胞来源，以及个体细胞的衰老情况 | 生物信息学 | 眼科疾病 | 液体活检蛋白质组学，单细胞转录组学 | 人工智能模型 | 蛋白质组学数据，转录组学数据 | 5953种蛋白质 |
| 258 | 2024-10-27 |
Neural stem cell metabolism revisited: a critical role for mitochondria
2023-08, Trends in endocrinology and metabolism: TEM
DOI:10.1016/j.tem.2023.05.008
PMID:37380501
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综述 | 本文综述了线粒体代谢在鼠和人类神经干细胞（NSCs）胚胎和成年大脑中的作用 | 本文重新审视了线粒体在神经干细胞代谢中的关键作用，并探讨了单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据在成年NSCs代谢特征中的应用 | NA | 探讨线粒体代谢在神经干细胞维持和命运决定中的作用 | 鼠和人类神经干细胞（NSCs） | 细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA |
| 259 | 2024-10-27 |
Cloning a profibrotic stem cell variant in idiopathic pulmonary fibrosis
2023-04-26, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.abp9528
PMID:37099633
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研究论文 | 研究通过单细胞克隆技术在特发性肺纤维化患者中鉴定出一种促纤维化干细胞变异体 | 首次通过单细胞克隆技术鉴定出特发性肺纤维化中的一种主要干细胞变异体，并发现其在体外能将正常肺成纤维细胞转化为病理性肌成纤维细胞，在体内能激活和招募肌成纤维细胞 | 研究样本量较小，且仅限于特发性肺纤维化患者和对照组，未涵盖其他肺部疾病 | 探讨特发性肺纤维化中干细胞变异体的特征及其在疾病发展中的作用 | 特发性肺纤维化患者的远端肺部基底干细胞 | 数字病理学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 16名特发性肺纤维化患者和10名对照组 |
| 260 | 2024-10-26 |
Microfluidic single-cell migration chip reveals insights into the impact of extracellular matrices on cell movement
2023-10-24, Lab on a chip
IF:6.1Q2
DOI:10.1039/d3lc00651d
PMID:37750357
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研究论文 | 开发了一种高通量微流控细胞迁移芯片，结合机器人液体处理和计算机视觉技术，监测3200个单细胞的运动，研究细胞外基质对细胞迁移的影响 | 开发了高通量微流控细胞迁移芯片，提供前所未有的单细胞分辨率，研究不同细胞外基质对三阴性乳腺癌细胞迁移的影响 | 研究主要集中在三阴性乳腺癌细胞，未涵盖所有类型的细胞和疾病 | 研究细胞外基质对细胞迁移的影响，为开发治疗与细胞迁移相关疾病的新策略提供见解 | 三阴性乳腺癌细胞在不同细胞外基质中的迁移行为 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 微流控技术 | NA | 图像 | 3200个单细胞 |