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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 241 | 2025-10-05 |
Autologous Airway Basal Cell Transplantation Alleviates Airway Epithelium Defect in Recurrent Benign Tracheal Stenosis
2023-12-18, Stem cells translational medicine
IF:5.4Q1
DOI:10.1093/stcltm/szad062
PMID:37804518
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研究论文 | 本研究通过自体气道基底细胞移植联合生物凝胶治疗复发性良性气管狭窄,探索其在气道再上皮化中的治疗效果 | 首次将自体气道基底细胞移植与生物凝胶涂层相结合,应用于气管狭窄的再生治疗 | 研究仅在犬类动物模型中进行,尚未进行人体临床试验 | 探索自体基底细胞移植在恢复气道稳态和治疗气管狭窄中的治疗效果 | 复发性良性气管狭窄患者的气道黏膜和建立气管狭窄模型的犬类 | 单细胞测序 | 气管狭窄 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 犬类动物模型,分为4个实验组,随访16周 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 242 | 2025-10-05 |
Single-Cell RNA-Seq Analysis Identifies Angiotensinogen and Galanin as Unique Molecular Markers of Acinar Cells in Murine Salivary Glands
2023-12, Stem cells and development
IF:2.5Q2
DOI:10.1089/scd.2023.0125
PMID:37823745
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析鉴定小鼠唾液腺腺泡细胞的独特分子标记物 | 首次发现血管紧张素原和甘丙肽分别作为颌下腺浆液性腺泡细胞和舌下腺黏液性腺泡细胞的特异性标记物 | 研究仅使用4周龄小鼠,未涵盖其他发育阶段 | 鉴定小鼠颌下腺和舌下腺腺泡细胞的分子标记物 | 小鼠颌下腺和舌下腺组织 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序, RT-qPCR, 免疫组织化学, 免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据 | 4周龄小鼠 | 10x Genomics | single-cell RNA-seq | 10x Chromium | 10x单细胞测序平台 |
| 243 | 2025-10-05 |
Global decoupling of cell differentiation from cell division in early embryo development
2023-Jul-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.29.551123
PMID:37546736
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研究论文 | 本研究通过阻断斑马鱼胚胎细胞周期并采用单细胞RNA测序分析,揭示了细胞分化与细胞分裂在早期胚胎发育中的解耦现象 | 首次在胚胎尺度上证明细胞分裂对所有胚胎组织初始细胞类型分化是非必需的,并展示了结合胚胎水平扰动与单细胞RNA测序的新方法 | 研究仅关注早期原肠胚形成至分节结束阶段,未涉及后期发育过程;细胞分裂缺失导致部分细胞类型分化速度减慢和应激反应 | 探究细胞分裂在细胞分化过程中的作用机制 | 斑马鱼早期胚胎 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 244 | 2025-10-05 |
Transcriptional changes in specific subsets of Drosophila neurons following inhibition of the serotonin transporter
2023-06-24, Translational psychiatry
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41398-023-02521-3
PMID:37355701
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研究论文 | 本研究通过RNA测序分析果蝇蘑菇体神经元在血清素转运蛋白抑制后的转录组变化 | 首次在果蝇特定神经元亚型中系统分析血清素转运蛋白抑制的转录效应,并比较发育期与成年期的差异 | 蘑菇体神经元转录组变化有限,且一个突变等位基因导致显著的人工表达变化 | 探究血清素转运蛋白抑制对特定神经元亚型转录组的影响 | 果蝇蘑菇体中的Kenyon细胞 | 神经科学 | NA | 荧光激活细胞分选,bulk RNA测序,单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 果蝇Kenyon细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 245 | 2025-10-05 |
RNA Sequencing and Spatial Transcriptomics in Traumatic Spinal Cord Injury (Review)
2023, Sovremennye tekhnologii v meditsine
DOI:10.17691/stm2023.15.6.08
PMID:39944372
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综述 | 总结基于单细胞和单核RNA测序的转录组分析技术在创伤性脊髓损伤细胞特征鉴定和研究中的进展 | 整合单细胞RNA测序与空间转录组学技术,精确定位脊髓损伤区域并在细胞分子水平分析病理图像 | 需要更多人类细胞群体特异性数据与实验模型数据的比较分析 | 理解脊髓功能机制并建立治疗靶点 | 创伤性脊髓损伤中的细胞类型和神经组织细胞 | 空间转录组学 | 创伤性脊髓损伤 | 单细胞RNA测序,单核RNA测序,空间转录组学 | NA | 转录组数据,空间信息 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 246 | 2025-10-05 |
A mouse model of ZTTK syndrome reveals indispensable SON functions in organ development and hematopoiesis
2023-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.19.567732
PMID:38014320
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研究论文 | 本研究通过建立ZTTK综合征小鼠模型,揭示了SON基因在器官发育和造血过程中的关键作用 | 首次建立SON单倍体不足小鼠模型,成功模拟人类ZTTK综合征症状,并通过单细胞转录组分析揭示了造血发育异常机制 | 未明确说明样本量大小,且为动物模型研究,结果向人类临床转化的有效性需要进一步验证 | 研究SON基因在器官发育和造血过程中的功能,探索ZTTK综合征的发病机制 | SON单倍体不足小鼠模型及其造血干细胞和祖细胞 | 发育生物学 | ZTTK综合征 | 单细胞转录组测序,表面标志物分析 | 小鼠疾病模型 | 基因表达数据,表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 247 | 2025-10-05 |
An analysis of classical multidimensional scaling with applications to clustering
2023-Mar, Information and inference : a journal of the IMA
DOI:10.1093/imaiai/iaac004
PMID:36761434
|
研究论文 | 本文分析了经典多维标度法的理论性能,并应用于噪声数据聚类 | 建立了分析经典多维标度法嵌入样本质量的理论框架,提出了信噪比缩放条件 | NA | 分析经典多维标度法的统计性能,为下游统计分析奠定基础 | 经典多维标度法及其在聚类分析中的应用 | 机器学习 | 癌症 | 多维标度法,距离聚类算法 | 经典多维标度法 | 基因表达数据,单细胞RNA测序数据,自然语言数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 248 | 2025-10-06 |
Single-cell analysis of Rohon-Beard neurons implicates Fgf signaling in axon maintenance and cell survival
2023-Aug-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.26.554953
PMID:37693470
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析斑马鱼Rohon-Beard神经元,揭示其分为三个亚类并发现Fgf信号通路在轴突维持和细胞存活中的关键作用 | 首次在单细胞水平系统鉴定斑马鱼Rohon-Beard神经元的三个分子亚类,并发现Fgf信号通路对其轴突维持和细胞存活的调控机制 | 研究主要聚焦斑马鱼幼虫期神经元,未验证在成年个体或其他物种中的普适性 | 探究斑马鱼外周感觉神经元的分子分类及其发育调控机制 | 斑马鱼幼虫期Rohon-Beard神经元 | 单细胞转录组学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 斑马鱼幼虫期Rohon-Beard神经元 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 249 | 2025-10-06 |
Cytomulate: accurate and efficient simulation of CyTOF data
2023-11-16, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03099-1
PMID:37974276
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研究论文 | 开发了一种准确高效的CyTOF数据模拟算法Cytomulate | 能够捕捉CyTOF数据的多种特征,在整体数据分布学习上优于scDesign2、Splatter等单细胞RNA-seq导向方法和LAMBDA等生成模型 | NA | 为流式飞行时间质谱数据分析方法的开发和评估提供基础 | CyTOF数据 | 机器学习 | NA | 流式飞行时间质谱 | 生成模型 | 质谱数据 | NA | NA | 质谱流式细胞术 | NA | NA |
| 250 | 2025-10-06 |
Single-cell Mayo Map (scMayoMap): an easy-to-use tool for cell type annotation in single-cell RNA-sequencing data analysis
2023-10-20, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-023-01728-6
PMID:37858214
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研究论文 | 开发了一个名为scMayoMap的易于使用的单细胞RNA测序数据细胞类型注释工具及其配套数据库 | 构建了全面的细胞标记物数据库scMayoMapDatabase,并开发了无需标记训练数据集或预定义细胞亚群标记物的用户友好注释工具 | 未在摘要中明确说明研究的局限性 | 开发准确且用户友好的单细胞RNA测序数据细胞类型注释工具 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 48个独立的单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 251 | 2025-10-06 |
Denoising sparse microbial signals from single-cell sequencing of mammalian host tissues
2023-Sep, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-023-00507-1
PMID:37946872
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研究论文 | 开发SAHMI计算方法从哺乳动物组织单细胞测序数据中识别真实存在的微生物核酸并过滤污染物 | 首次提出专门针对单细胞和空间基因组数据中稀疏微生物信号去噪的计算方法 | NA | 解决宿主-微生物组生态系统研究中微生物信号与污染物区分的技术难题 | 哺乳动物组织中的微生物核酸 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序, 空间基因组测序, 转录组测序 | NA | 基因组测序数据, 转录组测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 252 | 2025-10-06 |
Excess pancreatic elastase alters acinar-β cell communication by impairing the mechano-signaling and the PAR2 pathways
2023-07-11, Cell metabolism
IF:27.7Q1
DOI:10.1016/j.cmet.2023.05.007
PMID:37339634
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研究论文 | 本研究探讨胰腺弹性蛋白酶通过损害机械信号传导和PAR2通路调控胰岛β细胞存活的新机制 | 首次发现胰腺弹性蛋白酶在2型糖尿病患者中上调并通过PAR2和机械信号通路负调控β细胞存活 | 研究主要基于体外和动物模型,需要进一步验证在人体中的治疗效果 | 探索胰腺弹性蛋白酶在糖尿病发病机制中的作用及潜在治疗策略 | 人类和啮齿类动物的胰岛β细胞及胰腺腺泡细胞 | 分子生物学 | 糖尿病 | 高通量筛选、磷酸化抗体微阵列、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、蛋白质组数据 | 2型糖尿病患者和胰岛素抵抗小鼠的胰腺组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 253 | 2025-10-06 |
deMULTIplex2: robust sample demultiplexing for scRNA-seq
2023-Apr-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.11.536275
PMID:37090649
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研究论文 | 提出一种用于单细胞RNA测序数据的鲁棒样本解复用算法deMULTIplex2 | 基于标签交叉污染物理机制构建统计模型,使用广义线性模型和期望最大化算法概率推断细胞样本身份 | NA | 解决大规模、样本细胞数不平衡和噪声数据中的单细胞样本解复用问题 | 单细胞RNA测序数据中的细胞样本标签 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 广义线性模型, 期望最大化算法 | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 254 | 2025-10-06 |
Melanoma differentiation associated gene-9/syndecan binding protein promotes hepatocellular carcinoma
2023-12-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1002/hep.32797
PMID:36120720
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研究论文 | 本研究通过构建肝细胞特异性过表达MDA-9的转基因小鼠模型,揭示MDA-9通过NF-κB和Spp1信号通路促进肝细胞癌发展的机制 | 首次构建肝细胞特异性MDA-9过表达转基因小鼠模型,并发现MDA-9通过NF-κB-Spp1轴驱动肝癌发生的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类肝癌中的验证尚不充分 | 探究MDA-9基因在肝细胞癌发生发展中的作用机制 | 转基因小鼠模型(Alb/MDA-9)和野生型对照小鼠的肝细胞及非实质细胞 | 癌症生物学 | 肝细胞癌 | RNA测序, 单细胞RNA测序, 转基因技术 | 转基因小鼠模型 | 基因表达数据 | 转基因小鼠与野生型对照小鼠 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 255 | 2025-10-06 |
Unified Mouse and Human Kidney Single-Cell Expression Atlas Reveal Commonalities and Differences in Disease States
2023-11-01, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.0000000000000217
PMID:37639336
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研究论文 | 本研究构建了统一的小鼠和人类肾脏单细胞表达图谱,揭示了疾病状态的共性和差异 | 首次系统性地比较了18种不同小鼠肾脏疾病模型的单细胞和批量基因表达数据,并直接对比了小鼠糖尿病肾病模型与人类患者的单细胞表达特征 | 小鼠糖尿病肾病模型与人类患者在单细胞水平的基因表达变化重叠较小 | 系统分析小鼠肾脏疾病模型的基因表达特征,并与人类疾病状态进行比较 | 18种小鼠肾脏疾病模型和人类糖尿病肾病患者的肾脏组织 | 单细胞组学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序, 批量基因表达分析 | 张量分解分析 | 基因表达数据 | 36个单细胞RNA测序样本, 42个批量基因表达样本, 近300,000个细胞 | NA | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 | NA | NA |
| 256 | 2025-10-06 |
Emergence of highly profibrotic and proinflammatory Lrat+Fbln2+ HSC subpopulation in alcoholic hepatitis
2023-07-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1002/hep.32793
PMID:36181700
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序在酒精性肝炎小鼠模型中鉴定出一个高纤维化和促炎的Lrat+Fbln2+肝星状细胞亚群 | 首次发现并描述了在酒精性肝炎中出现的Lrat+Fbln2+肝星状细胞亚群,该亚群具有高度纤维化、促炎和免疫调节特性 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 识别酒精性肝炎中胶原蛋白1α1表达细胞的亚群,特别是肝星状细胞和门静脉成纤维细胞的作用 | 小鼠酒精性肝炎模型和人类酒精性肝炎患者样本 | 单细胞生物学 | 酒精性肝炎 | 单细胞RNA测序, 免疫组织化学, 原位杂交, 流式细胞分选 | NA | 单细胞RNA测序数据, 免疫组织化学图像, 原位杂交数据 | Col1a1-GFP转基因小鼠,接受酒精性肝炎、CCl4和胆管结扎处理 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 257 | 2025-10-06 |
Role of mitochondria-bound HK2 in rheumatoid arthritis fibroblast-like synoviocytes
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1103231
PMID:37529037
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研究论文 | 本研究探讨线粒体结合型HK2在类风湿关节炎成纤维样滑膜细胞表型调控中的关键作用 | 首次揭示线粒体定位的HK2通过调控细胞侵袭和迁移能力影响RA病理进程,并提出靶向线粒体HK2解离的新治疗策略 | 研究主要基于体外细胞实验和小鼠模型,尚未在人体临床试验中验证 | 阐明线粒体结合型HK2在类风湿关节炎成纤维样滑膜细胞表型调控中的分子机制 | 类风湿关节炎患者的成纤维样滑膜细胞和关节炎小鼠模型 | 分子生物学 | 类风湿关节炎 | 共聚焦显微镜、腺病毒感染、单细胞RNA测序、基因表达分析 | NA | 基因表达数据、细胞表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 258 | 2025-10-06 |
Integrative Analyses of scRNA-seq, Bulk mRNA-seq, and DNA Methylation Profiling in Depressed Suicide Brain Tissues
2023-12-18, The international journal of neuropsychopharmacology
DOI:10.1093/ijnp/pyad057
PMID:37774423
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研究论文 | 通过整合分析抑郁症自杀患者脑组织的单细胞RNA测序、批量mRNA测序和DNA甲基化数据,揭示自杀行为的生物学机制 | 首次整合单细胞转录组、批量转录组和DNA甲基化数据,在抑郁症自杀患者脑组织中进行跨组学分析,并发现少突胶质前体细胞在自杀行为中的关键作用 | 样本量有限,仅分析了特定脑区组织,动物模型与人类样本的对应关系需要进一步验证 | 探索自杀行为的生物学机制和表观遗传调控 | 抑郁症自杀患者的脑组织样本和氟西汀处理的大鼠脑组织 | 生物信息学 | 抑郁症 | scRNA-seq, bulk mRNA-seq, DNA甲基化微阵列 | 差异表达分析, 差异甲基化分析, 反卷积分析 | 基因组学数据, 表观基因组学数据 | 抑郁症自杀患者脑组织样本和氟西汀处理大鼠脑组织 | NA | 单细胞RNA测序, 批量mRNA测序, DNA甲基化分析 | NA | NA |
| 259 | 2025-10-06 |
CONSTRUCTION OF SEPSIS DIAGNOSTIC MODELS AND IDENTIFICATION OF MACROPHAGE SUBPOPULATIONS BASED ON PYROPTOSIS-RELATED GENES
2023-07-01, Shock (Augusta, Ga.)
DOI:10.1097/SHK.0000000000002137
PMID:37179249
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研究论文 | 基于焦亡相关基因构建脓毒症诊断模型并鉴定巨噬细胞亚群 | 首次结合bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据系统分析焦亡相关基因在脓毒症中的作用,并鉴定出与不良预后相关的gasdermin D巨噬细胞亚群 | 基于公共数据库的回顾性分析,需要进一步实验验证 | 研究焦亡在脓毒症中的潜在预后和诊断价值 | 脓毒症患者基因表达数据 | 生物信息学 | 脓毒症 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | 逻辑回归, LASSO回归, 共识聚类分析 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 260 | 2025-10-06 |
Leveraging single-cell RNA sequencing to unravel the impact of aging on stroke recovery mechanisms in mice
2023-06-20, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2300012120
PMID:37307473
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示衰老如何通过影响微glia/巨噬细胞与内皮细胞/少突胶质前体细胞间的相互作用来损害中风后脑修复机制 | 首次在单细胞水平系统揭示衰老对中风后脑修复机制的影响,并证明年轻来源的MG/MΦ移植可部分恢复老年小鼠的脑修复功能 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类中得到验证;机制研究仍需要进一步深入 | 探究衰老对中风后脑组织修复机制的影响 | 年轻和老年小鼠的中风后脑组织 | 单细胞转录组学 | 中风 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 年轻和老年小鼠在急性期(3天)和慢性期(14天)的中风后脑组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |