单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5353 篇文献，本页显示第 2441 - 2460 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2441 | 2024-08-05 |
A Methodological Approach to Identify Natural Compounds with Antifibrotic Activity and the Potential to Treat Pulmonary Fibrosis Using Single-Cell Sequencing and Primary Human Lung Macrophages
2023-Oct-12, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms242015104
PMID:37894784
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研究论文 | 本文提出了一种方法论来识别具有抗纤维化活性的天然化合物，潜在用于治疗肺纤维化 | 文章创新地利用单细胞测序和人肺巨噬细胞筛选抗纤维化化合物，为肺纤维化治疗提供新思路 | 研究中使用的人肺巨噬细胞来自硅肺病患者，可能影响结果的广泛适用性 | 识别能够促进巨噬细胞向抗纤维化转化的天然化合物 | 以特定的单细胞转录组数据为基础，研究巨噬细胞基因表达和反应 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | 从整个肺洗液中回收的人肺巨噬细胞样本 |
| 2442 | 2024-08-07 |
Using LLMs and Explainable ML to Analyze Biomarkers at Single-Cell Level for Improved Understanding of Diseases
2023-10-12, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom13101516
PMID:37892198
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研究论文 | 本文提出了一种结合大型语言模型（LLM）和可解释机器学习的方法，用于分析单细胞水平的生物标志物，以更好地理解疾病 | 本文的创新点在于使用LLM框架和可解释机器学习来促进单细胞数据集之间的泛化，并识别基因签名以捕捉疾病驱动的转录变化 | NA | 旨在通过分析单细胞RNA测序数据，提高对疾病相关细胞类型的识别和理解 | 单细胞RNA测序数据和疾病相关细胞类型 | 数字病理学 | 溃疡性结肠炎 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | scBERT | 转录组数据 | 使用了来自健康个体和溃疡性结肠炎患者的四个公开可用的单细胞RNA测序数据集 |
| 2443 | 2024-08-05 |
The Overlooked Role of Specimen Preparation in Bolstering Deep Learning-Enhanced Spatial Transcriptomics Workflows
2023-Oct-09, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2023.10.09.23296700
PMID:37873287
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研究论文 | 本文探讨了改进的标本处理流程在深度学习增强的空间转录组学评估中的作用 | 提出了一种结合自动H&E染色和高分辨率全切片成像的新型标本准备流程 | 研究基于小规模的患者队列，可能影响结果的广泛适用性 | 研究如何通过改进的标本准备流程增强空间转录组学的可靠性和精确性 | 针对13例pT3期结直肠癌患者的组织样本进行深度学习模型的训练与评估 | 数字病理学 | 结直肠癌 | Visium CytAssist分析 | Inceptionv3神经网络 | 组织切片图像 | 13例结直肠癌患者 |
| 2444 | 2024-08-05 |
Feasibility of Inferring Spatial Transcriptomics from Single-Cell Histological Patterns for Studying Colon Cancer Tumor Heterogeneity
2023-Oct-09, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2023.10.09.23296701
PMID:37873186
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研究论文 | 本研究探讨了通过整合单细胞组织学和转录组数据推断结肠癌肿瘤异质性的空间mRNA表达模式的可行性 | 该研究提出了一种创新的方法，通过单细胞层面的组织学和转录组数据的协同共映射，提高了空间分子检测的分辨率 | 初步结果尚需严格验证，包括与病理学家合作以精确识别不同细胞类型 | 研究通过单细胞水平的整合分析，提升空间分子检测的效率与准确性 | 针对阶段pT3结肠癌患者的全幻灯片图像进行分析 | 数字病理学 | 结肠癌 | 单细胞RNA测序 | 图神经网络 | 图像 | NA |
| 2445 | 2024-08-07 |
Glioblastoma initiation, migration, and cell types are regulated by core bHLH transcription factors ASCL1 and OLIG2
2023-Oct-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.30.560206
PMID:37873200
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研究论文 | 本文研究了神经发育转录因子ASCL1和OLIG2在胶质母细胞瘤（GBM）中的作用，揭示了它们在调控GBM肿瘤细胞异质性和层次结构中的关键角色 | 首次展示了ASCL1和OLIG2在GBM肿瘤细胞类型和迁移程度中的动态水平和相互结合作用，并通过单细胞RNA测序揭示了ASCL1在定义胶质瘤干细胞（GSCs）中的关键作用 | NA | 探讨ASCL1和OLIG2在胶质母细胞瘤中的调控作用及其对肿瘤细胞异质性和层次结构的影响 | 胶质母细胞瘤（GBM）及其肿瘤细胞 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 2446 | 2024-08-05 |
YAP/ACSL4 Pathway-Mediated Ferroptosis Promotes Renal Fibrosis in the Presence of Kidney Stones
2023-Oct-01, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines11102692
PMID:37893066
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研究论文 | 这项研究探讨了YAP/ACSL4通路介导的铁死亡如何促进肾结石引发的肾纤维化 | 首次阐明了YAP-ACSL4轴介导的铁死亡在钙草酸盐结晶沉积引发的肾纤维化中的作用及其分子机制 | 未提及具体的临床试验数据或长期影响评估 | 探讨钙草酸盐结石对肾纤维化的影响及其相关机制 | 钙草酸盐结石患者的肾组织和小鼠模型 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞测序、转录组RNA测序、免疫组化分析、西方 blot 分析 | NA | 组织样本 | 患者的肾组织和小鼠模型的样本 |
| 2447 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome and metagenome profiling reveals the genetic basis of rumen functions and convergent developmental patterns in ruminants
2023-10, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.278239.123
PMID:37884341
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研究论文 | 研究通过单细胞转录组和元基因组分析，揭示了反刍动物瘤胃功能和发育模式的遗传基础 | 构建了从胚胎早期到反刍阶段的全面转录组和元基因组图谱，重现了瘤胃的组织形态学和转录特征，揭示了瘤胃细胞、微生物群和核心转录调控网络发育的关键过渡特征 | NA | 研究瘤胃发育过程中的动态变化，并揭示其遗传基础 | 羊和山羊的瘤胃组织 | NA | NA | 单细胞转录组和元基因组分析 | NA | 转录组和元基因组数据 | 约308,000个细胞，来自17个时间点的羊和山羊瘤胃组织 |
| 2448 | 2024-08-07 |
An RNA-Scaffold Protein Subunit Vaccine for Nasal Immunization
2023-Sep-29, Vaccines
IF:5.2Q1
DOI:10.3390/vaccines11101550
PMID:37896953
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研究论文 | 本文开发了一种自佐剂的蛋白质-RNA核糖核蛋白疫苗，用于鼻腔免疫，并在小鼠和SARS-CoV-2感染模型中验证了其有效性 | 该疫苗结合了刺突RBD（作为抗原）、核蛋白（作为适配器）和ssRNA（作为佐剂和RNA支架），能强有力地诱导黏膜IgA、中和抗体和多功能T细胞，同时提供对活病毒挑战的灭菌免疫 | NA | 开发安全且有效的鼻腔疫苗以对抗呼吸道病毒感染 | 蛋白质-RNA核糖核蛋白疫苗在小鼠和SARS-CoV-2感染模型中的效果 | 疫苗学 | 呼吸道病毒感染 | scRNA-seq | NA | RNA | 小鼠和SARS-CoV-2感染模型 |
| 2449 | 2024-08-07 |
White Adipose Tissue Heterogeneity in the Single-Cell Era: From Mice and Humans to Cattle
2023-Sep-27, Biology
DOI:10.3390/biology12101289
PMID:37886999
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综述 | 本文综述了利用单细胞技术研究白色脂肪组织在不同哺乳动物中的转录和功能细胞多样性，特别关注了牛的研究进展和未来方向 | 利用下一代测序技术进行单细胞RNA测序，揭示了人类和小鼠模型中白色脂肪组织的细胞异质性，并探讨了其在畜牧物种中的应用 | NA | 总结当前关于白色脂肪组织细胞多样性的知识，并强调其在不同哺乳动物物种中的特定功能 | 白色脂肪组织在不同哺乳动物中的细胞类型和功能 | NA | 代谢性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | NA |
| 2450 | 2024-08-07 |
Robust Identification of Differential Gene Expression Patterns from Multiple Transcriptomics Datasets for Early Diagnosis, Prognosis, and Therapies for Breast Cancer
2023-09-24, Medicina (Kaunas, Lithuania)
DOI:10.3390/medicina59101705
PMID:37893423
|
研究论文 | 本研究通过综合稳健统计学和生物信息学方法，从多个转录组数据集中识别出与乳腺癌相关的差异表达基因，用于早期诊断、预后和治疗。 | 本研究采用稳健的统计方法来识别乳腺癌相关的关键基因，这些方法对异常值不敏感，提高了结果的可靠性。 | NA | 探索乳腺癌相关潜在的关键基因，并评估其在早期诊断、预后和治疗中的表现。 | 乳腺癌相关的差异表达基因及其在诊断、预后和治疗中的应用。 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 微阵列分析, 单细胞RNA测序, 蛋白质-蛋白质相互作用网络分析, 分子对接分析 | NA | 基因表达数据 | 从三个微阵列（GSE26910, GSE42568, GSE65194）和一个单细胞RNA测序（GSE235168）数据集中识别出46个共同差异表达基因。 |
| 2451 | 2024-08-05 |
Emerging Insights into Molecular Mechanisms of Inflammation in Myelodysplastic Syndromes
2023-Sep-23, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines11102613
PMID:37892987
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综述 | 本文总结了慢性骨髓增生性疾病(MDS)中炎症信号的作用机制。 | 通过单细胞测序和多组学方法揭示了MDS进展中炎症信号及天然免疫反应的重要性。 | 本文未提供具体的实验数据来支持所讨论的机制。 | 探讨炎症在骨髓增生性疾病中的作用与机制。 | 主要关注骨髓微环境中炎症因子对造血干细胞(HSC)命运的影响。 | 数字病理 | 骨髓增生性疾病 | 单细胞测序、多组学技术 | NA | NA | NA |
| 2452 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA-sequencing data clustering using variational graph attention auto-encoder with self-supervised leaning
2023-09-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad383
PMID:37898127
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研究论文 | 本文提出了一种用于单细胞RNA测序数据聚类的新型深度学习框架VGAAE | 创新地引入了多头注意力机制和自监督学习以提高聚类质量 | 未提及模型在真实生物场景中的应用情况 | 研究希望改善单细胞RNA-seq数据的聚类性能 | 集中在单细胞RNA测序数据的聚类分析 | 机器学习 | NA | RNA-seq | 变分图注意自编码器（VGAAE） | NA | 在不同数据集上进行实验 |
| 2453 | 2024-08-07 |
Quantum annealing-based clustering of single cell RNA-seq data
2023-09-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad377
PMID:37874950
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研究论文 | 本文探讨了使用量子退火技术对单细胞RNA测序数据进行聚类分析的方法 | 提出了一种利用量子计算中的量子退火技术来探索聚类成本函数的新方法 | NA | 解决单细胞基因表达数据聚类分析中参数选择和算法选择的难题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 量子退火 | 量子计算 | 基因表达数据 | NA |
| 2454 | 2024-08-05 |
[Applications of single-cell analysis in blood research]
2023, [Rinsho ketsueki] The Japanese journal of clinical hematology
DOI:10.11406/rinketsu.64.1047
PMID:37899182
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研究论文 | 本文介绍了单细胞技术在血液研究中的应用及其成果 | 探讨了单细胞测序技术在血液研究中的最新进展 | NA | 总结单细胞分析在血液研究中的应用 | 单细胞水平的DNA序列、RNA和蛋白质表达水平及表观基因组修饰 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 2455 | 2024-08-07 |
RGS5 as a Biomarker of Pericytes, Involvement in Vascular Remodeling and Pulmonary Arterial Hypertension
2023, Vascular health and risk management
IF:2.6Q2
DOI:10.2147/VHRM.S429535
PMID:37881333
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研究论文 | 本文研究了RGS5作为周细胞生物标志物在血管重塑和肺动脉高压中的作用 | 发现RGS5通过周细胞调节肺微血管的血管重塑，为肺动脉高压的发生和创新治疗提供了新思路 | NA | 识别关键驱动基因以调控肺微血管的血管重塑，对肺动脉高压管理至关重要 | RGS5在肺动脉高压中的表达及其在血管重塑中的作用 | 数字病理学 | 肺动脉高压 | 逆转录定量PCR (RT-qPCR) | NA | RNA序列 | 使用了多个GEO数据集（GSE117261, GSE48149, GSE113439, GSE53408, GSE16947）和正常及肺动脉高压小鼠样本 |
| 2456 | 2024-08-07 |
Chronic HCV infection promotes cytotoxicity in antigen-specific CD8+ T cells regardless of virus specificity
2023, Frontiers in virology (Lausanne, Switzerland)
DOI:10.3389/fviro.2023.1198361
PMID:37886042
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研究论文 | 本研究探讨了慢性HCV感染对特定CD8+ T细胞的细胞毒性影响，并分析了不同治疗阶段对这些细胞的影响。 | 本研究首次描述了慢性HCV感染对非HCV病毒特异性CD8+ T细胞的细胞毒性影响，并提供了单细胞RNA测序技术的新见解。 | 研究仅包括慢性HCV感染者、自发缓解者和接受直接作用抗病毒治疗的患者，可能无法全面代表所有HCV感染情况。 | 深入了解HCV感染对CD8+ T细胞的影响，为开发有效的HCV疫苗提供依据。 | HCV特异性CD8+ T细胞及非HCV病毒特异性CD8+ T细胞。 | 免疫学 | 肝炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 包括慢性HCV感染者、自发缓解者和接受直接作用抗病毒治疗的患者 |
| 2457 | 2024-08-07 |
Unveiling mitophagy-mediated molecular heterogeneity and development of a risk signature model for colorectal cancer by integrated scRNA-seq and bulk RNA-seq analysis
2023, Gastroenterology report
IF:3.8Q2
DOI:10.1093/gastro/goad066
PMID:37886241
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）数据，揭示了线粒体自噬在结直肠癌（CRC）肿瘤微环境中的作用，并建立了一个基于线粒体自噬的风险模型。 | 首次通过单细胞分辨率揭示了线粒体自噬在结直肠癌肿瘤微环境中的分子异质性，并开发了一个新的风险签名模型。 | 研究仅使用了有限的样本和数据集进行验证，可能需要更多的数据来进一步验证模型的普遍性和准确性。 | 阐明线粒体自噬在结直肠癌肿瘤微环境中的作用，并建立一个基于线粒体自噬的风险模型。 | 结直肠癌（CRC）肿瘤微环境中的线粒体自噬相关通路和分子特征。 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq） | 无监督聚类算法，LASSO Cox分析 | RNA序列 | 14,719个细胞来自8个样本 |
| 2458 | 2024-08-05 |
Abnormal lactate metabolism is linked to albuminuria and kidney injury in diabetic nephropathy
2023-12, Kidney international
IF:14.8Q1
DOI:10.1016/j.kint.2023.08.006
PMID:37843477
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研究论文 | 该文章探讨了异常乳酸代谢与糖尿病肾病中白蛋白尿和肾损伤之间的关联 | 创新点在于发现乳酸水平的增加与糖尿病肾病的病理变化相关，并指出尿液乳酸水平可能成为肾病进展风险的潜在生物标志物 | 局限性在于研究主要基于小鼠模型，临床验证仍需更多人群研究 | 研究糖尿病肾病发病机制中的代谢异常及其对疾病进展的影响 | 研究对象为糖尿病小鼠模型及东南亚糖尿病患者队列 | 数字病理学 | 糖尿病肾病 | 针对性代谢组学分析 | NA | 尿液样本及血清生物标志物 | 涉及小鼠模型和东南亚患者队列 |
| 2459 | 2024-08-07 |
High-Salt Diet Causes Defective Oocyte Maturation and Embryonic Development to Impair Female Fertility in Mice
2023-Dec, Molecular nutrition & food research
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/mnfr.202300401
PMID:37863820
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研究论文 | 本研究探讨了高盐饮食对小鼠卵母细胞成熟和胚胎发育的影响，以及其对雌性生育能力的损害机制 | 首次揭示了高盐饮食通过影响卵母细胞的自噬、凋亡水平和线粒体功能，导致卵母细胞和胚胎质量下降，从而损害雌性生育能力 | NA | 研究高盐饮食对雌性小鼠生育能力的影响及其机制 | 小鼠的卵母细胞成熟、受精率、胚胎发育和雌性生育能力 | NA | NA | 单细胞转录组数据分析 | NA | 转录组数据 | C57BL/6雌性小鼠 |
| 2460 | 2024-08-07 |
Comparative analysis of peripheral blood immunoinflammatory landscapes in patients with acute cholangitis and its secondary septic shock using single-cell RNA sequencing
2023-11-26, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2023.149121
PMID:37864923
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术比较分析了急性胆管炎及其继发性脓毒性休克患者外周血中的免疫炎症反应 | 首次分析了急性胆管炎与继发性脓毒性休克之间免疫反应的差异，并揭示了免疫细胞在细胞数量、基因表达、功能、分化轨迹和细胞间相互作用等方面的显著差异 | NA | 探讨急性胆管炎及其继发性脓毒性休克患者外周血中免疫细胞的差异 | 急性胆管炎及其继发性脓毒性休克患者的外周血免疫细胞 | 数字病理学 | 急性胆管炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 包括急性胆管炎（A1, A2, A3）和继发性脓毒性休克（B1, B2, B3）患者的样本 |