单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5353 篇文献，本页显示第 2381 - 2400 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2381 | 2024-08-05 |
Multiscale modeling of drug resistance in glioblastoma with gene mutations and angiogenesis
2023, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2023.10.037
PMID:37941656
|
研究论文 | 本研究提出了一个多尺度的基于智能体的胶质母细胞瘤模型，探讨了基因突变和血管生成在药物耐受性中的作用 | 提出了一个整合的模型，结合了细胞动态、信号通路、基因突变和血管生成，提供了对肿瘤动态演化的深入理解 | 数学模型常常孤立地划分这些因素，可能无法全面反映其相互作用 | 研究胶质母细胞瘤中遗传突变与微环境适应对药物耐受性的影响 | 胶质母细胞瘤细胞及其相关的基因突变和微环境 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA-seq、空间转录组学、批量RNA-seq | 基于智能体的模型 | RNA-seq数据 | 来自胶质母细胞瘤患者的临床数据 |
| 2382 | 2024-08-05 |
On-demand chlorine dioxide solution enhances odontoblast differentiation through desulfation of cell surface heparan sulfate proteoglycan and subsequent activation of canonical Wnt signaling
2023, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2023.1271455
PMID:37954207
|
研究论文 | 本研究探讨了MA-T对牙本质生成的影响，强调了其通过调节细胞表面肝素硫酸蛋白聚糖和激活Wnt信号通路实现的机制 | 引入了新型的氯化氧化剂MA-T，展示了其在增强牙本质生成过程中的作用 | 研究中未提及具体的样本来源和数量，可能影响结果的广泛适用性 | 研究MA-T如何通过调节HSPG和激活Wnt信号通路来增强牙本质生成 | 研究对象为成牙本质细胞及其在不同处理下的反应 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | NA | RNA数据 | 发生在开发中的牙齿切片中的牙本质细胞群体 |
| 2383 | 2024-08-05 |
Single-cell sequencing and transcriptome analyses in the construction of a liquid-liquid phase separation-associated gene model for rheumatoid arthritis
2023, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2023.1210722
PMID:37953920
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研究论文 | 本文探讨了液-液相分离在类风湿关节炎发病机制中的作用，并筛选了相关基因模型。 | 文章首次揭示了液-液相分离相关的中心基因MYC和MAP1LC3B在类风湿关节炎中的潜在角色与免疫学意义。 | 研究仅基于公开数据集，可能受样本异质性和数据质量的影响。 | 本研究旨在探讨液-液相分离在类风湿关节炎发病中的作用。 | 本文的研究对象为类风湿关节炎样本及正常样本。 | 数字病理学 | 类风湿关节炎 | 单细胞测序，转录组分析 | 随机森林，支持向量机 | 转录组数据，单细胞测序数据 | 来自多个基因表达数据库的类风湿及正常样本，总体样本数量未详细说明 |
| 2384 | 2024-08-07 |
Analysis of damage-associated molecular patterns in amyotrophic lateral sclerosis based on ScRNA-seq and bulk RNA-seq data
2023, Frontiers in neuroscience
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fnins.2023.1259742
PMID:37942135
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研究论文 | 本研究基于单细胞RNA测序（ScRNA-seq）和批量RNA测序数据，分析了肌萎缩侧索硬化症（ALS）中损伤相关分子模式（DAMPs）的作用。 | 本研究首次详细分析了ALS中DAMPs在微胶质细胞中的表达及其在细胞间通讯中的作用，并构建了一个预测ALS患者生存的预后风险模型。 | 研究主要依赖于公共数据库中的数据，未来需要更多的临床样本验证研究结果。 | 探讨ALS中DAMPs的具体作用及其在疾病发展中的机制。 | ALS患者的初级运动皮质中的细胞类型及其DAMPs相关基因的表达。 | 数字病理学 | 肌萎缩侧索硬化症 | 单细胞RNA测序（ScRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | 从Gene Expression Omnibus（GEO）数据库中获取的ALS患者的初级运动皮质样本 |
| 2385 | 2024-08-07 |
Identification of Genes Associated with Decreasing Abundance of Monocytes in Long-Term Peritoneal Dialysis Patients
2023, International journal of general medicine
IF:2.1Q2
DOI:10.2147/IJGM.S435041
PMID:37942472
|
研究论文 | 本研究旨在识别与长期腹膜透析患者单核细胞减少相关的基因 | 首次识别了长期腹膜透析患者中单核细胞减少相关的核心基因及其信号通路 | NA | 识别与长期腹膜透析患者单核细胞减少相关的基因及其分子机制 | 长期和短期腹膜透析患者的单核细胞相关基因 | NA | 慢性肾脏病 | RNA-seq | NA | RNA | 长期腹膜透析（LPD）和短期腹膜透析（SPD）患者的细胞样本 |
| 2386 | 2024-08-07 |
Integrative Analysis of Single-Cell and Bulk RNA Sequencing Reveals Prognostic Characteristics of Macrophage Polarization-Related Genes in Lung Adenocarcinoma
2023, International journal of general medicine
IF:2.1Q2
DOI:10.2147/IJGM.S430408
PMID:37942473
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，揭示了肺腺癌中与巨噬细胞极化相关基因的预后特征。 | 结合单细胞RNA测序和批量RNA测序，从更广泛的角度识别与癌症发展和进展相关的重要基因。 | NA | 探索肺腺癌中巨噬细胞极化相关基因的预后价值及其机制。 | 肺腺癌中的巨噬细胞极化相关基因。 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（RNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 424个巨噬细胞高变异基因，3920个差异表达基因，9561个差异表达基因 |
| 2387 | 2024-08-07 |
A novel f-divergence based generative adversarial imputation method for scRNA-seq data analysis
2023, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0292792
PMID:37948433
|
研究论文 | 本文提出了一种基于f-散度的生成对抗插补方法sc-fGAIN，用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的缺失值插补 | sc-fGAIN方法通过集成四种f-散度函数（交叉熵、Kullback-Leibler、反向KL和Jensen-Shannon），无需任何假设即可生成插补值，并证明了插补数据与原始数据的分布相同 | NA | 提高对单细胞RNA测序数据中缺失值的插补性能，以更好地理解细胞多样性和开发个性化治疗 | 单细胞RNA测序数据中的缺失值 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | 生成对抗网络（GAN） | 数据 | NA |
| 2388 | 2024-08-07 |
Elucidating the role of nicotinamide N-methyltransferase-p53 axis in the progression of chronic kidney disease
2023, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.16301
PMID:37953778
|
研究论文 | 本文探讨了烟酰胺N-甲基转移酶（NNMT）-p53轴在慢性肾脏疾病进展中的作用 | 发现NNMT在慢性肾脏损伤中积累，可能减少p53的甲基化，增加p53的表达和活性，从而促进成纤维细胞活化和肾脏纤维化 | NA | 研究NNMT在肾脏纤维化中的作用及其机制 | 慢性肾脏疾病中的烟酰胺N-甲基转移酶（NNMT）-p53轴 | NA | 慢性肾脏疾病 | 单细胞转录组测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 使用单侧输尿管梗阻（UUO）小鼠和培养的肾间质成纤维细胞（NRK-49F）进行实验 |
| 2389 | 2024-08-07 |
KYNU as a Biomarker of Tumor-Associated Macrophages and Correlates with Immunosuppressive Microenvironment and Poor Prognosis in Gastric Cancer
2023, International journal of genomics
IF:2.6Q2
DOI:10.1155/2023/4662480
PMID:37954130
|
研究论文 | 本文研究了Kynureninase (KYNU)在胃癌(GC)中的生物学效应和预后价值 | 首次报道KYNU在胃癌中的生物学效应和预后价值 | NA | 探讨KYNU在胃癌中的表达及其对免疫微环境和预后的影响 | 胃癌组织及其相关单细胞和批量RNA测序数据 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | RNA序列 | 胃癌样本和正常胃组织样本 |
| 2390 | 2024-08-07 |
Consistent analysis of differentially expressed genes across 7 cell types in papillary thyroid carcinoma
2023, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2023.10.045
PMID:37954148
|
研究论文 | 本研究通过整合分析两个甲状腺乳头状癌（PTC）单细胞转录组测序数据集，识别了在七种细胞类型中一致差异表达的基因 | 采用单细胞转录组测序技术，提高了细胞差异的分辨率，并通过整合分析增强了识别差异表达基因的统计能力 | 细胞基因组特征的高度异质性和大量无表达信号的基因可能导致假阳性结果 | 旨在通过单细胞转录组测序技术揭示甲状腺乳头状癌中细胞类型特异性反应的差异表达基因 | 研究对象包括B细胞、内皮细胞、上皮细胞、单核细胞、NK细胞、平滑肌细胞和T细胞等七种细胞类型 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 单细胞转录组测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 涉及两个研究中的32种常见细胞类型，识别出31个一致差异表达的基因 |
| 2391 | 2024-08-07 |
Corrigendum: Single-cell RNA sequencing reveals the role of phosphorylation-related genes in hepatocellular carcinoma stem cells
2023, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2023.1045260
PMID:37954208
|
correction | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2392 | 2024-08-07 |
Identification of a prognostic evaluator from glutamine metabolic heterogeneity studies within and between tissues in hepatocellular carcinoma
2023, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2023.1241677
PMID:37954858
|
研究论文 | 本研究旨在探讨谷氨酰胺代谢在肝细胞癌（HCC）异质性中的作用，并基于HCC肿瘤内和组织间的谷氨酰胺代谢异质性研究开发一个预后评估器 | 本研究发现了与谷氨酰胺代谢相关的标记基因，并构建了一个六基因预后模型，可能作为HCC患者治疗和预后的预测器 | NA | 确定谷氨酰胺代谢对HCC异质性的影响并开发预后评估器 | 肝细胞癌（HCC）及其谷氨酰胺代谢异质性 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞转录组数据分析 | 机器学习算法（梯度提升机、支持向量机、随机森林、极端梯度提升、决策树、最小绝对收缩和选择算子） | 转录组数据 | GSE149614数据集包括10种细胞类型 |
| 2393 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptomic architecture and cellular communication circuits of parametrial adipose tissue in pregnant mice
2023-Dec-01, Life sciences
IF:5.2Q1
DOI:10.1016/j.lfs.2023.122214
PMID:37907153
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了怀孕小鼠参数脂肪组织中的细胞组成和功能转变 | 定义了具有独特性质的脂肪细胞亚群Adipo_5，并揭示了参数脂肪组织在建立母胎免疫耐受中的潜在贡献 | NA | 探讨参数脂肪组织在怀孕相关免疫、高血压和代谢紊乱中的作用 | 怀孕小鼠的参数脂肪组织 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 18,074个脂肪组织细胞 |
| 2394 | 2024-08-07 |
An atlas of immune cell transcriptomes in human immunodeficiency virus-infected immunological non-responders identified marker genes that control viral replication
2023-Nov-20, Chinese medical journal
IF:7.5Q1
DOI:10.1097/CM9.0000000000002918
PMID:37914674
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析了免疫应答者和非应答者的外周血单核细胞，旨在揭示获得性免疫缺陷综合征患者中免疫非应答特征的特定免疫细胞亚型。 | 本研究首次生成了HIV感染的免疫应答者和非应答者的免疫细胞转录组图谱，并鉴定了与HIV复制相关的主机基因作为不同类型免疫细胞的标记。 | NA | 研究获得性免疫缺陷综合征患者中免疫非应答特征的特定免疫细胞亚型。 | 外周血单核细胞的单细胞转录组。 | 数字病理学 | 获得性免疫缺陷综合征 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组 | 免疫应答者（CD4+ T细胞计数>500）和免疫非应答者（CD4+ T细胞计数<300）的外周血单核细胞。 |
| 2395 | 2024-08-05 |
NRTPredictor: identifying rice root cell state in single-cell RNA-seq via ensemble learning
2023-Nov-04, Plant methods
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s13007-023-01092-0
PMID:37925413
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研究论文 | 本研究提出了一种名为NRTPredictor的系统，用于通过集成学习预测水稻根系细胞状态。 | NRTPredictor利用集成学习为水稻根系细胞分期提供自动化预测，并具备完整的模型可解释性。 | 文章未提及具体样本的多样性和样本选择的局限性。 | 研究的目的是提高水稻根细胞在单细胞RNA测序中的状态识别准确性。 | 研究对象为水稻根部细胞，重点分析其基因表达和细胞异质性。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | 集成学习模型 | 基因表达数据 | 测试数据集的样本数量未明确提及 |
| 2396 | 2024-08-05 |
Integrated machine learning identifies epithelial cell marker genes for improving outcomes and immunotherapy in prostate cancer
2023-11-04, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-023-04633-2
PMID:37925432
|
研究论文 | 本研究旨在全面探讨与前列腺癌相关的上皮细胞标记基因的作用和临床价值 | 创新性地通过机器学习算法识别出上皮细胞标记基因，并建立了预后指标ECMGPS，提高了前列腺癌的预后和免疫治疗效果 | 本研究可能存在样本量和病人个体差异的影响，限制了研究结果的普适性 | 该研究的目的是改善前列腺癌患者的预后并探索免疫治疗的潜在价值 | 研究对象为前列腺癌中的上皮细胞及其相关基因 | 机器学习 | 前列腺癌 | 单细胞测序 | 多种机器学习算法 | 基因组数据 | 分析了来自五个独立队列的101个模型的数据 |
| 2397 | 2024-08-07 |
SAA suppresses α-PD-1 induced anti-tumor immunity by driving TH2 polarization in lung adenocarcinoma
2023-11-04, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-023-06198-w
PMID:37925492
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析肺腺癌干细胞的特征，并探讨其与免疫微环境的相互作用 | 首次揭示了肺腺癌干细胞通过分泌急性期蛋白SAA重塑肿瘤微环境，并通过P2X7受体驱动类型2免疫极化，从而促进治疗抵抗和肿瘤纤维化 | NA | 探究肺腺癌干细胞与免疫微环境的相互作用及其对肿瘤发展的影响 | 肺腺癌干细胞及其分泌的SAA对免疫微环境的影响 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 使用公开数据集进行分析 |
| 2398 | 2024-08-05 |
Annotation of cell types (ACT): a convenient web server for cell type annotation
2023-11-03, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-023-01249-5
PMID:37924118
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研究论文 | 本研究开发了一个便利的网络服务器ACT，用于细胞类型标注。 | 提出了一种基于分层组织标记图和加权整合基因集富集方法WISE的新策略，显著提升了细胞类型标注的准确性和速度 | 目前的研究主要依赖于输入简单的上调基因列表，对于其他类型的数据可能不适用 | 旨在提高单细胞数据集的分析和解释能力，改进细胞类型标注流程 | 从7000多篇文献中手动整理的26000个细胞标记条目 | 数字病理学 | NA | NA | NA | 基因表达数据 | NA |
| 2399 | 2024-08-07 |
Combining single-cell RNA sequencing and population-based studies reveals hand osteoarthritis-associated chondrocyte subpopulations and pathways
2023-11-02, Bone research
IF:14.3Q1
DOI:10.1038/s41413-023-00292-7
PMID:37914703
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和人群研究相结合的方法，揭示了手骨关节炎相关的软骨细胞亚群及其通路 | 发现了新的具有炎症调节潜力的亚群——炎症软骨细胞，并揭示了铁死亡途径在手骨关节炎中的重要作用 | NA | 揭示手骨关节炎的分子机制及潜在治疗靶点 | 手骨关节炎患者的指间关节软骨细胞 | 数字病理学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 105,142个细胞，5个骨关节炎软骨样本和5个非骨关节炎软骨样本，以及UK Biobank中的332,668名参与者和湘雅骨关节炎研究中的1,241名参与者 |
| 2400 | 2024-08-07 |
KMD clustering: robust general-purpose clustering of biological data
2023-11-02, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-05480-z
PMID:37919399
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研究论文 | 本文介绍了一种名为k最小距离（KMD）聚类的通用生物数据聚类方法 | KMD聚类基于单链接和平均链接层次聚类的泛化，引入了一种广义的类似轮廓函数来消除隐秘的超参数k，并使用采样技术应用于百万对象数据集 | NA | 开发一种适用于各种生物数据类型的通用且稳健的聚类方法 | 生物数据，包括模拟数据、质谱流式细胞术数据和单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 聚类算法 | KMD聚类 | 生物数据 | 百万对象数据集 |