单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 5355 篇文献,本页显示第 221 - 240 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量
221 2024-10-13
Cell-type-specific co-expression inference from single cell RNA-sequencing data
2023-08-10, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 本文提出了一种名为CS-CORE的统计方法,用于从单细胞RNA测序数据中推断特定细胞类型的共表达关系 CS-CORE方法明确地建模了单细胞RNA测序数据中的测序深度变化和测量误差,解决了现有方法在这方面的不足 NA 旨在改进从单细胞RNA测序数据中推断特定细胞类型共表达关系的方法 单细胞RNA测序数据中的特定细胞类型共表达关系 生物信息学 阿尔茨海默病, COVID-19 单细胞RNA测序 统计模型 RNA测序数据 包括阿尔茨海默病和COVID-19患者的脑组织和血液样本
222 2024-10-13
Macrophage-organoid co-culture model for identifying treatment strategies against macrophage-related gemcitabine resistance
2023-Aug-09, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1
研究论文 研究通过巨噬细胞与肿瘤类器官共培养模型,揭示了巨噬细胞介导的吉西他滨耐药机制,并提出了新的治疗策略 首次揭示了巨噬细胞-CCL5-Sp1-AREG反馈环在吉西他滨耐药中的作用,并验证了靶向该反馈环的药物组合在胰腺癌治疗中的潜力 研究主要基于体外模型和动物模型,临床应用的有效性和安全性仍需进一步验证 揭示巨噬细胞在胰腺癌吉西他滨耐药中的作用机制,并开发新的治疗策略 胰腺癌患者来源的类器官、巨噬细胞、胰腺癌细胞 数字病理学 胰腺癌 单细胞测序 NA 基因表达数据 48名胰腺癌患者,3年内的肿瘤组织样本
223 2024-10-13
Identification of hepatocellular carcinoma-related subtypes and development of a prognostic model: a study based on ferritinophagy-related genes
2023-Aug-09, Discover oncology IF:2.8Q2
研究论文 本研究基于铁蛋白自噬相关基因,识别肝细胞癌相关亚型并开发预测模型 首次探讨了铁蛋白自噬相关基因在肝细胞癌中的潜在作用,并构建了基于这些基因的风险模型 研究主要基于TCGA数据库的数据,可能存在样本偏倚和数据异质性 深入研究肝细胞癌的发生和发展机制,识别新的治疗靶点 肝细胞癌患者及其铁蛋白自噬相关基因的表达 数字病理学 肝细胞癌 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) LASSO和COX回归分析 基因表达数据 TCGA数据库中的肝细胞癌患者数据
224 2024-10-13
An atlas of healthy and injured cell states and niches in the human kidney
2023-Jul, Nature IF:50.5Q1
研究论文 本文通过应用多种单细胞和单核测序技术以及空间成像技术,构建了健康和受损人类肾脏细胞状态和微环境的综合图谱 本文首次构建了包含51种主要细胞类型的高分辨率细胞图谱,其中包括罕见和先前未描述的细胞群体,并定义了28种在肾损伤中改变的细胞状态 NA 研究肾脏疾病的复杂性,定义细胞类型和状态及其在组织微环境中的相互作用 健康和患病的人类肾脏 数字病理学 肾脏疾病 单细胞测序、单核测序、空间转录组学 NA 细胞数据、图像数据 45个健康肾脏供体和48个患病肾脏患者,超过400,000个细胞或核
225 2024-10-12
Defining spatiotemporal gene modules in liver regeneration using Analytical Dynamic Visual Spatial Omics Representation (ADViSOR)
2023-11-01, Hepatology communications IF:5.6Q1
研究论文 本文使用ADViSOR计算管道分析空间转录组数据,揭示了肝脏再生过程中基因表达的时空变化 提出了ADViSOR计算管道,结合时间间隔主成分分析和滑动动态超图,用于分析空间转录组数据,揭示肝脏再生过程中的时空分子机制 NA 研究肝脏再生过程中基因表达的时空变化 肝脏再生过程中的基因表达 NA NA 空间转录组学 NA 基因表达数据 100个基因在肝脏再生过程中的连续检测
226 2024-10-12
Spatial tumour gene signature discriminates neoplastic from non-neoplastic compartments in colon cancer: unravelling predictive biomarkers for relapse
2023-08-05, Journal of translational medicine IF:6.1Q1
研究论文 本文通过空间转录组技术研究结肠癌II期患者的组织成分,以识别复发相关的预测性生物标志物 开发了一种名为Genes-To-Count(GTC)的计算工具,用于自动化定量原位信号,并准确识别肿瘤和非肿瘤组织区域 样本量较小,仅包括10名患者(5名复发和5名未复发) 探索结肠癌II期患者复发与未复发组织的空间基因表达差异,以发现新的预测性生物标志物 结肠癌II期患者的组织样本 数字病理学 结肠癌 原位测序 NA 基因表达数据 10名结肠癌II期患者(5名复发和5名未复发)
227 2024-10-12
Spatially resolved transcriptomic profiles reveal unique defining molecular features of infiltrative 5ALA-metabolizing cells associated with glioblastoma recurrence
2023-07-11, Genome medicine IF:10.4Q1
研究论文 研究通过空间解析的转录组分析揭示了与胶质母细胞瘤复发相关的5-氨基乙酰丙酸代谢细胞的独特分子特征 首次揭示了5-氨基乙酰丙酸代谢细胞在胶质母细胞瘤复发中的作用及其独特的分子特征 研究样本量较小,且仅限于IDH-wt胶质母细胞瘤患者 探讨5-氨基乙酰丙酸代谢细胞在胶质母细胞瘤复发中的分子特征及其潜在治疗价值 5-氨基乙酰丙酸代谢细胞及其在胶质母细胞瘤复发中的作用 数字病理学 脑肿瘤 空间解析的批量RNA分析 NA 转录组数据 10名IDH-wt胶质母细胞瘤患者和16名独立IDH-wt胶质母细胞瘤患者
228 2024-10-12
Methylcellulose colony assay and single-cell micro-manipulation reveal progenitor-like cells in adult human pancreatic ducts
2023-03-14, Stem cell reports IF:5.9Q2
研究论文 本文通过微操作和三维集落分析,在成人胰腺外分泌组织中鉴定出类似祖细胞的细胞 首次在成人胰腺外分泌组织中发现具有自我更新和三系分化能力的祖细胞样细胞 研究主要在体外和动物模型中进行,尚未在人体内验证 探索成人胰腺中具有再生医学潜力的祖细胞 成人胰腺外分泌组织中的祖细胞样细胞 数字病理学 NA 单细胞RNA测序 NA 单细胞RNA测序数据 成人胰腺外分泌组织样本
229 2024-10-11
Hepatic lipid-associated macrophages mediate the beneficial effects of bariatric surgery against MASH
2023-Nov-02, Research square
研究论文 研究探讨了减肥手术对代谢性脂肪性肝炎(MASH)的改善作用及其背后的免疫调节机制 首次揭示了肝脂质相关巨噬细胞(LAMs)在减肥手术改善MASH中的关键作用,特别是TREM2在其中的作用 研究主要基于小鼠模型,其结果在人类中的适用性尚需进一步验证 探讨减肥手术对代谢性脂肪性肝炎的改善机制 肝脂质相关巨噬细胞(LAMs)及其表达的TREM2在减肥手术中的作用 NA 代谢性脂肪性肝炎 单细胞RNA测序 NA RNA 小鼠模型
230 2024-10-11
Systematic investigation of mitochondrial transfer between cancer cells and T cells at single-cell resolution
2023-10-09, Cancer cell IF:48.8Q1
研究论文 本文利用单细胞RNA测序技术和MERCI统计反卷积方法,系统研究了癌细胞和T细胞之间线粒体转移的现象 引入MERCI方法,能够追踪和量化癌细胞和T细胞之间的线粒体转移,并准确预测接收细胞及其相对线粒体组成 NA 研究癌细胞和T细胞之间线粒体转移的现象,并探索其潜在的治疗机会 癌细胞和T细胞之间的线粒体转移 生物信息学 癌症 单细胞RNA测序 统计反卷积方法 RNA序列 涉及多种癌症类型的人类癌症样本
231 2024-10-11
ZNF683 marks a CD8+ T cell population associated with anti-tumor immunity following anti-PD-1 therapy for Richter syndrome
2023-10-09, Cancer cell IF:48.8Q1
研究论文 研究分析了Richter综合征患者在接受PD-1阻断治疗后的单细胞转录组数据,发现ZNF683标记的CD8+ T细胞与抗肿瘤免疫反应相关 首次发现ZNF683在PD-1阻断治疗后标记的CD8+ T细胞与Richter综合征患者的抗肿瘤免疫反应相关 研究样本量较小,仅涉及6名Richter综合征患者和10名其他患者的预处理外周血样本 探究Richter综合征患者在接受PD-1阻断治疗后的抗肿瘤免疫反应机制 Richter综合征患者的骨髓样本和外周血样本 数字病理学 淋巴瘤 单细胞转录组分析 NA 转录组数据 17个骨髓样本和10个外周血样本
232 2024-10-11
Artificial Intelligence Models for Cell Type and Subtype Identification Based on Single-Cell RNA Sequencing Data in Vision Science
2023 Sep-Oct, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
综述 本文综述了基于单细胞RNA测序数据在视觉科学中使用人工智能技术进行细胞类型和亚型识别的最新进展 介绍了人工智能在细胞类型识别中的应用,提供了更快、更准确和用户友好的方法 开发新的单细胞RNA测序数据分析方法仍然是未来研究需要解决的问题 帮助视觉科学家选择合适的单细胞RNA测序数据集和计算工具进行分析 单细胞RNA测序数据中的细胞类型和亚型 计算机视觉 NA 单细胞RNA测序 NA RNA测序数据 NA
233 2024-10-10
Melanoma differentiation associated gene-9/syndecan binding protein promotes hepatocellular carcinoma
2023-12-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
研究论文 研究MDA-9/SDCBP基因在肝细胞癌中的作用 首次详细研究了MDA-9在肝细胞癌中的作用,并揭示了其通过NF-κB和Spp1促进肝细胞癌的机制 研究主要基于转基因小鼠模型,尚未在人类样本中验证 探讨MDA-9/SDCBP基因在肝细胞癌中的功能及其潜在的治疗应用 MDA-9/SDCBP基因在肝细胞癌中的表达和作用 NA 肝细胞癌 RNA测序 NA RNA 转基因小鼠模型
234 2024-10-10
Single-cell analysis identifies Ifi27l2a as a novel gene regulator of microglial inflammation in the context of aging and stroke
2023-Feb-15, Research square
研究论文 研究通过单细胞RNA测序识别Ifi27l2a作为调节小胶质细胞炎症的新基因,特别是在衰老和卒中的背景下 首次揭示Ifi27l2a在神经退行性疾病中的作用,并发现其在卒中后神经炎症中的关键调节作用 研究主要基于小鼠模型和体外实验,需要进一步的人体研究验证 识别调节小胶质细胞功能的新基因,以开发针对卒中等炎症相关疾病的新疗法 衰老小鼠脑组织中的小胶质细胞 数字病理学 卒中 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 包括衰老小鼠脑组织、小胶质细胞培养物、卒中小鼠模型和人类尸检样本
235 2024-10-09
scResolve: Recovering single cell expression profiles from multi-cellular spatial transcriptomics
2023-Dec-19, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文介绍了一种名为scResolve的方法,用于从多细胞空间转录组学测量中恢复单细胞表达谱 scResolve能够准确恢复单细胞在其位置上的表达谱,这是细胞类型反卷积无法实现的 NA 开发一种方法来恢复多细胞空间转录组学测量中的单细胞表达谱 人类乳腺癌数据和人类肺部疾病数据 空间转录组学 NA 空间转录组学 NA 转录组数据 人类乳腺癌和肺部疾病数据
236 2024-10-09
A review of the current state of single-cell proteomics and future perspective
2023-Nov, Analytical and bioanalytical chemistry IF:3.8Q1
综述 本文综述了单细胞蛋白质组学的当前状态,包括工作流程、样本制备技术、仪器和生物应用,并展望了其未来发展 单细胞蛋白质组学作为单细胞转录组学的补充,为生物研究提供了新的视角 目前存在样本体积小和数据解释需要稳健统计方法的挑战 评估单细胞蛋白质组学的当前技术状态,并展望其在生物研究中的未来应用 单细胞蛋白质组学的工作流程、样本制备技术、仪器和生物应用 NA NA 单细胞蛋白质组学 NA NA NA
237 2024-10-09
Integration of scHi-C and scRNA-seq data defines distinct 3D-regulated and biological-context dependent cell subpopulations
2023-Oct-02, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 开发了一种多组学数据整合算法(MUDI),结合scHi-C和scRNA-seq数据,定义了3D调控和生物学上下文依赖的细胞亚群 首次在单细胞分辨率下整合3D染色质结构和基因表达数据,定义了拓扑结构整合的亚群(TISPs),并揭示了其在乳腺癌细胞中的应用 NA 研究3D染色质结构和基因表达在单细胞分辨率下的整合及其在癌症细胞中的应用 乳腺癌细胞的3D染色质结构和基因表达 生物信息学 乳腺癌 scHi-C, scRNA-seq 多组学数据整合算法(MUDI) 基因表达数据, 染色质结构数据 NA
238 2024-10-09
Cross-Dataset Single-Cell Analysis Identifies Temporal Alterations in Cell Populations of Primary Pancreatic Tumor and Liver Metastasis
2023-Apr-21, Cancers IF:4.5Q1
研究论文 本研究通过跨数据集的单细胞RNA测序分析,揭示了原发性胰腺肿瘤和肝转移瘤中细胞群落的时空变化 首次系统比较了原发性胰腺癌和肝转移瘤的细胞群落组成和基因组特征,并识别出肝转移瘤中独特的癌细胞亚群和标记物 NA 探讨胰腺导管腺癌(PDAC)原发肿瘤和肝转移瘤中细胞群落的组成和基因组特征的差异 胰腺导管腺癌(PDAC)的原发肿瘤和肝转移瘤 数字病理学 胰腺癌 单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA 基因组数据 使用了转基因KPC小鼠模型及其自发PDAC和匹配的肝转移瘤的scRNA-seq数据集
239 2024-10-08
Population-level integration of single-cell datasets enables multi-scale analysis across samples
2023-Nov, Nature methods IF:36.1Q1
研究论文 本文介绍了一种名为scPoli的开源学习器,用于整合异质性单细胞数据集,并应用于肺和外周血单核细胞的群体水平图谱分析 scPoli通过生成模型学习样本和细胞表示,实现了数据整合、标签传递和参考映射,并展示了其在解释样本层面生物和技术变异方面的能力 NA 开发一种工具,用于整合群体水平的单细胞数据集,促进多尺度分析 肺和外周血单核细胞的单细胞数据集 单细胞测序 NA 单细胞测序 生成模型 单细胞数据 2,375个样本,共780万个细胞
240 2024-10-08
Inference of differential key regulatory networks and mechanistic drug repurposing candidates from scRNA-seq data with SCANet
2023-11-01, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 本文介绍了一种名为SCANet的工具,用于从单细胞RNA测序数据中推断差异关键调控网络和机制性药物再利用候选者 开发了SCANet,一个集成的单细胞分析工具,涵盖了从基因共表达模块推断、驱动基因检测、转录调控网络重建到机制性药物再利用候选者预测的整个流程 NA 解决从单细胞RNA测序数据中重建细胞(亚)类型发育差异的关键调控网络的计算问题 急性呼吸疾病患者中的细胞因子风暴机制和肥胖小鼠肠道干细胞中的细胞驱动机制 生物信息学 呼吸系统疾病 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 涉及两个研究的数据,包括急性呼吸疾病患者和肥胖小鼠的肠道干细胞
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