单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5353 篇文献，本页显示第 2361 - 2380 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2361 | 2024-08-07 |
A new and effective two-step clustering approach for single cell RNA sequencing data
2023-Nov-09, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-023-09577-x
PMID:37946133
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研究论文 | 本文提出了一种新的两步聚类方法TSC，用于有效聚类单细胞RNA测序数据 | TSC方法通过将细胞分为核心细胞和非核心细胞，并分别进行层次聚类和分配，提高了聚类性能 | NA | 开发一种新的聚类方法以提高单细胞RNA测序数据的分析效果 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 层次聚类 | 基因表达数据 | 12个真实单细胞RNA测序数据集 |
| 2362 | 2024-08-05 |
Insights gained from single-cell analysis of chimeric antigen receptor T-cell immunotherapy in cancer
2023-Nov-08, Military Medical Research
IF:16.7Q1
DOI:10.1186/s40779-023-00486-4
PMID:37941075
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评论 | 本文探讨了单细胞分析在癌症治疗中对嵌合抗原受体T细胞免疫疗法的影响 | 总结了单细胞测序技术在优化CAR-T细胞治疗的应用进展 | 对CAR-T细胞在体内行为的理解仍然不足，限制了更广泛的临床应用 | 旨在揭示CAR-T细胞免疫疗法在临床实践中的失败原因及其应用的进展 | 关注于CAR-T细胞的靶抗原、CAR转基因整合及其在临床和前临床应用中的研究 | 数字病理学 | 血液恶性肿瘤 | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 2363 | 2024-08-07 |
Unraveling temporal and spatial biomarkers of epithelial-mesenchymal transition in colorectal cancer: insights into the crucial role of immunosuppressive cells
2023-11-08, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-023-04600-x
PMID:37940972
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和空间转录组学技术，分析了结直肠癌中上皮-间质转化（EMT）相关恶性肿瘤与免疫细胞在不同阶段的时空相互作用 | 研究构建了伪时间终点-EMT-侵袭肿瘤程序（EMTPs），并揭示了肿瘤侵袭和扩张过程中免疫抑制细胞的空间重编程 | NA | 探讨结直肠癌中EMT相关恶性肿瘤与免疫细胞的时空相互作用及其在肿瘤形成和进展中的作用 | 结直肠癌组织中的EMT-侵袭恶性肿瘤与免疫细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST） | NA | 转录组数据 | 不同阶段的结直肠癌组织（I/II期和III期含肿瘤沉积） |
| 2364 | 2024-08-07 |
ScLSTM: single-cell type detection by siamese recurrent network and hierarchical clustering
2023-Nov-07, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-023-05494-8
PMID:37932672
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研究论文 | 本文提出了一种基于元学习的单细胞聚类模型ScLSTM，用于单细胞类型检测 | ScLSTM通过改进的sigmoid核函数将相似度矩阵映射到孪生长短期记忆网络（LSTM）特征空间，以分析细胞间的差异 | NA | 开发一种高精度的聚类方法来分类细胞类型 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中的细胞类型 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | LSTM | 数据 | 8个来自不同平台、物种和组织的scRNA-seq数据集 |
| 2365 | 2024-08-05 |
Preneoplastic liver colonization by 11p15.5 altered mosaic cells in young children with hepatoblastoma
2023-11-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-42418-9
PMID:37932266
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研究论文 | 本研究揭示了在没有Beckwith-Wiedemann综合症临床诊断的肝母细胞瘤患者中11p15.5位点的马赛克遗传改变 | 首次在没有Beckwith-Wiedemann综合症的肝母细胞瘤患者中发现11p15.5位点的马赛克遗传改变及其功能影响 | 未能在其他类型的儿科肝肿瘤患者中检索到这些改变 | 研究马赛克11p15.5改变在肝母细胞瘤发生早期的作用 | 肝母细胞瘤患者的肝脏样本 | 数字病理学 | 肝母细胞瘤 | 空间转录组学和单核RNA测序 | NA | 组织样本 | NA |
| 2366 | 2024-08-05 |
METTL3-mediated m6A methylation regulates ovarian cancer progression by recruiting myeloid-derived suppressor cells
2023-Nov-06, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-023-01149-6
PMID:37932814
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研究论文 | 本研究探讨了METTL3介导的m6A甲基化如何通过招募骨髓来源的抑制细胞来调节卵巢癌进展 | 研究揭示了METTL3在调节卵巢癌中的宿主免疫细胞反应方面的重要性 | 未详细说明其他可能影响免疫反应的因素 | 研究METTL3在卵巢癌中的作用及其对宿主免疫细胞反应的调控 | 使用Mettl3基因敲除小鼠作为研究对象来分析免疫细胞的变化 | 数字病理 | 卵巢癌 | ELISA, 单细胞测序, 流式细胞术 | Cre-LoxP系统 | 细胞, 血清 | 使用了Mettl3基因敲除小鼠和ID8细胞作为模型 |
| 2367 | 2024-08-07 |
Integration of risk variants from GWAS with SARS-CoV-2 RNA interactome prioritizes FUBP1 and RAB2A as risk genes for COVID-19
2023-11-06, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-44705-3
PMID:37932299
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研究论文 | 本文通过整合GWAS中的风险变异与SARS-CoV-2 RNA相互作用组，优先识别FUBP1和RAB2A作为COVID-19的风险基因 | 本文首次将人类遗传学与RNA结合蛋白的表达水平关联，识别出FUBP1和RAB2A作为COVID-19的风险基因，并揭示了FUBP1的抗病毒作用和RAB2A的促病毒作用 | NA | 研究宿主遗传因素在COVID-19结果中的作用 | COVID-19的风险基因及其在SARS-CoV-2感染中的作用 | 遗传学 | COVID-19 | GWAS, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据, RNA相互作用数据 | 503个RNA结合蛋白 |
| 2368 | 2024-08-07 |
Collaborating single-cell and bulk RNA sequencing for comprehensive characterization of the intratumor heterogeneity and prognostic model development for bladder cancer
2023-11-06, Aging
DOI:10.18632/aging.205166
PMID:37950728
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研究论文 | 本文通过结合单细胞和批量RNA测序技术，全面分析了膀胱癌的肿瘤内异质性，并开发了一个预测模型 | 本文首次结合单细胞和批量RNA测序技术，深入分析了膀胱癌的肿瘤内异质性，并开发了一个有效的预测模型 | NA | 深入理解膀胱癌的单细胞RNA测序结果，揭示其致癌的分子机制，并开发一个预测模型 | 膀胱癌的肿瘤内异质性和预测模型的开发 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序 | LASSO回归 | RNA数据 | 四个不同类型的膀胱癌细胞，包括免疫细胞、内皮细胞、上皮细胞和成纤维细胞 |
| 2369 | 2024-08-07 |
An Activated Dendritic-Cell-Related Gene Signature Indicative of Disease Prognosis and Chemotherapy and Immunotherapy Response in Colon Cancer Patients
2023-Nov-03, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms242115959
PMID:37958942
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研究论文 | 本研究基于公开的转录组数据和临床数据，开发并验证了一种激活的树突状细胞相关基因签名（aDCRS），用于预测结肠癌患者的生存结果和对化疗及免疫治疗的反应 | 首次提出并验证了激活的树突状细胞相关基因签名（aDCRS），用于预测结肠癌患者的生存和治疗反应 | 本研究为回顾性研究，需要进一步的前瞻性研究来验证结果 | 开发和验证一种新的基因签名，用于预测结肠癌患者的预后和治疗反应 | 结肠癌患者的生存结果和对化疗及免疫治疗的反应 | 数字病理学 | 结肠癌 | CIBERSORT, 单细胞RNA测序 | LASSO回归, Cox比例风险回归 | 转录组数据 | 使用了Gene Expression Omnibus和The Cancer Genome Atlas数据库中的公开转录组数据和临床数据 |
| 2370 | 2024-08-05 |
MIGGRI: A multi-instance graph neural network model for inferring gene regulatory networks for Drosophila from spatial expression images
2023-Nov, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1011623
PMID:37939200
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研究论文 | 本文提出了一种多实例图神经网络模型MIGGRI，用于从果蝇的空间表达图像推断基因调控网络 | 提出了一种两阶段的方法，结合对比学习和半监督学习来解析基因调控模式 | 图像集合的复杂性和规模对基因调控网络推断提出了重大挑战 | 探索如何从空间转录组数据中推断基因调控网络 | 主要研究果蝇的胚胎空间基因表达图像 | 数字病理学 | NA | 对比学习和半监督学习 | 图神经网络 | 图像 | 大量果蝇胚胎空间基因表达图像 |
| 2371 | 2024-08-05 |
Aging-related genes revealed Neuroinflammatory mechanisms in ischemic stroke by bioinformatics
2023-Nov, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e21071
PMID:37954339
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研究论文 | 本研究探讨了与衰老相关的基因在缺血性中风中的免疫微环境机制。 | 通过生物信息学揭示了与衰老相关基因在缺血性中风免疫反应中的作用，识别了潜在的干预策略和未来研究的指导。 | 该研究的样本主要来源于微阵列数据集，可能存在选择偏差。 | 研究衰老相关基因与缺血性中风的免疫微环境之间的关系。 | 分析与衰老相关的基因及其在缺血性中风中的不同表达。 | 数字病理学 | 缺血性中风 | 生物信息学 | 机器学习算法 | 微阵列数据 | 分析了两个来自人类血样的缺血性中风微阵列数据集，涉及502个与衰老相关的基因 |
| 2372 | 2024-08-07 |
BHLHE40 Mediates Cross-Talk between Pathogenic TH17 Cells and Myeloid Cells during Experimental Autoimmune Encephalomyelitis
2023-11-01, ImmunoHorizons
DOI:10.4049/immunohorizons.2300042
PMID:37934060
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研究论文 | 本研究探讨了转录因子BHLHE40在实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）中调节病理性TH17细胞与骨髓细胞之间相互作用的作用 | 首次揭示了BHLHE40在TH17细胞中的表达对EAE病程及骨髓细胞反应的影响 | NA | 研究BHLHE40在EAE中对TH17细胞致病性和骨髓细胞反应的影响 | TH17细胞和骨髓细胞在EAE中的相互作用 | NA | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 2373 | 2024-08-07 |
Identification and validation of a novel signature based on T cell marker genes to predict prognosis, immunotherapy response and chemotherapy sensitivity in head and neck squamous carcinoma by integrated analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing
2023-Nov, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e21381
PMID:37954266
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，开发了一种基于T细胞标记基因的新型签名，用于预测头颈鳞状细胞癌患者的预后、免疫治疗反应和化疗敏感性 | 首次通过整合单细胞和批量RNA测序数据，开发了一种基于T细胞标记基因的签名，用于预测头颈鳞状细胞癌的预后和治疗反应 | NA | 开发一种可靠的基于T细胞标记基因的签名，用于预测头颈鳞状细胞癌患者的预后和治疗反应 | 头颈鳞状细胞癌患者的预后、免疫治疗反应和化疗敏感性 | 数字病理学 | 头颈鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序和批量RNA测序 | LASSO分析 | RNA测序数据 | TCGA头颈鳞状细胞癌队列和GSE65858队列 |
| 2374 | 2024-08-05 |
Prognostic Markers within the Tumour Microenvironment in Classical Hodgkin Lymphoma
2023-Oct-30, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers15215217
PMID:37958391
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综述 | 本文探讨了经典霍奇金淋巴瘤中肿瘤微环境的预后标志物 | 介绍了最新技术如何揭示经典霍奇金淋巴瘤（cHL）肿瘤微环境的复杂性以及其对疗法改善的潜在影响 | 缺乏对肿瘤微环境细胞及其与霍奇金-里德-施特恩伯格细胞相互作用的详细了解 | 研究免疫细胞在经典霍奇金淋巴瘤肿瘤微环境中的预后作用 | 经典霍奇金淋巴瘤中的肿瘤微环境和免疫细胞 | 数字病理学 | 霍奇金淋巴瘤 | 单细胞测序 | NA | 肿瘤微环境细胞 | NA |
| 2375 | 2024-08-07 |
Genomic Exploration of Distinct Molecular Phenotypes Steering Temozolomide Resistance Development in Patient-Derived Glioblastoma Cells
2023-Oct-27, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms242115678
PMID:37958662
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研究论文 | 本研究探讨了患者来源的胶质母细胞瘤细胞中导致替莫唑胺耐药发展的不同分子表型 | 通过单细胞RNA测序追踪替莫唑胺耐药的演变，并识别出两种不同的表型行为：适应性（ADA）和非适应性（N-ADA） | 研究仅限于21个患者来源的胶质母细胞瘤细胞培养，可能无法完全代表所有胶质母细胞瘤的情况 | 揭示胶质母细胞瘤细胞对替莫唑胺耐药的分子机制 | 患者来源的胶质母细胞瘤细胞 | 数字病理学 | 脑癌 | RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 21个患者来源的胶质母细胞瘤细胞培养 |
| 2376 | 2024-08-07 |
Essential procedures of single-cell RNA sequencing in multiple myeloma and its translational value
2023-Oct, Blood science (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/BS9.0000000000000172
PMID:37941914
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在多发性骨髓瘤（MM）研究中的实验流程、常用平台和分析工具，并总结了scRNA-seq在MM克隆进化、细胞相互作用和微环境分子调控以及靶向治疗耐药机制方面的主要发现和应用 | scRNA-seq技术揭示了MM中未知的细胞类型或状态，为靶向治疗提供了新的方向 | NA | 探讨scRNA-seq在多发性骨髓瘤研究中的应用及其转化价值 | 多发性骨髓瘤及其相关分子机制和治疗策略 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 2377 | 2024-08-07 |
FEED: a feature selection method based on gene expression decomposition for single cell clustering
2023-09-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad389
PMID:37935617
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研究论文 | 本文提出了一种基于基因表达分解的特征选择方法FEED，用于单细胞聚类，通过选择信息基因来提高聚类性能 | FEED方法通过将基因表达水平分解为多个高斯成分，并提出一种新的基因相关性计算方法，从分布的角度衡量基因之间的关系，以及基于排列的方法确定基因重要性的阈值，从而选择标记基因子集 | NA | 提高单细胞聚类中细胞类型识别的准确性 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 多种scRNA-seq数据集，包括大型数据集 |
| 2378 | 2024-08-05 |
The m6A/m1A/m5C-Related Methylation Modification Patterns and Immune Landscapes in Rheumatoid Arthritis and Osteoarthritis Revealed by Microarray and Single-Cell Transcriptome
2023, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S431076
PMID:37933335
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研究论文 | 本研究探讨了RNA修饰相关基因的表达特征，揭示了免疫景观并识别了潜在的诊断生物标志物 | 识别了六个潜在的OA和RA发病机制生物标志物，首次结合了RNA修饰与细胞焦亡的关系 | 未提及具体的限制 | 探究OA和RA患者RNA修饰相关基因的表达特征 | OA和RA患者的RNA修饰相关基因 | 数字病理学 | 关节炎 | RNA微阵列和单细胞测序(scRNA-seq) | NA | RNA数据 | 人类膝关节滑膜组织和小鼠DMM模型中的样本 |
| 2379 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA-seq public data reveal the gene regulatory network landscape of respiratory epithelial and peripheral immune cells in COVID-19 patients
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1194614
PMID:37936693
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研究论文 | 本研究分析了COVID-19患者和健康个体的基因调控网络 | 首次揭示了COVID-19患者呼吸上皮细胞和外周免疫细胞的基因调控网络 | 未详细探索不同感染严重程度下的所有潜在细胞互作 | 研究COVID-19患者中呼吸上皮细胞和外周免疫细胞的基因调控机制 | 健康个体及COVID-19患者的上皮和免疫细胞 | 数字病理学 | 肺炎 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)和大规模RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个公共数据集中的患者和健康个体 |
| 2380 | 2024-08-05 |
Exploring key genes associated with neutrophil function and neutrophil extracellular traps in heart failure: a comprehensive analysis of single-cell and bulk sequencing data
2023, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2023.1258959
PMID:37941896
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研究论文 | 本文探讨了与心力衰竭中中性粒细胞功能和中性粒细胞外陷阱相关的关键基因 | 本文首次通过单细胞和整体测序数据的综合分析，识别了心力衰竭中与中性粒细胞外陷阱相关的13个差异表达基因，并确定了4个潜在的诊断生物标志物 | 研究可能受到样本规模和选择偏倚的影响 | 研究心力衰竭中中性粒细胞及其外陷阱功能的关键基因及生物标志物 | 心力衰竭患者和健康对照者的转录组数据，以及TAC小鼠模型中的中性粒细胞亚群 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 转录组测序 | NA | 转录组数据 | 包括心力衰竭样本和TAC小鼠模型的数据集 |