单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2301	2024-08-05	Prognostic-related genes for pancreatic cancer typing and immunotherapy response prediction based on single-cell sequencing data and bulk sequencing data 2023, Oncology research IF:2.0Q3 DOI:10.32604/or.2023.029458 PMID:37547756	研究论文	本研究探讨了胰腺癌的分子亚型和与预后相关的关键基因	首次基于单细胞测序和大规模RNA测序数据将胰腺癌分类为三种分子亚型，并鉴定了五个与预后相关的基因	未提及具体限制因素	研究胰腺癌患者的分子亚型及其预后和免疫治疗反应	胰腺癌患者及其单细胞和大规模RNA测序数据	数字病理学	胰腺癌	单细胞测序和大规模RNA测序	NA	基因组数据	NA
2302	2024-08-05	Identification of fibroblast-related genes based on single-cell and machine learning to predict the prognosis and endocrine metabolism of pancreatic cancer 2023, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2023.1201755 PMID:37588985	研究论文	本研究基于单细胞测序和机器学习识别了与成纤维细胞相关的基因，以预测胰腺癌的预后和内分泌代谢	通过单细胞分析和加权共表达网络分析，构建了一个新的风险评估工具以评估胰腺癌的预后	本研究的样本量和数据集限制可能影响模型的泛化能力	探索胰腺癌相关基因的作用，并构建预测胰腺癌预后的风险评估工具	研究对象为胰腺腺癌细胞中的特定细胞亚群及相关基因	数字病理学	胰腺癌	单细胞测序	COX模型	基因组数据	GSE165399数据集中的多种细胞亚群
2303	2024-08-05	VG161 activates systemic antitumor immunity in pancreatic cancer models as a novel oncolytic herpesvirus expressing multiple immunomodulatory transgenes 2023-01, Journal of medical virology IF:6.8Q1 DOI:10.1002/jmv.28108 PMID:36042555	研究论文	VG161是一种表达多种免疫调节转基因的新型溶瘤疱疹病毒，可以激活胰腺癌模型中的全身抗肿瘤免疫	VG161是首个携带多种协同抗肿瘤免疫调节因素的重组溶瘤疱疹病毒	目前尚未进行临床试验，实际临床效果需进一步验证	研究VG161在胰腺癌模型中激活抗肿瘤免疫的机制	胰腺癌模型中的免疫细胞和肿瘤微环境	数字病理学	胰腺癌	单细胞测序、气流辅助解吸电喷雾离子化-质谱成像（AFADSI-MSI）、纳米字符串技术	NA	细胞样本	临床样本变化，具体数量未明确
2304	2024-08-07	Bulk and single-cell RNA-sequencing analyses along with abundant machine learning methods identify a novel monocyte signature in SKCM 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1094042 PMID:37304304	研究论文	本研究通过批量和单细胞RNA测序分析，结合多种机器学习方法，识别出皮肤黑色素瘤（SKCM）中与疾病特异性生存相关的新型单核细胞特征	本研究构建了一个由八个基因组成的单核细胞相关特征（MRS），并验证其为疾病特异性生存的独立风险因素，具有比传统临床变量和分子特征更高的准确性	NA	探索皮肤黑色素瘤（SKCM）免疫微环境中免疫细胞通信的全局模式，并建立基于关键特异性生物标志物的预后特征	皮肤黑色素瘤（SKCM）中的免疫细胞及其通信网络	数字病理学	皮肤黑色素瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习	RNA测序数据	使用了来自Gene Expression Omnibus（GEO）数据库的单细胞RNA测序数据集，具体样本数量未详细说明
2305	2024-08-07	TNF receptor-related factor 3 inactivation promotes the development of intrahepatic cholangiocarcinoma through NF-κB-inducing kinase-mediated hepatocyte transdifferentiation 2023-02-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1002/hep.32317 PMID:34995376	研究论文	本研究通过体内插入突变筛选，发现TNF受体相关因子3（TRAF3）失活通过NF-κB诱导激酶（NIK）介导的肝细胞转分化促进肝内胆管癌（ICC）的发展	首次揭示TRAF3失活通过NIK介导的肝细胞转分化促进ICC发展的机制，并提出TRAF3-NIK轴作为潜在的治疗靶点	NA	识别肝内胆管癌的分子驱动因素并寻找治疗靶点	肝内胆管癌（ICC）	NA	肝内胆管癌	Sleeping Beauty转座子、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及Pten敲除和KrasG12D突变小鼠模型，以及多个人类ICC细胞系
2306	2024-08-05	Identification of cytokine-induced cell communications by pan-cancer meta-analysis 2023, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.16221 PMID:38054018	研究论文	本研究提供了一个关于不同癌症中细胞因子介导的细胞通讯的综合分析	开发了一种单细胞方法，揭示了84种细胞因子和受体的稳定细胞通讯	在不同癌症中细胞因子介导的细胞通讯的知识仍然有限	研究细胞因子与受体的相互作用及其在癌症中的作用	涉及41,900个细胞和32种TCGA癌症类型的样本	数字病理学	肿瘤	单细胞转录组测序	NA	基因表达数据	包括32种TCGA癌症类型的10,967个样本
2307	2024-08-05	Integration of Single-Cell Transcriptomics Data Reveal Differences in Cell Composition and Communication in Acne 2023, Clinical, cosmetic and investigational dermatology DOI:10.2147/CCID.S436776 PMID:38053721	研究论文	这篇文章探讨了痤疮患者与健康皮肤之间细胞组成和沟通模式的差异	揭示了痤疮患者中不同细胞群体的特征变化以及性别之间的细胞沟通差异	研究未涉及其他影响痤疮患者细胞特征和沟通的潜在因素	旨在为痤疮患者提供精确治疗的细胞比较数据	分析痤疮患者与健康皮肤中的细胞	数字病理学	痤疮	单细胞转录组测序	NA	细胞数据	分析了70,189个细胞
2308	2024-08-07	Integrating bulk and single-cell RNA sequencing data reveals epithelial-mesenchymal transition molecular subtype and signature to predict prognosis, immunotherapy efficacy, and drug candidates in low-grade gliomas 2023, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2023.1276466 PMID:38053842	研究论文	本研究通过整合批量和单细胞RNA测序数据，揭示了低级别胶质瘤中上皮-间质转化（EMT）分子亚型及其特征，用于预测预后、免疫治疗效果和药物候选	本研究首次通过整合批量和单细胞RNA测序数据，揭示了低级别胶质瘤中EMT相关的分子亚型和预后特征，为个性化治疗和预后判断提供了新方法	本研究主要基于TCGA-LGG数据集，未来需要更多独立数据集的验证	探索低级别胶质瘤中基于EMT相关基因的分子亚型、免疫景观和预后特征，以促进治疗决策和药物发现	低级别胶质瘤（LGG）中的上皮-间质转化（EMT）相关基因及其在分子亚型、免疫景观和预后中的作用	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	共识聚类算法	基因表达数据	TCGA-LGG数据集
2309	2024-08-07	Molecular subtyping and characterization of clear cell renal cell carcinoma by tumor differentiation trajectories 2023-Dec-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.108370 PMID:38034348	研究论文	本研究基于单细胞RNA测序数据，对透明细胞肾细胞癌进行分子亚型分类和特征分析	利用单细胞RNA测序技术，将透明细胞肾细胞癌细胞分为三个具有不同分子特征的亚群，并探讨了它们与治疗反应的关系	NA	深入理解透明细胞肾细胞癌的发病机制，并为基于分子亚型分析的优化治疗方案提供线索	透明细胞肾细胞癌的分子亚型及其特征	数字病理学	肾细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	11个原发性透明细胞肾细胞癌样本
2310	2024-08-07	Development of a prognostic model to predict BLCA based on anoikis-related gene signature: preliminary findings 2023-Dec-04, BMC urology IF:1.7Q3 DOI:10.1186/s12894-023-01382-8 PMID:38049825	研究论文	本研究开发了一种基于anoikis相关基因签名的预测膀胱尿路上皮癌（BLCA）的预后模型	利用单细胞RNA测序技术，通过多变量Cox回归分析和风险评分模型，量化评估基因签名的预测能力	NA	提高膀胱尿路上皮癌患者的生存率	膀胱尿路上皮癌及其anoikis相关基因	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Cox回归模型	基因表达数据	数据来自TCGA和GEO数据库，具体样本数量未在摘要中明确
2311	2024-08-05	Discovery of a novel lipid metabolism-related gene signature to predict outcomes and the tumor immune microenvironment in gastric cancer by integrated analysis of single-cell and bulk RNA sequencing 2023-Dec-02, Lipids in health and disease IF:3.9Q2 DOI:10.1186/s12944-023-01977-y PMID:38042786	研究论文	本研究通过整合单细胞和大规模RNA测序，发现了一种新的脂质代谢相关基因特征以预测胃癌的结果和肿瘤免疫微环境	本文创新性地识别了258个与生存相关的差异表达脂质代谢相关基因，并开发了基于GPX3和NNMT的预测风险评分	研究可能受到样本大小和选择偏差的限制	本研究旨在发现胃癌的预测标志并研究其与肿瘤免疫微环境的相关性	研究对象为胃癌患者的转录组数据及临床信息	数字病理学	胃癌	RNA-seq	LASSO回归	基因组数据	来源于TCGA和GSE84437数据集的GC样本
2312	2024-08-05	MLKL deficiency alleviates neuroinflammation and motor deficits in the α-synuclein transgenic mouse model of Parkinson's disease 2023-Dec-01, Molecular neurodegeneration IF:14.9Q1 DOI:10.1186/s13024-023-00686-5 PMID:38041169	研究论文	本研究探讨了MLKL缺失对帕金森病小鼠模型中的神经炎症和运动缺陷的影响	揭示了MLKL在帕金森病中的神经保护作用，并指出其作为潜在治疗靶点的重要性	未具体阐明MLKL在PD其他机制中的作用	研究MLKL缺失对帕金森病模型小鼠的影响	使用MLKL缺失的小鼠模型（Tg-Mlkl）进行研究	神经科学	帕金森病	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	转基因小鼠模型	基因表达数据	包括多个Tg-Mlkl小鼠及经典A53T转基因小鼠的样本
2313	2024-08-05	Glucose transporter 3 (GLUT3) promotes lactylation modifications by regulating lactate dehydrogenase A (LDHA) in gastric cancer 2023-Dec-01, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-023-03162-8 PMID:38041125	研究论文	这项研究探讨了GLUT3在胃癌中通过调节LDHA促进乳酸化修饰的作用	研究首次揭示了GLUT3和组蛋白乳酸化之间的关系，提出GLUT3作为胃癌的新诊断标志物和治疗靶点	研究主要依赖于细胞系和动物模型，临床验证不足	调查GLUT3与胃癌发生发展中组蛋白乳酸化的关系	主要肿瘤、肿瘤旁正常组织及转移肿瘤组织中的GLUT3和LDHA表达	数字病理学	胃癌	单细胞测序、免疫组化、转筛和划痕实验、西方印迹	NA	细胞和组织样本	包括初级肿瘤、肿瘤旁正常组织和转移肿瘤组织的样本
2314	2024-08-05	Predictive and prognostic biomarkers of bone metastasis in breast cancer: current status and future directions 2023-Dec-01, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-023-01171-8 PMID:38041134	综述	本文回顾了乳腺癌骨转移的流行病学、诊断工具和治疗方法，并讨论了几个具有预测和预后价值的生物标志物	提出了一些新生物标志物，特别适合与液体活检结合，具有临床应用潜力	没有明确提到具体的实验数据和样本分析	探讨乳腺癌骨转移的生物标志物及其临床应用前景	以乳腺癌骨转移的生物标志物为研究对象	数字病理学	乳腺癌	单细胞测序，类器官模型	动物模型	NA	NA
2315	2024-08-05	Transformation of non-neuritic into neuritic plaques during AD progression drives cortical spread of tau pathology via regenerative failure 2023-12-01, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-023-01688-6 PMID:38037144	研究论文	该文章探讨了非神经性淀粉样斑块在阿尔茨海默病进展中的转变如何通过再生失败驱动tau病理的皮层传播	文章提出非神经性斑块向神经性斑块的转变是阿尔茨海默病进展中的关键事件，并暗示再生失败可能是这一过程的驱动因素	研究主要基于尸检样本，可能存在样本偏倚以及区域特异性的差异	旨在揭示阿尔茨海默病中淀粉样蛋白和tau蛋白的相互作用机制	研究对象为阿尔茨海默病患者的尸检脑标本	数字病理学	阿尔茨海默病	空间转录组学	NA	脑标本	来自阿尔茨海默病患者的尸检脑样本，具体数量不详
2316	2024-08-05	Urinary single-cell sequence analysis of the urinary macrophage in different outcomes of membranous nephropathy 2023-Dec, Clinical kidney journal IF:3.9Q1 DOI:10.1093/ckj/sfad132 PMID:38046013	研究论文	本研究分析了不同结果的膜性肾病患者尿液中的单细胞序列。	首次描绘了健康个体与膜性肾病患者在尿液细胞图谱上的差异。	样本量较小，仅限于12名健康对照和15名膜性肾病患者。	研究膜性肾病不同结果的机制。	分析了12名健康对照和15名膜性肾病患者的尿液细胞。	数字病理学	肾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	27个样本（12名健康对照和15名膜性肾病患者）
2317	2024-08-05	scPipe: an extended preprocessing pipeline for comprehensive single-cell ATAC-Seq data integration in R/Bioconductor 2023-Dec, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqad105 PMID:38046273	研究论文	scPipe是一个灵活的R/Bioconductor软件包，用于分析单细胞ATAC-Seq数据。	扩展了scPipe的预处理能力，以处理新的单细胞技术，包括单细胞ATAC-Seq和多模态数据。	NA	旨在提供一个全面的单细胞ATAC-Seq数据预处理流程。	单细胞ATAC-Seq数据。	数字病理学	NA	ATAC-Seq	NA	计数矩阵	NA
2318	2024-08-07	Unraveling FOXO3a and USP18 Functions in Idiopathic Pulmonary Fibrosis through Single-Cell RNA Sequencing of Mouse and Human Lungs 2023-Dec, Global medical genetics IF:1.2Q4 DOI:10.1055/s-0043-1776697 PMID:38025194	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了FOXO3a和USP18在特发性肺纤维化中的作用及其对成纤维细胞功能的影响	揭示了FOXO3a和USP18在成纤维细胞中的协同失调对特发性肺纤维化的病理改变的重要贡献，为该疾病的治疗提供了新的潜在途径	NA	阐明FOXO3a和USP18在特发性肺纤维化中的作用，探索其对成纤维细胞功能的调控机制	FOXO3a和USP18在特发性肺纤维化中的作用及其对成纤维细胞功能的影响	数字病理学	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及小鼠和人类的肺部样本
2319	2024-08-07	Molecular characteristics of circulating B cells and kidney cells at the single-cell level in special types of primary membranous nephropathy 2023-Dec, Clinical kidney journal IF:3.9Q1 DOI:10.1093/ckj/sfad215 PMID:38046035	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序和单细胞B细胞受体测序，分析了特定类型原发性膜性肾病（pMN）患者循环B细胞和肾细胞的分子特征	发现了NEG患者中CD38+幼稚B细胞的扩增及其激活功能特征，以及免疫球蛋白M/D与IgG1之间的转换增加	研究仅基于一名NEG pMN患儿的样本，可能存在样本量不足的问题	揭示特定类型原发性膜性肾病患者循环B细胞和肾细胞的细胞类型特异性分子特征	特定类型原发性膜性肾病患者的循环B细胞和肾细胞	数字病理学	肾病	单细胞转录组测序，单细胞B细胞受体测序	NA	单细胞数据	一名NEG pMN患儿及POS患者和健康对照个体的单细胞数据
2320	2024-08-07	Range of chromatin accessibility configurations are permissive of GABAergic fate acquisition in developing mouse brain 2023-Nov-30, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-023-09836-x PMID:38036964	研究论文	本文通过单细胞测序技术研究了发育中的小鼠大脑中GABA能神经元的染色质可及性和mRNA表达，以理解不同空间来源的GABA能神经元中基因组特征激活的变异性	本文首次定义了开放染色质区域的参考集，并整合了scATAC-seq和scRNA-seq数据，形成了一个统一的转录组和染色质可及性图谱资源	NA	研究不同空间来源的GABA能神经元中基因组特征激活的变异性	发育中的小鼠大脑中的GABA能神经元	数字病理学	NA	scATAC-seq, scRNA-seq	NA	单细胞数据	E14.5小鼠胚胎的端脑、中脑和前后脑的细胞类型