单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2181	2024-08-07	Single-cell transcriptome analysis revealing the intratumoral heterogeneity of ccRCC and validation of MT2A in pathogenesis 2023-Sep-15, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-023-01225-7 PMID:37713131	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的肿瘤内异质性，并验证了MT2A在ccRCC发病机制中的作用	本研究首次通过单细胞RNA测序技术详细描绘了ccRCC的单细胞景观，并发现了MT2A在ccRCC中的重要作用	NA	探讨ccRCC的肿瘤内异质性及MT2A在其发病机制中的作用	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）及其相关细胞类型	数字病理学	肾癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	CNN	转录组数据	来自TCGA和Young等人的研究数据
2182	2024-08-07	Combination of RUNX1 inhibitor and gemcitabine mitigates chemo-resistance in pancreatic ductal adenocarcinoma by modulating BiP/PERK/eIF2α-axis-mediated endoplasmic reticulum stress 2023-Sep-11, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-023-02814-x PMID:37697370	研究论文	本研究探讨了RUNX1抑制剂与吉西他滨联合使用通过调节内质网应激的BiP/PERK/eIF2α轴来减轻胰腺导管腺癌的化疗抗性	首次揭示了RUNX1在胰腺导管腺癌化疗抗性中的作用及其通过内质网应激信号通路的机制	研究主要基于体外和动物模型，需要进一步的临床试验验证	探索RUNX1在胰腺导管腺癌化疗抗性中的作用及机制，并评估其作为预测生物标志物的潜力	胰腺导管腺癌及其化疗抗性	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), qRT-PCR, 免疫组织化学(IHC), 蛋白质印迹(western blot)	NA	RNA	使用了多个数据集，包括GSE223463和GSE183795，以及构建了稳定表达shRUNX1和RUNX1的细胞系
2183	2024-08-05	Unveiling the role of regulatory T cells in the tumor microenvironment of pancreatic cancer through single-cell transcriptomics and in vitro experiments 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1242909 PMID:37753069	研究论文	本研究探讨了调节性T细胞在胰腺癌肿瘤微环境中的作用	首次通过单细胞转录组学和体外实验揭示了Treg细胞在胰腺癌免疫反应中的重要性	研究的特定细胞类型和信号通路可能限制了对Treg细胞功能全面了解的能力	调查Treg细胞浸润对胰腺癌免疫反应的影响及其相关的mRNA标记物	案例研究胰腺癌中的调节性T细胞及其相关基因	数字病理学	胰腺癌	单细胞转录组分析，机器学习	NA	转录组数据	NA
2184	2024-08-07	Transcriptional profiles of non-neuronal and immune cells in mouse trigeminal ganglia 2023, Frontiers in pain research (Lausanne, Switzerland) DOI:10.3389/fpain.2023.1274811 PMID:38028432	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序、流式细胞术和免疫组化技术，对正常雄性小鼠三叉神经节中的非神经元细胞进行了鉴定、分类和总结	首次详细描述了三叉神经节中非神经元细胞的类型和特征，包括三种巨噬细胞和四种中性粒细胞的亚型	研究仅限于正常雄性小鼠，未涉及其他性别或病理状态下的情况	旨在识别和总结三叉神经节中非神经元细胞的类型，为研究细胞可塑性、神经元与非神经元细胞间的相互作用网络及疼痛功能提供基础信息	小鼠三叉神经节中的非神经元细胞，包括神经胶质细胞、成纤维细胞、平滑肌细胞、内皮细胞和免疫细胞	NA	NA	单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫组化	NA	基因表达数据	正常雄性小鼠的三叉神经节样本
2185	2024-08-05	Vimentin promotes glioma progression and maintains glioma cell resistance to oxidative phosphorylation inhibition 2023-Dec, Cellular oncology (Dordrecht) DOI:10.1007/s13402-023-00844-3 PMID:37646965	研究论文	本研究探讨了粘附蛋白VIM在胶质瘤进展及其对氧化磷酸化抑制的耐药性中的作用	揭示了VIM在胶质瘤细胞中的高表达与氧化磷酸化抑制耐药性之间的关系	该研究主要依赖于生物信息学数据和细胞实验，缺乏临床试验验证	研究VIM在胶质瘤中的作用，尤其是在氧化磷酸化抑制敏感性方面	黏附蛋白VIM及其在胶质瘤细胞中的表达与功能	数字病理学	胶质瘤	RNA测序，单细胞测序，DNA甲基化分析	NA	基因表达数据	从TCGA数据库获取胶质瘤患者和正常样本的数据进行分析
2186	2024-08-07	Meta-Analysis of COVID-19 BAL Single-Cell RNA Sequencing Reveals Alveolar Epithelial Transitions and Unique Alveolar Epithelial Cell Fates 2023-12, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2023-0077OC PMID:37523502	meta-分析	本研究对COVID-19患者的BAL单细胞RNA测序数据进行meta分析，揭示了肺泡上皮细胞的转变和独特的肺泡上皮细胞命运	发现了先前未描述的肺泡上皮细胞I型状态，并确认了SPRR3在COVID-19中的上调	研究受限于小规模患者队列	通过meta分析探讨COVID-19中BAL单细胞RNA测序数据的特征	COVID-19患者的BAL细胞	NA	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA	167,280个高质量细胞，来自13名健康对照和20名COVID-19患者
2187	2024-08-05	Identification of a novel cuproptosis-related gene signature for rheumatoid arthritis-A prospective study 2023-Nov, The journal of gene medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1002/jgm.3535 PMID:37338187	研究论文	本研究旨在识别与类风湿性关节炎（RA）发病机制相关的中心铜死亡基因。	首次将铜死亡基因与类风湿性关节炎的免疫细胞浸润关联起来，并识别了中心基因DLAT。	样本规模和实验条件可能限制了结果的普遍适用性。	识别与类风湿性关节炎相关的铜死亡基因。	针对类风湿性关节炎患者的基因表达和免疫细胞浸润进行分析。	数字病理学	类风湿性关节炎	qRT-PCR	NA	基因表达数据	类风湿性关节炎患者样本和细胞实验样本
2188	2024-08-07	Integrating imaging-based classification and transcriptomics for quality assessment of human oocytes according to their reproductive efficiency 2023-Nov, Journal of assisted reproduction and genetics IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10815-023-02911-y PMID:37610606	研究论文	本文通过结合基于影像的分类和转录组学，评估人类卵母细胞的生殖效率	开发了一种使用影像数据和单细胞RNA测序的排名工具，用于预测卵母细胞的受精、发育和植入率	排名工具的特异性有限，需要进一步的多中心研究验证	利用非侵入性影像参数评估人类卵母细胞的受精、发育和植入，并研究其对转录组学的影响	人类卵母细胞的影像数据和转录组学	数字病理学	NA	Hoffman调制对比显微镜，单细胞RNA测序	二元逻辑回归	影像，转录组	957个中期II阶段卵母细胞，23个成熟卵母细胞
2189	2024-08-07	Single-cell mapping reveals several immune subsets associated with liver metastasis of pancreatic ductal adenocarcinoma 2023-Oct-13, Med (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.medj.2023.07.010 PMID:37633269	研究论文	本研究通过单细胞测序技术揭示了胰腺导管腺癌肝转移相关的免疫细胞亚群	首次通过高维单细胞分析揭示了胰腺导管腺癌微环境中与肝转移相关的免疫细胞变化	研究样本量较小，且仅限于特定阶段的病人样本	识别胰腺导管腺癌肿瘤微环境中与转移相关的免疫细胞组成，以开发新的治疗策略	胰腺导管腺癌患者的肿瘤组织、血液和淋巴结样本	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞数据	26个样本来自11名患者
2190	2024-08-05	Pan-cancer analysis of the oncogenic effects of G-protein-coupled receptor kinase-interacting protein-1 and validation on liver hepatocellular carcinoma 2023-Oct, Advances in clinical and experimental medicine : official organ Wroclaw Medical University IF:2.1Q3 DOI:10.17219/acem/161157 PMID:36994687	研究论文	该文章探讨了G-蛋白偶联受体激酶相互作用蛋白-1（GIT1）在泛癌症及肝细胞癌中的肿瘤促进作用	该研究首次系统性揭示了GIT1在多种人类癌症中的肿瘤促进机制	本研究缺乏临床试验的数据来验证GIT1作为生物标志物的实用性	阐明GIT1在泛癌症及肝细胞癌中的分子机制	研究对象为人类的多种类型癌症，包括肝细胞癌	数字病理学	肝癌	生物信息学方法	NA	单细胞测序数据	NA
2191	2024-08-05	Spatially Resolved Multi-Omics Single-Cell Analyses Inform Mechanisms of Immune Dysfunction in Pancreatic Cancer 2023-10, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2023.05.036 PMID:37263303	研究论文	本文揭示了胰腺癌中免疫微环境的详细视图	采用空间分辨的多组学单细胞方法，首次详细描绘了胰腺癌中的免疫景观	研究主要集中于治疗未干预的PDAC肿瘤，可能不适用于已有治疗的情况	深入了解胰腺癌中的免疫微环境，以指导免疫疗法的研究	胰腺导管腺癌（PDAC）和与之匹配的正常胰腺组织以及循环系统中的免疫成分	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序，空间转录组学，多重免疫组化，质谱细胞分析	NA	免疫表型数据	治疗未干预的PDAC肿瘤及其相邻正常胰腺组织的样本
2192	2024-08-07	Mature tertiary lymphoid structures are key niches of tumour-specific immune responses in pancreatic ductal adenocarcinomas 2023-10, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2022-328697 PMID:37230755	研究论文	本文探讨了胰腺导管腺癌（PDAC）中三级淋巴结构（TLSs）对局部抗肿瘤免疫的作用	发现PDAC中成熟TLSs支持T细胞活性和肿瘤特异性T细胞的富集，以及肿瘤特异性T细胞通过产生CXCL13作为TLS组织者	NA	更好地理解胰腺导管腺癌的免疫微环境	胰腺导管腺癌中的T细胞和B细胞及其在三级淋巴结构中的功能状态和空间组织	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、多色免疫荧光	NA	RNA	涉及八种癌症类型的肿瘤浸润T细胞数据以及PDAC患者的批量RNA-seq数据
2193	2024-08-07	LncRNAs associated with vascular mimicry establish a novel molecular subtype and prognostic model for pancreatic cancer 2023-Oct, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05015-3 PMID:37400573	研究论文	本研究通过差异分析和Spearman相关性分析，从文献中收集的血管拟态相关基因中识别出胰腺癌中的关键长非编码RNA（lncRNA）特征，并利用非负矩阵分解（NMF）算法确定最佳聚类，比较了不同聚类间的临床病理特征和预后差异。	本研究首次基于血管拟态相关lncRNA特征开发了一种新的三聚类分子亚型，并构建了基于这些特征的新型预后风险模型。	NA	探索血管拟态在胰腺癌中的作用，并开发新的分子亚型和预后模型。	胰腺癌中的血管拟态相关lncRNA特征及其在肿瘤微环境中的作用。	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	非负矩阵分解（NMF）	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
2194	2024-08-05	Lorazepam Stimulates IL6 Production and Is Associated with Poor Survival Outcomes in Pancreatic Cancer 2023-09-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-23-0547 PMID:37587561	研究论文	本研究探讨了苯二氮卓类药物与癌症患者生存结果之间的关系	首次显示洛拉西泮刺激IL6的产生并与胰腺癌患者的生存结果相关	本研究为回顾性分析，可能受到遗传和环境因素的影响	调查苯二氮卓类药物对胰腺癌患者生存的影响及其在肿瘤微环境中的作用	以胰腺癌患者为研究对象，评估洛拉西泮对肿瘤微环境的影响	数字病理学	胰腺癌	ELISA, qPCR, RNA测序, 免疫组化等	NA	实验数据	NA
2195	2024-08-07	Adrenergic nerves regulate intestinal regeneration through IL-22 signaling from type 3 innate lymphoid cells 2023-09-07, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2023.07.013 PMID:37597516	研究论文	研究探讨了肠道交感神经通过IL-22信号从第3型先天淋巴细胞（ILC3s）调节肠道再生的机制	首次揭示了交感神经-ILC3轴在肠道再生中的重要作用	NA	研究交感神经在肠道上皮细胞再生中的作用	肠道交感神经和第3型先天淋巴细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
2196	2024-08-05	Effects of PYCR1 on prognosis and immunotherapy plus tyrosine kinase inhibition responsiveness in metastatic renal cell carcinoma patients 2023-09, Neoplasia (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.neo.2023.100919 PMID:37517099	研究论文	本文研究了PYCR1在转移性肾细胞癌患者中的预后和对免疫疗法加酪氨酸激酶抑制反应的影响	提出了PYCR1作为生物标志物来区分最佳治疗策略的潜力	缺少大规模多中心验证，需要进一步研究以确认结果	探讨PYCR1表达与转移性肾细胞癌患者免疫治疗及酪氨酸激酶抑制的相关性	转移性肾细胞癌患者的生物标志物分析	数字病理学	肾癌	RNA测序	随机森林	基因表达数据	三个队列，总体样本量未明示，涉及的两个来自本机构，一个来自临床试验
2197	2024-08-07	Single-cell analysis of megakaryopoiesis in peripheral CD34+ cells: insights into ETV6-related thrombocytopenia 2023-09, Journal of thrombosis and haemostasis : JTH IF:5.5Q1 DOI:10.1016/j.jtha.2023.04.007 PMID:37085035	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了外周CD34+细胞中的巨核细胞生成过程，并探讨了ETV6相关血小板减少症的转录机制和基因调控网络	首次揭示了ETV6缺陷在巨核细胞生成早期阶段导致异常细胞发育的机制，并发现了一个高度失调的核心“核糖体生物合成”途径	NA	解析ETV6基因突变与血小板减少症之间的转录机制和基因调控网络	外周CD34+细胞中的巨核细胞生成过程	数字病理学	血小板减少症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	健康对照组和ETV6相关血小板减少症患者的CD34+细胞
2198	2024-08-07	Transcriptional Profiles of Non-neuronal and Immune Cells in Mouse Trigeminal Ganglia 2023-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.08.18.553897 PMID:37645736	综述	本综述研究旨在通过单细胞RNA测序、流式细胞术和免疫组织化学技术，对小鼠三叉神经节中的非神经元细胞类型进行鉴定、分析和总结	本研究将先前报道的三叉神经节中的单一免疫细胞群细分为三种巨噬细胞和四种中性粒细胞，并使用特定的基因标记进行分类	NA	鉴定和分析小鼠三叉神经节中的非神经元细胞类型	小鼠三叉神经节中的非神经元细胞	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术（FC）、免疫组织化学（IHC）	NA	基因表达数据	NA
2199	2024-08-05	Integration of Single-Cell RNA Sequencing and Bulk RNA Sequencing Reveals That TAM2-Driven Genes Affect Immunotherapeutic Response and Prognosis in Pancreatic Cancer 2023-Aug-14, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms241612787 PMID:37628967	研究论文	本文研究了肿瘤相关巨噬细胞M2（TAM2）驱动基因在胰腺癌免疫治疗反应和预后中的影响	提出了基于TAM2驱动基因的免疫表型和预后模型，为胰腺癌的临床管理奠定了基础	对TAM2相关基因在胰腺癌中的免疫治疗反应和预后意义仍缺乏深入了解	研究TAM2驱动基因在胰腺癌中的作用及其对免疫治疗的影响	研究对象为胰腺癌患者及其肿瘤组织样本	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序和批量RNA测序	Lasso-COX回归模型	转录组数据	178个样本
2200	2024-08-05	Machine learning modeling and prognostic value analysis of invasion-related genes in cutaneous melanoma 2023-08, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107089 PMID:37267825	研究论文	本研究确定了与侵袭相关的风险特征和预后模型，以便于皮肤黑色素瘤的个性化治疗和预后预测	提出了一个基于20个预后基因的风险评分模型，识别了与黑色素瘤相关的潜在生物标记	研究可能受到样本量和基因验证方法限制	为皮肤黑色素瘤开发个性化治疗和预后预测模型	皮肤黑色素瘤中的侵袭相关基因	机器学习	皮肤黑色素瘤	基因表达分析、单细胞测序	Extra Trees Classifier	基因表达数据	124个差异表达的侵袭相关基因