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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 201 | 2025-10-06 |
Denoising sparse microbial signals from single-cell sequencing of mammalian host tissues
2023-Sep, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-023-00507-1
PMID:37946872
|
研究论文 | 开发SAHMI计算方法从哺乳动物组织单细胞测序数据中识别真实存在的微生物核酸并过滤污染物 | 首次提出专门针对单细胞和空间基因组数据中稀疏微生物信号去噪的计算方法 | NA | 解决宿主-微生物组生态系统研究中微生物信号与污染物区分的技术难题 | 哺乳动物组织中的微生物核酸 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序, 空间基因组测序, 转录组测序 | NA | 基因组测序数据, 转录组测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 202 | 2025-10-06 |
Excess pancreatic elastase alters acinar-β cell communication by impairing the mechano-signaling and the PAR2 pathways
2023-07-11, Cell metabolism
IF:27.7Q1
DOI:10.1016/j.cmet.2023.05.007
PMID:37339634
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研究论文 | 本研究探讨胰腺弹性蛋白酶通过损害机械信号传导和PAR2通路调控胰岛β细胞存活的新机制 | 首次发现胰腺弹性蛋白酶在2型糖尿病患者中上调并通过PAR2和机械信号通路负调控β细胞存活 | 研究主要基于体外和动物模型,需要进一步验证在人体中的治疗效果 | 探索胰腺弹性蛋白酶在糖尿病发病机制中的作用及潜在治疗策略 | 人类和啮齿类动物的胰岛β细胞及胰腺腺泡细胞 | 分子生物学 | 糖尿病 | 高通量筛选、磷酸化抗体微阵列、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、蛋白质组数据 | 2型糖尿病患者和胰岛素抵抗小鼠的胰腺组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 203 | 2025-10-06 |
deMULTIplex2: robust sample demultiplexing for scRNA-seq
2023-Apr-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.11.536275
PMID:37090649
|
研究论文 | 提出一种用于单细胞RNA测序数据的鲁棒样本解复用算法deMULTIplex2 | 基于标签交叉污染物理机制构建统计模型,使用广义线性模型和期望最大化算法概率推断细胞样本身份 | NA | 解决大规模、样本细胞数不平衡和噪声数据中的单细胞样本解复用问题 | 单细胞RNA测序数据中的细胞样本标签 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 广义线性模型, 期望最大化算法 | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 204 | 2025-10-06 |
Melanoma differentiation associated gene-9/syndecan binding protein promotes hepatocellular carcinoma
2023-12-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1002/hep.32797
PMID:36120720
|
研究论文 | 本研究通过构建肝细胞特异性过表达MDA-9的转基因小鼠模型,揭示MDA-9通过NF-κB和Spp1信号通路促进肝细胞癌发展的机制 | 首次构建肝细胞特异性MDA-9过表达转基因小鼠模型,并发现MDA-9通过NF-κB-Spp1轴驱动肝癌发生的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类肝癌中的验证尚不充分 | 探究MDA-9基因在肝细胞癌发生发展中的作用机制 | 转基因小鼠模型(Alb/MDA-9)和野生型对照小鼠的肝细胞及非实质细胞 | 癌症生物学 | 肝细胞癌 | RNA测序, 单细胞RNA测序, 转基因技术 | 转基因小鼠模型 | 基因表达数据 | 转基因小鼠与野生型对照小鼠 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 205 | 2025-10-06 |
Deep analysis of CD4 T cells in the rhesus CNS during SIV infection
2023-Dec, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1011844
PMID:38060615
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序深入分析SIV感染期间恒河猴中枢神经系统中的CD4 T细胞分布和功能 | 首次系统揭示CCR5+ CD4 T细胞在中枢神经系统不同区域(包括脑实质和边界组织)的分布特征及其在SIV感染中的功能状态 | 样本量较小(10只恒河猴),ART方案模拟的是依从性不佳的情况,可能无法完全反映临床实际情况 | 探究SIV感染期间中枢神经系统中CD4 T细胞的分布、功能和病毒存在情况 | SIVmac251感染的恒河猴 | 免疫学 | HIV感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 10只SIV感染的恒河猴(4只急性期,6只慢性期) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 206 | 2025-10-06 |
Unified Mouse and Human Kidney Single-Cell Expression Atlas Reveal Commonalities and Differences in Disease States
2023-11-01, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.0000000000000217
PMID:37639336
|
研究论文 | 本研究构建了统一的小鼠和人类肾脏单细胞表达图谱,揭示了疾病状态的共性和差异 | 首次系统性地比较了18种不同小鼠肾脏疾病模型的单细胞和批量基因表达数据,并直接对比了小鼠糖尿病肾病模型与人类患者的单细胞表达特征 | 小鼠糖尿病肾病模型与人类患者在单细胞水平的基因表达变化重叠较小 | 系统分析小鼠肾脏疾病模型的基因表达特征,并与人类疾病状态进行比较 | 18种小鼠肾脏疾病模型和人类糖尿病肾病患者的肾脏组织 | 单细胞组学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序, 批量基因表达分析 | 张量分解分析 | 基因表达数据 | 36个单细胞RNA测序样本, 42个批量基因表达样本, 近300,000个细胞 | NA | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 | NA | NA |
| 207 | 2025-10-06 |
CD4 T cell Responses in the CNS during SIV infection
2023-Aug-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.24.554055
PMID:37662237
|
研究论文 | 本研究通过SIV感染模型探索了CD4 T细胞在中枢神经系统中的分布、应答及抗逆转录病毒治疗后的恢复情况 | 首次系统揭示了CCR5+ CD4 T细胞在脑实质及邻近CNS组织中的分布特征,并通过单细胞RNA测序证实了病毒感染期间CNS内CD4 T细胞的功能参与 | 研究样本量较小(仅10只恒河猴),且ART方案模拟的是非最佳依从性情况 | 探究SIV感染过程中CD4 T细胞在中枢神经系统的分布、应答机制及治疗后的恢复情况 | SIVmac251感染的恒河猴 | 免疫学 | HIV/艾滋病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 10只SIV感染的恒河猴(4只急性期,6只慢性期) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 208 | 2025-10-06 |
Emergence of highly profibrotic and proinflammatory Lrat+Fbln2+ HSC subpopulation in alcoholic hepatitis
2023-07-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1002/hep.32793
PMID:36181700
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序在酒精性肝炎小鼠模型中鉴定出一个高纤维化和促炎的Lrat+Fbln2+肝星状细胞亚群 | 首次发现并描述了在酒精性肝炎中出现的Lrat+Fbln2+肝星状细胞亚群,该亚群具有高度纤维化、促炎和免疫调节特性 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 识别酒精性肝炎中胶原蛋白1α1表达细胞的亚群,特别是肝星状细胞和门静脉成纤维细胞的作用 | 小鼠酒精性肝炎模型和人类酒精性肝炎患者样本 | 单细胞生物学 | 酒精性肝炎 | 单细胞RNA测序, 免疫组织化学, 原位杂交, 流式细胞分选 | NA | 单细胞RNA测序数据, 免疫组织化学图像, 原位杂交数据 | Col1a1-GFP转基因小鼠,接受酒精性肝炎、CCl4和胆管结扎处理 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 209 | 2025-10-06 |
Role of mitochondria-bound HK2 in rheumatoid arthritis fibroblast-like synoviocytes
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1103231
PMID:37529037
|
研究论文 | 本研究探讨线粒体结合型HK2在类风湿关节炎成纤维样滑膜细胞表型调控中的关键作用 | 首次揭示线粒体定位的HK2通过调控细胞侵袭和迁移能力影响RA病理进程,并提出靶向线粒体HK2解离的新治疗策略 | 研究主要基于体外细胞实验和小鼠模型,尚未在人体临床试验中验证 | 阐明线粒体结合型HK2在类风湿关节炎成纤维样滑膜细胞表型调控中的分子机制 | 类风湿关节炎患者的成纤维样滑膜细胞和关节炎小鼠模型 | 分子生物学 | 类风湿关节炎 | 共聚焦显微镜、腺病毒感染、单细胞RNA测序、基因表达分析 | NA | 基因表达数据、细胞表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 210 | 2025-10-06 |
Integrative Analyses of scRNA-seq, Bulk mRNA-seq, and DNA Methylation Profiling in Depressed Suicide Brain Tissues
2023-12-18, The international journal of neuropsychopharmacology
DOI:10.1093/ijnp/pyad057
PMID:37774423
|
研究论文 | 通过整合分析抑郁症自杀患者脑组织的单细胞RNA测序、批量mRNA测序和DNA甲基化数据,揭示自杀行为的生物学机制 | 首次整合单细胞转录组、批量转录组和DNA甲基化数据,在抑郁症自杀患者脑组织中进行跨组学分析,并发现少突胶质前体细胞在自杀行为中的关键作用 | 样本量有限,仅分析了特定脑区组织,动物模型与人类样本的对应关系需要进一步验证 | 探索自杀行为的生物学机制和表观遗传调控 | 抑郁症自杀患者的脑组织样本和氟西汀处理的大鼠脑组织 | 生物信息学 | 抑郁症 | scRNA-seq, bulk mRNA-seq, DNA甲基化微阵列 | 差异表达分析, 差异甲基化分析, 反卷积分析 | 基因组学数据, 表观基因组学数据 | 抑郁症自杀患者脑组织样本和氟西汀处理大鼠脑组织 | NA | 单细胞RNA测序, 批量mRNA测序, DNA甲基化分析 | NA | NA |
| 211 | 2025-10-06 |
CONSTRUCTION OF SEPSIS DIAGNOSTIC MODELS AND IDENTIFICATION OF MACROPHAGE SUBPOPULATIONS BASED ON PYROPTOSIS-RELATED GENES
2023-07-01, Shock (Augusta, Ga.)
DOI:10.1097/SHK.0000000000002137
PMID:37179249
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研究论文 | 基于焦亡相关基因构建脓毒症诊断模型并鉴定巨噬细胞亚群 | 首次结合bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据系统分析焦亡相关基因在脓毒症中的作用,并鉴定出与不良预后相关的gasdermin D巨噬细胞亚群 | 基于公共数据库的回顾性分析,需要进一步实验验证 | 研究焦亡在脓毒症中的潜在预后和诊断价值 | 脓毒症患者基因表达数据 | 生物信息学 | 脓毒症 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | 逻辑回归, LASSO回归, 共识聚类分析 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 212 | 2025-10-06 |
Leveraging single-cell RNA sequencing to unravel the impact of aging on stroke recovery mechanisms in mice
2023-06-20, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2300012120
PMID:37307473
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示衰老如何通过影响微glia/巨噬细胞与内皮细胞/少突胶质前体细胞间的相互作用来损害中风后脑修复机制 | 首次在单细胞水平系统揭示衰老对中风后脑修复机制的影响,并证明年轻来源的MG/MΦ移植可部分恢复老年小鼠的脑修复功能 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类中得到验证;机制研究仍需要进一步深入 | 探究衰老对中风后脑组织修复机制的影响 | 年轻和老年小鼠的中风后脑组织 | 单细胞转录组学 | 中风 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 年轻和老年小鼠在急性期(3天)和慢性期(14天)的中风后脑组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 213 | 2025-10-06 |
Integrative single-cell meta-analysis reveals disease-relevant vascular cell states and markers in human atherosclerosis
2023-11-28, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.113380
PMID:37950869
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研究论文 | 通过整合22个单细胞RNA测序库的元分析,构建了包含118,578个细胞的人类动脉粥样硬化综合图谱 | 首次通过大规模单细胞元分析揭示血管细胞状态与动脉粥样硬化的关联,并发现LTBP1和CRTAC1作为疾病进展标志物 | 基于已有数据集的元分析,可能受原始研究技术差异的限制 | 解析人类动脉粥样硬化中血管细胞状态与疾病关联机制 | 人类动脉粥样硬化组织中的血管和免疫细胞 | 单细胞基因组学 | 心血管疾病 | scRNA-seq, 全基因组关联研究, 空间成像分析 | 整合元分析 | 单细胞转录组数据, 基因组数据, 空间成像数据 | 118,578个细胞来自22个scRNA-seq文库 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 214 | 2025-10-06 |
Spatial proteo-transcriptomic profiling reveals the molecular landscape of borderline ovarian tumors and their invasive progression
2023-Nov-13, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2023.11.13.23298409
PMID:38014221
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研究论文 | 本研究通过空间蛋白质组学和空间转录组学整合分析,揭示了卵巢交界性肿瘤向低级别浆液性癌侵袭进展的分子机制 | 首次整合空间蛋白质组学和空间转录组学技术,在分子水平上解析了卵巢交界性肿瘤向侵袭性癌转化的全过程 | 样本量相对有限,需要更大规模研究验证发现 | 阐明卵巢交界性肿瘤向低级别浆液性癌侵袭进展的分子机制 | 卵巢交界性肿瘤(SBT)和低级别浆液性癌(LGSC)患者组织样本 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 空间蛋白质组学, 空间转录组学, 基因敲低, 药物抑制 | NA | 空间蛋白质组数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 空间蛋白质组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 215 | 2025-10-06 |
Cell-intrinsic and -extrinsic effects of SARS-CoV-2 RNA on pathogenesis: single-cell meta-analysis
2023-10-24, mSphere
IF:3.7Q2
DOI:10.1128/msphere.00375-23
PMID:37737611
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研究论文 | 通过单细胞RNA-seq数据的荟萃分析,研究SARS-CoV-2 RNA在细胞内外对COVID-19发病机制的影响 | 首次通过跨物种单细胞荟萃分析评估临床前模型模拟人类COVID-19的能力,并发现病毒RNA在多种非上皮细胞中的广泛传播 | 仅分析六个公开可用的单细胞RNA-seq数据集,样本量有限 | 评估SARS-CoV-2 RNA在细胞内外对COVID-19发病机制的影响 | 人类和五种动物模型(K18-hACE2小鼠、仓鼠、雪貂、猕猴等)的肺细胞 | 单细胞生物学 | COVID-19 | 单细胞RNA-seq, 双映射分析, 差异基因表达分析, 主成分分析 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 六个公开可用的单细胞RNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 216 | 2025-10-06 |
Multi-omic analysis of the cardiac cellulome defines a vascular contribution to cardiac diastolic dysfunction in obese female mice
2023-03-29, Basic research in cardiology
IF:7.5Q1
DOI:10.1007/s00395-023-00983-6
PMID:36988733
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研究论文 | 通过多组学分析揭示平滑肌细胞盐皮质激素受体在肥胖雌性小鼠心脏舒张功能障碍中的关键作用 | 首次利用单细胞RNA测序技术系统分析非心肌细胞群体,揭示血管平滑肌细胞MR信号在肥胖相关心脏功能障碍中的核心机制 | 研究仅限于雌性小鼠模型,未涉及雄性动物及人类临床样本验证 | 探究平滑肌细胞特异性MR缺失对肥胖相关冠状动脉和心脏舒张功能的影响 | 雌性小鼠(西方饮食诱导的肥胖模型) | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,基因表达谱分析 | NA | 基因表达数据,蛋白质表达数据 | 雌性小鼠(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 217 | 2025-10-06 |
A single-cell CRISPRi platform for characterizing candidate genes relevant to metabolic disorders in human adipocytes
2023-09-01, American journal of physiology. Cell physiology
DOI:10.1152/ajpcell.00148.2023
PMID:37486064
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研究论文 | 开发了一种结合CRISPR干扰和单细胞RNA测序的平台,用于研究人类脂肪细胞中与代谢紊乱相关的候选基因 | 首次将CROP-Seq技术应用于脂肪生成和脂肪细胞生物学研究,能够同时评估多个候选基因的转录效应 | 研究基于SGBS细胞系,可能无法完全代表体内脂肪细胞的行为 | 识别与代谢疾病相关的脂肪生成、前脂肪细胞和脂肪细胞功能的新型调节因子 | 人类前脂肪细胞SGBS细胞系 | 单细胞基因组学 | 代谢紊乱 | CRISPR干扰, 单细胞RNA测序 | CROP-Seq | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 微流控单细胞捕获 |
| 218 | 2025-10-06 |
Neural stem cells persist to generate new neurons in the hippocampus of adult and aged human brain - Fiction or accurate?
2023-12, Ageing research reviews
IF:12.5Q1
DOI:10.1016/j.arr.2023.102133
PMID:38000512
|
综述 | 回顾四十年来关于成人神经发生的研究进展,重点关注海马体神经发生在成年和老年人类大脑中的持续性问题 | 系统梳理了成人神经发生研究领域的关键里程碑、方法学进展和争议焦点 | 成人海马体神经发生的存在性和功能贡献仍需通过大规模单细胞测序等技术验证 | 探讨成人神经发生的证据、机制及其在神经系统疾病中的作用 | 人类海马体神经发生过程 | 神经科学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序,单核RNA测序,空间转录组学 | NA | 文献资料 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 219 | 2025-10-06 |
Identification and validation of key biomarkers and potential therapeutic targets for primary open-angle glaucoma
2023-12, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-022-2344-5
PMID:37610681
|
研究论文 | 通过生物信息学分析识别原发性开角型青光眼的关键生物标志物和潜在治疗靶点 | 整合多个基因表达数据集,结合单细胞RNA测序技术筛选并验证POAG关键基因 | 需要进一步研究揭示这些基因表达变化的具体机制 | 识别POAG的新型生物标志物和潜在治疗靶点 | 原发性开角型青光眼相关基因表达数据 | 生物信息学 | 青光眼 | mRNA表达微阵列,单细胞RNA测序,功能富集分析,蛋白质相互作用网络分析,加权基因共表达网络分析,免疫荧光,实时定量PCR | NA | 基因表达数据 | 三个数据集(GSE27276,GSE138125,GSE148371) | NA | 单细胞RNA测序,微阵列 | NA | NA |
| 220 | 2025-10-06 |
Distinct mesenchymal cell states mediate prostate cancer progression
2023-Apr-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.29.534769
PMID:37034687
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析前列腺癌间质细胞状态及其在癌症进展中的作用 | 识别了8个转录和功能不同的基质细胞群体,建立了能预测前列腺癌转移进展的基因特征 | 研究主要基于基因工程小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 探究前列腺癌进展中基质-上皮细胞相互作用的分子机制 | 基因工程小鼠模型和人类前列腺癌样本中的间质细胞 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 4种基因工程小鼠模型及其野生型对照,以及具有相似基因型的人类肿瘤 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |