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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 201 | 2026-03-28 |
Protocol for tumor dissociation and fluorescence-activated cell sorting of human head and neck cancers
2023-Jun-16, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102294
PMID:37149858
|
protocol | 本文描述了一种用于新鲜人类头颈部肿瘤标本解离及荧光激活细胞分选获取活性单细胞的逐步操作方案 | 提供了一种标准化的头颈部肿瘤组织解离与单细胞分选流程,支持下游单细胞RNA测序和三维患者来源类器官生成等应用 | NA | 建立头颈部肿瘤单细胞研究的前处理实验方案 | 人类头颈部肿瘤组织 | digital pathology | head and neck cancer | fluorescence-activated cell sorting (FACS), single-cell RNA sequencing, organoid culture | NA | NA | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 202 | 2026-03-28 |
Isolating peripheral blood mononuclear cells from HIV-infected patients for single-cell RNA sequencing and integration analysis
2023-Jun-16, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102222
PMID:37060557
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研究论文 | 本文介绍了一种从HIV感染患者中分离外周血单个核细胞并进行单细胞RNA测序及整合分析的实验方案 | 结合10x Genomics单细胞测序技术和Illumina NovaSeq平台,对HIV感染患者的PBMCs进行单细胞转录组分析,并整合B细胞亚群功能和BCR受体库轨迹分析 | 未提及样本量大小或具体患者特征,可能限制结果的普适性 | 研究HIV感染对免疫细胞转录组的影响 | HIV感染患者的外周血单个核细胞 | 单细胞测序 | HIV感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | 10x Genomics, Illumina | 单细胞RNA测序 | 10x Genomics protocol, Illumina NovaSeq 6000 | 10x Genomics单细胞测序方案结合Illumina NovaSeq 6000测序平台 |
| 203 | 2026-03-25 |
Graph embedding and Gaussian mixture variational autoencoder network for end-to-end analysis of single-cell RNA sequencing data
2023-01-23, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2022.100382
PMID:36814845
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研究论文 | 提出了一种名为autoCell的深度学习框架,用于单细胞RNA测序数据的端到端分析,包括插补、特征提取和疾病相关网络识别 | 结合图嵌入和概率深度高斯混合模型的变分自编码网络,用于处理高维稀疏scRNA-seq数据,并应用于细胞发育轨迹分析和疾病相关细胞鉴定 | 未明确说明模型在大型数据集上的计算效率或与其他先进方法的全面比较 | 开发一种深度学习方法来改善单细胞RNA测序数据的分析,包括插补和特征提取 | 单细胞RNA测序数据,包括模拟数据集和生物学相关数据集,如人类胚胎和阿尔茨海默病样本 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | 变分自编码器,高斯混合模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 204 | 2026-03-21 |
Identification of human exTreg cells as CD16+CD56+ cytotoxic CD4+ T cells
2023-10, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-023-01589-9
PMID:37563308
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研究论文 | 本研究通过整合小鼠模型和人类单细胞测序数据,鉴定并验证了人类exTreg细胞是具有细胞毒性的CD4+ T细胞亚群 | 首次将小鼠模型中的exTreg细胞转录组特征映射到人类单细胞数据,鉴定出CD16+CD56+的细胞毒性CD4+ T细胞作为人类exTreg细胞,并证实其克隆扩增和细胞毒功能 | 研究主要基于转录组和表面标志物分析,对exTreg细胞在动脉粥样硬化中的具体功能机制和临床意义需要进一步验证 | 鉴定人类动脉粥样硬化中由调节性T细胞转化而来的exTreg细胞的分子特征和功能特性 | 小鼠和人类的调节性T细胞(Treg)及其转化形成的exTreg细胞 | 免疫学 | 动脉粥样硬化 | RNA-seq, scRNA-seq, CITE-seq, 流式细胞术, T细胞受体测序, 细胞杀伤实验, CD107a脱颗粒实验 | NA | 转录组数据, 单细胞数据, 流式数据, 序列数据 | 来自FoxP3ROSA26-Apoe小鼠模型的Treg和exTreg细胞,以及人类外周血样本 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, CITE-seq | NA | NA |
| 205 | 2026-03-21 |
Reanalysis of single-cell RNA sequencing data does not support herpes simplex virus 1 latency in non-neuronal ganglionic cells in mice
2023-Jul-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.17.549345
PMID:37503290
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研究论文 | 本文通过重新分析小鼠模型中的单细胞RNA测序数据,挑战了单纯疱疹病毒1型在非神经元神经节细胞中存在潜伏感染的观点 | 揭示了3'端单细胞RNA测序实验中脱靶引物效应导致非多聚腺苷酸化的HSV-1内含子RNA被错误检测,并首次系统论证了神经元细胞死亡导致的RNA污染是先前结论的主要成因 | 研究基于已发表数据的二次分析,缺乏新的实验验证;结论主要依赖于生物信息学推断,可能存在未考虑的技术偏差 | 验证单纯疱疹病毒1型潜伏感染的细胞特异性,澄清单细胞测序数据分析中的技术假象 | 小鼠外周神经节中的神经元与非神经元细胞 | 数字病理学 | 病毒感染 | 单细胞RNA测序 | 生物信息学分析流程 | 单细胞转录组数据 | 基于已发表小鼠模型单细胞数据集(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 3'端单细胞RNA测序实验 |
| 206 | 2026-03-19 |
Single-cell level deconvolution, convolution, and clustering in spatial transcriptomics by aligning spot level transcriptome to nuclear morphology
2023-Dec-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.17.572084
PMID:38187541
|
研究论文 | 本文提出了一种名为STIE的算法,通过将空间转录组数据与匹配的组织学图像中的核形态对齐,实现单细胞水平的去卷积、卷积和聚类分析 | STIE算法首次通过核形态相似性和邻域信息,从斑点间高达约70%的间隙区域恢复缺失细胞,实现了真正的单细胞水平分析,超越了现有方法仅关注斑点大小提升的局限 | 算法依赖于匹配的组织学图像和核形态数据,可能受图像质量或配准误差影响,且在处理高度异质或重叠细胞时性能未完全评估 | 旨在解决基于斑点的空间转录组学中无法精确捕获单细胞转录组的问题,实现单细胞水平的分辨率提升 | 真实和模拟的空间转录组学数据,包括低分辨率和高分辨率斑点 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | EM算法 | 图像、文本(转录组数据) | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 207 | 2026-03-19 |
Single-cell RNA sequencing identifies hippocampal microglial dysregulation in diet-induced obesity
2023-Mar-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106164
PMID:36915697
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,探讨了高脂饮食诱导的肥胖对海马区小胶质细胞功能失调的影响及其与认知障碍的关联 | 利用单细胞转录组学分析,揭示了肥胖状态下海马小胶质细胞在细胞间通讯、免疫调节和蛋白质处理方面的动态变化机制 | 研究基于小鼠模型,其机制在人类中的适用性仍需进一步验证 | 探究肥胖诱导的认知障碍中海马小胶质细胞激活的精确分子机制 | 高脂饮食诱导的肥胖小鼠模型中的海马小胶质细胞 | 数字病理学 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 208 | 2026-03-19 |
Cross center single-cell RNA sequencing study of the immune microenvironment in rapid progressing multiple myeloma
2023-Jan-26, NPJ genomic medicine
IF:4.7Q1
DOI:10.1038/s41525-022-00340-x
PMID:36702834
|
研究论文 | 本研究通过多中心单细胞RNA测序,分析了快速进展型多发性骨髓瘤患者的骨髓免疫微环境特征 | 首次通过多中心协作的单细胞RNA测序研究,系统比较了快速进展与非进展多发性骨髓瘤患者的免疫微环境差异,并验证了不同研究中心数据的一致性 | 样本量相对有限(18名患者),且为横断面研究,无法确定观察到的细胞群变化与疾病进展的因果关系 | 探究多发性骨髓瘤快速进展的免疫微环境机制 | 多发性骨髓瘤患者的骨髓CD138样本 | 单细胞组学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 48份骨髓样本(来自18名患者),共计102,207个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 209 | 2026-03-18 |
An update on methods for detection of prognostic and predictive biomarkers in melanoma
2023, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2023.1290696
PMID:37900283
|
综述 | 本文综述了黑色素瘤中预后和预测性免疫生物标志物检测的最新方法 | 整合了从批量组织基因表达谱到单细胞空间转录组学和基于人工智能的图像分析等多种技术,以全面表征黑色素瘤免疫微环境 | 作为综述文章,未提供原始实验数据或新方法验证,主要总结现有研究 | 改进黑色素瘤的免疫基础预测和预后生物标志物检测方法 | 黑色素瘤患者,特别是II-IV期患者 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 基因表达谱分析,空间转录组学,人工智能图像分析 | NA | 图像,文本(基因表达数据) | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 210 | 2026-03-18 |
A novel lncRNA-mediated epigenetic regulatory mechanism in periodontitis
2023, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.87977
PMID:37928259
|
研究论文 | 本研究探讨了长链非编码RNA lncR-APDC在牙周炎进展中的调控作用及其治疗潜力 | 首次揭示了lncR-APDC在牙周炎中的关键调控作用,发现了一个新的上皮细胞亚群,并提出了lncR-APDC与特定蛋白直接结合的可能性 | 研究主要基于小鼠模型,需要进一步在人类样本中验证;部分分子相互作用机制尚未完全阐明 | 理解lncR-APDC在牙周炎进展中的调控作用 | lncR-APDC基因敲除小鼠、实验性牙周炎模型、牙周组织免疫细胞 | 表观遗传学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序、基因敲除、AAV9介导的基因治疗 | NA | 基因表达数据、单细胞转录组数据 | 基因敲除小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 211 | 2026-03-15 |
Single-Cell Sequencing of Lung Macrophages and Monocytes Reveals Novel Therapeutic Targets in COPD
2023-12-05, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells12242771
PMID:38132091
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析COPD患者肺组织中巨噬细胞和单核细胞的转录组特征,揭示了其功能失调和过度炎症状态,并识别出新的治疗靶点 | 首次在COPD患者肺组织中利用单细胞测序技术系统性地鉴定出16个转录组学上不同的巨噬细胞和单核细胞亚群,并发现吸入性皮质类固醇等化合物可调节这些细胞的转录组特征 | 研究样本量相对有限(COPD组18例,对照组28例),且主要基于体外组织分析,体内验证仅通过一项临床试验数据 | 探究COPD患者肺组织中巨噬细胞和单核细胞的转录组特征,识别新的治疗靶点 | COPD患者和对照者的肺组织样本中的巨噬细胞和单核细胞 | 数字病理学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | COPD患者18例,对照者28例 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 212 | 2026-03-15 |
Single-Cell RNA Analysis Reveals Cell-Intrinsic Functions of CAR T Cells Correlating with Response in a Phase II Study of Lymphoma Patients
2023-Oct-13, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-23-0178
PMID:37540566
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析CAR-T输注产品的转录谱,揭示了与淋巴瘤患者临床反应相关的细胞内在功能特征 | 首次在II期临床试验中,利用靶向单细胞RNA测序结合多色流式细胞术,将CAR-T输注产品的细胞内在特征与临床反应直接关联,并发现效应样CD8+ CAR-T的多功能性、高细胞毒性和细胞因子产生谱与低功能障碍特征与反应相关 | 样本量较小(n=24),且仅针对第三代CD19导向的CAR-T,可能限制结果的普适性 | 探究CAR-T输注产品质量对B细胞恶性肿瘤患者临床反应的影响 | B细胞淋巴瘤(n=23)和白血病(n=1)患者接受CD19 CAR-T治疗的输注产品 | 单细胞组学 | 淋巴瘤 | 靶向单细胞RNA测序,多色流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据,流式细胞数据 | 24名患者(23例淋巴瘤,1例白血病) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 213 | 2026-03-15 |
Single-cell RNA-sequencing identifies disease-associated oligodendrocytes in male APP NL-G-F and 5XFAD mice
2023-02-13, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-36519-8
PMID:36781874
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术,在阿尔茨海默病小鼠模型及人类死后大脑中鉴定出一种疾病相关的少突胶质细胞亚群,并探讨了其通过Erk1/2信号通路在疾病进展中的作用 | 首次在阿尔茨海默病背景下鉴定出疾病相关的少突胶质细胞亚群,并揭示了Erk1/2信号通路在该细胞亚群激活及疾病病理中的关键作用 | 研究主要基于雄性小鼠模型,可能无法完全反映雌性个体或人类群体的全部情况,且人类样本来源于死后大脑,可能存在保存偏差 | 探究少突胶质细胞在阿尔茨海默病发病机制中的作用 | 雄性APP NL-G-F和5XFAD阿尔茨海默病小鼠模型的大脑组织,以及人类死后阿尔茨海默病患者的大脑组织 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 雄性APP NL-G-F和5XFAD小鼠大脑及人类死后AD大脑样本(具体数量未在摘要中明确) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 214 | 2026-03-14 |
Tumor-specific CD4 T cells instruct monocyte fate in pancreatic ductal adenocarcinoma
2023-07-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.112732
PMID:37402168
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研究论文 | 本研究通过巨噬细胞命运示踪和单细胞RNA测序技术,揭示了胰腺导管腺癌中肿瘤特异性CD4 T细胞通过抗原呈递指导单核细胞分化为抗肿瘤巨噬细胞的机制 | 首次证明肿瘤特异性CD4 T细胞(而非CD8 T细胞)通过巨噬细胞的MHC II类抗原呈递,指导单核细胞分化为抗肿瘤巨噬细胞,并揭示了IFNγ和CD40信号的非冗余作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床样本的验证尚需进一步开展;单细胞测序样本量有限 | 探究胰腺导管腺癌中肿瘤相关巨噬细胞异质性的形成机制及免疫调控作用 | 胰腺导管腺癌小鼠模型中的单核细胞、巨噬细胞和T细胞 | 单细胞组学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序,巨噬细胞命运示踪技术 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 215 | 2026-03-14 |
A neuroepithelial wave of BMP signalling drives anteroposterior specification of the tuberal hypothalamus
2023-02-10, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.83133
PMID:36718990
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研究论文 | 本研究结合实验与生物信息学方法,揭示了胚胎期结节下丘脑的渐进式生成机制,发现其由下丘脑底板样细胞产生,并受神经上皮来源的BMP信号波调控 | 首次揭示结节下丘脑由下丘脑底板样细胞渐进生成,并发现从前向后扫过的神经上皮BMP信号波驱动其前后轴特化 | 研究主要在鸡胚胎中进行,哺乳动物系统的保守性需进一步验证;信号通路的上下游调控网络尚未完全解析 | 探究中枢神经系统结节下丘脑区域在胚胎发育过程中的细胞来源与信号通路特化机制 | 鸡胚胎的结节下丘脑发育过程 | 发育生物学 | NA | 命运图谱研究、功能获得与缺失实验、单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 216 | 2026-03-13 |
scFED: Clustering Identifying Cell Types of scRNA-Seq Data Based on Feature Engineering Denoising
2023-Dec, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
DOI:10.1007/s12539-023-00574-y
PMID:37402002
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研究论文 | 本研究提出了一种基于特征工程去噪的单细胞RNA测序数据聚类方法scFED,用于识别细胞类型 | 提出了一种结合特征工程去噪和组织特异性细胞分类参考数据库(CellMatch)的基因选择框架,通过重建方法减少噪声并放大关键信息 | 仅在四个真实单细胞数据集上进行了验证,未提及方法在更大规模或更复杂数据集上的适用性 | 提高单细胞RNA测序数据的聚类效果和细胞类型识别准确性 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 特征工程框架 | 基因表达数据 | 四个真实单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 217 | 2026-03-13 |
Understanding cervical cancer at single-cell resolution
2023-Nov-01, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2023.216408
PMID:37769795
|
综述 | 本文综述了利用单细胞测序技术解析宫颈癌生态系统异质性的最新进展 | 通过单细胞测序技术高分辨率地解析宫颈癌生态系统的演变,为靶向治疗和个性化医疗提供新视角 | NA | 深入理解宫颈癌生态系统以改善患者预后 | 宫颈癌 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 218 | 2026-03-13 |
Multi-omics analysis defines a cuproptosis-related prognostic model for ovarian cancer: Implication of WASF2 in cuproptosis resistance
2023-Nov-01, Life sciences
IF:5.2Q1
DOI:10.1016/j.lfs.2023.122081
PMID:37717621
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研究论文 | 本研究通过多组学分析构建了一个与铜死亡相关的卵巢癌预后模型,并验证了WASF2基因在铜死亡抵抗中的作用 | 首次将单细胞测序与批量转录组数据结合,构建了基于铜死亡相关基因的卵巢癌预后模型,并实验验证了WASF2在铜死亡抵抗和铂类耐药中的功能 | 研究主要基于公共数据库数据,实验验证部分可能样本量有限,需要进一步扩大临床样本验证 | 探索铜死亡相关特征在卵巢癌中的作用,构建预后预测模型 | 卵巢癌患者样本(包括单细胞和批量转录组数据) | 生物信息学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序,批量RNA测序,基因集富集分析,随机森林建模 | 随机森林 | 单细胞测序数据,批量转录组数据,临床数据 | 单细胞数据来自GSE154600,批量数据包括TCGA的378例,GSE140082的379例和GSE53963的173例卵巢癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |
| 219 | 2026-03-13 |
Single-cell profiling reveals the heterogeneity of NK cells during anti-PD-1 therapy in non-small-cell lung cancer
2023-Nov, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2023.110743
PMID:37657247
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析,揭示了非小细胞肺癌抗PD-1治疗期间NK细胞的异质性及其与治疗反应的关联 | 首次在NSCLC抗PD-1治疗背景下,通过单细胞测序识别出6个不同的NK细胞亚群,并发现未成熟NK细胞在应答组中的富集及其与免疫调节过程的关联 | 研究基于患者活检样本的单细胞数据,样本量可能有限,且机制验证主要在转录组层面进行 | 探索NK细胞在非小细胞肺癌抗PD-1治疗疗效中的作用及机制 | 接受抗PD-1治疗的非小细胞肺癌患者的肿瘤浸润免疫细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 220 | 2026-03-13 |
Determination of key events in mouse hepatocyte maturation at the single-cell level
2023-10-09, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2023.07.006
PMID:37557173
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和单核RNA测序,探索了小鼠肝细胞成熟过程中的关键事件和调控因子 | 定义了肝细胞成熟的三个阶段,揭示了多倍体肝细胞在分区分布和成熟异步性中的偏好,并结合基因调控网络分析与体内遗传操作鉴定了关键转录因子 | 研究主要基于小鼠模型,结果在人类肝细胞中的适用性需进一步验证 | 深入探究肝细胞成熟过程中的关键事件和调控机制 | 小鼠肝细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单核RNA-seq | NA | NA |