单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
201	2025-02-13	Screening cell-cell communication in spatial transcriptomics via collective optimal transport 2023-02, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-022-01728-4 PMID:36690742	研究论文	本文介绍了一种名为COMMOT的新方法，用于在空间转录组学中推断细胞间通讯（CCC），考虑了配体和受体之间的竞争以及细胞间的空间距离	开发了一种集体最优传输方法，以处理复杂的分子相互作用和空间约束，并引入了下游分析工具来推断空间信号方向性和受信号调控的基因	NA	研究空间转录组学中的细胞间通讯（CCC）	空间转录组数据和单细胞RNA测序数据集	生物信息学	NA	空间转录组技术	机器学习模型	空间转录组数据	八个空间数据集，使用五种不同技术获取
202	2025-02-09	M2 macrophages drive leukemic transformation by imposing resistance to phagocytosis and improving mitochondrial metabolism 2023-04-14, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adf8522 PMID:37058562	研究论文	本文通过单细胞RNA测序、流式细胞术和免疫组织化学研究，揭示了急性髓性白血病（AML）患者骨髓中先天免疫区室向支持肿瘤的M2极化巨噬细胞景观转变，并探讨了这些巨噬细胞如何通过减少吞噬活性和增强线粒体代谢促进白血病转化	研究发现AML相关的M2极化巨噬细胞通过减少吞噬活性和增强线粒体代谢促进白血病转化，揭示了免疫景观在白血病发展中的作用	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体中进行验证	探讨急性髓性白血病（AML）患者骨髓中M2极化巨噬细胞在白血病转化中的作用	急性髓性白血病（AML）患者骨髓中的M2极化巨噬细胞和白血病原始细胞	肿瘤免疫学	急性髓性白血病	单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫组织化学	NA	RNA测序数据、流式细胞数据、免疫组织化学数据	AML患者的骨髓样本
203	2025-02-09	Piezo inhibition prevents and rescues scarring by targeting the adipocyte to fibroblast transition 2023-Apr-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.04.03.535302 PMID:37066136	研究论文	本文研究了脂肪细胞在瘢痕形成中的作用，发现脂肪细胞通过机械感应转化为成纤维细胞，从而驱动伤口纤维化	首次揭示了脂肪细胞通过机械感应转化为成纤维细胞的机制，并提出了通过抑制Piezo来预防和修复瘢痕的新方法	研究主要基于小鼠模型和人类异种移植伤口模型，尚未在更广泛的人类临床环境中验证	探讨脂肪细胞在瘢痕形成中的作用，并寻找减少纤维化的治疗方法	脂肪细胞和成纤维细胞	生物医学	瘢痕形成	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、Visium、CODEX	小鼠伤口模型和人类异种移植伤口模型	基因表达数据、空间转录组数据	小鼠和人类异种移植伤口模型
204	2025-02-08	Idiopathic subglottic stenosis arises at the epithelial interface of host and pathogen 2023-May-19, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-2945067/v1 PMID:37292825	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了特发性声门下狭窄（iSGS）的发病机制，揭示了上皮细胞变化与微生物群位移、免疫激活和局部纤维化之间的关系	首次利用单细胞RNA测序技术对iSGS患者的近端气道瘢痕进行无偏倚的细胞亚群表征，并详细描述了其分子表型，揭示了上皮细胞变化与微生物群位移、免疫激活和局部纤维化之间的关系	疾病罕见性和患者地理分布广泛限制了iSGS发病机制的实质性机制研究	研究特发性声门下狭窄（iSGS）的发病机制	特发性声门下狭窄（iSGS）患者的近端气道瘢痕组织	生物医学	特发性声门下狭窄	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	国际iSGS患者队列的致病性黏膜样本
205	2025-02-08	Epitenon-derived cells comprise a distinct progenitor population that contributes to both tendon fibrosis and regeneration following acute injury 2023-Feb-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.01.30.526242 PMID:36778469	研究论文	本文通过遗传谱系追踪和单细胞RNA测序技术，识别了一种源自腱外膜的双向祖细胞群，该细胞群在急性肌腱损伤后既参与腱周纤维化，也参与肌腱的再生愈合	首次识别出一种源自腱外膜的双向祖细胞群，并揭示了其在肌腱损伤愈合过程中的双重作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步扩展	探索肌腱损伤愈合过程中细胞群的作用，以改善肌腱愈合的治疗方法	小鼠和人类的腱外膜细胞及腱周纤维化组织	生物医学	肌腱损伤	遗传谱系追踪、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	小鼠模型及人类腱周纤维化组织样本
206	2025-02-07	Disruption of cortical cell type composition and function underlies diabetes-associated cognitive decline 2023-08, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-023-05935-2 PMID:37351595	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术揭示了2型糖尿病引起的大脑皮层细胞类型组成和功能的破坏，从而解释了糖尿病相关的认知衰退的病理基础	首次使用单细胞转录组测序技术系统地分析了2型糖尿病小鼠模型大脑皮层的细胞类型组成和功能变化，并在人类样本中进行了验证	研究主要基于小鼠模型，尽管在人类样本中进行了验证，但样本量相对较小，且未涉及长期干预效果的评估	揭示2型糖尿病引起认知衰退的分子机制，并探索潜在的治疗靶点	2型糖尿病小鼠模型（db/db小鼠）和人类2型糖尿病患者的脑组织样本	数字病理学	2型糖尿病	单细胞转录组测序（scRNA-seq）、免疫组化、代谢评估	NA	单细胞RNA测序数据、免疫组化图像、代谢数据	小鼠模型和人类样本（年龄分别为74.3 ± 5.5岁和87.0 ± 8.5岁）
207	2025-02-07	T-BET and EOMES sustain mature human NK cell identity and antitumor function 2023-07-03, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI162530 PMID:37279078	研究论文	本文研究了T-BET和EOMES在成熟人类NK细胞身份和抗肿瘤功能中的持续作用	揭示了T-BET和EOMES在维持成熟NK细胞表型和抑制替代ILC谱系中的意外作用	研究仅限于人类NK细胞，未涉及其他物种或细胞类型	探讨T-BET和EOMES在成熟NK细胞稳态、功能和分子编程中的持续需求	未扩增的原代人类NK细胞	免疫学	NA	CRISPR/Cas9, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未扩增的原代人类NK细胞
208	2025-02-06	Identifying proteomic risk factors for overall, aggressive and early onset prostate cancer using Mendelian randomization and tumor spatial transcriptomics 2023-Sep-22, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2023.09.21.23295864 PMID:37790472	研究论文	本研究利用孟德尔随机化和肿瘤空间转录组学方法，识别与前列腺癌总体、侵袭性和早发性风险相关的蛋白质组学风险因素	首次结合孟德尔随机化和空间转录组学方法，识别出与前列腺癌风险相关的20种蛋白质，其中多数为新发现并得到验证	研究主要基于欧洲和非洲血统的GWAS数据，可能限制了结果的普适性	揭示循环蛋白质在前列腺癌风险中的作用，识别新的癌症预防靶点	前列腺癌患者，特别是侵袭性和早发性前列腺癌患者	数字病理学	前列腺癌	孟德尔随机化（MR）、空间转录组学	NA	蛋白质组数据、转录组数据	基于两个独立的癌症GWAS数据集，分别来自欧洲和非洲血统
209	2025-02-06	MARVEL: an integrated alternative splicing analysis platform for single-cell RNA sequencing data 2023-03-21, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkac1260 PMID:36631981	研究论文	本文介绍了一个名为MARVEL的综合R包，用于单细胞RNA测序数据的剪接分析	MARVEL是首个适用于板式和液滴式方法生成的RNA测序数据的单细胞剪接分析工具，填补了该领域计算工具的空白	NA	开发一个综合工具来分析单细胞RNA测序数据中的剪接动态	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	RNA测序	NA	RNA测序数据	多个公开数据集中的多种细胞类型
210	2025-02-06	Targeting Epsins to Inhibit Fibroblast Growth Factor Signaling While Potentiating Transforming Growth Factor-β Signaling Constrains Endothelial-to-Mesenchymal Transition in Atherosclerosis 2023-02-21, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.122.063075 PMID:36591786	研究论文	本研究探讨了epsin内吞适配蛋白在动脉粥样硬化中促进内皮-间质转化（EndoMT）的分子机制，并评估了一种治疗性肽在动脉粥样硬化临床前模型中的疗效	揭示了epsin通过增加转化生长因子-β信号传导促进动脉粥样硬化中的EndoMT，并提出了一种通过减少epsin-成纤维细胞生长因子受体-1相互作用来抑制EndoMT的新型治疗策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨epsin在动脉粥样硬化中促进EndoMT的分子机制，并评估治疗性肽的疗效	Apoe-/-小鼠模型和动脉粥样硬化小鼠模型	分子生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序、分子、细胞和生化分析	NA	RNA测序数据、分子和细胞数据	Apoe-/-小鼠模型和动脉粥样硬化小鼠模型
211	2025-02-06	Spatial transcriptomic characterization of COVID-19 pneumonitis identifies immune circuits related to tissue injury 2023-Jan-24, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.157837 PMID:36472908	研究论文	本研究利用空间转录组学方法，描述了COVID-19肺炎中不同组织损伤区域的细胞、通路和基因，揭示了免疫细胞信号回路与组织损伤的关系	首次使用空间转录组学方法在COVID-19肺炎中识别出与组织损伤相关的免疫细胞信号回路，并验证了这些发现在其他患者队列中的普遍性	样本量较小，仅包括3名患者的肺组织样本，可能存在一定的异质性	研究COVID-19肺炎中免疫细胞与基质细胞之间的复杂相互作用，揭示组织损伤的免疫机制	COVID-19患者的肺组织样本	数字病理学	COVID-19	空间转录组学	NA	基因表达数据	3名患者的46个感兴趣区域，覆盖超过62,000个细胞
212	2025-02-06	Epsin Nanotherapy Regulates Cholesterol Transport to Fortify Atheroma Regression 2023-01-06, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.122.321723 PMID:36444722	研究论文	本研究探讨了Epsins在巨噬细胞介导的代谢调节中的作用，并开发了一种创新的纳米疗法，通过靶向巨噬细胞Epsins来治疗动脉粥样硬化	开发了一种新型的S2P共轭脂质纳米颗粒，用于封装小干扰RNA以抑制Epsins，并揭示了Epsins通过结合CD36促进脂质摄取和通过溶酶体促进ABCG1降解的机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	研究Epsins在巨噬细胞介导的代谢调节中的作用，并开发针对Epsins的纳米疗法以治疗动脉粥样硬化	巨噬细胞和动脉粥样硬化斑块	生物医学	心血管疾病	单细胞RNA测序、MEBOCOST算法、纳米颗粒技术	LysM-DKO和LysM-DKO-ABCG1fl/+小鼠模型	RNA测序数据、生物医学数据	使用LysM-DKO和LysM-DKO-ABCG1fl/+小鼠模型进行研究
213	2025-02-06	Colorectal Cancer Metastases in the Liver Establish Immunosuppressive Spatial Networking between Tumor-Associated SPP1+ Macrophages and Fibroblasts 2023-01-04, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-22-2041 PMID:36239989	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间成像技术，揭示了结直肠癌肝转移肿瘤微环境中SPP1+巨噬细胞和成纤维细胞之间的免疫抑制性空间网络	首次详细描述了结直肠癌肝转移肿瘤微环境中SPP1+巨噬细胞和成纤维细胞之间的相互作用及其在免疫抑制中的作用	研究主要关注微卫星稳定的结直肠癌肝转移，可能不适用于其他类型的结直肠癌	研究结直肠癌肝转移肿瘤微环境的细胞变化及其对肿瘤生长的影响	结直肠癌肝转移患者的肿瘤组织、正常肝组织和外周血单核细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多重空间成像、细胞去卷积	NA	RNA测序数据、空间成像数据	一系列微卫星稳定的结直肠癌肝转移样本及其配对的正常肝组织和外周血单核细胞
214	2025-02-04	Post-ischemic inactivation of HIF prolyl hydroxylases in endothelium promotes maladaptive kidney repair by inducing glycolysis 2023-Oct-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.03.560700 PMID:37873349	研究论文	本文研究了缺血性急性肾损伤（AKI）后内皮细胞中氧感应脯氨酰羟化酶（PHD）的作用及其对肾脏修复的影响	发现了内皮细胞中PHD1、PHD2和PHD3的联合失活促进不良肾脏修复的机制，并提出了通过抑制MCT4来恢复适应性肾脏修复的治疗策略	研究主要基于小鼠模型，人类肾脏样本的研究仍需进一步验证	探讨缺血性急性肾损伤后内皮细胞中PHD酶的作用及其对肾脏修复的影响	小鼠和人类肾脏内皮细胞	生物医学	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型和人类肾脏样本
215	2025-02-02	A high-throughput single-cell RNA expression profiling method identifies human pericyte markers 2023-Dec, Neuropathology and applied neurobiology IF:4.0Q1 DOI:10.1111/nan.12942 PMID:37812061	研究论文	本文介绍了一种高通量单细胞RNA表达谱分析方法，用于识别人类周细胞标记物	使用了一种名为EasySci的高通量、低成本单细胞转录组测序方法，识别了人类周细胞的特异性基因标记物，并验证了这些标记物在人类脑组织中的表达	在其他人类器官（如肾脏、肺、肝脏、肌肉）中，免疫组织化学未显示出相同的周细胞样染色模式	识别和优化一种普遍可用的组织学标记物，用于人类脑中的周细胞	人类和小鼠脑组织中的周细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序（EasySci）、免疫印迹、免疫组织化学	NA	RNA表达谱、免疫组织化学图像	人类和小鼠脑组织样本，以及其他人类器官（肾脏、肺、肝脏、肌肉）的探索性样本
216	2025-02-02	Genetic control of the dynamic transcriptional response to immune stimuli and glucocorticoids at single-cell resolution 2023-06, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.276765.122 PMID:37442575	研究论文	本文使用单细胞RNA测序技术研究了96名非裔美国儿童外周血单核细胞对糖皮质激素的转录反应动态	提出了新的统计方法来计算基因表达变异性的均值独立度量，并基于对角线性判别分析开发了基因表达反应动态的新度量	研究样本仅限于非裔美国儿童，可能限制了结果的普适性	研究糖皮质激素对免疫刺激的转录反应的动态调控机制	96名非裔美国儿童的外周血单核细胞	基因组学	免疫相关疾病	单细胞RNA测序	对角线性判别分析	单细胞RNA测序数据	96名非裔美国儿童的外周血单核细胞
217	2025-02-01	Mapping the landscape of lineage-specific dynamic regulation of gene expression using single-cell transcriptomics and application to genetics of complex disease 2023-Dec-14, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2023.10.24.23297476 PMID:37961453	研究论文	本文利用单细胞转录组数据，开发了细胞类型特异性和细胞状态调整的基因表达遗传模型，以量化基因表达的遗传调控动态，并估计其细胞类型特异性	开发了细胞类型特异性和细胞状态调整的基因表达遗传模型，能够检测与精神分裂症相关的已知和新基因，并提供了从UK Biobank中1500多种表型的基因组资源	单细胞RNA测序数据稀疏性以及个体细胞类型内复杂的细胞状态表达模式	研究基因变异如何影响人类生物学和疾病中的生物过程	中脑神经元在从诱导多能干细胞特化过程中的基因表达	基因组学	精神分裂症	单细胞RNA测序	遗传模型	单细胞转录组数据	UK Biobank中1500多种表型
218	2025-02-01	Latent human herpesvirus 6 is reactivated in CAR T cells 2023-Nov, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06704-2 PMID:37938768	研究论文	本文通过大规模病毒基因组挖掘，研究了人类潜在病毒再激活的景观，并证明了HHV-6B可以在人类CD4 T细胞培养中被再激活	发现了HHV-6 '超级表达者'这一罕见细胞群体，并证实了其在接受细胞治疗的患者体内存在	研究主要基于实验室培养的细胞和临床数据，未涉及大规模临床试验	探讨细胞治疗产品中潜在病毒再激活的机制及其对临床的影响	人类CD4 T细胞和CAR T细胞	基因组学	癌症	单细胞测序	NA	基因组数据	研究级异体CAR T细胞和接受细胞治疗的患者
219	2025-02-01	Neoadjuvant chemotherapy plus nivolumab with or without ipilimumab in operable non-small cell lung cancer: the phase 2 platform NEOSTAR trial 2023-03, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-022-02189-0 PMID:36928818	研究论文	本研究探讨了在可手术的非小细胞肺癌（NSCLC）患者中，新辅助化疗联合纳武利尤单抗（Nivo）加或不加伊匹木单抗（Ipi）的疗效	首次在NEOSTAR试验中比较了Nivo+CT和Ipi+Nivo+CT两种新辅助治疗方案的主要病理反应（MPR）率，并发现Ipi+Nivo+CT组MPR率更高	样本量较小，且未对所有患者进行肿瘤EGFR/ALK改变的全面筛查	评估新辅助化疗联合免疫检查点抑制剂在可手术NSCLC患者中的疗效和安全性	可手术的非小细胞肺癌（NSCLC）患者	肿瘤学	肺癌	单细胞测序和多平台免疫分析	NA	临床数据	44名患者（Nivo+CT组22名，Ipi+Nivo+CT组22名）
220	2025-01-30	Generation of renal tubular organoids from adult SOX9+ kidney progenitor cells 2023-Dec, Life medicine DOI:10.1093/lifemedi/lnad047 PMID:39872058	研究论文	本文研究了从成年SOX9+肾脏祖细胞生成肾小管类器官的能力	首次研究了SOX9阳性肾脏祖细胞自主生成肾脏类器官的能力，并发现其具有更强的肾小管分化潜力	SOX9肾脏祖细胞未能分化为肾小球细胞	研究SOX9阳性肾脏祖细胞的分化潜力及其在生成肾小管类器官中的应用	小鼠和人类的SOX9肾脏祖细胞	生物医学	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠和人类的SOX9肾脏祖细胞