单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5353 篇文献，本页显示第 201 - 220 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 201 | 2024-11-22 |
Single-cell transcriptomics stratifies organoid models of metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease
2023-Dec-11, The EMBO journal
DOI:10.15252/embj.2023113898
PMID:37962490
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组学分析，评估了三种不同条件下的人类肝脏类器官模型在代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD）中的表现 | 首次系统评估了人类肝脏类器官模型在MASLD中的转化潜力，并提供了单细胞参考数据以基准未来的类器官损伤模型 | NA | 评估人类肝脏类器官模型在代谢功能障碍相关脂肪性肝病中的表现，并提供单细胞参考数据 | 人类肝脏类器官模型在不同条件下的MASLD表现 | 数字病理学 | 肝病 | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 三种不同条件下的肝脏类器官模型 |
| 202 | 2024-11-22 |
Single-Cell Analysis Reveals Distinct Immune and Smooth Muscle Cell Populations that Contribute to Chronic Thromboembolic Pulmonary Hypertension
2023-05-15, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202203-0441OC
PMID:36803741
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析，揭示了慢性血栓栓塞性肺动脉高压中不同的免疫和肌细胞群体及其功能障碍 | 首次通过单细胞RNA测序技术，全面分析了慢性血栓栓塞性肺动脉高压中的多种细胞类型及其功能，并识别出潜在的治疗靶点PAR1 | 研究样本量较小，仅涉及五名患者，可能影响结果的普适性 | 识别构成慢性血栓栓塞性肺动脉高压血栓的多种细胞类型，并研究其功能障碍 | 慢性血栓栓塞性肺动脉高压中的免疫细胞和肌细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 五名患者 |
| 203 | 2024-11-22 |
Enteroendocrine Cells Protect the Stem Cell Niche by Regulating Crypt Metabolism in Response to Nutrients
2023, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2022.12.016
PMID:36608902
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研究论文 | 研究探讨了肠内分泌细胞在调节隐窝代谢和肠道干细胞功能中的作用 | 首次揭示了肠内分泌细胞在传递营养信息至干细胞微环境中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型和人类肠道类器官，可能无法完全代表所有物种的肠道生理 | 探讨肠内分泌细胞在调节隐窝代谢和肠道干细胞功能中的作用 | 肠内分泌细胞、肠道干细胞、隐窝代谢 | NA | NA | 间接量热法、1H-核磁共振代谢组学、线粒体活体成像、Seahorse生物分析仪、10x Genomics单细胞测序 | NA | 代谢数据、单细胞转录组数据 | 小鼠模型和人类肠道类器官 |
| 204 | 2024-11-21 |
Dissecting mammalian reproduction with spatial transcriptomics
2023-11-02, Human reproduction update
IF:14.8Q1
DOI:10.1093/humupd/dmad017
PMID:37353907
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综述 | 本文综述了空间转录组学技术在哺乳动物生殖系统研究中的应用，重点介绍了其在配子发生、胚胎发生和生殖病理学方面的生物学新见解 | 空间转录组学技术通过保留细胞在原生组织环境中的空间背景，揭示了细胞状态如何通过与邻近体细胞的相互作用进行调控 | 当前的空间转录组学技术在应用于生殖研究时仍面临实验和计算上的挑战 | 综述空间转录组学技术在哺乳动物生殖系统研究中的最新进展，并讨论其在未来的应用前景 | 哺乳动物生殖系统中的配子发生、胚胎发生和生殖病理学 | 空间转录组学 | 生殖系统疾病 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 205 | 2024-11-20 |
The testicular microvasculature in Klinefelter syndrome is immature with compromised integrity and characterized by excessive inflammatory cross-talk
2023-12-04, Human reproduction (Oxford, England)
DOI:10.1093/humrep/dead224
PMID:37910660
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研究论文 | 研究探讨了Klinefelter综合征（KS）患者的睾丸微血管在单细胞水平上的基因表达模式，揭示了微血管功能障碍的潜在机制 | 首次在单细胞水平上揭示了KS患者睾丸微血管相关细胞的独特基因表达模式，表明内皮细胞过度激活、血管形成紊乱和血管完整性受损 | 研究样本量不平衡，各组样本数量和细胞数量不同，且缺乏临床信息的限制，无法推断基因表达变化可能导致的生物学后果，未包含青春期前年龄组限制了研究结果的普遍性 | 探讨KS是否会导致睾丸中独特的基因表达模式，从而揭示报道的睾丸微血管功能障碍 | Klinefelter综合征（KS）、非阻塞性无精子症（NOA）、隐匿性精子症和对照组的睾丸细胞 | NA | 男性不育症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | KS组6例，NOA组5例，隐匿性精子症3例，对照组15例 |
| 206 | 2024-11-18 |
Technical Advances and Applications of Spatial Transcriptomics
2023-Oct, GEN biotechnology
IF:2.0Q3
DOI:10.1089/genbio.2023.0032
PMID:39544230
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综述 | 本文综述了空间转录组学技术的最新进展及其在生物学研究中的应用 | 本文系统地介绍了空间转录组学技术在揭示RNA分子在亚细胞、细胞和组织水平上的位置模式方面的创新应用 | 本文主要讨论了现有空间转录组学技术的局限性，包括方法上的挑战和应用中的限制 | 旨在为研究人员提供关于空间转录组学技术的全面指南 | 空间转录组学技术及其在生物学研究中的应用 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 207 | 2024-11-17 |
Retrospective pharmacogenetic study of psoriasis highlights the role of KLK7 in tumour necrosis factor signalling
2023-12-20, The British journal of dermatology
DOI:10.1093/bjd/ljad332
PMID:37672660
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研究论文 | 本研究通过回顾性药物基因组学研究，探讨了银屑病治疗中药物反应相关的潜在遗传途径 | 揭示了两个与治疗反应相关的新的遗传标记，并强调了KLK7在肿瘤坏死因子信号传导中的作用 | 研究基于回顾性数据，样本量有限，且未涵盖所有可能的治疗选项 | 利用回顾性数据进行药物基因组学研究，探索银屑病治疗中药物反应的潜在遗传途径 | 1942名银屑病患者及其治疗反应 | 药物基因组学 | 银屑病 | 线性回归分析 | NA | 基因型数据 | 1942名银屑病患者 |
| 208 | 2024-11-17 |
Ezh2-dependent methylation in oral epithelia promotes secondary palatogenesis
2023-11-15, Birth defects research
IF:1.6Q4
DOI:10.1002/bdr2.2216
PMID:37435868
|
研究论文 | 研究Ezh2依赖的甲基化在口腔上皮中对次级腭发育的影响 | 首次揭示了Ezh2在口腔上皮中的甲基化对次级腭发育的作用 | 研究仅限于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类 | 探讨Ezh2依赖的甲基化在次级腭发育中的上皮作用 | 小鼠胚胎的口腔上皮 | NA | NA | 单细胞RNA测序、免疫荧光、RT-qPCR | NA | RNA | 小鼠胚胎的口腔上皮样本 |
| 209 | 2024-11-17 |
ScRNAPip: A systematic and dynamic pipeline for single-cell RNA sequencing analysis
2023-Nov, iMeta
IF:23.7Q1
DOI:10.1002/imt2.132
PMID:38868218
|
研究论文 | 本文开发了一个可重复的计算工作流程，用于单细胞RNA测序数据分析 | 提出了一个系统化和动态的单细胞RNA测序分析管道ScRNAPip | NA | 为研究人员提供一个全面的教程，帮助他们构建和优化自己的分析管道 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用公开数据集进行演示 |
| 210 | 2024-11-17 |
Recording morphogen signals reveals origins of gastruloid symmetry breaking
2023-Jun-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.02.543474
PMID:37333235
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研究论文 | 研究使用合成基因电路追踪早期细胞内信号如何预测干细胞类胚体中细胞的未来前后位置 | 首次揭示了Wnt信号从均匀状态演变为极化状态的关键6小时时间窗口，并发现早期TGF信号的异质性预测了前后位置并调节Wnt信号 | NA | 探究干细胞类胚体如何打破对称性以可重复地定义单一前后轴 | 干细胞类胚体中的前后轴形成机制 | 发育生物学 | NA | 合成基因电路、单细胞RNA测序、活体成像 | NA | 信号数据、细胞位置数据 | NA |
| 211 | 2024-11-17 |
CIMLA: Interpretable AI for inference of differential causal networks
2023-Apr-25, ArXiv
PMID:37163135
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为CIMLA的新工具，用于发现条件依赖的因果关系变化，并展示了其在基因调控网络中的应用 | CIMLA工具在发现条件依赖的因果关系变化方面比现有方法更稳健和准确 | NA | 发现高维数据中的因果关系 | 基因调控网络在不同生物条件下的差异 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | 特征归因模型 | 高维数据 | NA |
| 212 | 2024-11-15 |
ISG15 and ISGylation modulates cancer stem cell-like characteristics in promoting tumor growth of anaplastic thyroid carcinoma
2023-Jul-27, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-023-02751-9
PMID:37501099
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研究论文 | 研究揭示了ISG15和ISGylation在调节甲状腺未分化癌（ATC）干细胞样特性中的新作用 | 首次揭示了ISG15在调节ATC干细胞样特性中的作用及其机制 | NA | 探讨ISG15和ISGylation在ATC干细胞样特性中的作用及其机制 | 甲状腺未分化癌（ATC）的干细胞样特性 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫荧光、免疫沉淀、质谱分析 | NA | 基因表达数据、蛋白质表达数据 | NA |
| 213 | 2024-11-14 |
Inference after latent variable estimation for single-cell RNA sequencing data
2023-12-15, Biostatistics (Oxford, England)
DOI:10.1093/biostatistics/kxac047
PMID:36511385
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研究论文 | 本文介绍了一种名为count splitting的灵活框架，用于在单细胞RNA测序数据分析中进行有效的推断 | 提出了count splitting方法，解决了在单细胞RNA测序数据分析中使用相同数据进行潜在变量估计和基因关联测试时无法控制第一类错误的问题 | 仅在泊松假设下有效 | 开发一种新的方法，以在单细胞RNA测序数据分析中实现有效的统计推断 | 单细胞RNA测序数据中的潜在变量估计和基因关联测试 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及多能干细胞分化为心肌细胞的数据集 |
| 214 | 2024-11-13 |
Single-cell reconstruction and mutation enrichment analysis identifies dysregulated cardiomyocyte and endothelial cells in congenital heart disease
2023-Dec-01, Physiological genomics
IF:2.5Q2
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组重构和突变富集分析，识别出先天性心脏病中失调的心肌细胞和内皮细胞 | 首次综合分析了基因组学和先天性心脏病的单细胞转录组学，识别出最常突变的先天性心脏病基因，并展示了先天性心脏病基因的异质性 | NA | 鉴定先天性心脏病的潜在风险基因 | 先天性心脏病病例中的心肌细胞和内皮细胞 | 基因组学 | 先天性心脏病 | 单细胞转录组分析 | NA | 基因变异数据 | 3166例先天性心脏病病例 |
| 215 | 2024-11-12 |
Myeloid Cell Derived IL1β Contributes to Pulmonary Hypertension in HFpEF
2023-11-10, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.123.323119
PMID:37929582
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研究论文 | 研究探讨了骨髓细胞衍生的IL-1β在心力衰竭伴保留射血分数（HFpEF）中的肺动脉高压（PH）中的作用 | 提出了一个新的HFpEF相关PH和右心重塑的研究模型，并识别出骨髓细胞衍生的IL-1β是HFpEF中PH的重要贡献者 | NA | 确定HFpEF小鼠模型是否也表现出PH特征，并识别可能驱动HFpEF早期肺血管重塑的通路 | C57BL/6J小鼠和db/db小鼠模型，以及PH-HFpEF患者的肺组织 | NA | 心血管疾病 | RNA测序、免疫染色、ELISA | NA | RNA | C57BL/6J小鼠（8周龄，雄性和雌性）和db/db小鼠，以及PH-HFpEF患者的肺组织和血浆 |
| 216 | 2024-11-12 |
Genome-wide mapping of cancer dependency genes and genetic modifiers of chemotherapy in high-risk hepatoblastoma
2023-07-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-39717-6
PMID:37414763
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研究论文 | 研究报告了一种改进的MYC驱动的肝母细胞瘤样小鼠模型，并利用CRISPR-Cas9筛选技术识别了癌症依赖基因和化疗的遗传修饰因子 | 开发了一种新的肝母细胞瘤小鼠模型，并通过单细胞RNA测序和空间转录组学识别了不同的肝母细胞瘤细胞亚群，发现了与人类肝母细胞瘤共享的可药物靶点 | 研究主要基于小鼠模型，需要进一步验证在人类患者中的有效性 | 研究肝母细胞瘤的发病机制，并开发新的治疗策略 | 肝母细胞瘤及其治疗中的化疗反应 | 数字病理学 | 肝母细胞瘤 | CRISPR-Cas9筛选 | NA | RNA测序数据 | 小鼠模型中的细胞系 |
| 217 | 2024-11-09 |
Characterization of cell-type specific circular RNAs associated with colorectal cancer metastasis
2023-Jun, NAR cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1093/narcan/zcad021
PMID:37213253
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研究论文 | 研究了与结直肠癌转移相关的细胞类型特异性环状RNA | 首次系统地研究了结直肠癌转移过程中细胞类型特异性环状RNA的表达和功能 | 研究样本量有限，且仅限于结直肠癌患者 | 探讨环状RNA在结直肠癌转移中的作用及其细胞类型特异性 | 结直肠癌患者的正常、原发和转移样本以及结直肠癌细胞系 | 数字病理学 | 结直肠癌 | RNA测序 | 非负最小二乘统计模型 | RNA | 30个匹配的正常、原发和转移样本，14名结直肠癌转移患者，5个结直肠癌细胞系 |
| 218 | 2024-11-09 |
A human model of asthma exacerbation reveals transcriptional programs and cell circuits specific to allergic asthma
2023-05-12, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.abq6352
PMID:37146132
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研究论文 | 研究使用单细胞RNA测序比较过敏性哮喘患者和过敏性非哮喘对照组的下呼吸道黏膜，揭示了过敏性哮喘特有的转录程序和细胞回路 | 首次在人类模型中揭示了过敏性哮喘加重的特异性转录程序和细胞回路，特别是涉及T2细胞、DC2和MCs的相互作用 | 研究仅限于过敏性哮喘患者和对照组，未涵盖其他类型的哮喘 | 探究过敏性哮喘加重的分子机制和细胞回路 | 过敏性哮喘患者和过敏性非哮喘对照组的下呼吸道黏膜 | 数字病理学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 过敏性哮喘患者和过敏性非哮喘对照组 |
| 219 | 2024-11-08 |
Wound-healing plasticity enables clonal expansion of founder progenitor cells in colitis
2023-11-06, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2023.08.011
PMID:37652012
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研究论文 | 研究揭示了急性小鼠结肠炎中，伤口愈合过程中的克隆扩展机制 | 首次通过三维成像、定量命运图谱和单细胞转录组学揭示了伤口愈合过程中上皮细胞的非增殖可塑状态及其对克隆扩展的影响 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 探讨慢性结肠损伤和炎症中克隆扩展的机制 | 急性小鼠结肠炎中的上皮细胞和创始前体细胞 | NA | NA | 三维成像、定量命运图谱、单细胞转录组学 | NA | 图像、转录组数据 | 小鼠模型 |
| 220 | 2024-11-08 |
Reconstructing human brown fat developmental trajectory in vitro
2023-11-06, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2023.08.001
PMID:37647896
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序技术，分析了小鼠肩胛间棕色脂肪的发育过程，并成功在体外重现了人类棕色脂肪细胞的分化轨迹 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了棕色脂肪细胞分化过程中GATA6转录因子的表达，并成功在体外重现了人类棕色脂肪细胞的分化 | 研究主要集中在小鼠模型上，人类棕色脂肪细胞的分化过程可能存在差异 | 揭示棕色脂肪细胞的发育轨迹，并探索在体外重现人类棕色脂肪细胞分化的方法 | 小鼠肩胛间棕色脂肪和人类多能干细胞 | 细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠肩胛间棕色脂肪和人类多能干细胞的单细胞样本 |