单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5351 篇文献，本页显示第 2141 - 2160 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2141 | 2024-08-07 |
The Notch1 signaling pathway directly modulates the human RANKL-induced osteoclastogenesis
2023-12-01, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-48615-2
PMID:38040752
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研究论文 | 本文研究了Notch1信号通路在人类RANKL诱导的破骨细胞生成中的直接调节作用 | 首次报道了Notch1信号通路在人类破骨细胞生成中的作用，并揭示了Notch1与IL-7R信号通路的相互作用 | NA | 探讨Notch1信号通路在人类破骨细胞生成中的作用及其机制 | 人类单核CD14细胞和破骨细胞前体 | 细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和抗体序列（AbSeq）分析 | NA | 细胞表面标记物数据 | 从外周血单核细胞（PBMCs）中直接分离的人类单核CD14细胞 |
| 2142 | 2024-08-07 |
Temporal genomic analysis of melanoma rejection identifies regulators of tumor immune evasion
2023-Nov-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.29.569032
PMID:38077050
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研究论文 | 研究探讨了低肿瘤内异质性（ITH）的鼠类肿瘤免疫逃逸机制，通过单细胞RNA测序和免疫表型分析比较了被拒绝和未被拒绝移植的单细胞克隆的时间生长情况。 | 通过比较分析拒绝相关基因表达程序和CRISPR敲除筛选候选介质，确定了巨噬细胞迁移抑制因子（MIF）作为免疫排斥的调节因子。 | 研究主要集中在鼠类肿瘤模型，需要在更多种类的肿瘤和更广泛的患者数据中验证结果。 | 研究肿瘤免疫逃逸的机制及其与肿瘤内异质性的关系。 | 低肿瘤内异质性的鼠类肿瘤及其免疫逃逸机制。 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | CRISPR | 基因表达数据 | 涉及被拒绝和未被拒绝移植的单细胞克隆 |
| 2143 | 2024-08-07 |
Molecular basis of retinal remodeling in a zebrafish model of retinitis pigmentosa
2023-Nov-18, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-023-05021-1
PMID:37979052
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研究论文 | 本文通过分析成年斑马鱼视网膜的单细胞转录组数据，研究了视网膜色素变性（RP）模型中视网膜重塑的分子基础 | 提供了斑马鱼视网膜细胞类型转录组的基准图谱，并深入探讨了P23H模型中每种视网膜细胞类型的影响 | NA | 理解视网膜重塑的分子基础 | 斑马鱼视网膜的结构和功能重塑 | 数字病理学 | 视网膜色素变性 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 包括野生型AB株（WT）和P23H突变视紫红质转基因RP模型的成年斑马鱼视网膜，数据来自雌性和雄性鱼类 |
| 2144 | 2024-08-07 |
Machine Learning-Based Integration Develops a Macrophage-Related Index for Predicting Prognosis and Immunotherapy Response in Lung Adenocarcinoma
2023-11, Archives of medical research
IF:4.7Q1
DOI:10.1016/j.arcmed.2023.102897
PMID:37865004
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研究论文 | 本研究利用机器学习方法整合多个数据集，构建了一个与巨噬细胞相关的指数（MRI），用于预测肺腺癌的预后和免疫治疗反应 | 首次使用10种机器学习算法构建了肺腺癌的共识MRI，该指数有助于风险分层、预后评估和治疗方案选择 | NA | 开发一个基于机器学习的巨噬细胞相关指数，用于预测肺腺癌的预后和免疫治疗反应 | 肺腺癌中的巨噬细胞相关标志物及其在免疫微环境中的作用 | 机器学习 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序 | Lasso算法和plsRCox | RNA序列数据 | 使用了来自TCGA、GSE30219、GSE31210和GSE72094数据集的样本 |
| 2145 | 2024-08-07 |
Gene regulatory network reconfiguration in direct lineage reprogramming
2023-01-10, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2022.11.010
PMID:36584685
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研究论文 | 本文结合CellOracle分析与纤维母细胞向诱导内胚层祖细胞（iEP）转化的谱系追踪，揭示了成功与失败命运转化背后的不同网络配置。 | 通过CellOracle模拟TF扰动，识别出新的因子以促进细胞成功转化其身份，并揭示了AP-1亚基Fos与Hippo信号效应子Yap1的中心作用。 | NA | 研究直接谱系转化中基因调控网络（GRN）的重配置。 | 纤维母细胞向诱导内胚层祖细胞（iEP）的转化过程。 | 计算生物学 | NA | 单细胞转录组和表观基因组数据分析 | CellOracle | 转录组和表观基因组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 2146 | 2024-08-07 |
Integrative Analyses of scRNA-seq, Bulk mRNA-seq, and DNA Methylation Profiling in Depressed Suicide Brain Tissues
2023-Dec-18, The international journal of neuropsychopharmacology
DOI:10.1093/ijnp/pyad057
PMID:37774423
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研究论文 | 本研究综合分析了单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量mRNA测序（bulk mRNA-seq）和DNA甲基化谱在抑郁症自杀脑组织中的应用 | 本研究通过跨组学分析，计算了不同甲基化CpG位点的甲基化和转录水平之间的相关性，并进行了去卷积分析 | NA | 探讨自杀行为的潜在病因和生物学机制 | 抑郁症自杀患者的脑组织和氟西汀治疗的大鼠脑组织 | 数字病理学 | 抑郁症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量mRNA测序（bulk mRNA-seq）、DNA甲基化微阵列 | NA | 基因表达数据、甲基化数据 | 包括抑郁症自杀患者的皮质组织和氟西汀治疗的大鼠脑组织 |
| 2147 | 2024-08-05 |
Probabilistic cell/domain-type assignment of spatial transcriptomics data with SpatialAnno
2023-Dec-11, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkad1023
PMID:37941153
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研究论文 | 本文介绍了一种新的空间转录组数据注释方法SpatialAnno | SpatialAnno创新性地使用了大量非标记基因和关于标记基因的'定性'信息，同时不依赖参考数据集 | 缺乏对某些空间信息的利用，可能影响某些特定类型细胞的注释准确性 | 研究空间转录组数据的细胞/区域类型分类 | 模拟数据和来自10x Visium、ST、Slide-seqV1/2及seqFISH平台的四个真实空间转录组数据集 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）与空间转录组学（SRT） | 因子模型和Potts模型 | 数据集 | 四个真实数据集和模拟数据 |
| 2148 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptomic analysis reveals rich pituitary-Immune interactions under systemic inflammation
2023-Dec, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3002403
PMID:38109308
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了小鼠垂体在系统性炎症下的转录组特征，揭示了垂体与免疫系统的丰富相互作用 | 首次揭示了系统性炎症如何调控垂体激素产生细胞的转录组特征，并发现了非经典的生物活性分子Nptx2的产生和释放 | NA | 探究系统性炎症对垂体激素产生细胞转录组的影响及其与免疫系统的相互作用 | 小鼠垂体激素产生细胞在系统性炎症下的转录组特征 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 小鼠垂体样本 |
| 2149 | 2024-08-07 |
Single-cell analysis reveals diversity of tumor-associated macrophages and their interactions with T lymphocytes in glioblastoma
2023-11-27, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-48116-2
PMID:38012322
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据分析了胶质母细胞瘤中肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）与T淋巴细胞的多样性和相互作用 | 本研究超越了传统的M1/M2巨噬细胞极化模型，探索了TAMs在胶质母细胞瘤中的连续状态及其与T细胞的相互作用 | NA | 旨在解析胶质母细胞瘤微环境中7种TAM亚型与T细胞的细胞间相互作用 | 胶质母细胞瘤中的肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）与T淋巴细胞 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 成年IDH野生型胶质母细胞瘤样本 |
| 2150 | 2024-08-05 |
Human Plaque Myofibroblasts to Study Mechanisms of Atherosclerosis
2023-11-07, Journal of the American Heart Association
IF:5.0Q1
DOI:10.1161/JAHA.123.030243
PMID:37889192
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研究论文 | 本研究提出了一种分离和培养斑块肌成纤维细胞的方法，以研究动脉粥样硬化的机制 | 创新性地展示了从斑块中分离和培养肌成纤维细胞的方法，这些细胞保持了增殖能力和特征表达 | 本研究样本主要来源于颈动脉和股动脉，可能限制了研究结果的广泛适用性 | 旨在提供一种合适的体外模型以研究动脉粥样硬化的特定机制 | 研究对象为来自27名供体的斑块肌成纤维细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组测序，染色质免疫沉淀测序 | NA | 细胞 | 27个供体的斑块细胞（24个颈动脉和3个股动脉） |
| 2151 | 2024-08-05 |
Spatial transcriptomics in neuroscience
2023-10, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-023-01093-y
PMID:37779145
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综述 | 本文总结了空间转录组学工具及其在神经科学中的应用 | 提供了新的工具和方法来解析大脑细胞类型的空间组织及其连接性 | 未提及具体的实验数据或案例研究 | 探讨如何将单细胞RNA测序与空间信息结合以理解大脑功能 | 各种细胞类型及其在大脑中的功能 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | NA | NA |
| 2152 | 2024-08-07 |
SELENOP modifies sporadic colorectal carcinogenesis and WNT signaling activity through LRP5/6 interactions
2023-07-03, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI165988
PMID:37166989
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研究论文 | 本研究探讨了硒蛋白P（SELENOP）在散发性结直肠癌（CRC）中的作用及其对WNT信号通路的影响 | 首次揭示了SELENOP通过与WNT核心受体LRP5/6的相互作用调节WNT信号通路，从而影响散发性结直肠癌的发展 | 研究主要基于小鼠模型和细胞系，需要进一步的人体临床研究验证 | 阐明SELENOP在散发性结直肠癌中的作用及其机制 | SELENOP在散发性结直肠癌中的表达及其对WNT信号通路的影响 | NA | 结直肠癌 | 单细胞cRNA-Seq（scRNA-Seq） | NA | 细胞数据 | 涉及人类单细胞数据集和小鼠腺瘤模型 |
| 2153 | 2024-08-07 |
Clonally expanded PD-1-expressing T cells are enriched in synovial fluid of juvenile idiopathic arthritis patients
2023-07, European journal of immunology
IF:4.5Q2
DOI:10.1002/eji.202250162
PMID:37086046
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术，分析了幼年特发性关节炎患者关节液中T细胞的特征，特别是PD-1表达的T细胞的克隆扩增和炎症能力。 | 首次在单细胞水平上揭示了PD-1表达的T细胞在幼年特发性关节炎慢性炎症中的作用，并提出了针对PD-1的新治疗策略。 | NA | 探讨PD-1表达的T细胞在幼年特发性关节炎慢性炎症中的作用，并评估针对PD-1的治疗策略的有效性。 | 幼年特发性关节炎患者的关节液中的T细胞。 | 免疫学 | 幼年特发性关节炎 | 单细胞RNA测序，流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据，蛋白质数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 2154 | 2024-08-05 |
Unique DUOX2+ACE2+ small cholangiocytes are pathogenic targets for primary biliary cholangitis
2023-02-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-34606-w
PMID:36759512
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研究论文 | 研究表明DUOX2+ACE2+小胆管细胞是原发性胆汁性胆管炎的致病靶点 | 首次识别出DUOX2ACE2小胆管细胞在原发性胆汁性胆管炎中的重要角色 | 尚未完全明确原发性胆汁性胆管炎的病因 | 探索胆管细胞在原发性胆汁性胆管炎中的作用 | 人类和小鼠肝脏中的DUOX2ACE2小胆管细胞 | 数字病理学 | 胆汁性疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、荧光激活细胞分选、免疫荧光、多重RNA原位杂交分析 | NA | RNA测序数据，蛋白质组学数据 | PBC患者与健康对照样本（具体数量未提供） |
| 2155 | 2024-08-05 |
scInterpreter: a knowledge-regularized generative model for interpretably integrating scRNA-seq data
2023-Dec-16, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-023-05579-4
PMID:38104057
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研究论文 | 本研究提出了一种基于深度学习的可解释模型scInterpreter，用于整合和注释scRNA-seq数据。 | scInterpreter显著优于其他最新模型，并通过知识先验加速训练过程，同时提供可解释的细胞表示。 | 未提及具体的局限性 | 研究旨在提供一个有效且可解释的单细胞转录组数据整合工具。 | 本研究的对象为单细胞RNA-seq数据。 | 数字病理学 | NA | 深度学习 | NA | 单细胞RNA-seq数据 | 多个基准数据集 |
| 2156 | 2024-08-07 |
Bioinformatics identification of a T-cell-related signature for predicting prognosis and drug sensitivity in hepatocellular carcinoma
2023-Dec, IET systems biology
IF:1.9Q3
DOI:10.1049/syb2.12082
PMID:37935646
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研究论文 | 本研究通过生物信息学方法识别出与T细胞相关的预后和药物敏感性标志物，用于肝细胞癌的预测 | 开发了一种综合使用10种机器学习算法的T细胞相关预后标志物（TRPS），并验证了其在肝细胞癌中的独立风险因素作用 | NA | 开发和验证一种新的生物标志物，用于预测肝细胞癌患者的预后和药物敏感性 | 肝细胞癌患者及其T细胞相关的预后和药物敏感性 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | 机器学习算法 | RNA序列数据 | 使用Cancer Genome Atlas队列中的7个T细胞相关标记物进行验证 |
| 2157 | 2024-08-05 |
Leveraging diverse cell-death patterns to predict the prognosis, immunotherapy and drug sensitivity of clear cell renal cell carcinoma
2023-11-20, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-46577-z
PMID:37985807
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研究论文 | 本文提出了一种新的程序性细胞死亡相关特征（PRS）用于评估透明细胞肾癌的预后和药物敏感性 | 研究推出了一种结合多种细胞死亡模式的PCD模型，用于准确预测临床结果和免疫特征 | NA | 探讨透明细胞肾癌的预后、免疫疗法和药物敏感性 | 透明细胞肾癌患者和相关样本 | 数字病理学 | 肾癌 | qRT-PCR, 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 分析了来自E-MTAB-1980数据集和其他公共数据库的多个样本 |
| 2158 | 2024-08-05 |
CD201+ fascia progenitors choreograph injury repair
2023-Nov, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06725-x
PMID:37968392
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研究论文 | 本文识别了标记为CD201的多能成纤维细胞前体，调控损伤修复。 | 发现CD201前体在伤口愈合中的多种特化细胞类型生成及其调控机制。 | 研究主要基于小鼠模型，临床应用尚需进一步验证。 | 探索损伤修复过程中成纤维细胞的不同分化状态及其调控机制。 | 标记为CD201的成纤维细胞前体及其在损伤修复中的作用。 | 数字病理 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 细胞数据 | 小鼠模型 |
| 2159 | 2024-08-07 |
The miR-221/222 cluster regulates hematopoietic stem cell quiescence and multipotency by suppressing both Fos/AP-1/IEG pathway activation and stress-like differentiation to granulocytes
2023-Nov, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3002015
PMID:37983263
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研究论文 | 本文研究了miR-221/222簇通过抑制Fos/AP-1/IEG通路激活和应激样粒细胞分化来调节造血干细胞（HSC）静止和多能性的机制。 | 首次揭示了miR-221/222簇在应激条件下对HSC和多能前体细胞（MPP）的调控作用，及其对粒细胞分化的影响。 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类HSC中进行直接验证。 | 探讨miR-221/222簇在造血干细胞静止和多能性维持中的作用及其分子机制。 | 造血干细胞（HSC）和多能前体细胞（MPP）。 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 使用了C57BL/6J小鼠模型，具体样本数量未详细说明。 |
| 2160 | 2024-08-05 |
Characterizing the Macrophage Population in Patients With Idiopathic Subglottic Stenosis
2023-09, The Laryngoscope
DOI:10.1002/lary.30524
PMID:36524603
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研究论文 | 本研究旨在描述特发性声门下狭窄患者的巨噬细胞群体特征。 | 首次对特发性声门下狭窄中巨噬细胞的转录组进行表征，揭示S100A8/9作为关键生物标志物的作用。 | 在体内S100A8/9+巨噬细胞的作用仍需进一步研究。 | 研究特发性声门下狭窄中巨噬细胞的免疫特征及其相关生物标志物的纤维生成特性。 | 分析来自特发性声门下狭窄患者的气管活检样本以及非瘢痕组织。 | 数字病理学 | 特发性声门下狭窄 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 样本中细胞转录组数据 | 8个样本（4个特发性声门下狭窄瘢痕及4个匹配的非瘢痕区域） |