单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5350 篇文献，本页显示第 2041 - 2060 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2041 | 2024-08-07 |
Bicuspid Aortic Valve-Associated Regulatory Regions Reveal GATA4 Regulation and Function During Human-Induced Pluripotent Stem Cell-Based Endothelial-Mesenchymal Transition-Brief Report
2023-02, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.122.318566
PMID:36519469
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简报 | 本研究通过CRISPR/Cas9编辑技术删除与二叶主动脉瓣（BAV）相关的大片段基因组，分析其在人诱导多能干细胞（hiPSC）介导的血管内皮-间充质转化（EndoMT）中的生物学效应 | 首次揭示了BAV相关远端区域在hiPSC介导的EndoMT中调控GATA4表达的作用，并发现了TWIST1作为GATA4表达的潜在调节因子 | NA | 确定大片非编码区域在hiPSC介导的EndoMT中的生物学效应 | 人诱导多能干细胞（hiPSC）及其在EndoMT过程中的基因表达调控 | NA | 心脏瓣膜病 | CRISPR/Cas9编辑技术，单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据，单细胞RNA序列数据 | 多个双等位基因克隆，BAV患者来源的hiPSCs | NA | NA | NA | NA |
| 2042 | 2024-08-07 |
Gene regulatory divergence amongst echinoderms underlies appearance of pigment cells in sea urchin development
2023-02, Developmental biology
IF:2.5Q2
DOI:10.1016/j.ydbio.2022.11.008
PMID:36519720
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研究论文 | 本研究探讨了海星中色素细胞缺失的原因，通过比较海胆和海星的基因表达，揭示了色素细胞发育的基因调控差异 | 首次揭示了海星中色素细胞缺失的基因调控机制，通过比较海胆和海星的基因表达，发现海星中PmGcm在色素基因表达中的作用缺失 | 研究仅限于海胆和海星两种生物，可能无法完全代表所有棘皮动物的色素细胞发育情况 | 探究海星中色素细胞缺失的原因及其基因调控机制 | 海胆和海星的色素细胞及其相关基因表达 | NA | NA | 原位RNA杂交和比较单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及海胆和海星的多个基因和细胞类型 | NA | NA | NA | NA |
| 2043 | 2024-08-07 |
Tbx2 and Tbx3 regulate cell fate progression of the otic vesicle for inner ear development
2023-Feb, Developmental biology
IF:2.5Q2
DOI:10.1016/j.ydbio.2022.12.003
PMID:36521641
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研究论文 | 本文研究了Tbx2和Tbx3基因在耳泡细胞命运进展中的作用，通过单细胞RNA测序分析了Tbx2/3cKO胚胎与对照组之间的差异。 | 首次揭示了Tbx2和Tbx3在耳泡发育中促进多能耳前体细胞向更分化细胞类型进展的作用。 | NA | 探讨Tbx2和Tbx3基因在耳泡形态发生中的作用及其对细胞命运的影响。 | 耳泡细胞及其在Tbx2/3cKO胚胎中的变化。 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 对照组与Tbx2/3cKO胚胎的耳泡细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 2044 | 2024-08-07 |
Exploring the Functional Heterogeneity of Directly Reprogrammed Neural Stem Cell-Derived Neurons via Single-Cell RNA Sequencing
2023-12-11, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells12242818
PMID:38132138
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术探索了直接重编程神经干细胞衍生神经元的功能异质性 | 本文首次通过单细胞RNA测序分析了直接重编程神经干细胞及其衍生神经元的功能异质性，并揭示了细胞命运调控因子 | 本文未详细讨论直接重编程神经干细胞在临床应用中的具体挑战和解决方案 | 研究直接重编程神经干细胞衍生神经元的功能异质性，以提高其在神经退行性疾病治疗中的应用质量 | 直接重编程神经干细胞及其衍生神经元 | 数字病理学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及人纤维母细胞、直接重编程神经干细胞及其衍生神经元的单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 2045 | 2024-08-05 |
Spatial Transcriptomics Reveals Signatures of Histopathological Changes in Muscular Sarcoidosis
2023-11-30, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells12232747
PMID:38067175
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学揭示了肌肉肉芽肿病的组织病理学变化特征 | 首次探索了肉芽肿与骨骼肌之间的相互作用，提供了有关免疫细胞对肌肉影响的新见解 | 研究对象仅包括两名患者，样本量较小，结果的普适性有待验证 | 揭示肉芽肿免疫细胞对骨骼肌的影响及其病理机制 | 研究对象为两名肌肉肉芽肿病患者 | 数字病理学 | 肌肉肉芽肿病 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 2名肌肉肉芽肿病患者 | NA | NA | NA | NA |
| 2046 | 2024-08-05 |
Sex and Age Impact CD4+ T Cell Susceptibility to HIV In Vitro through Cell Activation Dynamics
2023-11-23, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells12232689
PMID:38067117
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研究论文 | 本研究探讨了性别和年龄如何通过细胞激活动态影响CD4+ T细胞对HIV的易感性 | 首次在体外验证了性别和年龄对CD4+ T细胞对HIV易感性的影响，并进行了深入的表面标记物表达评估 | 研究中未观察到根据性别区分的细胞亚型富集 | 研究细胞级别的因素如何影响HIV复制，特别是与性别和年龄相关的因素 | 从二十名供体提取的初级CD4+ T细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 20名供体的CD4+ T细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 2047 | 2024-08-05 |
Macrophage and neutrophil heterogeneity at single-cell spatial resolution in human inflammatory bowel disease
2023-07-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-40156-6
PMID:37495570
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研究论文 | 该文章研究了在人类炎症性肠病中单细胞水平的巨噬细胞和中性粒细胞异质性 | 本研究首次应用单细胞RNA测序结合空间转录组技术揭示了慢性肠病中巨噬细胞和中性粒细胞的亚群及其在组织中的空间定位 | 尚未探讨异质性在治疗反应中的具体影响 | 研究人类炎症性肠病中免疫细胞的异质性 | 聚焦于人类患有溃疡性结肠炎和克罗恩病的患者的免疫细胞 | 数字病理学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | 组织样本 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2048 | 2024-08-07 |
Ribonucleotide reductase regulatory subunit M2 drives glioblastoma TMZ resistance through modulation of dNTP production
2023-05-19, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.ade7236
PMID:37196077
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研究论文 | 研究通过体内单细胞RNA测序分析，探讨了胶质母细胞瘤（GBM）在标准治疗药物替莫唑胺（TMZ）治疗期间细胞可塑性诱导的适应性变化 | 发现了核糖核苷酸还原酶调节亚基M2（RRM2）通过调节dNTP生产在TMZ治疗期间对DNA损伤反应的重要性，并提出了RRM2抑制剂3-AP增强TMZ疗效的新策略 | NA | 探究胶质母细胞瘤在替莫唑胺治疗期间细胞可塑性诱导的适应性变化 | 胶质母细胞瘤（GBM）患者来源的异种移植瘤（PDX）在治疗前、中、后的单细胞转录组 | 数字病理学 | 脑瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组和代谢组数据 | 患者来源的异种移植瘤（PDX）模型 | NA | NA | NA | NA |
| 2049 | 2024-08-07 |
A glycosylation-related gene signature predicts prognosis, immune microenvironment infiltration, and drug sensitivity in glioma
2023, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2023.1259051
PMID:38293671
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研究论文 | 本研究通过分析糖基化相关基因在胶质瘤中的表达，预测患者的预后、免疫微环境浸润及药物敏感性 | 首次利用糖基化相关基因构建预测胶质瘤预后和免疫反应的基因签名，并分析其对药物敏感性的影响 | NA | 研究糖基化相关基因在胶质瘤中的作用，预测患者的预后和免疫反应 | 胶质瘤患者的预后、免疫微环境浸润及药物敏感性 | 数字病理学 | 脑瘤 | RNA测序 | LASSO-regularized Cox模型 | RNA-seq数据 | 使用了来自TCGA、CGGA、GEO和Rembrandt数据库的临床信息、bulk RNA-seq数据和单细胞RNA测序数据，以及来自GTEx数据库的正常脑组织RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 2050 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptomic analysis of corneal organoids during development
2023-12-12, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2023.10.022
PMID:38039970
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了人诱导多能干细胞（iPSC）衍生的角膜类器官在1至4个月发育过程中的细胞异质性 | 首次详细描述了角膜类器官在成熟过程中的细胞组成和分化动态 | NA | 研究角膜类器官在不同发育阶段的细胞异质性及其与胎儿角膜发育的比较 | 人诱导多能干细胞衍生的角膜类器官 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 1至4个月大的角膜类器官样本 | NA | NA | NA | NA |
| 2051 | 2024-08-07 |
Exploring the role of LIAS-related cuproptosis in systemic lupus erythematosus
2023-Dec, Lupus
IF:1.9Q3
DOI:10.1177/09612033231211429
PMID:37903189
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研究论文 | 本研究探讨了LIAS相关铜死亡在系统性红斑狼疮中的作用机制 | 首次深入研究了铜死亡相关基因在系统性红斑狼疮中的分子机制 | 研究主要基于RNA测序数据，可能需要更多实验验证 | 探索铜死亡及其相关基因在系统性红斑狼疮中的作用机制 | 系统性红斑狼疮患者的外周血单个核细胞 | NA | 系统性红斑狼疮 | RNA测序 | NA | RNA | 系统性红斑狼疮患者和健康个体的外周血单个核细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 2052 | 2024-08-05 |
CellTICS: an explainable neural network for cell-type identification and interpretation based on single-cell RNA-seq data
2023-11-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad449
PMID:38061196
|
研究论文 | CellTICS是一个用于基于单细胞RNA-seq数据的细胞类型识别和解释的可解释神经网络 | CellTICS通过优先考虑细胞特异性表达的标记基因和生物路径层次结构，提供了一种生物学上可解释的方法，并能揭示定义细胞类型的通路 | 目前尚未提及该方法的具体局限性 | 旨在理解细胞类型的功能单位及其共享功能的生物学基础 | 研究对象是细胞类型及相关的生物路径 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 神经网络 | RNA-seq数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2053 | 2024-08-07 |
Tick extracellular vesicles impair epidermal homeostasis through immune-epithelial networks during hematophagy
2023-Nov-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.10.566612
PMID:37986907
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研究论文 | 研究通过结合单细胞RNA测序、流式细胞术、小鼠遗传学和活体显微镜等方法，探讨了蜱虫外泌体如何通过干扰组织修复相关网络来破坏表皮稳态。 | 首次揭示了蜱虫外泌体通过影响表皮γδ T细胞频率和共受体表达，进而影响角质形成细胞功能，从而干扰组织修复过程。 | 研究主要集中在小鼠模型和特定的蜱虫种类，可能不完全适用于所有蜱虫种类或人类。 | 探讨蜱虫外泌体如何影响表皮稳态和组织修复过程。 | 蜱虫外泌体、表皮稳态、组织修复过程、γδ T细胞、角质形成细胞。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNAseq）、流式细胞术、活体显微镜 | NA | RNA | 涉及三种具有医学重要性的蜱虫种类和野生型动物的皮肤表皮样本 | NA | NA | NA | NA |
| 2054 | 2024-08-07 |
Single-Cell Analysis of ADSC Interactions with Fibroblasts and Endothelial Cells in Scleroderma Skin
2023-07-05, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells12131784
PMID:37443817
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研究论文 | 本文通过模拟ADSCs与硬皮病皮肤中的成纤维细胞和内皮细胞的相互作用，旨在揭示其抗纤维化和抗炎作用的机制。 | 本文利用单细胞RNA测序数据和生物信息学工具，探索了ADSCs与成纤维细胞和内皮细胞的配体-受体相互作用，并发现了与炎症和细胞外基质相互作用相关的差异表达基因。 | 本文主要基于模拟和数据分析，尚未进行实验验证，因此其发现的机制需要进一步的实验支持。 | 揭示ADSCs在硬皮病皮肤中的抗纤维化和抗炎作用机制。 | ADSCs与硬皮病皮肤中的成纤维细胞和内皮细胞的相互作用。 | 数字病理学 | 硬皮病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 3名瘦患者和10名对照组及12名硬皮病患者 | NA | NA | NA | NA |
| 2055 | 2024-08-07 |
scViewer: An Interactive Single-Cell Gene Expression Visualization Tool
2023-05-27, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells12111489
PMID:37296611
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研究论文 | 介绍了一个名为scViewer的交互式单细胞基因表达可视化工具，该工具基于R/Shiny应用程序，旨在简化scRNA-seq数据的分析和可视化 | scViewer提供了一个用户友好的图形用户界面，支持细胞类型特异性基因表达、基因共表达分析以及考虑细胞和样本水平变化的差异表达分析 | NA | 开发一个易于探索的单细胞基因表达可视化工具，以促进scRNA-seq数据的多条件比较分析 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 使用了一个公开的阿尔茨海默病研究中的脑细胞数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 2056 | 2024-08-07 |
Impact of ferroptosis-related risk genes on macrophage M1/M2 polarization and prognosis in glioblastoma
2023, Frontiers in cellular neuroscience
IF:4.2Q2
DOI:10.3389/fncel.2023.1294029
PMID:38283752
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研究论文 | 研究铁死亡相关风险基因对胶质母细胞瘤中巨噬细胞M1/M2极化及患者预后的影响 | 首次探讨了十四种铁死亡相关风险基因在胶质母细胞瘤中的作用，并阐明了这些基因对M1/M2巨噬细胞极化和患者预后的影响 | NA | 探索铁死亡对胶质母细胞瘤中巨噬细胞极化和患者预后的影响 | 铁死亡相关风险基因、巨噬细胞M1/M2极化、患者预后 | 数字病理学 | 脑癌 | LASSO Cox回归模型、CIBERSORTx反卷积算法、qPCR、western blot | NA | 基因表达数据 | 包括来自The Cancer Genome Atlas (TCGA)、中国胶质瘤基因组图谱(CGGA)和一个单细胞RNA测序数据集(GSE84465)的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 2057 | 2024-08-07 |
Large-scale analysis of cell-cell communication reveals angiogenin-dependent tumor progression in clear cell renal cell carcinoma
2023-Dec-15, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.108367
PMID:38025776
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据，深入分析了透明细胞肾细胞癌中的细胞间通信网络，并揭示了血管生成素依赖的肿瘤进展机制 | 本研究首次识别了50个癌细胞与其他细胞间特定的通信通道，并发现了两个新的血管生成素介导的相互作用 | NA | 揭示透明细胞肾细胞癌中细胞间通信的分子机制 | 透明细胞肾细胞癌中的细胞间通信网络 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2058 | 2024-08-05 |
Hierarchical and automated cell-type annotation and inference of cancer cell of origin with Census
2023-12-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad714
PMID:38011649
|
研究论文 | 本研究开发了Census，一种自动化的细胞类型定位和癌细胞源推断方法 | Census提供了对正常细胞的深度注释并能够识别恶性细胞及其最可能的来源细胞，克服了现有方法的多项局限 | 现有的自动注释方法需要大量参考数据集，并且存在高计算时间和浅层注释解析的问题 | 旨在提高单细胞RNA测序数据的细胞类型注释效率和准确性 | 研究对象为来自哺乳动物组织的正常细胞和癌细胞 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 梯度增强决策树 | 文本 | 在44个正常和癌症的人类及小鼠组织数据集中进行了基准测试 | NA | NA | NA | NA |
| 2059 | 2024-08-05 |
A rat liver cell atlas reveals intrahepatic myeloid heterogeneity
2023-Nov-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.108213
PMID:38026201
|
研究论文 | 这项研究使用单细胞转录组学来了解大鼠肝脏的复杂细胞网络 | 该文章揭示了不同大鼠品系之间的肝脏转录组差异 | 没有提及关于样本的长期跟踪研究和功能验证的局限性 | 的本研究旨在解开大鼠肝脏中细胞和分子来源的变异 | 该研究对象为健康的暗黑阿古提和刘易斯大鼠品系 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 健康的暗黑阿古提和刘易斯大鼠品系的肝脏样本 | NA | NA | NA | NA |
| 2060 | 2024-08-05 |
DNA-GPS: A theoretical framework for optics-free spatial genomics and synthesis of current methods
2023-10-18, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2023.08.005
PMID:37751737
|
研究论文 | 本文提出了一种名为DNA-GPS的理论框架，用于无光学的空间基因组学 | 提出DNA-GPS这一新框架，结合数学制图和位置索引的思路，实现了大规模的无光学空间基因组学 | 讨论了当前空间基因组学技术在分辨率和规模上的权衡及其局限性 | 旨在为大规模无光学空间基因组学提供理论基础 | 对现有空间基因组学技术进行分类并进行分析 | 数字病理学 | NA | NA | 数学制图 | 分子特征数据 | NA | NA | NA | NA | NA |