单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2041	2024-08-07	Hnf4 activates mimetic-cell enhancers to recapitulate gut and liver development within the thymus 2023-10-02, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20230461 PMID:37399024	研究论文	研究通过Hnf4α和Hnf4γ转录因子激活模拟细胞增强子，重现胸腺中的肠道和肝脏发育	揭示了Hnf4在胸腺中的基因调控机制，并发现了Hnf4γ在肠道微褶细胞和IgA反应中的作用	NA	探讨Hnf4在胸腺中模拟细胞的基因调控机制	胸腺中的模拟细胞（mTECs）及其在肠道和肝脏发育中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
2042	2024-08-07	Paired single-cell host profiling with multiplex-tagged bacterial mutants reveals intracellular virulence-immune networks 2023-07-11, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2218812120 PMID:37399397	research paper	本文开发了一种名为scPAIR-seq的单细胞方法，用于分析感染过程中宿主细胞和细菌突变体的相互作用	scPAIR-seq方法能够同时捕获感染宿主细胞和内部细菌突变体的条形码，从而分析突变体对宿主转录组的影响	NA	研究宿主细胞与内部细菌病原体相遇后复杂的表型及其对感染结果的影响	宿主细胞和内部细菌病原体的相互作用	digital pathology	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	使用了感染了Typhimurium分泌系统效应子突变体库的巨噬细胞样本
2043	2024-08-05	Single-cell transcriptomics reveals cellular heterogeneity and macrophage-to-mesenchymal transition in bicuspid calcific aortic valve disease 2023-06-30, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-023-00390-w PMID:37391760	研究论文	该文章研究了二尖瓣钙化主动脉瓣病中的细胞异质性和巨噬细胞转化为间充质细胞的过程。	首次在单细胞水平上揭示了二尖瓣病中细胞的异质性以及巨噬细胞向间充质细胞转化的机制	样本量较小，仅涉及四个BAV标本，需要更多样本进行进一步验证	探讨二尖瓣疾病中的细胞组成及其在钙化过程中的作用	四个存在主动脉瓣狭窄的二尖瓣患者的BAV标本	数字病理学	主动脉瓣钙化疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞数据	4个BAV标本
2044	2024-08-05	Comprehensive analysis of KLF2 as a prognostic biomarker associated with fibrosis and immune infiltration in advanced hepatocellular carcinoma 2023-Jun-29, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-023-05391-0 PMID:37386390	研究论文	本文分析了KLF2在晚期肝细胞癌中的预后生物标志物的作用，特别关注其与纤维化和免疫浸润的关系	首次系统性研究了KLF2在肝细胞癌（HCC）中的调节机制及其作为预后生物标志物的潜力	研究主要依赖于现有数据库，未进行独立的临床验证	探索KLF2作为晚期HCC的潜在诊断和预后生物标志物	晚期肝细胞癌（HCC）患者的样本数据和单细胞测序结果	数字病理学	肝癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	基于公共数据库，具体样本量不详
2045	2024-08-07	Single-cell transcriptome sequencing of plant leaf expressing anti-HER2 VHH-FcK cancer therapeutic protein 2023-Dec-19, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-023-02833-5 PMID:38114492	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了表达抗HER2 VHH-Fc抗癌治疗蛋白的转基因烟草叶片的基因表达模式	首次使用单细胞RNA测序技术分析转基因植物叶片中特定细胞的基因表达模式，以优化重组抗体的生产	NA	研究如何通过优化转基因植物的基因表达来提高生物治疗蛋白的生产效率	转基因烟草叶片，表达抗HER2 VHH-Fc抗癌治疗蛋白	生物技术	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	转基因烟草叶片的特定细胞
2046	2024-08-07	Single-Cell Atlas of Neonatal Mouse Hearts Reveals an Unexpected Cardiomyocyte 2023-12-05, Journal of the American Heart Association IF:5.0Q1 DOI:10.1161/JAHA.122.028287 PMID:38014657	研究论文	本文通过设计新生小鼠心脏细胞的分离程序，提供了出生后四个不同阶段心脏细胞的单细胞分辨率详细图谱	本文发现了意外的红细胞样心肌细胞-终末期心肌细胞，并提供了心肌细胞与其他心脏细胞之间全面相互作用的初步蓝图	NA	研究心肌细胞的异质性并提供在不同生理条件和疾病中的参考	新生小鼠心脏的心肌细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞图谱	10,000个心肌细胞
2047	2024-08-05	Unveiling Hypothalamic Molecular Signatures via Retrograde Viral Tracing and Single-Cell Transcriptomics 2023-12-04, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-023-02789-6 PMID:38049462	研究论文	本研究通过逆行病毒追踪和单细胞转录组学揭示了下丘脑分子的特征	本研究创新地结合了多样化数据集进行验证，提供了更细致的下丘脑细胞类型多样性	本研究的局限性未在摘要中提及	深入理解下丘脑神经回路及其分子身份	来自CRH-IRES-Cre小鼠的1,533个下丘脑细胞	数字病理学	NA	单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	细胞转录组数据	1,533个来自CRH-IRES-Cre小鼠的细胞
2048	2024-08-05	CD133+ endothelial-like stem cells restore neovascularization and promote longevity in progeroid and naturally aged mice 2023-Nov, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-023-00512-z PMID:37946040	研究论文	这篇文章研究了CD133+内皮样干细胞如何恢复新生血管形成并促进前老化和自然衰老小鼠的寿命	首次识别出CD133骨髓源性内皮样细胞作为潜在内皮祖细胞，并阐明其在衰老小鼠中新生血管形成和寿命延长的机制	缺乏在人体研究中的验证，或对临床应用的直接影响未进行评估	探讨干细胞在衰老和组织退化中的作用，并提出基于干细胞的治疗策略	使用前老化和自然衰老的小鼠作为研究对象	数字病理学	老年病	单细胞转录组学	NA	生物样本	包含前老化和自然衰老小鼠
2049	2024-08-05	Spatiotemporal molecular dynamics of the developing human thalamus 2023-10-13, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adf9941 PMID:37824646	研究论文	本研究探讨了人类丘脑发育过程中分子动态的时空特征	首次使用单细胞和多重空间转录组技术描绘人类丘脑神经元的分子轨迹	尚未深入了解丘脑发育的分子架构	阐明人类正在发育的丘脑中细胞命运特征和组织的分子轨迹	人类发育中的丘脑神经元及其分子特征	数字病理学	NA	单细胞空间转录组	NA	转录组数据	NA
2050	2024-08-05	Identification of efferocytosis-related subtypes in gliomas and elucidating their characteristics and clinical significance 2023, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2023.1295891 PMID:38161335	研究论文	本研究识别了胶质瘤中的吞噬凋亡相关亚型，并探讨了其特征和临床意义	首次通过分析137个与吞噬凋亡相关的基因，建立了与吞噬凋亡相关的胶质瘤亚型分类，并探讨了其在免疫环境、细胞间通信和代谢过程中的特征	未提及特定实验设计或样本选择的限制	探讨胶质瘤中吞噬凋亡相关亚型的特征和临床意义	胶质瘤中的吞噬凋亡相关亚型及其相关特征	数字病理学	NA	RNA-seq	NMF算法	基因表型数据	NA
2051	2024-08-07	Single-cell RNA landscape of osteoimmune microenvironment in osteoporotic vertebral compression fracture and Kümmell's disease 2023, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2023.1276098 PMID:38161331	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了骨质疏松性椎体压缩骨折和Kümmell病在骨免疫微环境中的细胞组成和相互作用	首次在单细胞水平上揭示了骨质疏松性椎体压缩骨折和Kümmell病在骨免疫微环境中的分子途径、细胞群组成和细胞间相互作用的差异	NA	探讨骨质疏松性椎体压缩骨折和Kümmell病在骨免疫微环境中的细胞组成和相互作用	骨质疏松性椎体压缩骨折和Kümmell病	数字病理学	骨质疏松症	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	8741个单细胞
2052	2024-08-07	APOL1 Induces Pyroptosis of Fibroblasts Through NLRP3/Caspase-1/GSDMD Signaling Pathway in Ulcerative Colitis 2023, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S437875 PMID:38161356	研究论文	本研究探讨了APOL1通过NLRP3/Caspase-1/GSDMD信号通路诱导纤维母细胞焦亡在溃疡性结肠炎中的作用	首次揭示了APOL1通过NLRP3-Caspase1-GSDMD信号通路诱导纤维母细胞焦亡，并促进趋化因子CXCL1的释放，这一发现有助于理解溃疡性结肠炎的发病机制	NA	研究APOL1在溃疡性结肠炎中诱导纤维母细胞焦亡的作用及其分子机制	溃疡性结肠炎中的纤维母细胞	NA	溃疡性结肠炎	生物信息学分析、免疫组织化学、免疫荧光、Western blot	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	使用了来自Gene Expression Omnibus (GEO)数据库的GSE193677和GSE231993数据集
2053	2024-08-07	Urinary PART1 and PLA2R1 Could Potentially Serve as Diagnostic Markers for Diabetic Kidney Disease Patients 2023, Diabetes, metabolic syndrome and obesity : targets and therapy DOI:10.2147/DMSO.S445341 PMID:38162802	研究论文	本研究通过bulk-seq、scRNA-seq和snRNA-seq数据分析，识别出与糖尿病肾病相关的尿液-肾脏特异性基因，特别是PART1和PLA2R1，这些基因可能作为早期诊断糖尿病肾病的标志物	首次识别出尿液中的PART1和PLA2R1作为糖尿病肾病的潜在诊断标志物，并探讨了它们与肾脏损伤和蛋白尿的关系	研究样本量较小，且仅包括糖尿病肾病患者和健康对照组，未来研究需扩大样本量并考虑更多疾病阶段的患者	探索糖尿病肾病的非侵入性诊断方法，特别是早期诊断	糖尿病肾病患者和健康对照组的尿液样本	NA	糖尿病肾病	bulk-seq, scRNA-seq, snRNA-seq	NA	尿液样本	56个尿液样本，包括11个来自糖尿病肾病患者和11个来自健康对照组
2054	2024-08-07	Single-cell analyses EMP1 as a marker of the ratio of M1/M2 macrophages is associated with EMT, immune infiltration, and prognosis in bladder cancer 2023, Bladder (San Francisco, Calif.) DOI:10.14440/bladder.2023.852 PMID:38163006	研究论文	本研究探讨了单细胞分析中EMP1作为M1/M2巨噬细胞比例的标志物与膀胱癌的EMT、免疫浸润及预后的关联	首次研究了M1和M2巨噬细胞联合作用在膀胱癌发展、生长、进展和转移中的意义，并识别了EMP1作为关键基因	研究样本量较小，仅涉及32名患者	探究EMP1在膀胱癌中的作用及其作为预后标志物的潜力	膀胱癌中的M1/M2巨噬细胞比例及EMP1基因	数字病理学	膀胱癌	Cibersortx算法、流式细胞术、Gene Set Enrichment Analysis (GSEA)、Gene Set Variation Analysis (GSVA)、Gene Ontology (GO)、单细胞转录组分析(scRNA-seq)、Cellchat	NA	基因表达数据	32名膀胱癌患者
2055	2024-08-07	Deciphering the Divergent Gene Expression Landscapes of m6A/m5C/m1A Methylation Regulators in Hepatocellular Carcinoma Through Single-Cell and Bulk RNA Transcriptomic Analysis 2023, Journal of hepatocellular carcinoma IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JHC.S448047 PMID:38164510	研究论文	本研究通过单细胞和批量RNA转录组分析，探索了m6A/m5C/m1A甲基化调控基因在肝细胞癌中的表达差异	本研究首次在单细胞水平上探索了m6A/m5C/m1A甲基化调控基因的表达，并验证了其在癌组织和邻近非癌肝组织中的表达	本研究仅分析了m6A/m5C/m1A甲基化调控基因的表达差异，未深入探讨其具体功能和机制	探索m6A/m5C/m1A甲基化调控基因在肝细胞癌中的表达差异	m6A/m5C/m1A甲基化调控基因在肝细胞癌中的表达	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	收集了成人肝细胞癌患者的癌组织和邻近非癌肝组织样本
2056	2024-08-07	Convergent differentiation of multiciliated cells 2023-12-27, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-50077-5 PMID:38155158	研究论文	研究通过跨物种数据整合分析了人类和小鼠的鼻上皮细胞、支气管、输卵管和室下区室管膜细胞的单细胞转录组数据，探讨了多纤毛细胞（MCCs）在不同组织中的相似性和差异性	研究确认了MCCs在最终分化步骤中具有收敛的基因集表达，为理解发育过程中的纤毛生成提供了新的见解	NA	理解多纤毛细胞在多个组织中的相似性和差异性	多纤毛细胞在不同组织中的分化过程	NA	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	人类和小鼠的鼻上皮细胞、支气管、输卵管和室下区室管膜细胞
2057	2024-08-07	Host CD34+ cells are replacing donor endothelium of transplanted heart 2023-12, The Journal of heart and lung transplantation : the official publication of the International Society for Heart Transplantation DOI:10.1016/j.healun.2023.08.015 PMID:37634574	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和诱导性谱系追踪小鼠模型，探讨了心脏移植后供体内皮细胞被宿主CD34+细胞替代的机制	首次通过单细胞RNA测序和谱系追踪技术，揭示了宿主CD34+细胞在心脏移植后替代供体内皮细胞的详细过程和机制	研究主要基于小鼠模型，其结果在人类心脏移植中的适用性需要进一步验证	探讨心脏移植后内皮细胞再生的来源及其机制	心脏移植后的内皮细胞再生和宿主CD34+细胞的作用	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	小鼠模型
2058	2024-08-07	Colonic L-cell impairment in aged subjects with type 2 diabetes leads to diminished GLP-1 production 2023-Dec, Diabetes & metabolic syndrome DOI:10.1016/j.dsx.2023.102907 PMID:37980723	研究论文	研究探讨了2型糖尿病老年患者结肠L细胞功能障碍及其导致GLP-1分泌减少的机制	通过单细胞RNA测序分析揭示了L细胞功能障碍的分子机制，为改善GLP-1分泌提供了新的靶点	NA	解析2型糖尿病条件下L细胞生物学变化的机制，为基于肠道的2型糖尿病治疗策略提供研究支持	2型糖尿病老年患者的结肠L细胞及其GLP-1分泌功能	NA	2型糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括年轻和老年2型糖尿病患者以及非糖尿病患者，以及长期高脂肪高果糖饮食诱导的老年2型糖尿病Wistar大鼠模型
2059	2024-08-05	High-dimensional analysis reveals an immune atlas and novel neutrophil clusters in the lungs of model animals with Actinobacillus pleuropneumoniae-induced pneumonia 2023-Sep-13, Veterinary research IF:3.7Q1 DOI:10.1186/s13567-023-01207-4 PMID:37705063	研究论文	本研究揭示了模型动物肺部因Actinobacillus pleuropneumoniae引起的肺炎中的免疫图谱和新型中性粒细胞亚群	首次识别了具有抗原呈递细胞特征的MHC-II中性粒细胞，并发现了它们在APP感染后数量的增加	该研究主要集中在小鼠模型中，尚需在其他动物模型或人类中进行验证	研究肺部特异的免疫反应和参与细菌感染的关键免疫细胞亚群	Actinobacillus pleuropneumoniae感染的小鼠及幼猪	数字病理学	猪肺炎	高维质谱细胞术和单细胞RNA-seq	NA	细胞谱系和转录组数据	小鼠与感染APP和克雷伯氏肺炎杆菌的幼猪样本
2060	2024-08-07	Liquid biopsy-based protein biomarkers for risk prediction, early diagnosis, and prognostication of cholangiocarcinoma 2023-07, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2023.02.027 PMID:36868481	研究论文	本研究通过液态活检技术，在血清细胞外囊泡中寻找胆管癌的风险预测、早期诊断和预后蛋白标志物。	提出了基于蛋白标志物的预测、诊断和预后模型，为个性化医疗提供了新的液态活检工具。	NA	探索胆管癌的风险预测、早期诊断和预后蛋白标志物。	胆管癌患者及健康个体的血清细胞外囊泡。	数字病理学	胆管癌	质谱分析、ELISA、机器学习算法	机器学习	蛋白质	共256个样本，包括不同类型的胆管癌患者和健康个体。