单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5356 篇文献，本页显示第 181 - 200 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 181 | 2025-02-25 |
Engrailed transcription factors direct excitatory cerebellar neuron diversity and survival
2023-Dec-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.30.569445
PMID:38077070
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和空间表达分析，定义了小脑核内侧兴奋性神经元的分子亚域，并揭示了EN1/2在小脑兴奋性神经元谱系中的保守作用 | 首次定义了胚胎期小脑核内侧兴奋性神经元的分子多样性，并揭示了EN1/2在小脑兴奋性神经元分化与存活中的保守功能 | 研究主要聚焦于胚胎期，未涉及成年期的分子机制 | 研究小脑核内侧兴奋性神经元的分子多样性及其发育机制 | 小脑核内侧兴奋性神经元 | 神经科学 | NA | scRNA-seq, 空间表达分析 | NA | 基因表达数据 | 胚胎期小脑核内侧兴奋性神经元 |
| 182 | 2025-02-23 |
Steatosis drives monocyte-derived macrophage accumulation in human metabolic dysfunction-associated fatty liver disease
2023-Nov, JHEP reports : innovation in hepatology
IF:9.5Q1
DOI:10.1016/j.jhepr.2023.100877
PMID:37869071
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研究论文 | 本文研究了代谢功能障碍相关脂肪肝病（MAFLD）中脂肪变性如何驱动单核细胞来源的巨噬细胞在人类肝脏中的积累 | 揭示了人类MAFLD早期阶段巨噬细胞亚群的异质性，并发现这些变化与小鼠模型中的变化相似，建立了小鼠与人类疾病模型之间的转化联系 | 样本量较小（n=21），且单细胞RNA测序仅在3个样本中进行，可能限制了结果的普遍性 | 探讨MAFLD中肝脏巨噬细胞异质性与肝脏脂肪变性之间的关系 | 人类肝脏组织和小鼠模型 | 数字病理学 | 脂肪肝病 | 流式细胞术、免疫荧光、H&E显微镜、单细胞RNA测序、MRI | NA | 组织样本、图像、RNA测序数据 | 21名参与者的肝脏组织，其中3个样本进行了单细胞RNA测序 |
| 183 | 2025-02-23 |
Spatial and single-nucleus transcriptomic analysis of genetic and sporadic forms of Alzheimer's Disease
2023-Jul-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.24.550282
PMID:37546983
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研究论文 | 本文通过空间转录组学和单核RNA测序技术，对早期和晚期阿尔茨海默病（AD）以及唐氏综合症相关AD（AD in DS）的皮质样本进行了转录组调查，旨在揭示AD的分子机制 | 结合空间转录组学和单核RNA测序技术，首次在AD和AD in DS中揭示了空间和细胞类型特异性的转录组变化，并通过跨物种比较和病理成像直接关联基因表达变化与病理积累 | 样本来源有限，主要集中在皮质区域，可能无法全面反映AD的分子机制 | 研究阿尔茨海默病的分子机制，特别是遗传性和散发性AD之间的差异 | 早期和晚期阿尔茨海默病、唐氏综合症相关AD的皮质样本，以及5xFAD和野生型小鼠的疾病时间进程样本 | 数字病理学 | 老年病 | 空间转录组学（ST）、单核RNA测序（RNA-seq） | NA | 转录组数据、图像数据 | 早期和晚期AD、AD in DS的皮质样本，以及5xFAD和野生型小鼠的样本 |
| 184 | 2025-02-23 |
SEC-seq: association of molecular signatures with antibody secretion in thousands of single human plasma cells
2023-06-15, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-39367-8
PMID:37322036
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SEC-seq的新方法，通过将单个人类B细胞的IgG分泌量与表面标记和转录组信息关联，揭示了与高IgG分泌相关的分子特征 | 开发了SEC-seq方法，首次将单细胞分泌量与表面标记和转录组信息关联，揭示了与高IgG分泌相关的分子特征和替代性浆细胞表面标记 | NA | 研究单个人类B细胞的IgG分泌量与表面标记和转录组信息的关联 | 单个人类B细胞 | 免疫学 | NA | 流式细胞术、成像流式细胞术、单细胞测序 | NA | 单细胞数据 | 数千个单个人类浆细胞 |
| 185 | 2025-02-20 |
High-Quality Brain and Bone Marrow Nuclei Preparation for Single Nuclei Multiome Assays
2023-12-22, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/65715
PMID:38189499
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研究论文 | 本文描述了为10X Genomics多组学分析流程准备高质量脑和骨髓样本的两种协议 | 提供了针对脑和骨髓样本的标准化样本准备协议，确保生成高质量的细胞和核悬浮液，适用于下游的多组学分析 | 协议主要针对脑和骨髓样本，可能不适用于其他类型的组织 | 开发适用于10X Genomics多组学分析流程的高质量样本准备方法 | 脑和骨髓样本 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、单核RNA测序（snRNA-Seq）、单细胞ATAC测序（scATAC-Seq）、多组学分析 | NA | 单细胞数据 | NA |
| 186 | 2025-02-20 |
Integrative single-cell meta-analysis reveals disease-relevant vascular cell states and markers in human atherosclerosis
2023-11-28, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.113380
PMID:37950869
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研究论文 | 本文通过整合22个单细胞RNA测序库的数据，生成了一个包含118,578个细胞的人类动脉粥样硬化综合图谱，揭示了疾病相关的血管细胞状态和标志物 | 首次整合多个单细胞RNA测序数据集，创建了一个全面的人类动脉粥样硬化细胞图谱，并揭示了平滑肌细胞表型在冠状动脉疾病中的关键作用 | 研究依赖于已有的单细胞RNA测序数据，可能受到数据质量和样本选择的限制 | 揭示人类动脉粥样硬化的细胞状态和标志物，以促进心血管疾病的机制和转化研究 | 人类动脉粥样硬化中的血管和免疫细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞RNA测序数据 | 118,578个细胞 |
| 187 | 2025-02-20 |
Elevated levels of MMP12 sourced from macrophages are associated with poor prognosis in urothelial bladder cancer
2023-Jun-30, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-023-11100-0
PMID:37391708
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研究论文 | 本研究探讨了源自巨噬细胞的MMP12水平与尿路上皮膀胱癌不良预后的关联 | 首次将MMP12与尿路上皮膀胱癌的预后联系起来，并发现其来源于肿瘤浸润的巨噬细胞 | 在转录组微阵列数据集中未能验证MMP12血浆水平与较短总生存期的关联 | 寻找尿路上皮膀胱癌患者分层的生物标志物，以避免不必要的干预并指示必要的积极措施 | 90名新诊断且未接受治疗的膀胱癌患者的血浆和尿液样本 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 多重邻近延伸分析、单细胞RNA测序、微阵列 | 随机森林生存分析、多变量回归分析 | 血浆、尿液、单细胞RNA测序数据、微阵列数据 | 90名患者的血浆样本和40名患者的尿液样本 |
| 188 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing reveals gonadal dynamic changes during sex differentiation in hermaphroditic protogynous orange-spotted grouper ( Epinephelus coioides)
2023-03-18, Zoological research
IF:4.0Q1
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 189 | 2025-02-19 |
Gut Isolation from Zebrafish Larvae for Single-cell RNA Sequencing
2023-11-10, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/65876
PMID:38009742
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研究论文 | 本文介绍了一种从斑马鱼幼虫中分离肠道细胞的方法，用于单细胞RNA测序分析 | 提出了一种新的斑马鱼幼虫肠道细胞分离方法，适用于单细胞RNA测序 | NA | 研究斑马鱼肠道发育和功能障碍的分子机制 | 斑马鱼幼虫的肠道细胞 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | 斑马鱼幼虫的肠道细胞 |
| 190 | 2025-02-19 |
Peripheral Blood Single-Cell Sequencing Uncovers Common and Specific Immune Aberrations in Fibrotic Lung Diseases
2023-Sep-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.20.558301
PMID:37786685
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了特发性肺纤维化（IPF）和纤维化过敏性肺炎（FHP）患者外周血中常见和特定的免疫异常 | 使用前沿的单细胞分析技术，首次全面描述了IPF和FHP患者外周血中的免疫异常，并发现了疾病特异性的淋巴细胞异常 | 样本量相对较小，且仅针对外周血和支气管肺泡灌洗液样本进行分析，未涉及其他组织或更大规模的人群验证 | 识别IPF和FHP患者外周血中常见和特定的免疫异常，为诊断和治疗提供新策略 | 特发性肺纤维化（IPF）和纤维化过敏性肺炎（FHP）患者及健康对照组的外周血和支气管肺泡灌洗液样本 | 单细胞测序 | 肺纤维化疾病 | 单细胞RNA测序（10X Genomics 5'基因表达和V(D)J分析） | Seurat R管道、DoRothEA-VIPER算法、Monocle3、Velocyto、scVelo、CellRank、Connectome R包、CellRanger和Immcantation框架 | 单细胞RNA测序数据 | 83个样本中的327,990个细胞 |
| 191 | 2025-02-19 |
Integrative analysis of bulk and single-cell RNA sequencing data reveals distinct subtypes of MAFLD based on N1-methyladenosine regulator expression
2023-Jun, Liver research
IF:2.0Q3
DOI:10.1016/j.livres.2023.06.001
PMID:39958950
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研究论文 | 本文通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，揭示了基于N1-甲基腺苷调节因子表达的MAFLD不同亚型 | 首次将m1A调节基因的表达模式与MAFLD的分子亚型联系起来，并揭示了这些亚型在免疫细胞浸润和炎症特征上的差异 | 研究样本量相对较小，且未进行实验验证 | 探讨RNA N1-甲基腺苷（m1A）修饰在MAFLD发病机制和异质性中的作用 | MAFLD患者的肝组织和免疫细胞 | 生物信息学 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MAFLD） | 批量RNA测序和单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 加权基因共表达网络分析（WGCNA） | RNA测序数据 | 6个肝样本中的33,168个细胞 |
| 192 | 2025-02-19 |
Nanoparticle stereochemistry-dependent endocytic processing improves in vivo mRNA delivery
2023-04, Nature chemistry
IF:19.2Q1
DOI:10.1038/s41557-023-01138-9
PMID:36864143
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研究论文 | 本文研究了立体化学对多组分胶体（如脂质纳米颗粒）在体内mRNA递送中的影响 | 发现含有立体纯20α-羟基胆固醇的脂质纳米颗粒比含有20α-和20β-羟基胆固醇混合物的脂质纳米颗粒在肝脏细胞中递送mRNA的效率高出3倍 | 未明确提及具体局限性 | 探讨立体化学对脂质纳米颗粒在体内mRNA递送中的影响 | 脂质纳米颗粒（LNP）及其在肝脏细胞中的mRNA递送 | 生物医学工程 | NA | 单细胞RNA测序和成像 | NA | RNA测序数据和成像数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 193 | 2025-02-19 |
A novel Bayesian framework for harmonizing information across tissues and studies to increase cell type deconvolution accuracy
2023-01-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac616
PMID:36631398
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研究论文 | 本文介绍了一种新的贝叶斯框架tranSig，用于从单细胞RNA测序数据中推断细胞类型特征矩阵，以提高细胞类型去卷积的准确性 | 提出了一种新的贝叶斯框架tranSig，通过利用不同组织和研究中的共享细胞类型特异性表达模式，改进了从单细胞RNA测序数据中推断特征矩阵的方法 | 未明确提及具体局限性 | 提高细胞类型去卷积的准确性 | 单细胞RNA测序数据和批量RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序 | 贝叶斯框架（tranSig） | RNA测序数据 | 外周血、支气管肺泡灌洗液和主动脉的批量RNA测序数据 |
| 194 | 2025-02-16 |
Dynamic Intestinal Stem Cell Plasticity and Lineage Remodeling by a Nutritional Environment Relevant to Human Risk for Tumorigenesis
2023-08-01, Molecular cancer research : MCR
IF:4.1Q2
DOI:10.1158/1541-7786.MCR-22-1000
PMID:37097719
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研究论文 | 本文研究了新西方饮食1（NWD1）对小鼠肠道干细胞和谱系重编程的影响，揭示了其与人类肠道癌症风险的关联 | 通过单细胞RNA测序和功能基因组学等方法，揭示了NWD1对Lgr5hi干细胞的快速、可逆重编程及其对线粒体结构和功能的影响 | 研究主要基于小鼠模型，人类数据的直接证据有限 | 探讨营养环境对肠道干细胞和谱系重编程的影响及其与肿瘤发生的关系 | 小鼠肠道干细胞及其后代细胞 | 分子生物学 | 肠道癌症 | 单细胞RNA测序、单细胞转座酶可及染色质测序（ATAC-seq）、功能基因组学、成像技术 | NA | RNA测序数据、染色质可及性数据、成像数据 | 未明确提及具体样本数量，但涉及小鼠模型 |
| 195 | 2025-02-16 |
Intestinal stem cell aging at single-cell resolution: Transcriptional perturbations alter cell developmental trajectory reversed by gerotherapeutics
2023-05, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.13802
PMID:36864750
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，研究了小鼠肠道中Lgr5肠道干细胞（Lgr5 ISCs）随年龄增长的功能变化及其对粘膜稳态的影响，并探讨了二甲双胍和雷帕霉素对衰老影响的逆转作用 | 揭示了衰老过程中Lgr5 ISCs的转录重编程如何延缓细胞沿隐窝-腔轴成熟的进程，并首次展示了二甲双胍和雷帕霉素在逆转这些衰老效应中的互补作用 | 研究仅限于小鼠模型，未在人类中进行验证 | 探讨衰老对Lgr5 ISCs功能的影响及其对上皮再生的影响，并测试老年保护药物对这些影响的逆转效果 | 小鼠肠道中的Lgr5 ISCs及其后代细胞 | 生物医学 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 未明确提及具体样本数量，但涉及小鼠肠道细胞 |
| 196 | 2025-02-14 |
RNA Sequencing and Spatial Transcriptomics in Traumatic Spinal Cord Injury (Review)
2023, Sovremennye tekhnologii v meditsine
DOI:10.17691/stm2023.15.6.08
PMID:39944372
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综述 | 本文综述了单细胞和单核RNA测序技术以及空间转录组学在创伤性脊髓损伤中的应用，探讨了这些技术在揭示细胞类型、定位损伤区域和解析病理机制方面的潜力 | 结合单细胞/单核RNA测序与空间转录组学技术，提供了更精确的细胞定位和病理分析，为神经连接重组和感觉运动功能恢复机制的研究开辟了新视角 | 需要更多关于人类细胞群体特异性的全面信息，以确定脊髓损伤中细胞选择性易感性的原因 | 探讨单细胞和单核RNA测序技术以及空间转录组学在创伤性脊髓损伤中的应用，以揭示细胞类型、定位损伤区域和解析病理机制 | 创伤性脊髓损伤中的细胞类型及其在正常和病理反应中的作用 | 数字病理学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | RNA测序数据, 空间转录组数据 | NA |
| 197 | 2025-02-13 |
Transcriptional regulators of arterial and venous identity in the developing mammalian embryo
2023-Oct, Current opinion in physiology
IF:2.5Q2
DOI:10.1016/j.cophys.2023.100691
PMID:38328689
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综述 | 本文综述了哺乳动物胚胎发育过程中动脉和静脉身份的转录调控机制 | 强调了转录调控在内皮细胞动脉和静脉身份获取中的重要性，并探讨了不同转录因子在这一过程中的作用 | NA | 探讨内皮细胞在发育过程中如何获得动脉和静脉身份的调控机制 | 哺乳动物胚胎的内皮细胞 | 生物医学 | NA | 单细胞RNA测序、细胞谱系追踪 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 198 | 2025-02-13 |
Distinct mechanisms for sebaceous gland self-renewal and regeneration provide durability in response to injury
2023-09-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.113121
PMID:37715952
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研究论文 | 本文研究了皮脂腺在稳态和损伤后的自我更新和再生机制 | 揭示了皮脂腺在稳态下通过专用干细胞池自我更新，并在损伤后通过毛囊来源的干细胞再生，且再生过程依赖于FGFR2信号传导 | 未提及具体的研究局限性 | 探讨皮脂腺在稳态和损伤后的自我更新和再生机制 | 皮脂腺及其干细胞 | 细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 未提及具体样本数量 |
| 199 | 2025-02-13 |
Combined multidimensional single-cell protein and RNA profiling dissects the cellular and functional heterogeneity of thymic epithelial cells
2023-07-10, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-39722-9
PMID:37429879
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研究论文 | 本文通过结合多维单细胞蛋白质和RNA分析，解析了胸腺上皮细胞（TEC）的细胞和功能异质性 | 利用大规模并行流式细胞术和机器学习，将已知的TEC表型分解为新的亚群，并通过CITEseq将这些表型与细胞RNA谱定义的TEC亚型相关联 | 目前仅有极少数细胞标记物可用于TEC的表型识别 | 解析胸腺基质细胞的复杂性和TEC亚型的功能 | 胸腺上皮细胞（TEC） | 单细胞分析 | NA | 大规模并行流式细胞术、CITEseq、机器学习 | NA | 蛋白质和RNA数据 | NA |
| 200 | 2025-02-13 |
Tissue-Resident Memory T Cells in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma Coexpress PD-1 and TIGIT and Functional Inhibition Is Reversible by Dual Antibody Blockade
2023-04-03, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-22-0121
PMID:36689623
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研究论文 | 本文通过飞行时间细胞术（CyTOF）和单细胞RNA测序技术，对胰腺导管腺癌（PDAC）患者肿瘤浸润T细胞群进行了表征，发现大量CD8+组织驻留记忆T细胞（TRM）共表达PD-1和TIGIT，并证明双抗体阻断可逆转其功能抑制 | 首次详细描述了PDAC肿瘤免疫微环境中T细胞的特征，特别是TRM细胞的PD-1和TIGIT共表达现象，并验证了双抗体阻断策略的有效性 | 研究主要基于体外实验，未进行体内验证，且样本量有限 | 探究PDAC肿瘤免疫微环境中T细胞的特征及其对免疫检查点阻断的反应 | 胰腺导管腺癌（PDAC）患者的肿瘤浸润T细胞 | 肿瘤免疫学 | 胰腺癌 | 飞行时间细胞术（CyTOF）、单细胞RNA测序 | NA | 单细胞数据 | PDAC患者的肿瘤样本 |