单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-12-23	Metabolic transcriptomics dictate responses of cone photoreceptors to retinitis pigmentosa 2023-09-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.113054 PMID:37656622	研究论文	本研究通过质谱分析和单细胞RNA测序，探讨了视网膜色素变性（RP）中视锥细胞的代谢转录组响应	首次将视锥细胞的代谢转录组与视网膜色素变性中的氧化磷酸化和糖酵解过程联系起来，揭示了不同类型视锥细胞在疾病进展中的不同代谢策略	研究主要集中在视锥细胞的代谢转录组，未深入探讨其他细胞类型的响应机制	探讨视网膜色素变性中视锥细胞的代谢转录组响应及其与疾病进展的关系	视网膜色素变性中的视锥细胞	NA	视网膜色素变性	质谱分析，单细胞RNA测序	NA	代谢物，转录组	NA
2	2024-12-21	K-Nearest-Neighbors Induced Topological PCA for Single Cell RNA-Sequence Data Analysis 2023-Oct-23, ArXiv PMID:37961744	研究论文	本文提出了一种基于k近邻持久拉普拉斯技术的拓扑主成分分析方法，用于单细胞RNA测序数据分析	本文创新性地结合了持久拉普拉斯技术和L范数正则化，提出了一种新的拓扑主成分分析方法，并通过k近邻持久拉普拉斯技术提高了方法的鲁棒性	本文未提及具体的局限性	开发一种新的维度降低和特征选择方法，以解决单细胞RNA测序数据中的多尺度和多类别异质性问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	拓扑主成分分析	基因表达数据	11个不同的单细胞RNA测序基准数据集
3	2024-12-18	Single-cell RNA sequencing reveals the cellular and molecular heterogeneity of treatment-naïve primary osteosarcoma in dogs 2023-Aug-09, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3232360/v1 PMID:37609233	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术描述了未治疗的原发性犬骨肉瘤的肿瘤微环境中的细胞和分子组成	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了犬骨肉瘤的细胞和分子异质性，并发现犬和人类骨肉瘤的细胞组成具有高度保守性	研究仅限于6只未治疗的犬骨肉瘤样本，样本量较小	更好地定义骨肉瘤的肿瘤微环境复杂性，并为转化免疫肿瘤学研究提供细胞和分子路线图	未治疗的原发性犬骨肉瘤的肿瘤微环境	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	6只未治疗的犬骨肉瘤样本，共分析了35,310个细胞
4	2024-12-18	Spatially resolved cell atlas of the teleost telencephalon and deep homology of the vertebrate forebrain 2023-Jul-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.07.20.549873 PMID:37503039	研究论文	本文通过空间转录组学和单核RNA测序技术，生成了慈鲷鱼端脑的空间解析转录图谱，并比较了慈鲷鱼端脑与其他脊椎动物的细胞类型和解剖区域	本文揭示了鱼类端脑与四足动物的纹状体、海马和皮层细胞群之间的显著转录相似性，为脊椎动物前脑的组织和进化提供了新的见解	NA	研究脊椎动物前脑的组织和进化	慈鲷鱼端脑与其他脊椎动物的细胞类型和解剖区域	NA	NA	空间转录组学，单核RNA测序	NA	转录组数据	NA
5	2024-12-17	Cellular mechanisms of oligoclonal vascular smooth muscle cell expansion in cardiovascular disease 2023-05-22, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvac138 PMID:35994249	研究论文	本文研究了心血管疾病中寡克隆血管平滑肌细胞扩展的细胞机制	揭示了健康动脉中罕见的血管平滑肌细胞表现出与病理性血管重塑相似的表型转换，并且这种特性在鼠和人类健康动脉中是保守的	NA	理解寡克隆血管平滑肌细胞生成的细胞机制	血管平滑肌细胞及其在血管疾病中的扩展	心血管疾病	心血管疾病	共聚焦显微镜、单细胞转录组学	NA	图像、RNA-seq数据	使用血管平滑肌细胞系追踪的动物模型进行研究
6	2024-12-17	SPADE: Spatial Deconvolution for Domain Specific Cell-type Estimation 2023-Apr-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.04.14.536924 PMID:37131788	研究论文	本文提出了一种名为SPADE的空间反卷积方法，用于在特定领域中估计细胞类型的比例	SPADE通过结合单细胞RNA测序数据、空间位置信息和组织学信息，能够成功识别现有反卷积方法未能识别的细胞类型特定空间模式	本文仅展示了在合成数据和鸡心脏发育数据集上的应用，未来需要在更多不同类型的数据集上验证其有效性	开发一种能够准确估计异质组织中细胞类型空间分布的方法	细胞类型的空间分布及其在复杂生物系统中的变化	基因组学	NA	单细胞RNA测序	反卷积方法	基因表达数据	合成数据和鸡心脏发育数据集
7	2024-12-15	Transitional cell states sculpt tissue topology during lung regeneration 2023-11-02, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2023.10.001 PMID:37922879	研究论文	研究探讨了肺再生过程中过渡细胞状态在组织重塑和重组中的作用	发现了SFRP1和RUNX1标记的过渡状态在组织重塑和重组中的关键作用，并揭示了RUNX1是纤维母细胞状态的关键驱动因子	NA	揭示肺再生过程中过渡细胞状态的作用及其在组织重塑中的机制	肺组织中的过渡细胞状态及其在再生过程中的作用	数字病理学	肺疾病	scRNA-seq	NA	基因表达数据	多个损伤模型的样本
8	2024-12-15	Tumor Niche Network-Defined Subtypes Predict Immunotherapy Response of Esophageal Squamous Cell Cancer 2023-Feb-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.02.15.528539 PMID:36824935	研究论文	本研究通过整合69名食管鳞状细胞癌患者的肿瘤微环境单细胞转录组数据，定义了不同的ESCC亚型，并预测了免疫治疗反应	提出了基于肿瘤微环境转录网络的ESCC亚型分类方法，并验证了其对免疫治疗反应的预测能力	NA	研究食管鳞状细胞癌的肿瘤微环境特征，并预测免疫检查点阻断疗法的反应	食管鳞状细胞癌患者的肿瘤微环境	数字病理学	食管癌	单细胞转录组	NA	转录组数据	69名食管鳞状细胞癌患者
9	2024-12-13	Single-cell transcriptomics reveals long noncoding RNAs associated with tumor biology and the microenvironment in pancreatic cancer 2023-Dec, NAR cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1093/narcan/zcad055 PMID:38023733	研究论文	研究通过单细胞转录组学揭示了与胰腺癌肿瘤生物学和微环境相关的长链非编码RNA	首次使用单细胞转录组数据全面评估了胰腺导管腺癌中的长链非编码RNA景观，并揭示了肿瘤内在生物学和肿瘤微环境中lncRNA的作用	研究仅限于胰腺导管腺癌，且样本量相对较小	探讨长链非编码RNA在胰腺导管腺癌中的作用及其与肿瘤内在生物学和微环境的关系	胰腺导管腺癌患者的单细胞转录组数据	数字病理学	胰腺癌	单细胞转录组学	NA	转录组数据	21名胰腺导管腺癌患者的73个多区域样本
10	2024-12-13	Single-cell, whole-embryo phenotyping of mammalian developmental disorders 2023-Nov, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06548-w PMID:37968388	研究论文	本文开发了一种基于单细胞RNA测序的全胚胎表型分析平台，用于系统性地表征小鼠遗传模型的发育异常	首次将单细胞RNA测序应用于全胚胎表型分析，提供了前所未有的广度和分辨率	研究仅限于胚胎发育的特定阶段（胚胎第13.5天），且样本量相对较小	建立一种可扩展的平台，用于系统性地表征小鼠遗传模型的发育异常	22种突变型和4种野生型小鼠胚胎的单细胞RNA测序数据	数字病理学	发育障碍	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	101个胚胎，包括22种突变型和4种野生型
11	2024-12-13	The cellular response to extracellular vesicles is dependent on their cell source and dose 2023-09, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adh1168 PMID:37656796	研究论文	研究探讨了不同细胞来源和剂量的外泌体对细胞反应的影响	首次系统分析了不同细胞来源和剂量的外泌体对细胞转录效应的影响，并使用单细胞RNA测序技术在体内外进行了验证	研究主要集中在体外和体内实验，未涉及临床应用	探讨外泌体在细胞间通讯中的作用及其作为治疗剂的潜力	不同细胞来源和剂量的外泌体对成纤维细胞的转录效应	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	12种不同细胞来源的外泌体，剂量范围为每细胞20到200,000
12	2024-12-13	Single-cell transcriptomics identifies prothymosin α restriction of HIV-1 in vivo 2023-08-02, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adg0873 PMID:37531416	研究论文	本研究利用单细胞转录组分析，鉴定了在体内限制HIV-1感染的宿主因子prothymosin α	首次通过单细胞转录组分析鉴定了prothymosin α作为体内限制HIV-1感染的宿主因子，并在体外实验中验证了其抑制HIV-1转录和病毒产生的作用	研究样本量相对较小，且仅限于特定HIV-1亚型和地区的参与者	鉴定在体内限制HIV-1感染的宿主因子，并探讨其对病毒传播和治愈策略的影响	HIV-1感染的宿主因子prothymosin α及其在体内外的抗病毒作用	基因组学	HIV感染	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	30名参与者（包括1名高病毒载量的参与者和28名来自泰国和美洲的HIV-1 CRF01_AE和亚型B感染者）
13	2024-12-13	Six3 and Six6 jointly regulate the identities and developmental trajectories of multipotent retinal progenitor cells in the mouse retina 2023-May-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.05.03.539288 PMID:37205402	研究论文	研究了Six3和Six6在调控小鼠视网膜多能祖细胞的身份和发育轨迹中的作用	通过单细胞RNA测序和条件性基因敲除技术，揭示了Six3和Six6在视网膜祖细胞分化中的协同调控作用，并发现了新的候选基因	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类视网膜中验证这些发现	探讨Six3和Six6在视网膜发育中的分子机制，为视网膜再生治疗提供理论基础	小鼠视网膜中的多能祖细胞及其分化轨迹	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	胚胎小鼠眼杯样本
14	2024-12-12	scMIC: A Deep Multi-Level Information Fusion Framework for Clustering Single-Cell Multi-Omics Data 2023-12, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2023.3317272 PMID:37725723	研究论文	提出了一种名为scMIC的深度多层次信息融合框架，用于聚类单细胞多组学数据	该框架能够整合细胞的属性信息和潜在的结构关系，减少不同组学之间的冗余信息，并通过多重协同监督聚类策略提高聚类精度	NA	提高单细胞多组学数据聚类的准确性	单细胞多组学数据	机器学习	NA	单细胞测序	深度学习框架	多组学数据	七个单细胞多组学数据集
15	2024-12-12	scGCC: Graph Contrastive Clustering With Neighborhood Augmentations for scRNA-Seq Data Analysis 2023-12, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2023.3319551 PMID:37751336	研究论文	本文提出了一种名为scGCC的图对比聚类模型，用于单细胞RNA测序数据分析，旨在解决高维度、稀疏性和批次效应等问题	引入图注意力网络（GAT）进行细胞表示学习，并提出了五种数据增强方法以提高聚类性能和鲁棒性	未提及具体局限性	开发一种新的图自监督对比学习模型，用于单细胞RNA测序数据的聚类分析	单细胞RNA测序数据中的细胞类型和亚型识别	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	图对比学习模型	数据	14个真实世界数据集
16	2024-12-12	Single-cell transcriptomics suggest distinct upstream drivers of IL-17A/F in hidradenitis versus psoriasis 2023-09, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2023.05.012 PMID:37271319	研究论文	研究比较了化脓性汗腺炎（HS）和银屑病中T17细胞的转录组及其与邻近免疫细胞亚群的配体-受体相互作用	首次揭示了HS和银屑病中T17细胞的不同上游驱动因素，特别是IL-1β在HS中的主导作用	研究仅限于皮肤样本，未涵盖全身免疫反应	探讨化脓性汗腺炎和银屑病中T17细胞的转录组特征及其驱动机制	化脓性汗腺炎和银屑病中的T17细胞及其与邻近免疫细胞的相互作用	数字病理学	皮肤病	单细胞转录组	NA	转录组数据	12,300个来自8个化脓性汗腺炎皮肤样本的免疫细胞，19,525个来自11个银屑病皮肤样本的细胞，以及11,920个来自10个对照皮肤样本的细胞
17	2024-12-12	Spatial and single-nucleus transcriptomic analysis of genetic and sporadic forms of Alzheimer's Disease 2023-Jul-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.07.24.550282 PMID:37546983	研究论文	本文通过空间转录组学和单核RNA测序技术，研究了阿尔茨海默病在不同阶段和唐氏综合征中的转录组变化	本文首次结合空间转录组学和单核RNA测序技术，研究了阿尔茨海默病在不同阶段和唐氏综合征中的转录组变化，并通过跨物种比较和病理学成像，揭示了基因表达变化与病理积累之间的直接联系	本文主要集中在早期和晚期阿尔茨海默病以及唐氏综合征中的阿尔茨海默病，未涵盖其他类型的阿尔茨海默病	研究阿尔茨海默病的分子机制，并探讨唐氏综合征中的阿尔茨海默病与散发性阿尔茨海默病之间的联系	早期和晚期阿尔茨海默病以及唐氏综合征中的阿尔茨海默病患者的大脑皮层样本	数字病理学	阿尔茨海默病	空间转录组学（ST）和单核RNA测序	NA	转录组数据	早期和晚期阿尔茨海默病以及唐氏综合征中的阿尔茨海默病患者的大脑皮层样本
18	2024-12-12	Cell Type- and Tissue-specific Enhancers in Craniofacial Development 2023-Jun-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.06.26.546603 PMID:37425964	研究论文	本文结合组蛋白修饰和染色质可及性分析以及单细胞分析，创建了人类面部发育的调控景观图谱	首次系统性地绘制了人类面部发育过程中细胞类型和组织特异性增强子的全面目录，并验证了其在小鼠中的功能保守性	研究主要集中在胚胎发育的特定阶段，未来需要进一步扩展到其他发育阶段和更多物种	揭示颅面发育的遗传基础，特别是增强子在不同细胞类型和组织中的作用	人类面部发育过程中的增强子及其在不同细胞类型和组织中的活性	发育生物学	NA	单细胞RNA测序、单核ATAC-seq、转基因小鼠报告基因分析	NA	基因组数据、单细胞数据	约14,000个增强子，跨越人类胚胎面部发育的七个阶段，以及小鼠颅面组织的单细胞数据
19	2024-12-12	Single-cell transcriptomics and epigenomics unravel the role of monocytes in neuroblastoma bone marrow metastasis 2023-06-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-39210-0 PMID:37365178	研究论文	本文通过单细胞转录组和表观基因组分析，揭示了单核细胞在神经母细胞瘤骨髓转移中的作用	本文首次对神经母细胞瘤骨髓转移微环境进行了单细胞水平的转录组和表观基因组分析，揭示了肿瘤细胞与骨髓微环境之间的相互作用	研究样本量较小，仅涉及11个神经母细胞瘤患者和5个无转移的骨髓样本	探讨神经母细胞瘤骨髓转移过程中单核细胞的作用及其与肿瘤微环境的相互作用	神经母细胞瘤患者的骨髓样本中的单细胞	数字病理学	儿童肿瘤	单细胞转录组测序，表观基因组分析	NA	转录组数据，表观基因组数据	11个神经母细胞瘤患者和5个无转移的骨髓样本
20	2024-12-12	Antigen-driven colonic inflammation is associated with development of dysplasia in primary sclerosing cholangitis 2023-Jun, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-023-02372-x PMID:37322120	研究论文	研究探讨了原发性硬化性胆管炎（PSC）患者中抗原驱动的结肠炎症与发育不良发展的关联	通过结合流式细胞术、bulk和单细胞转录组学以及T和B细胞受体 repertoire 分析，识别出与PSC患者更高风险和更短时间至发育不良相关的独特适应性炎症转录特征	研究样本量有限，且仅限于特定患者群体，可能无法完全代表所有PSC患者的炎症特征	探讨PSC患者中抗原驱动的结肠炎症与发育不良发展的机制，并提供分子见解以指导结直肠癌的预防	65名PSC患者、108名IBD患者和48名健康个体的右结肠组织	NA	原发性硬化性胆管炎	流式细胞术、bulk和单细胞转录组学、T和B细胞受体 repertoire 分析	NA	转录组数据	65名PSC患者、108名IBD患者和48名健康个体