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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-05-16 |
Single-cell RNA sequencing reveals cell landscape following antimony exposure during spermatogenesis in Drosophila testes
2023-Mar-09, Cell death discovery
IF:6.1Q1
DOI:10.1038/s41420-023-01391-4
PMID:36894529
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示锑暴露对果蝇睾丸精子发生过程中细胞景观的影响 | 首次在单细胞分辨率下揭示锑暴露对果蝇睾丸精子发生的转录调控机制,并发现新的基因(如Dup98B)在精子发生过程中的状态偏向表达 | 未提及具体局限性 | 研究锑暴露对果蝇睾丸精子发生的影响及单细胞分辨率下的转录调控机制 | 果蝇睾丸细胞 | digital pathology | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 果蝇暴露于锑10天的睾丸样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2 | 2026-05-15 |
Genome-wide mapping of cancer dependency genes and genetic modifiers of chemotherapy in high-risk hepatoblastoma
2023-07-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-39717-6
PMID:37414763
|
研究论文 | 通过改进的MYC驱动肝母细胞瘤小鼠模型结合CRISPR-Cas9筛选,绘制了癌症依赖基因图谱并鉴定化疗遗传修饰因子 | 首次在肝母细胞瘤中整合单细胞转录组、空间转录组及CRISPR全基因组筛选,发现与高风险人类疾病相关的可药物化靶点(如CDK7、CDK9、PRMT1、PRMT5)及化疗增敏调控因子PRKDC | 未提及具体局限性(标题与摘要未提供) | 构建肝母细胞瘤的遗传模型并系统鉴定治疗靶点及化疗反应修饰因子 | 高风险的胚胎型肝母细胞瘤 | 机器学习 | 肝母细胞瘤 | CRISPR-Cas9筛选,单细胞RNA测序,空间转录组学,转录组测序 | NA | 基因表达数据,单细胞数据,空间转录组数据 | 小鼠模型及衍生细胞系(具体数量未提) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium Single Cell 3', 10x Visium |
| 3 | 2026-05-15 |
The current state and future of T-cell exhaustion research
2023, Oxford open immunology
DOI:10.1093/oxfimm/iqad006
PMID:37554723
|
综述 | 本文回顾了T细胞耗竭的研究现状,讨论了其分子定义不一致的问题,并提出了通过系统遗传学方法(如单细胞RNA-seq和CRISPR筛选)达成共识的进展,同时强调了体外生成耗竭T细胞的研究重要性 | 提出了用一组基于代谢、表观遗传、转录和激活的表型标志物(称为M.E.T.A)来统一定义T细胞耗竭,旨在解决不同研究语境下耗竭定义不一致的问题 | 由于在体内环境中进行操作困难,理解耗竭如何发生仍具挑战性 | 探讨T细胞耗竭的当前知识、研究方法及未来方向,推动统一定义和标准化分析 | T细胞,特别是耗竭T细胞 | 机器学习 | 慢性病毒感染,癌症 | 单细胞RNA-seq,CRISPR筛选 | NA | 文本 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 4 | 2026-05-11 |
Analysis of Single-Cell RNA-seq Data
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2986-4_6
PMID:36929075
|
综述 | 描述了单细胞RNA测序数据分析的标准工作流程和相关工具,并提供使用建议 | NA | NA | 介绍单细胞RNA测序数据分析的标准工作流程和常用方法 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5 | 2026-05-09 |
Convergent alterations in the tumor microenvironment of MYC-driven human and murine prostate cancer
2023-Oct-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.07.553268
PMID:37905029
|
研究论文 | 通过对人类和基因工程小鼠模型的前列腺癌进行单细胞RNA测序和分子病理学分析,揭示了MYC驱动的肿瘤微环境趋同变化 | 首次系统阐明了MYC信号激活作为人类前列腺癌肿瘤微环境重塑的共同驱动因素,并通过跨物种比较研究验证了该发现 | 文中未明确说明,但可能涉及小鼠模型与人类疾病的差异以及样本量有限 | 探究MYC驱动的前列腺癌细胞如何调控肿瘤微环境改变 | 人类前列腺癌组织及基因工程小鼠模型的前列腺组织 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | 基因工程小鼠模型 | 单细胞转录组数据 | 人类组织样本和小鼠模型样本(具体数量未提及) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6 | 2026-05-09 |
Spatial transcriptomics reveals the heterogeneity and FGG+CRP+ inflammatory cancer-associated fibroblasts replace islets in pancreatic ductal adenocarcinoma
2023, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2023.1112576
PMID:37124494
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研究论文 | 利用空间转录组学揭示胰腺导管腺癌中肿瘤微环境的异质性及FGG+CRP+炎性癌相关成纤维细胞替代胰岛的现象 | 首次通过空间转录组学技术系统描绘胰腺癌组织中包括正常组织、癌组织、邻近肿瘤组织和肿瘤间质在内的空间基因表达特征,并发现FGG+CRP+炎性癌相关成纤维细胞替代胰岛这一新现象 | 样本量较小,仅涉及一份正常胰腺组织样本,且空间转录组学的分辨率可能限制对单细胞层面的深入分析 | 揭示胰腺导管腺癌肿瘤微环境的空间异质性,并阐明胰腺结构和功能损伤的动态变化 | 正常胰腺组织、胰腺癌组织、邻近肿瘤组织和肿瘤间质中的空间基因表达特征 | 空间转录组学 | 胰腺癌 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 一份正常胰腺组织以及胰腺癌组织的多个位点(共18,075个空间点) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 7 | 2026-05-08 |
Transcriptomes and metabolism define mouse and human MAIT cell populations
2023-11-10, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.abn8531
PMID:37948512
|
研究论文 | 使用单细胞RNA测序和代谢分析,定义了小鼠和人类MAIT细胞在不同器官中的群体特征及发育途径 | 首次揭示了小鼠MAIT17和MAIT1亚群不仅在转录组上差异显著,其代谢状态也截然不同,并比较了人类与小鼠MAIT细胞的组织特异性转录组和代谢特性 | 结果主要基于动物模型和人体样本,环境因素(如宠物店小鼠)的影响需进一步验证,且人类MAIT细胞的代谢特征与小鼠存在差异,机制尚未完全阐明 | 阐明MAIT细胞在不同器官中的群体组成、发育途径以及跨物种的转录组和代谢差异 | 小鼠和人类的MAIT细胞群体,包括胸腺、肺、血液等器官的细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠多个器官(胸腺、肺等)及人类肺和血液样本中的MAIT细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8 | 2026-05-08 |
Clinical characterization of EFHD2 (swiprosin-1) in Glioma-associated macrophages and its role in regulation of immunosuppression
2023-09, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2023.110702
PMID:37673235
|
研究论文 | 本研究探讨了EFHD2(swiprosin-1)在胶质瘤相关巨噬细胞中的临床特征及其在免疫抑制调控中的作用 | 首次利用多民族社区的大规模临床数据研究EFHD2在胶质瘤中的作用,并通过单细胞测序和敲除小鼠模型验证其免疫调节功能 | 未提及具体局限性,但样本来源主要为数据库回顾性分析,且实验验证仅限于小鼠模型,缺乏临床样本直接验证 | 阐明EFHD2在胶质瘤相关巨噬细胞中的表达特征及其对肿瘤微环境免疫抑制的调控机制 | 来自CGGA和TCGA数据库的胶质瘤患者样本,以及小鼠胶质瘤细胞系和巨噬细胞 | 机器学习 | 胶质瘤 | RNA-seq, 单细胞测序 | NA | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | 313或657例CGGA胶质瘤患者和603例TCGA胶质瘤患者 | Illumina, 10x Genomics | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | Illumina NovaSeq, 10x Chromium | CGGA数据库和GSE131928数据集中的单细胞测序数据 |
| 9 | 2026-05-07 |
Piezo inhibition prevents and rescues scarring by targeting the adipocyte to fibroblast transition
2023-Apr-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.03.535302
PMID:37066136
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研究论文 | 本研究通过机械感应机制揭示脂肪细胞转化为瘢痕成纤维细胞的过程,并证明抑制Piezo可防止和逆转瘢痕形成 | 首次证实脂肪细胞在机械力感应下可转化为成纤维细胞驱动瘢痕形成,并发现Piezo抑制即使在已形成的瘢痕中也能诱导再生愈合 | 未明确说明局限性 | 探究脂肪细胞是否通过机械感应参与瘢痕纤维化,并评估Piezo抑制的治疗潜力 | 小鼠伤口模型和人源异种移植伤口模型中的脂肪细胞与成纤维细胞转化 | 数字病理学 | 瘢痕形成 | 单细胞RNA测序、空间转录组学Visium、CODEX多重成像 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据、成像数据 | 小鼠伤口模型和人源异种移植伤口模型 | 10x Genomics, 其他未指定 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 蛋白质组学成像 | 10x Chromium, 10x Visium, CODEX | 10x Chromium用于单细胞RNA测序,10x Visium用于空间转录组学,CODEX用于多重蛋白成像 |
| 10 | 2026-05-05 |
Single-cell transcriptomic data reveal the increase in extracellular matrix organization and antigen presentation abilities of fibroblasts and smooth muscle cells in patients with pelvic organ prolapse
2023-10, International urogynecology journal
IF:1.8Q3
DOI:10.1007/s00192-023-05539-9
PMID:37222740
|
研究论文 | 通过单细胞转录组数据分析盆腔器官脱垂患者阴道壁成纤维细胞和平滑肌细胞的细胞特性变化 | 首次在单细胞水平揭示POP中成纤维细胞和平滑肌细胞在细胞外基质组织和抗原呈递能力方面的增强 | 仅基于公共数据集,样本量较小(5例POP和5例对照),需要更多独立验证 | 探索盆腔器官脱垂(POP)患者阴道壁主要细胞类型(成纤维细胞和平滑肌细胞)的细胞特性,以增进对POP分子机制的理解 | 盆腔器官脱垂患者阴道壁组织中的成纤维细胞和平滑肌细胞 | NA | 盆腔器官脱垂 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 10个样本(5例POP患者和5例对照) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 11 | 2026-05-04 |
High-throughput identification of Toxoplasma gondii effector proteins that target host cell transcription
2023-10-11, Cell host & microbe
IF:20.6Q1
DOI:10.1016/j.chom.2023.09.003
PMID:37827122
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研究论文 | 结合混合CRISPR敲除筛选与双宿主-微生物单细胞RNA测序方法(dual perturb-seq),高通量鉴定弓形虫效应蛋白并揭示其调控宿主细胞转录的机制 | 首次将混合CRISPR敲除筛选与双宿主-微生物单细胞RNA测序结合为dual perturb-seq技术,实现高通量鉴定病原体效应蛋白并直接从转录组数据推断其功能 | 方法在弓形虫特定效应蛋白的验证上仍有待进一步扩展至其他病原体系统 | 高通量鉴定细胞内病原体产生的、靶向宿主细胞转录的效应蛋白及其功能 | 弓形虫及其感染宿主细胞 | 数字病理学 | 弓形虫病 | CRISPR敲除筛选、单细胞RNA测序、dual perturb-seq | NA | 单细胞转录组数据 | 弓形虫混合CRISPR敲除文库感染宿主细胞后的单细胞样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序平台 |
| 12 | 2026-05-02 |
Vimentin promotes glioma progression and maintains glioma cell resistance to oxidative phosphorylation inhibition
2023-Dec, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-023-00844-3
PMID:37646965
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研究论文 | 本研究揭示了波形蛋白在胶质瘤进展中的作用及其维持肿瘤细胞对氧化磷酸化抑制耐药性的机制 | 首次系统阐明VIM在胶质瘤中通过调节氧化磷酸化抑制敏感性影响肿瘤进展和免疫浸润,并提出联合靶向VIM的免疫治疗新策略 | 未提及临床样本验证及具体分子机制的深入探讨 | 探究VIM在胶质瘤进展及氧化磷酸化抑制敏感性中的作用,为胶质瘤治疗提供潜在靶点 | 胶质瘤细胞及公共数据库中的胶质瘤患者样本 | 数字病理学 | 胶质瘤 | RNA测序, 单细胞测序 | NA | 转录组数据, 单细胞转录组数据, 甲基化数据 | 基于TCGA、HPA、CGGA等多个公共数据库的胶质瘤患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 13 | 2026-05-02 |
TGF-β-p-STAT1-LAIR2 axis has a "self-rescue" role for exhausted CD8+ T cells in hepatocellular carcinoma
2023-Dec, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-023-00830-9
PMID:37223874
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研究论文 | 本研究揭示了TGF-β在肝细胞癌中通过TGF-β-p-STAT1-LAIR2轴对耗竭CD8+ T细胞产生“自我救援”作用 | 首次发现TGF-β在诱导CD8+ T细胞耗竭的同时,通过TGF-β-p-STAT1-LAIR2轴启动细胞内在的抗耗竭机制,即“自我救援” | “自我救援”行为对TGF-β刺激具有时间和剂量限制,易被更强的抑制信号掩盖 | 研究TGF-β对肝细胞癌浸润CD8+ T细胞功能的调控效应及分子机制 | 肝细胞癌中的CD8+ T细胞 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 流式细胞术, 质谱流式细胞术, 免疫组织化学, RNA-seq, 单细胞RNA-seq, ATAC-seq, 染色质免疫沉淀, 双荧光素酶报告基因实验 | NA | 图像, 文本, 序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 14 | 2026-05-02 |
MTHFD2 ablation in T cells protects against heart transplant rejection by perturbing IRF4/PD-1 pathway through the metabolic-epigenetic nexus
2023-11, The Journal of heart and lung transplantation : the official publication of the International Society for Heart Transplantation
DOI:10.1016/j.healun.2023.07.009
PMID:37495036
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研究论文 | 揭示MTHFD2在T细胞中通过代谢-表观遗传学影响IRF4/PD-1通路从而保护心脏移植免受排斥的机制 | 首次发现一碳代谢酶MTHFD2作为同种反应T细胞的代谢检查点,通过H3K4me3介导的代谢-表观遗传学机制影响IRF4/PD-1通路,并提出其作为心脏移植排斥治疗靶点的潜力 | 研究主要基于小鼠模型,且未深入探讨MTHFD2在其他免疫细胞中的作用或其长期治疗效果 | 研究一碳代谢酶MTHFD2在心脏移植排斥中的作用及其机制,评估其作为治疗靶点的可能性 | 人类和鼠类心脏移植受体的心脏组织、T细胞特异性Mthfd2基因敲除小鼠、人源化皮肤移植模型 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 转录组学、代谢组学、单细胞RNA测序、免疫荧光、流式细胞术、酶联免疫斑点法、切割靶点与标记法 | NA | 基因表达数据、代谢物数据、单细胞转录组数据 | 人类和鼠类心脏移植受体心脏组织,小鼠T细胞特异性Mthfd2基因敲除模型,人源化皮肤移植模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 15 | 2026-05-02 |
Dissecting the single-cell transcriptome network of macrophage and identifies a signature to predict prognosis in lung adenocarcinoma
2023-Oct, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-023-00816-7
PMID:37079186
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示肺腺癌中不同来源巨噬细胞的功能差异并构建预后预测模型 | 首次根据来源将巨噬细胞分为肺泡巨噬细胞和间质巨噬细胞,并阐明其在肿瘤微环境中的不同功能及预后价值 | 未提及具体局限性 | 探索不同来源巨噬细胞在肺腺癌肿瘤微环境中的功能及作为预后和治疗预测标志物的潜力 | 肺腺癌患者的肿瘤组织、正常肺组织和外周血样本中的巨噬细胞 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序 | 风险预测模型 | 基因表达数据 | 21例肺腺癌、12例正常和4例外周血样本用于单细胞分析;502例TCGA患者用于构建模型;544例GEO数据集患者用于验证 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 16 | 2026-05-02 |
Spatial transcriptomic profiling of coronary endothelial cells in SARS-CoV-2 myocarditis
2023, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2023.1118024
PMID:36968839
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研究论文 | 利用数字空间转录组学技术分析SARS-CoV-2心肌炎患者冠状动脉内皮细胞的转录特征 | 首次在保留组织原位结构的情况下,通过空间转录组学分析SARS-CoV-2感染对心肌和冠状动脉血管内皮细胞的差异表达影响 | 样本量较小(4例对照,8例COVID-19患者);未在大血管内皮观察到类似变化,限制了内皮炎作为COVID-19心血管事件关键驱动因素的结论 | 探讨重症COVID-19患者冠状动脉内皮和心肌的转录编程变化 | COVID-19患者和对照尸检心脏组织中的心肌及冠状动脉血管组织 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 12例尸检心脏组织样本(4例对照,8例COVID-19患者) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 17 | 2026-05-01 |
Single-cell RNA sequencing reveals the cellular and molecular characteristics of high-grade and metastatic bladder cancer
2023-Oct, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-023-00820-x
PMID:37170046
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示高级别和转移性膀胱癌的细胞与分子特征 | 首次通过单细胞转录组分析揭示了高级别与转移性膀胱癌在肿瘤微环境中细胞和分子层面的相似性与差异性,发现了炎症性癌相关成纤维细胞和肿瘤相关巨噬细胞在T细胞耗竭及肿瘤微环境形成中的关键作用 | 样本量较小,仅包括癌旁正常组织、原发性肿瘤和淋巴结转移样本,且未涉及纵向动态分析 | 阐明高级别和转移性膀胱癌的细胞与分子特征,为潜在治疗靶点提供依据 | 膀胱癌患者的癌旁正常组织、原发性肿瘤和淋巴结转移样本 | 单细胞测序 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 50,158个细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 单细胞RNA测序试剂盒 |
| 18 | 2026-05-01 |
Identification of an adipose tissue-resident pro-preadipocyte population
2023-05-30, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.112440
PMID:37119138
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序发现脂肪组织中一种驻留的前前脂肪细胞群体 | 识别并定位了一种新的前前脂肪细胞群体,将其置于前脂肪细胞分化的上游层次结构中,并揭示了调节脂肪生成的生理机制 | 仅基于单细胞RNA测序数据,未提供体内功能验证或谱系追踪实验 | 阐明脂肪细胞分化过程中的过渡阶段,并识别新的祖细胞群体 | 脂肪组织基质血管组分中的CD31阴性CD45阴性细胞 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 19 | 2026-05-01 |
Inhibition of a signaling modality within the gp130 receptor enhances tissue regeneration and mitigates osteoarthritis
2023-03-22, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.abq2395
PMID:36947594
|
研究论文 | 研究发现gp130受体内的一个信号模块抑制后可以增强组织再生并缓解骨关节炎 | 首次发现gp130受体中的Y814酪氨酸作为细胞应激传感器,通过遗传和药理手段调控其活性可促进组织再生并抑制炎症 | 主要基于小鼠模型,在犬模型中初步验证但缺乏大动物和人体研究数据 | 探究gp130受体信号调控对组织再生和骨关节炎的影响机制 | 小鼠(野生型和F814突变体)、大鼠和犬的皮肤伤口及关节组织 | 数字病理学 | 骨关节炎 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠(具体数量未明确)、大鼠和犬各若干只 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 20 | 2026-05-01 |
Reprogramming the tumor microenvironment leverages CD8+ T cell responses to a shared tumor/self antigen in ovarian cancer
2023-Mar-16, Molecular therapy oncolytics
IF:5.3Q1
DOI:10.1016/j.omto.2023.02.002
PMID:36875325
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研究论文 | 利用CXCR4拮抗剂武装的溶瘤病毒疗法重编程肿瘤微环境,诱导针对肿瘤/自身抗原的CD8+ T细胞反应,提高卵巢癌治疗效果 | 首次通过CXCR4拮抗剂武装的溶瘤病毒靶向免疫抑制性肿瘤微环境,打破对弱免疫原性自身抗原的耐受,诱导肿瘤/自身特异性CD8 T细胞反应 | 研究基于小鼠模型,未涉及人类患者样本;依赖SV40 T抗原作为模型抗原,可能不完全代表人类卵巢癌中复杂的内源性肿瘤抗原 | 探究CXCR4拮抗剂武装的溶瘤病毒疗法对肿瘤进展和抗肿瘤免疫的影响 | 原位生长的SV40 T抗原卵巢癌小鼠模型(野生型和Tg转基因小鼠) | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序, 免疫染色 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型(具体数量未说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |