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当前共找到 5354 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-09-21 |
ExAD-GNN: Explainable Graph Neural Network for Alzheimer's Disease State Prediction from Single-cell Data
2023-Dec-06, APSIPA Transactions on Signal and Information Processing
DOI:10.1561/116.00000239
PMID:41584071
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研究论文 | 本文提出了一种可解释的图神经网络ExAD-GNN，利用单细胞RNA测序数据预测阿尔茨海默病状态，并识别细胞类型特异性标记基因 | 首次将可解释图神经网络应用于单细胞测序数据进行阿尔茨海默病状态预测，通过独特的可学习基因重要性度量实现细胞类型特异性标记基因的识别，兼顾了分子层面的洞察和大脑异质性 | 摘要中未明确提及研究的局限性 | 从单细胞测序数据中准确预测阿尔茨海默病状态，并在细胞层面识别阿尔茨海默病诊断的细胞类型特异性标记基因 | 阿尔茨海默病患者及正常对照的单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | 图神经网络 | 基因表达谱数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2 | 2026-09-21 |
Single-cell profiling reveals a potent role of quercetin in promoting hair regeneration
2023-06-07, Protein & cell
IF:13.6Q1
DOI:10.1093/procel/pwac062
PMID:37285263
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组测序揭示槲皮素通过促进毛囊角质细胞增殖和真皮内皮细胞血管生成来促进毛发生长 | 首次构建了槲皮素促进毛发生长过程中的动态单细胞转录组图谱，发现槲皮素通过激活内皮细胞HIF-1α诱导血管生成信号，揭示了毛囊微环境在毛发生长中的关键作用 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证槲皮素促进毛发生长的效果和安全性 | 探究槲皮素促进毛发生长的分子机制及其对毛囊微环境的影响 | 小鼠皮肤组织中的毛囊细胞、真皮内皮细胞等 | 单细胞转录组学 | 脱发 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3 | 2026-09-21 |
Emergence of division of labor in tissues through cell interactions and spatial cues
2023-05-30, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.112412
PMID:37086403
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研究论文 | 该文章开发了一个计算框架，研究细胞间相互作用和空间线索如何导致细胞类型群体内的劳动分工，并通过优化集体任务性能来推断分工机制 | 提出了一个计算框架来研究劳动分工的机制，通过优化在权衡下的集体细胞任务性能，发现可区分的表达模式可以从细胞-细胞相互作用与指导信号中出现，并提出了一种构建专家细胞间配体-受体网络的方法 | 摘要中未提及具体限制 | 研究组织环境中劳动分工的出现机制，特别是细胞相互作用和空间线索的贡献 | 基质细胞、上皮细胞和免疫细胞 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 计算框架 | 基因表达数据, 空间数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 4 | 2026-09-21 |
Single-Cell Transcriptomics Reveals Evidence of Endothelial Dysfunction in the Brains of COVID-19 Patients with Implications for Glioblastoma Progression
2023-May-05, Brain sciences
IF:2.7Q3
DOI:10.3390/brainsci13050762
PMID:37239234
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研究论文 | 该研究通过单细胞转录组分析揭示了COVID-19患者脑血管内皮功能障碍的特征，并探讨其与胶质母细胞瘤进展的潜在联系 | 首次通过单细胞转录组对比分析COVID-19与胶质母细胞瘤中脑血管内皮功能障碍的转录组特征，发现两者在先天免疫和炎症通路上的显著重叠，包括干扰素调节基因 | 样本量有限，仅基于公共数据库GEO中的两个数据集进行分析，缺乏实验验证，且未进行体内外功能实验来证实内皮功能障碍在两种疾病间的因果联系 | 探究COVID-19引起的脑血管内皮功能障碍的单细胞转录组景观及其对胶质母细胞瘤进展的潜在影响 | COVID-19患者脑组织内皮细胞和胶质母细胞瘤相关内皮细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | 两个公共数据集（GSE131928和GSE159812） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5 | 2026-09-21 |
Reversible transitions between noradrenergic and mesenchymal tumor identities define cell plasticity in neuroblastoma
2023-05-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-38239-5
PMID:37142597
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研究论文 | 该研究记录了神经母细胞瘤中去甲肾上腺素能身份与间充质身份之间自发且可逆的细胞可塑性，并揭示微环境对肿瘤细胞身份的驱动作用 | 首次在多种神经母细胞瘤模型中记录到两种身份之间自发且可逆的转变，并结合18例肿瘤活检和15个PDX模型的单细胞RNA-seq证实该可塑性在患者肿瘤中具有相关性 | 主要基于细胞系和PDX模型，尚需更多患者样本验证；微环境驱动身份转变的具体分子机制尚未完全阐明 | 阐明神经母细胞瘤中去甲肾上腺素能与间充质身份之间的关系及其在患者肿瘤中的相对贡献 | 神经母细胞瘤细胞系、异种移植瘤、18例肿瘤活检及15个PDX模型 | 数字病理学, 机器学习 | 神经母细胞瘤 | 单细胞RNA-seq, 表观遗传学分析 | NA | 文本, 图像 | 18例肿瘤活检和15个PDX模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6 | 2026-09-21 |
BACE1 regulates expression of Clusterin in astrocytes for enhancing clearance of β-amyloid peptides
2023-05-04, Molecular neurodegeneration
IF:14.9Q1
DOI:10.1186/s13024-023-00611-w
PMID:37143090
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现BACE1缺失上调星形胶质细胞中Clusterin和Cxcl14的表达，并通过胰岛素受体通路增强β-淀粉样蛋白的清除 | 首次揭示BACE1在星形胶质细胞中通过调控胰岛素受体切割来调节Clusterin和Cxcl14的表达，从而影响Aβ清除，提出抑制星形胶质细胞BACE1作为增强Aβ清除的潜在替代策略 | 机制研究主要基于体外培养的星形胶质细胞，体内具体信号通路仍需进一步验证，且未评估长期抑制BACE1的安全性 | 探究BACE1在星形胶质细胞中的功能及其对Aβ清除的调控作用 | Bace1敲除小鼠的星形胶质细胞、5xFAD阿尔茨海默病模型小鼠、星形胶质细胞特异性Bace1敲除小鼠 | 机器学习, 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | Bace1敲除小鼠及野生型对照小鼠的纯化星形胶质细胞，5xFAD;Bace1fl/fl;UBC-creER与5xFAD;Bace1fl/fl对照小鼠的星形胶质细胞，以及体外培养的星形胶质细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7 | 2026-09-21 |
Novel Populations of Lung Capillary Endothelial Cells and Their Functional Significance
2023-May-03, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-2887159/v1
PMID:37205391
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研究论文 | 通过单细胞转录组测序鉴定出五种新型肺毛细血管内皮细胞亚群，并揭示其在血管分区、屏障建立、再生修复和血管生成中的功能 | 首次发现五种新型gCaps亚群，包括表达Scn7a和Clic4的离子转运体亚群、有丝分裂活跃的Flot1+根细胞、表达Lingo2的静脉-毛细血管内皮以及高表达Fabp4和Tip细胞标志物的血管生成调节亚群 | 未提及 | 研究肺毛细血管内皮细胞的异质性及其在正常生理和肺疾病病理生物学中的功能意义 | 肺内皮细胞 | 单细胞转录组学 | 肺部疾病 | 单细胞RNA测序 | 不适用 | 转录组数据 | 未提及 | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 不适用 | 不适用 |
| 8 | 2026-09-21 |
Explainable multi-task learning for multi-modality biological data analysis
2023-05-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-37477-x
PMID:37137905
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研究论文 | 本文提出了UnitedNet，一个可解释的多任务深度神经网络，用于整合不同任务以分析单细胞多模态数据，并在多种数据集上验证了其性能。 | UnitedNet能够同时执行多模态整合和跨模态预测等多个任务，并通过可解释机器学习算法直接量化基因表达与其他模态之间的关系，具有细胞类型特异性。 | 未明确提及。 | 全面理解单细胞多模态数据，推断基因调控如何驱动生物多样性和功能。 | 单细胞多模态数据，包括Patch-seq、multiome ATAC+基因表达和空间转录组学数据。 | 机器学习, 计算生物学 | NA | 单细胞多模态测序, 空间转录组学 | 深度神经网络 | 多模态数据（如RNA、DNA可及性、蛋白质） | NA | NA | NA | NA | NA |
| 9 | 2026-09-21 |
TissUUmaps 3: Improvements in interactive visualization, exploration, and quality assessment of large-scale spatial omics data
2023-May, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e15306
PMID:37131430
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研究论文 | 本文介绍了TissUUmaps 3，一个用于大规模空间组学数据交互式可视化、探索和质量评估的开源浏览器工具，新增了标记与区域可视化、空间统计探索、组织形态定量分析和原位转录组数据解码质量评估等模块 | TissUUmaps 3在之前版本基础上进行了针对性优化，显著提升了大规模多重数据集的性能，新增了标记与区域可视化、空间统计探索、组织形态定量分析以及原位转录组数据解码质量评估等模块，并支持多分辨率图像即时查看、自定义、共享及集成到Jupyter Notebooks中 | 摘要中未明确提及该工具的局限性 | 改进大规模空间组学数据的交互式可视化、探索和质量评估，降低交互式数据探索的时间和成本，促进大规模空间组学数据的广泛传播和灵活共享 | 大规模空间组学数据，包括空间转录组学数据、多重组织样本图像及107+数据点 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学，原位转录组学 | NA | 图像，文本 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 10 | 2026-09-21 |
Sleep loss potentiates Th17-cell pathogenicity and promotes autoimmune uveitis
2023-05, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1250
PMID:37132178
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研究论文 | 该研究通过质谱流式、单细胞RNA测序和流式细胞术，揭示了睡眠剥夺通过IL-23-Th17-GM-CSF反馈机制增强Th17细胞致病性并促进自身免疫性葡萄膜炎发展的机制 | 首次揭示了睡眠剥夺通过IL-23-Th17-GM-CSF正反馈环路促进Th17细胞致病性和髓系细胞活化，从而加重自身免疫性葡萄膜炎的机制，并发现抗GM-CSF治疗可挽救睡眠剥夺诱导的葡萄膜炎加重 | 人类样本量较小（仅6例健康受试者），机制研究主要基于小鼠模型，睡眠剥夺与自身免疫疾病之间的因果关系在人类中尚需更大规模研究验证 | 探究睡眠剥夺如何影响免疫系统及自身免疫性疾病的发生发展，特别是与自身免疫性葡萄膜炎的关系 | 6名健康受试者（睡眠剥夺前后）的外周血单个核细胞、睡眠剥夺小鼠模型和实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU）小鼠模型的颈部引流淋巴结 | 免疫学 | 自身免疫性葡萄膜炎 | 质谱流式、单细胞RNA测序、流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据、质谱流式数据、流式细胞术数据 | 6名健康受试者睡眠剥夺前后的外周血单个核细胞，以及睡眠剥夺和EAU小鼠模型的颈部引流淋巴结 | NA | single-cell RNA-seq, 质谱流式 | NA | NA |
| 11 | 2026-09-21 |
[Evaluation of peripheral blood T-lymphocyte subpopulations features in patients with hepatitis B virus-related acute-on-chronic liver failure based on single-cell sequencing technology]
2023-Apr-20, Zhonghua gan zang bing za zhi = Zhonghua ganzangbing zazhi = Chinese journal of hepatology
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研究论文 | 该研究基于单细胞RNA测序技术，检测了乙肝病毒相关慢加急性肝衰竭（HBV-ACLF）患者外周血T淋巴细胞的异质性，并分析了耗竭性T淋巴细胞亚群的基因表达特征及其分化轨迹 | 利用单细胞RNA测序技术揭示了HBV-ACLF患者外周血T淋巴细胞存在异质性分化轨迹，并鉴定出以CD4+TIGIT+和CD8+LAG3+为特征的耗竭性T细胞亚群显著增多，提示这些亚群参与ACLF免疫功能障碍 | 样本量较小，仅纳入6例HBV-ACLF患者和3例健康对照，研究结果需在更大规模队列中验证 | 探索HBV-ACLF患者外周血耗竭性T淋巴细胞的特征，为ACLF免疫功能障碍提供潜在治疗靶点分子 | HBV-ACLF患者和健康对照者的外周血T淋巴细胞 | 单细胞组学 | 肝衰竭 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 6例HBV-ACLF患者和3例健康对照的外周血样本 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 12 | 2026-09-21 |
Testing for Phylogenetic Signal in Single-Cell RNA-Seq Data
2023-04, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology
IF:1.4Q2
DOI:10.1089/cmb.2022.0357
PMID:36475926
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研究论文 | 该文章首次证明单细胞RNA测序数据包含足够的进化信号，可用于系统发育分析，并通过比较表达水平和单核苷酸变异两种方法重建肿瘤细胞的克隆组成 | 首次证明scRNA-seq数据包含足够的进化信号可用于系统发育分析，并比较了基于表达水平和SNV两种方法在重建系统发育关系中的效果 | scRNA-seq数据存在每细胞低产量和不均匀表达水平的问题，导致测序覆盖度低且不均匀，使得SNV检测和系统发育分析具有挑战性；需要进一步研究来完善和改进这些方法以全面捕捉癌症体细胞进化动态 | 探索单细胞RNA测序数据是否包含足够的进化信号，并比较基于表达水平和SNV两种方法在系统发育分析中的效果，以理解癌症进化动态 | 肿瘤细胞的单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 13 | 2026-09-21 |
ERS International Congress 2022: highlights from the Basic and Translational Science Assembly
2023-Mar, ERJ open research
IF:4.3Q1
DOI:10.1183/23120541.00561-2022
PMID:37077558
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综述 | 欧洲呼吸学会基础与转化科学组对2022年国际大会的亮点进行了总结，讨论了从出生到老年的呼吸事件后果，包括气候变化、早期生活事件、人类肺细胞图谱、细胞死亡方式以及哮喘和再生治疗的新靶点 | 介绍了人类肺细胞图谱（HLCA）作为健康人类肺的新参考点，结合单细胞RNA测序和空间数据发现新细胞类型/状态和生态位，并讨论了细胞死亡方式在慢性肺病中的调节作用及治疗潜力 | 未明确提及 | 概述2022年欧洲呼吸学会国际大会在基础与转化科学方面的亮点 | 呼吸系统疾病，包括支气管肺发育不良、先兆子痫、慢性肺病、哮喘等 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | 文本 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | NA |
| 14 | 2026-09-21 |
Reactive astrogliosis in the era of single-cell transcriptomics
2023, Frontiers in cellular neuroscience
IF:4.2Q2
DOI:10.3389/fncel.2023.1173200
PMID:37153637
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综述 | 本文综述了单细胞转录组学技术在多种神经病理学中揭示的反应性星形胶质细胞异质性及其转录组特征 | 系统整合了多种神经病理学中单细胞或单核转录组学定义的反应性星形胶质细胞亚群，揭示了不同神经系统疾病间反应性星形胶质细胞转录组特征的共性与特异性 | 本文为综述性文章，未产生新的实验数据，主要依赖已有数据集的比较与整合 | 概述单细胞或单核转录组学在多种神经病理学中定义的反应性星形胶质细胞群体，促进相关参考点的查找并提高新数据集的可解释性 | 反应性星形胶质细胞 | 机器学习 | 神经系统疾病 | 单细胞转录组学、单核转录组学 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、单核RNA-seq | NA | NA |
| 15 | 2026-09-21 |
Subject clustering by IF-PCA and several recent methods
2023, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2023.1166404
PMID:37287536
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研究论文 | 该文提出结合变分自编码器（VAE）与影响力特征主成分分析（IF-PCA）的IF-VAE方法，并比较IF-PCA、VAE、Seurat和SC3在基因表达数据上的受试者聚类性能 | 将变分自编码器（VAE）与影响力特征主成分分析（IF-PCA）结合，提出IF-VAE新方法；证明IF-PCA在稀有/弱模型下可实现相变 | IF-VAE相比VAE有显著提升但仍不如IF-PCA；Seurat和SC3理论分析困难，最优性尚不明确 | 探讨如何结合无监督深度学习与其他方法的优势，以及不同受试者聚类方法的性能比较 | 10个基因微阵列数据集和8个单细胞RNA-seq数据集中的受试者（患者或细胞） | 机器学习 | NA | 基因微阵列、单细胞RNA-seq | 变分自编码器（VAE）、主成分分析（PCA） | 基因表达数据 | 10个基因微阵列数据集和8个单细胞RNA-seq数据集 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 16 | 2026-09-20 |
Best practices for single-cell analysis across modalities
2023-08, Nature reviews. Genetics
DOI:10.1038/s41576-023-00586-w
PMID:37002403
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综述 | 该文章总结了单模态和多模态单细胞分析的独立基准测试研究，为最常见的分析步骤提供了全面的最佳实践工作流程 | 系统整合了跨模态单细胞分析的独立基准测试，提供全面的最佳实践工作流程，并在缺乏独立基准时对比了流行方法 | 部分分析步骤缺乏独立基准测试，限制了最佳实践推荐的全面性 | 为单细胞（多）组学分析领域的新手提供入门指南，并引导高级用户了解最新最佳实践 | 单细胞转录组学、染色质可及性、表面蛋白表达、适应性免疫受体库分析和空间信息数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 单细胞多组学, 空间转录组学 | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 17 | 2026-09-20 |
MetaTiME integrates single-cell gene expression to characterize the meta-components of the tumor immune microenvironment
2023-05-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-38333-8
PMID:37149682
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研究论文 | 该文章开发了一个数据驱动的框架MetaTiME，通过整合单细胞基因表达数据来表征肿瘤免疫微环境的元组分 | 利用数据驱动的方式从数百万肿瘤微环境单细胞中学习元组分，克服了传统手动标记在分辨率和一致性上的局限，能够编码跨癌种观察到的独立基因表达组分，并可通过表观遗传学数据揭示关键的转录调控因子 | 未明确提及 | 克服使用已知基因标记进行手动标注所导致的分辨率和一致性局限，整合多个肿瘤scRNA-seq数据集以表征肿瘤微环境中常见的细胞类型和状态 | 肿瘤微环境中的单细胞（包括非癌细胞） | 数字病理学、机器学习 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本（基因表达数据）、表观遗传学数据 | 数百万个肿瘤微环境单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 18 | 2026-09-20 |
Acoel single-cell atlas reveals expression dynamics and heterogeneity of adult pluripotent stem cells
2023-05-05, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-38016-4
PMID:37147314
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研究论文 | 该研究对无腔动物Hofstenia miamia在胚后发育和再生过程中进行单细胞RNA测序，构建了细胞图谱并揭示了成体多能干细胞的表达动态和异质性。 | 首次对无腔动物Hofstenia miamia进行单细胞RNA测序，构建了跨发育阶段和再生过程的转录细胞状态图谱，鉴定出共享细胞类型及其基因表达动态，发现了一个富集组蛋白变体H3.3的新胚细胞亚群，该亚群似乎缺乏分化特化。 | 摘要中未明确提及研究局限性。 | 研究无腔动物成体多能干细胞的细胞状态及其在再生过程中的表达动态和异质性，以促进跨物种比较和干细胞命运潜能研究。 | 无腔动物Hofstenia miamia（成虫），及其成体多能干细胞（新胚细胞）。 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 19 | 2026-09-20 |
Single-cell RNA-seq reveals intratumoral heterogeneity in osteosarcoma patients: A review
2023-Apr, Journal of bone oncology
IF:3.1Q2
DOI:10.1016/j.jbo.2023.100475
PMID:37034356
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综述 | 该综述整合分析了来自18个骨肉瘤病灶（原发、复发和转移）的超过15万个单细胞转录组数据，揭示了骨肉瘤肿瘤微环境中的瘤内异质性及不同病灶间独特的细胞群体和基因特征 | 整合了超过15万个细胞、18个不同病灶（原发、复发、转移）的单细胞RNA测序数据，系统性揭示了骨肉瘤瘤内异质性，并比较了不同病灶类型之间的细胞群体和基因表达特征差异 | 本文为综述，未产生新的原始实验数据，其结论依赖于已有研究的综合分析，可能存在数据异质性和整合偏差 | 总结和整合单细胞RNA测序在骨肉瘤研究中的应用，揭示骨肉瘤肿瘤微环境的瘤内异质性，为发现新的生物标志物和治疗靶点提供依据 | 骨肉瘤患者的肿瘤病灶，包括原发、复发和转移性骨肉瘤病灶 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞转录组数据 | 来自18个骨肉瘤病灶（包括原发、复发和转移）的超过150,000个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 20 | 2026-09-20 |
Analysis of RNA processing directly from spatial transcriptomics data reveals previously unknown regulation
2023-Mar-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.13.532412
PMID:36993757
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研究论文 | 该文章首次将ReadZS和SpliZ方法应用于空间转录组数据，直接分析RNA加工的空间调控。 | 首次将ReadZS和SpliZ方法应用于空间转录组数据，分析RNA加工的空间定位。 | 计算挑战可能限制方法的广泛应用，样本仅限小鼠大脑和肾脏。 | 研究RNA加工在空间转录组数据中的空间调控。 | 小鼠大脑和肾脏的空间转录组数据。 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | Moran's I | 空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | NA |