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当前共找到 5354 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2024-08-07 |
Classification of tuberculosis-related programmed cell death-related patient subgroups and associated immune cell profiling
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1159713
PMID:37205113
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研究论文 | 本研究通过分析结核病（TB）相关数据集中的免疫细胞谱，识别并验证了与程序性细胞死亡（PCD）相关的基因表达模式，以此来分层TB患者并探讨其与免疫细胞丰度的关系 | 首次通过机器学习方法筛选出与PCD相关的关键基因，并利用这些基因对TB患者进行分层，进一步验证了这些分层在独立数据集中的有效性 | 研究主要基于公共数据库的数据，未来需要更多的临床样本验证这些发现 | 旨在通过PCD相关基因的表达模式来分层TB患者，并探讨其与免疫细胞丰度的关系，为TB的诊断和治疗提供新的策略 | 结核病患者及其PCD相关基因表达模式 | 数字病理学 | 结核病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 机器学习 | 基因表达数据 | TB患者样本 | NA | NA | NA | NA |
| 2 | 2026-07-24 |
Lactate from glycolysis regulates inflammatory macrophage polarization in breast cancer
2023-06, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-023-03382-x
PMID:36729212
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研究论文 | 通过多组学数据分析，发现乳腺癌中乳酸主要来源于糖酵解，并调控炎症性巨噬细胞极化 | 首次结合多组学数据分析和单细胞转录组揭示乳酸主要源于糖酵解而非谷氨酰胺分解，并阐明其通过SLC16A3转运体影响M1巨噬细胞极化的机制 | 未详细阐述体内实验验证及临床治疗应用的具体效果 | 探究乳腺癌中乳酸的来源及其对免疫微环境中巨噬细胞极化的调控作用 | 乳腺癌细胞和肿瘤相关巨噬细胞 | NA | 乳腺癌 | 多组学数据分析、单细胞转录组分析、体外实验（RNA和蛋白质水平检测） | NA | 转录组数据、临床数据 | 未明确样本数量，涉及22种免疫细胞分析 | NA | NA | NA | NA |
| 3 | 2026-07-22 |
Integrative Single-Cell and Bulk Transcriptomes Analyses Identify Intrinsic HNSCC Subtypes with Distinct Prognoses and Therapeutic Vulnerabilities
2023-08-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-22-3563
PMID:37192003
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research paper | 通过整合单细胞和批量转录组分析，识别具有不同预后和治疗弱点的头颈部鳞状细胞癌内在亚型 | 首次通过整合单细胞和批量RNA测序数据，提出三种内在一致分子亚型（iCMS1-3），并开发机器学习的预后和治疗预测特征 | 未在论文标题和摘要中明确说明局限性 | 通过多队列整合分析，定义头颈部鳞状细胞癌的内在上皮亚型，并评估其分子特征和临床意义 | 头颈部鳞状细胞癌患者的恶性上皮细胞 | machine learning | head and neck squamous cell carcinoma | scRNA-seq, bulk RNA-seq | machine learning | single-cell RNA sequencing data, bulk RNA sequencing data | 1,325名患者来自独立队列 | NA | single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 4 | 2026-07-10 |
Protein phosphatases regulate the formation of Müller glia-derived progenitor cells in the chick retina
2023-Dec-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.11.570629
PMID:38168320
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研究论文 | 研究蛋白磷酸酶在鸡视网膜中Müller胶质细胞来源祖细胞形成中的作用 | 首次通过单细胞RNA测序分析揭示蛋白磷酸酶（DUSP1/6和PP2C/PP2B）在Müller胶质细胞重编程为祖细胞过程中的动态表达及差异化调控作用 | 未评估磷酸酶抑制对受损视网膜中细胞死亡数量的显著影响，且研究局限于鸡视网膜模型 | 探究蛋白磷酸酶在Müller胶质细胞重编程为祖细胞过程中的调控机制 | 鸡视网膜中的Müller胶质细胞及Müller胶质细胞来源的祖细胞 | 数字病理学 | 视网膜疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 通过单细胞RNA测序数据库分析，未提供具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5 | 2026-07-10 |
Single-cell RNA sequencing analysis revealed malignant ductal cell heterogeneity and prognosis signatures in pancreatic cancer
2023-10, Clinics and research in hepatology and gastroenterology
IF:2.6Q2
DOI:10.1016/j.clinre.2023.102200
PMID:37643692
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析揭示胰腺癌恶性导管细胞异质性和预后特征 | 首次利用单细胞RNA测序结合Leiden算法对胰腺癌导管细胞亚群进行综合分析，鉴定出S100A6+和FXYD2+两种主要亚型，并整合批量RNA测序数据生成并验证了新的预后特征 | 未明确说明 | 通过多组学方法深入研究胰腺癌导管细胞的异质性并建立预后特征 | 胰腺癌导管细胞亚群 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未明确说明样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6 | 2026-07-05 |
Mast cell marker gene signature: prognosis and immunotherapy response prediction in lung adenocarcinoma through integrated scRNA-seq and bulk RNA-seq
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1189520
PMID:37256127
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研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，构建了肥大细胞标志基因特征，用于肺腺癌的预后和免疫治疗反应预测 | 首次基于单细胞测序鉴定肥大细胞特异性标志基因，并构建了包含九种肥大细胞相关基因的预后特征，用于肺腺癌患者风险分层和免疫治疗反应预测 | 未提及外部验证队列中不同种族或地理区域的差异，且未对特征基因的生物学机制进行深入体内验证 | 评估肥大细胞在肺腺癌预后及免疫治疗反应预测中的作用 | 肺腺癌患者的肿瘤组织样本和公开数据集 | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | 机器学习预测模型（基于九种基因特征的预后评分模型） | 单细胞转录组数据和批量转录组数据 | 涉及训练集和四个外部验证集，具体样本量未在摘要中说明 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 7 | 2026-07-04 |
Transcriptomic research in atherosclerosis: Unravelling plaque phenotype and overcoming methodological challenges
2023-Dec, Journal of molecular and cellular cardiology plus
DOI:10.1016/j.jmccpl.2023.100048
PMID:39802625
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综述 | 探讨转录组研究在揭示动脉粥样硬化斑块表型及克服方法学挑战中的作用 | 系统讨论了整体和单细胞测序等最新转录组技术进展在斑块表型分析中的附加价值，并强调了多组学数据整合和机器学习对理解动脉粥样硬化的贡献 | 该领域研究结果可重复性低且缺乏标准化流程 | 阐明转录组研究如何帮助理解动脉粥样硬化斑块的不同表型及其在疾病发生发展中的作用 | 动脉粥样硬化斑块 | 机器学习 | 心血管疾病 | 转录组测序、单细胞测序 | NA | 转录组数据、多组学数据 | NA | NA | 整体RNA-seq、单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8 | 2026-07-03 |
Single-cell profiling reveals immune aberrations in progressive idiopathic pulmonary fibrosis
2023-Apr-29, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2023.04.29.23289296
PMID:37163015
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研究论文 | 该文章通过单细胞RNA测序揭示了特发性肺纤维化（IPF）患者在稳定期和进展期的外周免疫系统变化图谱 | 首次在单细胞分辨率下详细描述IPF患者外周血免疫细胞群的变化，特别是发现经典单核细胞和调节性T细胞（Tregs）增加与疾病进展和预后相关，并揭示了肺-血免疫招募轴 | 摘要未明确提及局限性，但可能包括样本量较小或验证队列有限 | 绘制IPF患者稳定期和进展期的外周免疫系统变化图谱 | 特发性肺纤维化（IPF）患者和对照组的外周血单核细胞（PBMCs） | 单细胞生物信息学 | 特发性肺纤维化（IPF） | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）, 流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据 | 25名IPF患者和13名匹配对照组，共38个PBMC样本，获得149,564个细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 10x Chromium | 10x Chromium 5' 单细胞RNA测序 |
| 9 | 2026-07-01 |
Multi-modal transcriptomic analysis unravels enrichment of hybrid epithelial/mesenchymal state and enhanced phenotypic heterogeneity in basal breast cancer
2023-Oct-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.30.558960
PMID:37873432
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研究论文 | 通过多模态转录组数据分析，揭示基底型乳腺癌中混合上皮/间质状态富集及表型异质性增强 | 整合批量、单细胞和空间转录组数据，结合数学模型解析上皮-间质转化与腔-基底可塑性之间的表观遗传串扰 | 依赖细胞系及原发肿瘤样本，未进行体内功能验证，且数学模型的预测需要实验进一步验证 | 探究乳腺癌中上皮-间质转化与腔-基底可塑性如何驱动肿瘤内表型异质性 | 乳腺癌细胞系及原发肿瘤样本 | 数字病理学 | 乳腺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 基因调控网络数学模型 | 转录组数据 | 乳腺癌细胞系及原发肿瘤样本（具体数量未在摘要中提及） | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 10 | 2026-07-01 |
ScopeViewer: A Browser-Based Solution for Visualizing Spatial Transcriptomics Data
2023-Jul-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.24.549256
PMID:37546786
|
研究论文 | ScopeViewer是一种基于浏览器的空间转录组学数据可视化软件，旨在解决大数据处理、共享和可视化挑战 | 首次提供浏览器端的空间转录组数据交互可视化方案，实现原始图像与注释的双重查看，通过优化带宽和避免数据传输增强安全性 | 文章未提及局限性 | 开发用于空间转录组数据可视化的浏览器端软件工具 | 空间转录组数据的可视化方法 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 图像 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 11 | 2026-06-30 |
High-throughput identification of Toxoplasma gondii effector proteins that target host cell transcription
2023-10-11, Cell host & microbe
IF:20.6Q1
DOI:10.1016/j.chom.2023.09.003
PMID:37827122
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研究论文 | 结合CRISPR敲除筛选与双宿主-微生物单细胞RNA测序（双扰动测序），高通量鉴定弓形虫效应蛋白及其对宿主细胞转录的调控作用 | 首次将CRISPR pooled敲除筛选与双宿主-微生物单细胞RNA测序整合为双扰动测序方法，实现无偏倚鉴定弓形虫效应蛋白并直接推断其功能 | 未提及具体技术局限性，可能受限于筛选规模及对宿主转录干扰的特异性验证 | 高通量鉴定弓形虫效应蛋白并阐明其调控宿主细胞转录的分子机制 | 弓形虫（Toxoplasma gondii）效应蛋白及宿主细胞转录调控 | 机器学习 | 弓形虫病 | CRISPR敲除筛选，单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 双宿主-微生物单细胞RNA测序（双扰动测序） |
| 12 | 2026-06-20 |
CD73-generated extracellular adenosine promotes resolution of neutrophil-mediated tissue injury and restrains metaplasia in pancreatitis
2023-01, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202201537R
PMID:36468677
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研究论文 | 本研究探讨CD73产生的胞外腺苷在胰腺炎中促进中性粒细胞介导的组织损伤消退并抑制化生的作用 | 首次证明CD73缺失会加剧胰腺炎严重程度，并揭示通过清除中性粒细胞可减轻化生和急性胰腺炎，为CD73增强剂作为治疗策略提供新依据 | 研究主要基于小鼠模型，未在人胰腺炎样本中进行验证；且未深入探讨腺苷受体亚型的具体机制 | 阐明CD73产生的胞外腺苷在胰腺炎炎症消退和组织损伤修复中的关键作用 | CD73敲除和野生型C57BL/6小鼠的胰腺组织及浸润免疫细胞 | 机器学习 | 胰腺炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 涉及CD73敲除和野生型小鼠，具体数量未提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 13 | 2026-06-20 |
Comparative single-cell transcriptomic analysis reveals differences in signaling pathways in gonadal primordial germ cells between chicken (Gallus gallus) and zebra finch (Taeniopygia guttata)
2023-01, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202201569R
PMID:36520042
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序比较鸡和斑胸草雀生殖腺原始生殖细胞中的信号通路差异 | 首次进行跨物种鸟类单细胞转录组分析，揭示了鸡形目和雀形目之间生殖细胞发育的信号通路差异 | NA | 探究鸡和斑胸草雀生殖腺原始生殖细胞及周围细胞的物种特异性特征 | 鸡和斑胸草雀的生殖腺原始生殖细胞及周围体细胞 | 机器学习和基因组学 | NA | scRNA-seq | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 14 | 2026-06-20 |
A single-cell transcriptomic atlas characterizes cell types and their molecular features in yak ovarian cortex
2023-01, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202201176RR
PMID:36527406
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序构建牦牛卵巢皮层的细胞图谱，表征细胞类型及其分子特征 | 首次构建了牦牛卵巢皮层的单细胞转录组图谱，并鉴定出八种主要细胞类型及其标志基因 | 未提供样本量信息，且仅对卵母细胞进行了亚型分类，其他细胞类型的异质性有待进一步探索 | 揭示牦牛卵巢皮层的细胞组成和分子特征，为理解雌性生殖生物学提供见解 | 牦牛卵巢皮层组织 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 15 | 2026-06-19 |
Thrombospondin-1 promotes fibro-adipogenic stromal expansion and contractile dysfunction of the diaphragm in obesity
2023-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.17.553733
PMID:37645822
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研究论文 | 本文研究了肥胖状态下血小板反应蛋白-1促进膈肌纤维脂肪基质扩张和收缩功能障碍的机制 | 首次揭示THBS1是肥胖诱导的膈肌基质重塑和收缩功能障碍的必要介质，并发现THBS1敲除小鼠能抵抗肥胖引起的膈肌脂肪沉积和收缩力下降 | 研究主要基于小鼠模型，人类中的验证尚需进一步研究 | 探讨THBS1在肥胖引起的膈肌功能障碍中的作用及其分子机制 | 饮食诱导肥胖小鼠的膈肌组织及细胞 | 机器学习和数字病理学 | 肥胖相关呼吸功能障碍 | bulk和单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 野生型和THBS1敲除小鼠的膈肌样本 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 16 | 2026-06-19 |
Transcriptomic landscapes of effective and failed liver regeneration in humans
2023-Apr, JHEP reports : innovation in hepatology
IF:9.5Q1
DOI:10.1016/j.jhepr.2023.100683
PMID:36950091
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research paper | 探索人类肝脏再生过程中有效和失败时的转录组景观 | 首次利用人类生物样本库系统评估肝脏再生早期转录变化，并揭示功能失调再生中DUSP4降低与过度炎症反应的关系，挑战了现有动物模型概念 | 未提及具体限制，但可能包括样本量较小、临床风险因素的模拟模型与人类实际情况的差异 | 系统评估人类肝脏再生过程中的早期转录变化，并探究功能失调肝脏再生中这些过程的差异 | 接受肝切除手术患者的血液和组织样本 | machine learning | 肝脏疾病 | RNA-seq, 空间转录组学 | NA | 转录组数据, 空间转录组数据 | 154名患者的血液样本和46名患者的术中组织样本，其中21名患者用于RNA测序 | NA | bulk RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 17 | 2026-06-18 |
Coordinated immune dysregulation in Juvenile Dermatomyositis revealed by single-cell genomics
2023-Nov-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.07.566033
PMID:37986917
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研究论文 | 利用单细胞基因组学揭示青少年皮肌炎中协调的免疫失调 | 首次通过单细胞转录组学与表面蛋白表达结合的方法，系统分析了JDM患者不同疾病活动阶段的血液免疫细胞状态，发现B细胞向未成熟幼稚状态的偏移是JDM的标志，并揭示I型干扰素反应在免疫群体中的过度激活与蛋白质加工和细胞死亡调控的功能障碍相协调 | 未提及明显的局限性，但可能受限于样本量或仅基于血液样本的分析，未涉及组织层面 | 阐明青少年皮肌炎（JDM）从免疫系统失调中出现的机制，以提供恢复免疫平衡的策略 | 青少年皮肌炎（JDM）患者的外周血单核细胞（PBMCs） | 单细胞基因组学 | 青少年皮肌炎 | 单细胞转录组学、表面蛋白表达分析 | NA | 单细胞RNA测序数据、表面蛋白表达数据 | JDM患者处于不同疾病活动阶段的血液样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 单细胞转录组学与表面蛋白表达（CITE-seq） |
| 18 | 2026-06-18 |
Single-cell brain organoid screening identifies developmental defects in autism
2023-09, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06473-y
PMID:37704762
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研究论文 | 通过CRISPR-人类类器官-单细胞RNA测序系统筛选36个高风险的孤独症谱系障碍相关基因，揭示了它们对脑细胞命运决定的调控作用 | 开发了CHOOSE系统，结合CRISPR-Cas9基因编辑、人类大脑类器官模型和单细胞转录组学，实现了在嵌合类器官中进行高通量功能缺失筛选 | NA | 研究孤独症谱系障碍高风险基因在人类脑发育过程中的细胞类型特异性功能 | 孤独症谱系障碍相关的36个转录调控基因 | 机器学 | 孤独症谱系障碍 | CRISPR-Cas9基因编辑, 单细胞RNA测序, 诱导多能干细胞 | NA | 单细胞转录组数据, 染色质模态数据 | 36个高风险基因扰动实验, 患者特异性诱导多能干细胞来源的类器官 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 19 | 2026-06-17 |
CD168+ macrophages promote hepatocellular carcinoma tumor stemness and progression through TOP2A/β-catenin/YAP1 axis
2023-Jun-16, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106862
PMID:37275516
|
研究论文 | 通过单细胞RNA-seq分析，发现CD168+巨噬细胞通过TOP2A/β-catenin/YAP1轴促进肝癌干细胞特性与肿瘤进展 | 首次揭示CD168+巨噬细胞通过TOP2A竞争性结合β-catenin，解除其与YAP1的结合，从而促进肝癌干细胞特性与空间异质性 | NA | 探索肝癌干细胞样细胞的起源及TOP2A/β-catenin/YAP1轴在肿瘤干细胞特性和进展中作用 | 肝细胞癌中的癌症干细胞样细胞和M2样巨噬细胞 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞测序平台，10x Visium空间转录组学平台 |
| 20 | 2026-06-15 |
Ghrelin deletion and conditional ghrelin cell ablation increase pancreatic islet size in mice
2023-12-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI169349
PMID:38099492
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研究论文 | 本研究探讨了胃饥饿素缺失及条件性胃饥饿素细胞消融对小鼠胰岛大小和β细胞质量的影响 | 首次揭示胃饥饿素减少通过降低β细胞凋亡增加β细胞数量，进而增大胰岛大小，并利用单细胞转录组学发现相关基因表达变化 | 未明确胃饥饿素减少与饮食诱导肥胖相关胰岛增大的因果关系完全独立 | 确定胃饥饿素对胰岛大小和β细胞质量的影响 | 小鼠胰岛和β细胞 | 机器学习 | 糖尿病 | 基因敲除、细胞消融、单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 涉及不同年龄（4周龄和10-12周龄）和不同饮食（高脂饮食和普通饮食）的小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |