单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-09-18	Hypoxia activates SREBP2 through Golgi disassembly in bone marrow-derived monocytes for enhanced tumor growth 2023-11-15, The EMBO journal DOI:10.15252/embj.2023114032 PMID:37781951	研究论文	本研究揭示了缺氧通过诱导高尔基体解体和内质网融合，以SCAP非依赖方式激活SREBP2，从而促进骨髓来源单核细胞的胆固醇生物合成和肿瘤生长	发现了缺氧通过高尔基体-内质网融合激活SREBP2的新机制，且该过程具有谱系特异性	NA	探究缺氧条件下骨髓来源细胞中SREBP2激活的细胞机制及其在肿瘤进展中的作用	骨髓来源单核细胞、造血干细胞和单核细胞	细胞生物学	肿瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
2	2025-09-18	Spatial transcriptomics reveals the distinct organization of mouse prefrontal cortex and neuronal subtypes regulating chronic pain 2023-Nov, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-023-01455-9 PMID:37845544	研究论文	通过空间转录组学揭示小鼠前额叶皮层在慢性疼痛调控中的独特细胞与环路组织	首次利用空间分辨单细胞转录组分析揭示PFC细胞类型组成、基因表达模式及亚区特异性，并鉴定出调控慢性疼痛的特定细胞类型与神经环路	研究局限于小鼠模型，尚未在人类或临床样本中验证	解析前额叶皮层（PFC）在多种功能（包括慢性疼痛）中的细胞与环路分子机制	成年小鼠前额叶皮层及其神经元亚型	空间转录组学	慢性疼痛	空间分辨单细胞转录组测序	NA	空间转录组数据	成年小鼠前额叶皮层样本（具体数量未明确说明）
3	2025-09-18	Revealing the Heterogeneity of the Tumor Ecosystem of Cholangiocarcinoma through Single-Cell Transcriptomics 2023-03-10, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells12060862 PMID:36980203	综述	本文通过单细胞转录组学探讨胆管癌肿瘤生态系统的异质性及其临床意义	利用scRNA-seq技术前所未有地揭示胆管癌肿瘤和基质细胞（包括浸润免疫细胞）的表型和功能多样性	讨论了当前研究的局限性	研究胆管癌肿瘤生态系统的异质性及其在肿瘤发生和治疗抵抗中的作用	胆管癌肿瘤生态系统中的各种细胞成分	数字病理	胆管癌	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	转录组数据	NA
4	2025-09-15	Human Pancreatic α-Cell Heterogeneity and Trajectory Inference Analysis Using Integrated Single Cell- and Single Nucleus-RNA Sequencing Platforms 2023-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.19.567715 PMID:38014078	研究论文	通过整合单细胞和单核RNA测序技术揭示人类胰腺α细胞的异质性及其在2型糖尿病中的转分化轨迹	首次发现人类α细胞存在五个转录组不同的亚群，并利用轨迹推断分析揭示α与β细胞双向转分化的基因特征	研究主要基于体外胰岛和移植胰岛数据，未完全模拟体内自然环境	探究人类胰腺α细胞异质性及在2型糖尿病中细胞命运转换的机制	人类胰岛细胞（来自非糖尿病供体和2型糖尿病供体）及胰岛移植物	单细胞组学	2型糖尿病	scRNA-seq, snRNA-seq, 轨迹推断分析, RNA velocity/PAGA分析	NA	单细胞转录组数据	人类非糖尿病供体和2型糖尿病供体的胰岛样本
5	2025-09-14	Identification of a novel cuproptosis-related gene signature for rheumatoid arthritis-A prospective study 2023-11, The journal of gene medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1002/jgm.3535 PMID:37338187	研究论文	本研究通过生物信息学分析和实验验证，识别了与类风湿关节炎（RA）相关的铜死亡关键基因DLAT，并探讨其与免疫细胞浸润的关联	首次在RA中鉴定铜死亡相关基因特征，发现DLAT作为枢纽基因与滤泡辅助T细胞高度相关，并通过实验验证其功能	研究样本量有限，机制研究仍需深入	识别与RA发病机制相关的铜死亡枢纽基因	类风湿关节炎患者样本和永生化人软骨细胞	生物信息学	类风湿关节炎	生物信息学分析、qRT-PCR、单细胞测序、细胞实验	NA	基因表达数据、单细胞数据	RA患者和正常样本（具体数量未说明）
6	2025-09-14	Exploration of s new biomarker in osteosarcoma and association with clinical outcomes: TOP2A+ cancer associated fibroblasts 2023-11, The journal of gene medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1002/jgm.3528 PMID:37246449	研究论文	本研究探索骨肉瘤中TOP2A+癌症相关成纤维细胞作为新型生物标志物及其与临床预后的关联	首次系统研究骨肉瘤中癌症相关成纤维细胞的作用，并识别出致癌性CAF亚群TOP2A+ CAFs	样本量较小（仅6例单细胞RNA测序数据），需要更大规模验证	探究骨肉瘤中癌症相关成纤维细胞的角色并开发预后预测模型	骨肉瘤患者及其肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞	生物信息学	骨肉瘤	单细胞RNA测序，基因集富集分析(GSEA)，LASSO回归模型	LASSO回归，列线图模型	RNA测序数据，临床数据	6例单细胞RNA测序数据，88例骨肉瘤样本的预后基因数据
7	2025-09-13	Cellular age explains variation in age-related cell-to-cell transcriptome variability 2023-12-01, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.278144.123 PMID:37973195	研究论文	通过分析小鼠单细胞转录组数据，研究细胞年龄如何解释不同细胞类型在衰老过程中转录组变异性的差异	提出了一个基于细胞更新率差异的新概念框架，解释为什么某些细胞类型的转录组会显示衰老迹象而其他不会	研究基于小鼠数据，在人类中的适用性需要进一步验证	理解不同细胞类型衰老速率差异的机制	小鼠多种组织和年龄的单细胞转录组	生物信息学	衰老相关疾病	单细胞转录组测序	启发式模型	转录组数据	多种小鼠组织和年龄的单细胞样本
8	2025-09-13	Spatially distinct molecular patterns of gene expression in idiopathic pulmonary fibrosis 2023-Nov-17, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-023-02572-6 PMID:37978501	研究论文	利用空间转录组学技术揭示特发性肺纤维化（IPF）肺部不同病理区域的基因表达差异	首次在IPF中应用空间转录组学（GeoMx Nanostring）技术，实现比单细胞或批量RNA-Seq更高分辨率的空间转录信号解析	样本量有限（32例IPF和12例对照），且仅基于FFPE组织	解析IPF肺部病理异质性区域的转录组差异，以理解纤维化分布机制并识别潜在治疗靶点	特发性肺纤维化（IPF）患者和对照组的肺组织样本	空间转录组学	特发性肺纤维化	GeoMx Nanostring Digital Spatial Profiling，免疫荧光染色	NA	空间转录组数据，组织图像	32例IPF患者和12例对照的FFPE组织，共231个感兴趣区域（ROIs）
9	2025-09-13	An Integrated Map of Cell Type-Specific Gene Expression in Pancreatic Islets 2023-11-01, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db23-0130 PMID:37582230	研究论文	构建了一个胰腺胰岛细胞类型特异性基因表达的综合图谱，基于单细胞RNA测序数据	首次提供了来自65名供体的192,203个细胞的综合参考图谱，包含多种糖尿病状态，并提供了开放访问的分析工具	NA	创建胰腺胰岛细胞类型特异性基因表达的规范参考资源，便于研究人员查询和用于生物信息学分析	人类胰腺胰岛细胞，包括无糖尿病、1型糖尿病自身抗体阳性、1型糖尿病和2型糖尿病供体	生物信息学	糖尿病	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	192,203个细胞，来自65名供体
10	2025-09-13	CIARA: a cluster-independent algorithm for identifying markers of rare cell types from single-cell sequencing data 2023-06-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.201264 PMID:37294170	研究论文	提出一种名为CIARA的聚类独立算法，用于从单细胞测序数据中识别稀有细胞类型的标志基因	开发了不依赖聚类步骤的算法直接识别稀有细胞类型标志基因，并能与现有聚类方法整合	NA	提高单细胞测序数据中稀有细胞类型的检测能力	单细胞测序数据中的稀有细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序，单细胞组学数据	聚类独立算法	单细胞测序数据	人类原肠胚和小鼠胚胎干细胞样本
11	2025-09-13	The Genetic Landscape of Familial Pulmonary Fibrosis 2023-05-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202204-0781OC PMID:36622818	研究论文	对家族性肺纤维化（FPF）进行大规模遗传风险整合分析，探索罕见变异基因及其相关通路	迄今最全面的FPF遗传研究，定义了已知FPF相关基因中罕见变异的流行率，并识别了新的候选基因和通路	未发现跨多个家系共享的新罕见变异基因，提示遗传风险主要由涉及多种基因和通路的异质性变异介导	评估家族性肺纤维化的遗传风险，识别相关罕见变异基因和生物学通路	569个FPF家系中的患病个体	遗传学	肺纤维化	全外显子组测序，候选基因测序，共分离分析，基因负荷分析，风险评分，细胞类型富集分析，共表达网络构建，单细胞转录组学	NA	基因组测序数据，转录组数据	569个FPF家系
12	2025-09-13	Single-cell RNA-seq methods to interrogate virus-host interactions 2023-01, Seminars in immunopathology IF:7.9Q1 DOI:10.1007/s00281-022-00972-2 PMID:36414692	综述	本文总结了单细胞RNA测序技术在研究病毒与宿主相互作用中的方法与应用	强调了scRNA-seq在解析病毒基因组和宿主反应异质性、区分感染细胞与旁观者细胞差异反应以及揭示细胞间通讯网络中的关键应用	NA	探讨病毒与宿主相互作用的机制并促进抗病毒治疗策略的开发	病毒感染的宿主细胞	生物信息学	病毒感染性疾病	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	NA
13	2025-09-12	Single-cell transcriptome sequencing of plant leaf expressing anti-HER2 VHH-FcK cancer therapeutic protein 2023-12-19, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-023-02833-5 PMID:38114492	研究论文	利用单细胞转录组测序分析转基因烟草叶片中抗HER2 VHH-FcK癌症治疗蛋白的表达模式	首次在植物组织中应用scRNA-seq技术解析重组治疗蛋白的细胞类型特异性表达	仅针对烟草叶片进行研究，未涉及其他植物组织或物种	优化植物生物量中重组治疗蛋白的生产策略	转基因烟草（Nicotiana tabacum）叶片细胞	植物生物技术	乳腺癌	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	转基因烟草叶片细胞
14	2025-09-12	Autologous Airway Basal Cell Transplantation Alleviates Airway Epithelium Defect in Recurrent Benign Tracheal Stenosis 2023-12-18, Stem cells translational medicine IF:5.4Q1 DOI:10.1093/stcltm/szad062 PMID:37804518	研究论文	本研究探索自体气道基底细胞移植联合生物凝胶在犬模型中治疗复发性良性气管狭窄的效果	首次将自体气道基底细胞移植与生物凝胶涂层结合，显著提高生存率并促进气道再上皮化	研究仅在犬模型中进行，尚未进行人体临床试验	评估自体基底细胞移植对气道稳态恢复和上皮缺损修复的治疗潜力	犬模型及人类复发性气管狭窄患者的气道黏膜	再生医学	气管狭窄	单细胞RNA测序（scRNA-seq），支气管镜治疗	NA	基因表达数据，病理学观察数据	犬模型分组研究（具体数量未明确），人类患者气道黏膜样本
15	2025-09-12	Single-Cell RNA-Seq Analysis Identifies Angiotensinogen and Galanin as Unique Molecular Markers of Acinar Cells in Murine Salivary Glands 2023-12, Stem cells and development IF:2.5Q2 DOI:10.1089/scd.2023.0125 PMID:37823745	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，识别出小鼠唾液腺腺泡细胞中血管紧张素原和甘丙肽作为独特分子标志物	首次系统揭示SMG和SLG腺泡细胞的异质性，并发现两种腺体特有的分子标志物	研究仅针对4周龄小鼠，未涵盖其他发育阶段或物种	鉴定小鼠颌下腺和舌下腺腺泡细胞的分子标志物	小鼠颌下腺(SMG)和舌下腺(SLG)的腺泡细胞	单细胞组学	NA	ScRNA-seq (10×平台), RT-qPCR, 免疫组化, 免疫荧光	NA	单细胞转录组数据	4周龄小鼠
16	2025-09-12	Global decoupling of cell differentiation from cell division in early embryo development 2023-Jul-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.07.29.551123 PMID:37546736	研究论文	本研究通过阻断斑马鱼胚胎细胞周期，证明细胞分裂在早期胚胎发育中并非细胞分化的必要条件	首次在胚胎尺度证明所有组织类型的初始分化可不依赖细胞分裂完成	细胞分裂缺失导致部分细胞类型分化速度减缓并引发应激反应	探究细胞分裂在胚胎细胞分化过程中的作用机制	斑马鱼早期胚胎（原肠胚期至分节期结束）	发育生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	斑马鱼胚胎（具体数量未明确说明）
17	2025-09-11	Transcriptional changes in specific subsets of Drosophila neurons following inhibition of the serotonin transporter 2023-06-24, Translational psychiatry IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41398-023-02521-3 PMID:37355701	研究论文	研究果蝇血清素转运体抑制后特定神经元亚型的转录组变化	利用果蝇模型和单细胞RNA测序技术，首次在特定Kenyon细胞亚型中解析SERT抑制的转录响应，并区分发育期与成年期的差异效应	转录组变化有限，且一种突变等位基因导致显著人为表达变化，需在其他神经回路中进一步验证	探究血清素转运体（SERT）抑制对特定神经元转录组的影响	果蝇蘑菇体中的Kenyon细胞	神经科学	NA	荧光激活细胞分选（FACS）、bulk RNA测序、单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	果蝇dSERT突变等位基因及SSRI西酞普兰喂食的成年果蝇样本
18	2025-09-11	RNA Sequencing and Spatial Transcriptomics in Traumatic Spinal Cord Injury (Review) 2023, Sovremennye tekhnologii v meditsine DOI:10.17691/stm2023.15.6.08 PMID:39944372	综述	本文综述了基于单细胞和单核RNA测序及空间转录组学技术在创伤性脊髓损伤研究中识别细胞类型、揭示分子机制和治疗靶点方面的进展	整合单细胞/单核RNA测序与空间转录组学技术，实现细胞类型精确定位和分子病理分析，为神经连接重组和感觉运动功能恢复机制提供新视角	依赖实验模型数据，人类细胞群体特异性信息尚不完善，需进一步比较验证	通过转录组分析揭示创伤性脊髓损伤的细胞分子机制并探索治疗靶点	脊髓组织中的各类细胞（神经元、神经胶质细胞等）及其在创伤反应中的分子特征	数字病理	创伤性脊髓损伤	RNA-seq, 单细胞RNA测序, 单核RNA测序, 空间转录组学	NA	转录组数据, 空间信息数据	NA（综述文章未指定具体样本量）
19	2025-09-09	A mouse model of ZTTK syndrome reveals indispensable SON functions in organ development and hematopoiesis 2023-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.19.567732 PMID:38014320	研究论文	本研究开发了一种模拟ZTTK综合征的小鼠模型，揭示了SON基因在器官发育和造血过程中的关键作用	首次创建了ZTTK综合征的小鼠模型，并通过单细胞转录组分析揭示了SON单倍剂量不足对造血谱系分化的特异性影响	模型生物与人类疾病存在物种差异，需要进一步验证在人类中的适用性	研究SON基因在器官发育和造血过程中的功能机制	ZTTK综合征小鼠模型和造血干细胞祖细胞	疾病模型研究	ZTTK综合征	单细胞转录组分析、表面标志物分析	小鼠疾病模型	基因表达数据、表型数据	未明确说明具体样本数量，使用转基因小鼠模型进行研究
20	2025-09-09	An analysis of classical multidimensional scaling with applications to clustering 2023-Mar, Information and inference : a journal of the IMA DOI:10.1093/imaiai/iaac004 PMID:36761434	研究论文	本文提出了分析经典多维缩放嵌入样本质量的理论框架，并应用于噪声数据聚类	建立了经典多维缩放统计性能的理论分析框架，提供了信噪比缩放条件以保证聚类标签的完全恢复	NA	分析经典多维缩放技术的统计性能并应用于聚类任务	噪声数据、癌症基因表达数据、单细胞RNA测序数据和自然语言数据	机器学习	癌症	经典多维缩放、基于距离的聚类算法	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据、自然语言数据	NA