单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-04-02	A single-cell atlas reveals shared and distinct immune responses and metabolic profiles in SARS-CoV-2 and HIV-1 infections 2023, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2023.1105673 PMID:36992700	research paper	该研究通过单细胞RNA测序数据比较了SARS-CoV-2和HIV-1感染中的免疫反应和代谢特征，揭示了两种病毒感染的共同和差异	提出了一种新颖的共识单细胞注释方法，整合了来自COVID-19和HIV-1患者的单细胞RNA测序数据，系统比较了两种病毒感染的免疫细胞表型特征和调控通路	样本量相对较小，仅包括7例COVID-19患者、10例HIV-1患者和3例健康对照	比较SARS-CoV-2和HIV-1感染中的免疫反应和代谢特征，以理解疾病进展和开发有效的疫苗和治疗方法	SARS-CoV-2和HIV-1感染患者的单细胞RNA测序数据	digital pathology	COVID-19, HIV-1	scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	111,566个单PBMCs，来自7例COVID-19患者、10例HIV-1患者和3例健康对照
2	2025-04-01	Cell-type-specific aging clocks to quantify aging and rejuvenation in neurogenic regions of the brain 2023-01, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-022-00335-4 PMID:37118510	研究论文	本研究开发了基于单细胞转录组学的细胞类型特异性衰老时钟，用于量化大脑神经发生区域的衰老和年轻化	首次从单细胞转录组数据开发高分辨率衰老时钟，并应用于量化转录组年轻化	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中验证	量化大脑神经发生区域的衰老和年轻化过程	小鼠大脑室下区神经发生区域的细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组测序	基于单细胞的回归模型	单细胞转录组数据	28只不同年龄的小鼠
3	2025-03-29	Single-cell profiling of murine bladder cancer identifies sex-specific transcriptional signatures with prognostic relevance 2023-Sep-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.107703 PMID:37701814	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究小鼠膀胱癌中性别特异性转录特征及其预后相关性	首次在小鼠膀胱癌模型中应用单细胞RNA测序技术，揭示了性别特异性转录特征及其与人类膀胱癌数据的关联	研究仅基于小鼠模型，人类数据的验证仍需进一步研究	探究膀胱癌中性别差异的生物学基础及其临床意义	小鼠BBN诱导的膀胱癌模型及人类BLCA数据集	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠BBN诱导的肿瘤样本及多个人类BLCA数据集
4	2025-03-29	Transcriptional Signatures of Hippocampal Tau Pathology in Primary Age-Related Tauopathy and Alzheimer's Disease 2023-Sep-12, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2023.09.12.23295440 PMID:37745408	研究论文	本研究通过空间转录组学技术，比较了原发性年龄相关tau病变（PART）和阿尔茨海默病（AD）中CA1锥体神经元的转录变化	发现了与神经元内tau病理相关的两种新型基因表达特征，并揭示了PART和AD在tau病理相关的转录变化上的相似性	样本量较小（PART和AD各6例，对照4例），且仅研究了海马CA1区的神经元	探究PART和AD中tau病理相关的分子变化及其相似性	CA1锥体神经元（有/无tau病理）	神经退行性疾病研究	阿尔茨海默病/原发性年龄相关tau病变	GeoMx空间转录组学	NA	mRNA表达数据	6例PART患者、6例AD患者和4例对照
5	2025-03-29	Transgenic ferret models define pulmonary ionocyte diversity and function 2023-Sep, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06549-9 PMID:37730992	研究论文	研究通过转基因雪貂模型探索肺离子细胞的多样性和功能	首次使用条件性遗传雪貂模型研究肺离子细胞生物学和功能，揭示了离子细胞在囊性纤维化中的关键作用	研究仅限于雪貂模型，尚未在人类中验证	阐明肺离子细胞在气道中的生物学功能和囊性纤维化中的作用	转基因雪貂模型和囊性纤维化雪貂	生物医学研究	囊性纤维化	条件性遗传模型、单细胞转录组学、体内谱系追踪	FOXI1-Cre::ROSA-TG, FOXI1-KO, FOXI1-Cre::CFTR	基因表达数据、生理功能数据	转基因雪貂模型和囊性纤维化雪貂
6	2025-03-29	Variant STAT4 and Response to Ruxolitinib in an Autoinflammatory Syndrome 2023-06-15, The New England journal of medicine DOI:10.1056/NEJMoa2202318 PMID:37256972	研究论文	研究STAT4基因的功能获得性变异与自身炎症综合征对鲁索替尼反应的影响	首次发现STAT4基因的功能获得性变异与致残性全硬化性硬斑病(DPM)相关，并证明JAK抑制剂鲁索替尼能改善该病的炎症表型	研究样本量较小(仅4名患者)，且缺乏长期随访数据	探究DPM的遗传学病因和潜在治疗方法	来自三个无亲缘关系家庭的4名DPM患者	医学遗传学	自身炎症综合征	基因组测序、单细胞RNA测序、体外细胞功能实验	NA	基因组数据、转录组数据、临床数据	4名患者(来自3个家庭)
7	2025-03-29	Single-cell transcriptome reveals cell division-regulated hub genes in the unicellular eukaryote Paramecium 2023-Jun, European journal of protistology IF:1.9Q4 DOI:10.1016/j.ejop.2023.125978 PMID:37080141	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了单细胞真核生物草履虫在细胞分裂过程中调控的关键基因	首次在草履虫中揭示了细胞分裂过程中上调基因的功能关联，并鉴定了可能在此过程中起关键作用的枢纽基因	研究仅限于Paramecium cf. multimicronucleatum这一特定物种，结论在其他纤毛虫中的普适性需要进一步验证	探究纤毛虫细胞分裂过程中的分子调控机制	Paramecium cf. multimicronucleatum细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组测序	加权基因共表达网络分析(WGCNA)	基因表达数据	未明确说明样本数量的草履虫细胞
8	2025-03-29	A mannitol-based buffer improves single-cell RNA sequencing of high-salt marine cells 2023-Apr-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.04.26.538465 PMID:37163054	研究论文	本文介绍了一种基于甘露醇的缓冲液（PBS-M），用于提高高盐海洋生物细胞的单细胞RNA测序（scRNA-seq）质量	提出了一种新型缓冲液PBS-M，显著减少细胞死亡和环境mRNA，从而揭示以往无法检测的细胞状态	研究仅针对海鞘血细胞进行了验证，未涉及其他海洋生物细胞	优化单细胞RNA测序技术，使其适用于高盐环境下的海洋生物细胞	海鞘血细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，研究对象为海鞘血细胞
9	2025-03-28	Targeting of epigenetic co-dependencies enhances anti-AML efficacy of Menin inhibitor in AML with MLL1-r or mutant NPM1 2023-04-13, Blood cancer journal IF:12.9Q1 DOI:10.1038/s41408-023-00826-6 PMID:37055414	研究论文	该研究探讨了Menin抑制剂（MI）在治疗具有MLL1重排或NPM1突变的急性髓系白血病（AML）中的疗效，并发现通过靶向表观遗传共依赖性可以增强MI的抗AML效果	研究发现MI与BET、MOZ、LSD1或CBP/p300抑制剂联合使用可在体外和体内显著增强对AML细胞的杀伤效果，为克服MI单药治疗的耐药性提供了新策略	研究主要基于临床前模型，尚未在临床试验中验证这些联合治疗方案的疗效和安全性	探索增强Menin抑制剂在AML治疗中疗效的新方法	具有MLL1重排或NPM1突变的急性髓系白血病细胞	肿瘤学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序、ChiP-Seq、ATAC-Seq、RNA测序、RPPA、质谱流式细胞术（CyTOF）、CRISPR-Cas9筛选	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据	NA
10	2025-03-28	Multi-omic analysis of the cardiac cellulome defines a vascular contribution to cardiac diastolic dysfunction in obese female mice 2023-03-29, Basic research in cardiology IF:7.5Q1 DOI:10.1007/s00395-023-00983-6 PMID:36988733	研究论文	本研究通过多组学分析探讨了肥胖雌性小鼠心脏细胞组中血管对心脏舒张功能障碍的贡献	揭示了平滑肌细胞特异性矿物皮质激素受体（SMC-MR）缺失在预防肥胖相关冠状动脉和心脏舒张功能障碍中的作用，并发现了SMC-MR信号在心脏炎症和白细胞招募中的新机制	研究仅限于雌性小鼠模型，未涉及雄性小鼠或人类样本	探讨肥胖雌性小鼠中平滑肌细胞特异性矿物皮质激素受体缺失对冠状动脉和心脏舒张功能的影响	肥胖雌性小鼠及其心脏非心肌细胞群体	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、基因表达谱分析	小鼠模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	肥胖雌性小鼠及其对照组
11	2025-03-27	CTLA4 protects against maladaptive cytotoxicity during the differentiation of effector and follicular CD4+ T cells 2023-07, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-023-01027-8 PMID:37161048	研究论文	本文研究了CTLA4在效应性和滤泡性CD4+ T细胞分化过程中对细胞毒性的保护作用	揭示了CTLA4在调节CD4+ T细胞细胞毒性中的关键作用，并发现CD57标记的CD4 T细胞在不同组织中的表型差异	研究主要基于原发性抗体缺陷患者，结果在其他疾病中的普适性需要进一步验证	探讨CTLA4在CD4+ T细胞分化过程中的调控机制及其对细胞毒性的影响	CD57标记的CD4+ T细胞	免疫学	原发性抗体缺陷	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	来自血液和扁桃体样本的匹配CD57 CD4 T细胞
12	2025-03-27	Regulation of c-SMAC formation and AKT-mTOR signaling by the TSG101-IFT20 axis in CD4+ T cells 2023-05, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-023-01008-x PMID:37029318	research paper	本研究探讨了TSG101-IFT20轴在CD4+ T细胞中调控c-SMAC形成及AKT-mTOR信号通路的机制	发现IFT20与TSG101的相互作用促进SMAC形成，进而放大AKT-mTOR信号通路，揭示了CD4+ T细胞活化的新调控机制	研究主要基于体外实验和小鼠模型，人体内的相关机制仍需进一步验证	探究CD4+ T细胞中SMAC形成的分子机制及其在免疫应答中的作用	CD4+ T细胞	免疫学	过敏性疾病	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	未刺激和抗体刺激的CD4+ T细胞
13	2025-03-27	Dendritic cell subsets in cancer immunity and tumor antigen sensing 2023-05, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-023-00990-6 PMID:36949244	综述	本文综述了树突状细胞在癌症免疫和肿瘤抗原感知中的作用及其机制	利用scRNA-seq分析揭示了树突状细胞的表型获取、转录状态和功能程序	未提及具体实验样本量和数据来源的局限性	探讨树突状细胞在肿瘤抗原感知和抗肿瘤免疫中的作用	树突状细胞及其在肿瘤微环境中的功能	免疫学	癌症	scRNA-seq	NA	转录组数据	NA
14	2025-03-27	Type I interferon signaling facilitates resolution of acute liver injury by priming macrophage polarization 2023-02, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-022-00966-y PMID:36596875	研究论文	该研究揭示了I型干扰素信号在急性肝损伤恢复过程中通过调控巨噬细胞极化促进肝脏修复的机制	首次在单细胞水平解析了APAP诱导的急性肝损伤中肝脏髓系细胞的异质性，并发现IFN-I依赖的三方通讯通路在促进Trem2+修复性巨噬细胞成熟中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证	阐明对乙酰氨基酚过量诱导的急性肝损伤(APAP-ALI)中髓系细胞的异质性和细胞间通讯机制	野生型和STAT2 T403A突变小鼠的肝脏CD11b+细胞	肝脏病理学	急性肝损伤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫荧光染色、bulk RNA-seq、体外和体内功能实验	小鼠疾病模型	单细胞转录组数据、免疫组化数据、功能实验数据	未明确说明样本数量，使用WT和STAT2 T403A两种基因型小鼠
15	2025-03-26	Programs, Origins, and Niches of Immunomodulatory Myeloid Cells in Gliomas 2023-Oct-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.24.563466 PMID:37961527	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术分析了183,062个髓系细胞，揭示了胶质瘤中髓系细胞的免疫调节程序及其驱动因素	发现了胶质瘤相关髓系细胞中四种免疫调节活动程序的存在，并证明这些程序由微环境信号和治疗方法驱动，而非细胞类型、起源或突变状态	研究主要基于人类肿瘤样本，可能无法完全反映体内动态变化	理解胶质瘤中免疫调节髓系细胞的特征及其对免疫治疗的影响	人类胶质瘤中的髓系细胞	digital pathology	glioma	scRNA-seq, 线粒体DNA谱系追踪, 空间转录组学, 类器官外植系统	NA	单细胞RNA测序数据	85个人类肿瘤中的183,062个髓系细胞
16	2025-03-26	Dissection of Cellular Communication between Human Primary Osteoblasts and Bone Marrow Mesenchymal Stem Cells in Osteoarthritis at Single-Cell Resolution 2023-Aug-30, International journal of stem cells IF:2.5Q3 DOI:10.15283/ijsc22101 PMID:37105556	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，解析了人类原发性成骨细胞与骨髓间充质干细胞在骨关节炎中的细胞间通讯	发现了一种新的前成骨细胞亚型，并揭示了成熟成骨细胞可能通过WIF1和sFRP4抑制骨髓间充质干细胞的成骨分化	研究仅基于单细胞RNA测序数据，缺乏实验验证	探究人类原发性成骨细胞与骨髓间充质干细胞之间的细胞通讯机制	人类原发性成骨细胞和骨髓间充质干细胞	单细胞生物学	骨关节炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	NA
17	2025-03-26	A comparative study of in vitro air-liquid interface culture models of the human airway epithelium evaluating cellular heterogeneity and gene expression at single cell resolution 2023-Aug-28, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-023-02514-2 PMID:37635251	研究论文	比较研究体外气液界面培养模型在人类气道上皮细胞异质性和单细胞分辨率基因表达方面的表现	首次在单细胞水平上全面比较了BCi-NS1.1来源和原代来源的气道上皮培养模型在基因表达和先天免疫功能方面的差异	研究仅使用了3个独立分化的BCi-NS1.1样本和3个不同供体的原代样本，样本量相对有限	评估工程化基底细胞系BCi-NS1.1作为气道上皮研究模型的适用性	BCi-NS1.1来源和原代来源的人类气道上皮培养物	细胞生物学	呼吸道感染	免疫荧光染色、单细胞RNA测序(scRNA-Seq)	体外气液界面培养模型	基因表达数据、图像数据	3个独立分化的BCi-NS1.1样本和3个不同供体的原代样本
18	2025-03-26	Potential Molecular Mechanisms of Alzheimer's Disease from Genetic Studies 2023-04-15, Biology DOI:10.3390/biology12040602 PMID:37106802	综述	本文综述了阿尔茨海默病（AD）的潜在分子机制，特别关注了遗传学研究中的发现	通过单细胞测序（scRNA-seq）和空间基因组学技术，将AD的分子机制差异归纳为四个关键类别，并探讨了与先前研究结果的对比	研究基于已有文献的叙述性综合，未进行新的实验验证	识别AD中分子失衡的共同原因及其潜在机制，为后续研究提供方向	阿尔茨海默病（AD）的分子机制	遗传学	阿尔茨海默病	scRNA-seq, 空间基因组学	NA	基因组数据	NA
19	2025-03-26	Epigenetic and transcriptomic characterization reveals progression markers and essential pathways in clear cell renal cell carcinoma 2023-03-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-37211-7 PMID:36973268	research paper	该研究通过单核RNA测序和单核ATAC测序技术，结合大量蛋白质组学数据，揭示了透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的肿瘤特异性标志物及其表观遗传调控机制	通过多组学分层方法鉴定了20个肿瘤特异性标志物，揭示了铜蓝蛋白（CP）表达与生存率降低的关联，并探讨了CP在调节透明细胞肾细胞癌间质和肿瘤-间质相互作用中的角色	样本量相对较小（34例snRNA-seq和28例snATAC-seq样本），可能限制了结果的普遍性	揭示透明细胞肾细胞癌的肿瘤特异性标志物及其表观遗传调控机制，以增进对该癌症发病机理的理解	人类透明细胞肾细胞癌（ccRCC）标本	digital pathology	renal cell carcinoma	snRNA-seq, snATAC-seq, bulk proteogenomics, spatial transcriptomics	NA	genomic, transcriptomic, proteomic, epigenomic data	34例snRNA-seq和28例snATAC-seq的人类ccRCC标本
20	2025-03-26	Single-cell RNA-seq identified novel genes involved in primordial follicle formation 2023, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2023.1285667 PMID:38149096	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，识别了参与原始卵泡形成的新基因和新配体-受体相互作用	发现了ANXA7和GTF2F1在生殖细胞中促进原始卵泡形成的新功能，以及配体Mdk与受体Sdc1在原始卵泡形成中的关键作用	研究主要基于小鼠和人类卵巢的公共单细胞RNA测序数据，样本量有限	探索原始卵泡形成的分子机制及其与早发性卵巢功能不全的关系	小鼠和人类卵巢中的生殖细胞和颗粒细胞	生殖生物学	早发性卵巢功能不全	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、全外显子测序(WES)、全基因组测序(WGS)	NA	基因表达数据、测序数据	93例POI患者和465例对照的测序数据，25周人类胎儿卵巢样本