单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2024-08-05	Role of Matrix Gla Protein in Transforming Growth Factor-β Signaling and Nonalcoholic Steatohepatitis in Mice 2023, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2023.08.007 PMID:37611662	研究论文	本文分析了基因在非酒精性脂肪性肝炎（NASH）中作用的关键因子，即基质Gla蛋白（MGP）	提出MGP在肝纤维化和TGF-β信号传导中的调控作用，是NASH病理机制的新见解	研究主要基于小鼠模型，可能无法完全泛化到人类疾病中	探讨MGP在非酒精性脂肪性肝炎发病机制中的作用	使用基因多样性小鼠群体分析NASH表型及其相关基因	数字病理学	非酒精性脂肪性肝炎	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因组数据，转录组数据，表型数据	使用的样本包括多种小鼠模型和人类患者的肝组织
162	2024-08-04	Integrated regulatory and metabolic networks of the tumor microenvironment for therapeutic target prioritization 2023-01-01, Statistical applications in genetics and molecular biology IF:0.8Q3 DOI:10.1515/sagmb-2022-0054 PMID:37988745	研究论文	本研究开发了一种整合基因调控网络和代谢网络的方法以指导治疗目标优先排序	提出了一种整合基于约束的代谢模型与概率基因调控网络的方法，使得可以通过贝叶斯网络进行细胞特异性变化的预测	对这两种模型的整合研究仍然有限，且可能不适用于所有类型的细胞和疾病	旨在提高基因组发现到临床决策的转化效率	关注胶质母细胞瘤脑肿瘤的单细胞测序数据	计算生物学	胶质母细胞瘤	单细胞测序	贝叶斯网络	基因组数据	NA
163	2024-08-05	Single-Cell B-Cell Sequencing to Generate Natively Paired scFab Yeast Surface Display Libraries 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3279-6_11 PMID:37405649	研究论文	该文章阐述了一种使用单细胞RNA测序生成天然配对的B细胞受体序列的方法。	提出了一种简化的工作流程，将单链抗体片段表达在酵母表面用于高通量特征化。	章节中并未详细描述具体的实施细节。	旨在设计用于治疗和诊断的单克隆抗体。	免疫小鼠的天然配对B细胞受体序列。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
164	2024-08-05	Hepatocyte Smoothened Activity Controls Susceptibility to Insulin Resistance and Nonalcoholic Fatty Liver Disease 2023, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2022.12.008 PMID:36535507	研究论文	本研究旨在探讨Smoothened (Smo) 在肝细胞代谢稳态及其对非酒精性脂肪肝病 (NASH) 易感性中的作用	发现肝细胞Smo的缺失通过激活mTORC1-SREBP1c信号通路，促进了脂肪生成并抑制了肝脏胰岛素信号	研究主要基于小鼠模型和已有的人类RNA-seq数据，可能无法完全反映所有人群的情况	明确Smoothened在肝细胞代谢调节和NASH易感性中的作用	健康饮食的小鼠肝细胞及两大人类队列的肝脏RNA-seq数据	数字病理学	非酒精性脂肪肝病	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	在小鼠模型中进行了条件性Smo缺失，以及分析了两大人类队列的RNA-seq数据
165	2024-08-04	Deep Crypt Secretory Cell Differentiation in the Colonic Epithelium Is Regulated by Sprouty2 and Interleukin 13 2023, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2022.11.004 PMID:36414210	研究论文	深隐窝分泌（DCS）细胞的分化受到Sprouty2和白细胞介素13的调控	本研究揭示了Sprouty2如何通过抑制IL13信号通路来限制结肠DCS细胞分化的机制	尚未探讨DCS细胞数量和功能调控的所有可能机制	研究Sprouty2与IL13在结肠DCS细胞分化中的作用	小鼠肠上皮特异性Sprouty2缺失模型与对照组	数字病理学	NA	单细胞RNA测序、免疫染色、bulk RNA测序、定量聚合酶链反应	NA	RNA	小鼠结肠组织
166	2024-08-04	Integrated analysis of single-cell RNA-seq and chipset data unravels PANoptosis-related genes in sepsis 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1247131 PMID:38239341	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和芯片数据，揭示了败血症中PANoptosis相关基因	开发了一种基于Boruta算法的机器学习模型，用于识别PANoptosis相关亚组并预测败血症的生存和临床特征	尚未全面阐明PANoptosis在败血症中的角色	研究PANoptosis相关基因在败血症中的作用及其预后潜力	败血症样本和单细胞RNA测序数据	数字病理学	败血症	单细胞RNA-seq	Boruta算法	基因表达数据	来自GEO数据库的败血症样本和单细胞RNA-seq数据
167	2024-08-05	Integrative single-cell RNA sequencing and metabolomics decipher the imbalanced lipid-metabolism in maladaptive immune responses during sepsis 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1181697 PMID:37180171	研究论文	本文旨在识别与脓毒症免疫功能障碍相关的差异表达脂质代谢基因。	通过机器学习算法筛选出关键的脂质代谢相关中心基因，揭示了脓毒症中的免疫抑制微环境。	未提及具体的样本来源和大小，可能限制结果的普遍适用性。	探讨脓毒症中脂质代谢失衡与免疫反应的关系。	脓毒症患者与健康对照者的脂质代谢相关基因及相关免疫功能。	机器学习	脓毒症	单细胞RNA测序	支持向量机-递归特征消除(SVM-RFE)	基因数据	508个差异表达脂质代谢相关基因
168	2024-08-05	Cerebrospinal fluid immune cells appear similar across neuropathic and non-neuropathic pain conditions 2023, Wellcome open research DOI:10.12688/wellcomeopenres.20153.1 PMID:38707493	研究论文	该研究调查了在神经性疼痛和非神经性疼痛情况下，脑脊液中的免疫细胞是否相似	结果表明，无论疼痛的病因如何，免疫细胞的数量和表型并没有明显差异，挑战了脑脊液作为微胶质细胞活化的生物标志物的有效性	该研究未能确定脑脊液中蛋白质的确切来源，是否直接来自于循环脑脊液单核细胞或源于脊髓微胶质细胞	本研究旨在探讨脑脊液是否可以用作人类微胶质细胞活化的代理测量	分析来自遭受神经性特征疼痛的个体的脑脊液免疫细胞群体	数字病理学	神经性疼痛	RNA测序，CITE测序	NA	生物样本（脑脊液免疫细胞）	分析了忍受神经性疼痛的个体的免疫细胞群体，样本大小未具体说明
169	2024-08-04	A Cdh3-β-catenin-laminin signaling axis in a subset of breast tumor leader cells control leader cell polarization and directional collective migration 2023-01-09, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2022.12.005 PMID:36626870	研究论文	本文探讨了一组乳腺肿瘤领袖细胞如何通过Cdh3-β-catenin-laminin信号轴控制细胞极化和方向性集体迁移	提出了领袖细胞需要生成高推力并克服细胞外基质阻力以引导集体迁移的新机制	研究主要基于体外模型，尚未在体内模型中验证	了解肿瘤细胞如何通过集体迁移进行扩散	乳腺肿瘤细胞及其微环境的相互作用	数字病理学	乳腺癌	单细胞测序	3D计算模型	视频，细胞序列数据	包括多个小鼠和人类乳腺肿瘤类器官的样本
170	2024-08-04	Identification and Localization of Cell Types in the Mouse Olfactory Bulb Using Slide-SeqV2 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3425-7_13 PMID:37688732	研究论文	本文记录了使用Slide-SeqV2技术在小鼠嗅球中可视化基因表达。	提出了一种无偏见的方法，通过空间识别的珠子定位和量化个体转录本，从而识别和定位个别细胞类型。	NA	研究小鼠嗅球中细胞类型的识别和定位。	小鼠嗅球中的细胞类型和亚型。	数字病理学	NA	Slide-SeqV2	NA	RNA分子	NA
171	2024-08-04	SUMA: a lightweight machine learning model-powered shared nearest neighbour-based clustering application interface for scRNA-Seq data 2023, Turkish journal of biology = Turk biyoloji dergisi DOI:10.55730/1300-0152.2675 PMID:38681777	研究论文	本文介绍了SUMA，一个轻量级的机器学习模型驱动的共享最近邻聚类应用界面，用于scRNA-Seq数据	SUMA使用随机森林模型预测邻居的最优数量，从而获得最佳聚类结果，并集成了多种常用方法	主要依赖用户定义的参数，可能会影响聚类结果的有效性	开发一种有效的工具用于单细胞转录组数据的聚类和细胞类型标注	公开的scRNA-Seq数据集及三种不同的基于图形的聚类算法	机器学习	NA	随机森林	NA	基因表达数据	多个公开可用的scRNA-Seq数据集
172	2024-08-05	StemnesScoRe: an R package to estimate the stemness of glioma cancer cells at single-cell resolution 2023, Turkish journal of biology = Turk biyoloji dergisi DOI:10.55730/1300-0152.2672 PMID:38681778	研究论文	本研究开发了一个用于估计胶质瘤癌细胞干性指数的R软件包StemnesScoRe，达到单细胞分辨率。	首次使用scATAC-seq数据构建了特定于胶质瘤的干性评分模型。	尚未提及本研究的具体局限性	旨在更好地理解胶质瘤细胞的干性特征。	研究对象为胶质瘤癌症干细胞。	机器学习	胶质瘤	scATAC-seq	随机森林、梯度提升、极端梯度提升	转录组和表观基因组数据	涉及多个患者的胶质瘤单细胞RNA-seq数据和scATAC-seq数据
173	2024-08-05	The interleukin-1 receptor type-1 in disturbed flow-induced endothelial mesenchymal activation 2023, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2023.1190460 PMID:37539090	研究论文	本研究探讨了干扰流动（d-flow）诱导的内皮间充质转化（EndMT）中白细胞介素-1受体类型1（IL-1R1）的角色	发现IL-1R1作为内皮细胞中新型的机械敏感受体，连接d-flow与EndMT信号通路	不同血管细胞类型的IL-1R1信号数据不一致，尚需进一步验证	揭示IL-1R1在内皮细胞对干扰流动反应中的作用	研究动脉粥样硬化中内皮细胞和EndMT相关转录因子SNAI1的相互作用	数字病理学	动脉粥样硬化	scRNA-seq	Cre-lox系统小鼠	基因表达数据	人类动脉粥样硬化样本和特定小鼠模型
174	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing of human lung innate lymphoid cells in the vascular and tissue niche reveals molecular features of tissue adaptation 2023, Discovery immunology DOI:10.1093/discim/kyad007 PMID:38650756	研究论文	本研究利用人源化小鼠模型，通过单细胞RNA测序技术，揭示了人体肺部血管和组织微环境中先天淋巴细胞（ILCs）的基因特征及其组织适应性的分子机制	首次在人源化小鼠模型中定义了肺部血管和组织微环境中人体ILCs的基因特征，并揭示了微环境信号对ILCs分子程序的塑造作用	NA	研究人体肺部不同解剖微环境中先天淋巴细胞（ILCs）的分子特征及其组织适应性	人体肺部的先天淋巴细胞（ILCs）及其在血管和组织微环境中的适应性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	人源化MISTRG小鼠模型中的肺部ILCs和NK细胞
175	2024-08-04	The aryl hydrocarbon receptor cell intrinsically promotes resident memory CD8+ T cell differentiation and function 2023-01-31, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.111963 PMID:36640340	研究论文	该文章探讨了芳香烃受体(Ahr)在CD8 T细胞分化和功能中的内在作用	首次揭示了Ahr在CD8 T细胞蕴藏的记忆细胞分化和功能中的促进作用	研究主要基于小鼠模型，可能在转化为人类时受到限制	研究Ahr在CD8 T细胞功能及其记忆细胞分化中的作用	小鼠CD8 T细胞及人类肠道内的CD8 T细胞	免疫学	肿瘤	单细胞RNA测序	NA	细胞	涉及小鼠和人类的CD8 T细胞
176	2024-08-07	Friend leukemia integration 1 overexpression decreases endometrial receptivity and induces embryo implantation failure by promoting PART1 transcription in the endometrial epithelial cells 2023, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.16105 PMID:37780395	研究论文	本研究探讨了FLI1在子宫内膜容受性和反复植入失败（RIF）中的作用及其机制	发现FLI1通过结合PART1启动子区域促进PART1表达，从而抑制胚胎植入	NA	探索FLI1在子宫内膜容受性和反复植入失败中的作用及机制	子宫内膜细胞和胚胎植入	生殖医学	不孕症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq）、定量实时聚合酶链反应（qRT-PCR）、蛋白质印迹（western blotting）、细胞计数试剂盒（CCK）-8、划痕愈合试验、染色质免疫沉淀、双荧光素酶报告试验	NA	RNA	包括RIF患者和对照组的子宫内膜组织样本
177	2024-08-04	Compressed Perturb-seq: highly efficient screens for regulatory circuits using random composite perturbations 2023-Jan-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.01.23.525200 PMID:36747806	研究论文	本文提出了一种压缩的Perturb-seq技术，以提高功能基因组学中干扰电路的筛选效率	创新性在于通过算法对随机低维观察进行重新设计，显著降低了成本并提高了学习遗传互作的能力	该方法在规模上仍受到一定限制，具体的实验规模未在摘要中明确说明	研究旨在提高功能基因组学中基因调控电路筛选的效率	研究对象为与细菌脂多糖免疫反应相关的598个基因	功能基因组学	免疫疾病	CRISPR筛选	NA	基因表达数据	涉及598个基因
178	2024-08-07	Genomic characterization and therapeutic utilization of IL-13-responsive sequences in asthma 2023-Jan-11, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2022.100229 PMID:36777184	研究论文	本文利用多种基因组技术在支气管上皮细胞中识别IL-13响应的调控元件，并开发基于CRISPR干扰（CRISPRi）的治疗方法，以细胞类型特异性和IL-13特异性的方式下调引起气道阻塞的基因。	本文首次利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和H3K27ac染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）在人类支气管上皮细胞中识别IL-13响应基因和调控元件，并通过大规模并行报告分析（MPRAs）验证和优化这些序列的IL-13诱导活性。	NA	研究IL-13在哮喘中的基因组特征及其在治疗中的应用。	支气管上皮细胞中的IL-13响应调控元件。	基因组学	哮喘	单细胞RNA测序（scRNA-seq），H3K27ac染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq），大规模并行报告分析（MPRAs）	CRISPR干扰（CRISPRi）	基因组数据	人类支气管上皮细胞
179	2024-08-04	Neighbor-specific gene expression revealed from physically interacting cells during mouse embryonic development 2023-01-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2205371120 PMID:36595695	研究论文	本文探讨了小鼠胚胎发育过程中物理相互作用细胞的邻特异性基因表达	提出了物理相互作用细胞RNA测序（PIC-seq）技术，以克服单细胞RNA测序中缺失空间信息的局限性，揭示了接触特异的基因调控机制	主要集中于小鼠胚胎的特定发展阶段，未涵盖其他发育阶段或物种	研究胚胎发育过程中邻近细胞之间的相互作用如何影响基因表达	小鼠胚胎发育过程中的物理相互作用细胞	数字病理学	NA	RNA测序	NA	转录组数据	小鼠胚胎在胚胎日7.5到9.5期间产生的相互作用细胞
180	2024-08-04	Single cell and immunity: Better understanding immune cell heterogeneities with single cell sequencing 2023-01, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.1159 PMID:36579366	研究论文	单细胞测序在理解免疫细胞的异质性方面具有科学影响	探讨单细胞测序在免疫细胞功能多样性研究中的新进展和应用	需要更强的程序以及预临床和临床验证的确凿证据	旨在深入了解单细胞基础的免疫细胞异质性和功能	单细胞基础的免疫细胞在发展和疾病中的研究	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	NA	NA