单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2024-09-07	Correspondence analysis for dimension reduction, batch integration, and visualization of single-cell RNA-seq data 2023-01-21, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-26434-1 PMID:36681709	研究论文	本文介绍了一种基于对应分析（CA）的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据降维、批次整合和可视化方法	提出了一种基于对应分析（CA）的替代PCA的方法，避免了log转换对数据的扭曲，并提出了五种CA的适应性改进，这些改进在计算细胞嵌入时表现更好或与标准CA和glmPCA相当	NA	改进单细胞RNA测序数据的降维和批次整合方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	对应分析（CA）	基因表达数据	9个数据集
142	2024-09-06	Differential cell composition and split epidermal differentiation in human palm, sole, and hip skin 2023-01-31, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.111994 PMID:36732947	研究论文	研究通过批量和单细胞RNA测序分析了人类手掌、脚底和臀部皮肤的细胞组成和表皮分化差异	揭示了手掌和脚底皮肤中免疫环境的改变，以及特定成纤维细胞在细胞间通信中的关键作用	NA	探讨手掌和脚底皮肤的转录程序及其独特性	人类手掌、脚底和臀部皮肤	数字病理学	NA	RNA测序	NA	RNA	涉及手掌、脚底和臀部皮肤的多个样本
143	2024-09-05	ER stress mediates Angiotensin II-augmented innate immunity memory and facilitates distinct susceptibilities of thoracic from abdominal aorta to aneurysm development 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1268916 PMID:37731512	研究论文	研究通过转录组分析探讨了内质网（ER）应激和训练免疫在Ang II诱导的动脉瘤模型中的作用，发现Ang II在腹部主动脉（AA）中诱导更强的炎症反应和基因上调，以及ER应激在不同主动脉中的不同作用。	首次聚焦于内质网应激的转录组分析，揭示了内质网作为感知多种DAMPs并启动ER应激的免疫细胞器的作用，以及其在Ang II加速训练免疫和不同主动脉对疾病易感性差异中的作用。	NA	确定内质网（ER）应激和训练免疫在Ang II诱导的动脉瘤发展中的作用	胸主动脉（TA）和腹主动脉（AA）	数字病理学	心血管疾病	转录组分析	NA	转录组数据	胸主动脉（TA）和腹主动脉（AA）样本
144	2024-08-29	SPASCER: spatial transcriptomics annotation at single-cell resolution 2023-01-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkac889 PMID:36243975	研究论文	本文构建了一个名为SPASCER的新型空间转录组数据库，旨在帮助理解组织结构的异质性、区域特异性微环境及跨组织结构的多层次细胞间相互作用	SPASCER数据库整合了来自43项研究的1082个子数据集，涵盖四种物种的16种器官类型，并结合scRNA-seq数据进行空间转录组的解卷积/映射，以及空间细胞间相互作用、基因模式和通路富集分析	NA	研究目的是通过构建SPASCER数据库，深入理解健康和疾病组织中的生物学过程机制	研究对象包括组织结构异质性、区域特异性微环境及细胞间相互作用	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	43项研究的1082个子数据集，涵盖16种器官类型，涉及四种物种
145	2024-08-27	Profiling Transcriptional Heterogeneity with Seq-Well S3: A Low-Cost, Portable, High-Fidelity Platform for Massively Parallel Single-Cell RNA-Seq 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-2756-3_3 PMID:36495445	研究论文	本文介绍了Seq-Well S3平台，这是一种低成本、便携式、高保真的单细胞RNA测序技术，能够同时分析数千个细胞的转录组	Seq-Well S3通过引入第二链合成步骤，增强了从单个细胞捕获的信息量，提高了通常在原始Seq-Well协议中遗漏的细胞转录本的检测	NA	旨在改进Seq-Well技术，提高单细胞RNA测序的信息捕获能力	单细胞RNA测序技术Seq-Well S3及其应用	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	数千个细胞
146	2024-08-20	Single-Cell RNA Sequencing Reveals a Role for Reactive Oxygen Species and Peroxiredoxins in Fatty Acid-Induced Rat β-Cell Proliferation 2023-01-01, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db22-0121 PMID:36191509	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序探讨了脂肪酸诱导的大鼠β细胞增殖的转录机制	首次揭示了活性氧物种和过氧化物酶在脂肪酸诱导的β细胞增殖中的关键作用	研究仅限于大鼠模型，且未探讨其他脂肪酸类型对β细胞增殖的影响	探究脂肪酸诱导β细胞增殖的分子机制	大鼠胰岛β细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用了大鼠胰岛样本，具体数量未详述
147	2024-08-17	Spatial transcriptomic profiling of coronary endothelial cells in SARS-CoV-2 myocarditis 2023, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2023.1118024 PMID:36968839	研究论文	本研究利用数字空间转录组学技术，探讨了严重COVID-19患者冠状动脉内皮细胞和心肌细胞的编程变化。	本研究首次采用空间转录组学技术，在保留心脏解剖结构和未改变的局部SARS-CoV-2表达的情况下，进行了原位转录组分析。	研究样本量较小，且仅基于尸检心脏组织，可能限制了结果的普遍性。	旨在研究严重COVID-19患者冠状动脉内皮细胞和心肌细胞的编程变化。	严重COVID-19患者的冠状动脉内皮细胞和心肌细胞。	数字病理学	心血管疾病	空间转录组学	NA	组织	控制组4例，COVID-19组8例
148	2024-08-14	Early Deregulation of Cholangiocyte NR0B2 During Primary Sclerosing Cholangitis 2023, Gastro hep advances DOI:10.1016/j.gastha.2022.07.023 PMID:39130146	研究论文	本文通过PubMed数据挖掘，研究了原发性硬化性胆管炎（PSC）中胆管细胞NR0B2的早期失调，并探讨了其与代谢和癌前重编程的关系。	首次揭示了PSC中胆管细胞NR0B2的早期失调及其在代谢和癌前重编程中的作用，并提出了针对NR0B2的治疗策略。	NA	研究PSC中胆管细胞NR0B2的早期失调及其在疾病进展中的作用。	胆管细胞NR0B2的表达及其在PSC中的作用。	NA	原发性硬化性胆管炎	转录组学	NA	转录组数据	多个PSC肝脏转录组训练和验证队列，FXR激动剂或FXR敲除小鼠肝脏转录组，Abcb4-/-小鼠PSC模型肝脏单细胞转录组。
149	2024-08-11	Age-dependent Microglial Disease Phenotype Results in Functional Decline in Gut Macrophages 2023, Gastro hep advances DOI:10.1016/j.gastha.2022.09.006 PMID:36908772	研究论文	研究探讨了年龄依赖性的肌肉层巨噬细胞（MMs）的遗传特征变化及其与微胶质细胞的比较	首次揭示了肌肉层巨噬细胞随年龄增长而出现的老年状态表型，及其与微胶质细胞疾病相关表型的相似性	研究主要集中在小鼠和人类组织上，可能需要更多物种的数据支持	识别肌肉层巨噬细胞在年龄依赖性变化中的遗传特征，并比较其与微胶质细胞的基因表达	小鼠和人类的肌肉层巨噬细胞及其基因表达	NA	NA	单细胞RNA测序和定量实时PCR	NA	基因表达数据	年轻（3个月）和老年（16-24个月）的C57BL/6小鼠及人类组织
150	2024-08-07	Delayed boosting improves human antigen-specific Ig and B cell responses to the RH5.1/AS01B malaria vaccine 2023-01-24, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.163859 PMID:36692019	研究论文	研究通过延迟分次剂量（DFx）给药方案（0-1-6个月），使用AS01B佐剂的RH5.1疟疾抗原，深入分析了PfRH5特异性Ig和B细胞反应，发现DFx给药能增加循环中PfRH5特异性B细胞和血清IgG1的数量和持久性	首次揭示了DFx给药对体液反应的深远影响，并提出了可能增强抗体持久性的机制，包括血清Ig通过改善FcRn结合和潜在的细胞反应从循环短命浆细胞向非外周长命浆细胞的转变	NA	研究疫苗递送方式的改进如何增加血清抗体持久性，以最大化疫苗效力	PfRH5特异性Ig和B细胞反应	免疫学	疟疾	ELISA, 流式细胞术, 系统血清学, 单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	血清, 细胞	NA
151	2024-08-07	Dry eye disease in mice activates adaptive corneal epithelial regeneration distinct from constitutive renewal in homeostasis 2023-01-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2204134120 PMID:36595669	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术，分析了小鼠角膜上皮在稳态、老化、糖尿病和干眼病（DED）状态下的转录状态，揭示了DED中角膜上皮适应性再生的独特响应。	本研究首次提供了区分稳态更新与适应性再生的全局标记，并验证了SPARC作为适应性再生标记的表达，加速了角膜上皮细胞的伤口闭合。	NA	探索干眼病状态下角膜上皮的适应性再生机制，并为未来研究眼部表面干细胞在健康和疾病中的功能提供框架和图谱。	小鼠角膜上皮细胞在不同生理和病理状态下的转录状态。	数字病理学	干眼病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
152	2024-08-05	DUSP6 mediates resistance to JAK2 inhibition and drives leukemic progression 2023-01, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-022-00486-8 PMID:36581736	研究论文	本研究揭示DUSP6在髓系恶性肿瘤转化中的作用及其作为潜在治疗靶点的价值	发现DUSP6的异常表达与疾病转化相关，且DUSP6-RSK1通路可作为药物靶点	未详细探讨DUSP6在不同患者中的具体作用机制	探索DUSP6在髓系恶性肿瘤和急性髓性白血病转化中的角色	靶向DUSP6 的治疗效果及其在患者衍生的异种移植模型中的作用	数字病理学	急性髓性白血病	单细胞RNA测序	PDX模型	基因表达数据	多名患者的骨髓干细胞和祖细胞
153	2024-08-05	Graphene oxide elicits microbiome-dependent type 2 immune responses via the aryl hydrocarbon receptor 2023-01, Nature nanotechnology IF:38.1Q1 DOI:10.1038/s41565-022-01260-8 PMID:36509925	研究论文	这项研究展示了石墨烯氧化物通过芳香烃受体影响微生物组和免疫反应	本研究揭示了石墨烯氧化物对肠道微生物组的调节作用及其通过芳香烃受体介导的免疫反应	未提及特定的实验条件或样本的长期效果	探索石墨烯氧化物与肠道微生物组及免疫系统相互作用的机制	成年斑马鱼及其无菌幼体	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	成年斑马鱼和无菌幼体的细胞样本
154	2024-08-05	Prediction of HLA genotypes from single-cell transcriptome data 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1146826 PMID:37180102	研究论文	本文探讨如何从单细胞转录组数据中预测HLA基因型。	开发了多个计算HLA分型工具并展示了高准确性的基因型预测模型。	尚不清楚从单细胞数据直接预测HLA基因型的可行性。	评估和扩展现有HLA基因型预测工具的性能。	人类单细胞数据与标准分子基因分型的比较。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	组合模型	转录组数据	NA
155	2024-08-04	Integration of spatial and single-cell data across modalities with weak linkage 2023-Jan-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.01.12.523851 PMID:36711792	研究论文	本文提出了一种新的跨模态数据集成方法MaxFuse，以解决单细胞和空间组学数据之间的弱链接问题	MaxFuse方法通过迭代共同嵌入、数据平滑和细胞匹配来实现高质量的数据集成，即使在信息关联性较弱的情况下也能保持高鲁棒性和准确性	目前的方法依赖于高度相关的先验“链接”特征，当相关特征稀少或缺乏信息时，现有方法会失败	研究目的在于提升单细胞和空间组学数据的跨模态集成能力	研究对象主要是单细胞测序和空间蛋白组学数据	数字病理学	NA	单细胞测序, 空间条形码技术	NA	多组学数据	通过对单细胞和空间真实多组学数据集的基准测试进行验证
156	2024-08-05	Transcriptomic profiling of retinal cells reveals a subpopulation of microglia/macrophages expressing Rbpms and Spp1 markers of retinal ganglion cells (RGCs) that confound identification of RGCs 2023-Jan-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.01.23.525216 PMID:36747805	研究论文	本文分析了小鼠视网膜的微胶质细胞和巨噬细胞，发现其中特定亚群可能导致对视网膜神经节细胞的误识别	揭示了Rbpms+和Spp1+微胶质细胞/巨噬细胞在视网膜神经节细胞鉴定中的潜在混淆作用	仅分析了小鼠的视网膜细胞，无法推广到其他物种	研究视网膜神经节细胞的生物学及其亚型	视网膜微胶质细胞和巨噬细胞	数字病理	NA	scRNA-seq	NA	细胞数据	视网膜细胞亚群体
157	2024-08-05	The meningeal transcriptional response to traumatic brain injury and aging 2023-01-03, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.81154 PMID:36594818	研究论文	本研究利用高通量RNA测序技术探讨了脑膜对创伤性脑损伤和衰老的转录反应	该研究揭示了年轻和衰老小鼠在轻微脑损伤后的脑膜转录组动态变化	研究对脑膜生物学的基本认识仍然不足	探讨脑膜对创伤性脑损伤和衰老的转录反应	研究对象为年轻和衰老小鼠的脑膜	数字病理学	神经疾病	RNA测序	NA	RNA数据	年轻小鼠和衰老小鼠
158	2024-08-05	Robust segregation of donor and recipient cells from single-cell RNA-sequencing of transplant samples 2023, Frontiers in transplantation DOI:10.3389/frtra.2023.1161146 PMID:38993922	研究论文	本文提出了一种新方法，通过单细胞RNA测序准确区分供体和受体细胞。	创新性地开发了一种新的两阶段基因型发现方法，对移植样本具有较强的鲁棒性，能够在更低的基因型比例下更准确地区分供体和受体细胞。	尚未提及文章的具体限制	旨在开发用于移植生物学背景下的单细胞RNA测序的生物信息学工具。	研究对象为移植样本中的单细胞，包括供体和受体细胞。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	单细胞RNA测序数据	包括虚拟数据及实际的器官移植的单细胞RNA测序数据
159	2024-08-04	Compressed phenotypic screens for complex multicellular models and high-content assays 2023-Jan-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.01.23.525189 PMID:36747859	研究论文	本文提出了一种通过压缩筛选法来提高复杂多细胞模型的高通量表型筛选效率	文章创新性在于通过对生化干预进行汇总并运用计算解卷积，建立了压缩筛选的专门方法	未明确提及具体的局限性	研究旨在提高复杂多细胞模型中的表型筛选效率，以促进药物发现	研究对象为患者衍生的胰腺癌类器官以及与肿瘤微环境（TME）相关的重组蛋白配体库	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	高内容成像	使用了高度生物活性的化合物库进行受控基准测试
160	2024-08-05	Single Cell Transcriptomics Identifies Distinct Choroid Cell Populations Involved in Visually Guided Eye Growth 2023, Frontiers in ophthalmology DOI:10.3389/fopht.2023.1245891 PMID:38390290	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析了参与视觉引导眼睛生长的不同脉络膜细胞群体	首次提供了主要脉络膜细胞类型及其在调节眼睛生长中的基因表达变化的全面概况	大部分显著的基因表达变化相对较小，并且仅在一种罕见细胞群体中观察到最高的变化	阐明脉络膜在后天眼球生长中的作用	小鸡脉络膜细胞群体及其基因表达变化	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	小鸡脉络膜的24个细胞群体