单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1191 篇文献，本页显示第 141 - 160 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 141 | 2024-08-05 |
Transcriptomic profiling of retinal cells reveals a subpopulation of microglia/macrophages expressing Rbpms and Spp1 markers of retinal ganglion cells (RGCs) that confound identification of RGCs
2023-Jan-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.23.525216
PMID:36747805
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研究论文 | 本文分析了小鼠视网膜的微胶质细胞和巨噬细胞，发现其中特定亚群可能导致对视网膜神经节细胞的误识别 | 揭示了Rbpms+和Spp1+微胶质细胞/巨噬细胞在视网膜神经节细胞鉴定中的潜在混淆作用 | 仅分析了小鼠的视网膜细胞，无法推广到其他物种 | 研究视网膜神经节细胞的生物学及其亚型 | 视网膜微胶质细胞和巨噬细胞 | 数字病理 | NA | scRNA-seq | NA | 细胞数据 | 视网膜细胞亚群体 |
| 142 | 2024-08-05 |
The meningeal transcriptional response to traumatic brain injury and aging
2023-01-03, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.81154
PMID:36594818
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研究论文 | 本研究利用高通量RNA测序技术探讨了脑膜对创伤性脑损伤和衰老的转录反应 | 该研究揭示了年轻和衰老小鼠在轻微脑损伤后的脑膜转录组动态变化 | 研究对脑膜生物学的基本认识仍然不足 | 探讨脑膜对创伤性脑损伤和衰老的转录反应 | 研究对象为年轻和衰老小鼠的脑膜 | 数字病理学 | 神经疾病 | RNA测序 | NA | RNA数据 | 年轻小鼠和衰老小鼠 |
| 143 | 2024-08-05 |
Robust segregation of donor and recipient cells from single-cell RNA-sequencing of transplant samples
2023, Frontiers in transplantation
DOI:10.3389/frtra.2023.1161146
PMID:38993922
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研究论文 | 本文提出了一种新方法，通过单细胞RNA测序准确区分供体和受体细胞。 | 创新性地开发了一种新的两阶段基因型发现方法，对移植样本具有较强的鲁棒性，能够在更低的基因型比例下更准确地区分供体和受体细胞。 | 尚未提及文章的具体限制 | 旨在开发用于移植生物学背景下的单细胞RNA测序的生物信息学工具。 | 研究对象为移植样本中的单细胞，包括供体和受体细胞。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 单细胞RNA测序数据 | 包括虚拟数据及实际的器官移植的单细胞RNA测序数据 |
| 144 | 2024-08-04 |
Compressed phenotypic screens for complex multicellular models and high-content assays
2023-Jan-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.23.525189
PMID:36747859
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研究论文 | 本文提出了一种通过压缩筛选法来提高复杂多细胞模型的高通量表型筛选效率 | 文章创新性在于通过对生化干预进行汇总并运用计算解卷积，建立了压缩筛选的专门方法 | 未明确提及具体的局限性 | 研究旨在提高复杂多细胞模型中的表型筛选效率，以促进药物发现 | 研究对象为患者衍生的胰腺癌类器官以及与肿瘤微环境（TME）相关的重组蛋白配体库 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 高内容成像 | 使用了高度生物活性的化合物库进行受控基准测试 |
| 145 | 2024-08-05 |
Single Cell Transcriptomics Identifies Distinct Choroid Cell Populations Involved in Visually Guided Eye Growth
2023, Frontiers in ophthalmology
DOI:10.3389/fopht.2023.1245891
PMID:38390290
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析了参与视觉引导眼睛生长的不同脉络膜细胞群体 | 首次提供了主要脉络膜细胞类型及其在调节眼睛生长中的基因表达变化的全面概况 | 大部分显著的基因表达变化相对较小，并且仅在一种罕见细胞群体中观察到最高的变化 | 阐明脉络膜在后天眼球生长中的作用 | 小鸡脉络膜细胞群体及其基因表达变化 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 小鸡脉络膜的24个细胞群体 |
| 146 | 2024-08-05 |
RNA-binding proteins that are highly expressed and enriched in healthy cartilage but suppressed in osteoarthritis
2023, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2023.1208315
PMID:37457300
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研究论文 | 本研究揭示了在健康软骨中高度表达且富集的RNA结合蛋白在骨关节炎中的表达变化。 | 研究首次绘制了健康软骨中RNA结合蛋白的全球表达图谱，并发现TIPARP作为骨关节炎的新型介导因子和潜在治疗靶点。 | 本研究主要依赖于已有的RNA测序数据，缺乏临床样本的验证。 | 探讨RNA结合蛋白在健康软骨与骨关节炎中的表达及其潜在作用。 | 主要集中在健康 cartilage 和骨关节炎 cartilage 中的RNA结合蛋白。 | 数字病理学 | 骨关节炎 | RNA测序 | NA | 基因组数据 | 健康和骨关节炎人类软骨的RNA测序数据，包含1542个RNA结合蛋白 |
| 147 | 2024-08-04 |
Single-cell transcriptomics unveils xylem cell development and evolution
2023-01-09, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-022-02845-1
PMID:36624504
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研究论文 | 该研究揭示了木质部细胞在不同植物物种中的发育谱系和进化关系 | 通过单细胞转录组学和激光捕获微切割技术，首次解析了多个木本被子植物的木质部细胞发育谱系 | 研究主要集中在有限数量的木本被子植物上，可能无法全面代表所有植物的木质部细胞发展 | 探索不同植物的木质部细胞类型的发育和进化过程 | 四种不同的木本被子植物的木质部细胞类型 | 数字植物学 | NA | 单细胞转录组分析，激光捕获微切割 | NA | 转录组数据 | 四种木本被子植物的多个样本 |
| 148 | 2024-08-05 |
H2-O deficiency promotes regulatory T cell differentiation and CD4 T cell hyperactivity
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1304798
PMID:38250071
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研究论文 | 本研究揭示了H2-O缺乏如何增强胸腺调节性T细胞的分化及CD4 T细胞的活性 | 首次提供了H2-O在胸腺调节性T细胞发育中的直接证据 | 缺乏对其他潜在机制的综合考虑 | 深入理解H2-O缺乏对自体免疫性疾病的影响 | 主要研究胸腺调节性T细胞及外周CD4 T细胞 | 免疫学 | 自体免疫疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA数据 | NA |
| 149 | 2024-08-05 |
Mimicking Tumor Cell Heterogeneity of Colorectal Cancer in a Patient-derived Organoid-Fibroblast Model
2023, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2023.02.014
PMID:36868311
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研究论文 | 本文开发了一种结合匹配的上皮细胞和间质成纤维细胞的结直肠癌类器官模型 | 创新点在于该模型反映了肿瘤微环境的复杂性，并提供了更贴近体内肿瘤形态的细胞异质性 | 此模型可能未能完全再现所有肿瘤微环境的复杂因素 | 研究结直肠癌中肿瘤细胞与间质成纤维细胞的相互作用 | 本研究对象为结直肠癌样本中分离的肿瘤细胞和成纤维细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | 3D类器官模型 | 细胞 | 来自结直肠癌样本的主要成纤维细胞和肿瘤细胞 |
| 150 | 2024-08-04 |
Quantification of spatial pharmacogene expression heterogeneity in breast tumors
2023-01, Cancer reports (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/cnr2.1686
PMID:35906899
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研究论文 | 本研究分析了乳腺肿瘤中286个药物基因的空间表达异质性。 | 该研究利用新开发的Visium空间转录组平台，首次定量分析了乳腺肿瘤中药物基因的空间异质性。 | 本研究主要关注了六个乳腺癌样本，样本量相对较小，可能影响结果的普适性。 | 研究肿瘤组织中药物基因的空间表达异质性及其对癌症治疗的影响。 | 六个乳腺癌组织样本中的286个药物基因。 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 空间转录组技术 | NA | 基因表达数据 | 六个乳腺癌组织样本 |
| 151 | 2024-08-05 |
Creeping fat exhibits distinct Inflammation-specific adipogenic preadipocytes in Crohn's disease
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1198905
PMID:38111581
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研究论文 | 本研究分析了克罗恩病患者中的爬行脂肪及其与炎症特异性脂肪前体细胞的关系 | 首次通过单细胞RNA测序分析揭示了爬行脂肪中与炎症和纤维化相关的脂肪前体细胞的特征 | 尚未完全理解爬行脂肪在克罗恩病纤维化发展中的潜在机制 | 分析克罗恩病中爬行脂肪的转录组特征，探索与纤维化和炎症的关系 | 研究了克罗恩病患者的爬行脂肪及其相关的预脂肪细胞群体 | 数字病理学 | 克罗恩病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 152 | 2024-08-04 |
Resveratrol attenuates staphylococcal enterotoxin B-activated immune cell metabolism via upregulation of miR-100 and suppression of mTOR signaling pathway
2023, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2023.1106733
PMID:36909201
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研究论文 | 该研究探讨了白藜芦醇如何通过上调miR-100和抑制mTOR信号通路减轻金黄色葡萄球菌肠毒素B激活的免疫细胞的代谢。 | 发现miR-100在RES处理的肺单核细胞中的上调以及其对mTOR的靶向作用。 | 该研究主要在小鼠模型中进行，可能不完全适用于人类。 | 研究白藜芦醇对金黄色葡萄球菌肠毒素B引发的急性呼吸窘迫综合征（ARDS）免疫细胞代谢的影响。 | 处理了小鼠模型以研究RES对金黄色葡萄球菌肠毒素B激活的免疫细胞的影响。 | 数字病理学 | 急性呼吸窘迫综合征 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 细胞 | 小鼠模型，样本数量未具体说明 |
| 153 | 2024-08-04 |
Regulation of human salt-sensitivite hypertension by myeloid cell renin-angiotensin-aldosterone system
2023, Frontiers in physiology
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fphys.2023.1208270
PMID:37534363
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研究论文 | 本研究探讨了饮食盐对人类单核细胞免疫细胞中肾素-血管紧张素-醛固酮系统基因表达的影响及其在盐敏感性高血压中的作用 | 揭示了饮食盐摄入对人类单核细胞中RAAS表达的调控机制与系统性RAAS的不同 | 未探讨盐敏感高血压的长期影响和其他潜在的影响因素 | 研究盐敏感高血压中免疫细胞对饮食盐影响的机理 | 人类的单核细胞免疫细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | bulk和单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了高盐处理的人类免疫细胞 |
| 154 | 2024-08-05 |
A single-cell atlas of murine reproductive tissues during preterm labor
2023-01-31, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2022.111846
PMID:36599348
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研究论文 | 本文生成了小鼠生殖组织在早产劳动期间的单细胞图谱。 | 使用单细胞RNA测序技术揭示了早产劳动对特定免疫和非免疫细胞亚群转录组特征的影响 | 研究主要集中在小鼠模型，可能不完全适用于人类早产的情况 | 揭示早产劳动中生殖组织的细胞景观和细胞通讯 | 小鼠子宫、蜕膜和宫颈的单细胞数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠生殖组织的多个细胞类型 |
| 155 | 2024-08-04 |
Statistical Inference for High-Dimensional Generalized Linear Models with Binary Outcomes
2023, Journal of the American Statistical Association
IF:3.0Q1
DOI:10.1080/01621459.2021.1990769
PMID:37366472
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研究论文 | 本文提出了一种高维二元广义线性模型统计推断的统一框架 | 引入了新的下界技术，提供了自适应的最优置信区间分析，并展示了对回归向量稀疏性的适应性 | 关于已知与未知设计分布的情况的讨论较为有限 | 研究高维二元广义线性模型的统计推断方法 | 研究高维二元广义线性模型，及其置信区间和假设检验的构建 | 统计 | NA | 仿真研究，单细胞RNA序列分析 | 广义线性模型 | RNA-seq数据 | 单细胞RNA-seq数据集中的样本 |
| 156 | 2024-08-04 |
Multimodal single-cell and whole-genome sequencing of small, frozen clinical specimens
2023-01, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-022-01268-9
PMID:36624340
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研究论文 | 本文展示了从小型冷冻临床标本中进行多模态单细胞和全基因组测序的可能性 | 首次将多模态单核RNA/T细胞受体测序、空间转录组学和全基因组测序应用于小型冷冻组织 | 仍然面临一些实际和预分析挑战，可能影响方法的广泛临床应用 | 探索小型冷冻临床标本中进行单细胞基因组学的可行性和应用 | 研究对象包括皮肤黑色素瘤患者以及与之匹配的全基因组数据 | 数字病理学 | 皮肤黑色素瘤 | snRNA/TCR测序, 全基因组测序 | NA | 基因组数据 | 从KEYNOTE-001试验中收集的多个黑色素瘤样本和与其匹配的全基因组数据 |
| 157 | 2024-08-05 |
SPECK: an unsupervised learning approach for cell surface receptor abundance estimation for single-cell RNA-sequencing data
2023, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbad073
PMID:37359727
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研究论文 | 本文提出了一种新的无监督方法SPECK，用于单细胞RNA测序数据的受体丰度估计 | 创新点在于提出了一种基于CKmeans聚类阈值的无监督算法来估计细胞表面受体的丰度 | 依赖于scRNA-seq数据进行受体丰度估计，无法直接测量表面蛋白，可能影响结果的准确性 | 旨在提高细胞表面蛋白丰度估计的准确性，以支持单细胞转录组学的研究 | 主要研究人类25种受体在多种组织类型中的丰度估计 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 无监督算法 | RNA测序数据 | 涉及至少25个人类受体和多个组织类型 |
| 158 | 2024-08-04 |
Single-cell transcriptomics reveal extracellular vesicles secretion with a cardiomyocyte proteostasis signature during pathological remodeling
2023-01-21, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-022-04402-9
PMID:36681760
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研究论文 | 该文章揭示了在病理重塑过程中，心肌细胞分泌具有蛋白质稳态特征的外泌体 | 首次通过单细胞转录组分析揭示心肌细胞在病理重塑中的外泌体分泌机制以及相关的蛋白质特征 | 该研究主要集中在小鼠模型，临床相关性尚需进一步验证 | 研究心肌细胞在病理重塑过程中外泌体的分泌与蛋白质稳态特征的关系 | 包含诱导性心肌特异性Wnt激活的小鼠模型及人源诱导多能干细胞衍生的心肌细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 使用了β-cat小鼠模型和来自人源诱导多能干细胞的心肌细胞 |
| 159 | 2024-08-05 |
Preparation of Drosophila Ovarioles for Single-Cell RNA Sequencing
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2970-3_17
PMID:36715913
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研究论文 | 本文描述了为单细胞RNA测序准备果蝇卵巢的过程 | 提出了一种新的孤立和准备果蝇卵巢以进行单细胞RNA测序的协议 | 研究主要集中在建立方法上，未涉及具体的生物学发现 | 旨在提高果蝇卵巢单细胞RNA测序的准备效率 | 果蝇卵巢细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |
| 160 | 2024-08-05 |
WNT signaling in the tumor microenvironment promotes immunosuppression in murine pancreatic cancer
2023-01-02, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20220503
PMID:36239683
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研究论文 | 研究了WNT信号传导在小鼠胰腺癌肿瘤微环境中的作用。 | 首次探讨了WNT信号传导如何调控胰腺癌的肿瘤微环境。 | WNT信号抑制由于毒性限制了治疗窗口，而PD-L1阻断在胰腺癌中无效。 | 探讨WNT信号在胰腺癌免疫微环境中的作用和潜在的治疗策略。 | 胰腺导管腺癌（PDA）和小鼠模型中的T细胞。 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | RNA数据 | 使用小鼠模型进行实验，具体样本量未说明 |