单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2024-08-04	Regulation of human salt-sensitivite hypertension by myeloid cell renin-angiotensin-aldosterone system 2023, Frontiers in physiology IF:3.2Q2 DOI:10.3389/fphys.2023.1208270 PMID:37534363	研究论文	本研究探讨了饮食盐对人类单核细胞免疫细胞中肾素-血管紧张素-醛固酮系统基因表达的影响及其在盐敏感性高血压中的作用	揭示了饮食盐摄入对人类单核细胞中RAAS表达的调控机制与系统性RAAS的不同	未探讨盐敏感高血压的长期影响和其他潜在的影响因素	研究盐敏感高血压中免疫细胞对饮食盐影响的机理	人类的单核细胞免疫细胞	数字病理学	心血管疾病	bulk和单细胞测序	NA	基因表达数据	使用了高盐处理的人类免疫细胞
142	2024-08-05	A single-cell atlas of murine reproductive tissues during preterm labor 2023-01-31, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.111846 PMID:36599348	研究论文	本文生成了小鼠生殖组织在早产劳动期间的单细胞图谱。	使用单细胞RNA测序技术揭示了早产劳动对特定免疫和非免疫细胞亚群转录组特征的影响	研究主要集中在小鼠模型，可能不完全适用于人类早产的情况	揭示早产劳动中生殖组织的细胞景观和细胞通讯	小鼠子宫、蜕膜和宫颈的单细胞数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	小鼠生殖组织的多个细胞类型
143	2024-08-05	Epsin Nanotherapy Regulates Cholesterol Transport to Fortify Atheroma Regression 2023-01-06, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.122.321723 PMID:36444722	研究论文	本文探讨了Epsins在巨噬细胞中调节脂质代谢的作用	开发了一种创新的方法，通过S2P结合脂质纳米粒子靶向巨噬细胞Epsins，抑制其功能	该研究的局限性在于动物模型的基因修饰可能限制了结果的广泛适用性	研究Epsins在动脉粥样硬化中巨噬细胞介导的代谢调节中的作用	该研究对象为巨噬细胞中特异性的Epsins	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	LysM-DKO小鼠模型	生物医学数据	利用了双敲除小鼠和具有遗传性ABCG1减少的小鼠进行研究
144	2024-08-04	Statistical Inference for High-Dimensional Generalized Linear Models with Binary Outcomes 2023, Journal of the American Statistical Association IF:3.0Q1 DOI:10.1080/01621459.2021.1990769 PMID:37366472	研究论文	本文提出了一种高维二元广义线性模型统计推断的统一框架	引入了新的下界技术，提供了自适应的最优置信区间分析，并展示了对回归向量稀疏性的适应性	关于已知与未知设计分布的情况的讨论较为有限	研究高维二元广义线性模型的统计推断方法	研究高维二元广义线性模型，及其置信区间和假设检验的构建	统计	NA	仿真研究，单细胞RNA序列分析	广义线性模型	RNA-seq数据	单细胞RNA-seq数据集中的样本
145	2024-08-04	Multimodal single-cell and whole-genome sequencing of small, frozen clinical specimens 2023-01, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-022-01268-9 PMID:36624340	研究论文	本文展示了从小型冷冻临床标本中进行多模态单细胞和全基因组测序的可能性	首次将多模态单核RNA/T细胞受体测序、空间转录组学和全基因组测序应用于小型冷冻组织	仍然面临一些实际和预分析挑战，可能影响方法的广泛临床应用	探索小型冷冻临床标本中进行单细胞基因组学的可行性和应用	研究对象包括皮肤黑色素瘤患者以及与之匹配的全基因组数据	数字病理学	皮肤黑色素瘤	snRNA/TCR测序, 全基因组测序	NA	基因组数据	从KEYNOTE-001试验中收集的多个黑色素瘤样本和与其匹配的全基因组数据
146	2024-08-05	SPECK: an unsupervised learning approach for cell surface receptor abundance estimation for single-cell RNA-sequencing data 2023, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbad073 PMID:37359727	研究论文	本文提出了一种新的无监督方法SPECK，用于单细胞RNA测序数据的受体丰度估计	创新点在于提出了一种基于CKmeans聚类阈值的无监督算法来估计细胞表面受体的丰度	依赖于scRNA-seq数据进行受体丰度估计，无法直接测量表面蛋白，可能影响结果的准确性	旨在提高细胞表面蛋白丰度估计的准确性，以支持单细胞转录组学的研究	主要研究人类25种受体在多种组织类型中的丰度估计	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序	无监督算法	RNA测序数据	涉及至少25个人类受体和多个组织类型
147	2024-08-04	Single-cell transcriptomics reveal extracellular vesicles secretion with a cardiomyocyte proteostasis signature during pathological remodeling 2023-01-21, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-022-04402-9 PMID:36681760	研究论文	该文章揭示了在病理重塑过程中，心肌细胞分泌具有蛋白质稳态特征的外泌体	首次通过单细胞转录组分析揭示心肌细胞在病理重塑中的外泌体分泌机制以及相关的蛋白质特征	该研究主要集中在小鼠模型，临床相关性尚需进一步验证	研究心肌细胞在病理重塑过程中外泌体的分泌与蛋白质稳态特征的关系	包含诱导性心肌特异性Wnt激活的小鼠模型及人源诱导多能干细胞衍生的心肌细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	使用了β-cat小鼠模型和来自人源诱导多能干细胞的心肌细胞
148	2024-08-05	Preparation of Drosophila Ovarioles for Single-Cell RNA Sequencing 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-2970-3_17 PMID:36715913	研究论文	本文描述了为单细胞RNA测序准备果蝇卵巢的过程	提出了一种新的孤立和准备果蝇卵巢以进行单细胞RNA测序的协议	研究主要集中在建立方法上，未涉及具体的生物学发现	旨在提高果蝇卵巢单细胞RNA测序的准备效率	果蝇卵巢细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
149	2024-08-05	WNT signaling in the tumor microenvironment promotes immunosuppression in murine pancreatic cancer 2023-01-02, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20220503 PMID:36239683	研究论文	研究了WNT信号传导在小鼠胰腺癌肿瘤微环境中的作用。	首次探讨了WNT信号传导如何调控胰腺癌的肿瘤微环境。	WNT信号抑制由于毒性限制了治疗窗口，而PD-L1阻断在胰腺癌中无效。	探讨WNT信号在胰腺癌免疫微环境中的作用和潜在的治疗策略。	胰腺导管腺癌（PDA）和小鼠模型中的T细胞。	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA数据	使用小鼠模型进行实验，具体样本量未说明
150	2024-08-05	Role of Matrix Gla Protein in Transforming Growth Factor-β Signaling and Nonalcoholic Steatohepatitis in Mice 2023, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2023.08.007 PMID:37611662	研究论文	本文分析了基因在非酒精性脂肪性肝炎（NASH）中作用的关键因子，即基质Gla蛋白（MGP）	提出MGP在肝纤维化和TGF-β信号传导中的调控作用，是NASH病理机制的新见解	研究主要基于小鼠模型，可能无法完全泛化到人类疾病中	探讨MGP在非酒精性脂肪性肝炎发病机制中的作用	使用基因多样性小鼠群体分析NASH表型及其相关基因	数字病理学	非酒精性脂肪性肝炎	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因组数据，转录组数据，表型数据	使用的样本包括多种小鼠模型和人类患者的肝组织
151	2024-08-04	Integrated regulatory and metabolic networks of the tumor microenvironment for therapeutic target prioritization 2023-01-01, Statistical applications in genetics and molecular biology IF:0.8Q3 DOI:10.1515/sagmb-2022-0054 PMID:37988745	研究论文	本研究开发了一种整合基因调控网络和代谢网络的方法以指导治疗目标优先排序	提出了一种整合基于约束的代谢模型与概率基因调控网络的方法，使得可以通过贝叶斯网络进行细胞特异性变化的预测	对这两种模型的整合研究仍然有限，且可能不适用于所有类型的细胞和疾病	旨在提高基因组发现到临床决策的转化效率	关注胶质母细胞瘤脑肿瘤的单细胞测序数据	计算生物学	胶质母细胞瘤	单细胞测序	贝叶斯网络	基因组数据	NA
152	2024-08-05	Single-Cell B-Cell Sequencing to Generate Natively Paired scFab Yeast Surface Display Libraries 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3279-6_11 PMID:37405649	研究论文	该文章阐述了一种使用单细胞RNA测序生成天然配对的B细胞受体序列的方法。	提出了一种简化的工作流程，将单链抗体片段表达在酵母表面用于高通量特征化。	章节中并未详细描述具体的实施细节。	旨在设计用于治疗和诊断的单克隆抗体。	免疫小鼠的天然配对B细胞受体序列。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
153	2024-08-05	Hepatocyte Smoothened Activity Controls Susceptibility to Insulin Resistance and Nonalcoholic Fatty Liver Disease 2023, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2022.12.008 PMID:36535507	研究论文	本研究旨在探讨Smoothened (Smo) 在肝细胞代谢稳态及其对非酒精性脂肪肝病 (NASH) 易感性中的作用	发现肝细胞Smo的缺失通过激活mTORC1-SREBP1c信号通路，促进了脂肪生成并抑制了肝脏胰岛素信号	研究主要基于小鼠模型和已有的人类RNA-seq数据，可能无法完全反映所有人群的情况	明确Smoothened在肝细胞代谢调节和NASH易感性中的作用	健康饮食的小鼠肝细胞及两大人类队列的肝脏RNA-seq数据	数字病理学	非酒精性脂肪肝病	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	在小鼠模型中进行了条件性Smo缺失，以及分析了两大人类队列的RNA-seq数据
154	2024-08-04	Deep Crypt Secretory Cell Differentiation in the Colonic Epithelium Is Regulated by Sprouty2 and Interleukin 13 2023, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2022.11.004 PMID:36414210	研究论文	深隐窝分泌（DCS）细胞的分化受到Sprouty2和白细胞介素13的调控	本研究揭示了Sprouty2如何通过抑制IL13信号通路来限制结肠DCS细胞分化的机制	尚未探讨DCS细胞数量和功能调控的所有可能机制	研究Sprouty2与IL13在结肠DCS细胞分化中的作用	小鼠肠上皮特异性Sprouty2缺失模型与对照组	数字病理学	NA	单细胞RNA测序、免疫染色、bulk RNA测序、定量聚合酶链反应	NA	RNA	小鼠结肠组织
155	2024-08-04	Integrated analysis of single-cell RNA-seq and chipset data unravels PANoptosis-related genes in sepsis 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1247131 PMID:38239341	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和芯片数据，揭示了败血症中PANoptosis相关基因	开发了一种基于Boruta算法的机器学习模型，用于识别PANoptosis相关亚组并预测败血症的生存和临床特征	尚未全面阐明PANoptosis在败血症中的角色	研究PANoptosis相关基因在败血症中的作用及其预后潜力	败血症样本和单细胞RNA测序数据	数字病理学	败血症	单细胞RNA-seq	Boruta算法	基因表达数据	来自GEO数据库的败血症样本和单细胞RNA-seq数据
156	2024-08-05	Integrative single-cell RNA sequencing and metabolomics decipher the imbalanced lipid-metabolism in maladaptive immune responses during sepsis 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1181697 PMID:37180171	研究论文	本文旨在识别与脓毒症免疫功能障碍相关的差异表达脂质代谢基因。	通过机器学习算法筛选出关键的脂质代谢相关中心基因，揭示了脓毒症中的免疫抑制微环境。	未提及具体的样本来源和大小，可能限制结果的普遍适用性。	探讨脓毒症中脂质代谢失衡与免疫反应的关系。	脓毒症患者与健康对照者的脂质代谢相关基因及相关免疫功能。	机器学习	脓毒症	单细胞RNA测序	支持向量机-递归特征消除(SVM-RFE)	基因数据	508个差异表达脂质代谢相关基因
157	2024-08-05	Cerebrospinal fluid immune cells appear similar across neuropathic and non-neuropathic pain conditions 2023, Wellcome open research DOI:10.12688/wellcomeopenres.20153.1 PMID:38707493	研究论文	该研究调查了在神经性疼痛和非神经性疼痛情况下，脑脊液中的免疫细胞是否相似	结果表明，无论疼痛的病因如何，免疫细胞的数量和表型并没有明显差异，挑战了脑脊液作为微胶质细胞活化的生物标志物的有效性	该研究未能确定脑脊液中蛋白质的确切来源，是否直接来自于循环脑脊液单核细胞或源于脊髓微胶质细胞	本研究旨在探讨脑脊液是否可以用作人类微胶质细胞活化的代理测量	分析来自遭受神经性特征疼痛的个体的脑脊液免疫细胞群体	数字病理学	神经性疼痛	RNA测序，CITE测序	NA	生物样本（脑脊液免疫细胞）	分析了忍受神经性疼痛的个体的免疫细胞群体，样本大小未具体说明
158	2024-08-04	A Cdh3-β-catenin-laminin signaling axis in a subset of breast tumor leader cells control leader cell polarization and directional collective migration 2023-01-09, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2022.12.005 PMID:36626870	研究论文	本文探讨了一组乳腺肿瘤领袖细胞如何通过Cdh3-β-catenin-laminin信号轴控制细胞极化和方向性集体迁移	提出了领袖细胞需要生成高推力并克服细胞外基质阻力以引导集体迁移的新机制	研究主要基于体外模型，尚未在体内模型中验证	了解肿瘤细胞如何通过集体迁移进行扩散	乳腺肿瘤细胞及其微环境的相互作用	数字病理学	乳腺癌	单细胞测序	3D计算模型	视频，细胞序列数据	包括多个小鼠和人类乳腺肿瘤类器官的样本
159	2024-08-04	Identification and Localization of Cell Types in the Mouse Olfactory Bulb Using Slide-SeqV2 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3425-7_13 PMID:37688732	研究论文	本文记录了使用Slide-SeqV2技术在小鼠嗅球中可视化基因表达。	提出了一种无偏见的方法，通过空间识别的珠子定位和量化个体转录本，从而识别和定位个别细胞类型。	NA	研究小鼠嗅球中细胞类型的识别和定位。	小鼠嗅球中的细胞类型和亚型。	数字病理学	NA	Slide-SeqV2	NA	RNA分子	NA
160	2024-08-04	SUMA: a lightweight machine learning model-powered shared nearest neighbour-based clustering application interface for scRNA-Seq data 2023, Turkish journal of biology = Turk biyoloji dergisi DOI:10.55730/1300-0152.2675 PMID:38681777	研究论文	本文介绍了SUMA，一个轻量级的机器学习模型驱动的共享最近邻聚类应用界面，用于scRNA-Seq数据	SUMA使用随机森林模型预测邻居的最优数量，从而获得最佳聚类结果，并集成了多种常用方法	主要依赖用户定义的参数，可能会影响聚类结果的有效性	开发一种有效的工具用于单细胞转录组数据的聚类和细胞类型标注	公开的scRNA-Seq数据集及三种不同的基于图形的聚类算法	机器学习	NA	随机森林	NA	基因表达数据	多个公开可用的scRNA-Seq数据集