单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1191 篇文献，本页显示第 141 - 160 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 141 | 2024-09-15 |
Single-cell RNA-seq analysis identifies distinct myeloid cells in a case with encephalitis temporally associated with COVID-19 vaccination
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.998233
PMID:36911677
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研究论文 | 本文报道了一例与COVID-19疫苗接种相关的脑炎病例，并通过单细胞RNA测序分析了外周免疫系统的独特免疫特征 | 首次通过单细胞RNA测序技术识别出与COVID-19疫苗接种相关的脑炎急性期特有的髓系细胞亚群 | 研究仅限于外周血单核细胞，未涉及中枢神经系统的细胞 | 阐明与COVID-19疫苗接种相关的自身免疫性炎症中的免疫失调机制 | 与COVID-19疫苗接种相关的脑炎病例中的外周血单核细胞 | 数字病理学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 包括急性期和缓解期的患者样本以及健康对照组样本 | NA | NA | NA | NA |
| 142 | 2024-09-15 |
Preterm birth leads to a decreased number of differentiated podocytes and accelerated podocyte differentiation
2023, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2023.1142929
PMID:36936687
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研究论文 | 本研究探讨了早产对足细胞数量和分化的影响及其潜在机制 | 首次通过单细胞RNA测序和生物信息学分析揭示了早产对足细胞数量和分化的影响 | 研究仅限于大鼠模型，结果可能不完全适用于人类 | 探讨早产对足细胞数量和分化的影响及其潜在机制 | 早产大鼠模型中的足细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 早产大鼠和足月大鼠各一组 | NA | NA | NA | NA |
| 143 | 2024-09-15 |
Identification and validation of the cellular senescence-related molecular subtypes of triple negative breast cancer via integrating bulk and single-cell RNA sequencing data
2023, American journal of cancer research
IF:3.6Q2
PMID:36895975
|
研究论文 | 本文通过整合批量和单细胞RNA测序数据，识别并验证了三阴性乳腺癌中与细胞衰老相关的分子亚型 | 本文首次通过整合批量和单细胞RNA测序数据，识别出与细胞衰老相关的分子亚型，并验证了其与免疫检查点阻断疗法反应的关系 | 本文仅使用了18个样本进行验证，样本量较小，可能影响结果的普适性 | 识别与细胞衰老相关的分子亚型，并验证其作为三阴性乳腺癌对免疫检查点阻断疗法反应的潜在预测因子 | 三阴性乳腺癌样本及其对免疫检查点阻断疗法的反应 | 数字病理学 | 乳腺癌 | RNA测序 | 非负矩阵分解 | RNA | 18个三阴性乳腺癌样本 | NA | NA | NA | NA |
| 144 | 2024-09-14 |
Statistical Power Analysis for Designing Bulk, Single-Cell, and Spatial Transcriptomics Experiments: Review, Tutorial, and Perspectives
2023-01-24, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom13020221
PMID:36830591
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综述 | 本文综述了批量RNA-seq、单细胞RNA-seq和高通量空间转录组学实验设计中的统计功效分析 | 本文首次系统地讨论了三种基因表达谱技术（批量RNA-seq、单细胞RNA-seq和高通量空间转录组学）的统计功效分析，并提供了现有工具的综述和建议 | 目前尚无针对高通量空间转录组学的统计功效分析工具，因此本文仅探讨了影响功效分析的因素 | 探讨不同基因表达谱技术在实验设计中的统计功效分析 | 批量RNA-seq、单细胞RNA-seq和高通量空间转录组学 | 基因组学 | NA | RNA-seq | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 145 | 2024-09-14 |
Fast model-free standardization and integration of single-cell transcriptomics data
2023-Jan-23, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-2485985/v1
PMID:36747625
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研究论文 | 本文介绍了一种名为MASI的快速无模型方法，用于标准化和整合单细胞转录组数据 | MASI通过细胞类型标记而非模型推断进行整合，能够在个人笔记本电脑上注释约一百万个细胞，为单细胞研究提供了一种廉价的计算替代方案 | NA | 开发一种快速且计算成本低的工具，用于标准化细胞类型注释和整合单细胞转录组数据 | 单细胞转录组数据的标准化和整合 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组学 | 无模型方法 | 基因表达矩阵 | 约一百万个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 146 | 2024-09-14 |
Multimodal mapping of cell types and projections in the central nucleus of the amygdala
2023-01-20, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.84262
PMID:36661218
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序和荧光原位杂交技术，系统地分析了中央杏仁核中的细胞类型及其投射 | 开发了新的方法将EASI-FISH与5-plex逆行轴突标记结合，揭示了中央杏仁核的空间分子组织结构和远距离轴突投射网络 | NA | 系统地研究中央杏仁核中的细胞类型及其投射，揭示其空间分子组织结构和功能 | 中央杏仁核中的细胞类型及其投射 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 荧光原位杂交 (EASI-FISH), 逆行轴突标记 | NA | 基因表达数据 | 约30,000个分子定义的中央杏仁核神经元 | NA | NA | NA | NA |
| 147 | 2024-09-14 |
Marker-free characterization of full-length transcriptomes of single live circulating tumor cells
2023-01, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.276600.122
PMID:36414416
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为unCTC的R包，用于从单细胞转录组数据中无偏倚地识别和表征循环肿瘤细胞 | 提出了名为DDLK的深度字典学习方法，用于单细胞RNA测序数据的聚类，以及基于表达的拷贝数变异推断和组合标记验证恶性表型的方法 | NA | 开发一种无偏倚的方法来识别和表征循环肿瘤细胞，以更好地理解转移性癌症的生物学特性、监测疾病进展和疾病管理 | 循环肿瘤细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 6名患者的循环肿瘤细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 148 | 2024-09-13 |
Optimizing the design of spatial genomic studies
2023-Jan-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.29.526115
PMID:36778332
|
研究论文 | 本文探讨了空间基因组学实验设计的优化问题 | 提出了针对空间基因组学实验设计的优化方法，适用于构建组织的空间基因组图谱和定位感兴趣区域 | 未提及具体限制 | 优化空间基因组学实验设计 | 空间基因组学实验中的组织切片选择 | 基因组学 | NA | 空间转录组学和空间蛋白质组学 | NA | 基因组数据 | 多个空间基因组数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 149 | 2024-09-13 |
MetaSEM: Gene Regulatory Network Inference from Single-Cell RNA Data by Meta-Learning
2023-Jan-30, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms24032595
PMID:36768917
|
研究论文 | 本文提出了一种基于元学习的单细胞RNA数据基因调控网络推断框架MetaSEM | 通过元学习解决高维稀疏数据特征导致的参数优化问题，并采用少样本解决方案应对标签数据不足的问题 | NA | 旨在通过元学习方法推断基因调控网络中的调控因子 | 单细胞RNA数据中的基因调控网络 | 生物信息学 | NA | 元学习 | 结构方程模型（SEM） | 单细胞RNA数据 | 小规模数据 | NA | NA | NA | NA |
| 150 | 2024-09-13 |
Defining T cell receptor repertoires using nanovial-based affinity and functional screening
2023-Jan-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.17.524440
PMID:36711524
|
研究论文 | 利用含有腔体的凝胶微粒（纳米小瓶）进行亲和力和功能筛选，定义T细胞受体库 | 开发了一种基于纳米小瓶的亲和力和功能筛选方法，能够高精度地链接TCR序列与目标抗原，并识别出比标准技术更具特异性的功能性TCR库 | NA | 定义具有治疗潜力的T细胞受体库 | T细胞受体（TCR）及其对特定抗原的反应 | 免疫学 | NA | 微流控乳液单细胞测序 | NA | TCR序列 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 151 | 2024-09-13 |
Benchmarking cell-type clustering methods for spatially resolved transcriptomics data
2023-01-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac475
PMID:36410733
|
研究论文 | 本文评估了15种聚类方法在空间转录组数据中的细胞类型聚类效果 | 本文首次使用半合成数据集评估了空间和组织学信息对细胞聚类的影响 | 空间和组织学信息的引入并未在所有数据集中一致提高聚类效果 | 评估不同聚类方法在空间转录组数据中的细胞类型识别效果 | 空间转录组数据的细胞类型聚类 | 生物信息学 | NA | 空间转录组技术 | 聚类方法 | 基因表达数据、空间位置数据、组织学图像 | 七个半合成数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 152 | 2024-09-13 |
Osteoblast-intrinsic defect in glucose metabolism impairs bone formation in type II diabetic mice
2023-Jan-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.16.524248
PMID:36711657
|
研究论文 | 研究了II型糖尿病小鼠模型中成骨细胞内在的葡萄糖代谢缺陷对骨形成的影响 | 首次揭示了成骨细胞内在的葡萄糖代谢缺陷是糖尿病性骨质疏松的潜在原因，并提出了可能的治疗靶点 | 研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类中验证 | 探讨II型糖尿病与骨骼脆弱性之间的机制 | II型糖尿病小鼠的骨组织和成骨细胞 | NA | 糖尿病 | 稳定同位素示踪、Seahorse分析、单细胞RNA测序 | NA | 骨组织、骨髓间充质细胞、成骨细胞 | II型糖尿病小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 153 | 2024-09-13 |
Inferring neuron-neuron communications from single-cell transcriptomics through NeuronChat
2023-Jan-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.12.523826
PMID:36712056
|
研究论文 | 开发了一种名为NeuronChat的方法和软件包，用于从单细胞转录组数据中推断、可视化和分析神经元特异性通信网络 | 首次提出NeuronChat方法，结合手动整理的神经信号分子相互作用数据库，用于推断和分析神经元间的通信网络 | NA | 开发和验证一种新方法，用于从单细胞转录组数据中推断神经元间的通信网络 | 神经元间的通信网络 | 生物信息学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 多个已发表的数据集和三种不同的神经组织数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 154 | 2024-09-13 |
Analysis of donor pancreata defines the transcriptomic signature and microenvironment of early pre-neoplastic pancreatic lesions
2023-Jan-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.13.523300
PMID:36712058
|
研究论文 | 本文通过分析脑死亡供体的胰腺组织，首次描述了成人健康胰腺和早期前肿瘤性胰腺病变的转录组特征和微环境 | 首次使用多重免疫组化、单细胞RNA测序和空间转录组学技术，全面描述了成人健康胰腺和早期前肿瘤性胰腺病变的独特微环境 | 样本量较小，仅包括30名供体，且所有供体均无已知的胰腺疾病 | 研究成人健康胰腺和早期前肿瘤性胰腺病变的转录组特征和微环境 | 成人健康胰腺和早期前肿瘤性胰腺病变 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 多重免疫组化、单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 组织样本 | 30名脑死亡供体的胰腺组织 | NA | NA | NA | NA |
| 155 | 2024-09-13 |
TGFB1 Induces Fetal Reprogramming and Enhances Intestinal Regeneration
2023-Jan-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.13.523825
PMID:36711781
|
研究论文 | 研究探讨了TGFB1信号在肠道再生中的作用及其机制 | 首次揭示了TGFB1在肠道再生过程中诱导胎儿重编程的作用，并提出了YAP-SOX9转录回路在TGFB1介导的再生中的机制 | 研究主要基于小鼠模型和人类类器官模型，尚未在临床上验证其应用效果 | 探究TGFB1信号在肠道再生中的作用及其机制，为细胞疗法提供理论基础 | 小鼠和人类肠道组织，特别是肠道隐窝的再生过程 | 生物医学 | NA | 高通量测序（如ATAC-seq、scRNA-seq、ChIP-seq） | NA | 基因表达数据 | 小鼠和人类样本 | NA | NA | NA | NA |
| 156 | 2024-08-08 |
High-throughput and high-sensitivity full-length single-cell RNA-seq analysis on third-generation sequencing platform
2023-Jan-11, Cell discovery
IF:13.0Q1
DOI:10.1038/s41421-022-00500-4
PMID:36631434
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 157 | 2024-09-13 |
Spatiotemporal immune atlas of the first clinical-grade, gene-edited pig-to-human kidney xenotransplant
2023-Jan-09, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-2382345/v1
PMID:36711785
|
研究论文 | 研究了基因编辑猪肾异种移植到脑死亡人类受体后的免疫反应 | 首次使用空间转录组学和单细胞RNA测序研究了猪肾异种移植后的免疫反应 | 研究仅限于脑死亡人类受体，未涉及活体受体 | 探讨猪肾异种移植后人类免疫反应的有效免疫调节方案 | 基因编辑猪肾和脑死亡人类受体 | NA | NA | 空间转录组学和单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 一个基因编辑猪肾和一个脑死亡人类受体 | NA | NA | NA | NA |
| 158 | 2024-09-13 |
Secretion encoded single-cell sequencing (SEC-seq) uncovers gene expression signatures associated with high VEGF-A secretion in mesenchymal stromal cells
2023-Jan-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.07.523110
PMID:36711480
|
研究论文 | 开发了一种名为SEC-seq的新方法，通过捕获单个细胞及其分泌物，同时测量血管内皮生长因子A（VEGF-A）的分泌和转录组，揭示了与高VEGF-A分泌相关的基因表达特征 | 首次开发了SEC-seq方法，能够同时测量单个细胞的分泌物和转录组，揭示了与VEGF-A分泌相关的特定基因表达特征 | 尚未探讨SEC-seq方法在其他细胞类型或疾病中的应用 | 开发一种新方法来关联单个细胞的分泌物与其转录状态，并识别与特定分泌物相关的基因表达特征 | 间充质基质细胞（MSCs）及其VEGF-A分泌 | 基因表达 | NA | SEC-seq | NA | 转录组数据 | 数千个间充质基质细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 159 | 2024-09-13 |
Identification and Analysis of Hub Genes and Immune Cells Associated with the Formation of Acute Aortic Dissection
2023, Computational and mathematical methods in medicine
DOI:10.1155/2023/8072369
PMID:36818541
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研究论文 | 本研究旨在识别与急性主动脉夹层形成相关的关键基因和免疫细胞 | 首次通过基因表达数据分析和单细胞RNA测序验证了DNA损伤和修复相关基因在急性主动脉夹层中的作用 | 研究依赖于公共数据库的数据，可能存在数据质量和样本偏差 | 揭示急性主动脉夹层的发病机制 | 急性主动脉夹层相关的关键基因和免疫细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 基因集富集分析（GSEA）、基因集变异分析（GSVA）、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据 | 使用来自Gene Expression Omnibus（GEO）的数据集和单细胞RNA测序数据进行分析 | NA | NA | NA | NA |
| 160 | 2024-09-13 |
Dysregulation of CD177+ neutrophils on intraepithelial lymphocytes exacerbates gut inflammation via decreasing microbiota-derived DMF
2023 Jan-Dec, Gut microbes
IF:12.2Q1
DOI:10.1080/19490976.2023.2172668
PMID:36729914
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研究论文 | 研究探讨了中性粒细胞（尤其是CD177亚群）通过调节肠道内皮内淋巴细胞（IELs）和微生物群衍生的DMF来抑制肠道炎症的机制 | 首次揭示了中性粒细胞通过促进微生物群衍生的DMF来调节TCRγδCD8αα IELs的激活，从而抑制肠道炎症 | 研究主要在动物模型中进行，需要进一步在人体中验证 | 探讨中性粒细胞如何通过调节肠道内皮内淋巴细胞和微生物群衍生的DMF来抑制肠道炎症 | 中性粒细胞、肠道内皮内淋巴细胞（IELs）、微生物群衍生的DMF | 免疫学 | 肠道炎症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |