单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1191 篇文献，本页显示第 121 - 140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 121 | 2024-09-17 |
Diabetes mellitus induces a novel inflammatory network involving cancer progression: Insights from bioinformatic analysis and in vitro validation
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1149810
PMID:37033970
|
研究论文 | 研究探讨了糖尿病与癌症之间的关联，构建了一个基于糖尿病的癌症相关炎症网络，并通过生物信息学分析和体外实验验证了其机制 | 首次构建了一个基于糖尿病的癌症相关炎症网络，揭示了糖尿病如何增加肿瘤发生和发展的机制 | 需要进一步的研究来验证和扩展这些发现 | 探讨糖尿病与癌症之间的分子机制 | 糖尿病相关基因与癌症相关基因的关联 | 生物信息学 | 糖尿病 | 生物信息学分析、单细胞测序、体外实验 | NA | 基因表达数据、单细胞测序数据 | 包括结肠腺癌在内的多种肿瘤样本 | NA | NA | NA | NA |
| 122 | 2024-09-17 |
Monoacylglycerol lipase regulates macrophage polarization and cancer progression in uveal melanoma and pan-cancer
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1161960
PMID:37033945
|
研究论文 | 研究探讨了单酰甘油脂肪酶在葡萄膜黑色素瘤和泛癌中的作用及其对巨噬细胞极化和癌症进展的影响 | 首次揭示了单酰甘油脂肪酶在葡萄膜黑色素瘤中的作用，并提出了基于脂质代谢的风险模型 | 研究主要基于数据库分析和体外实验，缺乏体内实验验证 | 探讨脂质代谢在葡萄膜黑色素瘤中的作用，并开发基于脂质代谢的风险模型 | 葡萄膜黑色素瘤患者和泛癌患者 | 数字病理学 | 葡萄膜黑色素瘤 | 共识聚类分析、ESTIMATE分析、TIMER分析、ssGSEA分析、Cox回归分析、Lasso回归分析、单细胞测序分析 | 风险模型 | 基因表达数据 | 80名葡萄膜黑色素瘤患者和泛癌患者的数据 | NA | NA | NA | NA |
| 123 | 2024-09-17 |
Single-cell and long-read sequencing to enhance modelling of splicing and cell-fate determination
2023, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2023.03.023
PMID:37066125
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综述 | 本文综述了单细胞和长读长测序技术在剪接和细胞命运决定建模中的最新进展 | 结合单细胞和长读长测序技术，提供了新的机会来建模细胞命运决定 | NA | 探讨单细胞和长读长测序技术在细胞命运决定和剪接建模中的应用 | 单细胞和长读长测序数据，以及相关的计算算法和数学模型 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序，长读长测序 | NA | 基因组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 124 | 2024-09-16 |
Integrative network-based analysis on multiple Gene Expression Omnibus datasets identifies novel immune molecular markers implicated in non-alcoholic steatohepatitis
2023, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2023.1115890
PMID:37008925
|
研究论文 | 本研究通过整合多个GEO数据集，利用网络生物学方法识别与非酒精性脂肪性肝炎（NASH）相关的新型免疫分子标记 | 首次通过整合多个GEO数据集，利用加权基因共表达网络分析（WGCNA）识别与NASH相关的免疫响应模块，并验证了关键基因在临床样本和NASH小鼠模型中的表达 | 研究依赖于公开的GEO数据集，可能存在数据质量和样本代表性的局限性 | 探索与非酒精性脂肪性肝炎（NASH）相关的新基因 | 非酒精性脂肪性肝炎（NASH）相关的基因和免疫分子标记 | 生物信息学 | 肝病 | 加权基因共表达网络分析（WGCNA） | NA | 基因表达数据 | 五个独立的GEO数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 125 | 2024-09-15 |
Altered gene expression in excitatory neurons is associated with Alzheimer's disease and its higher incidence in women
2023 Jan-Mar, Alzheimer's & dementia (New York, N. Y.)
DOI:10.1002/trc2.12373
PMID:36873924
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研究论文 | 重新分析单细胞转录组数据，揭示阿尔茨海默病中兴奋性神经元基因表达的变化与性别差异的关系 | 解决了先前研究中关于阿尔茨海默病中主要受影响的细胞类型和细胞通路的矛盾，并揭示了兴奋性神经元在性别特异性分析中的重要作用 | NA | 重新分析单细胞转录组数据，以解决和扩展以往关于阿尔茨海默病中基因表达变化的研究 | 阿尔茨海默病患者的兴奋性神经元基因表达变化及性别差异 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞转录组学 | MAST | 基因表达数据 | 三个单细胞转录组数据集和来自Gene Expression Omnibus的皮质bulk AD数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 126 | 2024-09-15 |
Dissecting insect cell heterogeneity during influenza VLP production using single-cell transcriptomics
2023, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2023.1143255
PMID:36949887
|
研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术分析了在流感病毒样颗粒生产过程中昆虫细胞的异质性 | 首次使用单细胞RNA测序技术揭示了昆虫细胞在感染和生产流感病毒样颗粒过程中的异质性及其相关生物机制 | NA | 揭示昆虫细胞在生产流感病毒样颗粒过程中的异质性及其对治疗性蛋白质生产的影响 | 昆虫细胞在生产流感病毒样颗粒过程中的异质性 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 多个昆虫细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 127 | 2024-09-15 |
Deletion of the murine ortholog of human 9p21.3 locus promotes atherosclerosis by increasing macrophage proinflammatory activity
2023, Frontiers in cardiovascular medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fcvm.2023.1113890
PMID:36950286
|
研究论文 | 研究探讨了小鼠9p21.3位点同源基因缺失对动脉粥样硬化的影响及其机制 | 首次揭示了小鼠9p21.3位点同源基因缺失通过增加巨噬细胞的促炎活性促进动脉粥样硬化的机制 | NA | 研究小鼠9p21.3位点同源基因在动脉粥样硬化中的作用 | 小鼠9p21.3位点同源基因缺失对动脉粥样硬化斑块大小和形态的影响 | 心血管疾病 | 动脉粥样硬化 | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据 | 12周高脂饮食后的Ldlr -/- ApoB 100/100小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 128 | 2024-09-15 |
Revealing within-species diversity in uncultured human gut bacteria with single-cell long-read sequencing
2023, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2023.1133917
PMID:36910196
|
研究论文 | 本文开发了一种单细胞扩增基因组长读序列组装（scALA）工作流程，用于从人类肠道微生物样本中获取未培养细菌的完整环状单细胞扩增基因组（cSAGs） | scALA工作流程通过减少序列偏差和连续组装，生成了完整的环状cSAGs，揭示了宿主间共享的菌株特异性结构变异 | NA | 研究未培养细菌的特征，揭示物种内多样性 | 人类肠道微生物中的未培养细菌 | 基因组学 | NA | 单细胞长读序列 | NA | 基因组数据 | 12个人类粪便样本，包括两个共同居住组，生成了16个cSAGs | NA | NA | NA | NA |
| 129 | 2024-09-15 |
Single-cell RNA-seq analysis identifies distinct myeloid cells in a case with encephalitis temporally associated with COVID-19 vaccination
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.998233
PMID:36911677
|
研究论文 | 本文报道了一例与COVID-19疫苗接种相关的脑炎病例，并通过单细胞RNA测序分析了外周免疫系统的独特免疫特征 | 首次通过单细胞RNA测序技术识别出与COVID-19疫苗接种相关的脑炎急性期特有的髓系细胞亚群 | 研究仅限于外周血单核细胞，未涉及中枢神经系统的细胞 | 阐明与COVID-19疫苗接种相关的自身免疫性炎症中的免疫失调机制 | 与COVID-19疫苗接种相关的脑炎病例中的外周血单核细胞 | 数字病理学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 包括急性期和缓解期的患者样本以及健康对照组样本 | NA | NA | NA | NA |
| 130 | 2024-09-15 |
Preterm birth leads to a decreased number of differentiated podocytes and accelerated podocyte differentiation
2023, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2023.1142929
PMID:36936687
|
研究论文 | 本研究探讨了早产对足细胞数量和分化的影响及其潜在机制 | 首次通过单细胞RNA测序和生物信息学分析揭示了早产对足细胞数量和分化的影响 | 研究仅限于大鼠模型，结果可能不完全适用于人类 | 探讨早产对足细胞数量和分化的影响及其潜在机制 | 早产大鼠模型中的足细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 早产大鼠和足月大鼠各一组 | NA | NA | NA | NA |
| 131 | 2024-09-15 |
Identification and validation of the cellular senescence-related molecular subtypes of triple negative breast cancer via integrating bulk and single-cell RNA sequencing data
2023, American journal of cancer research
IF:3.6Q2
PMID:36895975
|
研究论文 | 本文通过整合批量和单细胞RNA测序数据，识别并验证了三阴性乳腺癌中与细胞衰老相关的分子亚型 | 本文首次通过整合批量和单细胞RNA测序数据，识别出与细胞衰老相关的分子亚型，并验证了其与免疫检查点阻断疗法反应的关系 | 本文仅使用了18个样本进行验证，样本量较小，可能影响结果的普适性 | 识别与细胞衰老相关的分子亚型，并验证其作为三阴性乳腺癌对免疫检查点阻断疗法反应的潜在预测因子 | 三阴性乳腺癌样本及其对免疫检查点阻断疗法的反应 | 数字病理学 | 乳腺癌 | RNA测序 | 非负矩阵分解 | RNA | 18个三阴性乳腺癌样本 | NA | NA | NA | NA |
| 132 | 2024-09-14 |
Statistical Power Analysis for Designing Bulk, Single-Cell, and Spatial Transcriptomics Experiments: Review, Tutorial, and Perspectives
2023-01-24, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom13020221
PMID:36830591
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综述 | 本文综述了批量RNA-seq、单细胞RNA-seq和高通量空间转录组学实验设计中的统计功效分析 | 本文首次系统地讨论了三种基因表达谱技术（批量RNA-seq、单细胞RNA-seq和高通量空间转录组学）的统计功效分析，并提供了现有工具的综述和建议 | 目前尚无针对高通量空间转录组学的统计功效分析工具，因此本文仅探讨了影响功效分析的因素 | 探讨不同基因表达谱技术在实验设计中的统计功效分析 | 批量RNA-seq、单细胞RNA-seq和高通量空间转录组学 | 基因组学 | NA | RNA-seq | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 133 | 2024-09-14 |
Fast model-free standardization and integration of single-cell transcriptomics data
2023-Jan-23, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-2485985/v1
PMID:36747625
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为MASI的快速无模型方法，用于标准化和整合单细胞转录组数据 | MASI通过细胞类型标记而非模型推断进行整合，能够在个人笔记本电脑上注释约一百万个细胞，为单细胞研究提供了一种廉价的计算替代方案 | NA | 开发一种快速且计算成本低的工具，用于标准化细胞类型注释和整合单细胞转录组数据 | 单细胞转录组数据的标准化和整合 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组学 | 无模型方法 | 基因表达矩阵 | 约一百万个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 134 | 2024-09-14 |
Multimodal mapping of cell types and projections in the central nucleus of the amygdala
2023-01-20, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.84262
PMID:36661218
|
研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序和荧光原位杂交技术，系统地分析了中央杏仁核中的细胞类型及其投射 | 开发了新的方法将EASI-FISH与5-plex逆行轴突标记结合，揭示了中央杏仁核的空间分子组织结构和远距离轴突投射网络 | NA | 系统地研究中央杏仁核中的细胞类型及其投射，揭示其空间分子组织结构和功能 | 中央杏仁核中的细胞类型及其投射 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 荧光原位杂交 (EASI-FISH), 逆行轴突标记 | NA | 基因表达数据 | 约30,000个分子定义的中央杏仁核神经元 | NA | NA | NA | NA |
| 135 | 2024-09-14 |
Marker-free characterization of full-length transcriptomes of single live circulating tumor cells
2023-01, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.276600.122
PMID:36414416
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为unCTC的R包，用于从单细胞转录组数据中无偏倚地识别和表征循环肿瘤细胞 | 提出了名为DDLK的深度字典学习方法，用于单细胞RNA测序数据的聚类，以及基于表达的拷贝数变异推断和组合标记验证恶性表型的方法 | NA | 开发一种无偏倚的方法来识别和表征循环肿瘤细胞，以更好地理解转移性癌症的生物学特性、监测疾病进展和疾病管理 | 循环肿瘤细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 6名患者的循环肿瘤细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 136 | 2024-09-13 |
Optimizing the design of spatial genomic studies
2023-Jan-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.29.526115
PMID:36778332
|
研究论文 | 本文探讨了空间基因组学实验设计的优化问题 | 提出了针对空间基因组学实验设计的优化方法，适用于构建组织的空间基因组图谱和定位感兴趣区域 | 未提及具体限制 | 优化空间基因组学实验设计 | 空间基因组学实验中的组织切片选择 | 基因组学 | NA | 空间转录组学和空间蛋白质组学 | NA | 基因组数据 | 多个空间基因组数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 137 | 2024-09-13 |
MetaSEM: Gene Regulatory Network Inference from Single-Cell RNA Data by Meta-Learning
2023-Jan-30, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms24032595
PMID:36768917
|
研究论文 | 本文提出了一种基于元学习的单细胞RNA数据基因调控网络推断框架MetaSEM | 通过元学习解决高维稀疏数据特征导致的参数优化问题，并采用少样本解决方案应对标签数据不足的问题 | NA | 旨在通过元学习方法推断基因调控网络中的调控因子 | 单细胞RNA数据中的基因调控网络 | 生物信息学 | NA | 元学习 | 结构方程模型（SEM） | 单细胞RNA数据 | 小规模数据 | NA | NA | NA | NA |
| 138 | 2024-09-13 |
Defining T cell receptor repertoires using nanovial-based affinity and functional screening
2023-Jan-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.17.524440
PMID:36711524
|
研究论文 | 利用含有腔体的凝胶微粒（纳米小瓶）进行亲和力和功能筛选，定义T细胞受体库 | 开发了一种基于纳米小瓶的亲和力和功能筛选方法，能够高精度地链接TCR序列与目标抗原，并识别出比标准技术更具特异性的功能性TCR库 | NA | 定义具有治疗潜力的T细胞受体库 | T细胞受体（TCR）及其对特定抗原的反应 | 免疫学 | NA | 微流控乳液单细胞测序 | NA | TCR序列 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 139 | 2024-09-13 |
Benchmarking cell-type clustering methods for spatially resolved transcriptomics data
2023-01-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac475
PMID:36410733
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研究论文 | 本文评估了15种聚类方法在空间转录组数据中的细胞类型聚类效果 | 本文首次使用半合成数据集评估了空间和组织学信息对细胞聚类的影响 | 空间和组织学信息的引入并未在所有数据集中一致提高聚类效果 | 评估不同聚类方法在空间转录组数据中的细胞类型识别效果 | 空间转录组数据的细胞类型聚类 | 生物信息学 | NA | 空间转录组技术 | 聚类方法 | 基因表达数据、空间位置数据、组织学图像 | 七个半合成数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 140 | 2024-09-13 |
Osteoblast-intrinsic defect in glucose metabolism impairs bone formation in type II diabetic mice
2023-Jan-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.16.524248
PMID:36711657
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研究论文 | 研究了II型糖尿病小鼠模型中成骨细胞内在的葡萄糖代谢缺陷对骨形成的影响 | 首次揭示了成骨细胞内在的葡萄糖代谢缺陷是糖尿病性骨质疏松的潜在原因，并提出了可能的治疗靶点 | 研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类中验证 | 探讨II型糖尿病与骨骼脆弱性之间的机制 | II型糖尿病小鼠的骨组织和成骨细胞 | NA | 糖尿病 | 稳定同位素示踪、Seahorse分析、单细胞RNA测序 | NA | 骨组织、骨髓间充质细胞、成骨细胞 | II型糖尿病小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |