单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2024-09-11	The STRING database in 2023: protein-protein association networks and functional enrichment analyses for any sequenced genome of interest 2023-01-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkac1000 PMID:36370105	研究论文	本文介绍了STRING数据库在2023年的更新，重点在于蛋白质-蛋白质相互作用网络和功能富集分析，适用于任何感兴趣的测序基因组	引入了变分自编码器来预测共表达通道中的相互作用，并增加了单细胞RNA-seq和实验蛋白质组数据作为新来源；改进了实验性相互作用的置信度估计	NA	系统地收集和整合蛋白质-蛋白质相互作用信息，并提供功能富集分析工具	蛋白质-蛋白质相互作用网络和功能富集分析	生物信息学	NA	变分自编码器	变分自编码器	蛋白质相互作用数据	NA
102	2024-09-11	HUSCH: an integrated single-cell transcriptome atlas for human tissue gene expression visualization and analyses 2023-01-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkac1001 PMID:36318258	研究论文	本文介绍了HUSCH，一个集成的人类组织单细胞转录组图谱数据库，用于基因表达的可视化和分析	HUSCH整合了近300万个细胞的单细胞转录组数据，提供了跨多个来源和平台的基因表达综合可视化和分析功能	NA	研究不同人类细胞类型的基因表达模式，以探索细胞类型分化、疾病发生和进展的机制	人类组织的单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	近300万个细胞，来自185个高质量的人类scRNA-seq数据集，涵盖45种不同组织
103	2024-09-11	SPEED: Single-cell Pan-species atlas in the light of Ecology and Evolution for Development and Diseases 2023-01-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkac930 PMID:36305818	研究论文	本文介绍了一个名为SPEED的新数据库，用于整合和展示来自多种物种和组织的单细胞数据	SPEED数据库整合了来自127个物种的单细胞测序数据，并提供了多种分析模块，包括进化、发育和疾病相关的数据分析	NA	开发一个集成平台，用于整合和分析多物种的单细胞数据，以深入挖掘细胞、组织和物种之间的异质性	单细胞RNA测序和单细胞全基因组测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞全基因组测序（scWGS）	NA	单细胞数据	127个物种的单细胞测序数据
104	2024-09-11	ImmCluster: an ensemble resource for immunology cell type clustering and annotations in normal and cancerous tissues 2023-01-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkac922 PMID:36271790	研究论文	介绍了一个名为ImmCluster的资源，用于免疫细胞类型的聚类和注释，特别是在正常和癌变组织中	整合了来自九种健康组织和17种癌症类型的超过100万免疫细胞数据，并开发了一种集成方法以提供比单个方法更一致的细胞聚类	NA	开发一个资源用于免疫细胞类型的聚类和注释，特别是在癌症微环境中	免疫细胞的聚类和注释	生物信息学	癌症	单细胞转录组测序	集成方法	基因表达数据	超过100万免疫细胞
105	2024-09-11	Single-cell multi-omics integration for unpaired data by a siamese network with graph-based contrastive loss 2023-Jan-04, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-022-05126-7 PMID:36600199	研究论文	本文提出了一种基于孪生网络和图对比损失的单细胞多组学数据整合方法MinNet	MinNet是一种新颖的深度学习框架，用于单细胞多组学测序数据的整合，在基准测试中表现优异，特别适用于整合具有批次和生物变异的数据集	NA	研究目的是开发一种能够有效整合不同模态单细胞组学数据的方法	研究对象包括scRNA-seq、scATAC-seq和抗原数据	机器学习	NA	单细胞多组学测序	孪生网络	单细胞数据	涉及多个基准数据集和COVID-19数据集
106	2024-09-11	Liver-resident CD8+ T cells in viral hepatitis: not always good guys 2023-01-03, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI165033 PMID:36594469	研究论文	研究了在慢性HBV感染中，非特异性CD8+ T细胞对肝脏免疫病理的影响	应用肝穿刺活检和单细胞RNA测序技术，定义了一组与肝脏损伤相关的非病毒特异性CD8+ T细胞	非特异性旁观者CD8+ T细胞的确切性质仍未明确	探讨HBV特异性CD8+ T细胞在病毒控制中的作用及其在持续感染中的失败机制	HBV特异性CD8+ T细胞和非特异性旁观者CD8+ T细胞	免疫学	肝炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
107	2024-09-11	The heterogeneity of cellular senescence: insights at the single-cell level 2023-01, Trends in cell biology IF:13.0Q1 DOI:10.1016/j.tcb.2022.04.011 PMID:35599179	综述	本文综述了细胞衰老的异质性，并强调了在单细胞水平上研究衰老细胞的重要性	本文介绍了通过单细胞RNA测序和单核RNA测序等高通量技术在单细胞水平上研究衰老细胞的新方法	NA	探讨细胞衰老的异质性及其在衰老和病理条件中的作用	衰老细胞及其在不同细胞类型和组织中的异质性	NA	NA	单细胞RNA测序、单核RNA测序	NA	RNA	NA
108	2024-09-10	Pevonedistat, a Nedd8-activating enzyme inhibitor, in combination with ibrutinib in patients with relapsed/refractory B-cell non-Hodgkin lymphoma 2023-01-11, Blood cancer journal IF:12.9Q1 DOI:10.1038/s41408-022-00763-w PMID:36631449	研究论文	研究了Pevonedistat（一种Nedd8激活酶抑制剂）与Ibrutinib联合治疗复发/难治性B细胞非霍奇金淋巴瘤和慢性淋巴细胞白血病的安全性与初步疗效	首次评估了Pevonedistat与Ibrutinib联合治疗的安全性和初步疗效，并使用scRNA-Seq分析了Pevonedistat对NFκB信号通路的下调作用	研究样本量较小，且仅限于复发/难治性B细胞非霍奇金淋巴瘤和慢性淋巴细胞白血病患者	评估Pevonedistat与Ibrutinib联合治疗的安全性和初步疗效	复发/难治性B细胞非霍奇金淋巴瘤和慢性淋巴细胞白血病患者	NA	非霍奇金淋巴瘤	scRNA-Seq	NA	NA	18名患者，包括8名套细胞淋巴瘤患者和4名慢性淋巴细胞白血病患者
109	2024-09-10	Protocol for Classification Single-Cell PBMC Types from Pathological Samples Using Supervised Machine Learning 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3239-0_4 PMID:37258906	研究论文	本文描述了一种使用监督机器学习方法对来自病理样本的单细胞PBMC类型进行分类的协议	本文提出了一种使用监督机器学习方法对单细胞转录组数据进行分类的新协议，相比传统的无监督聚类或结合无监督和监督方法的手动校正，该方法具有更高的准确性和效率	本文的示例主要集中在10× Genomics技术上，尽管适用于其他单细胞转录组平台的数据，但可能需要针对不同平台进行调整	开发一种高效准确的监督机器学习方法，用于对病理样本中的单细胞PBMC类型进行分类	单细胞外周血单核细胞（PBMC）及其在病理状态下的分类	机器学习	NA	单细胞转录组学（SCT）	监督机器学习模型	基因表达数据	NA
110	2024-09-10	Concordance of MERFISH spatial transcriptomics with bulk and single-cell RNA sequencing 2023-01, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202201701 PMID:36526371	研究论文	本文比较了MERFISH空间转录组学与bulk和单细胞RNA测序的一致性	MERFISH技术在单细胞分辨率下直接将单细胞身份映射到空间位置，并能独立解析不同的细胞类型和空间结构	计算整合Tabula Muris Senis图谱并未增强MERFISH的结果	评估MERFISH空间转录组学与bulk和单细胞RNA测序的一致性	小鼠肝脏和肾脏的细胞类型和空间结构	空间转录组学	NA	MERFISH	NA	RNA	小鼠肝脏和肾脏样本
111	2024-09-08	Loss of autism-candidate CHD8 perturbs neural crest development and intestinal homeostatic balance 2023-01, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202201456 PMID:36375841	研究论文	本文研究了CHD8基因突变对神经嵴发育和肠道稳态平衡的影响	首次揭示了CHD8基因突变与神经嵴发育、肠道稳态以及自闭症相关胃肠道症状之间的因果关系	研究仅限于斑马鱼模型，尚未在人类中验证	探讨CHD8基因突变对神经嵴发育和肠道稳态的影响及其与自闭症相关胃肠道症状的关系	CHD8基因突变对神经嵴细胞、肠道神经和胶质前体细胞、肠道稳态以及免疫平衡的影响	发育生物学	自闭症	单细胞测序	NA	转录组数据	斑马鱼模型
112	2024-09-08	Single-cell RNA-seq analysis to identify potential biomarkers for diagnosis, and prognosis of non-small cell lung cancer by using comprehensive bioinformatics approaches 2023-Jan, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2022.101571 PMID:36401966	研究论文	通过单细胞RNA测序数据和生物信息学方法，识别非小细胞肺癌的潜在生物标志物	利用单细胞RNA测序数据和生物信息学技术，识别了12个关键基因及其相关的转录因子和miRNA，这些基因在非小细胞肺癌的诊断和预后中具有潜在作用	研究依赖于公开数据库中的数据，可能存在数据质量和样本代表性的限制	识别非小细胞肺癌的诊断和预后生物标志物	非小细胞肺癌的基因生物标志物及其调控因子和信号通路	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	从GEO数据库获取的单细胞RNA测序数据
113	2024-09-07	Correspondence analysis for dimension reduction, batch integration, and visualization of single-cell RNA-seq data 2023-01-21, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-26434-1 PMID:36681709	研究论文	本文介绍了一种基于对应分析（CA）的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据降维、批次整合和可视化方法	提出了一种基于对应分析（CA）的替代PCA的方法，避免了log转换对数据的扭曲，并提出了五种CA的适应性改进，这些改进在计算细胞嵌入时表现更好或与标准CA和glmPCA相当	NA	改进单细胞RNA测序数据的降维和批次整合方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	对应分析（CA）	基因表达数据	9个数据集
114	2024-09-06	Differential cell composition and split epidermal differentiation in human palm, sole, and hip skin 2023-01-31, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.111994 PMID:36732947	研究论文	研究通过批量和单细胞RNA测序分析了人类手掌、脚底和臀部皮肤的细胞组成和表皮分化差异	揭示了手掌和脚底皮肤中免疫环境的改变，以及特定成纤维细胞在细胞间通信中的关键作用	NA	探讨手掌和脚底皮肤的转录程序及其独特性	人类手掌、脚底和臀部皮肤	数字病理学	NA	RNA测序	NA	RNA	涉及手掌、脚底和臀部皮肤的多个样本
115	2024-09-06	Cell-type-specific aging clocks to quantify aging and rejuvenation in neurogenic regions of the brain 2023-01, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-022-00335-4 PMID:37118510	研究论文	开发基于单细胞转录组学的细胞类型特异性衰老时钟，用于量化大脑神经发生区域的衰老和再生	首次开发了基于单细胞转录组数据的高分辨率衰老时钟，并展示了其在量化转录组再生中的应用	NA	量化大脑神经发生区域的衰老和再生	小鼠大脑的神经发生区域	数字病理学	NA	单细胞转录组学	回归模型	转录组数据	28只小鼠，年龄从年轻到老年
116	2024-09-05	ER stress mediates Angiotensin II-augmented innate immunity memory and facilitates distinct susceptibilities of thoracic from abdominal aorta to aneurysm development 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1268916 PMID:37731512	研究论文	研究通过转录组分析探讨了内质网（ER）应激和训练免疫在Ang II诱导的动脉瘤模型中的作用，发现Ang II在腹部主动脉（AA）中诱导更强的炎症反应和基因上调，以及ER应激在不同主动脉中的不同作用。	首次聚焦于内质网应激的转录组分析，揭示了内质网作为感知多种DAMPs并启动ER应激的免疫细胞器的作用，以及其在Ang II加速训练免疫和不同主动脉对疾病易感性差异中的作用。	NA	确定内质网（ER）应激和训练免疫在Ang II诱导的动脉瘤发展中的作用	胸主动脉（TA）和腹主动脉（AA）	数字病理学	心血管疾病	转录组分析	NA	转录组数据	胸主动脉（TA）和腹主动脉（AA）样本
117	2024-08-29	SPASCER: spatial transcriptomics annotation at single-cell resolution 2023-01-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkac889 PMID:36243975	研究论文	本文构建了一个名为SPASCER的新型空间转录组数据库，旨在帮助理解组织结构的异质性、区域特异性微环境及跨组织结构的多层次细胞间相互作用	SPASCER数据库整合了来自43项研究的1082个子数据集，涵盖四种物种的16种器官类型，并结合scRNA-seq数据进行空间转录组的解卷积/映射，以及空间细胞间相互作用、基因模式和通路富集分析	NA	研究目的是通过构建SPASCER数据库，深入理解健康和疾病组织中的生物学过程机制	研究对象包括组织结构异质性、区域特异性微环境及细胞间相互作用	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	43项研究的1082个子数据集，涵盖16种器官类型，涉及四种物种
118	2024-08-27	Profiling Transcriptional Heterogeneity with Seq-Well S3: A Low-Cost, Portable, High-Fidelity Platform for Massively Parallel Single-Cell RNA-Seq 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-2756-3_3 PMID:36495445	研究论文	本文介绍了Seq-Well S3平台，这是一种低成本、便携式、高保真的单细胞RNA测序技术，能够同时分析数千个细胞的转录组	Seq-Well S3通过引入第二链合成步骤，增强了从单个细胞捕获的信息量，提高了通常在原始Seq-Well协议中遗漏的细胞转录本的检测	NA	旨在改进Seq-Well技术，提高单细胞RNA测序的信息捕获能力	单细胞RNA测序技术Seq-Well S3及其应用	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	数千个细胞
119	2024-08-20	Single-Cell RNA Sequencing Reveals a Role for Reactive Oxygen Species and Peroxiredoxins in Fatty Acid-Induced Rat β-Cell Proliferation 2023-01-01, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db22-0121 PMID:36191509	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序探讨了脂肪酸诱导的大鼠β细胞增殖的转录机制	首次揭示了活性氧物种和过氧化物酶在脂肪酸诱导的β细胞增殖中的关键作用	研究仅限于大鼠模型，且未探讨其他脂肪酸类型对β细胞增殖的影响	探究脂肪酸诱导β细胞增殖的分子机制	大鼠胰岛β细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用了大鼠胰岛样本，具体数量未详述
120	2024-08-17	Spatial transcriptomic profiling of coronary endothelial cells in SARS-CoV-2 myocarditis 2023, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2023.1118024 PMID:36968839	研究论文	本研究利用数字空间转录组学技术，探讨了严重COVID-19患者冠状动脉内皮细胞和心肌细胞的编程变化。	本研究首次采用空间转录组学技术，在保留心脏解剖结构和未改变的局部SARS-CoV-2表达的情况下，进行了原位转录组分析。	研究样本量较小，且仅基于尸检心脏组织，可能限制了结果的普遍性。	旨在研究严重COVID-19患者冠状动脉内皮细胞和心肌细胞的编程变化。	严重COVID-19患者的冠状动脉内皮细胞和心肌细胞。	数字病理学	心血管疾病	空间转录组学	NA	组织	控制组4例，COVID-19组8例