单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1191 篇文献，本页显示第 101 - 120 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2024-09-14 |
Fast model-free standardization and integration of single-cell transcriptomics data
2023-Jan-23, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-2485985/v1
PMID:36747625
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为MASI的快速无模型方法，用于标准化和整合单细胞转录组数据 | MASI通过细胞类型标记而非模型推断进行整合，能够在个人笔记本电脑上注释约一百万个细胞，为单细胞研究提供了一种廉价的计算替代方案 | NA | 开发一种快速且计算成本低的工具，用于标准化细胞类型注释和整合单细胞转录组数据 | 单细胞转录组数据的标准化和整合 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组学 | 无模型方法 | 基因表达矩阵 | 约一百万个细胞 |
| 102 | 2024-09-14 |
Multimodal mapping of cell types and projections in the central nucleus of the amygdala
2023-01-20, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.84262
PMID:36661218
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序和荧光原位杂交技术，系统地分析了中央杏仁核中的细胞类型及其投射 | 开发了新的方法将EASI-FISH与5-plex逆行轴突标记结合，揭示了中央杏仁核的空间分子组织结构和远距离轴突投射网络 | NA | 系统地研究中央杏仁核中的细胞类型及其投射，揭示其空间分子组织结构和功能 | 中央杏仁核中的细胞类型及其投射 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 荧光原位杂交 (EASI-FISH), 逆行轴突标记 | NA | 基因表达数据 | 约30,000个分子定义的中央杏仁核神经元 |
| 103 | 2024-09-14 |
Marker-free characterization of full-length transcriptomes of single live circulating tumor cells
2023-01, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.276600.122
PMID:36414416
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研究论文 | 本文介绍了一种名为unCTC的R包，用于从单细胞转录组数据中无偏倚地识别和表征循环肿瘤细胞 | 提出了名为DDLK的深度字典学习方法，用于单细胞RNA测序数据的聚类，以及基于表达的拷贝数变异推断和组合标记验证恶性表型的方法 | NA | 开发一种无偏倚的方法来识别和表征循环肿瘤细胞，以更好地理解转移性癌症的生物学特性、监测疾病进展和疾病管理 | 循环肿瘤细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 6名患者的循环肿瘤细胞 |
| 104 | 2024-09-13 |
Optimizing the design of spatial genomic studies
2023-Jan-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.29.526115
PMID:36778332
|
研究论文 | 本文探讨了空间基因组学实验设计的优化问题 | 提出了针对空间基因组学实验设计的优化方法，适用于构建组织的空间基因组图谱和定位感兴趣区域 | 未提及具体限制 | 优化空间基因组学实验设计 | 空间基因组学实验中的组织切片选择 | 基因组学 | NA | 空间转录组学和空间蛋白质组学 | NA | 基因组数据 | 多个空间基因组数据集 |
| 105 | 2024-09-13 |
MetaSEM: Gene Regulatory Network Inference from Single-Cell RNA Data by Meta-Learning
2023-Jan-30, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms24032595
PMID:36768917
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研究论文 | 本文提出了一种基于元学习的单细胞RNA数据基因调控网络推断框架MetaSEM | 通过元学习解决高维稀疏数据特征导致的参数优化问题，并采用少样本解决方案应对标签数据不足的问题 | NA | 旨在通过元学习方法推断基因调控网络中的调控因子 | 单细胞RNA数据中的基因调控网络 | 生物信息学 | NA | 元学习 | 结构方程模型（SEM） | 单细胞RNA数据 | 小规模数据 |
| 106 | 2024-09-13 |
Defining T cell receptor repertoires using nanovial-based affinity and functional screening
2023-Jan-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.17.524440
PMID:36711524
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研究论文 | 利用含有腔体的凝胶微粒（纳米小瓶）进行亲和力和功能筛选，定义T细胞受体库 | 开发了一种基于纳米小瓶的亲和力和功能筛选方法，能够高精度地链接TCR序列与目标抗原，并识别出比标准技术更具特异性的功能性TCR库 | NA | 定义具有治疗潜力的T细胞受体库 | T细胞受体（TCR）及其对特定抗原的反应 | 免疫学 | NA | 微流控乳液单细胞测序 | NA | TCR序列 | NA |
| 107 | 2024-09-13 |
Benchmarking cell-type clustering methods for spatially resolved transcriptomics data
2023-01-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac475
PMID:36410733
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研究论文 | 本文评估了15种聚类方法在空间转录组数据中的细胞类型聚类效果 | 本文首次使用半合成数据集评估了空间和组织学信息对细胞聚类的影响 | 空间和组织学信息的引入并未在所有数据集中一致提高聚类效果 | 评估不同聚类方法在空间转录组数据中的细胞类型识别效果 | 空间转录组数据的细胞类型聚类 | 生物信息学 | NA | 空间转录组技术 | 聚类方法 | 基因表达数据、空间位置数据、组织学图像 | 七个半合成数据集 |
| 108 | 2024-09-13 |
Osteoblast-intrinsic defect in glucose metabolism impairs bone formation in type II diabetic mice
2023-Jan-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.16.524248
PMID:36711657
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研究论文 | 研究了II型糖尿病小鼠模型中成骨细胞内在的葡萄糖代谢缺陷对骨形成的影响 | 首次揭示了成骨细胞内在的葡萄糖代谢缺陷是糖尿病性骨质疏松的潜在原因，并提出了可能的治疗靶点 | 研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类中验证 | 探讨II型糖尿病与骨骼脆弱性之间的机制 | II型糖尿病小鼠的骨组织和成骨细胞 | NA | 糖尿病 | 稳定同位素示踪、Seahorse分析、单细胞RNA测序 | NA | 骨组织、骨髓间充质细胞、成骨细胞 | II型糖尿病小鼠模型 |
| 109 | 2024-09-13 |
Inferring neuron-neuron communications from single-cell transcriptomics through NeuronChat
2023-Jan-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.12.523826
PMID:36712056
|
研究论文 | 开发了一种名为NeuronChat的方法和软件包，用于从单细胞转录组数据中推断、可视化和分析神经元特异性通信网络 | 首次提出NeuronChat方法，结合手动整理的神经信号分子相互作用数据库，用于推断和分析神经元间的通信网络 | NA | 开发和验证一种新方法，用于从单细胞转录组数据中推断神经元间的通信网络 | 神经元间的通信网络 | 生物信息学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 多个已发表的数据集和三种不同的神经组织数据集 |
| 110 | 2024-09-13 |
Analysis of donor pancreata defines the transcriptomic signature and microenvironment of early pre-neoplastic pancreatic lesions
2023-Jan-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.13.523300
PMID:36712058
|
研究论文 | 本文通过分析脑死亡供体的胰腺组织，首次描述了成人健康胰腺和早期前肿瘤性胰腺病变的转录组特征和微环境 | 首次使用多重免疫组化、单细胞RNA测序和空间转录组学技术，全面描述了成人健康胰腺和早期前肿瘤性胰腺病变的独特微环境 | 样本量较小，仅包括30名供体，且所有供体均无已知的胰腺疾病 | 研究成人健康胰腺和早期前肿瘤性胰腺病变的转录组特征和微环境 | 成人健康胰腺和早期前肿瘤性胰腺病变 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 多重免疫组化、单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 组织样本 | 30名脑死亡供体的胰腺组织 |
| 111 | 2024-09-13 |
TGFB1 Induces Fetal Reprogramming and Enhances Intestinal Regeneration
2023-Jan-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.13.523825
PMID:36711781
|
研究论文 | 研究探讨了TGFB1信号在肠道再生中的作用及其机制 | 首次揭示了TGFB1在肠道再生过程中诱导胎儿重编程的作用，并提出了YAP-SOX9转录回路在TGFB1介导的再生中的机制 | 研究主要基于小鼠模型和人类类器官模型，尚未在临床上验证其应用效果 | 探究TGFB1信号在肠道再生中的作用及其机制，为细胞疗法提供理论基础 | 小鼠和人类肠道组织，特别是肠道隐窝的再生过程 | 生物医学 | NA | 高通量测序（如ATAC-seq、scRNA-seq、ChIP-seq） | NA | 基因表达数据 | 小鼠和人类样本 |
| 112 | 2024-08-08 |
High-throughput and high-sensitivity full-length single-cell RNA-seq analysis on third-generation sequencing platform
2023-Jan-11, Cell discovery
IF:13.0Q1
DOI:10.1038/s41421-022-00500-4
PMID:36631434
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 113 | 2024-09-13 |
Spatiotemporal immune atlas of the first clinical-grade, gene-edited pig-to-human kidney xenotransplant
2023-Jan-09, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-2382345/v1
PMID:36711785
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研究论文 | 研究了基因编辑猪肾异种移植到脑死亡人类受体后的免疫反应 | 首次使用空间转录组学和单细胞RNA测序研究了猪肾异种移植后的免疫反应 | 研究仅限于脑死亡人类受体，未涉及活体受体 | 探讨猪肾异种移植后人类免疫反应的有效免疫调节方案 | 基因编辑猪肾和脑死亡人类受体 | NA | NA | 空间转录组学和单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 一个基因编辑猪肾和一个脑死亡人类受体 |
| 114 | 2024-09-13 |
Secretion encoded single-cell sequencing (SEC-seq) uncovers gene expression signatures associated with high VEGF-A secretion in mesenchymal stromal cells
2023-Jan-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.07.523110
PMID:36711480
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研究论文 | 开发了一种名为SEC-seq的新方法，通过捕获单个细胞及其分泌物，同时测量血管内皮生长因子A（VEGF-A）的分泌和转录组，揭示了与高VEGF-A分泌相关的基因表达特征 | 首次开发了SEC-seq方法，能够同时测量单个细胞的分泌物和转录组，揭示了与VEGF-A分泌相关的特定基因表达特征 | 尚未探讨SEC-seq方法在其他细胞类型或疾病中的应用 | 开发一种新方法来关联单个细胞的分泌物与其转录状态，并识别与特定分泌物相关的基因表达特征 | 间充质基质细胞（MSCs）及其VEGF-A分泌 | 基因表达 | NA | SEC-seq | NA | 转录组数据 | 数千个间充质基质细胞 |
| 115 | 2024-09-13 |
Identification and Analysis of Hub Genes and Immune Cells Associated with the Formation of Acute Aortic Dissection
2023, Computational and mathematical methods in medicine
DOI:10.1155/2023/8072369
PMID:36818541
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研究论文 | 本研究旨在识别与急性主动脉夹层形成相关的关键基因和免疫细胞 | 首次通过基因表达数据分析和单细胞RNA测序验证了DNA损伤和修复相关基因在急性主动脉夹层中的作用 | 研究依赖于公共数据库的数据，可能存在数据质量和样本偏差 | 揭示急性主动脉夹层的发病机制 | 急性主动脉夹层相关的关键基因和免疫细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 基因集富集分析（GSEA）、基因集变异分析（GSVA）、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据 | 使用来自Gene Expression Omnibus（GEO）的数据集和单细胞RNA测序数据进行分析 |
| 116 | 2024-09-13 |
Dysregulation of CD177+ neutrophils on intraepithelial lymphocytes exacerbates gut inflammation via decreasing microbiota-derived DMF
2023 Jan-Dec, Gut microbes
IF:12.2Q1
DOI:10.1080/19490976.2023.2172668
PMID:36729914
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研究论文 | 研究探讨了中性粒细胞（尤其是CD177亚群）通过调节肠道内皮内淋巴细胞（IELs）和微生物群衍生的DMF来抑制肠道炎症的机制 | 首次揭示了中性粒细胞通过促进微生物群衍生的DMF来调节TCRγδCD8αα IELs的激活，从而抑制肠道炎症 | 研究主要在动物模型中进行，需要进一步在人体中验证 | 探讨中性粒细胞如何通过调节肠道内皮内淋巴细胞和微生物群衍生的DMF来抑制肠道炎症 | 中性粒细胞、肠道内皮内淋巴细胞（IELs）、微生物群衍生的DMF | 免疫学 | 肠道炎症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型 |
| 117 | 2024-09-13 |
scAEGAN: Unification of single-cell genomics data by adversarial learning of latent space correspondences
2023, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0281315
PMID:36735690
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研究论文 | 本文提出了一种名为scAEGAN的方法，通过对抗学习统一单细胞基因组数据 | scAEGAN结合了自编码器和循环生成对抗网络，能够处理不同库、样本和数据模态的整合与预测问题 | NA | 开发一种统一的方法来整合和预测不同单细胞基因组数据 | 单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序，单细胞ATAC测序 | 自编码器，生成对抗网络 | 基因组数据 | 使用了模拟数据和真实单细胞RNA测序数据，包括Fluidigm C1、CelSeq、CelSeq2、SmartSeq等多种库准备方法 |
| 118 | 2024-09-13 |
Transcriptome Analysis Reveals a Two-Gene Signature Links to Motor Progression and Alterations of Immune Cells in Parkinson's Disease
2023, Journal of Parkinson's disease
DOI:10.3233/JPD-223454
PMID:36591658
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研究论文 | 本研究通过转录组分析揭示了与帕金森病运动进展和免疫细胞变化相关的双基因标志物 | 本研究首次通过转录组分析识别出与帕金森病运动进展相关的双基因标志物，并探讨了其与免疫细胞变化的关系 | 本研究仅基于两个队列的血液转录组数据，样本量有限，且未涉及其他组织或细胞类型的分析 | 揭示转录组在帕金森病患者运动障碍进展中的潜在作用 | 帕金森病患者的运动进展和免疫细胞变化 | 数字病理学 | 神经退行性疾病 | 转录组分析 | NA | 转录组数据 | 两个队列的帕金森病患者和健康对照组 |
| 119 | 2024-09-13 |
Epididymis cell atlas in a patient with a sex development disorder and a novel NR5A1 gene mutation
2023 Jan-Feb, Asian journal of andrology
IF:3.0Q1
DOI:10.4103/aja202226
PMID:35546286
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研究论文 | 研究描述了一名患有性发育障碍（DSD）的46,XY患者中，由于NR5A1基因的新型杂合突变导致的附睾细胞图谱变化 | 首次报道了NR5A1基因突变导致的附睾细胞图谱变化，并揭示了上皮-间质转化（EMT）过程与附睾上皮细胞丢失和成纤维细胞增多的关联 | 研究仅基于单一病例，样本量较小，可能影响结果的普遍性 | 旨在描述一名46,XY DSD患者中由于NR5A1基因突变导致的附睾细胞图谱变化 | 附睾细胞图谱、NR5A1基因突变、上皮-间质转化（EMT）过程 | 基因组学 | 性发育障碍 | 下一代测序（NGS）、微流控单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞RNA测序数据 | 1名46,XY DSD患者 |
| 120 | 2024-09-11 |
Alternative normalization and analysis pipeline to address systematic bias in NanoString GeoMx Digital Spatial Profiling data
2023-Jan-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2022.105760
PMID:36590163
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研究论文 | 本文评估了NanoString GeoMx数字空间分析平台的数据质量，并提出了替代的归一化和分析流程以解决系统性偏差 | 提出了基于分位数归一化的替代方法，有效解决了NanoString GeoMx DSP数据中的技术问题 | NanoString DSP数据与批量RNA测序相比，动态范围有限，低估了条件间的差异 | 评估NanoString GeoMx数字空间分析平台的数据质量，并提出改进的归一化和分析方法 | 72个感兴趣区域（ROI）来自12个胶质瘤样本，以及8个样本的重复实验和5个外部数据集 | 数字病理 | 脑肿瘤 | NanoString GeoMx数字空间分析 | NA | RNA表达数据 | 72个感兴趣区域（ROI）来自12个胶质瘤样本，8个样本的重复实验，5个外部数据集 |