单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2024-09-13	Analysis of donor pancreata defines the transcriptomic signature and microenvironment of early pre-neoplastic pancreatic lesions 2023-Jan-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.01.13.523300 PMID:36712058	研究论文	本文通过分析脑死亡供体的胰腺组织，首次描述了成人健康胰腺和早期前肿瘤性胰腺病变的转录组特征和微环境	首次使用多重免疫组化、单细胞RNA测序和空间转录组学技术，全面描述了成人健康胰腺和早期前肿瘤性胰腺病变的独特微环境	样本量较小，仅包括30名供体，且所有供体均无已知的胰腺疾病	研究成人健康胰腺和早期前肿瘤性胰腺病变的转录组特征和微环境	成人健康胰腺和早期前肿瘤性胰腺病变	数字病理学	胰腺癌	多重免疫组化、单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	组织样本	30名脑死亡供体的胰腺组织
102	2024-09-13	TGFB1 Induces Fetal Reprogramming and Enhances Intestinal Regeneration 2023-Jan-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.01.13.523825 PMID:36711781	研究论文	研究探讨了TGFB1信号在肠道再生中的作用及其机制	首次揭示了TGFB1在肠道再生过程中诱导胎儿重编程的作用，并提出了YAP-SOX9转录回路在TGFB1介导的再生中的机制	研究主要基于小鼠模型和人类类器官模型，尚未在临床上验证其应用效果	探究TGFB1信号在肠道再生中的作用及其机制，为细胞疗法提供理论基础	小鼠和人类肠道组织，特别是肠道隐窝的再生过程	生物医学	NA	高通量测序（如ATAC-seq、scRNA-seq、ChIP-seq）	NA	基因表达数据	小鼠和人类样本
103	2024-08-08	High-throughput and high-sensitivity full-length single-cell RNA-seq analysis on third-generation sequencing platform 2023-Jan-11, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-022-00500-4 PMID:36631434	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
104	2024-09-13	Spatiotemporal immune atlas of the first clinical-grade, gene-edited pig-to-human kidney xenotransplant 2023-Jan-09, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-2382345/v1 PMID:36711785	研究论文	研究了基因编辑猪肾异种移植到脑死亡人类受体后的免疫反应	首次使用空间转录组学和单细胞RNA测序研究了猪肾异种移植后的免疫反应	研究仅限于脑死亡人类受体，未涉及活体受体	探讨猪肾异种移植后人类免疫反应的有效免疫调节方案	基因编辑猪肾和脑死亡人类受体	NA	NA	空间转录组学和单细胞RNA测序	NA	转录组数据	一个基因编辑猪肾和一个脑死亡人类受体
105	2024-09-13	Secretion encoded single-cell sequencing (SEC-seq) uncovers gene expression signatures associated with high VEGF-A secretion in mesenchymal stromal cells 2023-Jan-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.01.07.523110 PMID:36711480	研究论文	开发了一种名为SEC-seq的新方法，通过捕获单个细胞及其分泌物，同时测量血管内皮生长因子A（VEGF-A）的分泌和转录组，揭示了与高VEGF-A分泌相关的基因表达特征	首次开发了SEC-seq方法，能够同时测量单个细胞的分泌物和转录组，揭示了与VEGF-A分泌相关的特定基因表达特征	尚未探讨SEC-seq方法在其他细胞类型或疾病中的应用	开发一种新方法来关联单个细胞的分泌物与其转录状态，并识别与特定分泌物相关的基因表达特征	间充质基质细胞（MSCs）及其VEGF-A分泌	基因表达	NA	SEC-seq	NA	转录组数据	数千个间充质基质细胞
106	2024-09-13	Identification and Analysis of Hub Genes and Immune Cells Associated with the Formation of Acute Aortic Dissection 2023, Computational and mathematical methods in medicine DOI:10.1155/2023/8072369 PMID:36818541	研究论文	本研究旨在识别与急性主动脉夹层形成相关的关键基因和免疫细胞	首次通过基因表达数据分析和单细胞RNA测序验证了DNA损伤和修复相关基因在急性主动脉夹层中的作用	研究依赖于公共数据库的数据，可能存在数据质量和样本偏差	揭示急性主动脉夹层的发病机制	急性主动脉夹层相关的关键基因和免疫细胞	数字病理学	心血管疾病	基因集富集分析（GSEA）、基因集变异分析（GSVA）、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	使用来自Gene Expression Omnibus（GEO）的数据集和单细胞RNA测序数据进行分析
107	2024-09-13	Dysregulation of CD177+ neutrophils on intraepithelial lymphocytes exacerbates gut inflammation via decreasing microbiota-derived DMF 2023 Jan-Dec, Gut microbes IF:12.2Q1 DOI:10.1080/19490976.2023.2172668 PMID:36729914	研究论文	研究探讨了中性粒细胞（尤其是CD177亚群）通过调节肠道内皮内淋巴细胞（IELs）和微生物群衍生的DMF来抑制肠道炎症的机制	首次揭示了中性粒细胞通过促进微生物群衍生的DMF来调节TCRγδCD8αα IELs的激活，从而抑制肠道炎症	研究主要在动物模型中进行，需要进一步在人体中验证	探讨中性粒细胞如何通过调节肠道内皮内淋巴细胞和微生物群衍生的DMF来抑制肠道炎症	中性粒细胞、肠道内皮内淋巴细胞（IELs）、微生物群衍生的DMF	免疫学	肠道炎症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	小鼠模型
108	2024-09-13	scAEGAN: Unification of single-cell genomics data by adversarial learning of latent space correspondences 2023, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0281315 PMID:36735690	研究论文	本文提出了一种名为scAEGAN的方法，通过对抗学习统一单细胞基因组数据	scAEGAN结合了自编码器和循环生成对抗网络，能够处理不同库、样本和数据模态的整合与预测问题	NA	开发一种统一的方法来整合和预测不同单细胞基因组数据	单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序，单细胞ATAC测序	自编码器，生成对抗网络	基因组数据	使用了模拟数据和真实单细胞RNA测序数据，包括Fluidigm C1、CelSeq、CelSeq2、SmartSeq等多种库准备方法
109	2024-09-13	Transcriptome Analysis Reveals a Two-Gene Signature Links to Motor Progression and Alterations of Immune Cells in Parkinson's Disease 2023, Journal of Parkinson's disease DOI:10.3233/JPD-223454 PMID:36591658	研究论文	本研究通过转录组分析揭示了与帕金森病运动进展和免疫细胞变化相关的双基因标志物	本研究首次通过转录组分析识别出与帕金森病运动进展相关的双基因标志物，并探讨了其与免疫细胞变化的关系	本研究仅基于两个队列的血液转录组数据，样本量有限，且未涉及其他组织或细胞类型的分析	揭示转录组在帕金森病患者运动障碍进展中的潜在作用	帕金森病患者的运动进展和免疫细胞变化	数字病理学	神经退行性疾病	转录组分析	NA	转录组数据	两个队列的帕金森病患者和健康对照组
110	2024-09-13	Epididymis cell atlas in a patient with a sex development disorder and a novel NR5A1 gene mutation 2023 Jan-Feb, Asian journal of andrology IF:3.0Q1 DOI:10.4103/aja202226 PMID:35546286	研究论文	研究描述了一名患有性发育障碍（DSD）的46,XY患者中，由于NR5A1基因的新型杂合突变导致的附睾细胞图谱变化	首次报道了NR5A1基因突变导致的附睾细胞图谱变化，并揭示了上皮-间质转化（EMT）过程与附睾上皮细胞丢失和成纤维细胞增多的关联	研究仅基于单一病例，样本量较小，可能影响结果的普遍性	旨在描述一名46,XY DSD患者中由于NR5A1基因突变导致的附睾细胞图谱变化	附睾细胞图谱、NR5A1基因突变、上皮-间质转化（EMT）过程	基因组学	性发育障碍	下一代测序（NGS）、微流控单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	1名46,XY DSD患者
111	2024-09-11	Alternative normalization and analysis pipeline to address systematic bias in NanoString GeoMx Digital Spatial Profiling data 2023-Jan-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2022.105760 PMID:36590163	研究论文	本文评估了NanoString GeoMx数字空间分析平台的数据质量，并提出了替代的归一化和分析流程以解决系统性偏差	提出了基于分位数归一化的替代方法，有效解决了NanoString GeoMx DSP数据中的技术问题	NanoString DSP数据与批量RNA测序相比，动态范围有限，低估了条件间的差异	评估NanoString GeoMx数字空间分析平台的数据质量，并提出改进的归一化和分析方法	72个感兴趣区域（ROI）来自12个胶质瘤样本，以及8个样本的重复实验和5个外部数据集	数字病理	脑肿瘤	NanoString GeoMx数字空间分析	NA	RNA表达数据	72个感兴趣区域（ROI）来自12个胶质瘤样本，8个样本的重复实验，5个外部数据集
112	2024-09-11	Deciphering postnatal limb development at single-cell resolution 2023-Jan-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2022.105808 PMID:36619982	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，描绘了小鼠后肢在四个产后阶段的发育图谱	首次系统性地描绘了产后肢体发育的单细胞图谱，并发现了关节软骨和附着点中的候选前体亚群	研究仅限于小鼠后肢，且样本量相对有限	揭示产后肢体发育的细胞异质性和关键调控机制	小鼠后肢的单细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	19,952个单细胞
113	2024-09-11	Technology meets TILs: Deciphering T cell function in the -omics era 2023-01-09, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2022.09.011 PMID:36206755	研究论文	本文讨论了在-omics时代利用新技术解码T细胞功能的机会与挑战	本文结合单细胞RNA测序和高维流式细胞术等多维分析平台，揭示了肿瘤浸润免疫细胞在单个肿瘤、不同肿瘤类型及个体间的显著异质性	本文主要关注高维研究中CD8 T细胞在肿瘤微环境中的解释机会与局限性	探讨利用-omics技术研究复杂肿瘤微环境的机会与挑战	T细胞功能及肿瘤微环境中的CD8 T细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序、高维流式细胞术	NA	基因组数据	NA
114	2024-09-11	The STRING database in 2023: protein-protein association networks and functional enrichment analyses for any sequenced genome of interest 2023-01-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkac1000 PMID:36370105	研究论文	本文介绍了STRING数据库在2023年的更新，重点在于蛋白质-蛋白质相互作用网络和功能富集分析，适用于任何感兴趣的测序基因组	引入了变分自编码器来预测共表达通道中的相互作用，并增加了单细胞RNA-seq和实验蛋白质组数据作为新来源；改进了实验性相互作用的置信度估计	NA	系统地收集和整合蛋白质-蛋白质相互作用信息，并提供功能富集分析工具	蛋白质-蛋白质相互作用网络和功能富集分析	生物信息学	NA	变分自编码器	变分自编码器	蛋白质相互作用数据	NA
115	2024-09-11	HUSCH: an integrated single-cell transcriptome atlas for human tissue gene expression visualization and analyses 2023-01-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkac1001 PMID:36318258	研究论文	本文介绍了HUSCH，一个集成的人类组织单细胞转录组图谱数据库，用于基因表达的可视化和分析	HUSCH整合了近300万个细胞的单细胞转录组数据，提供了跨多个来源和平台的基因表达综合可视化和分析功能	NA	研究不同人类细胞类型的基因表达模式，以探索细胞类型分化、疾病发生和进展的机制	人类组织的单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	近300万个细胞，来自185个高质量的人类scRNA-seq数据集，涵盖45种不同组织
116	2024-09-11	SPEED: Single-cell Pan-species atlas in the light of Ecology and Evolution for Development and Diseases 2023-01-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkac930 PMID:36305818	研究论文	本文介绍了一个名为SPEED的新数据库，用于整合和展示来自多种物种和组织的单细胞数据	SPEED数据库整合了来自127个物种的单细胞测序数据，并提供了多种分析模块，包括进化、发育和疾病相关的数据分析	NA	开发一个集成平台，用于整合和分析多物种的单细胞数据，以深入挖掘细胞、组织和物种之间的异质性	单细胞RNA测序和单细胞全基因组测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞全基因组测序（scWGS）	NA	单细胞数据	127个物种的单细胞测序数据
117	2024-09-11	ImmCluster: an ensemble resource for immunology cell type clustering and annotations in normal and cancerous tissues 2023-01-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkac922 PMID:36271790	研究论文	介绍了一个名为ImmCluster的资源，用于免疫细胞类型的聚类和注释，特别是在正常和癌变组织中	整合了来自九种健康组织和17种癌症类型的超过100万免疫细胞数据，并开发了一种集成方法以提供比单个方法更一致的细胞聚类	NA	开发一个资源用于免疫细胞类型的聚类和注释，特别是在癌症微环境中	免疫细胞的聚类和注释	生物信息学	癌症	单细胞转录组测序	集成方法	基因表达数据	超过100万免疫细胞
118	2024-09-11	Single-cell multi-omics integration for unpaired data by a siamese network with graph-based contrastive loss 2023-Jan-04, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-022-05126-7 PMID:36600199	研究论文	本文提出了一种基于孪生网络和图对比损失的单细胞多组学数据整合方法MinNet	MinNet是一种新颖的深度学习框架，用于单细胞多组学测序数据的整合，在基准测试中表现优异，特别适用于整合具有批次和生物变异的数据集	NA	研究目的是开发一种能够有效整合不同模态单细胞组学数据的方法	研究对象包括scRNA-seq、scATAC-seq和抗原数据	机器学习	NA	单细胞多组学测序	孪生网络	单细胞数据	涉及多个基准数据集和COVID-19数据集
119	2024-09-11	Liver-resident CD8+ T cells in viral hepatitis: not always good guys 2023-01-03, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI165033 PMID:36594469	研究论文	研究了在慢性HBV感染中，非特异性CD8+ T细胞对肝脏免疫病理的影响	应用肝穿刺活检和单细胞RNA测序技术，定义了一组与肝脏损伤相关的非病毒特异性CD8+ T细胞	非特异性旁观者CD8+ T细胞的确切性质仍未明确	探讨HBV特异性CD8+ T细胞在病毒控制中的作用及其在持续感染中的失败机制	HBV特异性CD8+ T细胞和非特异性旁观者CD8+ T细胞	免疫学	肝炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
120	2024-09-11	The heterogeneity of cellular senescence: insights at the single-cell level 2023-01, Trends in cell biology IF:13.0Q1 DOI:10.1016/j.tcb.2022.04.011 PMID:35599179	综述	本文综述了细胞衰老的异质性，并强调了在单细胞水平上研究衰老细胞的重要性	本文介绍了通过单细胞RNA测序和单核RNA测序等高通量技术在单细胞水平上研究衰老细胞的新方法	NA	探讨细胞衰老的异质性及其在衰老和病理条件中的作用	衰老细胞及其在不同细胞类型和组织中的异质性	NA	NA	单细胞RNA测序、单核RNA测序	NA	RNA	NA