单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1189 篇文献，本页显示第 1141 - 1160 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1141 | 2024-08-05 |
TISCH2: expanded datasets and new tools for single-cell transcriptome analyses of the tumor microenvironment
2023-01-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkac959
PMID:36321662
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研究论文 | TISCH2是一个用于肿瘤微环境单细胞转录组分析的资源，包含来自人类和小鼠肿瘤的单细胞RNA测序数据 | 更新后的TISCH2包含190个肿瘤scRNA-seq数据集，涵盖600万个细胞，并增加了多个新功能以优化数据利用 | NA | 提供肿瘤微环境中基因表达的全面特征化 | 人类和小鼠肿瘤的单细胞RNA-seq数据 | 数字病理学 | 癌症 | scRNA-seq | NA | 单细胞RNA测序数据 | 190个数据集，覆盖600万个细胞 |
| 1142 | 2024-08-05 |
AE-TPGG: a novel autoencoder-based approach for single-cell RNA-seq data imputation and dimensionality reduction
2023, Frontiers of computer science
IF:3.4Q1
DOI:10.1007/s11704-022-2011-y
PMID:36320820
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研究论文 | 本文介绍了一种基于自编码器的新方法AE-TPGG，用于单细胞RNA测序数据的插补和降维 | 提出了一种基于两部分广义伽马分布的自定义自编码器，能够处理单细胞RNA测序数据中的混合离散-连续随机变量 | 未提及 | 旨在改善单细胞RNA测序数据的分析，特别是针对掉落事件的处理 | 单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | 自编码器 | 两部分广义伽马分布模型 | RNA测序数据 | 真实数据集 |
| 1143 | 2024-08-08 |
Pleural CD14+ monocytes/macrophages of healthy adolescents show a high expression of metallothionein family genes
2023-01, European journal of immunology
IF:4.5Q2
DOI:10.1002/eji.202250019
PMID:36321537
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研究论文 | 本文通过腹腔镜技术从健康年轻成人中分离出胸膜单核细胞/巨噬细胞，并进行RNA测序分析，发现这些细胞中金属硫蛋白家族基因的高表达 | 首次在健康年轻成人的胸膜液中发现高表达金属硫蛋白的巨噬细胞亚群 | 需要进一步研究高表达金属硫蛋白的巨噬细胞亚群在肺防御、修复和稳态中的具体作用 | 研究健康年轻成人胸膜单核细胞/巨噬细胞中金属硫蛋白家族基因的表达 | 健康年轻成人的胸膜单核细胞/巨噬细胞 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | NA | RNA | 健康年轻成人的胸膜单核细胞/巨噬细胞 |
| 1144 | 2024-08-08 |
Vaeda computationally annotates doublets in single-cell RNA sequencing data
2023-01-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac720
PMID:36342203
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Vaeda的新方法，用于计算注释单细胞RNA测序数据中的双细胞 | Vaeda结合了变分自编码器和正无标记学习，生成双细胞得分和二进制双细胞调用，表现优于其他基于Python的方法 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中双细胞/多细胞技术伪影的问题 | 单细胞RNA测序数据中的双细胞/多细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 变分自编码器 | RNA测序数据 | 16个基准数据集 |
| 1145 | 2024-08-08 |
CellMarker 2.0: an updated database of manually curated cell markers in human/mouse and web tools based on scRNA-seq data
2023-01-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkac947
PMID:36300619
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research paper | CellMarker 2.0是一个更新的人类和小鼠不同组织中各种细胞类型的实验支持标记物的手动策划数据库，并提供了基于单细胞测序数据的网络工具 | CellMarker 2.0新增了36,300个组织-细胞类型-标记物条目，474个组织，1901种细胞类型和4566个标记物，并增加了29种类型的细胞标记物，包括蛋白质编码基因、lncRNA和处理过的假基因等 | NA | 更新和扩展CellMarker数据库，并开发用于分析单细胞测序数据的网络工具 | 人类和小鼠不同组织中的细胞类型及其标记物 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | NA | 数据库 | 83,361个组织-细胞类型-标记物条目 |
| 1146 | 2024-08-05 |
The transcription factor JUN is a major regulator of quiescent pancreatic stellate cell maintenance
2023-Jan-30, Gene
IF:2.6Q2
DOI:10.1016/j.gene.2022.147000
PMID:36283605
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研究论文 | 该研究识别了转录因子JUN在维持胰腺星状细胞静止状态中的关键作用 | 通过整合单细胞测序数据并使用WGCNA和SCENIC算法，首次揭示了JUN作为主要转录因子的作用 | 本研究未详细探讨JUN的其他潜在调控机制 | 探讨胰腺星状细胞从静止状态转化为激活状态的主要机制 | 胰腺星状细胞及其在胰腺损伤相关疾病中的作用 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞测序 | NA | RNA测序 | 多个胰腺组织的单细胞样本 |
| 1147 | 2024-08-08 |
OrganoidDB: a comprehensive organoid database for the multi-perspective exploration of bulk and single-cell transcriptomic profiles of organoids
2023-01-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkac942
PMID:36271792
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research paper | 介绍了一个名为OrganoidDB的综合性数据库，用于多角度探索组织体的批量和单细胞转录组数据 | OrganoidDB整合了来自人和鼠的16,218个组织体样本的批量和单细胞转录组数据，并允许在不同模式下查询基因表达 | NA | 促进对组织体的更好理解，并帮助改进组织体培养协议 | 组织体的转录组数据 | NA | NA | 转录组学 | NA | 转录组数据 | 16,218个组织体样本 |
| 1148 | 2024-08-08 |
VISTA Targeting of T-cell Quiescence and Myeloid Suppression Overcomes Adaptive Resistance
2023-01-03, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-22-0116
PMID:36260656
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研究论文 | 本研究探讨了VISTA在肿瘤治疗中的作用，特别是在克服适应性免疫检查点抵抗中的应用 | 首次报道了检查点调节剂影响CD8+ T细胞静止状态，并首次表明静止状态可能是T细胞衰竭和癌症治疗中的一个目标 | NA | 研究VISTA在开发抗肿瘤免疫中的作用，并提供重要的机制见解 | VISTA在肿瘤治疗中的作用及其对T细胞和骨髓细胞的影响 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多重图像分析、流式细胞术 | NA | 图像、RNA | CT26结直肠癌细胞模型 |
| 1149 | 2024-08-05 |
Computational Analysis of Single-Cell RNA-Seq Data
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2815-7_12
PMID:36264495
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研究论文 | 文章概述了单细胞RNA测序数据的标准计算工作流程 | 提供了对单细胞RNA测序数据分析标准工作流程的全面理解 | 未具体提及数据集的规模和具体实例 | 探讨单细胞RNA测序数据的计算分析方法 | 单细胞RNA测序(SCNRA-seq)技术 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA数据 | NA |
| 1150 | 2024-08-05 |
Unravelling the landscape of skin cancer through single-cell transcriptomics
2023-Jan, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2022.101557
PMID:36257209
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综述 | 本论文综述了通过单细胞转录组学深入研究皮肤癌的最新进展 | 创新点在于强调了单细胞转录组学在皮肤癌研究中的应用，特别是在免疫细胞的贡献方面 | 该文献未提及具体的技术局限性或数据缺陷 | 研究旨在利用单细胞转录组学技术明确皮肤癌的细胞类型和状态 | 研究对象为皮肤癌相关的细胞类型及其在疾病演变中的角色 | 数字病理学 | 皮肤癌 | 单细胞转录组学 | NA | RNA序列数据 | NA |
| 1151 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing analysis revealed cellular and molecular immune profiles in lung squamous cell carcinoma
2023-Jan, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2022.101568
PMID:36270103
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了肺鳞状细胞癌（LUSC）微环境的细胞和分子免疫特征 | 发现了高表达的免疫抑制受体TIGIT在调节性T细胞和耗竭的CD8T细胞中的作用，以及肿瘤相关中性粒细胞（TAN）通过表达IL1RN发挥免疫抑制作用，同时观察到SPP1+巨噬细胞在肿瘤微环境中的增加与患者不良生存相关 | NA | 深入了解肺鳞状细胞癌的免疫景观，并为未来的药物发现提供重要资源 | 肺鳞状细胞癌的免疫微环境 | 数字病理学 | 肺鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及7种主要细胞类型 |
| 1152 | 2024-08-08 |
Hepatitis B Virus Utilizes a Retrograde Trafficking Route via the Trans-Golgi Network to Avoid Lysosomal Degradation
2023, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2022.10.008
PMID:36270602
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，探讨了DOCK11在HBV生命周期中的作用及其对cccDNA水平的影响，揭示了HBV通过逆向运输途径避免溶酶体降解的机制。 | 发现DOCK11与HBV衣壳及逆向运输蛋白相互作用，开辟了从早期内体到高尔基体再到内质网的替代逆向运输途径，帮助HBV避免溶酶体降解。 | NA | 探讨DOCK11在HBV生命周期中的作用及其对cccDNA水平的影响，揭示HBV感染的机制。 | DOCK11在HBV生命周期中的作用及HBV的逆向运输途径。 | NA | 肝炎B | 单细胞转录组分析、超分辨率显微镜、邻位连接分析、时间流逝分析、液相色谱-串联质谱、免疫印迹、酶联免疫吸附试验 | NA | 转录组数据 | HBV阳性和HBV阴性的肝细胞癌细胞系 |
| 1153 | 2024-08-08 |
Cell Dissociation Techniques in Salamanders
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2659-7_25
PMID:36272089
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研究论文 | 本文描述了在蝾螈中使用四种不同分离条件（酶解/非酶解）进行细胞解离的技术，并评估了这些方法对细胞表面表型和细胞多样性的影响 | 介绍了不同酶解方法对细胞解离效果的影响，并提供了优化协议的模板 | 文章中提到的酶解方法在某些情况下可能导致细胞表面标记物的丢失 | 研究细胞解离技术对细胞表型和细胞多样性的影响 | 蝾螈的脾脏和再生肢体 | NA | NA | 细胞解离技术 | NA | 细胞 | 使用蝾螈的脾脏和再生肢体进行实验 |
| 1154 | 2024-08-08 |
Tetramer-aided sorting and single-cell RNA sequencing facilitate transcriptional profiling of antigen-specific CD8+ T cells
2023-Jan, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2022.101559
PMID:36279715
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研究论文 | 本研究探讨了使用四聚体辅助流式细胞术分选抗原特异性CD8+ T细胞进行单细胞分析的可行性，并识别出一个与癌症免疫治疗反应预测相关的抗原特异性反应（ASR）基因特征 | 本研究首次识别出一个具有预测价值的抗原特异性反应（ASR）基因特征，该特征与肺癌患者接受抗PD-L1、抗VEGF和化疗联合治疗的无进展生存期显著相关 | 研究仅使用了HLA-A*02:01限制性的人巨细胞病毒（CMV）pp65肽特异性CD8+ T细胞作为模型，可能限制了结果的普遍性 | 验证使用四聚体辅助流式细胞术分选抗原特异性CD8+ T细胞进行单细胞分析的方法，并识别与癌症免疫治疗反应相关的基因特征 | 抗原特异性CD8+ T细胞的频率和基因表达谱 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及肺癌患者接受抗PD-L1、抗VEGF和化疗联合治疗的样本 |
| 1155 | 2024-08-05 |
Microfluidic chip with reversible interface for noninvasive remission status monitoring and prognosis prediction of acute myeloid leukemia
2023-Jan-01, Biosensors & bioelectronics
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.bios.2022.114803
PMID:36252315
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研究论文 | 本文设计了一种非侵入性的白血病干细胞特异性捕获芯片用于急性髓性白血病的缓解状态监测和预后预测 | 创新点在于设计了一种具有可逆识别界面的芯片，能够高效捕获和释放外周血中的白血病干细胞 | 本研究仅限于32名急性髓性白血病患者的样本，样本量相对较小 | 研究目的在于开发非侵入性的监测工具，以评估急性髓性白血病的缓解状态和预后 | 研究对象为急性髓性白血病患者及健康供体的外周血样本 | 数字病理学 | 急性髓性白血病 | 液体活检 | NA | 外周血样本 | 32名急性髓性白血病患者和10名健康供体 |
| 1156 | 2024-08-05 |
The heterogeneity of cancer-associated fibroblast subpopulations: Their origins, biomarkers, and roles in the tumor microenvironment
2023-Jan, Cancer science
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/cas.15609
PMID:36197901
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研究论文 | 本文探讨了癌症相关成纤维细胞亚群体的异质性及其在肿瘤微环境中的作用 | 本研究通过单细胞转录组学策略分析CAFs的不同亚群体及其来源和生物标志物 | 未提及具体的实验数据和样本规模，可能影响结论的普适性 | 旨在深入探讨癌症相关成纤维细胞在不同肿瘤中的角色 | 研究癌症相关成纤维细胞的不同亚群体及其对肿瘤微环境的影响 | 数字病理学 | 胃癌，结直肠癌，胰腺导管腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |
| 1157 | 2024-08-05 |
Single-cell Transcriptomics Reveals Early Molecular and Immune Alterations Underlying the Serrated Neoplasia Pathway Toward Colorectal Cancer
2023, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2022.10.001
PMID:36216310
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研究论文 | 本研究揭示了锯齿性肿瘤途径与结直肠癌相关的早期分子和免疫改变 | 首次通过单细胞转录组学描绘了锯齿性病变中的分子和免疫改变 | 研究样本数量有限，可能影响研究结果的广泛性 | 解析锯齿性病变中尚未明确的分子和免疫改变 | 16个锯齿性病变样本与3个正常结肠组织样本 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 19个样本（16个锯齿性病变，3个正常结肠组织） |
| 1158 | 2024-08-08 |
Implications of microglial heterogeneity in spinal cord injury progression and therapy
2023-01, Experimental neurology
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.expneurol.2022.114239
PMID:36216123
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综述 | 本文综述了微胶质细胞在脊髓损伤进展和治疗中的异质性及其作用 | 利用单细胞RNA测序(Sc-RNAseq)等技术，深入研究了微胶质细胞在整个生命周期中的异质性 | NA | 探讨微胶质细胞在脊髓损伤中的作用及其作为治疗靶点的潜力 | 微胶质细胞在脊髓损伤中的异质性及其功能 | NA | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序(Sc-RNAseq) | NA | NA | NA |
| 1159 | 2024-08-08 |
Integrative genomic and transcriptomic profiling reveals distinct molecular subsets in adult mixed phenotype acute leukemia
2023-01, American journal of hematology
IF:10.1Q1
DOI:10.1002/ajh.26758
PMID:36219502
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研究论文 | 本研究通过综合基因组和转录组分析方法，探索了176名成人混合表型急性白血病患者的分子特征，并定义了八个具有独特突变和基因表达特征的分子亚群 | 首次通过综合基因组和转录组分析方法，定义了混合表型急性白血病的八个分子亚群，并分析了各亚群的基因突变和表达特征 | 研究样本主要集中在成人患者，且样本量相对有限，可能影响结果的普遍性 | 通过综合基因组和转录组分析，揭示混合表型急性白血病的分子特征，以促进更精确的诊断和治疗 | 176名成人混合表型急性白血病患者及其分子特征 | 数字病理学 | 白血病 | 下一代测序, RNA测序 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | 176名成人混合表型急性白血病患者，包括86名T-淋巴/髓系MPAL患者，42名Ph+ MPAL患者，36名B-淋巴/髓系MPAL患者，4名t(v;11q23)患者，8名MPAL, NOS, 罕见类型患者 |
| 1160 | 2024-08-08 |
H3K4me3 as a target of di(2-ethylhexyl) phthalate (DEHP) impairing primordial follicle assembly
2023-Jan, Chemosphere
IF:8.1Q1
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研究论文 | 本研究探讨了邻苯二甲酸二(2-乙基己基)酯(DEHP)对原始卵泡组装的影响及其分子机制，特别是H3K4me3的作用。 | 发现Smyd3-H3K4me3是DEHP对小鼠早期卵泡发生过程中原始卵泡形成的新的有害ER介导效应的目标，并强调表观遗传变化作为DEHP等内分泌干扰物的重要目标。 | NA | 研究DEHP对原始卵泡组装的影响及其分子机制。 | 小鼠卵巢中的原始卵泡和H3K4me3水平。 | NA | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 从DEHP暴露的母亲的后代卵巢中获取样本 |