单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1121	2024-08-05	Immune landscape of viral cancers: Insights from single-cell sequencing 2023-01, Journal of medical virology IF:6.8Q1 DOI:10.1002/jmv.28348 PMID:36436921	综述	本文总结了病毒相关癌症中单细胞测序的免疫浸润和抗肿瘤反应的关键发现	通过单细胞测序方法深入分析了病毒引起的肿瘤免疫微环境的变化	未提及具体的实验数据和样本分析	探索病毒性感染对肿瘤免疫微环境的影响及其为癌症治疗提供的新靶点	病毒相关癌症的免疫浸润和抗肿瘤反应	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	NA	NA
1122	2024-08-08	Molecular profiles of single circulating tumor cells from early breast cancer patients with different lymph node statuses 2023-01, Thoracic cancer IF:2.3Q2 DOI:10.1111/1759-7714.14728 PMID:36408679	研究论文	本研究利用免疫磁性纳米球捕获早期乳腺癌患者的循环肿瘤细胞（CTCs），并通过提出的bead-dd-seq方法进行单细胞RNA测序，分析CTCs的分子特征及其与淋巴结转移状态的关系	本研究首次通过单细胞RNA测序技术揭示了早期乳腺癌CTCs的分子特征，并发现了与淋巴结转移状态显著相关的两种CTCs亚型	研究样本量较小，仅涉及八名早期乳腺癌患者，可能影响结果的普遍性	解析早期乳腺癌患者循环肿瘤细胞的分子特征，以深入理解乳腺癌转移机制	早期乳腺癌患者的循环肿瘤细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	八名早期乳腺癌患者
1123	2024-08-08	Getting sweeter: new evidence for glucose transporters in specific cell types of the airway? 2023-01-01, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.00140.2022 PMID:36409177	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在气道上皮细胞中葡萄糖转运体表达研究中的应用	强调了不同细胞类型中葡萄糖转运体表达的差异及其在细胞代谢和免疫功能中的作用	分析的研究数量有限，并非所有研究都报道了完整的葡萄糖转运体范围，且新鲜分离的细胞与体外培养的细胞之间存在差异	探讨气道上皮细胞中葡萄糖转运体的表达及其功能	气道上皮细胞中的葡萄糖转运体	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	RNA	具体样本数量未提及
1124	2024-08-08	GeoWaVe: geometric median clustering with weighted voting for ensemble clustering of cytometry data 2023-01-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btac751 PMID:36413065	研究论文	本文介绍了一种基于几何中位数聚类和加权投票的集成聚类方法GeoWaVe，用于细胞学数据的聚类分析	GeoWaVe方法在处理高维质谱和流式细胞学数据时表现优于图集成聚类方法，提供了一种更稳健和可重复的细胞学数据分析、可视化和解释方法	目前缺乏专门为细胞学数据分析设计的共识聚类算法	旨在克服聚类算法选择对结果的显著影响，通过共识方法直接解决不同算法之间的竞争效应	高维质谱和流式细胞学数据	生物信息学	NA	集成聚类	几何中位数聚类	细胞学数据	不同数据集
1125	2024-08-08	Dissociation of Cerebellar Granule Neuron Progenitors for Culture, FACS, Transcriptomics, and Molecular Biology 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-2752-5_1 PMID:36418720	研究论文	本文介绍了从小鼠和人类早期新生儿期分离小脑颗粒神经元前体细胞（CGNPs）的方法，并探讨了这些细胞在细胞培养、蛋白质提取、流式细胞术、代谢组分析和单细胞分辨率转录组分析中的应用。	本文提供了一种分离CGNPs的方法，这些细胞具有一致的、良好表征的增殖和分化时间模式，便于分析。	NA	研究大脑生长与神经前体细胞增殖动力学的关系，并探索这些特定细胞的分子、遗传和功能特性。	小脑颗粒神经元前体细胞（CGNPs）	分子生物学	NA	流式细胞术（FACS）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞	从小鼠和人类新生儿期大脑中采集的CGNPs
1126	2024-08-08	scRNA-seq for Microcephaly Research [I]: Single-Cell Droplet Encapsulation, mRNA Capture, and cDNA Synthesis 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-2752-5_8 PMID:36418727	研究论文	本文描述了一种基于Drop-Seq方法的单细胞RNA测序技术，用于小头症研究	采用纳米级液滴物理分离细胞并同时引入细胞特异性DNA条形码，提高了样本处理的高通量	NA	探索单细胞RNA测序技术在小头症研究中的应用	小头症样本组织	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	文本	最少150,000个细胞，最多可捕获5000个单细胞转录本
1127	2024-08-08	scRNA-seq for Microcephaly Research [III]: Computational Analysis of scRNA-seq Data 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-2752-5_10 PMID:36418729	研究论文	本文专注于单细胞转录组分析（scRNA-seq）数据的计算分析，特别是从Drop-Seq平台生成的大规模scRNA-seq数据中解析生物信号	利用scRNA-seq技术同时探索数千个单细胞的基因表达模式	NA	解析从大规模scRNA-seq数据中提取的生物信号	单细胞转录组数据	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	转录组数据	数千个单细胞
1128	2024-08-08	scRNA-seq for Microcephaly Research [IV]: Dirichlet Regression for Single-Cell Population Differences 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-2752-5_11 PMID:36418730	研究论文	本文介绍了使用Dirichlet回归分析单细胞RNA测序数据中细胞组成的差异	首次采用Dirichlet回归方法比较不同条件下细胞组成的差异	仅限于分析多个生物学重复样本的情况	研究微头症中单细胞RNA测序数据的细胞组成变化	单细胞RNA测序数据中的细胞群差异	生物信息学	微头症	scRNA-seq	Dirichlet回归	单细胞RNA测序数据	多个生物学重复样本（三个或更多）
1129	2024-08-08	Combinatorial perturbation sequencing on single cells using microwell-based droplet random pairing 2023-Jan-15, Biosensors & bioelectronics IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.bios.2022.114913 PMID:36395729	研究论文	本文介绍了一种基于微孔滴随机配对技术的单细胞组合扰动测序方法（CP-seq），用于组合药物治疗的研究	CP-seq技术利用寡核苷酸条码标记药物，通过微流控滴操作实现细胞与药物的随机配对，从而完成组合药物处理和细胞条码标记	NA	开发一种高通量且全面的组合扰动筛选技术，以减少药物抗性和疾病复发	单细胞的转录组和药物条码	生物技术	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	微孔利用率达到83%
1130	2024-08-05	Single-cell transcriptomics reveals correct developmental dynamics and high-quality midbrain cell types by improved hESC differentiation 2023-01-10, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2022.10.016 PMID:36400027	研究论文	该研究通过单细胞转录组技术揭示了改进的人胚胎干细胞分化过程中的发育动态和高质量的中脑细胞类型。	该研究识别了在人胚胎干细胞分化为中脑多巴胺神经元过程中重要的发育因素，提供了新的分子定义细胞类型的应用前景。	研究中没有提到具体的样本数量和可能的实验室条件限制。	探索人胚胎干细胞分化为功能性中脑多巴胺神经元的发育机制。	人胚胎干细胞及其分化产生的中脑多巴胺神经元。	数字病理学	帕金森病	单细胞RNA测序	NA	细胞	NA
1131	2024-08-08	A set-theoretic definition of cell types with an algebraic structure on gene regulatory networks and application in annotation of RNA-seq data 2023-01-10, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2022.10.015 PMID:36400029	研究论文	本文提出了一种基于集合论的细胞类型定义方法，并将其应用于RNA-seq数据的注释	开发了一种新的细胞身份表示方法，能够在不同数据集间进行比较并保留重要的生物学语义	NA	旨在改进RNA-seq数据的注释方法，更准确地捕捉细胞类型的普遍特征	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	生物信息学	NA	RNA-seq	集合论框架	RNA-seq数据	NA
1132	2024-08-08	scAWMV: an adaptively weighted multi-view learning framework for the integrative analysis of parallel scRNA-seq and scATAC-seq data 2023-01-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btac739 PMID:36383176	研究论文	提出了一种自适应加权多视角学习框架scAWMV，用于整合来自同一细胞的scRNA-seq和scATAC-seq数据	scAWMV方法考虑了多组学数据中不同模态的重要性差异以及scRNA-seq和scATAC-seq数据中特征的生物学联系	NA	提高揭示细胞异质性的能力	scRNA-seq和scATAC-seq数据	机器学习	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	多视角学习	多组学数据	四个真实数据集
1133	2024-08-08	An optimized FACS-free single-nucleus RNA sequencing (snRNA-seq) method for plant science research 2023-Jan, Plant science : an international journal of experimental plant biology IF:4.2Q1 DOI:10.1016/j.plantsci.2022.111535 PMID:36400127	研究论文	本文开发了一种无需荧光激活细胞分选（FACS）的单核RNA测序（snRNA-seq）方法，用于植物科学研究	该方法不依赖于FACS，能够使用冷冻样本，减少偏倚的细胞覆盖和解离诱导的转录伪影，并能区分表皮细胞的不同层次	NA	克服植物中单细胞RNA测序（scRNA-seq）由于原生质体分离困难而带来的限制	成熟拟南芥植物组织的基因表达调控机制	基因组学	NA	单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	RNA	来自同一批次叶片材料的原生质体和单核RNA测序数据
1134	2024-08-08	Astragaloside IV as a novel CXCR4 antagonist alleviates osteoarthritis in the knee of monosodium iodoacetate-induced rats 2023-Jan, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2022.154506 PMID:36403512	研究论文	研究探讨了黄芪甲苷IV作为新型CXCR4拮抗剂在单碘乙酸诱导的骨质疏松模型大鼠中减轻膝关节骨质疏松的作用。	黄芪甲苷IV被鉴定为一种新型CXCR4拮抗剂，通过阻断Akt信号通路减少CXCL12诱导的ADAMTS4,5过度表达。	研究主要集中在动物模型和体外细胞实验，需要进一步的人体临床试验验证其效果。	探索黄芪甲苷IV作为CXCR4拮抗剂在骨质疏松治疗中的潜在应用。	黄芪甲苷IV对CXCR4信号通路的影响及其在骨质疏松治疗中的作用。	NA	骨质疏松	单细胞RNA测序, 分子对接, 钙响应评估, 批量RNA测序, 蛋白质印迹分析	NA	RNA序列, 蛋白质	包括骨质疏松患者和单碘乙酸诱导的骨质疏松模型大鼠
1135	2024-08-08	scHumanNet: a single-cell network analysis platform for the study of cell-type specificity of disease genes 2023-01-25, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkac1042 PMID:36350625	研究论文	介绍了一个名为scHumanNet的单细胞网络分析平台，用于研究疾病基因的细胞类型特异性	scHumanNet基于细胞类型特异性基因网络（CGNs）构建，显示出比其他方法更高的细胞功能相关性，并能优先考虑与特定细胞类型相关的基因	NA	提高精准医学中细胞类型特异性基因功能的识别	单细胞生物学中的细胞类型特异性基因功能	生物信息学	乳腺癌, 自闭症谱系障碍	单细胞转录组数据分析	细胞类型特异性基因网络（CGNs）	基因网络数据	NA
1136	2024-08-05	Liver sinusoidal endothelial cells induce BMP6 expression in response to non-transferrin-bound iron 2023-01-19, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2022016987 PMID:36351237	研究论文	本文研究了肝窦内皮细胞如何在非转铁蛋白结合的铁的刺激下诱导BMP6表达	研究揭示了肝窦内皮细胞内铁感应机制，并提出了Tfr1在低铁条件下的作用	在铁挑战下，尽管最终能够诱导Bmp6，但相对于肝脏铁含量的水平有时略低	探讨肝窦内皮细胞对系统性铁过载的适应机制	使用转铁蛋白受体1特异性缺失的转基因小鼠进行单细胞转录组分析	数字病理学	NA	单细胞转录组学	转基因小鼠	mRNA	TfrcTek-Cre和Tfrcfl/fl小鼠
1137	2024-08-05	TEDD: a database of temporal gene expression patterns during multiple developmental periods in human and model organisms 2023-01-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkac978 PMID:36350663	研究论文	TEDD是一个关于人类和模式生物在多个发育阶段的时间基因表达模式的数据库。	系统策划并整合了来自2760个大样本和超过510万个单细胞的最新和最全面的测序数据集。	本研究未提及具体的局限性。	研究基因在组织/器官发育以及导致疾病的机制中的作用。	涉及481种细胞类型、79种组织类型和92个时间点的基因表达和染色质可及性分析。	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	数据集	2760个大样本和超过510万个单细胞
1138	2024-08-08	NPInter v5.0: ncRNA interaction database in a new era 2023-01-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkac1002 PMID:36373614	研究论文	本文介绍了NPInter数据库的第五次更新，该数据库记录了非编码RNA（ncRNA）与其他生物分子之间的相互作用	通过手动文献挖掘和高通量数据处理，ncRNA相互作用条目数量翻倍，并集成了来自iMARGI、ChAR-seq和GRID-seq的全球RNA-DNA相互作用数据，显著增加了RNA-DNA相互作用的记录数量	NA	更新和扩展NPInter数据库，以记录更多的ncRNA相互作用，为生物学研究提供有价值的信息	ncRNA与其他生物分子之间的相互作用	生物信息学	NA	高通量测序	NA	文本	ncRNA相互作用条目从1,100,618增加到2,596,695，RNA-DNA相互作用从888,915增加到8,329,382
1139	2024-08-08	Single-cell profiling reveals mechanisms of uncontrolled inflammation and glycolysis in decidual stromal cell subtypes in recurrent miscarriage 2023-01-05, Human reproduction (Oxford, England) DOI:10.1093/humrep/deac240 PMID:36355621	研究论文	研究通过单细胞RNA测序揭示了反复流产中基质细胞亚型的炎症和糖酵解机制	首次鉴定出三种基质细胞亚型，其中炎症型和糖酵解型在反复流产中显著富集，并提出了一个由缺氧压力、失控炎症和异常糖酵解驱动的病理模型	单细胞RNA测序的基质样本数量有限，未来研究需要深入的功能研究	探究反复流产中基质细胞亚型的存在及其在疾病中的作用	基质细胞亚型及其在反复流产中的作用	NA	反复流产	单细胞RNA测序	NA	RNA	15个早期基质样本，包括5个健康供体和10个反复流产患者
1140	2024-08-05	A novel cuproptosis-related gene signature of prognosis and immune microenvironment in head and neck squamous cell carcinoma cancer 2023-Jan, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-022-04471-7 PMID:36376617	研究论文	该研究系统评估了与cuproptosis相关的基因在头颈癌中的表达和遗传变化，并构建了风险模型来预测患者的生存率	提出了cuproptosis相关基因的风险模型，并分析了其与免疫微环境的关系	本研究尚未在临床应用中进行验证	探讨cuproptosis相关基因在头颈鳞状细胞癌患者中的预后价值	头颈鳞状细胞癌患者及其非癌性组织样本	数字病理学	头颈癌	单细胞测序	Cox回归和Lasso回归模型	基因表达数据	涉及19个cuproptosis相关基因的头颈鳞状细胞癌和非癌性组织样本