单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1189 篇文献，本页显示第 1101 - 1120 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1101 | 2024-08-08 |
Functional-Feature-Based Data Reduction Using Sparsely Connected Autoencoders
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2756-3_11
PMID:36495453
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研究论文 | 本文介绍了一种基于功能特征的数据降维方法，使用稀疏连接的自编码器来改善细胞聚类与其基础细胞生物学之间的联系 | 提出了一种基于功能特征驱动的数据降维方法，以更好地连接细胞聚类与其基础细胞生物学 | NA | 改善单细胞RNA测序数据中细胞聚类与基础生物学之间的联系 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 自编码器 | 文本 | NA |
| 1102 | 2024-08-08 |
Single-Cell RNAseq Clustering
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2756-3_12
PMID:36495454
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研究论文 | 本文介绍了如何使用多种聚类工具对单细胞RNA测序转录组数据进行聚类分析 | NA | 本文提到了聚类过程中存在的一些限制 | 探讨单细胞RNA测序数据中细胞亚群组织的识别 | 单细胞RNA测序转录组数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 聚类工具 | 转录组数据 | 大量单个细胞 |
| 1103 | 2024-08-08 |
A Guide to Trajectory Inference and RNA Velocity
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2756-3_14
PMID:36495456
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研究论文 | 本文讨论了轨迹推断和RNA速度的概念和理论方面，并展示了如何将这两种方法结合使用，以及在真实数据上的应用案例 | 本文结合了轨迹推断和RNA速度方法，利用未剪接和剪接的mRNA丰度来推断单个细胞的RNA速度 | NA | 探讨从单细胞RNA测序数据中研究细胞动态过程的方法 | 单细胞RNA测序数据中的细胞动态过程，如细胞分化、细胞周期和细胞（去）激活 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 1104 | 2024-08-08 |
Integration of scATAC-Seq with scRNA-Seq Data
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2756-3_15
PMID:36495457
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研究论文 | 本文探讨了单细胞RNA测序（scRNA-Seq）与单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-Seq）数据的整合分析方法 | 本文首次聚焦于scRNA-Seq与scATAC-Seq数据的结合，以进行人类胎儿前体细胞的单细胞转录组和染色质可及性的综合分析 | NA | 研究目的是整合多组学数据，以更好地理解细胞异质性和复杂细胞群体的发现 | 研究对象是人类胎儿前体细胞的单细胞转录组和染色质可及性 | 生物信息学 | NA | scRNA-Seq, scATAC-Seq | NA | 转录组数据, 染色质可及性数据 | NA |
| 1105 | 2024-08-08 |
Bringing Cell Subpopulation Discovery on a Cloud-HPC Using rCASC and StreamFlow
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2756-3_17
PMID:36495459
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研究论文 | 本文介绍了如何利用rCASC和StreamFlow框架在云-HPC基础设施上高效执行细胞亚群发现算法 | 本文引入了新的单细胞RNA测序（scRNA-seq）流程，结合大规模高通量测序，能够在前所未有的分辨率下评估细胞群体和生物系统的基本生物学特性 | NA | 探讨如何在云-HPC基础设施上高效执行细胞亚群发现算法 | 单细胞RNA测序数据和细胞亚群发现算法 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 测序数据 | 每次运行可分析数千个细胞 |
| 1106 | 2024-08-05 |
Longitudinal single-cell analysis of SARS-CoV-2-reactive B cells uncovers persistence of early-formed, antigen-specific clones
2023-01-10, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.165299
PMID:36445762
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研究论文 | 研究了COVID-19感染和疫苗接种后B细胞克隆的持久性和演变 | 首次长期跟踪分析了特异性B细胞克隆在COVID-19患者中的持续存在与演变 | 仅针对重症COVID-19患者进行样本收集，样本代表性可能有限 | 预测新兴病毒变种的免疫反应并优化疫苗 | 重症COVID-19患者的抗原特异性B细胞 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序、CITE-Seq、B细胞受体测序（BCR-Seq） | NA | 基因组数据 | 重症COVID-19患者的纵向样本 |
| 1107 | 2024-08-08 |
Single-cell analysis reveals distinct functional heterogeneity of CD34+ cells in anagen wound and diabetic wound
2023-01-08, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2022.11.080
PMID:36463761
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序分析了正常、生长期和糖尿病伤口中的CD34细胞的表型和功能异质性 | 首次揭示了CD34细胞在不同类型伤口中的功能异质性及其对伤口愈合的影响 | 研究仅限于小鼠模型，未来需在人类样本中验证结果 | 探究CD34细胞在不同类型伤口中的功能异质性及其对伤口愈合的影响 | CD34细胞在正常、生长期和糖尿病伤口中的表型和功能 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 从小鼠伤口边缘收集的CD34细胞 |
| 1108 | 2024-08-05 |
SCExecute: custom cell barcode-stratified analyses of scRNA-seq data
2023-01-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac768
PMID:36448703
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研究论文 | 本文介绍了SCExecute工具，用于分析条形码分层的单细胞RNA测序数据 | SCExecute支持用户自定义命令在按条形码分层的单细胞对齐文件上执行，填补了现有工具在细胞特征分析中的不足 | 该工具的效用可能受限于用户对命令行的熟悉程度和可用计算资源 | 研究如何使用现有工具对条形码分层的scRNA-seq数据进行定制的细胞水平分析 | 条形码分层的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 序列数据 | 使用了10X Genomics Chromium系统的droplet scRNA-seq数据进行示例 |
| 1109 | 2024-08-05 |
Targeting CCL5 signaling attenuates neuroinflammation after seizure
2023-01, CNS neuroscience & therapeutics
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/cns.14006
PMID:36440924
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研究论文 | 该研究旨在探讨CCL5信号通路在癫痫后神经炎症中的作用 | 本研究首次揭示了CCL5/CCR5信号通路在癫痫模型小鼠中的重要性，并展示了通过Maraviroc干预该信号通路的有效性 | 本研究使用的小鼠模型可能无法完全模拟人类癫痫的复杂性 | 研究CCL5/CCR5信号通路在癫痫后神经炎症中的潜在靶向作用 | 癫痫小鼠模型及其海马区域的转录组特征 | 数字病理学 | 癫痫 | 10× Genomics空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 癫痫小鼠数目不明 |
| 1110 | 2024-08-05 |
CD73-generated extracellular adenosine promotes resolution of neutrophil-mediated tissue injury and restrains metaplasia in pancreatitis
2023-01, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202201537R
PMID:36468677
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研究论文 | 本研究探讨了CD73生成的细胞外腺苷在胰腺炎中缓解中性粒细胞介导的组织损伤和抑制化生的作用 | 该研究首次揭示了CD73在胰腺炎中的关键作用，并提出CD73增益剂作为潜在治疗策略 | 研究主要基于小鼠模型，结果可能在人类患者中存在差异 | 研究CD73在急性和慢性胰腺炎中的作用及其机制 | CD73敲除小鼠与C57BL/6小鼠（野生型） | 数字病理 | 胰腺炎 | 免疫组化和单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 小鼠模型 | 组织样本 | CD73小鼠和C57BL/6小鼠 |
| 1111 | 2024-08-05 |
Comprehensive visualization of cell-cell interactions in single-cell and spatial transcriptomics with NICHES
2023-01-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac775
PMID:36458905
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研究论文 | NICHES是一种工具，用于在单细胞水平上探索细胞之间的外部信号传递。 | NICHES通过嵌入配体-受体信号代理，保留单细胞原始数据的保真性，能够可视化细胞簇内、细胞簇间及不同实验条件下的异质信号类型。 | NA | 研究单细胞和空间转录组数据中细胞间的相互作用。 | 主要关注细胞间的信号传递和微环境传统方法的局限性。 | 数字病理学 | NA | NA | NA | 转录组数据 | NA |
| 1112 | 2024-08-05 |
Renoprotective anti-CD45RB antibody induces B cell production in systemic lupus erythematosus based on single-cell RNA-seq analysis
2023-01, Journal of autoimmunity
IF:7.9Q1
DOI:10.1016/j.jaut.2022.102949
PMID:36455384
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研究论文 | 该研究探讨了抗-CD45RB抗体在系统性红斑狼疮中的肾保护作用 | 使用单细胞RNA测序分析揭示了抗-CD45RB抗体诱导B细胞生成的机制 | 在小鼠模型中评估，可能无法完全反映人类的病理机制 | 识别系统性红斑狼疮中肾损伤的机制 | 分析了系统性红斑狼疮患者外周血单核细胞及NZB/WF1小鼠模型 | 数字病理学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序 | NA | 血液样本 | 从GEO数据库提取的系统性红斑狼疮患者的外周血单核细胞数据 |
| 1113 | 2024-08-05 |
Single-Cell Transcriptomics Identifies Brain Endothelium Inflammatory Networks in Experimental Autoimmune Encephalomyelitis
2023-01, Neurology(R) neuroimmunology & neuroinflammation
DOI:10.1212/NXI.0000000000200046
PMID:36446612
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研究论文 | 该文章通过单细胞转录组学描绘了实验性自身免疫性脑脊髓炎中大脑内皮细胞的炎症网络 | 该研究首次揭示了静脉内皮细胞在神经炎症中的重要作用，并提供了神经炎症相关细胞异质性的概貌 | 该研究主要集中在动物模型中，尚需进一步验证在人类疾病中的相关性 | 探索自身免疫性脑脊髓炎模型中的神经炎症过程及其分子机制 | 以实验性自身免疫性脑脊髓炎小鼠为研究对象，鉴定与神经炎症相关的内皮细胞 | 数字病理学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 使用实验性自身免疫性脑脊髓炎小鼠及人类多发性硬化症脑部切片 |
| 1114 | 2024-08-08 |
Single-cell atlas reveals a high selection of IgA1- or IgG1-expressing plasma cells in patients with psoriasis
2023-Jan, Molecular immunology
IF:3.2Q3
DOI:10.1016/j.molimm.2022.11.015
PMID:36459791
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和单细胞抗原受体序列分析，探讨了银屑病患者中B细胞介导的体液免疫反应的变化 | 首次揭示了银屑病患者中IgA1和IgG1表达的浆细胞数量显著增加，并发现B细胞受体在CDR和框架区域的强选择压力 | 研究样本仅包括三名健康捐赠者和三名银屑病患者，样本量较小 | 探索银屑病对B细胞介导的体液免疫反应的影响 | 银屑病患者的B细胞及其介导的体液免疫反应 | 数字病理学 | 银屑病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞抗原受体序列（BCR）测序（scBCR-seq） | NA | 细胞数据 | 三名健康捐赠者和三名银屑病患者的外周血单个核细胞（PBMC） |
| 1115 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing highlights the roles of C1QB and NKG7 in the pancreatic islet immune microenvironment in type 1 diabetes mellitus
2023-01, Pharmacological research
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.phrs.2022.106588
PMID:36464147
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术探讨C1QB和NKG7在1型糖尿病胰腺胰岛免疫微环境中的作用机制 | 首次揭示C1QB和NKG7在1型糖尿病胰腺胰岛免疫微环境中对巨噬细胞和T淋巴细胞的关键影响 | 研究主要基于数据库数据和构建的动物模型，未来需进一步在人体样本中验证 | 探讨C1QB和NKG7在1型糖尿病胰腺胰岛免疫微环境中的作用 | C1QB和NKG7基因在1型糖尿病胰腺胰岛免疫微环境中的作用 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA-seq数据 | 大量胰腺胰岛样本，包括14种细胞类型 |
| 1116 | 2024-08-08 |
Two-sample test with g-modeling and its applications
2023-01-15, Statistics in medicine
IF:1.8Q1
DOI:10.1002/sim.9603
PMID:36412978
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研究论文 | 本文提出了一种结合g-modeling密度估计和两样本Kolmogorov-Smirnov检验的新型两样本检验方法，并应用于生物统计学中的两个案例 | 本文针对观察数据非同分布但与某些同分布的未观察参数相关的情况，提出了一种新的两样本检验程序 | NA | 解决在某些应用中观察数据非同分布但与某些同分布的未观察参数相关的问题 | 两样本比较问题 | 生物统计学 | NA | g-modeling密度估计，两样本Kolmogorov-Smirnov检验 | NA | 数据 | NA |
| 1117 | 2024-08-08 |
Human spermatogonial stem cells and their niche in male (in)fertility: novel concepts from single-cell RNA-sequencing
2023-01-05, Human reproduction (Oxford, England)
DOI:10.1093/humrep/deac245
PMID:36409992
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在人类男性生殖领域中的应用，特别是关于睾丸细胞在不同发育阶段和男性不育情况下的转录变化 | 提出了关于精原细胞和体细胞亚型及其相互作用的新概念，并提供了相应的标记基因以促进其识别 | 强调了需要空间信息和其他调控层面的验证，如表观遗传或蛋白质水平 | 探讨单细胞RNA测序技术在男性不育研究中的临床应用潜力 | 人类精原干细胞及其在男性不育中的微环境 | NA | 男性不育 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 数千个睾丸细胞覆盖人类新生儿、青春期前、青春期和成年期以及不同类型的男性不育 |
| 1118 | 2024-08-05 |
scRNA-seq for Microcephaly Research [II]: Preparation of Single-Cell cDNA Libraries
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2752-5_9
PMID:36418728
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研究论文 | 本文章介绍了生成带条形码的单细胞RNA测序文库的方法 | 提供了用于生成基于液滴的单细胞RNA测序文库的独特方法 | NA | 探讨微头畸形研究中的单细胞RNA测序技术 | 单细胞RNA-seq文库的制备 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA序列 | NA |
| 1119 | 2024-08-05 |
Immune landscape of viral cancers: Insights from single-cell sequencing
2023-01, Journal of medical virology
IF:6.8Q1
DOI:10.1002/jmv.28348
PMID:36436921
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综述 | 本文总结了病毒相关癌症中单细胞测序的免疫浸润和抗肿瘤反应的关键发现 | 通过单细胞测序方法深入分析了病毒引起的肿瘤免疫微环境的变化 | 未提及具体的实验数据和样本分析 | 探索病毒性感染对肿瘤免疫微环境的影响及其为癌症治疗提供的新靶点 | 病毒相关癌症的免疫浸润和抗肿瘤反应 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 1120 | 2024-08-08 |
Molecular profiles of single circulating tumor cells from early breast cancer patients with different lymph node statuses
2023-01, Thoracic cancer
IF:2.3Q2
DOI:10.1111/1759-7714.14728
PMID:36408679
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研究论文 | 本研究利用免疫磁性纳米球捕获早期乳腺癌患者的循环肿瘤细胞（CTCs），并通过提出的bead-dd-seq方法进行单细胞RNA测序，分析CTCs的分子特征及其与淋巴结转移状态的关系 | 本研究首次通过单细胞RNA测序技术揭示了早期乳腺癌CTCs的分子特征，并发现了与淋巴结转移状态显著相关的两种CTCs亚型 | 研究样本量较小，仅涉及八名早期乳腺癌患者，可能影响结果的普遍性 | 解析早期乳腺癌患者循环肿瘤细胞的分子特征，以深入理解乳腺癌转移机制 | 早期乳腺癌患者的循环肿瘤细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 八名早期乳腺癌患者 |