单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1061	2024-08-05	High-frequency and functional mitochondrial DNA mutations at the single-cell level 2023-01-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2201518120 PMID:36577067	研究论文	本研究开发了一种经济有效的单细胞线粒体DNA定向测序方法，并验证了其在老年人样本中的可行性	提出了单细胞测序技术scSTAMP，能够提高针对线粒体DNA突变的检测效率	当前方法的提高效率仍然受到线粒体DNA目标率低的限制	旨在在单细胞层面量化线粒体DNA突变及其相关的致病效应	研究了来自76岁女性的768个B淋巴细胞和768个单核细胞中的线粒体DNA突变	数字病理	老年疾病	线粒体DNA靶向测序	NA	细胞样本	768个B淋巴细胞和768个单核细胞
1062	2024-08-08	Robotic data acquisition with deep learning enables cell image-based prediction of transcriptomic phenotypes 2023-01-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2210283120 PMID:36577074	研究论文	本文开发了一种多功能机器人系统ALPS，用于基于显微镜观察的单细胞RNA测序，并通过深度学习从细胞图像中非侵入性地预测转录组定义的细胞表型	首次实现了通过细胞图像非侵入性地预测转录组定义的细胞表型，为实时确定活细胞的全转录组提供了一种新方法	NA	开发一种新方法，通过细胞图像非侵入性地预测转录组定义的细胞表型	单细胞转录组分析及细胞图像	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度学习	图像	NA
1063	2024-08-08	A novel molecular classification method for osteosarcoma based on tumor cell differentiation trajectories 2023-Jan-02, Bone research IF:14.3Q1 DOI:10.1038/s41413-022-00233-w PMID:36588108	研究论文	本研究基于单细胞RNA测序数据，提出了一种新的骨肉瘤分子分类方法，通过分析肿瘤细胞的分化轨迹，将骨肉瘤样本分为三个亚型	首次使用单细胞RNA测序技术进行骨肉瘤的分子亚分类，并发现了三种分化轨迹，为精准治疗提供了新的参考	研究样本数量有限，需要进一步扩大样本量以验证分类模型的准确性和普适性	开发一种新的骨肉瘤分子分类方法，以提高治疗选择和癌症患者的反应率	骨肉瘤样本及其肿瘤细胞的分化轨迹	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	分析了六个传统骨肉瘤和九个松质骨样本，并通过IHC染色验证了138个骨肉瘤样本
1064	2024-08-05	T cell-related prognostic risk model and tumor immune environment modulation in lung adenocarcinoma based on single-cell and bulk RNA sequencing 2023-01, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2022.106460 PMID:36565482	研究论文	本研究探讨了T细胞标记基因的表达特征，并基于这些基因构建了肺腺癌的预后风险模型	提出了基于T细胞标记基因的新的预后风险模型，能够提出LUAD患者的生存和治疗结果的预测	尚未提及模型的外部验证及在更大样本群体中的适用性	探索肺腺癌中T细胞标记基因的表达特征及其与免疫治疗反应的关系	涉及非小细胞肺癌患者的肺腺癌组织活检样本	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序和批量RNA测序	NA	细胞数据	包含6个组织活检样本，32,108个细胞
1065	2024-08-05	Analysis of Spatial Molecular Data 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-2914-7_20 PMID:36587134	研究论文	本文探讨了支持肿瘤异质性和空间分子数据分析的方法	提出了一种深度学习管道，能够从整个病理图像中生成有限的空间转录组学数据，及一个用于量化空间肿瘤异质性的算法	样本大小和数据集的多样性未在摘要中明确说明	旨在分析癌症诊断和治疗中的空间肿瘤异质性	重点研究从H&E全切片图像中提取的分子特征和转录组数据	数字病理学	癌症	深度学习	NA	图像	NA
1066	2024-08-08	Intratumor microbiome features reveal antitumor potentials of intrahepatic cholangiocarcinoma 2023 Jan-Dec, Gut microbes IF:12.2Q1 DOI:10.1080/19490976.2022.2156255 PMID:36563106	研究论文	本研究旨在分析肝内胆管癌（ICC）组织中的细菌群落特征，并探索其抗肿瘤潜力	通过16S rRNA测序和单细胞RNA测序（scRNA-seq）揭示了肿瘤内微生物群的多样性和其在肿瘤微环境中的分布	研究样本量有限，且未详细说明所鉴定细菌的具体种类及其在抗肿瘤机制中的确切作用	研究肝内胆管癌组织中的微生物组特征及其抗肿瘤潜力	肝内胆管癌组织及其微生物群	数字病理学	肝内胆管癌	16S rRNA测序, 单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	微生物DNA, 组织样本	99个组织样本
1067	2024-08-08	Altered phenotypic and metabolic characteristics of FOXP3+CD3+CD56+ natural killer T (NKT)-like cells in human malignant pleural effusion 2023, Oncoimmunology IF:6.5Q1 DOI:10.1080/2162402X.2022.2160558 PMID:36567801	研究论文	研究了人类恶性胸腔积液中FOXP3+CD3+CD56+自然杀伤T（NKT）样细胞的表型和代谢特征变化	首次揭示了FOXP3 NKT样细胞在人类恶性胸腔积液中的表型和代谢特征变化	NA	探讨恶性胸腔积液中NKT样细胞的表型和代谢特征变化	FOXP3+CD3+CD56+自然杀伤T（NKT）样细胞	免疫学	恶性胸腔积液	流式细胞术，免疫荧光染色，单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞	NA
1068	2024-08-08	BCG-activation of leukocytes is sufficient for the generation of donor-independent innate anti-tumor NK and γδ T-cells that can be further expanded in vitro 2023, Oncoimmunology IF:6.5Q1 DOI:10.1080/2162402X.2022.2160094 PMID:36567803	研究论文	本文研究了BCG激活白细胞产生非供体依赖性的天然抗肿瘤NK和γδ T细胞，并能在体外进一步扩增	首次展示了BCG激活的γδ T细胞具有高IFNγ分泌特征和抗肿瘤功能，且能在体外扩增	BCG单独不能刺激纯化的γδ T细胞的扩增	探讨BCG激活白细胞产生抗肿瘤细胞的机制及其在免疫治疗中的应用	BCG激活的NK细胞和γδ T细胞	免疫学	膀胱癌	scRNA-seq, 流式细胞术, 功能性检测	NA	细胞	人类外周血单个核细胞
1069	2024-08-08	Single-cell RNA sequencing reveals resident progenitor and vascularization-associated cell subpopulations in rat annulus fibrosus 2023-Jan, Journal of orthopaedic translation IF:5.9Q1 DOI:10.1016/j.jot.2022.11.004 PMID:36568849	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了大鼠纤维环中存在的干细胞前体和血管化相关细胞亚群	发现了两个新的功能性纤维环细胞亚群，具有干细胞特性和血管化诱导潜力	NA	鉴定纤维环中的功能性细胞亚群，包括干细胞前体和血管化相关细胞	大鼠和人类的纤维环细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	大鼠和人类的纤维环样本
1070	2024-08-08	SOX4 is a novel phenotypic regulator of endothelial cells in atherosclerosis revealed by single-cell analysis 2023-01, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2022.02.017 PMID:36585108	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了动脉粥样硬化中的内皮细胞转录组，揭示了SOX4作为内皮细胞功能障碍的新型表型调节因子	发现SOX4是内皮细胞在动脉粥样硬化中的新型表型调节因子，并揭示了高血脂相关细胞因子和振荡血流作为SOX4的内源性诱导因素	NA	探究动脉粥样硬化中内皮细胞的转录组特征，识别内皮细胞功能障碍的新型调节因子，并提供动脉粥样硬化进展的机制性见解	动脉粥样硬化中的内皮细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	使用西方饮食喂养的载脂蛋白E缺陷（ApoE-/-）小鼠的主动脉细胞，以及人冠状动脉和肾动脉的动脉粥样硬化组织
1071	2024-08-08	Multiplex immunofluorescence and single-cell transcriptomic profiling reveal the spatial cell interaction networks in the non-small cell lung cancer microenvironment 2023-01, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.1155 PMID:36588094	研究论文	本文通过多重免疫荧光技术和单细胞转录组测序，揭示了非小细胞肺癌微环境中细胞间的空间相互作用网络	首次利用多重免疫荧光技术同时检测多个标记物，并结合单细胞RNA测序技术，分析了肿瘤微环境中细胞的空间位置和相互作用	研究样本仅限于553例非小细胞肺癌病例，可能无法完全代表所有非小细胞肺癌患者的情况	研究非小细胞肺癌微环境中细胞的空间相互作用网络	非小细胞肺癌肿瘤切片中的细胞标记物和细胞间的空间关系	数字病理学	肺癌	多重免疫荧光技术，单细胞RNA测序	StarDist深度学习模型	图像，转录组数据	553例非小细胞肺癌肿瘤切片，4例非小细胞肺癌单细胞RNA测序样本
1072	2024-08-05	Class switch toward noninflammatory, spike-specific IgG4 antibodies after repeated SARS-CoV-2 mRNA vaccination 2023-01-27, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.ade2798 PMID:36548397	研究论文	该研究报道了在重复接种SARS-CoV-2 mRNA疫苗后，特异性IgG4抗体的增加.	该研究发现，在第二次接种几个月后，SARS-CoV-2特异性抗体主要由非炎症性IgG4组成，并且第三次接种进一步增加了IgG4抗体的比例.	该研究没有探讨亚型IgG4的长期免疫影响及其在不同人群中的表现.	研究mRNA疫苗接种后特定IgG4抗体的变化及其对疫苗接种策略的影响.	研究对象为接种SARS-CoV-2 mRNA疫苗后的抗体反应变化.	免疫学	NA	单细胞测序和流式细胞术	NA	抗体反应数据	在三次免疫接种后分析了与IgG4相关的B细胞频率.
1073	2024-08-05	spaCI: deciphering spatial cellular communications through adaptive graph model 2023-01-19, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbac563 PMID:36545790	研究论文	本文提出了一种新颖的自适应图模型spaCI，用于解读细胞间的空间通信	spaCI结合了细胞的空间位置和基因表达特征，通过注意力机制提高了细胞通信的推断能力	在研究中可能未能详细探讨模型的计算效率及其在其他类型数据中的适用性	阐明细胞间的通信机制，尤其是在复杂疾病中的作用	主要研究对象为小鼠皮层的seqFISH+数据和非小细胞肺癌样本的NanoString CosMx SMI数据	数字病理学	肺癌	单细胞空间转录组学（SCST）	自适应图模型	基因表达数据	涉及小鼠皮层和非小细胞肺癌样本的seqFISH+和NanoString CosMx SMI数据
1074	2024-08-05	Senescence atlas reveals an aged-like inflamed niche that blunts muscle regeneration 2023-01, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-022-05535-x PMID:36544018	研究论文	本研究揭示衰老细胞在骨骼肌再生区中的重要性，并阐明其对再生的抑制作用	本研究结合单细胞转录组学和衰老细胞富集分选协议，克服了衰老细胞稀缺的技术限制，提供了在体内分离衰老细胞的技术，并定义了肌肉的衰老蓝图	衰老细胞的多样性可能影响研究结果的普遍性	旨在探讨衰老细胞如何影响肌肉再生及其相关机制	年轻和老鼠损伤肌肉中不同类型的衰老细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	年轻和老鼠中不同类型的损伤肌肉样本
1075	2024-08-05	scDrug: From single-cell RNA-seq to drug response prediction 2023, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2022.11.055 PMID:36544472	研究论文	scDrug是一个生物信息学工作流程，用于从单细胞RNA测序数据生成细胞聚类及预测药物治疗	提供了一种集成工具，从单细胞RNA测序分析到药物发现的全过程	目前的工具可能在精准性和适用范围上存在限制	开发一个综合的bioinformatics工具以进行药物反应预测	单细胞RNA测序数据及其在肿瘤微环境中的细胞组成	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
1076	2024-08-08	The Heterogeneity of Tumour-Associated Macrophages Contributes to the Recurrence and Outcomes of Glioblastoma Patients 2023-Jan, Journal of molecular neuroscience : MN IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12031-022-02081-z PMID:36542317	研究论文	本研究探讨了肿瘤相关巨噬细胞的异质性对胶质母细胞瘤患者复发和预后的影响	通过单细胞RNA测序分析了复发性胶质母细胞瘤中肿瘤相关巨噬细胞的异质性，并建立了一个基于差异表达基因的预后标志物	NA	探究肿瘤相关巨噬细胞的异质性是否影响胶质母细胞瘤患者的复发和预后	胶质母细胞瘤患者的肿瘤相关巨噬细胞	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	来自医院的胶质母细胞瘤组织样本
1077	2024-08-08	Bulk RNA-seq and scRNA-seq analysis reveal an activation of immune response and compromise of secretory function in major salivary glands of obese mice 2023, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2022.11.054 PMID:36544475	研究论文	本研究通过bulk RNA-seq和scRNA-seq分析，揭示了肥胖小鼠主要唾液腺中免疫反应的激活和分泌功能的损害	首次通过bulk RNA-seq和scRNA-seq技术研究肥胖对唾液腺转录组和细胞组成的影响，并首次对舌下腺的细胞类型进行单细胞RNA测序注释	NA	探讨肥胖对唾液腺功能的影响及其分子机制	肥胖小鼠的主要唾液腺	数字病理学	肥胖	RNA-seq	NA	RNA	肥胖小鼠的主要唾液腺样本
1078	2024-08-08	Immune response and homeostasis mechanism following administration of BBIBP-CorV SARS-CoV-2 inactivated vaccine 2023-Jan-30, Innovation (Cambridge (Mass.)) DOI:10.1016/j.xinn.2022.100359 PMID:36506806	研究论文	本研究使用单细胞转录组测序技术，分析了BBIBP-CorV灭活疫苗接种后的免疫反应和稳态机制	发现灭活疫苗不仅诱导了预期的体液免疫，还引发了多种全面的免疫反应，包括单核细胞和T细胞的激活，以及细胞间通信的增强	NA	旨在全面理解BBIBP-CorV灭活疫苗引发的系统性免疫反应，以促进更好的疫苗接种策略和新疫苗的设计	BBIBP-CorV灭活疫苗接种后的免疫反应和稳态机制	疫苗学	COVID-19	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
1079	2024-08-05	Improving the performance of single-cell RNA-seq data mining based on relative expression orderings 2023-01-19, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbac556 PMID:36528803	研究论文	本文构建了一种新的特征矩阵，称为delta rank matrix (DRM)，用于分析单细胞RNA测序数据	首次将基因层面的特征转化为相互作用/边缘层面的特征以进行单细胞RNA测序数据分析	NA	提升单细胞RNA测序数据挖掘的性能	单细胞RNA测序数据及相应的基因交互网络	数字病理学	NA	RNA-seq	NA	单细胞基因表达数据	多种单细胞RNA-seq数据集
1080	2024-08-08	RefTM: reference-guided topic modeling of single-cell chromatin accessibility data 2023-01-19, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbac540 PMID:36513377	研究论文	本文介绍了一种名为RefTM的参考引导主题模型，用于分析单细胞染色质可及性数据	RefTM模型不仅利用现有的大量染色质可及性和注释的scCAS数据，还利用单细胞数据分析的主题模型，同时建模参考数据和目标scCAS数据之间的共享生物学变异、scCAS数据的独特生物学变异以及其他已知协变量引起的变异	NA	开发一种新的方法来分析单细胞染色质可及性数据，以更好地识别细胞类型并揭示调控机制	单细胞染色质可及性数据	生物信息学	NA	单细胞染色质可及性测序（scCAS）	主题模型	单细胞数据	数千个单细胞