单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1189 篇文献，本页显示第 1041 - 1060 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1041 | 2024-08-05 |
A universal sequencing read interpreter
2023-Jan-04, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.add2793
PMID:36598975
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研究论文 | 本文介绍了一种名为INTERSTELLAR的工具，可以解码各种DNA测序读数并转换为其他结构的测序读数 | 提出了一个通用的框架，用于解读测序读数并提取其编码信息 | 未提及具体的局限性 | 开发一个可解释多种结构测序读数的工具 | 短读和长读的测序结果 | 数字病理学 | NA | 高通量测序 | NA | 测序读数 | 涉及多种短读和长读测序读取 |
| 1042 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptomic profiling of the zebrafish inner ear reveals molecularly distinct hair cell and supporting cell subtypes
2023-01-04, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.82978
PMID:36598134
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，对斑马鱼内耳从胚胎到成年的各个阶段进行了研究，揭示了不同类型的毛细胞和支持细胞的分子特征 | 首次在斑马鱼内耳中发现与哺乳动物耳蜗中条纹状和非条纹状毛细胞基因表达相似的两种毛细胞亚型，并验证了斑马鱼作为研究内耳特异性毛细胞功能和再生的相关模型 | NA | 探索斑马鱼内耳毛细胞和支持细胞的分子特征，以及它们与哺乳动物内耳细胞类型的相似性 | 斑马鱼内耳的毛细胞和支持细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 从胚胎到成年的斑马鱼内耳样本 |
| 1043 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptomic analysis reveals diversity within mammalian spinal motor neurons
2023-01-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-35574-x
PMID:36596814
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了哺乳动物脊髓运动神经元的多样性 | 揭示了肢体神经元的多样神经肽代码，并发现了轴向运动神经元的三种分子独立亚型 | 研究主要集中在小鼠模型，可能在其他物种中存在差异 | 探讨脊髓运动神经元中的异质性 | 小鼠的脊髓运动神经元 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 1044 | 2024-08-05 |
Longitudinal liver sampling in patients with chronic hepatitis B starting antiviral therapy reveals hepatotoxic CD8+ T cells
2023-01-03, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI158903
PMID:36594467
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研究论文 | 本研究揭示了在慢性乙型肝炎患者中，抗病毒治疗初期存在的肝脏毒性CD8+ T细胞 | 首次定义了人类肝脏中一种独特的、聚集性的CD8+ T细胞群体，并阐明了其在慢性乙型肝炎病理生成中的作用 | 该研究未能确定这种CD8+ T细胞群体在更广泛人群中的普遍性 | 探讨慢性乙型肝炎中免疫细胞的激活机制及其对肝损伤的影响 | 活跃肝损伤的慢性乙型肝炎患者 | 数字病理学 | 慢性乙型肝炎 | 单细胞测序 | NA | 细胞 | 接受抗病毒治疗的慢性乙型肝炎患者（具体样本大小未说明） |
| 1045 | 2024-08-05 |
Molecular characterization of cell types in the squid Loligo vulgaris
2023-01-03, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.80670
PMID:36594460
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研究论文 | 本文结合单细胞转录组学和原位基因表达分析揭示了欧洲乌贼的细胞类型多样性 | 文章通过单细胞转录组学方法对乌贼细胞类型进行分子特征解析，首次揭示了乌贼特有的细胞类型 | 尽管有进展，但文章仍未揭示乌贼所有细胞类型的分子特征 | 探究头足类动物的细胞类型及其在神经系统中的作用 | 研究对象为欧洲乌贼的各种细胞类型 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 1046 | 2024-08-05 |
Topographically Distinguished Microbiome Taxonomy and Stress-Response Genes of Royal Belum Rainforest and Raja Muda Musa Peat Swamp Revealed through Metagenomic Inquisition
2023-Jan-03, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms24010872
PMID:36614337
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研究论文 | 本文通过宏基因组分析研究了皇家贝鲁姆热带雨林和拉贾穆达穆萨泥炭沼泽的微生物多样性和应激反应基因 | 该研究采用全基因组测序（WGS）方法探讨了不同土壤微生物群落的分类多样性与功能基因特征的关系 | 研究仅分析了来自两个地理位置的土壤样本，样本数较少，可能影响结论的普遍性 | 研究土壤系统中微生物群落的结构与功能潜力如何受到环境变化的影响 | 研究对象为来自两个不同原始森林的三种热带雨林土壤样本和三种泥炭沼泽土壤样本 | 数字病理学 | NA | 宏基因组分析 | NA | 土壤样本 | 6个土壤样本（3个热带雨林土样和3个泥炭沼泽土样） |
| 1047 | 2024-08-08 |
Characterizing the tumor microenvironment at the single-cell level reveals a novel immune evasion mechanism in osteosarcoma
2023-Jan-03, Bone research
IF:14.3Q1
DOI:10.1038/s41413-022-00237-6
PMID:36596773
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序数据分析，揭示了骨肉瘤中免疫微环境的特征及其免疫逃逸机制 | 发现了调节性树突状细胞通过招募调节性T细胞形成免疫抑制微环境，以及CD24作为新的“不要吃我”信号参与骨肉瘤细胞的免疫逃逸 | NA | 揭示骨肉瘤中免疫微环境的特征及其免疫逃逸机制 | 骨肉瘤中的免疫细胞及其动态 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 未具体说明样本数量 |
| 1048 | 2024-08-05 |
Multiomics Integration at Single-Cell Resolution Using Bayesian Networks: A Case Study in Hepatocellular Carcinoma
2023-01, Omics : a journal of integrative biology
IF:2.2Q3
DOI:10.1089/omi.2022.0170
PMID:36602810
|
研究论文 | 本研究报告了在肝细胞癌病例中使用贝叶斯网络在单细胞分辨率下进行多组学数据整合 | 这是首次在单细胞分辨率下使用机器学习算法（贝叶斯网络）整合组学数据的研究 | 未在摘要中指出具体的限制 | 研究复杂疾病和综合生物学中的多组学数据整合 | 单细胞层次上的肝细胞癌多组学数据 | 数字病理学 | 肝癌 | RNA-seq和Reduced Representation Bisulfite Sequencing | 贝叶斯网络 | 基因组数据 | 涉及295个基因的模型 |
| 1049 | 2024-08-05 |
[Identification of novel regulators involved in AD pathogenesis using the CRISPR-Cas9 system]
2023, Nihon yakurigaku zasshi. Folia pharmacologica Japonica
DOI:10.1254/fpj.22081
PMID:36596482
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研究论文 | 本文通过CRISPR-Cas9系统识别了与阿尔茨海默病(Aβ)产生相关的新调节因子。 | 本研究首次识别了钙和整合素结合蛋白1（CIB1）作为Aβ产生的潜在负调节因子。 | 本研究主要集中在CIB1对Aβ产生的影响，未深入探讨其他可能的调节因子。 | 研究CIB1在阿尔茨海默病发病机制中的作用。 | 研究对象为与阿尔茨海默病相关的Aβ产生机制。 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | CRISPR-Cas9 | NA | 单细胞RNA测序 | 人脑样本，早期阿尔茨海默病患者与健康对照组 |
| 1050 | 2024-08-05 |
Inhibition of miR338 rescues cleidocranial dysplasia in Runx2 mutant mice partially via the Hif1a-Vegfa axis
2023-01, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-022-00914-w
PMID:36599929
|
研究论文 | 这篇文章探讨了通过抑制miR338来拯救由于Runx2突变引起的颅骨发育不全。 | 这项研究首次揭示了miR338与Runx2之间的遗传相互作用，并提出miR338作为颅骨发育不全的潜在治疗靶点。 | 该研究的局限性在于主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类疾病的复杂性。 | 研究miR338在Runx2突变小鼠模型中对颅骨发育不全的潜在治疗效果。 | Runx2突变小鼠及其miR338的抑制。 | 数字病理学 | 颅骨发育不全 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | miR338;Runx2小鼠及其骨髓基质细胞 |
| 1051 | 2024-08-05 |
A beautiful, complex simplicity: the origins of nephron segmentation uncovered by single-cell sequencing of the pronephros
2023-01, Kidney international
IF:14.8Q1
DOI:10.1016/j.kint.2022.09.013
PMID:36603975
|
研究论文 | 本文探讨了通过单细胞测序揭示前肾分段的起源 | 使用单细胞测序展示了哺乳动物肾小管的非凡分段复杂性及其组织规划蓝图 | NA | 理解前肾的结构和功能，以洞察所有肾小管的基础蓝图 | 探讨前肾的结构与功能 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 1052 | 2024-08-08 |
Paeonol ameliorates endometrial hyperplasia in mice via inhibiting PI3K/AKT pathway-related ferroptosis
2023-Jan, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2022.154593
PMID:36610113
|
研究论文 | 本研究探讨了芍药苷通过抑制PI3K/AKT信号通路相关铁死亡来减轻小鼠子宫内膜增生的分子机制 | 本研究首次揭示了芍药苷通过调节PI3K/AKT信号通路来抑制铁死亡，从而减轻子宫内膜增生的作用 | 研究仅在动物模型中进行，尚未在人体中验证其效果 | 探究芍药苷在保护子宫内膜增生中的分子机制 | 芍药苷对子宫内膜增生小鼠的影响及其分子机制 | NA | 妇科疾病 | CCK-8检测、H&E染色、网络药理学研究、单细胞转录组分析、MDA反应、IHC检测、Western blot、免疫荧光、RT-qPCR | NA | 细胞、组织 | 3名健康供体和3名子宫内膜增生患者的子宫组织 |
| 1053 | 2024-08-08 |
Identification and Validation of the Prognostic Panel in Clear Cell Renal Cell Carcinoma Based on Resting Mast Cells for Prediction of Distant Metastasis and Immunotherapy Response
2023-01-01, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells12010180
PMID:36611973
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研究论文 | 本研究旨在通过分析ccRCC中的静息肥大细胞（RMCs），构建一个预测远处转移和免疫治疗反应的预后标志物 | 本研究首次基于RMCs构建了一个三基因预后标志物，能够有效预测ccRCC患者的远处转移和免疫治疗反应 | NA | 识别影响ccRCC患者远处转移和预后的关键肿瘤浸润免疫细胞，并构建相关预后标志物以预测免疫治疗反应 | ccRCC患者的远处转移和免疫治疗反应 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 1054 | 2024-08-05 |
Impaired Human Cardiac Cell Development due to NOTCH1 Deficiency
2023-01-20, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.122.321398
PMID:36583388
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研究论文 | 本研究探讨了NOTCH1缺失对人类心脏细胞发育的影响 | 首次揭示了NOTCH1在调节人类心脏谱系决定和心肌细胞增殖中的重要性 | 研究主要集中于体外实验，缺乏在体内的验证 | 了解NOTCH1缺失如何影响人类心脏细胞的发展和增殖 | 使用CRISPR技术删除人类诱导多能干细胞中的NOTCH1 | 数字病理学 | 先天性心脏缺陷 | CRISPR/Cas9基因编辑 | NA | 单细胞RNA测序 | 使用的人类诱导多能干细胞样本数量未具体说明 |
| 1055 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing uncovers dynamic roadmap and cell-cell communication during buffalo spermatogenesis
2023-Jan-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2022.105733
PMID:36582818
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了3个月和24个月龄水牛睾丸中的32,000多个细胞，揭示了生殖细胞和体细胞发育的动态基因表达图谱及细胞间通信 | 首次在水牛模型中揭示了精子发生过程中的动态基因表达图谱和细胞间通信，为家畜优良品种的培育提供了理论基础 | NA | 揭示水牛精子发生过程中的动态变化和细胞间通信 | 水牛的生殖细胞和体细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 32,000多个细胞 |
| 1056 | 2024-08-05 |
Bubble: a fast single-cell RNA-seq imputation using an autoencoder constrained by bulk RNA-seq data
2023-01-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac580
PMID:36567258
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研究论文 | 提出了一种名为Bubble的快速单细胞RNA-seq插补方法 | 通过将匹配的bulk RNA-seq数据作为约束，减少了假阳性信号的引入 | NA | 开发一种识别和插补单细胞RNA-seq数据中缺失事件的方法 | 采用模拟数据和多种真实的scRNA-seq数据集进行验证 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | 自动编码器 | 基因表达数据 | 使用模拟和几种真实的scRNA-seq数据集进行研究 |
| 1057 | 2024-08-08 |
SimCH: simulation of single-cell RNA sequencing data by modeling cellular heterogeneity at gene expression level
2023-01-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac590
PMID:36575569
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research paper | 本文提出了一种名为SimCH的新型模拟工具，用于评估单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析中的计算方法 | SimCH采用高斯Copula框架来保留与细胞异质性相关的实验数据的基因共表达，生成的合成计数矩阵与实验数据高度匹配 | NA | 开发一种灵活且全面的模拟工具，用于评估scRNA-seq分析中的计算方法 | 单细胞RNA测序数据分析中的计算方法，包括细胞聚类、差异表达基因发现、轨迹推断、批次校正和插补 | digital pathology | NA | scRNA-seq | Gaussian Copula | RNA sequencing data | NA |
| 1058 | 2024-08-08 |
Inferring gene regulatory networks from single-cell gene expression data via deep multi-view contrastive learning
2023-01-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac586
PMID:36585783
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研究论文 | 本文提出了一种多视角对比学习模型DeepMCL，用于从多个数据源或时间点的单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络 | 引入深度孪生卷积神经网络和对比损失学习基因对的低维嵌入，并通过注意力机制整合来自不同数据源和邻居基因对的嵌入 | NA | 推断基因调控网络以理解细胞内复杂的调控机制 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达水平 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | CNN | 图像 | 多个数据源或时间点的单细胞RNA测序数据 |
| 1059 | 2024-08-08 |
Evaluation of single-cell RNAseq labelling algorithms using cancer datasets
2023-01-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac561
PMID:36585784
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研究论文 | 本文评估了17种基于细胞和9种基于聚类的单细胞RNA测序（scRNA-seq）标记算法在8个癌症数据集上的表现 | 首次在大规模癌症数据集上全面评估了多种scRNA-seq标记算法，并提供了算法选择建议 | 聚类方法在标记恶性细胞亚群时存在基因标记不足的问题 | 评估和比较不同scRNA-seq标记算法在癌症数据集上的性能 | 17种基于细胞和9种基于聚类的scRNA-seq标记算法 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 8个癌症数据集 |
| 1060 | 2024-08-08 |
Genome-wide inference reveals that feedback regulations constrain promoter-dependent transcriptional burst kinetics
2023-01-11, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkac1204
PMID:36583343
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研究论文 | 本文开发了一种可解释且可扩展的推理框架，结合实验数据和机制模型，推断转录爆发动力学（大小和频率）及反馈调控 | 提出了一个结合单细胞RNA测序数据和机制模型的推理框架，用于分析转录爆发动力学和反馈调控 | NA | 理解静态启动子结构和动态反馈调控如何在全基因组范围内影响转录爆发 | 胚胎小鼠成纤维细胞的转录爆发动力学和反馈调控 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 基因组数据 | 胚胎小鼠成纤维细胞 |