单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2024-09-20	Fibrotic immune microenvironment remodeling mediates superior anti-tumor efficacy of a nano-PD-L1 trap in hepatocellular carcinoma 2023-01-04, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2022.09.012 PMID:36146933	研究论文	研究报道了一种纳米PD-L1陷阱基因在治疗肝纤维化相关肝细胞癌中的优越疗效	首次报道了纳米PD-L1陷阱基因在肝纤维化相关肝细胞癌治疗中的应用，相比传统单克隆抗体，其诱导的肿瘤消退更大且无毒性	研究主要基于动物模型，尚未在临床试验中验证其疗效	探讨纳米PD-L1陷阱基因在肝纤维化相关肝细胞癌治疗中的疗效及机制	肝纤维化相关肝细胞癌及其微环境	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	两个临床队列的单细胞RNA测序数据
82	2024-09-19	Precise diagnosis and targeted therapy of nodal T-follicular helper cell lymphoma (T-FHCL) 2023, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2023.1163190 PMID:37188182	研究论文	本文探讨了T-滤泡辅助细胞淋巴瘤（T-FHCL）的精确诊断和靶向治疗	利用单细胞测序和下一代测序技术发现T-FHCL的特异性基因异常，为精确分子诊断和新药研究提供依据	需要进一步研究CAR-T细胞免疫疗法和造血干细胞移植等潜在治疗方法	改善T-FHCL的预后，寻找有效的靶向治疗方案	T-滤泡辅助细胞淋巴瘤（T-FHCL）	NA	淋巴瘤	单细胞测序、下一代测序	NA	基因数据	NA
83	2024-09-19	Single-cell and spatial transcriptomics: Advances in heart development and disease applications 2023, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2023.04.007 PMID:37181659	综述	本文综述了单细胞和空间转录组学技术在心脏发育和疾病应用中的进展	介绍了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）在心脏发育和疾病研究中的应用，提供了对基因表达时空动态的新见解	NA	总结单细胞和空间转录组学技术在心脏领域的应用，并探讨其在转化研究和精准医学中的潜力	心脏发育和心脏疾病，包括先天性心脏病、冠心病、瓣膜病、心肌病和心力衰竭	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单核RNA测序（snRNA-seq）、空间转录组学（ST）	NA	基因表达数据	NA
84	2024-09-19	Deciphering pathological behavior of pediatric medullary thyroid cancer from single-cell perspective 2023, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.15546 PMID:37744240	研究论文	本文通过单细胞转录组测序技术研究了儿童髓样甲状腺癌的病理行为	首次对儿童髓样甲状腺癌进行单细胞转录组测序，揭示了肿瘤细胞与其微环境之间的相互作用	仅基于一个患者的样本进行研究，可能存在样本量不足的问题	揭示儿童髓样甲状腺癌的病理机制	儿童髓样甲状腺癌的肿瘤细胞及其微环境	数字病理学	甲状腺癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	一个患者的原发肿瘤和转移淋巴结样本
85	2024-09-19	Ion channel gene GJB2 influences the intercellular communication by Up-regulating the SPP1 signaling pathway identified by the single-cell RNA sequencing in lung adenocarcinoma 2023, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2023.1146976 PMID:37188183	研究论文	研究GJB2基因在肺腺癌中的预后意义及其通过单细胞RNA测序揭示的细胞间通讯作用	首次揭示GJB2基因通过上调SPP1信号通路影响肺腺癌中的细胞间通讯	研究主要基于公共数据库和单细胞RNA测序数据，缺乏体内实验验证	探讨GJB2基因在肺腺癌中的预后意义及其在细胞间通讯中的作用	GJB2基因在肺腺癌中的表达及其生物学功能	数字病理学	肺腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	基于公共数据库和单细胞RNA测序数据，具体样本数量未提及
86	2024-09-19	Application of single-cell RNA sequencing on human testicular samples: a comprehensive review 2023, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.82191 PMID:37151874	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在人类睾丸样本中的应用	首次系统性地综述了scRNA-seq在人类睾丸整个生命周期（从胚胎到老年男性）中的应用	NA	总结scRNA-seq在人类睾丸生物样本中的应用，揭示睾丸发育和变化的机制	人类睾丸样本，包括从胚胎到老年男性的不同阶段	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	81项研究
87	2024-09-17	Diabetes mellitus induces a novel inflammatory network involving cancer progression: Insights from bioinformatic analysis and in vitro validation 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1149810 PMID:37033970	研究论文	研究探讨了糖尿病与癌症之间的关联，构建了一个基于糖尿病的癌症相关炎症网络，并通过生物信息学分析和体外实验验证了其机制	首次构建了一个基于糖尿病的癌症相关炎症网络，揭示了糖尿病如何增加肿瘤发生和发展的机制	需要进一步的研究来验证和扩展这些发现	探讨糖尿病与癌症之间的分子机制	糖尿病相关基因与癌症相关基因的关联	生物信息学	糖尿病	生物信息学分析、单细胞测序、体外实验	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	包括结肠腺癌在内的多种肿瘤样本
88	2024-09-17	Monoacylglycerol lipase regulates macrophage polarization and cancer progression in uveal melanoma and pan-cancer 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1161960 PMID:37033945	研究论文	研究探讨了单酰甘油脂肪酶在葡萄膜黑色素瘤和泛癌中的作用及其对巨噬细胞极化和癌症进展的影响	首次揭示了单酰甘油脂肪酶在葡萄膜黑色素瘤中的作用，并提出了基于脂质代谢的风险模型	研究主要基于数据库分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探讨脂质代谢在葡萄膜黑色素瘤中的作用，并开发基于脂质代谢的风险模型	葡萄膜黑色素瘤患者和泛癌患者	数字病理学	葡萄膜黑色素瘤	共识聚类分析、ESTIMATE分析、TIMER分析、ssGSEA分析、Cox回归分析、Lasso回归分析、单细胞测序分析	风险模型	基因表达数据	80名葡萄膜黑色素瘤患者和泛癌患者的数据
89	2024-09-17	Single-cell and long-read sequencing to enhance modelling of splicing and cell-fate determination 2023, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2023.03.023 PMID:37066125	综述	本文综述了单细胞和长读长测序技术在剪接和细胞命运决定建模中的最新进展	结合单细胞和长读长测序技术，提供了新的机会来建模细胞命运决定	NA	探讨单细胞和长读长测序技术在细胞命运决定和剪接建模中的应用	单细胞和长读长测序数据，以及相关的计算算法和数学模型	生物信息学	NA	单细胞测序，长读长测序	NA	基因组数据	NA
90	2024-09-16	Integrative network-based analysis on multiple Gene Expression Omnibus datasets identifies novel immune molecular markers implicated in non-alcoholic steatohepatitis 2023, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2023.1115890 PMID:37008925	研究论文	本研究通过整合多个GEO数据集，利用网络生物学方法识别与非酒精性脂肪性肝炎（NASH）相关的新型免疫分子标记	首次通过整合多个GEO数据集，利用加权基因共表达网络分析（WGCNA）识别与NASH相关的免疫响应模块，并验证了关键基因在临床样本和NASH小鼠模型中的表达	研究依赖于公开的GEO数据集，可能存在数据质量和样本代表性的局限性	探索与非酒精性脂肪性肝炎（NASH）相关的新基因	非酒精性脂肪性肝炎（NASH）相关的基因和免疫分子标记	生物信息学	肝病	加权基因共表达网络分析（WGCNA）	NA	基因表达数据	五个独立的GEO数据集
91	2024-09-15	NF-κB in monocytes and macrophages - an inflammatory master regulator in multitalented immune cells 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1134661 PMID:36911661	综述	本文综述了核因子κB（NF-κB）在单核细胞和巨噬细胞中的作用，这些细胞是多才多艺的免疫细胞，在炎症中起着主调控因子的作用	利用单细胞测序和细胞命运图谱等新技术，探讨了NF-κB在单核细胞和巨噬细胞中的新问题	NA	总结NF-κB在单核细胞和巨噬细胞中的当前研究成果	NF-κB在单核细胞和巨噬细胞中的作用	免疫学	炎症性疾病	单细胞测序	NA	NA	NA
92	2024-09-15	Altered gene expression in excitatory neurons is associated with Alzheimer's disease and its higher incidence in women 2023 Jan-Mar, Alzheimer's & dementia (New York, N. Y.) DOI:10.1002/trc2.12373 PMID:36873924	研究论文	重新分析单细胞转录组数据，揭示阿尔茨海默病中兴奋性神经元基因表达的变化与性别差异的关系	解决了先前研究中关于阿尔茨海默病中主要受影响的细胞类型和细胞通路的矛盾，并揭示了兴奋性神经元在性别特异性分析中的重要作用	NA	重新分析单细胞转录组数据，以解决和扩展以往关于阿尔茨海默病中基因表达变化的研究	阿尔茨海默病患者的兴奋性神经元基因表达变化及性别差异	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞转录组学	MAST	基因表达数据	三个单细胞转录组数据集和来自Gene Expression Omnibus的皮质bulk AD数据集
93	2024-09-15	Dissecting insect cell heterogeneity during influenza VLP production using single-cell transcriptomics 2023, Frontiers in bioengineering and biotechnology IF:4.3Q2 DOI:10.3389/fbioe.2023.1143255 PMID:36949887	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了在流感病毒样颗粒生产过程中昆虫细胞的异质性	首次使用单细胞RNA测序技术揭示了昆虫细胞在感染和生产流感病毒样颗粒过程中的异质性及其相关生物机制	NA	揭示昆虫细胞在生产流感病毒样颗粒过程中的异质性及其对治疗性蛋白质生产的影响	昆虫细胞在生产流感病毒样颗粒过程中的异质性	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个昆虫细胞样本
94	2024-09-15	Deletion of the murine ortholog of human 9p21.3 locus promotes atherosclerosis by increasing macrophage proinflammatory activity 2023, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2023.1113890 PMID:36950286	研究论文	研究探讨了小鼠9p21.3位点同源基因缺失对动脉粥样硬化的影响及其机制	首次揭示了小鼠9p21.3位点同源基因缺失通过增加巨噬细胞的促炎活性促进动脉粥样硬化的机制	NA	研究小鼠9p21.3位点同源基因在动脉粥样硬化中的作用	小鼠9p21.3位点同源基因缺失对动脉粥样硬化斑块大小和形态的影响	心血管疾病	动脉粥样硬化	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	12周高脂饮食后的Ldlr -/- ApoB 100/100小鼠
95	2024-09-15	Revealing within-species diversity in uncultured human gut bacteria with single-cell long-read sequencing 2023, Frontiers in microbiology IF:4.0Q2 DOI:10.3389/fmicb.2023.1133917 PMID:36910196	研究论文	本文开发了一种单细胞扩增基因组长读序列组装（scALA）工作流程，用于从人类肠道微生物样本中获取未培养细菌的完整环状单细胞扩增基因组（cSAGs）	scALA工作流程通过减少序列偏差和连续组装，生成了完整的环状cSAGs，揭示了宿主间共享的菌株特异性结构变异	NA	研究未培养细菌的特征，揭示物种内多样性	人类肠道微生物中的未培养细菌	基因组学	NA	单细胞长读序列	NA	基因组数据	12个人类粪便样本，包括两个共同居住组，生成了16个cSAGs
96	2024-09-15	Single-cell RNA-seq analysis identifies distinct myeloid cells in a case with encephalitis temporally associated with COVID-19 vaccination 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.998233 PMID:36911677	研究论文	本文报道了一例与COVID-19疫苗接种相关的脑炎病例，并通过单细胞RNA测序分析了外周免疫系统的独特免疫特征	首次通过单细胞RNA测序技术识别出与COVID-19疫苗接种相关的脑炎急性期特有的髓系细胞亚群	研究仅限于外周血单核细胞，未涉及中枢神经系统的细胞	阐明与COVID-19疫苗接种相关的自身免疫性炎症中的免疫失调机制	与COVID-19疫苗接种相关的脑炎病例中的外周血单核细胞	数字病理学	神经系统疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括急性期和缓解期的患者样本以及健康对照组样本
97	2024-09-15	Preterm birth leads to a decreased number of differentiated podocytes and accelerated podocyte differentiation 2023, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2023.1142929 PMID:36936687	研究论文	本研究探讨了早产对足细胞数量和分化的影响及其潜在机制	首次通过单细胞RNA测序和生物信息学分析揭示了早产对足细胞数量和分化的影响	研究仅限于大鼠模型，结果可能不完全适用于人类	探讨早产对足细胞数量和分化的影响及其潜在机制	早产大鼠模型中的足细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	早产大鼠和足月大鼠各一组
98	2024-09-15	A novel liver zonation phenotype-associated molecular classification of hepatocellular carcinoma 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1140201 PMID:36936935	研究论文	本研究基于肝脏分区的特征，提出了一种新的肝细胞癌分子分类方法	首次识别了94个人类肝细胞特异性分区标记，并基于这些标记将肝细胞癌分为三个亚群	NA	探索肝细胞癌的分区特征，并基于此提出新的分类方法	肝细胞癌及其分区特征	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	非负矩阵分解共识聚类	RNA-seq数据	616个肝细胞癌样本用于训练，285个肝细胞癌样本用于验证
99	2024-09-15	Identification and validation of the cellular senescence-related molecular subtypes of triple negative breast cancer via integrating bulk and single-cell RNA sequencing data 2023, American journal of cancer research IF:3.6Q2 PMID:36895975	研究论文	本文通过整合批量和单细胞RNA测序数据，识别并验证了三阴性乳腺癌中与细胞衰老相关的分子亚型	本文首次通过整合批量和单细胞RNA测序数据，识别出与细胞衰老相关的分子亚型，并验证了其与免疫检查点阻断疗法反应的关系	本文仅使用了18个样本进行验证，样本量较小，可能影响结果的普适性	识别与细胞衰老相关的分子亚型，并验证其作为三阴性乳腺癌对免疫检查点阻断疗法反应的潜在预测因子	三阴性乳腺癌样本及其对免疫检查点阻断疗法的反应	数字病理学	乳腺癌	RNA测序	非负矩阵分解	RNA	18个三阴性乳腺癌样本
100	2024-09-14	Statistical Power Analysis for Designing Bulk, Single-Cell, and Spatial Transcriptomics Experiments: Review, Tutorial, and Perspectives 2023-01-24, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom13020221 PMID:36830591	综述	本文综述了批量RNA-seq、单细胞RNA-seq和高通量空间转录组学实验设计中的统计功效分析	本文首次系统地讨论了三种基因表达谱技术（批量RNA-seq、单细胞RNA-seq和高通量空间转录组学）的统计功效分析，并提供了现有工具的综述和建议	目前尚无针对高通量空间转录组学的统计功效分析工具，因此本文仅探讨了影响功效分析的因素	探讨不同基因表达谱技术在实验设计中的统计功效分析	批量RNA-seq、单细胞RNA-seq和高通量空间转录组学	基因组学	NA	RNA-seq	NA	转录组数据	NA