单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1189 篇文献，本页显示第 81 - 100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2024-09-13 |
MetaSEM: Gene Regulatory Network Inference from Single-Cell RNA Data by Meta-Learning
2023-Jan-30, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms24032595
PMID:36768917
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研究论文 | 本文提出了一种基于元学习的单细胞RNA数据基因调控网络推断框架MetaSEM | 通过元学习解决高维稀疏数据特征导致的参数优化问题，并采用少样本解决方案应对标签数据不足的问题 | NA | 旨在通过元学习方法推断基因调控网络中的调控因子 | 单细胞RNA数据中的基因调控网络 | 生物信息学 | NA | 元学习 | 结构方程模型（SEM） | 单细胞RNA数据 | 小规模数据 |
| 82 | 2024-09-13 |
scMINER: a mutual information-based framework for identifying hidden drivers from single-cell omics data
2023-Jan-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.26.523391
PMID:36747870
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研究论文 | 开发了一种基于互信息的计算框架scMINER，用于从单细胞组学数据中识别隐藏的驱动因子 | scMINER能够捕捉非线性细胞间和基因间关系，并推断驱动因子活性，系统基准测试显示其在区分相似细胞类型方面优于流行的单细胞聚类算法 | NA | 解决单细胞组学数据稀疏性问题，识别隐藏的转录和信号驱动因子 | 单细胞RNA测序数据中的隐藏驱动因子和细胞内网络重构 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 互信息 | 基因表达数据 | 超过6000个转录和信号驱动因子 |
| 83 | 2024-09-13 |
scMINER: a mutual information-based framework for identifying hidden drivers from single-cell omics data
2023-Jan-27, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-2476875/v1
PMID:36747874
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研究论文 | 本文介绍了一种基于互信息的计算框架scMINER，用于从单细胞组学数据中识别隐藏的驱动因子 | scMINER通过捕获细胞间和基因间的非线性关系，能够更准确地进行无监督聚类分析和细胞类型特异性推断，不依赖于有限的转录因子结合基序，能够对超过6000个转录和信号驱动因子进行定量活动评估 | NA | 开发一种新的计算框架，用于从单细胞RNA-seq数据中识别隐藏的驱动因子和网络重构 | 单细胞RNA-seq数据中的隐藏驱动因子和细胞内网络 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 互信息 | 单细胞RNA-seq数据 | 超过6000个转录和信号驱动因子 |
| 84 | 2024-09-13 |
Defining T cell receptor repertoires using nanovial-based affinity and functional screening
2023-Jan-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.17.524440
PMID:36711524
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研究论文 | 利用含有腔体的凝胶微粒（纳米小瓶）进行亲和力和功能筛选，定义T细胞受体库 | 开发了一种基于纳米小瓶的亲和力和功能筛选方法，能够高精度地链接TCR序列与目标抗原，并识别出比标准技术更具特异性的功能性TCR库 | NA | 定义具有治疗潜力的T细胞受体库 | T细胞受体（TCR）及其对特定抗原的反应 | 免疫学 | NA | 微流控乳液单细胞测序 | NA | TCR序列 | NA |
| 85 | 2024-09-13 |
Benchmarking cell-type clustering methods for spatially resolved transcriptomics data
2023-01-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac475
PMID:36410733
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研究论文 | 本文评估了15种聚类方法在空间转录组数据中的细胞类型聚类效果 | 本文首次使用半合成数据集评估了空间和组织学信息对细胞聚类的影响 | 空间和组织学信息的引入并未在所有数据集中一致提高聚类效果 | 评估不同聚类方法在空间转录组数据中的细胞类型识别效果 | 空间转录组数据的细胞类型聚类 | 生物信息学 | NA | 空间转录组技术 | 聚类方法 | 基因表达数据、空间位置数据、组织学图像 | 七个半合成数据集 |
| 86 | 2024-09-13 |
Osteoblast-intrinsic defect in glucose metabolism impairs bone formation in type II diabetic mice
2023-Jan-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.16.524248
PMID:36711657
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研究论文 | 研究了II型糖尿病小鼠模型中成骨细胞内在的葡萄糖代谢缺陷对骨形成的影响 | 首次揭示了成骨细胞内在的葡萄糖代谢缺陷是糖尿病性骨质疏松的潜在原因，并提出了可能的治疗靶点 | 研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类中验证 | 探讨II型糖尿病与骨骼脆弱性之间的机制 | II型糖尿病小鼠的骨组织和成骨细胞 | NA | 糖尿病 | 稳定同位素示踪、Seahorse分析、单细胞RNA测序 | NA | 骨组织、骨髓间充质细胞、成骨细胞 | II型糖尿病小鼠模型 |
| 87 | 2024-09-13 |
Inferring neuron-neuron communications from single-cell transcriptomics through NeuronChat
2023-Jan-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.12.523826
PMID:36712056
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研究论文 | 开发了一种名为NeuronChat的方法和软件包，用于从单细胞转录组数据中推断、可视化和分析神经元特异性通信网络 | 首次提出NeuronChat方法，结合手动整理的神经信号分子相互作用数据库，用于推断和分析神经元间的通信网络 | NA | 开发和验证一种新方法，用于从单细胞转录组数据中推断神经元间的通信网络 | 神经元间的通信网络 | 生物信息学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 多个已发表的数据集和三种不同的神经组织数据集 |
| 88 | 2024-09-13 |
Analysis of donor pancreata defines the transcriptomic signature and microenvironment of early pre-neoplastic pancreatic lesions
2023-Jan-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.13.523300
PMID:36712058
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研究论文 | 本文通过分析脑死亡供体的胰腺组织，首次描述了成人健康胰腺和早期前肿瘤性胰腺病变的转录组特征和微环境 | 首次使用多重免疫组化、单细胞RNA测序和空间转录组学技术，全面描述了成人健康胰腺和早期前肿瘤性胰腺病变的独特微环境 | 样本量较小，仅包括30名供体，且所有供体均无已知的胰腺疾病 | 研究成人健康胰腺和早期前肿瘤性胰腺病变的转录组特征和微环境 | 成人健康胰腺和早期前肿瘤性胰腺病变 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 多重免疫组化、单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 组织样本 | 30名脑死亡供体的胰腺组织 |
| 89 | 2024-09-13 |
TGFB1 Induces Fetal Reprogramming and Enhances Intestinal Regeneration
2023-Jan-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.13.523825
PMID:36711781
|
研究论文 | 研究探讨了TGFB1信号在肠道再生中的作用及其机制 | 首次揭示了TGFB1在肠道再生过程中诱导胎儿重编程的作用，并提出了YAP-SOX9转录回路在TGFB1介导的再生中的机制 | 研究主要基于小鼠模型和人类类器官模型，尚未在临床上验证其应用效果 | 探究TGFB1信号在肠道再生中的作用及其机制，为细胞疗法提供理论基础 | 小鼠和人类肠道组织，特别是肠道隐窝的再生过程 | 生物医学 | NA | 高通量测序（如ATAC-seq、scRNA-seq、ChIP-seq） | NA | 基因表达数据 | 小鼠和人类样本 |
| 90 | 2024-08-08 |
High-throughput and high-sensitivity full-length single-cell RNA-seq analysis on third-generation sequencing platform
2023-Jan-11, Cell discovery
IF:13.0Q1
DOI:10.1038/s41421-022-00500-4
PMID:36631434
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 91 | 2024-09-13 |
Spatiotemporal immune atlas of the first clinical-grade, gene-edited pig-to-human kidney xenotransplant
2023-Jan-09, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-2382345/v1
PMID:36711785
|
研究论文 | 研究了基因编辑猪肾异种移植到脑死亡人类受体后的免疫反应 | 首次使用空间转录组学和单细胞RNA测序研究了猪肾异种移植后的免疫反应 | 研究仅限于脑死亡人类受体，未涉及活体受体 | 探讨猪肾异种移植后人类免疫反应的有效免疫调节方案 | 基因编辑猪肾和脑死亡人类受体 | NA | NA | 空间转录组学和单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 一个基因编辑猪肾和一个脑死亡人类受体 |
| 92 | 2024-09-13 |
Secretion encoded single-cell sequencing (SEC-seq) uncovers gene expression signatures associated with high VEGF-A secretion in mesenchymal stromal cells
2023-Jan-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.07.523110
PMID:36711480
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研究论文 | 开发了一种名为SEC-seq的新方法，通过捕获单个细胞及其分泌物，同时测量血管内皮生长因子A（VEGF-A）的分泌和转录组，揭示了与高VEGF-A分泌相关的基因表达特征 | 首次开发了SEC-seq方法，能够同时测量单个细胞的分泌物和转录组，揭示了与VEGF-A分泌相关的特定基因表达特征 | 尚未探讨SEC-seq方法在其他细胞类型或疾病中的应用 | 开发一种新方法来关联单个细胞的分泌物与其转录状态，并识别与特定分泌物相关的基因表达特征 | 间充质基质细胞（MSCs）及其VEGF-A分泌 | 基因表达 | NA | SEC-seq | NA | 转录组数据 | 数千个间充质基质细胞 |
| 93 | 2024-09-13 |
Identification and Analysis of Hub Genes and Immune Cells Associated with the Formation of Acute Aortic Dissection
2023, Computational and mathematical methods in medicine
DOI:10.1155/2023/8072369
PMID:36818541
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研究论文 | 本研究旨在识别与急性主动脉夹层形成相关的关键基因和免疫细胞 | 首次通过基因表达数据分析和单细胞RNA测序验证了DNA损伤和修复相关基因在急性主动脉夹层中的作用 | 研究依赖于公共数据库的数据，可能存在数据质量和样本偏差 | 揭示急性主动脉夹层的发病机制 | 急性主动脉夹层相关的关键基因和免疫细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 基因集富集分析（GSEA）、基因集变异分析（GSVA）、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据 | 使用来自Gene Expression Omnibus（GEO）的数据集和单细胞RNA测序数据进行分析 |
| 94 | 2024-09-13 |
Dysregulation of CD177+ neutrophils on intraepithelial lymphocytes exacerbates gut inflammation via decreasing microbiota-derived DMF
2023 Jan-Dec, Gut microbes
IF:12.2Q1
DOI:10.1080/19490976.2023.2172668
PMID:36729914
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研究论文 | 研究探讨了中性粒细胞（尤其是CD177亚群）通过调节肠道内皮内淋巴细胞（IELs）和微生物群衍生的DMF来抑制肠道炎症的机制 | 首次揭示了中性粒细胞通过促进微生物群衍生的DMF来调节TCRγδCD8αα IELs的激活，从而抑制肠道炎症 | 研究主要在动物模型中进行，需要进一步在人体中验证 | 探讨中性粒细胞如何通过调节肠道内皮内淋巴细胞和微生物群衍生的DMF来抑制肠道炎症 | 中性粒细胞、肠道内皮内淋巴细胞（IELs）、微生物群衍生的DMF | 免疫学 | 肠道炎症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型 |
| 95 | 2024-09-13 |
scAEGAN: Unification of single-cell genomics data by adversarial learning of latent space correspondences
2023, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0281315
PMID:36735690
|
研究论文 | 本文提出了一种名为scAEGAN的方法，通过对抗学习统一单细胞基因组数据 | scAEGAN结合了自编码器和循环生成对抗网络，能够处理不同库、样本和数据模态的整合与预测问题 | NA | 开发一种统一的方法来整合和预测不同单细胞基因组数据 | 单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序，单细胞ATAC测序 | 自编码器，生成对抗网络 | 基因组数据 | 使用了模拟数据和真实单细胞RNA测序数据，包括Fluidigm C1、CelSeq、CelSeq2、SmartSeq等多种库准备方法 |
| 96 | 2024-09-13 |
Transcriptome Analysis Reveals a Two-Gene Signature Links to Motor Progression and Alterations of Immune Cells in Parkinson's Disease
2023, Journal of Parkinson's disease
DOI:10.3233/JPD-223454
PMID:36591658
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研究论文 | 本研究通过转录组分析揭示了与帕金森病运动进展和免疫细胞变化相关的双基因标志物 | 本研究首次通过转录组分析识别出与帕金森病运动进展相关的双基因标志物，并探讨了其与免疫细胞变化的关系 | 本研究仅基于两个队列的血液转录组数据，样本量有限，且未涉及其他组织或细胞类型的分析 | 揭示转录组在帕金森病患者运动障碍进展中的潜在作用 | 帕金森病患者的运动进展和免疫细胞变化 | 数字病理学 | 神经退行性疾病 | 转录组分析 | NA | 转录组数据 | 两个队列的帕金森病患者和健康对照组 |
| 97 | 2024-09-13 |
Epididymis cell atlas in a patient with a sex development disorder and a novel NR5A1 gene mutation
2023 Jan-Feb, Asian journal of andrology
IF:3.0Q1
DOI:10.4103/aja202226
PMID:35546286
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研究论文 | 研究描述了一名患有性发育障碍（DSD）的46,XY患者中，由于NR5A1基因的新型杂合突变导致的附睾细胞图谱变化 | 首次报道了NR5A1基因突变导致的附睾细胞图谱变化，并揭示了上皮-间质转化（EMT）过程与附睾上皮细胞丢失和成纤维细胞增多的关联 | 研究仅基于单一病例，样本量较小，可能影响结果的普遍性 | 旨在描述一名46,XY DSD患者中由于NR5A1基因突变导致的附睾细胞图谱变化 | 附睾细胞图谱、NR5A1基因突变、上皮-间质转化（EMT）过程 | 基因组学 | 性发育障碍 | 下一代测序（NGS）、微流控单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞RNA测序数据 | 1名46,XY DSD患者 |
| 98 | 2024-09-11 |
Alternative normalization and analysis pipeline to address systematic bias in NanoString GeoMx Digital Spatial Profiling data
2023-Jan-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2022.105760
PMID:36590163
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研究论文 | 本文评估了NanoString GeoMx数字空间分析平台的数据质量，并提出了替代的归一化和分析流程以解决系统性偏差 | 提出了基于分位数归一化的替代方法，有效解决了NanoString GeoMx DSP数据中的技术问题 | NanoString DSP数据与批量RNA测序相比，动态范围有限，低估了条件间的差异 | 评估NanoString GeoMx数字空间分析平台的数据质量，并提出改进的归一化和分析方法 | 72个感兴趣区域（ROI）来自12个胶质瘤样本，以及8个样本的重复实验和5个外部数据集 | 数字病理 | 脑肿瘤 | NanoString GeoMx数字空间分析 | NA | RNA表达数据 | 72个感兴趣区域（ROI）来自12个胶质瘤样本，8个样本的重复实验，5个外部数据集 |
| 99 | 2024-09-11 |
Deciphering postnatal limb development at single-cell resolution
2023-Jan-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2022.105808
PMID:36619982
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，描绘了小鼠后肢在四个产后阶段的发育图谱 | 首次系统性地描绘了产后肢体发育的单细胞图谱，并发现了关节软骨和附着点中的候选前体亚群 | 研究仅限于小鼠后肢，且样本量相对有限 | 揭示产后肢体发育的细胞异质性和关键调控机制 | 小鼠后肢的单细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 19,952个单细胞 |
| 100 | 2024-09-11 |
Technology meets TILs: Deciphering T cell function in the -omics era
2023-01-09, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2022.09.011
PMID:36206755
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研究论文 | 本文讨论了在-omics时代利用新技术解码T细胞功能的机会与挑战 | 本文结合单细胞RNA测序和高维流式细胞术等多维分析平台，揭示了肿瘤浸润免疫细胞在单个肿瘤、不同肿瘤类型及个体间的显著异质性 | 本文主要关注高维研究中CD8 T细胞在肿瘤微环境中的解释机会与局限性 | 探讨利用-omics技术研究复杂肿瘤微环境的机会与挑战 | T细胞功能及肿瘤微环境中的CD8 T细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序、高维流式细胞术 | NA | 基因组数据 | NA |