单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1189 篇文献，本页显示第 961 - 980 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 961 | 2024-08-05 |
Single-cell spatial explorer: easy exploration of spatial and multimodal transcriptomics
2023-Jan-27, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-023-05150-1
PMID:36707753
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研究论文 | 介绍了一种用于空间转录组学的开源软件Single-Cell Spatial Explorer | 提供了一种用户友好且功能强大的工具，支持空间转录组数据集的多模态探索 | 目前缺少用户友好、强大且免费的算法工具来直观分析空间转录组数据集 | 开发一种便于分析空间转录组学数据的工具 | 使用9个来自4种不同技术的人类和小鼠组织数据集进行示例 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 数据集 | 9个组织数据集 |
| 962 | 2024-08-08 |
Single-cell dissection of cellular and molecular features underlying human cervical squamous cell carcinoma initiation and progression
2023-01-27, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.add8977
PMID:36706185
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了76,911个来自13个不同恶性阶段的人类宫颈组织样本的细胞，揭示了宫颈鳞状细胞癌（CESC）起始和进展的转录组学特征 | 首次在单细胞水平上解析了CESC各阶段的转录程序，并发现了与CESC进展和患者预后相关的特定细胞群 | NA | 深入理解宫颈鳞状细胞癌的起始和进展机制 | 人类宫颈鳞状细胞癌的细胞和分子特征 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 76,911个细胞，来自13个样本 |
| 963 | 2024-08-08 |
MME+ fibro-adipogenic progenitors are the dominant adipogenic population during fatty infiltration in human skeletal muscle
2023-01-27, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-04504-y
PMID:36707617
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研究论文 | 本研究使用单核和单细胞RNA测序技术，研究了脂肪浸润患者骨骼肌中成纤维脂肪原细胞（FAPs）的异质性，并识别出具有高脂肪形成潜力的MME FAP亚群 | 本研究首次识别出MME FAP亚群，并揭示其在脂肪浸润过程中的主导作用及其对WNT活性的低反应性 | NA | 研究骨骼肌中脂肪浸润过程中成纤维脂肪原细胞的异质性和主导亚群 | 人类骨骼肌中的成纤维脂肪原细胞（FAPs）及其亚群MME FAP | NA | NA | 单核和单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | NA |
| 964 | 2024-08-08 |
Topological identification and interpretation for single-cell gene regulation elucidation across multiple platforms using scMGCA
2023-01-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-36134-7
PMID:36697410
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研究论文 | 本文开发了一种名为scMGCA的深度图学习方法，用于单细胞数据分析，通过图嵌入自动编码器同时学习细胞间拓扑表示和聚类分配，以解决高吞吐量基因表达数据中的维度问题和 dropout 事件 | scMGCA方法在细胞分离和批次效应校正方面表现优于其他最先进的模型，并能揭示基因调控机制 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中的维度问题和 dropout 事件，并揭示基因调控机制 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 胰腺导管腺癌 | 单细胞RNA测序 | 图嵌入自动编码器 | 基因表达数据 | 多个平台的数据集 |
| 965 | 2024-08-05 |
Murine breast cancers disorganize the liver transcriptome in a zonated manner
2023-01-24, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-04479-w
PMID:36694005
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研究论文 | 这篇文章探讨了乳腺癌对小鼠肝脏转录组的影响，揭示了肝脏基因的区域性表达变化 | 这项研究首次展示了固体癌症如何以区域性方式影响肝脏的基因表达和功能 | 本研究仅基于小鼠模型，可能无法完全反映人类肝脏的情况 | 研究乳腺癌对肝脏区域性基因表达及功能的影响 | 癌症小鼠模型，特别是乳腺癌的小鼠 | 数字病理 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 癌症小鼠模型的样本数量未明确说明 |
| 966 | 2024-08-08 |
Comparative transcriptomics reveals highly conserved regional programs between porcine and human colonic enteric nervous system
2023-01-24, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-04478-x
PMID:36693960
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研究论文 | 本研究通过比较转录组学方法，揭示了猪和人类结肠肠神经系统的区域性高度保守的转录程序 | 首次通过大量RNA和单细胞RNA测序，识别了猪结肠近端和远端内黏膜下和肌间神经节的不同转录程序，并发现这些程序在猪和人类中高度保守 | NA | 旨在理解猪和人类结肠功能的转录组学特征及其在神经调节中的应用 | 猪和人类的结肠肠神经系统 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | NA | RNA | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 967 | 2024-08-05 |
Ubiquitin protein E3 ligase ASB9 suppresses proliferation and promotes apoptosis in human spermatogonial stem cell line by inducing HIF1AN degradation
2023-Jan-23, Biological research
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s40659-023-00413-w
PMID:36683111
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研究论文 | 这篇文章探讨了ASB9在人的精原干细胞中的作用，特别是在细胞增殖和凋亡中的影响 | 首次揭示了ASB9通过诱导HIF1AN降解来抑制人类精原干细胞增殖并促使其凋亡的机制 | 研究未能包括其他潜在的调节因子，对ASB9功能的细节分析较为局限 | 探索人类精原干细胞的调节机制，特别是ASB9在其中的作用 | 人类精原干细胞系和非梗阻性无精症患者样本 | 数字病理 | 无精症 | 免疫组织化学、蛋白质免疫沉淀、西方印迹 | NA | 单细胞测序数据、蛋白质样本 | NA |
| 968 | 2024-08-08 |
Biallelic TUFT1 variants cause woolly hair, superficial skin fragility and desmosomal defects
2023-01-23, The British journal of dermatology
DOI:10.1093/bjd/ljac026
PMID:36689522
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研究论文 | 本研究通过全基因组测序、全外显子测序等方法，鉴定了导致羊毛状头发和皮肤脆弱的双等位基因TUFT1变异，并探讨了其在皮肤和头发疾病中的作用 | 发现了新的常染色体隐性皮肤/头发疾病，由双等位基因TUFT1失活变异引起，表现为羊毛状头发质地和早期皮肤脆弱 | NA | 鉴定导致羊毛状头发和皮肤脆弱的遗传原因 | 具有羊毛状头发和皮肤脆弱症状的个体 | 数字病理学 | 皮肤疾病 | 全基因组测序, 全外显子测序, 单细胞RNA测序, 免疫荧光显微镜, 透射电子显微镜 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 图像数据 | 9名个体，来自3个家庭 |
| 969 | 2024-08-08 |
Single-cell profiling reveals differences between human classical adenocarcinoma and mucinous adenocarcinoma
2023-01-23, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-04441-w
PMID:36690709
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析，揭示了人类经典腺癌与黏液腺癌之间的差异 | 发现黏液腺癌细胞具有杯状细胞样特性，并高表达杯状细胞标志物 | 研究样本量较小，仅包括7个手术肿瘤样本 | 探究经典腺癌与黏液腺癌之间的差异 | 经典腺癌和黏液腺癌的细胞特性 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 7个手术肿瘤样本，包括4个经典腺癌和3个黏液腺癌患者 |
| 970 | 2024-08-05 |
Comparing the transcriptome of developing native and iPSC-derived mouse retinae by single cell RNA sequencing
2023-01-21, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-28429-y
PMID:36681719
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研究论文 | 本文报告了来自小鼠原生视网膜和诱导多能干细胞来源的视网膜类器官的单细胞RNA测序数据的生成与分析 | 研究展示了诱导多能干细胞来源的视网膜类器官广泛再现原生发育轨迹的创新点，并揭示了它们在发育过程中的一些特征和差异 | 观察到视网膜类器官中空间和时间转录组控制的放松，以及在培养条件下动态调控通路和转录因子的易感性 | 揭示小鼠视网膜发育过程中不同细胞类型的转录组特征 | 从小鼠视网膜和iPSC来源视网膜类器官中提取的细胞 | 数字病理学 | 视网膜病 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞数据 | 超过38,000个细胞 |
| 971 | 2024-08-05 |
Engineering placenta-like organoids containing endogenous vascular cells from human-induced pluripotent stem cells
2023-Jan, Bioengineering & translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1002/btm2.10390
PMID:36684087
|
研究论文 | 本文介绍了一种新策略，通过人诱导多能干细胞在特定三维培养系统中建立类胎盘类器官 | 该研究开发了一种三维培育的类胎盘模型，能够重现人类早期胎盘的细胞组成和功能 | 目前无法确定是否能完全模拟所有胎盘的复杂特性 | 研究人类胎盘的发育过程及相关疾病 | 利用人诱导多能干细胞构建类胎盘器官及其血管结构 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA-seq、流式细胞术、免疫荧光、实时定量反转录聚合酶链反应 | 三维类器官模型 | 组织 | NA |
| 972 | 2024-08-05 |
The Recurrent-Specific Regulation Network of Prognostic Stemness-Related Signatures in Low-Grade Glioma
2023, Disease markers
DOI:10.1155/2023/2243928
PMID:36703644
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研究论文 | 本文量化了低级别胶质瘤中癌细胞的干性特征，并构建了特定于复发的调节网络 | 识别与干性相关的关键基因，并提出了潜在的调节通路，促进了对低级别胶质瘤复发机制的理解 | 本研究依赖于在线数据库和实验验证，可能受限于数据的完整性和实验设计的局限性 | 探讨低级别胶质瘤中干性相关基因的调节网络及其对复发的影响 | 低级别胶质瘤患者的癌细胞干性特征及其相关基因 | 数字病理学 | 低级别胶质瘤 | ATAC-seq, 单细胞测序分析, 免疫组织化学 | NA | mRNA数据 | NA |
| 973 | 2024-08-05 |
The role of ApoE-mediated microglial lipid metabolism in brain aging and disease
2023-Jan, Immunometabolism (Cobham, Surrey)
DOI:10.1097/IN9.0000000000000018
PMID:36710921
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综述 | 本文探讨了由ApoE介导的微胶质细胞脂质代谢在大脑衰老和疾病中的作用 | 提出了微胶质细胞脂质代谢的最新发现及其在大脑疾病中的关键作用 | 未提及具体的实验数据或临床试验结果 | 研究ApoE介导的微胶质细胞脂质代谢对大脑健康的影响 | 微胶质细胞及其脂质代谢与神经炎症的关系 | 数字病理 | 神经退行性疾病 | 单细胞测序 | NA | 文献综述 | NA |
| 974 | 2024-08-08 |
Intra-tumor heterogeneity, turnover rate and karyotype space shape susceptibility to missegregation-induced extinction
2023-01, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1010815
PMID:36689467
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研究论文 | 本文基于先前开发的随机模型，推导出一个通用的确定性框架，用于模拟多种染色体类型的错误分离 | 提出了一个灵活的模型，能够模拟肿瘤内所有染色体的拷贝数变异和错误分离率的异质性 | NA | 研究染色体错误分离对肿瘤细胞群体生存的影响 | 肿瘤细胞的染色体错误分离及其对细胞生存的影响 | NA | NA | scRNA-seq | 确定性框架 | 数据 | NA |
| 975 | 2024-08-08 |
Fibroblast ferroptosis is involved in periodontitis-induced tissue damage and bone loss
2023-Jan, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2022.109607
PMID:36700777
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研究论文 | 本研究探讨了铁死亡在牙周炎发病机制中的作用及其对组织损伤和骨丢失的影响 | 首次揭示了牙周炎中成纤维细胞铁死亡的现象，并发现抑制铁死亡可以减轻牙周炎引起的组织损伤和骨丢失 | NA | 阐明牙周炎发病机制中的分子机制，探索新的治疗策略 | 健康和牙周炎的人类牙龈样本以及结扎诱导的牙周炎小鼠模型 | NA | 牙周病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 人类牙龈样本和小鼠模型 |
| 976 | 2024-08-08 |
A clustering method for small scRNA-seq data based on subspace and weighted distance
2023, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.14706
PMID:36710872
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研究论文 | 本文提出了一种基于子空间和加权距离的小规模单细胞RNA测序数据聚类方法（SSWD） | 提出了一种新的距离度量方法，结合了欧几里得距离和皮尔逊距离，并通过加权策略来准确捕捉细胞或基因之间的内在关系 | NA | 开发一种新的聚类方法，以提高单细胞RNA测序数据的聚类准确性和细胞群的分区能力 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | 聚类方法 | 基因表达数据 | 八组公开的单细胞RNA测序数据 |
| 977 | 2024-08-05 |
Spatial and single-cell transcriptomics decipher the cellular environment containing HLA-G+ cancer cells and SPP1+ macrophages in colorectal cancer
2023-01-31, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2022.111929
PMID:36656712
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研究论文 | 本研究探讨了结直肠癌（CRC）肿瘤微环境中HLA-G+癌细胞和SPP1+巨噬细胞的细胞相互作用 | 结合空间转录组学和单细胞转录组学分析揭示了在侵袭前沿发生的重要细胞间相互作用 | 对CRC治疗策略中侵袭前沿事件的重要性尚需进一步验证 | 研究CRC肿瘤微环境中细胞相互作用及其对治疗策略的影响 | 对CRC组织进行空间转录组学和单细胞转录组学分析 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 空间转录组学 | NA | 组织样本 | NA |
| 978 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA-seq reveals vascular endothelial cell heterogeneity and potential vascular dysfunction in hypertrophic scars
2023-01-25, Acta biochimica et biophysica Sinica
IF:3.3Q1
DOI:10.3724/abbs.2023001
PMID:36655484
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 979 | 2024-08-08 |
3D osteogenic differentiation of human iPSCs reveals the role of TGFβ signal in the transition from progenitors to osteoblasts and osteoblasts to osteocytes
2023-01-19, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-27556-w
PMID:36658197
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研究论文 | 本研究使用三维培养系统诱导人诱导多能干细胞进行成骨分化，揭示了TGFβ信号在从祖细胞到成骨细胞以及成骨细胞到成骨细胞的转变中的作用 | 首次使用三维培养系统和快速诱导方法研究人诱导多能干细胞的成骨分化过程，并通过单细胞RNA测序分析揭示了TGFβ信号在成骨细胞到成骨细胞转变中的作用 | NA | 研究成骨分化过程中从干细胞到成骨细胞的精确生物学事件，特别是TGFβ信号的作用 | 人诱导多能干细胞的成骨分化过程及TGFβ信号的作用 | 干细胞生物学 | NA | 三维培养系统，单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | NA |
| 980 | 2024-08-05 |
Probabilistic embedding, clustering, and alignment for integrating spatial transcriptomics data with PRECAST
2023-01-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-35947-w
PMID:36653349
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研究论文 | 本文介绍了一种整合空间转录组数据的PRECAST方法 | PRECAST方法能有效整合多个具有复杂批次效应和生物效应的空间转录组数据，且仅需部分共享的细胞/领域聚类 | 样本中未提及对特定疾病的应用或评价 | 研究多种空间转录组数据的整合方法 | 多个空间转录组数据集，包括模拟数据和真实数据 | 数字病理学 | NA | 空间转录组技术 | 空间因子分析 | 数据集 | 四个真实数据集及模拟数据 |