单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1189 篇文献，本页显示第 921 - 940 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 921 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing identifies Fgf23-expressing osteocytes in response to 1,25-dihydroxyvitamin D3 treatment
2023, Frontiers in physiology
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fphys.2023.1102751
PMID:36776964
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）分析了在小鼠股骨中响应1,25-二羟基维生素D3治疗的表达Fgf23的成骨细胞 | 首次使用scRNA-seq技术鉴定了响应1,25-二羟基维生素D3治疗的表达Fgf23的成骨细胞亚群 | 由于成骨细胞分离的技术困难，使用scRNA-seq分析表达Fgf23的成骨细胞的研究较少 | 鉴定响应1,25-二羟基维生素D3治疗的表达Fgf23的成骨细胞亚群 | 小鼠股骨中的成骨细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 小鼠股骨中的成骨细胞 |
| 922 | 2024-08-08 |
Identification of metabolic signatures related to metastasis and immunotherapy resistance in oral squamous cell carcinoma
2023, American journal of translational research
IF:1.7Q4
PMID:36777871
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研究论文 | 本研究旨在识别与口腔鳞状细胞癌（OSCC）转移和免疫治疗抵抗相关的代谢基因，并构建一个与OSCC预后相关的代谢基因预测模型 | 本研究通过加权基因共表达网络分析（WGCNA）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，识别了与OSCC转移和免疫治疗抵抗相关的代谢基因，并构建了预测模型 | NA | 识别与口腔鳞状细胞癌转移和免疫治疗抵抗相关的代谢基因，并构建预测模型 | 口腔鳞状细胞癌（OSCC）的代谢基因及其与转移和免疫治疗抵抗的关系 | 数字病理学 | 口腔鳞状细胞癌 | RNA-seq, scRNA-seq | WGCNA, LASSO | 基因表达数据 | 使用了来自TCGA和GEO数据库的RNA-seq和scRNA-seq数据 |
| 923 | 2024-08-08 |
A Novel Prognostic Pyroptosis-Related Gene Signature Correlates to Oxidative Stress and Immune-Related Features in Gliomas
2023, Oxidative medicine and cellular longevity
DOI:10.1155/2023/4256116
PMID:36778205
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研究论文 | 本文构建并验证了一个与氧化应激和免疫特征相关的胶质瘤预后模型，该模型基于细胞焦亡相关基因 | 首次构建并验证了一个基于细胞焦亡相关基因的胶质瘤预后模型，并发现该模型与氧化应激和免疫相关通路有关 | NA | 构建并验证一个有效的胶质瘤预后模型，并探索其与氧化应激和免疫特征的关系 | 胶质瘤患者及其预后 | 数字病理学 | 脑癌 | LASSO-Cox回归分析 | NA | 基因表达数据 | 使用了TCGA和CGGA两个队列的数据 |
| 924 | 2024-08-08 |
Physiological hypoxia improves growth and functional differentiation of human intestinal epithelial organoids
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1095812
PMID:36793710
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研究论文 | 本文研究了生理性低氧环境对人类肠道上皮类器官生长和功能分化的影响 | 首次探讨了模拟体内生理性低氧环境对肠道上皮类器官作为临床前模型的转化价值的影响 | NA | 评估在生理性低氧环境下人类肠道类器官的建立和培养情况，并比较其在不同氧气浓度下的生长、分化和免疫反应 | 人类肠道上皮类器官 | NA | 炎症性肠病，结直肠癌 | 免疫荧光染色，单细胞RNA测序（scRNA-seq），ELISA | NA | 图像，基因表达数据 | NA |
| 925 | 2024-08-08 |
Endothelial Indoleamine-2,3-Dioxygenase-1 is not Critically Involved in Regulating Antitumor Immunity in the Central Nervous System
2023, International journal of tryptophan research : IJTR
IF:2.7Q3
DOI:10.1177/11786469231153111
PMID:36798537
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研究论文 | 研究探讨了内皮细胞中的吲哚胺-2,3-双加氧酶-1（eIDO1）在调节中枢神经系统抗肿瘤免疫中的作用 | 通过单细胞RNA测序数据揭示了IDO1在人脑胶质瘤组织中主要由激活的内皮细胞表达，并显示出与JAK/STAT信号通路相关的CXCL11基因表达特征 | 实验仅在同基因实验性胶质瘤模型中进行，可能限制了结果的普遍性 | 研究eIDO1在脑肿瘤免疫中的作用 | 内皮细胞中的IDO1表达及其对肿瘤浸润T细胞频率和肿瘤生长的影响 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 人脑胶质瘤组织样本 |
| 926 | 2024-08-08 |
demuxmix: Demultiplexing oligonucleotide-barcoded single-cell RNA sequencing data with regression mixture models
2023-Jan-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.27.525961
PMID:36747615
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研究论文 | 本文介绍了一种基于负二项回归混合模型的单细胞RNA测序数据解复用方法demuxmix | demuxmix方法通过概率分类框架提供液滴分配的错误概率，并利用RNA文库中检测到的基因与HTO计数之间的正相关性来解释HTO数据中的部分变异，从而提高液滴分配的准确性 | NA | 开发一种新的单细胞RNA测序数据解复用方法，以提高解复用的准确性 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 负二项回归混合模型 | RNA序列数据 | NA |
| 927 | 2024-08-08 |
The Hidradenitis Suppurativa 'Omics Database (HS-OmicsDB)
2023-Jan-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.26.524600
PMID:36747861
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研究论文 | 本文介绍了Hidradenitis Suppurativa（HS）的'Omics数据库（HS-OmicsDB），旨在聚合公开可用的'Omics数据以增强HS研究 | 首次为Hidradenitis Suppurativa（HS）建立了一个纵向的'Omics数据库，包括未治疗HS患者的批量和单细胞RNA测序数据 | NA | 增强Hidradenitis Suppurativa（HS）的研究 | Hidradenitis Suppurativa（HS）患者的'Omics数据 | 数字病理学 | 皮肤疾病 | RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 包括未治疗HS患者的批量和单细胞RNA测序数据 |
| 928 | 2024-08-08 |
Investigating the Complexity of Gene Co-expression Estimation for Single-cell Data
2023-Jan-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.24.525447
PMID:36747724
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研究论文 | 本研究测试了现有的基因共表达估计方法在具有已知真实共表达网络的模拟数据集上的表现 | 通过使用从实验数据中学习的参数生成新的模拟数据集，这些模拟更好地捕捉了真实世界单细胞数据集的潜在属性 | 所有方法在模拟和实验数据集上的估计结果显示出高假发现率，可能是由于数据中的高稀疏性水平 | 深入测试现有基因共表达估计方法在单细胞数据上的表现 | 基因共表达估计方法在单细胞RNA测序数据上的性能 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 基因共表达网络 | 数十个模拟数据集和八个实验数据集 |
| 929 | 2024-08-05 |
Systemically Identifying Triple-Negative Breast Cancer Subtype-Specific Prognosis Signatures, Based on Single-Cell RNA-Seq Data
2023-01-19, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells12030367
PMID:36766710
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研究论文 | 本研究提出了一种单细胞RNA测序基础的生物信息学方法来识别三阴性乳腺癌亚型特异性预后标志物。 | 通过单细胞RNA-seq数据识别三阴性乳腺癌亚型相关的生物标志物，以克服传统RNA-seq的局限性。 | 研究主要依赖于生物信息学分析，可能缺乏临床验证。 | 识别三阴性乳腺癌亚型特异性预后标志物，以改善治疗效果。 | 关注三阴性乳腺癌的不同分子亚型及其相关预后标志物。 | 数字病理学 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 在四个独立验证数据集中进行确认，具体样本数量未提及 |
| 930 | 2024-08-05 |
Actin-like Protein 6A Expression Correlates with Cancer Stem Cell-like Features and Poor Prognosis in Ovarian Cancer
2023-Jan-19, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms24032016
PMID:36768349
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研究论文 | 本研究探讨了Actin-like Protein 6A在卵巢癌中的表达与癌症干细胞特征的关系及其对预后的影响 | 发现ACTL6A的高表达与卵巢癌患者的不良预后相关，并且可以作为预测耐药、转移和预后的生物标志物 | 未提及具体的临床试验数据以支持结果 | 探索与卵巢癌发展相关的遗传标记的机制和临床价值 | 分析来自多个数据库的与卵巢癌相关的差异表达基因 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞测序、RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 使用GSE185833和GSE176246数据集 |
| 931 | 2024-08-05 |
Single-Cell Transcriptomics Analysis Reveals a Cell Atlas and Cell Communication in Yak Ovary
2023-Jan-17, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms24031839
PMID:36768166
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研究论文 | 本文揭示了牦牛卵巢的细胞图谱和细胞间通信 | 首次利用单细胞RNA测序构建了牦牛卵巢的细胞图谱，识别出不同细胞类型及其特定分子标记 | 研究中未提及样本规模及其对结果的可能影响 | 阐明牦牛在高海拔环境中的生殖适应机制 | 牦牛卵巢中的不同细胞类型 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |
| 932 | 2024-08-08 |
Spatial Transcriptome Profiling of Mouse Hippocampal Single Cell Microzone in Parkinson's Disease
2023-Jan-17, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms24031810
PMID:36768134
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研究论文 | 本研究分析了帕金森病中不同空间位置的小鼠海马体单细胞的基因表达特征，并探讨了基因表达调控对学习和记忆机制的影响 | 首次揭示了帕金森病中海马体空间定位细胞的转录组图谱和异质性，并证明了PD受损的学习和记忆能力受到CA1和CA3亚区神经元基因协同效应的影响 | NA | 分析小鼠海马体不同空间位置的单细胞基因表达特征，并探讨基因表达调控对学习和记忆机制的影响 | 小鼠海马体不同空间位置的单细胞 | 数字病理学 | 帕金森病 | 单细胞RNA测序和空间转录组测序 | NA | 基因表达数据 | 74个单细胞样本 |
| 933 | 2024-08-05 |
Spatially resolved transcriptomics: advances and applications
2023-Jan, Blood science (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/BS9.0000000000000141
PMID:36742187
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review | 这篇文章总结并比较了空间转录组学的主要方法 | 文章强调了空间转录组学的技术进步及其在生物研究和临床中的潜在应用 | NA | 本研究旨在提高对生物过程和疾病的理解 | 主要涉及神经科学、癌症生物学、发育生物学和血液学的应用 | 数字病理学 | 癌症 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 934 | 2024-08-05 |
Integrative analysis of single-cell transcriptomics reveals age-associated immune landscape of glioblastoma
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1028775
PMID:36761752
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研究论文 | 本研究揭示了与年龄相关的胶质母细胞瘤的免疫景观。 | 开发了一种基于机器学习的方法，整合公共单细胞RNA测序数据集，建立了胶质母细胞瘤中免疫细胞的综合图谱。 | 年龄相关的免疫异质性和预后在胶质母细胞瘤中仍然没有得到充分研究。 | 探讨胶质母细胞瘤与年龄相关的免疫微环境之间的关系。 | 包括不同年龄段的胶质母细胞瘤患者的免疫细胞及其对预后的影响。 | 数字病理 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | 机器学习模型 | 基因表达数据 | 涉及多个公共大规模单细胞RNA测序数据集 |
| 935 | 2024-08-05 |
Comprehensive Bioinformatics Analysis Reveals PTPN1 (PTP1B) Is a Promising Immunotherapy Target Associated with T Cell Function for Liver Cancer
2023, Journal of healthcare engineering
DOI:10.1155/2023/1533794
PMID:36741874
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研究论文 | 本研究探讨了PTPN1（PTP1B）在肝癌中的免疫学相关性和功能 | 识别PTPN1作为一种新的免疫检查点，并揭示其在肝癌中的免疫调节作用 | 对PTPN1在肝癌中作为免疫调节因子的影响的研究有限 | 研究PTPN1在肝癌中的免疫相关功能与临床预后 | 使用TCGA和ICGC数据库的肝癌患者表达谱和临床信息 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA-seq | Cox回归分析 | 基于基因表达的数据 | 使用TCGA和ICGC数据库以及GEO数据库中的多个样本数据 |
| 936 | 2024-08-05 |
Single-cell analysis reveals melanocytes may promote inflammation in chronic wounds through cathepsin G
2023, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2023.1072995
PMID:36755572
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研究论文 | 本研究揭示了黑色素细胞可能通过猫啉G促进慢性创伤中的炎症 | 首次发现黑色素细胞能够合成并分泌猫啉G，并且这一过程可能促进慢性创伤中的炎症 | 尚未明确黑色素细胞与慢性创伤中其他细胞相互作用的具体机制 | 提供慢性创伤愈合过程中的新见解 | 研究慢性创伤愈合中的表皮细胞间相互作用变化 | 数字病理学 | 慢性创伤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA序列数据 | NA |
| 937 | 2024-08-08 |
Combination of single-cell and bulk RNA seq reveals the immune infiltration landscape and targeted therapeutic drugs in spinal cord injury
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1068359
PMID:36742334
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研究论文 | 本研究结合单细胞和批量RNA测序技术，揭示了脊髓损伤后免疫浸润景观及靶向治疗药物 | 首次通过结合单细胞和批量RNA测序技术，识别了脊髓损伤亚急性期的免疫枢纽基因和靶向治疗药物 | NA | 旨在识别脊髓损伤亚急性期的免疫枢纽基因和靶向治疗药物，以促进神经再生 | 脊髓损伤后的免疫微环境，特别是巨噬细胞/小胶质细胞的作用 | 数字病理学 | 脊髓损伤 | RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 使用了来自Gene Expression Omnibus数据库的批量RNA测序数据集（GSE5296和GSE47681）和单细胞RNA测序数据集（GSE189070），以及T9脊髓损伤小鼠模型进行体内实验 |
| 938 | 2024-08-08 |
Oxidative Stress Response Biomarkers of Ovarian Cancer Based on Single-Cell and Bulk RNA Sequencing
2023, Oxidative medicine and cellular longevity
DOI:10.1155/2023/1261039
PMID:36743693
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研究论文 | 本研究基于单细胞和批量RNA测序数据，探索卵巢癌中氧化应激反应相关的生物标志物 | 首次利用单细胞RNA测序技术结合批量RNA测序数据，构建了一个与氧化应激反应相关的风险评分模型，用于预测卵巢癌患者的预后和免疫治疗反应 | 研究仅使用了公开数据库中的数据，未涉及临床样本的验证 | 探索卵巢癌中氧化应激反应相关的生物标志物，以预测患者的预后和免疫治疗反应 | 卵巢癌患者的氧化应激反应相关生物标志物 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序 | LASSO回归分析 | RNA测序数据 | 单细胞RNA测序数据来自GSE146026，批量RNA测序数据来自TCGA和GTEx数据库 |
| 939 | 2024-08-08 |
Single-cell analysis reveals the COL11A1+ fibroblasts are cancer-specific fibroblasts that promote tumor progression
2023, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2023.1121586
PMID:36744260
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，发现并命名了一种肿瘤特异性成纤维细胞（CSFs），这些细胞在肿瘤组织中特异性存在，并可能通过调节细胞外基质重塑和抗肿瘤免疫反应促进肿瘤进展。 | 首次发现并命名了COL11A1+成纤维细胞为肿瘤特异性成纤维细胞（CSFs），并揭示了其功能和特异性膜标记物。 | 研究主要基于单细胞RNA测序数据和免疫组化染色，未来需更多临床试验验证CSFs作为治疗靶点的有效性。 | 旨在识别促进肿瘤进展的成纤维细胞群，阐明其功能并确定其特异性膜标记物，以实现精准靶向治疗。 | 肿瘤特异性成纤维细胞（CSFs）及其在肿瘤进展中的作用。 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 多个肿瘤和邻近正常组织的单细胞RNA测序数据集 |
| 940 | 2024-08-08 |
Comprehensive Analysis Reveals Distinct Immunological and Prognostic Characteristics of CD276/B7-H3 in Pan-Cancer
2023, International journal of general medicine
IF:2.1Q2
DOI:10.2147/IJGM.S395553
PMID:36756390
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研究论文 | 本文通过公共数据库和临床组织标本探讨并验证了CD276在多种肿瘤中的mRNA和蛋白表达水平，评估了其在肿瘤免疫学和预后中的作用。 | 首次进行了关于CD276在肿瘤免疫学和预后方面的系统性全面泛癌分析。 | NA | 探讨CD276在肿瘤免疫学和预后中的作用及其生物学功能和相关通路。 | CD276在多种肿瘤中的表达及其与临床特征、免疫特征的关系。 | 数字病理学 | NA | 单变量Cox回归分析、Kaplan-Meier分析、GSEA、CCK-8实验 | NA | mRNA、蛋白、scRNA-seq数据 | 多个肿瘤队列来自TCGA数据库及临床组织标本 |