单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
881	2024-08-05	Integrating single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq to construct prognostic signatures to explore the role of glutamine metabolism in breast cancer 2023, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2023.1135297 PMID:36843602	研究论文	本文通过结合单细胞RNA-seq和大规模RNA-seq来构建预后特征，以探讨谷氨酸代谢在乳腺癌中的作用	提出了一种全新的预后风险特征，基于与谷氨酸代谢相关的基因，能够提高乳腺癌患者的预后预测	本研究可能受到公共数据集的限制，可能缺乏特定人群的验证	探讨谷氨酸代谢在乳腺癌患者预后中的作用	乳腺癌患者，涉及谷氨酸代谢相关基因的研究	数字病理学	乳腺癌	RNA-seq，单细胞RNA-seq	WGCNA，Cox模型	转录组数据	NA
882	2024-08-05	TNFR2 expression predicts the responses to immune checkpoint inhibitor treatments 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1097090 PMID:36865537	研究论文	研究表明TNFR2的表达可以预测癌症患者对免疫检查点抑制剂治疗的反应	提出TNFR2作为预测免疫检查点抑制剂疗效的新生物标志物	研究的结果需要进一步验证以加强其可靠性	识别新的生物标志物以提高免疫检查点抑制剂疗法的疗效	重点研究TNFR2在肿瘤微环境中对免疫检查点抑制剂疗效的影响	数字病理学	肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	分析的样本来自全癌症数据库的单细胞RNA-seq数据
883	2024-08-05	iSC.MEB: an R package for multi-sample spatial clustering analysis of spatial transcriptomics data 2023, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbad019 PMID:36845201	研究论文	本文介绍了iSC.MEB，一个用于空间转录组数据的多样本空间聚类分析的R软件包	iSC.MEB结合了经验贝叶斯方法和隐藏马尔可夫随机场，允许用户同时估计批次效应并进行空间聚类	NA	提高空间转录组数据的分析能力	空间转录组数据集	数字病理学	NA	空间转录组技术	隐藏马尔可夫随机场	转录组数据	两个空间转录组数据集
884	2024-08-05	Single-Cell Sequencing Reveals Necroptosis-Related Prognostic Genes of Glioblastoma 2023, Oxidative medicine and cellular longevity DOI:10.1155/2023/2926655 PMID:36860730	研究论文	这篇文章探讨了与凋亡相关的预后基因在神经胶质瘤中的作用	该研究识别了神经胶质瘤中的凋亡相关基因并构建了一个风险模型，提出了新的预后标志	样本仅来自手术样本，可能未能代表所有GBM患者	研究胃肠道肿瘤的凋亡作用及其对预后的影响	研究对象为神经胶质瘤（GBM）患者的组织样本	数字病理学	神经胶质瘤	单细胞RNA测序	Cox回归模型	基因表达数据	手术样本分析获得的样本数量未明确提及
885	2024-08-08	High GNG4 predicts adverse prognosis for osteosarcoma: Bioinformatics prediction and experimental verification 2023, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2023.991483 PMID:36845726	研究论文	本研究旨在阐明GNG4在骨肉瘤中的生物学作用及其预后价值	首次通过生物信息学分析和实验验证，确定GNG4在骨肉瘤中的高表达作为致癌基因和可靠的预后标志物	NA	阐明GNG4在骨肉瘤中的生物学作用及其预后价值	GNG4在骨肉瘤中的表达及其对预后的影响	NA	骨肉瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	58例骨肉瘤样本
886	2024-08-08	Single-cell transcriptome analysis reveals the metabolic changes and the prognostic value of malignant hepatocyte subpopulations and predict new therapeutic agents for hepatocellular carcinoma 2023, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2023.1104262 PMID:36860314	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了恶性肝细胞亚群的代谢变化及其预后价值，并预测了肝细胞癌的新治疗药物	利用单细胞RNA测序技术分析了肝细胞癌中的细胞亚群，并通过基因集富集分析探索了不同细胞亚群间的通路异质性	NA	探讨肝细胞癌中的代谢变化及其预后价值，并寻找新的治疗策略	肝细胞癌的细胞亚群及其代谢变化	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	PCA, UMAP	转录组数据	使用了TCGA和GEO数据库中的数据，具体样本数量未详细说明
887	2024-08-08	MiRNA and Potential Prognostic Value in Non-Smoking Females with Lung Adenocarcinoma by High-Throughput Sequencing 2023, International journal of general medicine IF:2.1Q2 DOI:10.2147/IJGM.S401544 PMID:36860345	研究论文	本研究旨在探索非吸烟女性肺腺癌中的预后相关差异表达miRNA，并建立预后模型	构建了一个基于三种差异表达miRNA的新型预后模型，用于预测非吸烟女性肺腺癌的生存情况	样本量较小，仅包含8个样本	探索非吸烟女性肺腺癌中的预后相关差异表达miRNA并建立预后模型	非吸烟女性肺腺癌患者	数字病理学	肺腺癌	miRNA测序	Cox回归分析	miRNA数据	8个非吸烟女性肺腺癌手术样本
888	2024-08-08	Epstein-Barr virus DNA seropositivity links distinct tumoral heterogeneity and immune landscape in nasopharyngeal carcinoma 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1124066 PMID:36860875	研究论文	研究探讨了Epstein-Barr病毒DNA血清阳性（Sero+）和血清阴性（Sero-）的鼻咽癌（NPC）在肿瘤异质性和免疫景观上的差异	通过单细胞RNA测序分析，揭示了Sero+和Sero- NPC在细胞组成和功能上的多细胞生态系统差异	研究样本量较小，可能影响结果的普遍性	阐明Epstein-Barr病毒DNA血清状态与鼻咽癌肿瘤微环境特征的关系，为合理免疫治疗策略的发展提供见解	Epstein-Barr病毒DNA血清阳性和阴性的鼻咽癌患者	数字病理学	鼻咽癌	单细胞RNA测序	NA	细胞	28,423个细胞来自十个NPC样本和一个非肿瘤鼻咽组织
889	2024-08-08	Identifying key multifunctional components shared by critical cancer and normal liver pathways via SparseGMM 2023-01-23, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2022.100392 PMID:36814838	研究论文	本文介绍了一种名为SparseGMM的统计方法，用于从多组学数据中发现基因调控网络	SparseGMM通过结合共表达模式和贝叶斯框架，定量测量调控因子的置信度和目标基因分配的不确定性	NA	提高对具有遗传基础的疾病的理解	肝癌和正常肝组织	生物信息学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	高斯混合模型（Gaussian mixtures）	多组学数据	未明确提及具体样本数量
890	2024-08-08	Graph embedding and Gaussian mixture variational autoencoder network for end-to-end analysis of single-cell RNA sequencing data 2023-01-23, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2022.100382 PMID:36814845	研究论文	本文介绍了一种名为autoCell的深度学习方法，用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的丢失填补和特征提取	autoCell结合了图嵌入和概率深度高斯混合模型，用于推断高维稀疏scRNA-seq数据的分布	NA	开发一种端到端的分析工具，用于处理和分析scRNA-seq数据	scRNA-seq数据，特别是人类胚胎植入前发育轨迹和与疾病相关的星形胶质细胞（DAAs）	机器学习	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	变分自编码网络	基因表达数据	模拟数据集和生物学相关的scRNA-seq数据
891	2024-08-08	scDR: Predicting Drug Response at Single-Cell Resolution 2023-01-19, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes14020268 PMID:36833194	研究论文	本文提出了一种名为scDR的精确单细胞药物反应预测方法，该方法通过整合药物反应基因（DRGs）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中的基因表达来计算每个细胞的药物反应分数	scDR方法在预测药物反应方面具有更高的准确性，并能用于识别内在耐药细胞亚群及探索其潜在机制	NA	阐明单细胞分辨率下的药物反应	单细胞RNA测序数据中的药物反应基因和基因表达	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	53,502个细胞来自198个癌细胞系
892	2024-08-05	Identification and validation of neurotrophic factor-related gene signatures in glioblastoma and Parkinson's disease 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1090040 PMID:36825022	研究论文	本文识别并验证了与神经营养因子相关的基因特征在胶质母细胞瘤和帕金森病中的作用	本研究通过机器学习技术确定了与帕金森病诊断相关的4个可靠的NFRG，并构建了基于NFRG的风险评分模型来预测胶质母细胞瘤患者的预后	本研究可能受到样本大小和外部验证队列有限的影响	探讨与神经营养因子相关基因在帕金森病和胶质母细胞瘤中的病理作用和预后意义	研究聚焦于2601个神经营养因子相关基因及其在胶质母细胞瘤和帕金森病中的作用	数字病理学	胶质母细胞瘤, 帕金森病	LASSO回归, 随机森林算法, Gene Set Enrichment Analysis (GSEA)	NA	基因表达数据, 多组学突变分析, 单细胞测序	基于TCGA数据库的胶质母细胞瘤队列
893	2024-08-05	Deciphering the sequential changes of monocytes/macrophages in the progression of IDD with longitudinal approach using single-cell transcriptome 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1090637 PMID:36817437	研究论文	该研究通过单细胞转录组分析阐明了单核细胞/巨噬细胞在间盘退变（IDD）进程中的变化	首次采用纵向研究方法系统描述了IDD进展中的免疫反应及单核细胞/巨噬细胞的不同亚群的变化	缺乏对其它免疫细胞类型变化的深入分析	研究IDD进展过程中单核细胞/巨噬细胞的时序变化及其与氧化应激的关系	针对退变的椎间盘组织中的不同细胞群体	数字病理学	间盘退变	单细胞测序，RNA测序，WGCNA，免疫浸润分析	NA	转录组数据	NA
894	2024-08-05	Characterization of the microenvironment in different immune-metabolism subtypes of cervical cancer with prognostic significance 2023, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2023.1067666 PMID:36816023	研究论文	本文探讨了宫颈癌不同免疫代谢亚型的微环境特征及其预后意义	识别出具有预后意义的宫颈癌分子亚型，并揭示了一个新的治疗靶点IMPDH1	本研究的局限性未详细说明	研究宫颈癌中免疫细胞浸润与代谢重编程的相互作用	研究对象为宫颈癌的免疫相关基因和代谢相关基因	数字病理学	宫颈癌	基因组测序，单细胞测序	无监督共识聚类	基因表达数据	使用了癌症基因组图谱（TCGA）和基因表达综合（GEO）数据库中的数据
895	2024-08-05	Development and validation of cuproptosis-related genes in synovitis during osteoarthritis progress 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1090596 PMID:36817415	研究论文	本文分析了在骨关节炎进程中与滑膜炎相关的铜死亡基因	首次探讨了铜死亡相关基因与滑膜炎及免疫细胞浸润之间的关系	缺乏直接临床验证和长期随访数据	研究铜死亡在滑膜炎中的作用及相关基因	研究五个铜死亡相关基因及其在滑膜中的表达	数字病理学	骨关节炎	单细胞RNA测序	NA	微阵列数据	分析多个公开数据集，具体样本大小未说明
896	2024-08-05	A systematic and comprehensive analysis of T cell exhaustion related to therapy in lung adenocarcinoma tumor microenvironment 2023, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2023.1126916 PMID:36814485	研究论文	该文章对肺腺癌肿瘤微环境中的T细胞耗竭进行了系统和综合的分析	构建了一个基于TEX信号通路的风险模型以区分预后良好的患者和预后不良的患者	对T细胞耗竭的预后作用在恶性肺腺癌中的复杂性仍未完全理解	深入了解T细胞耗竭在肺腺癌免疫逃逸中的作用，以改善癌症免疫治疗	参与研究的498名肺腺癌患者	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	随机森林模型	基因表达数据	498名肺腺癌患者
897	2024-08-05	Moxibustion improves hypothalamus Aqp4 polarization in APP/PS1 mice: Evidence from spatial transcriptomics 2023, Frontiers in aging neuroscience IF:4.1Q2 DOI:10.3389/fnagi.2023.1069155 PMID:36819717	研究论文	本研究探讨了艾灸对APP/PS1小鼠下丘脑AQP4极化的影响	该研究首次通过空间转录组学技术揭示了艾灸改善下丘脑AQP4极化的机制	研究仅在APP/PS1小鼠模型中进行，缺乏对其他模型的验证	探讨艾灸是否能影响血脑屏障周围AQP4的极化	野生型小鼠、APP/PS1小鼠及接受艾灸干预的APP/PS1小鼠	数字病理学	阿尔茨海默病	空间转录组学	APP/PS1小鼠	基因表达数据	至少3种小鼠组别的样本
898	2024-08-08	Combined scRNAseq and Bulk RNAseq Analysis to Reveal the Dual Roles of Oxidative Stress-Related Genes in Acute Myeloid Leukemia 2023, Oxidative medicine and cellular longevity DOI:10.1155/2023/5343746 PMID:36811020	研究论文	本文通过结合单细胞RNA测序（scRNAseq）和批量RNA测序（RNAseq）数据，揭示了氧化应激相关基因在急性髓系白血病（AML）中的双重作用	首次区分了具有不同功能的氧化应激相关基因，并构建了预测治疗反应的模型	NA	揭示氧化应激相关基因在急性髓系白血病发病和化疗耐药中的不同作用	急性髓系白血病细胞和正常细胞中的氧化应激功能	数字病理学	血液系统恶性肿瘤	单细胞RNA测序（scRNAseq），批量RNA测序（RNAseq）	机器学习方法	RNA序列数据	NA
899	2024-08-08	Single-cell RNA sequencing reveals the immune microenvironment and signaling networks in cystitis glandularis 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1083598 PMID:36814917	研究论文	本研究首次通过单细胞RNA测序技术，揭示了囊性膀胱炎的免疫微环境和信号网络	首次在囊性膀胱炎患者中进行单细胞RNA测序，揭示了新的细胞亚群和免疫细胞的激活差异	NA	全面描述囊性膀胱炎中的炎症免疫环境，为临床治疗提供基础	囊性膀胱炎患者的炎症组织和周围正常膀胱黏膜组织	数字病理学	囊性膀胱炎	单细胞RNA测序	NA	细胞	包括四个炎症组织和三个周围正常膀胱黏膜组织，共分离出18,869个细胞
900	2024-08-08	Targeting macrophagic 17β-HSD7 by fenretinide for the treatment of nonalcoholic fatty liver disease 2023-Jan, Acta pharmaceutica Sinica. B DOI:10.1016/j.apsb.2022.04.003 PMID:36815031	研究论文	研究探讨了非酒精性脂肪肝病（NAFLD）中巨噬细胞极化的分子调控机制，并评估了fenretinide作为17-HSD7抑制剂在NAFLD治疗中的潜在应用	首次揭示了17-HSD7在NAFLD中调控巨噬细胞M1极化的作用，并发现fenretinide作为潜在的NAFLD治疗药物	NA	研究17-HSD7在NAFLD中的作用及fenretinide的治疗潜力	非酒精性脂肪肝病（NAFLD）中的巨噬细胞极化及17-HSD7的作用	NA	非酒精性脂肪肝病	单细胞RNA测序	NA	RNA	野生型同窝仔鼠和巨噬细胞-17-HSD7敲除鼠，高脂饮食喂养6周