单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1189 篇文献，本页显示第 821 - 840 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 821 | 2024-08-05 |
RobustTree: An adaptive, robust PCA algorithm for embedded tree structure recovery from single-cell sequencing data
2023, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2023.1110899
PMID:36968591
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研究论文 | 该文章提出了一种名为RobustTree的算法，用于从单细胞测序数据恢复嵌入树结构 | RobustTree通过扩展鲁棒主成分分析（RPCA）处理树结构优化，并提出了一种自适应参数选择方案来解决树优化问题 | NA | 研究如何从嘈杂和异质的单细胞测序数据中恢复内在的拓扑结构 | 生物过程中的树结构，如细胞发育轨迹和肿瘤进化历史 | 数字病理学 | NA | 鲁棒主成分分析（RPCA） | NA | 高维数据 | 应用于多个合成和真实数据集 |
| 822 | 2024-08-05 |
TOX regulates T lymphocytes differentiation and its function in tumor
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.990419
PMID:36969216
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研究论文 | 本研究探讨了TOX在肿瘤中调节T淋巴细胞分化及其功能 | 揭示了TOX在不同T淋巴细胞发展阶段的异质性，并探讨了其对T淋巴细胞活化和衰竭的调节作用 | NA | 深入理解T淋巴细胞的发育阶段和功能特征 | T淋巴细胞及其发育阶段的异质性 | 数字病理学 | 肿瘤疾病 | 单细胞测序技术 | NA | NA | NA |
| 823 | 2024-08-05 |
Cervical cancer immune infiltration microenvironment identification, construction of immune scores, assisting patient prognosis and immunotherapy
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1135657
PMID:36969161
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研究论文 | 本研究系统评估了 cervical cancer 的免疫微环境，并建立了免疫细胞浸润评分系统和关键基因的识别 | 建立了免疫细胞浸润评分系统，筛选出三个关键基因与 cervical cancer 的免疫微环境相关联 | 研究对 cervical cancer 免疫浸润环境的系统性研究仍有不足 | 评估宫颈癌的肿瘤免疫微环境，并构建免疫细胞浸润评分系统 | 宫颈癌的免疫细胞群体和关键免疫相关基因 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 转录组测序 | NA | 基因表达数据 | 结合了 TCGA 和 GEO 数据集 |
| 824 | 2024-08-05 |
Comprehensive analysis of nicotinamide metabolism-related signature for predicting prognosis and immunotherapy response in breast cancer
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1145552
PMID:36969219
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研究论文 | 该文章开发了一种与烟酰胺代谢相关的特征以预测乳腺癌患者的预后和免疫治疗响应 | 开发了一种新的6基因烟酰胺代谢相关特征（NMRS），并证明其作为独立指标与乳腺癌预后显著相关 | 在样本外验证和临床应用中的局限性未被详细讨论 | 研究烟酰胺代谢如何影响乳腺癌患者的生存、肿瘤微环境和治疗效果 | 研究对象为乳腺癌患者 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 基因表达分析 | Cox回归模型 | 转录组数据 | 数据来自TCGA和ICGC等多个数据库，具体样本数量未详述 |
| 825 | 2024-08-05 |
Bulk and single-cell transcriptome analyses of islet tissue unravel gene signatures associated with pyroptosis and immune infiltration in type 2 diabetes
2023, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2023.1132194
PMID:36967805
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研究论文 | 本文探讨了与2型糖尿病中焦亡和免疫浸润相关的基因特征 | 首次揭示了焦亡相关基因与免疫细胞在2型糖尿病胰岛功能障碍中的作用 | 缺乏对焦亡与免疫细胞在2型糖尿病中作用的更广泛的临床验证 | 探索与2型糖尿病相关的焦亡和免疫浸润的关键基因和通路 | 研究对象为2型糖尿病患者的胰岛组织样本 | 数字病理学 | 2型糖尿病 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 1892个胰岛样本 |
| 826 | 2024-08-08 |
A novel myeloid cell marker genes related signature can indicate immune infiltration and predict prognosis of hepatocellular carcinoma: Integrated analysis of bulk and single-cell RNA sequencing
2023, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2023.1118377
PMID:36959981
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研究论文 | 通过整合分析大量和单细胞RNA测序数据，开发了一种与骨髓细胞标记基因相关的特征，用于预测肝细胞癌患者的预后和免疫浸润水平 | 首次定义了317个与肝细胞癌相关的骨髓细胞标记基因，并构建了一个八基因特征，用于预测患者的生存风险和免疫浸润水平 | NA | 研究肿瘤相关骨髓细胞相关基因与肝细胞癌的关联 | 肝细胞癌患者的骨髓细胞标记基因 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | RNA测序 | LASSO Cox方法 | RNA数据 | 使用了来自TCGA和ICGC数据集的肝细胞癌样本 |
| 827 | 2024-08-08 |
The Identification of Immune-Related Biomarkers for Osteoarthritis Immunotherapy Based on Single-Cell RNA Sequencing Analysis
2023, Genetics research
IF:1.4Q4
DOI:10.1155/2023/5574636
PMID:36960385
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，识别与骨关节炎免疫治疗相关的生物标志物 | 首次通过单细胞RNA测序分析探索骨关节炎的免疫相关生物标志物，并发现VEGFA可能作为骨关节炎的新生物标志物 | 研究仅基于GEO数据库中的RNA测序数据，样本量和数据来源有限 | 探索骨关节炎的新生物标志物，为骨关节炎的诊断和治疗提供新方向 | 骨关节炎患者的滑膜组织 | 基因组学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 828 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing reveals the role of cell heterogeneity in the sex difference in primary hyperparathyroidism
2023, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2023.1165890
PMID:36960393
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序技术探讨了原发性甲状旁腺功能亢进症（PHPT）患者性别间甲状旁腺组织细胞的差异 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了PHPT中性别差异与甲状旁腺细胞异质性的关系 | 未提及具体的研究局限性 | 探索男女PHPT患者甲状旁腺组织细胞的差异 | PHPT患者的甲状旁腺组织细胞 | 数字病理学 | 内分泌疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA表达谱 | 来自男女PHPT患者的甲状旁腺组织样本 |
| 829 | 2024-08-08 |
Corrigendum: Single-cell transcriptome analysis reveals the metabolic changes and the prognostic value of malignant hepatocyte subpopulations and predict new therapeutic agents for hepatocellular carcinoma
2023, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2023.1162375
PMID:36969048
|
correction | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 830 | 2024-08-08 |
Differentiation-related genes in tumor-associated macrophages as potential prognostic biomarkers in non-small cell lung cancer
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1123840
PMID:36969247
|
研究论文 | 本研究评估了肿瘤相关巨噬细胞中的分化相关基因（DRGs）在非小细胞肺癌（NSCLC）中的作用 | 首次探讨了肿瘤相关巨噬细胞中分化相关基因作为非小细胞肺癌的潜在预后生物标志物 | NA | 评估分化相关基因在肿瘤相关巨噬细胞中的作用及其作为非小细胞肺癌预后生物标志物的潜力 | 非小细胞肺癌患者的肿瘤相关巨噬细胞中的分化相关基因 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA序列数据 | 分析了来自TCGA、UCSC和GEO数据库的数据，涉及1,738个分化相关基因 |
| 831 | 2024-08-08 |
Integrating RNA-seq and scRNA-seq to explore the mechanism of macrophage ferroptosis associated with COPD
2023, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2023.1139137
PMID:36969832
|
研究论文 | 本研究探讨巨噬细胞铁死亡与慢性阻塞性肺疾病（COPD）发病机制的关联 | 首次通过整合RNA测序和单细胞RNA测序数据，识别与COPD相关的巨噬细胞铁死亡相关基因，并筛选出潜在的生物标志物SOCS1和HSPB1 | NA | 揭示巨噬细胞铁死亡在COPD中的重要作用，并探索新的治疗靶点 | 巨噬细胞铁死亡与COPD的关联 | 数字病理学 | 慢性阻塞性肺疾病 | RNA测序, 单细胞RNA测序 | 人工神经网络 | 基因表达数据 | 涉及COPD患者的RNA测序和单细胞RNA测序数据 |
| 832 | 2024-08-05 |
Analysis of Single-Cell RNA-seq Data
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2986-4_6
PMID:36929075
|
研究论文 | 本章节描述了单细胞RNA测序数据的标准分析工作流程和相关工具 | 介绍了一套标准工作流程并提供代码示例以指导分析 | 没有提及分析工具的具体限制 | 提供单细胞RNA测序数据分析的工具和方法 | 单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | NA | 数据分析 | NA |
| 833 | 2024-08-05 |
Innate immune biology in age-related macular degeneration
2023, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2023.1118524
PMID:36926522
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综述 | 这篇文章讨论了先天免疫系统在年龄相关性黄斑变性中的作用 | 探讨了最近在单细胞转录组学方面的发展，帮助推进对年龄相关性黄斑变性的理解和治疗 | 未提及具体的研究限制 | 研究年龄相关性黄斑变性中的先天免疫生物学 | 探讨感染在年龄相关性黄斑变性中的具体成分和作用 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA | NA |
| 834 | 2024-08-05 |
A Primer on Preprocessing, Visualization, Clustering, and Phenotyping of Barcode-Based Spatial Transcriptomics Data
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2986-4_7
PMID:36929076
|
研究论文 | 本文回顾了基于条形码的空间转录组数据的预处理、可视化、聚类和表型分析的算法 | 聚焦于分析基于条形码的RNA定量技术，并探讨其分析面临的挑战和未满足的需求 | 未详细讨论每种算法的具体实现细节 | 旨在探讨空间转录组(ST)数据分析中的关键步骤和现存挑战 | 主要关注空间转录组数据，特别是条形码基础的RNA量化技术 | 数字病理学 | 复杂疾病 | 条形码空间转录组技术 | NA | RNA定量数据 | NA |
| 835 | 2024-08-05 |
Multi-omics Data Deconvolution and Integration: New Methods, Insights, and Translational Implications
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2986-4_1
PMID:36929070
|
研究论文 | 本文讨论了多组学数据解卷积和整合的新方法及其转化意义 | 提出了新的统计方法，旨在不断提高对人类基因组及其下游结果的理解 | 在数据整合和转化应用方面仍面临挑战 | 深入理解人类基因组的变化和动态调控 | 来自基因组、转录组、蛋白质组、代谢组和微生物组的数据 | 数字病理学 | NA | 新测定技术 | NA | 多组学数据 | 大规模异质样本 |
| 836 | 2024-08-05 |
Identification of copper metabolism-related subtypes and establishment of the prognostic model in ovarian cancer
2023, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2023.1145797
PMID:36950684
|
研究论文 | 本文研究铜代谢相关基因对卵巢癌预后的影响，识别了不同的铜代谢亚型，并建立了预后模型 | 首次建立了一个铜代谢相关基因预后特征签名，用于预测卵巢癌患者的生存期 | 缺乏大规模临床试验的验证，外部验证主要依赖于GSE63885队列 | 探讨铜代谢基因在卵巢癌预后评估中的作用 | 卵巢癌患者及其铜代谢相关基因 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞测序、定量实时PCR（qRT-PCR） | Lasso-Cox模型 | 基因表达数据 | TCGA和GSE63885队列中的多名卵巢癌患者 |
| 837 | 2024-08-05 |
A theoretical framework of immune cell phenotypic classification and discovery
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1128423
PMID:36936975
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研究论文 | 提出了一个基于基因可塑性的免疫细胞表型分类的理论框架 | 提出了通过表型可分层和基因可塑性来分类免疫细胞的创新性方法 | 研究主要依赖于转录组数据分析，可能未考虑所有免疫细胞的复杂性 | 研究免疫细胞的多样化表型及其内在调控机制 | 人类CD4及CD8单阳性T细胞、B细胞、自然杀伤细胞和单核细胞 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | NA | 转录组数据 | 成千上万的已知免疫表型 |
| 838 | 2024-08-05 |
Trends and Potential of Machine Learning and Deep Learning in Drug Study at Single-Cell Level
2023, Research (Washington, D.C.)
DOI:10.34133/research.0050
PMID:36930772
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评论 | 本文回顾了机器学习和深度学习在单细胞药物研究中的应用前景 | 探讨了单细胞药物敏感性分析与单细胞测序数据分析之间的技术差距 | 主要集中在已有的单细胞数据上，可能忽略了其他关键因素 | 探索单细胞数据水平上药物研究的趋势和潜力 | 分析癌细胞系和单细胞数据中的药物研究应用 | 机器学习 | 癌症 | 机器学习技术 | 深度学习 | 单细胞数据 | NA |
| 839 | 2024-08-05 |
Cell-Type Deconvolution of Bulk DNA Methylation Data with EpiSCORE
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2986-4_3
PMID:36929072
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研究论文 | 本文介绍了使用EpiSCORE法进行大规模DNA甲基化数据的细胞类型反卷积 | 提出了一种基于参考的方法EpiSCORE，利用单细胞RNA-Seq数据的高分辨率特性 | 未提及具体的限制 | 通过计算方法有效解析大规模DNA甲基化数据中的细胞类型异质性 | 涉及到多种不同细胞类型的组织样本 | 数字病理学 | NA | NA | NA | DNA甲基化数据 | NA |
| 840 | 2024-08-05 |
Autophagy-related gene LAPTM4B promotes the progression of renal clear cell carcinoma and is associated with immunity
2023, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2023.1118217
PMID:36937841
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研究论文 | 本研究证明自噬相关基因LAPTM4B在肾透明细胞癌的肿瘤免疫微环境中起关键作用 | 首次将LAPTM4B基因与肾透明细胞癌的自噬和免疫微环境关联起来 | 研究未涉及更大样本量或长期随访数据 | 探索肾透明细胞癌中的自噬机制及其免疫微环境 | 基于TCGA-KIRC队列分析和细胞实验，研究LAPTM4B在肾细胞癌中的作用 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞测序、western blot | NA | 基因表达数据 | 分析TCGA-KIRC队列，细胞实验未明确样本数量 |