单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1191 篇文献，本页显示第 61 - 80 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2024-09-26 |
Reconstruction of Single-Cell Trajectories Using Stochastic Tree Search
2023-01-26, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes14020318
PMID:36833245
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研究论文 | 本文提出了一种基于随机树搜索的单细胞轨迹重建方法 | 引入了一种基于惩罚似然框架的随机树搜索算法，旨在在大规模非凸树空间中寻找全局最优解 | NA | 提高单细胞轨迹重建的准确性和鲁棒性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞轨迹 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 随机树搜索算法 | 基因表达数据 | NA |
| 62 | 2024-09-26 |
A review on deep learning applications in highly multiplexed tissue imaging data analysis
2023, Frontiers in bioinformatics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fbinf.2023.1159381
PMID:37564726
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综述 | 本文综述了深度学习在高度多重组织成像数据分析中的应用及其对肿瘤学的影响 | 强调了使用高度多重图像（空间蛋白质组数据）相对于单染色传统组织病理学图像的优势，能够提供更深层次的机制性生物信息 | 未提及具体的技术局限性 | 探讨深度学习与空间组学技术结合在肿瘤学中的应用及其对临床决策和患者护理质量的影响 | 深度学习在生物医学图像分析中的应用，包括细胞分割、细胞表型识别、癌症预后和治疗预测 | 计算机视觉 | 肿瘤学 | 深度学习 | NA | 图像 | NA |
| 63 | 2024-09-26 |
Cell type-specific interaction analysis using doublets in scRNA-seq
2023, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbad120
PMID:37745004
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研究论文 | 本文开发了一种名为CIcADA的管道，用于在scRNA-seq数据中识别和分析具有生物学意义的二聚体 | 本文提出了一种新的方法CIcADA，用于分析scRNA-seq数据中的二聚体，揭示了这些二聚体在免疫反应基因表达上调中的作用 | 目前CIcADA方法的实现仅作为一个R包提供，尚未在CRAN上发布 | 研究scRNA-seq数据中的二聚体在细胞间信号和过程中的生物学意义 | scRNA-seq数据中的二聚体及其在肿瘤微环境中免疫细胞间的相互作用 | 单细胞测序 | 肿瘤 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 多个scRNA-seq肿瘤数据集 |
| 64 | 2024-09-25 |
Radiation-induced circulating myeloid-derived suppressor cells induce systemic lymphopenia after chemoradiotherapy in patients with glioblastoma
2023-01-25, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.abn6758
PMID:36696484
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研究论文 | 研究了胶质母细胞瘤患者在接受放化疗后出现的淋巴细胞减少症的生物学机制，并探讨了药物抑制MDSC对缓解这一现象的潜力 | 首次揭示了放疗诱导的循环髓源抑制细胞（MDSC）与系统性淋巴细胞减少之间的因果关系，并验证了药物抑制MDSC在临床前模型中的有效性 | 研究仅限于临床前模型和少量患者样本，需要进一步的临床试验验证 | 探讨胶质母细胞瘤患者在接受放化疗后淋巴细胞减少的生物学机制，并寻找潜在的治疗方法 | 胶质母细胞瘤患者的外周血样本和临床前小鼠模型 | 免疫学 | 脑癌 | RNA测序、流式细胞术、单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据、免疫监测数据 | 20名胶质母细胞瘤患者的外周血样本和临床前小鼠模型 |
| 65 | 2024-09-25 |
Multi-omics analysis identifies IgG2b class-switching with ALCAM-CD6 co-stimulation in joint-draining lymph nodes during advanced inflammatory-erosive arthritis
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1237498
PMID:37691918
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研究论文 | 本文利用多组学空间和单细胞转录组学技术，研究了在严重类风湿性关节炎（RA）患者中，关节引流淋巴结中淋巴引流功能障碍的分子机制 | 首次整合单细胞和空间转录组学数据，揭示了ALCAM-CD6共刺激在促进IgG2b类别转换中的作用 | 需要进一步研究免疫球蛋白克隆性和潜在的自身免疫后果，以及抗CD6疗法的有效性 | 探讨严重类风湿性关节炎中淋巴引流功能障碍的分子机制 | 关节引流淋巴结中的淋巴内皮细胞、巨噬细胞、B细胞和T细胞及其相互作用 | 数字病理学 | 类风湿性关节炎 | 空间转录组学、单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 野生型小鼠10只，TNF-Tg小鼠18只（早期6只，晚期12只） |
| 66 | 2024-09-25 |
scDemultiplex: An iterative beta-binomial model-based method for accurate demultiplexing with hashtag oligos
2023, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2023.08.013
PMID:37664174
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研究论文 | 提出了一种基于beta-二项分布模型的迭代方法scDemultiplex，用于准确的多重样本解复用 | scDemultiplex采用beta-二项分布模型和迭代策略，相比现有七种方法在高质量和低质量数据中均表现出色，并能与其他方法结合以提升性能 | 未提及 | 开发一种准确的多重样本解复用方法，以提高单细胞测序数据的分析质量 | 单细胞测序中的多重样本解复用问题 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | beta-二项分布模型 | 单细胞测序数据 | 未提及 |
| 67 | 2024-09-25 |
The Comparative Pathology Workbench: Interactive visual analytics for biomedical data
2023, Journal of pathology informatics
DOI:10.1016/j.jpi.2023.100328
PMID:37693862
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研究论文 | 设计了一个名为比较病理工作台（CPW）的交互式系统，用于生物医学数据的视觉分析 | 开发了一个基于网络浏览器的视觉分析平台，提供共享访问和交互式图像数据展示，支持多用户协作和讨论 | NA | 开发一个支持病理学家比较不同样本、病例和物种间正常和病变组织图像的交互式系统 | 病理图像和相关分析数据 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 图像 | NA |
| 68 | 2024-09-23 |
Single-cell analysis of acute lymphoblastic and lineage-ambiguous leukemia: approaches and molecular insights
2023-01-26, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2022016954
PMID:35926109
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综述 | 本文综述了单细胞分析在急性淋巴细胞白血病和模糊谱系白血病中的应用及其分子洞察 | 本文介绍了多种单细胞测序技术在探索白血病生物学中的应用，包括RNA、DNA、染色质可及性和甲基化的单模态分析，以及多模态分析的扩展方法 | 本文讨论了单细胞测序在研究白血病生物学和治疗反应性方面的潜在机会和局限性 | 探讨单细胞测序技术在急性淋巴细胞白血病和模糊谱系白血病中的应用及其分子机制 | 急性淋巴细胞白血病和模糊谱系白血病的细胞起源、发育层次和起源，以及驱动发病、进展和治疗反应的分子异质性 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞测序 | NA | RNA、DNA、染色质可及性和甲基化 | NA |
| 69 | 2024-09-23 |
The end of the beginning: application of single-cell sequencing to chronic lymphocytic leukemia
2023-01-26, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2021014669
PMID:36095842
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综述 | 本文综述了单细胞测序技术在慢性淋巴细胞白血病（CLL）中的应用及其对疾病自然进展、新型疗法影响和与非恶性免疫细胞相互作用的新理解 | 单细胞分析技术的发展使得能够处理和分析数十万个体细胞，并实现多组学数据的整合，从而揭示更丰富的分子疾病亚型和细胞电路模式 | NA | 探讨单细胞测序技术在慢性淋巴细胞白血病中的应用及其对疾病研究和个性化治疗方案设计的潜在影响 | 慢性淋巴细胞白血病及其相关的免疫细胞 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞测序 | NA | 基因组和转录组数据 | 数十万个体细胞 |
| 70 | 2024-09-23 |
scTOP: physics-inspired order parameters for cellular identification and visualization
2023-Jan-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.25.525581
PMID:36747864
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于统计物理学的单细胞类型序参量（scTOP）方法，用于细胞识别和可视化 | scTOP方法无需特征选择、统计拟合或降维处理，能够快速准确地分类单细胞并生成可解释的发育轨迹可视化 | NA | 开发新的理论和计算框架，以理解细胞命运决定、从表达数据中准确分类细胞命运，并整合细胞图谱的知识 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型分类和发育轨迹可视化 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 多种人类和小鼠数据集 |
| 71 | 2024-09-23 |
Multimodal characterization of antigen-specific CD8 + T cells across SARS-CoV-2 vaccination and infection
2023-Jan-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.24.525203
PMID:36747786
|
研究论文 | 本文利用多模态测序技术对BNT162b2疫苗接种前后循环人白细胞进行纵向分析，揭示了SARS-CoV-2抗原特异性CD8+ T细胞的亚群特征 | 本文首次通过多模态整合工具定义了CD8+ T细胞的转录组、可及染色质景观和免疫表型，并识别了各模态中的独特生物标志物 | NA | 研究SARS-CoV-2疫苗接种和感染后抗原特异性CD8+ T细胞的特征 | SARS-CoV-2抗原特异性CD8+ T细胞 | NA | COVID-19 | 多模态测序技术 | NA | RNA-seq | NA |
| 72 | 2024-09-23 |
Mapping transcriptional heterogeneity and metabolic networks in fatty livers at single-cell resolution
2023-Jan-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2022.105802
PMID:36636354
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了非酒精性脂肪肝病（NAFLD）小鼠肝脏中肝细胞和非实质细胞的转录异质性和代谢网络 | 揭示了先前未被识别的肝细胞簇，这些细胞簇具有高或低表达特征，并发现经典脂质合成驱动因子并不预测肝脂质积累，表明存在其他脂质代谢驱动因素 | NA | 研究非酒精性脂肪肝病的分子机制和代谢网络 | 非酒精性脂肪肝病小鼠的肝细胞和非实质细胞 | 数字病理学 | 肝病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NAFLD小鼠和人类肝脏样本 |
| 73 | 2024-09-23 |
Spatial transcriptomics reveals a conserved segment polarity program that governs muscle patterning in Nematostella vectensis
2023-Jan-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.09.523347
PMID:36711919
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研究论文 | 本文通过空间转录组学揭示了Nematostella vectensis中肌肉模式化的保守段极性程序 | 首次展示了在pre-bilaterian海葵发育幼虫中段极性路径的分子基础 | NA | 揭示早期动物进化中段极性路径的起源和机制 | Nematostella vectensis的发育幼虫 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 74 | 2024-09-23 |
Activation of Hedgehog signaling by the oncogenic RELA fusion reveals a primary cilia-dependent vulnerability in supratentorial ependymoma
2023-01-05, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noac147
PMID:35640920
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研究论文 | 本研究探讨了Hedgehog信号通路在RELA融合阳性室管膜瘤中的作用及其作为治疗靶点的潜力 | 首次揭示了Hedgehog信号通路在RELA融合阳性室管膜瘤中的关键作用，并提出了通过恢复初级纤毛功能来克服肿瘤耐药性的新策略 | 研究主要集中在体外和异种移植模型上，尚未在临床试验中验证其有效性 | 评估RELA融合依赖的信号模块，特别是Hedgehog通路在RELA融合阳性室管膜瘤中的作用 | RELA融合阳性的室管膜瘤 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 基因表达分析、微阵列、RNA测序、qRT-PCR、单细胞RNA测序、免疫印迹、免疫荧光、免疫组织化学 | NA | 基因表达数据、蛋白质表达数据 | 患者队列中的室管膜瘤样本 |
| 75 | 2024-09-23 |
Integrating Spatial Transcriptomics and Single-nucleus RNA Sequencing Reveals the Potential Therapeutic Strategies for Uterine Leiomyoma
2023, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.83510
PMID:37215998
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研究论文 | 本研究首次通过整合空间转录组学和单核RNA测序，揭示了子宫平滑肌瘤及其周围假包膜的细胞结构和基因表达特征，并提出了潜在的治疗策略 | 首次整合空间转录组学和单核RNA测序技术，绘制了子宫平滑肌瘤及其周围假包膜的细胞结构和基因表达图谱 | NA | 揭示子宫平滑肌瘤及其周围假包膜的细胞结构和基因表达特征，并探索潜在的治疗策略 | 子宫平滑肌瘤及其周围假包膜的细胞结构和基因表达 | 数字病理学 | 妇科肿瘤 | 空间转录组学和单核RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 76 | 2024-09-23 |
Microenvironmental regulation of T-cells in pulmonary hypertension
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1223122
PMID:37497214
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研究论文 | 研究肺动脉高压中肺纤维细胞对T细胞的微环境调节作用 | 首次揭示了肺动脉高压中肺纤维细胞通过分泌细胞因子和趋化因子，激活和极化T细胞，从而促进局部炎症和血管重塑 | 研究主要基于牛和人的样本，可能不完全适用于人类肺动脉高压的病理机制 | 探讨肺动脉高压中肺纤维细胞对T细胞的微环境调节机制 | 肺动脉高压中的肺纤维细胞和T细胞 | 数字病理学 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、mRNA表达分析、呼吸测定分析 | NA | RNA | 牛和人的肺动脉样本，以及来自肺动脉高压和对照组患者的T细胞 |
| 77 | 2024-09-23 |
Revisiting transplant immunology through the lens of single-cell technologies
2023-01, Seminars in immunopathology
IF:7.9Q1
DOI:10.1007/s00281-022-00958-0
PMID:35980400
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综述 | 本文通过单细胞技术重新审视移植免疫学 | 利用单细胞技术（如CyTOF、成像质谱流式细胞术和单细胞RNA测序）深入表征参与同种异体移植排斥和耐受的致病性免疫群体 | 处理和分析这些大型、高维数据集需要计算生物学技术的专业知识 | 回顾现有文献中关于单细胞技术在实体器官移植中的应用 | 实体器官移植中的同种异体移植排斥和耐受 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | 机器学习算法 | 单细胞数据 | NA |
| 78 | 2024-09-23 |
TNF+ regulatory T cells regulate the stemness of gastric cancer cells through the IL13/STAT3 pathway
2023, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2023.1162938
PMID:37534250
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研究论文 | 研究了TNF+调节性T细胞通过IL13/STAT3途径调控胃癌细胞干性的机制 | 首次揭示了TNF+调节性T细胞在胃癌组织中的招募及其与患者生存期的显著相关性，并阐明了其通过IL13/STAT3途径促进胃癌细胞干性的机制 | 研究主要基于单细胞RNA测序数据，缺乏体内实验验证 | 探讨调节性T细胞与胃癌细胞之间的相互作用及其对胃癌发展的影响 | 胃癌组织及其邻近组织中的调节性T细胞和胃癌细胞 | NA | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 胃癌及其邻近组织的单细胞RNA测序数据 |
| 79 | 2024-09-23 |
An image-guided microfluidic system for single-cell lineage tracking
2023, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0288655
PMID:37527253
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研究论文 | 本文介绍了一种基于图像引导的微流控系统，用于单细胞谱系追踪 | 该系统通过阀门控制的微流控技术，能够追踪单细胞在多代间的谱系决策过程，并结合图像处理自动化细胞加载和生长监测 | NA | 解决生物学中单细胞谱系追踪的长期未解问题 | 单细胞的谱系追踪和决策过程 | 生物技术 | NA | 微流控技术 | NA | 图像 | 6C2（鸡红白血病细胞）和T2EC（鸡红细胞原代前体）细胞，追踪两代，细胞存活率超过90% |
| 80 | 2024-09-21 |
From neurodevelopment to neurodegeneration: utilizing human stem cell models to gain insight into Down syndrome
2023, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2023.1198129
PMID:37323671
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综述 | 本文综述了利用人类干细胞模型研究唐氏综合症（DS）的最新进展 | 本文介绍了利用人类干细胞培养方法、基因编辑技术和单细胞转录组学等新技术，为研究复杂神经系统疾病如DS提供了新的视角 | 尽管本文综述了多种新技术，但仍有许多DS的神经学特征的细胞和分子机制尚未完全理解 | 探讨如何利用人类干细胞模型深入理解唐氏综合症的神经发育和神经退行性病变 | 唐氏综合症的神经学特征及其相关器官系统 | 干细胞研究 | 唐氏综合症 | 单细胞转录组学 | NA | 基因组数据 | NA |