单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1189 篇文献，本页显示第 681 - 700 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 681 | 2024-08-07 |
Single-Molecule Fluorescence In Situ Hybridization for Spatial Detection of mRNAs in Sections of Mammalian Testes
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3139-3_3
PMID:37249865
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研究论文 | 本文介绍了一种结合单分子荧光原位杂交（smFISH）和间接免疫荧光（IIF）的方法，用于在小鼠睾丸切片中同时可视化mRNA和蛋白质 | 本文采用RNAscope方法进行多重smFISH，并与IIF结合，提高了检测的特异性和与单细胞RNA测序（scRNA-seq）的一致性 | NA | 验证并空间重映射在分离细胞中描述的mRNA表达模式到其原始组织 | 小鼠睾丸组织中的mRNA和蛋白质 | 数字病理学 | NA | 单分子荧光原位杂交（smFISH） | NA | 图像 | 涉及小鼠睾丸的冷冻切片 |
| 682 | 2024-08-07 |
Combined analysis of single-cell and bulk RNA sequencing reveals the expression patterns of circadian rhythm disruption in the immune microenvironment of Alzheimer's disease
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1182307
PMID:37251379
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研究论文 | 本研究结合单细胞和批量RNA测序技术，揭示了阿尔茨海默病免疫微环境中昼夜节律紊乱的表达模式 | 首次在单细胞水平上揭示了阿尔茨海默病微环境中基于昼夜节律紊乱的细胞亚型，并提出了一个强有力的昼夜节律紊乱特征签名用于阿尔茨海默病的诊断 | NA | 探索昼夜节律紊乱在阿尔茨海默病免疫微环境中的功能及其对疾病发展的影响 | 阿尔茨海默病患者的免疫微环境和昼夜节律相关基因的表达 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序，批量转录组测序，RT-PCR | 机器学习模型 | RNA测序数据 | 涉及阿尔茨海默病患者的单细胞RNA测序数据和批量转录组数据 |
| 683 | 2024-08-07 |
CD16+ monocytes are involved in the hyper-inflammatory state of Prader-Willi Syndrome by single-cell transcriptomic analysis
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1153730
PMID:37251380
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析探讨了CD16+单核细胞在Prader-Willi综合征（PWS）患者中过度炎症状态的作用 | 首次在单细胞水平上扩展了我们对PWS外周免疫细胞的了解 | NA | 探讨PWS患者中CD16+单核细胞在过度炎症状态中的作用 | PWS患者的外周免疫细胞 | NA | Prader-Willi综合征 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和高维流式细胞术（CyTOF） | NA | 细胞 | 健康对照组13人，PWS患者10人，scRNA-seq和CyTOF分析中PWS患者6人，健康对照组12人 |
| 684 | 2024-08-07 |
Identification of the shared gene signatures and molecular mechanisms between multiple sclerosis and non-small cell lung cancer
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1180449
PMID:37251402
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研究论文 | 本研究旨在识别多发性硬化症（MS）和非小细胞肺癌（NSCLC）之间的共享基因特征和分子机制 | 本研究首次识别了MS和NSCLC之间最显著的共享基因PDE4A，并探讨了其在NSCLC患者中的表达及其对患者预后的影响和分子机制 | 本研究的局限性在于对MS和NSCLC之间分子机制的研究尚不完全 | 识别MS和NSCLC之间的共享基因特征、共享局部免疫微环境和分子机制 | 多发性硬化症（MS）和非小细胞肺癌（NSCLC） | NA | 多发性硬化症，非小细胞肺癌 | 加权基因共表达网络分析（WGCNA），单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 多个GEO数据集，包括GSE19188，GSE214334，GSE199460，和GSE148071 |
| 685 | 2024-08-07 |
Identification of a chemoresistance-related prognostic gene signature by comprehensive analysis and experimental validation in pancreatic cancer
2023, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2023.1132424
PMID:37251940
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研究论文 | 本研究通过综合分析和实验验证，在胰腺癌中识别出与化疗耐药相关的预后基因特征 | 开发了一个与化疗耐药相关的五基因特征，并构建了一个预测诺模图，该特征不仅是一个独立的预后因子，还是一个预测化疗耐药、肿瘤突变负荷和免疫细胞的生物标志物 | NA | 旨在识别调控化疗耐药的关键基因，并开发一个与化疗耐药相关的基因特征用于预后预测 | 胰腺癌细胞系和基因表达数据 | 数字病理学 | 胰腺癌 | RT-qPCR, Western blot, CCK-8 | LASSO Cox风险模型 | 基因表达数据 | 30个胰腺癌细胞系，四个GEO数据集（GSE28735, GSE62452, GSE85916, GSE102238） |
| 686 | 2024-08-07 |
Chondrocyte-like cells in nucleus pulposus and articular chondrocytes have similar transcriptomic profiles and are paracrine-regulated by hedgehog from notochordal cells and subchondral bone
2023, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2023.1151947
PMID:37255604
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和免疫组织化学分析，探讨了椎间盘核（NP）中的软骨细胞样细胞（CLCs）与关节软骨细胞之间的转录组相似性及其调控机制 | 首次揭示了CLCs和部分关节软骨细胞具有相似的基因表达谱，并受来自脊索细胞和软骨下骨的旁分泌刺猬蛋白调控 | 研究样本仅限于三岁猕猴，且未包括软骨下骨样本进行单细胞RNA测序 | 阐明NP和软骨细胞中的细胞调控机制 | 椎间盘核中的软骨细胞样细胞和关节软骨细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 三岁猕猴的关节软骨和椎间盘核样本 |
| 687 | 2024-08-07 |
Gene representation in scRNA-seq is correlated with common motifs at the 3' end of transcripts
2023, Frontiers in bioinformatics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fbinf.2023.1120290
PMID:37255988
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研究论文 | 研究探讨了单细胞RNA测序（scRNA-seq）中基因表达的稀疏性及其与转录本3'端常见motif的关系 | 发现了一组在scRNA-seq中经常被低估的基因，并观察到这些基因的3'端富集了poly(T) motif，这可能是导致它们在scRNA-seq中被低估的机制 | 研究依赖于公共数据源，可能存在数据质量和样本多样性的限制 | 探究scRNA-seq中是否存在更容易被低估的基因以及这些基因的共同特征 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达及其与转录本3'端motif的关系 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq, bulk RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 53个人类样本 |
| 688 | 2024-08-07 |
Mast cell marker gene signature: prognosis and immunotherapy response prediction in lung adenocarcinoma through integrated scRNA-seq and bulk RNA-seq
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1189520
PMID:37256127
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序数据，开发了一种与肥大细胞相关的基因（MRGs）签名，用于预测肺腺癌（LUAD）患者的预后和免疫治疗反应 | 首次通过scRNA-seq技术确定肥大细胞特异性标记基因，并开发了一种新的MRGs签名，用于区分LUAD患者的高风险和低风险群体 | 研究主要基于数据分析，需要进一步的临床试验验证其临床应用效果 | 研究肥大细胞在肺腺癌预后和免疫治疗反应中的作用 | 肺腺癌患者及其肿瘤微环境 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 涉及多个训练和验证队列，具体样本数量未详细说明 |
| 689 | 2024-08-05 |
Integrating Bulk-seq and Single-cell-seq Reveals Estrogen and MAPK Pathways Associating with Neuroblastoma Outcome
2023 Jan-Dec, Cancer control : journal of the Moffitt Cancer Center
IF:2.5Q3
DOI:10.1177/10732748231178177
PMID:37219000
|
研究论文 | 本研究揭示了雌激素和MAPK通路与神经母细胞瘤结局相关的发现。 | 整合了Bulk-seq和单细胞测序，并提出了三基因预后签名，具有优秀的预测性能。 | 研究中的样本量和外部验证的数量可能限制结果的普适性。 | 探讨神经母细胞瘤中的信号通路活动与治疗前景的关系。 | 以神经母细胞瘤患者为研究对象，分析信号通路活动。 | 数字病理学 | 神经母细胞瘤 | Bulk-seq和单细胞测序 | Cox回归模型 | 基因组数据 | 涉及的样本数量未明确说明 |
| 690 | 2024-08-05 |
Integrated multi-omics analysis reveals insights into Chinese forest musk deer (Moschus berezovskii) genome evolution and musk synthesis
2023, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2023.1156138
PMID:37228656
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研究论文 | 本文探讨了中国林麝基因组演化和麝香合成的见解。 | 通过对中国林麝组织的基因组重注释，识别了三个扩展的基因家族，并揭示了麝香腺的细胞组成和转录特征。 | 研究仅基于有限数量的样本，且仍需进一步探讨麝香腺的功能特征。 | 探讨麝香腺形成的基因基础和麝香合成过程。 | 中国林麝的麝香腺组织，包括两只幼年和三只成年麝鹿。 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因组数据, mRNA表达数据 | 5个样本（2只幼年和3只成年中国林麝） |
| 691 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA sequencing reveals a unique pericyte type associated with capillary dysfunction
2023, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.83532
PMID:37215579
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研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序揭示了一种与毛细血管功能障碍相关的独特周细胞类型 | 首次描绘了来自小鼠视网膜的超过76,000个单细胞转录组，并识别了与视网膜毛细血管功能障碍相关的周细胞亚群 | 主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类疾病的复杂性 | 探索毛细血管功能障碍中周细胞的异质性及其分子特征 | 小鼠视网膜中的周细胞及其在毛细血管功能障碍中的作用 | 数字病理学 | 视网膜病变 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 来自4只小鼠视网膜的76,000个单细胞转录组 |
| 692 | 2024-08-05 |
Analysis of immunogenic cell death in ascending thoracic aortic aneurysms based on single-cell sequencing data
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1087978
PMID:37207221
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研究论文 | 本文研究了免疫原性细胞死亡在升主动脉瘤中的作用 | 首次探讨了免疫原性细胞死亡在心血管疾病，特别是在升主动脉瘤中的角色 | 未进行临床试验和小规模的样本验证，需进一步研究结合临床数据 | 研究免疫原性细胞死亡在升主动脉瘤中的作用及机制 | 升主动脉瘤中的单细胞RNA测序数据及其相关细胞类型 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 从RNA测序数据中识别出10种细胞类型 |
| 693 | 2024-08-05 |
Single-cell landscape dissecting the transcription and heterogeneity of innate lymphoid cells in ischemic heart
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1129007
PMID:37228603
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研究论文 | 本文揭示了缺血性心脏病中天然淋巴细胞(ILCs)的转录异质性及其亚群的角色 | 首次在心脏中识别出新ILC亚群，并利用单细胞测序技术分析ILC的多样性 | 未详细阐述ILC在缺血性心脏病中具体的细胞和分子机制 | 研究ILC在心肌缺血性疾病中的作用及其相关机制 | 8周龄男性C57BL/6J小鼠，分为心肌梗死、缺血再灌注损伤和对照组 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞测序 | NA | 细胞 | 共有三组小鼠样本，包括心肌梗死、缺血再灌注损伤和对照组 |
| 694 | 2024-08-07 |
Different iPSC-derived neural stem cells shows various spectrums of spontaneous differentiation during long term cultivation
2023, Frontiers in molecular neuroscience
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fnmol.2023.1037902
PMID:37201156
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研究论文 | 本研究探讨了不同来源的iPSC衍生的神经干细胞在长期培养过程中自发分化的谱系变化 | 首次详细分析了不同iPSC衍生神经干细胞在长期培养中的自发分化谱系变化 | 研究仅限于体外培养条件，未涉及体内环境的影响 | 旨在优化神经干细胞的生产和长期培养协议 | 不同来源的iPSC衍生的神经干细胞 | 干细胞研究 | 神经退行性疾病 | 免疫细胞化学、qPCR、bulk转录组和单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 四条不同的iPSC细胞系 |
| 695 | 2024-08-07 |
Classification of tuberculosis-related programmed cell death-related patient subgroups and associated immune cell profiling
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1159713
PMID:37205113
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研究论文 | 本研究通过分析结核病（TB）相关数据集中的免疫细胞谱，识别并验证了与程序性细胞死亡（PCD）相关的基因表达模式，以此来分层TB患者并探讨其与免疫细胞丰度的关系 | 首次通过机器学习方法筛选出与PCD相关的关键基因，并利用这些基因对TB患者进行分层，进一步验证了这些分层在独立数据集中的有效性 | 研究主要基于公共数据库的数据，未来需要更多的临床样本验证这些发现 | 旨在通过PCD相关基因的表达模式来分层TB患者，并探讨其与免疫细胞丰度的关系，为TB的诊断和治疗提供新的策略 | 结核病患者及其PCD相关基因表达模式 | 数字病理学 | 结核病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 机器学习 | 基因表达数据 | TB患者样本 |
| 696 | 2024-08-07 |
Bayesian Data Selection
2023, Journal of machine learning research : JMLR
IF:4.3Q2
PMID:37206375
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研究论文 | 本文介绍了“数据选择”问题，并提出了一种新的评分方法——Stein体积准则（SVC），用于在高维数据中发现与给定参数模型匹配的低维统计量 | 提出了Stein体积准则（SVC），这是一种不需拟合非参数模型的新型数据选择评分方法 | NA | 旨在解决高维数据中数据选择的问题，并提出一种新的评分方法以提高效率和统计性能 | 高维数据和单细胞RNA测序数据集 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 概率主成分分析和自旋玻璃模型 | 高维数据 | NA |
| 697 | 2024-08-07 |
TYROBP-positive endothelial cell-derived TWEAK as a promoter of osteosarcoma progression: insights from single-cell omics
2023, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2023.1200203
PMID:37207157
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研究论文 | 本研究探讨了TYROBP阳性内皮细胞在骨肉瘤进展中的作用，特别是通过分泌TWEAK介导的与恶性细胞的相互作用 | 首次揭示了TYROBP阳性内皮细胞作为骨肉瘤进展的启动细胞，并通过TWEAK介导与恶性细胞的强相互作用 | 研究主要基于体外实验和单细胞转录组数据，需要进一步的体内实验验证 | 探索骨肉瘤中内皮细胞的启动细胞及其与恶性细胞的潜在相互作用 | 骨肉瘤中的内皮细胞及其与恶性细胞的相互作用 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 6名骨肉瘤患者 |
| 698 | 2024-08-07 |
Identification and validation of a novel signature based on cell-cell communication in head and neck squamous cell carcinoma by integrated analysis of single-cell transcriptome and bulk RNA-sequencing
2023, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2023.1136729
PMID:37213285
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组和批量RNA测序数据，识别并验证了基于细胞间通讯的头颈鳞状细胞癌（HNSCC）新型标志物。 | 开发了一种基于细胞间通讯相关基因的新型标志物，具有强大的预测HNSCC患者预后和免疫治疗反应的能力。 | NA | 研究HNSCC肿瘤免疫微环境中复杂的通讯网络，阐明免疫细胞与肿瘤之间的相互作用，并建立预后风险模型。 | 头颈鳞状细胞癌（HNSCC）中的细胞间通讯网络及其对患者临床结果的影响。 | 数字病理学 | 头颈鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序 | NA | 转录组数据 | 20个HNSCC样本 |
| 699 | 2024-08-07 |
Metabolic profiling reveals altered tryptophan metabolism in patients with kawasaki disease
2023, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2023.1180537
PMID:37214338
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研究论文 | 研究探讨了川崎病患者的代谢变化，特别是色氨酸代谢，以确定新的诊断和预后生物标志物 | 发现了川崎病患者中色氨酸代谢途径的显著改变，并提出代谢指标可能作为新的诊断和治疗生物标志物 | NA | 研究川崎病患者的代谢变化，寻找新的诊断和预后生物标志物 | 川崎病患者和健康对照组的色氨酸代谢 | 代谢组学 | 川崎病 | 代谢组学 | NA | 代谢物数据 | 包括川崎病患者和健康对照组，以及川崎病冠状动脉炎小鼠模型 |
| 700 | 2024-08-07 |
Assessing the effects of aging on the renal endothelial cell landscape using single-cell RNA sequencing
2023, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2023.1175716
PMID:37214419
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了衰老对小鼠肾脏内皮细胞转录组的影响 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了衰老过程中肾脏内皮细胞的转录组变化，并确认了免疫调节信号的变化 | NA | 探究衰老对肾脏内皮细胞的影响及其机制 | 小鼠肾脏内皮细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | NA |