单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1189 篇文献，本页显示第 581 - 600 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 581 | 2024-08-07 |
A risk score combining co-expression modules related to myeloid cells and alternative splicing associates with response to PD-1/PD-L1 blockade in non-small cell lung cancer
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1178193
PMID:37492578
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研究论文 | 本研究通过加权基因共表达网络分析（WGCNA）探讨了非小细胞肺癌（NSCLC）中与PD-1/PD-L1免疫检查点阻断（ICB）反应相关的转录组特征，并构建了一个风险评分模型。 | 本研究首次结合髓系细胞相关的共表达模块和选择性剪接事件，开发了一个与ICB反应相关的风险评分，作为潜在的预测生物标志物。 | NA | 探讨非小细胞肺癌中与PD-1/PD-L1免疫检查点阻断反应相关的转录组特征，并开发预测生物标志物。 | 非小细胞肺癌患者接受ICB治疗的转录组数据。 | 数字病理学 | 肺癌 | 加权基因共表达网络分析（WGCNA） | Lasso-COX回归 | 转录组数据 | 两个NSCLC数据集（GSE135222和GSE126044）中的患者样本 |
| 582 | 2024-08-07 |
Rapamycin and Low-dose IL-2 Mediate an Immunosuppressive Microenvironment to Inhibit Benign Prostatic Hyperplasia
2023, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.85089
PMID:37497009
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序分析老年不同前列腺体积患者的过渡区组织，揭示了前列腺增生症（BPH）的免疫微环境特征，并验证了雷帕霉素和低剂量IL-2的免疫抑制治疗效果。 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了BPH患者前列腺组织中Treg/CD4+ T细胞比例降低和免疫微环境激活的现象，并证实了免疫抑制药物对BPH进展的抑制作用。 | 研究主要基于老年患者和动物模型，可能不完全适用于所有年龄段的患者；单细胞RNA测序的样本量和多样性可能有限。 | 探讨前列腺增生症（BPH）的病因及其免疫微环境特征，并评估免疫抑制治疗的效果。 | 老年不同前列腺体积患者的前列腺过渡区组织及BPH的免疫微环境。 | NA | 前列腺增生 | 单细胞RNA测序 | NA | 组织 | 老年不同前列腺体积患者的过渡区组织 |
| 583 | 2024-08-07 |
Integration analysis of senescence-related genes to predict prognosis and immunotherapy response in soft-tissue sarcoma: evidence based on machine learning and experiments
2023, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2023.1229233
PMID:37497116
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研究论文 | 本研究通过机器学习和实验方法，分析了衰老相关基因（SRGs）在软组织肉瘤（STS）中的表达，并构建了预测预后和免疫治疗反应的模型 | 首次在STS中系统分析了SRGs的分子特征，并建立了基于SRGs的聚类和评分模型，用于指导临床管理 | NA | 研究衰老相关基因在软组织肉瘤中的表达及其对预后和免疫治疗反应的影响 | 软组织肉瘤中的衰老相关基因 | 机器学习 | 软组织肉瘤 | 单细胞RNA测序 | PCA | 基因表达数据 | 使用了TCGA和GEO数据库中的队列数据以及qPCR和自测序数据进行验证 |
| 584 | 2024-08-07 |
PreCanCell: An ensemble learning algorithm for predicting cancer and non-cancer cells from single-cell transcriptomes
2023, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2023.07.009
PMID:37501705
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研究论文 | 本文提出了一种名为PreCanCell的新算法，用于从单细胞转录组数据中预测恶性与非恶性细胞 | PreCanCell通过识别五种常见癌症类型中恶性与非恶性细胞的差异表达基因，并使用多数投票机制进行分类，显示出比其他七种算法更高的准确性和更简单的实现 | NA | 开发一种新的算法来预测单细胞转录组数据中的癌症与非癌症细胞 | 五种常见癌症类型的单细胞转录组数据 | 机器学习 | NA | NA | 集成学习算法 | 转录组数据 | 19个单细胞数据集 |
| 585 | 2024-08-05 |
Improved single-cell genome amplification by a high-efficiency phi29 DNA polymerase
2023, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2023.1233856
PMID:37456715
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研究论文 | 本文介绍了一种改进的单细胞基因组扩增方法，称为iSGA。 | 通过phi29 DNA聚合酶工程和过程工程，开发出了一种效率更高的酶HotJa Phi29 DNA聚合酶，改善了扩增覆盖率。 | NA | 提高单细胞基因组扩增的效率和覆盖率。 | 单细胞样本及商业益生菌样本。 | 数字病理学 | NA | DNA聚合酶工程 | NA | 基因组数据 | 包括单细胞样本和商业益生菌样本 |
| 586 | 2024-08-05 |
Scdrake: a reproducible and scalable pipeline for scRNA-seq data analysis
2023, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbad089
PMID:37465398
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研究论文 | 本文开发了一个完全自动化的工作流程scdrake，用于scRNA-seq数据的二次分析 | 该工作流程以内置于drake框架的R语言中实现，遵循最佳编程实践，支持完全自动化 | 未提及具体的局限性 | 研究的目的是提供一个可重复性和可扩展性的scRNA-seq数据分析管道 | 研究对象为scRNA-seq数据的特征条形码矩阵 | 数字病理学 | NA | NA | NA | RNA-seq数据 | NA |
| 587 | 2024-08-05 |
Lineage Tracing and Single-Cell RNA-seq in C. elegans to Analyze Transgenerational Epigenetic Phenotypes Inherited from Germ Cells
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3259-8_3
PMID:37464235
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研究论文 | 本文探讨了C. elegans中的跨代表观遗传继承及其对胚胎发育的影响 | 提供了自动谱系追踪与单细胞RNA-seq结合的实用指南，以促进其在研究C. elegans胚胎中的跨代表观遗传继承方面的应用 | 这些技术的普及受到困难的限制 | 研究跨代表观遗传继承对胚胎发育的影响 | C. elegans胚胎 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA | NA |
| 588 | 2024-08-05 |
Exploring PANoptosis in breast cancer based on scRNA-seq and bulk-seq
2023, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2023.1164930
PMID:37455906
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研究论文 | 这篇文章探讨了PANoptosis在乳腺癌中的作用和预后特征 | 首次全面分析了PANoptosis在乳腺癌中的分子聚类和预后预测潜力 | 研究可能受限于单一的数据集，未能整合更多相关研究 | 研究PANoptosis与乳腺癌肿瘤细胞之间的相互作用 | 重点研究乳腺癌的PANoptosis相关基因及其在预后中的应用 | 数字病理学 | 乳腺癌 | scRNA-seq和bulk-seq | COX和LASSO回归 | 基因表达数据 | 使用了GSE176078单细胞测序数据集及其他乳腺癌数据 |
| 589 | 2024-08-07 |
Single-cell chromatin accessibility profiling of cell-state-specific gene regulatory programs during mouse organogenesis
2023, Frontiers in neuroscience
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fnins.2023.1170355
PMID:37440917
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研究论文 | 本研究通过单细胞ATAC-seq技术分析了小鼠胚胎E8.5-E10.5阶段的染色质可及性，揭示了早期器官发生过程中的细胞状态特异性基因调控程序 | 首次通过单细胞ATAC-seq技术揭示了小鼠早期器官发生过程中的细胞状态特异性基因调控程序，并发现了与人类疾病相关的潜在单核苷酸变异 | NA | 揭示小鼠早期器官发生过程中细胞状态特异性基因调控程序的分子机制 | 小鼠胚胎E8.5-E10.5阶段的细胞 | 数字病理学 | 发育畸形 | 单细胞ATAC-seq | NA | 基因组数据 | 101,599个单细胞 |
| 590 | 2024-08-07 |
Variability of the innate immune response is globally constrained by transcriptional bursting
2023, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2023.1176107
PMID:37441161
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研究论文 | 本文利用单细胞基因组学数据和转录的随机模型，对 toll 样受体（TLR）诱导的基因表达变异性进行了全局分析 | 本文展示了单细胞基因表达变异性可以通过群体均值的线性函数进行经验描述，并揭示了转录爆发动力学的线性关系 | NA | 探讨哺乳动物基因转录的基本控制机制及其对单细胞响应的影响 | TLR 诱导的基因表达变异性 | 基因组学 | NA | 单细胞基因组学 | 随机模型 | 基因表达数据 | 超过 2000 个 TLR 响应基因 |
| 591 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA-sequencing identifies various proportions of excitatory and inhibitory neurons in cultured human fetal brain cortical tissues
2023, Frontiers in neuroscience
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fnins.2023.1177747
PMID:37449269
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了不同胎龄的人类胎儿前额叶皮质组织中兴奋性和抑制性神经元的比例 | 首次展示了从胎儿皮质组织培养中获取兴奋性和抑制性神经细胞的新策略 | NA | 探究皮质神经前体细胞分化为兴奋性和抑制性神经元的精确比例 | 人类胎儿前额叶皮质组织 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 收集了不同胎龄的人类胎儿前额叶皮质组织 |
| 592 | 2024-08-07 |
Exploration of the shared gene signatures and molecular mechanisms between periodontitis and inflammatory bowel disease: evidence from transcriptome data
2023, Gastroenterology report
IF:3.8Q2
DOI:10.1093/gastro/goad041
PMID:37456714
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研究论文 | 本研究通过转录组数据分析，探索了牙周炎与炎症性肠病之间的共享基因特征和分子机制 | 揭示了牙周炎与炎症性肠病之间通过交叉基因和嗜中性粒细胞的先前未被认识的机制 | NA | 探索牙周炎与炎症性肠病之间的共享基因特征和分子机制 | 牙周炎和炎症性肠病 | NA | 牙周炎, 炎症性肠病 | 差异表达基因分析, 加权基因共表达网络分析 (WGCNA), 单样本基因集富集分析 | NA | 转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 593 | 2024-08-07 |
HDAC inhibition delays photoreceptor loss in Pde6b mutant mice of retinitis pigmentosa: insights from scRNA-seq and CUT&Tag
2023, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.15659
PMID:37456870
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研究论文 | 研究旨在确定组蛋白去乙酰化酶（HDAC）抑制对视网膜光感受器细胞的保护作用，使用单细胞RNA测序和CUT&Tag方法在Pde6brd1小鼠模型中进行研究。 | 本研究揭示了HDAC和PARP异构体在光感受器细胞死亡中的不同作用，并发现HDAC抑制剂SAHA能显著延缓光感受器细胞的损失，减少HDAC和PARP活性。 | NA | 研究HDAC抑制对视网膜光感受器细胞的保护作用 | Pde6brd1小鼠模型中的视网膜光感受器细胞 | 数字病理学 | 视网膜色素变性 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），CUT&Tag | NA | 基因表达数据 | 野生型（WT）和Pde6b突变rd1小鼠的视网膜组织样本 |
| 594 | 2024-08-07 |
Mitochondrial DNA methylation is a predictor of immunotherapy response and prognosis in breast cancer: scRNA-seq and bulk-seq data insights
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1219652
PMID:37457713
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研究论文 | 本研究通过结合单细胞RNA测序和批量测序数据，分析了线粒体DNA甲基化（MTDM）在乳腺癌中的作用及其对免疫治疗反应和预后的预测价值。 | 首次全面评估了MTDM在乳腺癌中的多方面作用，并发现MTDM水平不仅能够预测免疫治疗反应，还可作为乳腺癌患者的准确预后指标。 | NA | 探讨线粒体DNA甲基化在乳腺癌发展中的作用及其对免疫治疗反应和预后的影响。 | 乳腺癌患者及其线粒体DNA甲基化水平。 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量测序 | 加权共表达网络分析（WGCNA）、COX回归和LASSO回归 | 基因表达数据 | TCGA/GEO数据集中的乳腺癌患者 |
| 595 | 2024-08-05 |
ScRNA-seq and spatial transcriptomics: exploring the occurrence and treatment of coronary-related diseases starting from development
2023, Frontiers in cardiovascular medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fcvm.2023.1064949
PMID:37416923
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综述 | 本文回顾了冠状动脉病的发展及治疗的分子机制 | 结合单细胞RNA测序和空间转录组技术，探讨了冠状动脉病的新治疗方案 | 没有明显的局限性信息 | 探讨冠状动脉发展与疾病的分子机制及其潜在治疗 | 单细胞和冠状动脉疾病 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序和空间转录组技术 | NA | NA | NA |
| 596 | 2024-08-05 |
ACME Dissociation-Fixation, Flow Cytometry, and Cell Sorting of Freshwater Planarian Cells
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3275-8_10
PMID:37428377
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研究论文 | 本文描述了一种用于平面虫细胞解离的方法 | 提出了一种基于醋酸和甲醇的ACME解离-固定方法，解决了传统酶法引起的细胞应激反应问题 | 不适用于所有类型的细胞，可能需要进一步验证 | 改善平面虫细胞的解离和固定过程，以便用于单细胞转录组学研究 | 平面虫细胞 | 数字病理学 | NA | ACME解离-固定方法 | NA | NA | NA |
| 597 | 2024-08-05 |
Redistribution of the astrocyte phenotypes in the medial vestibular nuclei after unilateral labyrinthectomy
2023, Frontiers in neuroscience
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fnins.2023.1146147
PMID:37434761
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研究论文 | 本研究探讨了单侧迷路切除后内侧前庭核中星形胶质细胞亚型的变化。 | 发现了四种内侧前庭核中的星形胶质细胞亚型，并揭示了它们在迷路损伤后的适应性变化。 | 未深入探讨星形胶质细胞亚型对神经系统功能的具体影响和机制。 | 研究单侧迷路切除后内侧前庭核中星形胶质细胞的响应状态。 | 使用单细胞测序技术分析小鼠模型中的星形胶质细胞亚型。 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | 小鼠模型 | 基因数据 | NA |
| 598 | 2024-08-05 |
Comprehensive analysis of the role of immune-related PANoptosis lncRNA model in renal clear cell carcinoma based on RNA transcriptome and single-cell sequencing
2023, Oncology research
IF:2.0Q3
DOI:10.32604/or.2023.029563
PMID:37415739
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研究论文 | 本文综合分析了免疫相关的PANoptosis lncRNA模型在肾透明细胞癌中的作用 | 建立了基于免疫相关PANoptosis lncRNAs的新预测模型，并发现LINC00944与癌细胞迁移和浸润显著相关 | NA | 探索免疫相关PANoptosis lncRNAs在肾透明细胞癌中的生物学价值 | 肾透明细胞癌患者的免疫相关PANoptosis lncRNAs | 数字病理学 | 肾癌 | RNA转录组和单细胞测序 | 风险模型 | 转录组数据和单细胞数据 | 使用了来自The Cancer Genome Atlas和Gene Expression Omnibus数据库的数据，样本数量未具体说明 |
| 599 | 2024-08-05 |
TERT expression is associated with metastasis from thin primaries, exhausted CD4+ T cells in melanoma and with DNA repair across cancer entities
2023, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0281487
PMID:37418389
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研究论文 | 本文研究TERT表达与黑色素瘤转移及免疫抵抗的关系 | 揭示了TERT表达与CD4+ T细胞衰竭和肿瘤进展之间的联系，及其在多种肿瘤类型中的非经典功能 | 未能在免疫检查点抑制的黑色素瘤队列中找到TERT启动子突变或表达与生存率的持续关联 | 扩展对TERT启动子突变及表达改变在肿瘤进展中影响的认识 | 分析数个高度注释的黑色素瘤队列 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 (RNA-seq) | 多变量模型 | 基因表达数据 | 涉及多个黑色素瘤队列的样本 |
| 600 | 2024-08-07 |
Editorial: Statistical and computational methods for single-cell sequencing analysis
2023, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2023.1235174
PMID:37415605
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |