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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
41 2025-10-06
Mimicking Tumor Cell Heterogeneity of Colorectal Cancer in a Patient-derived Organoid-Fibroblast Model
2023, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1
研究论文 开发了一种包含上皮细胞和基质成纤维细胞的结直肠癌患者来源类器官模型 首次构建了包含匹配上皮细胞和基质成纤维细胞的结直肠癌类器官模型,模拟肿瘤微环境复杂性 模型仍无法完全复制体内肿瘤微环境的所有组分 研究结直肠癌肿瘤微环境中上皮细胞与成纤维细胞的相互作用 结直肠癌患者来源的肿瘤细胞和成纤维细胞 数字病理学 结直肠癌 单细胞RNA测序,免疫组织化学,蛋白质组学分析 类器官-成纤维细胞共培养模型 基因表达数据,蛋白质组数据,图像数据 结直肠癌标本来源的原代细胞 NA 单细胞RNA测序 NA NA
42 2025-10-06
Tick innate immune responses to hematophagy and Ehrlichia infection at single-cell resolution
2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了孤星蜱免疫细胞对吸血和埃立克体感染的反应机制 首次在单细胞分辨率下系统鉴定蜱类14种不同的血细胞群体,并发现7个在感染和未感染状态下均存在的血细胞谱系 研究仅针对孤星蜱一种物种,血细胞功能验证仍需进一步深入 阐明蜱类免疫细胞在吸血过程和病原体感染中的免疫功能 孤星蜱(Amblyomma americanum)的血细胞(hemocytes) 单细胞生物学 蜱传疾病 单细胞RNA测序,RNA干扰 NA 转录组数据 未吸血、部分吸血和埃立克体感染蜱的血细胞样本 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Genomics单细胞RNA测序平台
43 2025-10-06
The slan antigen identifies the prototypical non-classical CD16+-monocytes in human blood
2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 通过转录组和蛋白质组分析证明slan+/NC-单核细胞是人类血液中原型非经典单核细胞的代表 首次系统比较slan+/NC-和slan-/NC-单核细胞的分子特征,证明slan+/NC-单核细胞更能代表原型非经典单核细胞 样本来源仅限于外周血单核细胞,未涉及组织驻留单核细胞 确定slan抗原在非经典单核细胞分型中的生物学意义 人类外周血单核细胞亚群(经典、中间型和非经典单核细胞) 免疫学 NA bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 蛋白质组学 NA 基因表达数据, 蛋白质数据, 细胞表面标志物 人类外周血单核细胞样本 NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
44 2025-10-06
Comparing engineered nuclear-localized reporter cassettes
2023, microPublication biology
研究论文 本研究通过CRISPR/Cas9基因组工程技术比较了不同核定位报告基因盒在神经肽基因表达分析中的性能 首次系统比较了不同工程化核定位报告基因盒在神经肽基因表达研究中的效果,并推荐了最优报告基因盒设计 仅测试了6种神经肽编码基因的报告基因盒,样本规模有限 分析神经肽基因表达动态并解析其调控机制 秀丽隐杆线虫神经系统中的神经肽编码基因 分子生物学 NA CRISPR/Cas9基因组工程、单细胞转录组分析 NA 基因表达数据 6个神经肽编码基因(3个神经肽基因、1个神经肽基因和2个胰岛素基因) NA 单细胞RNA-seq NA NA
45 2025-10-06
Profiles of Wnt pathway gene expression during tooth morphogenesis
2023, Frontiers in physiology IF:3.2Q2
研究论文 本研究通过荧光多重杂交和单细胞RNA测序技术,揭示了Wnt通路基因在牙齿形态发生过程中的时空表达模式 首次在牙齿发育过程中同时分析多个Wnt配体和调节因子的共定位模式,并发现Sfrp5在完全分化的成釉细胞中的表达特征 研究主要聚焦于特定发育阶段,对Wnt信号通路与其他信号通路的相互作用分析有限 阐明Wnt信号通路在牙齿形态发生过程中的表达动态和细胞间通讯机制 小鼠牙齿发育过程中的上皮和间充质细胞 发育生物学 NA 荧光多重杂交, 单细胞RNA测序 CellChat 基因表达数据, 空间转录组数据 小鼠胚胎期15.5天至出生后14天的牙齿组织 NA 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA NA
46 2025-10-06
Single-cell RNA sequencing reveals cancer stem-like cells and dynamics in tumor microenvironment during cholangiocarcinoma progression
2023, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1
研究论文 通过单细胞RNA测序揭示胆管癌进展过程中癌症干细胞样细胞的特征及肿瘤微环境的动态变化 首次在YAP/AKT小鼠模型中系统揭示胆管癌形成过程中Tm4sf1高表达恶性细胞作为癌症干细胞样细胞的特性及肿瘤微环境三阶段动态变化 研究基于小鼠模型,在人体中的适用性需要进一步验证;样本量相对有限 探究胆管癌进展过程中癌症干细胞样细胞的转录特征及肿瘤微环境动态变化 YAP/AKT小鼠模型中的胆管癌细胞及肿瘤微环境组成细胞 数字病理学 胆管癌 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 YAP/AKT小鼠模型 单细胞转录组数据,批量RNA测序数据 三个不同时间点的肿瘤发生样本 NA 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq NA NA
47 2025-10-06
Identification of TREM2-positive tumor-associated macrophages in esophageal squamous cell carcinoma: implication for poor prognosis and immunotherapy modulation
2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究在食管鳞状细胞癌中发现了一种新型TREM2阳性肿瘤相关巨噬细胞亚群,该亚群与不良预后和免疫治疗反应相关 首次在食管鳞状细胞癌中鉴定出TREM2阳性肿瘤相关巨噬细胞亚群,并证明其与免疫治疗耐药性和不良预后的关联 样本量相对有限,需要更大规模的研究验证 探索肿瘤相关巨噬细胞亚群在食管鳞状细胞癌中的作用及其对免疫治疗的影响 食管鳞状细胞癌患者和黑色素瘤患者 单细胞测序分析 食管鳞状细胞癌 单细胞RNA测序,定量实时PCR,酶联免疫吸附试验,多重免疫荧光 NA 单细胞RNA测序数据,转录组数据,临床数据 多个数据集:GSE145370和GSE160269(食管鳞癌scRNA-seq),GSE120575(48例黑色素瘤患者),GSE78220(29例黑色素瘤bulk-RNA),TCGA ESCC队列(80例),10例接受抗PD1治疗的ESCC患者 NA 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 NA NA
48 2025-10-06
Single-cell RNA sequencing analysis of human Alzheimer's disease brain samples reveals neuronal and glial specific cells differential expression
2023, PloS one IF:2.9Q1
研究论文 通过单细胞RNA测序分析人类阿尔茨海默病脑样本,揭示神经元和胶质细胞的特异性差异表达 首次在阿尔茨海默病早期阶段(Braak I-II期)使用单细胞分辨率分析脑组织转录组,识别出星形胶质细胞和小胶质细胞的特异性转录程序 样本量较小(仅2例患者和对照),未测量APOE状态、CERAD和THAL评分 识别阿尔茨海默病中不同神经元群体受影响的转录调控网络 人类阿尔茨海默病患者和年龄性别匹配对照的海马脑组织样本 数字病理学 阿尔茨海默病 单细胞RNA测序 NA 单细胞基因表达数据 超过25,000个单细胞核,来自2例阿尔茨海默病患者和匹配对照 NA 单细胞RNA-seq NA NA
49 2025-10-06
A single-cell atlas of murine reproductive tissues during preterm labor
2023-01-31, Cell reports IF:7.5Q1
研究论文 通过单细胞RNA测序构建感染诱导早产小鼠生殖组织的单细胞图谱 首次在感染诱导早产模型中系统描绘小鼠子宫、蜕膜和宫颈的单细胞转录组图谱,揭示早产相关的细胞间通讯信号通路 研究仅限于小鼠模型,需进一步验证人类组织的相关性 解析早产过程中生殖组织的细胞组成和分子机制 小鼠子宫、蜕膜和宫颈组织 单细胞组学 早产 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
50 2025-10-06
Spatial transcriptomic characterization of COVID-19 pneumonitis identifies immune circuits related to tissue injury
2023-Jan-24, JCI insight IF:6.3Q1
研究论文 本研究通过空间转录组学方法揭示了COVID-19肺炎中免疫细胞与基质细胞相互作用的免疫回路 首次利用空间转录组学技术系统描绘COVID-19肺组织损伤区域的免疫细胞信号回路,发现细胞毒性淋巴细胞与促炎巨噬细胞之间的关键相互作用 样本量较小(仅3例患者),存在显著的个体间异质性 解析COVID-19肺炎中导致组织损伤的免疫机制 COVID-19患者的肺组织样本 空间转录组学 COVID-19肺炎 空间转录组学,单细胞RNA-seq 相关性网络分析 基因表达数据,空间转录组数据 3例患者的46个感兴趣区域,覆盖超过62,000个细胞 NA 空间转录组学,单细胞RNA-seq NA NA
51 2025-10-06
Entropy sorting of single-cell RNA sequencing data reveals the inner cell mass in the human pre-implantation embryo
2023-01-10, Stem cell reports IF:5.9Q2
研究论文 提出熵排序(ES)数学框架用于单细胞RNA测序数据分析,成功识别人类胚胎植入前内细胞团 开发无需用户定义显著性阈值的无监督特征选择方法,能够区分随机噪声与真实生物学信号 方法仅在合成数据和人类胚胎scRNA-seq数据上验证,需要更多应用场景测试 开发单细胞基因表达数据分析方法以更好识别细胞异质性 人类植入前胚胎单细胞RNA测序数据 单细胞测序分析 NA 单细胞RNA测序 熵排序(ES)数学框架 单细胞基因表达数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
52 2025-10-06
Epsin Nanotherapy Regulates Cholesterol Transport to Fortify Atheroma Regression
2023-01-06, Circulation research IF:16.5Q1
研究论文 本研究开发了一种靶向巨噬细胞Epsins的纳米疗法,通过调节胆固醇运输促进动脉粥样硬化斑块消退 开发了S2P偶联脂质纳米颗粒靶向递送siRNA沉默Epsins的创新方法,并揭示了Epsins通过调控CD36和ABCG1影响胆固醇代谢的新机制 研究主要基于小鼠模型,尚未在人体中验证疗效和安全性 探究Epsins在巨噬细胞介导的代谢调控中的作用,并开发靶向Epsins的动脉粥样硬化治疗方法 髓系特异性Epsin双敲除小鼠和ABCG1基因减量小鼠模型,以及动脉粥样硬化斑块中的巨噬细胞 心血管疾病研究 心血管疾病 单细胞RNA测序, MEBOCOST算法, 纳米颗粒递送系统, siRNA技术 NA 基因表达数据, 代谢物通讯数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
53 2025-10-06
Molecular and spatial signatures of mouse brain aging at single-cell resolution
2023-01-05, Cell IF:45.5Q1
研究论文 通过空间分辨单细胞转录组学构建小鼠大脑衰老的高分辨率细胞图谱,揭示非神经元细胞在衰老过程中的显著变化 首次在单细胞分辨率下系统描绘小鼠大脑衰老的分子和空间特征,特别关注非神经元细胞的空间组织变化 研究仅限于小鼠前额叶皮层和纹状体区域,未涵盖全脑所有区域 系统表征大脑衰老过程中的细胞和分子结构变化,理解大脑功能衰退的机制 小鼠大脑前额叶皮层和纹状体区域的主要细胞类型 空间转录组学 衰老相关脑功能衰退 空间分辨单细胞转录组学 NA 单细胞基因表达数据和空间位置信息 覆盖小鼠整个寿命周期的多个时间点样本 NA 空间转录组学,单细胞RNA-seq NA NA
54 2025-10-06
A New Understanding, Guided by Single-Cell Sequencing, of the Establishment and Maintenance of the Ovarian Reserve in Mammals
2023, Sexual development : genetics, molecular biology, evolution, endocrinology, embryology, and pathology of sex determination and differentiation IF:2.4Q2
综述 通过单细胞测序技术探讨哺乳动物卵巢储备建立与维持机制的研究综述 聚焦单细胞测序技术在卵巢发育研究中的应用,揭示卵巢储备的新型分子调控机制 NA 理解卵巢储备建立和维持的细胞与分子动力学,为调控生殖健康提供基础 哺乳动物卵巢发育过程,特别是生殖细胞巢形成、分解及原始卵泡形成与激活阶段 生殖生物学 生殖系统疾病 单细胞测序 NA 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
55 2025-10-06
Profiling Transcriptional Heterogeneity with Seq-Well S3: A Low-Cost, Portable, High-Fidelity Platform for Massively Parallel Single-Cell RNA-Seq
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
研究论文 介绍Seq-Well S3平台——一种低成本、便携式、高保真度的单细胞RNA测序技术 通过引入第二链合成步骤增强转录本检测能力,解决了传统单细胞RNA测序技术在成本、便携性和可扩展性方面的限制 NA 开发改进的单细胞RNA测序平台以更好地分析细胞转录异质性 单细胞转录组 单细胞测序技术 NA 单细胞RNA测序 NA RNA测序数据 数千个细胞 NA 单细胞RNA-seq Seq-Well S3 基于皮升孔板的高通量单细胞RNA测序平台,具有第二链合成功能
56 2025-10-06
A comprehensive single cell data analysis of lymphoblastoid cells reveals the role of super-enhancers in maintaining EBV latency
2023-01, Journal of medical virology IF:6.8Q1
研究论文 通过单细胞RNA测序分析淋巴母细胞系,揭示超级增强子在维持EBV潜伏感染中的作用 首次在单细胞水平发现EBV感染细胞的异质性,并证明宿主超级增强子通过调控MYC和IRF4等基因维持EBV潜伏期 研究仅使用公开数据集,样本来源有限;未在原代细胞中验证发现 探究EBV病毒生命周期中宿主-病毒相互作用的分子机制 淋巴母细胞系(LCLs)和EBV病毒 单细胞生物学 EB病毒感染相关疾病 单细胞RNA测序, CRISPR基因编辑 NA 单细胞RNA测序数据 9个公开淋巴母细胞系 NA single-cell RNA-seq NA NA
57 2025-10-06
Revelations in Thymic Epithelial Cell Biology and Heterogeneity from Single-Cell RNA Sequencing and Lineage Tracing Methodologies
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
综述 本文总结了单细胞RNA测序和谱系追踪方法在揭示胸腺上皮细胞生物学特性和异质性方面的新发现 通过单细胞RNA测序技术揭示了传统群体水平RNA测序或表型研究无法发现的胸腺上皮细胞异质性,包括新型髓质TEC亚群的鉴定 单细胞RNA测序数据的拟时序分析仅能提示TEC亚群间的关系,需要实验方法进一步验证 研究胸腺上皮细胞的生物学特性和异质性 胸腺上皮细胞(TECs),包括皮质TECs和髓质TECs 单细胞生物学 NA 单细胞RNA测序,谱系追踪, reaggregate thymic organ culture (RTOC) NA 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
58 2025-10-06
Integrated Analysis of Single-Cell RNA-Seq and Bulk RNA-Seq Combined with Multiple Machine Learning Identified a Novel Immune Signature in Diabetic Nephropathy
2023, Diabetes, metabolic syndrome and obesity : targets and therapy
研究论文 通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据,结合多种机器学习方法识别糖尿病肾病的新型免疫特征 首次结合单细胞和批量RNA测序数据,利用多种机器学习算法识别糖尿病肾病的关键免疫相关基因和潜在药物靶点 研究主要基于公共数据库数据,需要进一步实验验证 探索糖尿病肾病中免疫调节的潜在治疗靶点和分子机制 糖尿病肾病患者的基因表达数据和大鼠模型 生物信息学 糖尿病肾病 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 机器学习 随机森林(RF), 支持向量机(SVM), 自适应增强(AdaBoost), K近邻(KNN) 基因表达数据 来自GEO数据库的多个数据集,包括GSE142025 NA 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq NA NA
59 2025-10-06
YAP and TAZ couple osteoblast precursor mobilization to angiogenesis and mechanoregulated bone development
2023-Jan-21, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究揭示了YAP和TAZ信号在胚胎骨骼发育中协调成骨前体细胞动员与血管生成的新机制 首次发现YAP/TAZ信号通过调控趋化因子Cxcl12,将成骨前体细胞与血管空间偶联,并调节血管形态发生和机械传导 研究主要聚焦于胚胎发育阶段,成年骨骼稳态中的机制仍需进一步探索 探究YAP和TAZ在胚胎骨骼发育过程中协调成骨前体细胞动员与血管生成的分子机制 小鼠胚胎长骨中的成骨前体细胞、血管系统及人间充质基质细胞 发育生物学 骨骼发育疾病 单细胞RNA测序, 条件性基因敲除, 3D血管网络培养 基因敲除小鼠模型 基因表达数据, 细胞成像数据 未明确说明具体样本数量 NA 单细胞RNA测序 NA NA
60 2025-10-06
Single cell RNA-sequencing profiling to improve the translation between human IBD and in vivo models
2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
综述 探讨单细胞RNA测序技术如何通过分析人类IBD与小鼠模型的异同来改善临床前研究的转化效果 首次系统总结单细胞转录组技术在IBD研究中的应用,强调通过比较人类与小鼠模型的细胞特征来提升临床转化效率 该技术尚未在IBD临床前模型中广泛应用,缺乏标准化比较框架 提高炎症性肠病临床前研究向临床治疗的转化成功率 人类IBD患者与实验小鼠模型的单细胞转录组数据 单细胞组学 炎症性肠病 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
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