单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
561	2024-08-07	Integrated analysis of plasma proteome and cortex single-cell transcriptome reveals the novel biomarkers during cortical aging 2023, Frontiers in aging neuroscience IF:4.1Q2 DOI:10.3389/fnagi.2023.1063861 PMID:37539343	研究论文	本文通过整合血浆蛋白质组和皮质单细胞转录组数据，揭示了皮质老化过程中的新型生物标志物。	本文创新性地采用多组学分析方法来描绘脑老化的血浆标志物。	NA	寻找大脑皮质老化过程中血浆中的特定老化标志物。	血浆中的差异基因/蛋白质与大脑皮质老化的关系。	数字病理学	老年疾病	单核转录组测序（snRNA-seq），血浆蛋白质组测序	NA	转录组数据，蛋白质组数据	65,064个核来自14个不同年龄阶段的受试者，2,925个血浆蛋白质来自4,263名18至95岁的个体
562	2024-08-07	Plant Nuclei Isolation for Single-Nucleus RNA Sequencing 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3299-4_15 PMID:37540366	研究论文	本文描述了一种从植物组织中准备用于后续文库构建和高通量测序的核的详细通用协议	引入了单核RNA测序（snRNA-seq）技术应用于植物研究，相比单细胞RNA测序（scRNA-seq），可以应用于更广泛的组织类型和植物种类	与scRNA-seq相比，从每个核中获得的转录本数量较少	解决植物单细胞RNA测序中依赖原生质体分离的问题，并扩展其应用范围	植物组织的单核RNA测序	NA	NA	单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	RNA	NA
563	2024-08-07	A Hands-On Guide to Generate Spatial Gene Expression Profiles by Integrating scRNA-seq and 3D-Reconstructed Microscope-Based Plant Structures 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3299-4_27 PMID:37540378	研究论文	本文提供了一个实用指南，介绍如何通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据和基于显微镜的三维重建表达谱来预测植物结构中的基因表达模式	本文提出了一种新的计算方法，通过整合少数标记基因的空间表达谱和scRNA-seq技术，解决植物领域中空间基因表达记录的局限性	目前的方法在植物领域的应用有限	研究植物细胞中基因表达变化的空间背景，并将其与潜在的形态变化联系起来	植物细胞的转录组和基因表达模式	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	小部分参考基因
564	2024-08-07	[Identification of transcriptional features and surface markers of plasma cell clones in POEMS syndrome by single-cell RNA sequencing] 2023, [Rinsho ketsueki] The Japanese journal of clinical hematology DOI:10.11406/rinketsu.64.581 PMID:37544716	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，识别和发现了POEMS综合征中克隆浆细胞的转录特征和表面标记	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了POEMS综合征克隆浆细胞的独特转录特征和表面标记	研究样本仅来自10名患者，可能影响结果的普遍性	识别POEMS综合征中克隆浆细胞的转录特征和表面标记	POEMS综合征患者的骨髓浆细胞	数字病理学	浆细胞疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	10名患者
565	2024-08-07	Comprehensive analysis and immune landscape of chemokines- and chemokine receptors-based signature in hepatocellular carcinoma 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1164669 PMID:37545521	研究论文	本研究旨在建立基于趋化因子和趋化因子受体的肝细胞癌（HCC）预后标志物，并探讨其与肿瘤免疫微环境的关系	成功建立了一个包含两个趋化因子（CCL14, CCL20）和一个趋化因子受体（CCR3）的预后标志物，并验证了其在HCC患者中的独立风险因素作用	NA	开发和验证一种新的预后生物标志物，深入探讨预后模型与肿瘤免疫微环境的关系	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），实时定量PCR（RT-qPCR）	Cox比例风险回归分析	基因表达数据	342名HCC患者
566	2024-08-07	Single-Cell RNA Sequencing and Transcriptome Analysis Revealed the Immune Microenvironment and Gene Markers of Acute Respiratory Distress Syndrome 2023, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S419576 PMID:37547124	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和转录组分析揭示了急性呼吸窘迫综合征（ARDS）的免疫微环境和基因标志物	首次使用单细胞RNA测序技术比较了脓毒症诱导的ARDS（SEP-ARDS）和肺炎性ARDS（PNE-ARDS）患者的外周血单核细胞，并识别了ARDS中的分子失调机制	NA	探索ARDS患者的免疫微环境和基因标志物	急性呼吸窘迫综合征（ARDS）患者的免疫细胞和基因表达	数字病理学	急性呼吸窘迫综合征	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	使用了GSE152978和GSE152979数据集，涉及ARDS患者和对照组的1939个差异表达基因
567	2024-08-07	Immune landscape in rejection of renal transplantation revealed by high-throughput single-cell RNA sequencing 2023, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2023.1208566 PMID:37547477	研究论文	本研究利用高吞吐量的单细胞RNA测序技术揭示了肾移植排斥反应中的免疫景观	首次在单细胞水平上分析了肾移植排斥反应中的细胞类型和分子机制，并识别了与排斥反应相关的特定细胞亚群和信号通路	研究样本仅包括三名抗体介导排斥反应患者和两名非排斥原因的急性肾损伤患者，样本量较小	探讨肾移植排斥反应中细胞层面的作用机制	肾移植组织活检样本中的单细胞	数字病理学	肾移植排斥反应	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	从三名抗体介导排斥反应患者和两名急性肾损伤患者的肾移植组织活检中获得了81,139个单细胞
568	2024-08-07	BCR-ABL1-driven exosome-miR130b-3p-mediated gap-junction Cx43 MSC intercellular communications imply therapies of leukemic subclonal evolution 2023, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.83178 PMID:37554265	研究论文	本文研究了BCR-ABL1驱动的exosome-miR130b-3p介导的间隙连接Cx43 MSC细胞间通讯在白血病亚克隆进化中的作用及其治疗意义。	首次揭示了BCR-ABL1通过上调转录因子C/EBPβ诱导miR130a/b-3p表达，进而通过exosome介导的间隙连接Cx43 MSC细胞间通讯影响白血病微环境中的亚克隆进化。	研究主要集中在细胞和分子层面，临床应用的具体效果和安全性需要进一步验证。	探究BCR-ABL1驱动的exosome-miR130b-3p介导的间隙连接Cx43 MSC细胞间通讯在白血病亚克隆进化中的分子机制及其治疗潜力。	骨髓微环境中的间充质干细胞（MSCs）和白血病细胞。	数字病理学	白血病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	临床样本和细胞共培养实验
569	2024-08-07	Transcriptome sequencing reveals novel molecular features of SLE severity 2023, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2023.1121359 PMID:37554401	研究论文	本研究利用RNA测序和单细胞RNA测序技术，结合临床参数，分析了45名系统性红斑狼疮（SLE）患者的转录组特征，以识别与SLE严重程度相关的分子特征和信号通路	本研究首次识别了12个在严重SLE中差异表达的基因，并发现Treg细胞数量与AMPH表达呈负相关	NA	旨在识别与系统性红斑狼疮严重程度相关的分子特征和信号通路	系统性红斑狼疮（SLE）患者的转录组特征	数字病理学	自身免疫疾病	RNA测序（RNA-seq），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	45名SLE患者
570	2024-08-07	Construction of molecular typing in LIHC microenvironment based on lipid metabolism-related genes 2023, American journal of cancer research IF:3.6Q2 PMID:37559997	研究论文	本研究基于脂质代谢相关基因构建并验证了肝细胞癌（LIHC）中的两种细胞亚型C1和C2，以深入反映肝癌特征并补充临床分期系统的不足。	首次基于脂质代谢相关基因构建肝细胞癌的分子分型，并通过单细胞RNA测序和批量RNA测序数据进行验证。	研究样本量较小，且依赖于现有数据库中的数据，可能影响结果的普遍性。	旨在通过分子分型提高肝细胞癌的诊断和治疗效果。	肝细胞癌（LIHC）及其分子分型。	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、批量RNA测序	NA	RNA序列数据	11个LIHC组织样本
571	2024-08-07	A novel classifier combining G protein-coupled receptors and the tumor microenvironment is associated with survival status in glioblastoma 2023, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2023.1093263 PMID:37560473	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和批量测序的综合数据，探讨了G蛋白偶联受体（GPCRs）在胶质母细胞瘤（GBM）中的表达模式及其与肿瘤微环境（TME）的关系	首次详细研究了GPCRs在GBM中的表达及其与TME的关联，并发现GPCRs与TME的分类是GBM的独立风险因素	NA	探索GPCRs在GBM中的作用及其与TME的关系，评估其作为GBM预后标志物的潜力	GPCRs在GBM中的表达及其与TME的相互作用	数字病理学	脑瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	来自脑膜瘤和GBM患者的手术样本
572	2024-08-05	Effective Preprocessing of Single-Cell RNA-Seq for Unravelling Alzheimer's Disease Signatures 2023, Advances in experimental medicine and biology DOI:10.1007/978-3-031-31978-5_25 PMID:37525052	研究论文	本研究探讨了单细胞RNA测序数据的预处理方法，以揭示阿尔茨海默病的特征	开发了一个探索性数据分析方法论，结合多种工具有效处理单细胞RNA测序数据	数据复杂性可能导致分析挑战，需要谨慎处理	研究单细胞RNA测序在阿尔茨海默病诊断中的应用	阿尔茨海默病的数据集	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
573	2024-08-05	Cuproptosis/ferroptosis-related gene signature is correlated with immune infiltration and predict the prognosis for patients with breast cancer 2023, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2023.1192434 PMID:37521466	研究论文	本研究开发了一个与铜致死/铁死亡相关的基因预测模型，以预测乳腺癌患者的生存情况	提出了一种新的生存预测模型，该模型基于铜致死和铁死亡相关基因，能够有效评估乳腺癌患者的预后	该研究的样本来源主要依赖于TCGA和GEO数据库，可能存在样本选择偏倚	研究的目的是构建一个用于预测乳腺癌患者生存的预后模型	研究对象为乳腺浸润性癌（BRCA）患者的转录组和临床数据	数字病理学	乳腺癌	基因组数据分析	比例风险回归模型	转录组数据	共涉及验证集和训练集的乳腺癌样本，具体数量未说明
574	2024-08-05	Integrative analysis of multi-omics data for discovery of ferroptosis-related gene signature predicting immune activity in neuroblastoma 2023, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2023.1162563 PMID:37521469	研究论文	本研究构建了一种与铁死亡相关的基因签名，以预测神经母细胞瘤的免疫活性	提出了一种新的FRG签名，可用于评估神经母细胞瘤免疫治疗效果，并整合多组学数据进行预测	尚需更多临床验证以确保在不同患者群体中的普遍适用性	探索神经母细胞瘤的免疫治疗结果的评估签名	神经母细胞瘤患者及其相关基因	数字病理学	神经母细胞瘤	RNA测序和蛋白质组学	Cox回归模型	基因数据	训练队列(GSE62564)及外部验证队列(TCGA)中的患者数据
575	2024-08-05	Spatial metabolomics in head and neck tumors: a review 2023, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2023.1213273 PMID:37519782	综述	该文章全面回顾了空间代谢组学在头颈肿瘤研究中的应用进展	文章创新性地对传统代谢组学和空间代谢组学进行了比较，并讨论了空间代谢组学结合多组学在肿瘤代谢重编程研究中的应用挑战	对头颈肿瘤代谢机制的研究仍然处于未充分开发的阶段	探讨头颈肿瘤的代谢机制及其发生、发展和预后的研究进展	头颈肿瘤的代谢机制	数字病理学	NA	空间代谢组学	NA	NA	NA
576	2024-08-05	A Consensus Gene Regulatory Network for Neurodegenerative Diseases Using Single-Cell RNA-Seq Data 2023, Advances in experimental medicine and biology DOI:10.1007/978-3-031-31978-5_20 PMID:37525047	研究论文	该文章提出了一种基于单细胞RNA测序数据的神经退行性疾病共识基因调控网络	创新点在于开发了一种集成方法，通过整合不同的基因调控网络算法来提升生物学见解	尽管采用了集成方法，但每个基因调控网络算法仍然基于其自身的假设，可能会限制预测的生物学意义	本研究旨在构建一个共识基因调控网络，以更好地理解神经退行性疾病的基因调控机制	研究对象为来自CK-p25小鼠模型的单细胞RNA测序数据集	系统生物学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	集成基因调控网络算法	基因表达数据	NA
577	2024-08-05	High throughput isolation of RNA from single-cells within an intact tissue for spatial and temporal sequencing a reality 2023, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0289279 PMID:37527243	研究论文	本研究开发了一种自动化的纳米吸管技术，以高通量从完整组织中分离单细胞RNA	创新点在于结合了全自动纳米吸管技术与磁性纳米粒子，消除了手动操作的需求	研究未针对不同类型组织的适用性进行深入探讨	研究旨在提高从组织样本中获取高质量单细胞测序数据的效率	研究对象为来自乳腺癌组织切片的单个细胞	数字病理学	乳腺癌	RNA测序	NA	RNA数据	22个乳腺癌组织切片中的细胞
578	2024-08-07	Autoimmune thyroid disease disrupts immune homeostasis in the endometrium of unexplained infertility women-a single-cell RNA transcriptome study during the implantation window 2023, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2023.1185147 PMID:37501789	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了自身免疫性甲状腺疾病（AITD）患者在着床窗口期子宫内膜的免疫微环境	首次通过单细胞RNA测序揭示了AITD患者子宫内膜中免疫细胞亚型的组成和基因表达模式的差异	样本量较小，仅包括3名AITD患者和3名对照组	探讨AITD如何影响不明原因不孕女性子宫内膜的免疫稳态及其对着床的影响	不明原因不孕女性中AITD患者的子宫内膜免疫细胞	NA	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	3名AITD患者和3名对照组
579	2024-08-07	Integrating scRNA and bulk-RNA sequencing develops a cell senescence signature for analyzing tumor heterogeneity in clear cell renal cell carcinoma 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1199002 PMID:37503331	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（Bulk RNA-seq），开发了一种细胞衰老标志物，用于分析透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的肿瘤异质性	本研究创新性地结合了scRNA-seq和Bulk RNA-seq技术，以识别ccRCC中恶性与非恶性表型在三个衰老相关通路中的差异，并构建了一个新的风险模型	NA	分析细胞衰老在透明细胞肾细胞癌中的生化特性	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的细胞衰老	数字病理学	肾癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（Bulk RNA-seq）	NA	RNA	NA
580	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing reveals tumor immune microenvironment in human hypopharygeal squamous cell carcinoma and lymphatic metastasis 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1168191 PMID:37503341	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了人喉下鳞状细胞癌及其淋巴转移的肿瘤免疫微环境	首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了喉下鳞状细胞癌及其淋巴转移中的肿瘤免疫微环境，并识别了特定的细胞群和标记基因	研究样本仅来自五名患者，可能影响结果的普遍性	研究喉下鳞状细胞癌的肿瘤免疫微环境，以提供新的治疗靶点和策略	喉下鳞状细胞癌、癌旁组织及淋巴组织	数字病理学	头颈部癌症	单细胞RNA测序	NA	转录组	132,869个单细胞样本，来自五名喉下鳞状细胞癌患者